Thèse--Lettres--Helsinki, 1992.

Thèse (M.Ps.)--Université Laval, 2004. / Bibliogr.: f. 77-83. Publié aussi en version électronique.

Texte remanié de: Th.--Démographie--Louvain. / Bibliogr. p. 229-244.

Thèse--Méd.--Reims, 1974. N°: N° 32. / Bibliogr. ff. 68-85.

Th.--Méd.--Nancy 1, 1983. N°: 214.

L'objectif de cette étude cas-témoin est d'examiner la relation entre les maladies parodontales et la prématurité à moins de 34 semaines, et de définir leur association à l'inflammation foetale ou placentaire. Dans cette étude, 50 femmes ayant accouché prématurément à la suite d'un travail spontané ou une rupture prématurée des membranes, ont été comparées à 100 femmes ayant accouché à terme. L'examen parodontal post-partum, la mesure d'IL-6 dans le sang du cordon ombilical et l'examen histopathologique des membranes foetales ont été effectués. Les résultats de cette étude n'ont pas révélé d'association entre les naissances prématurées, accompagnée ou non de chorioamnionite, et la présence de maladie parodontale. Nous avons par contre observé que la prématurité était plus souvent associée à une éducation moins avancée (p=0,046) et à la présence de chorioamnionite pathologique (p[plus petit]0.01). En conclusion, la prématurité est fortement associée à la présence de chorioamnionite, mais pas à la présence de maladies parodontales.

