[pt] A restauração geológica busca reverter processos geológicos, partindo de uma região com sua geometria atual para sua configuração original, prévia à deformação. A restauração geológica de seções transversais é um dos principais recursos da indústria de óleo e gás para auxiliar na interpretação e validação. Em geral, processos geológicos acontecem de forma tridimensional. No entanto, a restauração 3D é complexa e cara e não faz parte do fluxo de trabalho tradicional que preza por soluções rápidas e eficientes como a restauração de seções 2D. Este trabalho apresenta uma metodologia e o desenvolvimento de ferramentas para mapear o movimento tridimensional baseado na restauração de seções geológicas. Esta metodologia divide o problema em duas etapas. O primeiro passo mapeia o movimento das seções para as superfícies do modelo com o uso de um deformador de superfícies. Na sequência, o movimento das seções junto do movimento das superfícies mapeiam o movimento do volume, aqui discretizado em uma nuvem de pontos. A solução numérica do primeiro passo realiza a movimentação das superfícies considerando pontos de controle, restrições impostas pelo movimento das seções transversais em conjunto com a minimização da função tri-harmônica a fim de produzir superfícies de variação mínima. O segundo passo faz a movimentação do volume baseado em pontos de controle dados pela movimentação das seções adicionadas ao movimento das superfícies obtidas no primeiro passo. A base de desenvolvimento para estes estudos é o Sistema Recon-MS, um sistema computacional desenvolvido pela PETROBRAS em parceria com o Instituto Tecgraf/PUC-Rio, no qual, dentre outros recursos, permite a restauração de modelos geológicos, através de algoritmos geométricos e cinemáticos. / [en] Geological restoration aims to reverse geological processes, starting from a region with its current geometry to its original configuration, prior to deformation. The geological restoration of cross-section is one of the oil and gas industry s key capabilities to aid interpretation and validation. In general, geological processes occur in a three-dimensional way. However, 3D restoration is complex and expensive and not part of the traditional workflow that emphasizes fast and efficient solutions such as restoring 2D sections. This work presents a methodology and the development of tools to map the threedimensional movement based on the restoration of geological sections. This methodology divides the problem into two steps. The first step maps the movement of cross sections to model surfaces using a surface deformer. Next, the movement of the sections together with the movement of the surfaces map the movement of the volume, here discretized in a point cloud. The numerical solution of the first step performs the movement of surfaces considering control points, restrictions imposed by the movement of cross sections together with the minimization of the tri-harmonic function in order to produce surfaces with minimum variation. The second step is the movement of the volume based on control points given by the movement of the sections added to the movement of the surfaces obtained in the first step. The development basis for these studies is the Recon-MS System, a computational system developed by PETROBRAS in partnership with the Tecgraf/PUC-Rio Institute, which, among other resources, allows the restoration of geological models, through of geometric and kinematic algorithms.

Orientador: Mateus José Rodrigues Paranhos da Costa / Coorientador: Fernando Sebastián Baldi Rey / Coorientador: Lucia Galvão de Albuquerque / Banca: Maria Eugênia Zerlotti Mercadante / Banca: Roberto Carvalheiro / Resumo: Este trabalho foi desenvolvido com o objetivo de estudar a associação genética entre características indicadoras de temperamento e de precocidade sexual de fêmeas bovinas da raça Nelore. Foram utilizados dados de temperamento de 7.500 bovinos machos e fêmeas com 18 meses de idade (sobreano) das safras de 2008 e 2009 da Agropecuária Jacarezinho Ltda. (AJ). As características indicadoras de precocidade sexual das fêmeas foram obtidas a partir do arquivo zootécnico da fazenda, para animais nascidos entre os anos de 1984 e 2009. O temperamento foi avaliado durante o manejo de pesagem ao sobreano por meio do teste de movimentação na balança (MOV), atribuindo-se escores de 1 (nenhum movimento) a 5 (animal salta, elevando os membros superiores pelo menos 2,5 centímetros do solo), teste de velocidade de fuga (VF), com uso de um dispositivo de células fotoelétricas que registra o tempo (em segundos) para percorrer uma distância determinada ao sair do tronco de contenção após o manejo de pesagem e o escore de temperamento (ET) realizado pela AJ, atribuindo-se escores 1 (animal calmo) a 5 (animal muito reativo - comportamento agressivo ao observador). Como características indicadoras de precocidade sexual foram utilizadas: a idade ao primeiro parto, em dias (IPP) e a ocorrência de prenhez precoce (PRECO), característica binária, com escore 2 para as novilhas que pariram até 30 meses de idade e escore 1 para as que falharam. Para a estimação dos componentes de (co)variância e parâmetros genéticos para as características estudadas foi utilizada a Inferência Bayesiana. Para VF e IPP foi utilizado um modelo linear e para MOV, ET e PRECO um modelo não-linear (threshold). As estimativas de herdabilidade a posteriori para VF, MOV, ET, IPP e PRECO foram 0,27, 0,11, 0,16, 0,09 e 0,44, respectivamente. As correlações... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The aim of this study was to estimate genetic associations between temperament and female sexual precocity traits in Nellore beef cattle. The temperament was assessed for 7,500 male and female cattle, at 18 months of age (yearling) and born in 2008 and 2009, from the herd of Agropecuária Jacarezinho Ltda. (AJ). The female sexual precocity traits were obtained from the files of the farm for animals born between 1990 and 2009. Temperament was evaluated during the handling for weight determination using a movement score (MOV), assigning scores from 1 (no movement) to 5 (animal jumps, raising the forelegs at least 2.5 cm of the soil); the flight speed (VF), using an electronic device that records the speed at which the animals exit the crush (in m/s) and; temperament score (ET), already in use by AJ, assigning a score from 1 (animal calm) to 5 (animal very reactive - aggressive behavior toward the observer). The female sexual precocity traits used were: age at first calving, in days (IPP) and; occurrence of precocious pregnancy (PRECO), a binary trait in scores of 2 for heifers that calved until 30 months of age and, 1 for the heifers that failed. Bayesian Inference was used for estimation of (co)variance components and genetic parameters. For VF and IPP, a linear model was applied and for MOV, PRECO and ET, a threshold model. The heritability estimates for VF, MOV, ET, IPP and PRECO were 0.27, 0.11, 0.16, 0.09 and 0.44, respectively. The genetic correlations of IPP with VF (0.14), MOV (0.13) and ET (0.09) were all low, as well as for PRECO with VF (-0.19), MOV (-0.03) and ET (-0.03). Although low, all correlations were in a favorable direction, indicating that the temperament is positively associated with sexual precocity. These results suggest that to improve the beef cattle temperament and the sexual precocity, these traits... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Antonio Maria Garcia Tommaselli / Banca: Roberto da Silva Ruy / Banca: Mauricio Galo / Resumo: A integração de plataformas aéreas e terrestres representa uma solução promissora para diversas aplicações de mapeamento, como projetos rodoviários e ferroviários. Estes sistemas possuem características complementares que permitem a visualização de um objeto na superfície a partir de diferentes perspectivas, além de, quando combinados, minimizarem limitações presentes na utilização individual dos mesmos, como o alcance da região imageada (caso terrestre) e o nível de detalhe dos dados adquiridos (caso aéreo). O problema ao integrar estes sistemas está no estabelecimento de correspondência entre as imagens. A aquisição a partir de diferentes perspectivas gera imagens com geometrias muito diferentes, dificultando o processo de correspondência, de modo que os métodos existentes não consigam solucionar o problema de maneira satisfatória. Com esta motivação, o presente trabalho propõe uma metodologia para o estabelecimento de correspondência entre imagens aéreas e terrestres, baseada na alteração prévia da geometria destas imagens, sendo necessário o conhecimento da orientação das mesmas e de um Modelo Digital do Terreno (MDT). A metodologia parte de pontos bem definidos, identificados na imagem aérea, que são projetados para o terreno e então para a imagem terrestre, definindo origens para os recortes que serão projetados e, posteriormente, submetidos à busca por correspondência. O trabalho apresenta uma revisão do estado da arte no que diz respeito a soluções para o problema de ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The integration of aerial and terrestrial platforms represents a promising solution for several mapping applications. These systems have complementary features that allow the visualization of an object on the surface from several perspectives, and, when combined, minimize existing limitations in each individual system, such as the range of the imaged region (terrestrial case) and the level of detail of the acquired data (aerial case). When integrating these systems, the main problem that arises is related to the establishment of corresponding images. The acquisition from different perspectives generates images with very different geometries, hampering the matching process, so that the existing methods cannot solve the problem satisfactorily. With this motivation, the present work proposes a methodology for the establishment of correspondences between aerial and terrestrial images, based on the previous alteration of the geometry of these images, being necessary the knowledge of their orientation and of a Digital Terrain Model (DTM). The methodology starts with well-defined points, identified in the aerial image, that are projected to the terrain and then to the terrestrial image, defining origins for the cutouts that will be projected and later submitted to the correspondence search. The work presents a review of the state of the art regarding solutions of the correspondence between aerial and terrestrial images problem, as well as verifies the performance of existing methods... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Este trabalho teve como objetivo explorar a variabilidade espacial do índice de cone, através de análises geoestatísticas, e correlacioná-la com mapas de produtividade. Duas áreas com sistema de semeadura direta foram utilizadas no experimento, uma no município de Pirassununga, SP, e a outra no município de Castro, PR. Mapas do índice de cone das profundidades de 0,10; 0,15; 0,20; 0,25; 0,30; 0,35 e 0,40 m foram gerados e correlacionados com mapas de produtividade. Para tanto, foi utilizado um penetrômetro de cone hidráulico-eletrônico, posicionado por DGPS (Sistema de Posicionamento Global Diferencial), com correção diferencial em tempo real via satélite, sendo as informações processadas por um programa de Sistema de Informação Geográfica (SIG). Todas as profundidades analisadas apresentaram estrutura de dependência espacial nas duas áreas. Observou-se o efeito do teor de água do solo sobre o índice de cone. A análise de regressão entre as produtividades e o índice de cone apresentou baixos coeficientes de determinação. Na área de Castro houve tendência de redução da produtividade do milho e da soja com o aumento do índice de cone em todas as profundidades. Os mapas do índice de cone do solo, gerados através do sistema penetrômetro de cone hidráulico-eletrônico, GPS, SIG e programas computacionais geoestatísticos, mostraram a variabilidade do índice de cone existente entre as regiões representadas pelos diversos pontos amostrais levantados. / The objective of this work was to explore the spatial variability of cone index using geostatistical analysis and to correlate it with yield maps. The work was carried out in two areas located in Pirassununga, SP, and in Castro, PR. Cone index maps of the depths 0,10; 0,15; 0,20; 0,25; 0,30; 0,35 and 0,40 m were developed and correlated with yield maps. A hydraulic-electronic cone penetrometer was used, linked to a OGPS (Deferential Global Positioning System) satellite real-time corrected, with the data controlled by a GIS (Geographic Information System). All depths showed spatial structure in both areas. Water content of the soil affected the cone index. The regression analysis between yield and cone index showed low determination coefficients, there was a tendency of yield loss on com and soybeans as the cone index increased in ali depths at the Castro area. The cone index maps of the soil, developed by hydraulic-electronic cone penetrometer, GPS, GIS and geostatistic software, showed the different plots of the regions.

Caracteres complexos são aqueles determinados por muitos genes e que apresentam variação contínua. Em uma população, a variação herdável dos caracteres complexos não é independente, e pares de caracteres podem ser mais ou menos correlacionados entre si. O nível e o padrão da associação entre caracteres determina como o fenótipo da população se comporta perante os processos evolutivos. A associação entre caracteres pode tanto facilitar a evolução em algumas direções do espaço fenotípico quanto restringir a evolução em outras, pois caracteres mais associados entre si tendem a evoluir de forma conjunta. O padrão de associação entre caracteres pode ser representado pela matriz de covariância genética aditiva, que descreve o padrão variacional resultante da interação do mapa genótipo-fenótipo e de todos os processos de desenvolvimento que levam desde a informação contida no material genético até o indivíduo. Tanto o mapa genótipo-fenótipo quanto o padrão de covariação genético também apresentam variação herdável, e portanto podem ser alterados pelos processos evolutivos e mudar entre gerações. Esse processo estabelece uma interação de mão dupla entre evolução e covariação, na qual a covariação afeta o resultado dos processos evolutivos e os processos evolutivos afetam a covariação. Nesta tese, nós exploramos como os efeitos genéticos interagem para formar o padrão de covariação, e como esses efeitos e covariação evoluem sob seleção natural. Para isso, nós trabalhamos com três populações experimentais de camundongos que foram sujeitas a regimes de seleção artificial e, utilizando diferentes tipos de caracteres, procuramos entender como a covariação se estabelece e como ela é afetada pela seleção. No primeiro experimento, estudamos o padrão de covariação de caracteres cranianos em linhagens selecionadas para aumento e diminuição do tamanho corporal, e observamos que a seleção para tamanho altera os caracteres do crânio e a covariação entre eles. A seleção direcional diminui a variação total do crânio, mas também aumenta a proporção de variação na direção de seleção, potencialmente facilitando uma nova resposta seletiva na mesma direção. Esse resultado implica que a variação presente em uma população pode ser moldada pela sua história evolutiva de forma adaptativa. No segundo experimento utilizamos uma população intercruzada, criada a partir linhagens selecionadas