La canneberge à gros fruits (Vaccinium macrocarpon) est une production très importante au Québec, qui se situe au deuxième rang dans la production mondiale de ce petit fruit. La problématique principale de cette culture réside dans la pourriture du fruit de la canneberge (PFC), dont plusieurs champignons pathogènes sont responsables. Les conséquences de la PFC se traduisent, dans la plupart des cas, par des pertes économiques élevées pour les producteurs, pouvant notamment affecter jusqu'à 33 % de la production. Bien que plusieurs typologies de pourritures - selon les symptômes exprimés - puissent être regroupées dans le complexe de la PFC, de façon générale il est possible de regrouper les différentes pourritures en deux catégories : la pourriture au champ et la pourriture d'entreposage. Encore aujourd'hui, les agents pathogènes responsables de la PFC sont identifiés sur la base d'observations microscopiques des caractères morphologiques du champignon isolé en culture pure, un processus long et imprécis si le diagnosticien n'a pas des connaissances pointues en mycologie. Afin d'améliorer le processus d'identification, le premier volet de ce projet de recherche a été défini pour pouvoir analyser les fruits avec un test de diagnostic spécifique multiplex PCR. Un des avantages de cette technique moléculaire est celui d'éviter les longues étapes nécessaires à l'identification morphologique des champignons impliqués. Douze champignons pathogènes habituellement retrouvés dans les canneberges ont été analysés et, après avoir identifié des zones discriminantes dans leurs régions ITS (internal transcribed spacer), des amorces spécifiques permettant l'amplification de ces zones ont été développées. Ces amorces ont été validées avec les souches pures des 12 champignons pathogènes, ainsi qu'avec des fruits prélevés dans des cannebergières. Les marqueurs moléculaires ont ensuite été assemblés en deux groupes afin de créer et optimiser le test multiplex, subséquemment validé avec 1) l'ADN des 12 souches pures, 2) l'ADN des isolats extraits des canneberges et 3) des mélanges de plusieurs ADN fongiques. Le second volet du projet de doctorat a été construit à partir d'une découverte issue de l'étape de validation de l'outil moléculaire. En analysant les champignons présents dans les fruits pourris échantillonnés en 2017, il a été constaté qu'un champignon, vraisemblablement non inclus dans la liste initiale des 12, se retrouvait de façon récurrente dans les échantillons. Afin de valider l'hypothèse qu'une 13e espèce appartenant à la PFC était présente principalement au Québec, des analyses approfondies ont été menées sur des sections du génome de cette espèce. Étonnamment, ces analyses ont démontré qu'il s'agissait de Godronia cassandrae, une des espèces pourtant visées par l'outil moléculaire. L'erreur provenant d'une mauvaise identification d'une culture pure reçue, le test PCR a été optimisé pour que l'outil moléculaire puisse détecter correctement cette espèce. Cet ajustement a mis en lumière que G. cassandrae occupe le premier rang des agents fongiques responsables de la PFC au Québec, nonobstant le moment d'échantillonnage ou les méthodes culturales des fermes analysées. Le troisième volet du projet a voulu valider l'hypothèse que, grâce au test multiplex, il était possible de dresser un portrait précis des agents pathogènes responsables de la PFC présents au Québec. Ainsi, une analyse à grande échelle de nombreux échantillons venant de trois fermes du Québec a été menée. Pour ce faire, 7825 fruits, repartis sur : i) trois moments d'échantillonnage, ii) trois gestions de culture et iii) huit cultivars différents, ont été analysés avec le test de diagnostic moléculaire. Les résultats obtenus ont indiqué que quatre espèces, G. cassandrae, Colletotrichum fructivorum, Allantophomopsis cytisporea, et Coleophoma empetri étaient systématiquement prédominantes quels que soient les paramètres étudiés. Les productions conventionnelles, par rapport aux productions biologiques, ont montré une réduction significative de la richesse fongique et de l'abondance relative des espèces pathogènes. Par ailleurs, l'analyse comparative des fruits au champ ou en entrepôt, ou entre cultivars, a révélé une surprenante similarité des espèces associées à la PFC. Finalement, le quatrième volet portait sur une analyse plus intensive concernant la pourriture noire. Cette typologie de pourriture est en effet problématique pour les producteurs de l'est du Canada et ce, depuis quelques années. Aujourd'hui la pourriture noire est attribuée à trois champignons : A. cytisporea, Allantophomopsis lycopodina et Strasseria geniculata, mais l'étiologie de la maladie demeure incertaine. Dans le but de démystifier partiellement la pourriture noire, une analyse plus approfondie a été menée, visant non seulement l'analyse des fruits, mais aussi de toutes les parties végétales de l'arbuste. En voulant valider l'hypothèse qu'il est possible de déterminer précisément le stade temporel de propagation des champignons impliqués, ce volet du projet a en effet permis de recueillir des informations utiles au sujet de l'épidémiologie de la pourriture noire. Selon toute évidence, il semblerait que la contamination aurait lieu déjà à la floraison, car des détections significatives ont été observées à ce stade. Parallèlement, la contamination à la récolte ne semblerait pas être la principale porte d'entrée des champignons pathogènes, car des analyses moléculaires menées sur l'eau échantillonnée dans les bassins de canneberge ont démontré que la présence des agents pathogènes dans ces échantillons n'était pas quantifiable. Suite au développement innovateur d'un outil moléculaire pour le diagnostic de la PFC, ce projet de doctorat a permis de fournir des informations précieuses sur la composition fongique de la PFC et d'avancer les connaissances de cette maladie complexe, notamment concernant les quatre espèces fongiques principalement impliquées au Québec. De plus, des nouvelles informations ont permis d'éclairer certains aspects de la pourriture noire, une maladie en voie de devenir de plus en plus problématique au Québec. Ce projet de doctorat a ainsi contribué au développement d'un nouvel outil de diagnostic de la PFC, lequel a permis de générer des informations d'une amplitude sans précédent à l'égard de l'étiologie de la maladie. Ces nouvelles informations pourront être exploitées par les producteurs de canneberges du Canada afin de mieux gérer la PFC. / The American cranberry (Vaccinium macrocarpon) is a very important production in Quebec, which ranks second in the world production of this berry. The main problem with this crop is cranberry fruit rot (CFR) caused by several pathogenic fungi. The consequences of CFR translate, in most cases, into high economic losses for growers since this disease can affect up to 33% of the yearly production. Although several types of rots - depending on the symptoms expressed - can be a part the CFR complex, it is generally possible to group the different rots into two main categories: field rots and storage rots. As of today, the pathogens responsible for CFR are identified on the basis of microscopic observations of the fungus isolated in pure culture, a long and imprecise process if the diagnostician does not have in-depth knowledge of mycology and fungal morphology traits. In order to improve the identification process, the first part of this research project aimed to analyze the fruits with a specific multiplex PCR diagnostic tool. This molecular technique allows to avoid the long steps necessary for the morphological identification of the fungi involved. Twelve pathogenic fungi usually found in cranberries were analyzed and, after having identified discriminating zones in their ITS (internal transcribed spacer) regions, specific primers allowing the amplification of these zones were developed. These primers were validated with pure strains of the 12 pathogenic fungi, as well as with fruits taken from cranberry fields. The molecular markers were then assembled into two groups in order to create and optimize the multiplex test, and subsequently validated with 1) the DNA of the 12 pure strains, 2) the DNA of the isolates extracted from the cranberries and 3) mixtures of several CFR fungal DNA's. The second part of this doctoral project was built from a discovery resulting from the validation step of the molecular tool. By analyzing the fungi present in rotten fruits sampled in 2017, it was found that a fungus, presumably not included in the initial list of targets, was found repeatedly in the samples. In order to validate the hypothesis that a 13th species belonging to the CFR was mainly present in Quebec, in-depth analyzes were carried out on sections of the genome of this species. Surprisingly, these analyzes showed that it was Godronia cassandrae, one of the species targeted by the molecular tool. After determining that one of our pure cultures was wrongly identified, we optimized the PCR test so that the molecular tool could correctly detect this species. This adjustment highlighted that G. cassandrae ranks first among the fungal agents responsible for CFR in Quebec, regardless of the sampling time or the cultural regime of the farms analyzed. The third part of the project sought to validate the hypothesis that, thanks to the multiplex tool, it was possible to draw an accurate portrait of the pathogens responsible for CFR present in Quebec. In order to validate this hypothesis, a large-scale analysis of different samples from three farms in Québec was carried out. To do this, 7825 fruits spread over: i) three sampling times, ii) three cultural regimes and iii) eight different cultivars, were analyzed with the molecular diagnostic tool. The results obtained indicated that four species, G. cassandrae, Colletotrichum fructivorum, Allantophomopsis cytisporea, and Coleophoma empetri were systematically predominant regardless of the parameters studied. Conventional productions, compared to organic productions, showed a significant reduction in fungal richness and relative abundance of pathogenic species. Moreover, the comparative analysis of fruits in field or in storage, or between cultivars, revealed a surprising similarity of species associated with CFR. Finally, the fourth chapter focused on a more intensive analysis concerning black rot. This type of rot has been an acute problem for producers in Eastern Canada for several years. Today, black rot is attributed to three fungi: A. cytisporea, Allantophomopsis lycopodina and Strasseria geniculata, but the etiology of the disease remains uncertain. In order to partially demystify black rot, a more in-depth analysis was carried out, aimed not only at the analysis of the fruits, but also of all plant parts of V. macrocarpon. According to our results, it seems that contamination could already take place at blooming, since significant detections were observed at this stage. At the same time, contamination at harvest does not seem to be the main entry point for pathogenic fungi, since molecular analyses performed on water sampled in cranberries' fields showed that the presence of pathogenic fungi in these samples was not quantifiable. Following the innovative development of a molecular tool for the diagnosis of CFR, this doctoral project provides valuable information on the fungal composition of CFR and advanced knowledge of this complex disease, particularly concerning the four fungal species mainly involved in Quebec. In addition, new information shed some light on certain aspects of black rot, a disease that is becoming increasingly problematic in Quebec. Our results have thus contributed to the development of a new diagnostic tool for CFR, and generated information of an unprecedented magnitude regarding the etiology of the disease. This new information can be exploited by Canadian cranberry growers to better manage CFR.

La maladie pulmonaire obstructive chronique (MPOC) se caractérise par une intolérance à l'effort, étant liée à une faible qualité de vie. Cette intolérance à l'effort est causée par une limitation d'origine pulmonaire mais aussi par une dysfonction musculaire périphérique. À ce jour, plusieurs études ont entrepris d'explorer le lien complexe unissant ces deux facteurs, restant encore mal définit. Le présent mémoire vise à explorer la relation entre le muscle périphérique et la réponse ventilatoire à l'exercice dans une population atteinte de MPOC. Pour ce faire, nous ferons d'abord un bref tour d'horizon afin de bien définir la MPOC. Par la suite, nous poserons progressivement les différentes bases scientifiques sous-tendant notre question de recherche. Il s'agira donc de préciser les divers mécanismes responsables de l'intolérance à l'effort, de la modulation de la ventilation à l'exercice et de bien exposer les diverses interactions reliant le muscle périphérique au poumon.

Les patients atteints d’une maladie pulmonaire obstructive chronique (MPOC) ont des exacerbations menant à une perte de leur qualité de vie. La documentation est incomplète quant à l’identité des microorganismes responsables, due à l’utilisation d’approches classiques, telle la culture de microorganismes. L’utilisation de nouvelles approches telles les méthodes d’écologie microbienne et le séquençage de nouvelle génération basées sur la biologie moléculaire permet l’identification de microorganismes, et ce, sans culture. Le microbiome de patients MPOC contrôles, stables et exacerbés ont été comparés. Une diminution de Proteobacteria ou de Firmicutes vers une augmentation de Firmicutes ou de Proteobacteria respectivement a été observée lors des exacerbations. Le microbiome de patients MPOC contrôles a été comparé à trois mois d’intervalle. Un débalancement de leur microbiome vers les Proteobacteria a été observé après trois mois. Ces résultats pourront mener à des traitements plus appropriés et plus ciblés afin d’accroître la qualité de vie des patients. / Chronic obstructive pulmonary disease (COPD) patients are often affected with exacerbation lowering their quality of life. The scientific community is unclear on which microorganism is responsible. This confusion is due mostly because of the culture techniques that are used to evaluate the presence of pathogens. The use of new approaches such as microbial ecology techniques and next generation sequencing based on molecular biology can identify the presence of bacteria without the need of culture. The microbiome of control, stable and exacerbated COPD patients was compared. Principal microbiome shift during exacerbation was a proportional reduction in Proteobacteria or Firmicutes and enrichment in Firmicutes or Proteobacteria respectively. The microbiome of control COPD patients was compared at baseline and three months later. Their microbiome shifted over a period of three months towards Proteobacteria. This study could lead to a better understanding of exacerbation and a better quality of life for COPD patients.

Le manque de thérapies efficaces pour les pathologies oculaires affectant les neurones rétiniens conduit suivant à un déclin de la vision et même à la cécité. Par exemple, le glaucome, la rétinopathie diabétique et l'ischémie rétinienne entraînent la perte des cellules ganglionnaires rétiniennes, les seules cellules transmettant des informations visuelles de l'œil au cerveau. Cette perte est aggravée par le fait que le système nerveux central mature (SNC), dont fait partie la rétine, a des capacités très limitées à se régénérer après une blessure. Le principal mécanisme par lequel ces neurones sont perdus, dans la plupart de ces pathologies, est l'excitotoxicité due à la sur-activation du récepteur N-méthyl-D-aspartate (NMDAR). En effet, la sur-stimulation du récepteur conduit à un afflux massif d'ions calcium dans le neurone, activant les voies apoptotiques et nécrotiques et finalement la mort cellulaire. Nogo-A est un puissant inhibiteur de la croissance neuritique et est depuis longtemps étudié dans les maladies neurodégénératives et dans les tentatives de régénération après des pathologies telles que les lésions de la moelle épinière, la sclérose en plaques et les accidents vasculaires cérébraux (AVC). Il a également été impliqué dans la maladie d'Alzheimer et même la maladie de Parkinson en raison de son lien avec les protéines associées à ces maladies. Dans les études sur les lésions de la moelle épinière chez le rat, la neutralisation de Nogo-A à l'aide d'anticorps bloquant pouvait aider à la récupération des fonctions motrices perdues. Actuellement, chez les humains souffrant des lésions de la moelle épinière, des études cliniques de deuxième phase sont en cours d'investigation. De même, des études prouvent que la neutralisation de Nogo-A peut également être utilisée comme thérapie après un AVC. Ces données montrent que la neutralisation de Nogo-A améliore la vascularisation autour du site des infarctus, réduit la gravité de la blessure et contribue ainsi à la récupération fonctionnelle après un AVC ischémique. Il y a eu peu d'études sur les implications de Nogo-A dans les pathologies du système visuel, en particulier celles qui affectent la rétine. Dans ma thèse, nous proposons que Nogo-A soit impliquée dans la physiopathologie des maladies oculaires et nous avons étudié le rôle que Nogo-A jouait dans le système visuel et après une lésion rétinienne. Dans cette thèse, nous montrons que l'expression de Nogo-A n'est pas seulement augmenter dans la vitré des souris après une lésion rétinienne, mais que cette augmentation est corrélée à la quantité de dommages à la rétine. En outre, la neutralisation de Nogo-A conduit à une récupération spontanée des fonctions visuelles qui était plus rapide et complète par rapport aux animaux de contrôle (WT) après une lésion rétinienne. De plus, l'activité des cellules ganglionnaires rétiniennes (RGC) vers le cerveau est améliorée par rapport aux animaux WT après une lésion rétinienne. L'augmentation de l'acuité visuelle des yeux intacts des souris KO pour Nogo-A, témoigne de la présence de la plasticité corticale accrue. Remarquablement, le traitement avec l'anticorps a montré des résultats similaires dans la récupération de la fonction visuelle et la propagation du signal vers le cerveau et ces améliorations se sont maintenues sur une période de plusieurs semaines. Nous montrons également que Nogo-A affecte la réaction inflammatoire de la rétine après une blessure. Cette inflammation pourrait être impliquée dans l'exacerbation de la blessure. Le blocage de Nogo-A conduit à une régulation négative des molécules inflammatoires, dont le TNFα. Le niveau de TNFα est resté basse pendant plusieurs jours après la neutralisation de Nogo-A et pourrait être impliquée dans la récupération fonctionnelle. De plus, nous montrons également que l'expression de Nogo-A est fortement régulée à la hausse dans le tissu rétinien humain de donneurs souffrant de rétinopathie diabétique. Nos résultats montrent donc que Nogo-A est impliqué dans la physiopathologie des maladies oculaires et que sa neutralisation, en utilisant ici la KO et l'anticorps bloquant, peut-être une nouvelle thérapie non seulement pour les maladies oculaires mais pourrait être pertinente dans le traitement des maladies qui présentent une augmentation de la réponse inflammatoire. / The lack of effective therapies for ocular pathologies affecting retinal neurons lead most often to vision decline and even blindness. For example, glaucoma, diabetic retinopathy, and retinal ischemia, leads to the loss of retinal ganglion cells, the only cells relaying visual information from the eye to the brain. This loss is compounded by the fact that the mature central nervous system (CNS), of which the retina is part of, has very limited abilities to regenerate after injury, leading to irreversible blindness. The main mechanism by which these neurons are lost, in most of these pathologies, is excitotoxicity due to the over activation of N-methyl-D-aspartate receptor (NMDAR). Indeed, the over stimulation of the receptor leads to a massive influx of calcium ions into the neuron, activating apoptotic and necrotic pathways and ultimately cell death. Nogo-A is a potent neurite out growth inhibitor that has been studied for a long time in neurodegenerative diseases and in regenerative efforts after pathologies like spinal cord injuries, multiple sclerosis and stroke. It has also been implicated in Alzheimer's disease and even Parkinson's disease due to its link to the proteins associated with these diseases. In the spinal cord injury studies in rats, Nogo-A neutralization using function blocking antibodies has been shown to rescue some motor function. Currently, second stage clinical studies are investigated in humans suffering from spinal cord injuries. Likewise, there is growing evidence that Nogo-A neutralization can also be used as a therapy after stroke. This evidence shows that Nogo-A neutralization improves vascularization around the infarcts site, reduces the severity of the injury and thus helps in function recovery after an ischemic stroke. There has been little study of the implications of Nogo-A in pathologies of the visual system especially those that affect the retina. In my thesis we hypothesize that Nogo-A is involved in ocular disease pathophysiology and we reveal this by investigating the role that Nogo-A plays in the visual system and after retinal injury. In this thesis, we show that Nogo-A expression is not only upregulated after retinal injury, but this upregulation is correlated to the amount of damage to the retina. Furthermore, neutralization of Nogo-A in knockout (KO) mice led to spontaneous recovery of visual functions that was faster and complete as compared to wild type (WT) animals after retinal injury. Moreover, retinal ganglion cells (RGCs) activity to the brain was improved when compared to WT animals after retinal injury. Cortical plasticity was also observed to be heightened in the Nogo-A KO mice as compared to WT animals as seen by the increase in the visual acuity of intact eyes of these mice. Remarkably, treatment with Nogo-A function-blocking antibody showed similar results in both visual function recovery and signal propagation to the brain. These improvements were sustained over a period of several weeks. We also show that Nogo-A affects the inflammatory reaction of the retina after injury, which could be implicated in the exacerbation of the injury. Blocking Nogo-A leads to a down-regulation of inflammatory molecules including, TNFα, which was sustained over several days, and could help in function recovery. We also show that Nogo-A expression is highly upregulated in human retinal tissue from donors suffering from diabetic retinopathy. Overall, our results show that Nogo-A is implicated in the pathophysiology of ocular diseases and that its neutralization, here using KO and function blocking antibody, can be a novel therapy not only for ocular diseases but could be relevant in the treatment of diseases that exhibit increase in inflammatory response.