para aumento e diminuição do tamanho corporal, para identificar regiões genômicas envolvidas na determinação da curva de crescimento. Utilizando estimativas dos efeitos genotípicos nos fenótipos de crescimento, nós pudemos prever os fenótipos das linhagens ancestrais utilizando apenas informação da população intercruzada, e também construir estimativas de qual seria a covariação entre os caracteres de crescimento para cada tipo de efeito genético. Além disso, relacionamos a distribuição dos efeitos genéticos com a história evolutiva da população, mostrando que tanto a seleção quanto restrições internas do desenvolvimento interagem para determinar a distribuição de efeitos genéticos e, portanto, a covariação. No terceiro experimento, utilizamos seis linhagens de camundongos, que haviam sido selecionadas para alterações na curva de crescimento, para formar uma população intercruzada. Essa população apresentava uma enorme variação na sua curva de crescimento, e, utilizando técnicas de mapeamento genético, nós identificamos regiões genômicas envolvidas na determinação dessa variação fenotípica. Também desenvolvemos, para criar uma expectativa para a distribuição de efeitos genéticos nessa população, um modelo de simulação computacional da evolução dos efeitos genotípicos sob seleção. Os efeitos genéticos na população intercruzada apresentam um padrão mais complexo que o das simulações, e encontramos uma combinação de efeitos genéticos com padrões diferentes que interagem para gerar a covariação genética presente na população. Por fim, apresentamos uma revisão sobre a evolução da covariação genética e discutimos as consequências macroevolutivas das questões abordadas nos outros capítulos / Complex traits are defined as traits that are determined by many genes and that show continuous variation. In a population, the heritable variation of complex traits is not independent, and pairs of traits might be more or less correlated. The level and pattern of the association between traits determine how the phenotype of the population behaves when faced with evolutionary forces, like natural selection and genetic drift. The association between traits can both facilitate evolutionary change in some directions of the phenotype space and hinder change in other directions because tightly associated traits tend to evolve together. The pattern of association among traits can be represented by the additive genetic covariance matrix. This matrix describes the variational pattern that is the result of the interplay between the genotype-phenotype map and development, which together lead from the genetic information to the formation of the individual. Both the genotype-phenotype map and the genetic covariation also show heritable variation, and so are able to evolve and change between generations. This process establishes a feedback between evolution and covariation, in which covariation affects the outcome of the evolutionary process and is also shaped by evolution. In this thesis, we explore how genetic effects interact to create patterns of covariation, and how these effects and covariation change under natural selection. In order to do this, we use three experimental mice populations that were subjected to artificial selection regimes, and, using several types of complex traits, we study how covariation is established and how it evolves. In the first experiment, we use the covariation pattern of cranial traits measured in mice strains selected for the increase and decrease of body size. In these strains, we see that size selection altered the means of the cranial traits and the covariation between them. Directional selection reduces the total amount of genetic information, but in a non-uniform way. Some directions in phenotype space lose more variation than others, and, counter-intuitively, the direction of selection loses less variation. This leads to an increase in the proportion of variation that is in the direction of selection, potentially facilitating future evolutionary change in the same direction. This result shows that the covariation pattern in a population is shaped by its evolutionary history and can be adaptive. In the second experiment, we use an intercross population, created with two inbred mouse strains that were selected for increase and decrease in weight, to identify genomic regions involved in determining the growth curve of the individuals. Using estimates of the genetic effects on the growth traits, we were able to predict the phenotypes of the ancestral strains using only information from the intercross. We were also able to partition the genetic covariation into the contributions due to different types of genetic effects. We interpret the distribution of genetic effects in light of the evolutionary history of the population and show that the distribution of genetic effects, and of genetic covariation, is a consequence of the interaction between selection and development. In the third experiment, we create an intercross using six inbred mice strains that had been selected for different changes in their growth curve. This intercross shows large variation in growth curves, and, using genetic mapping techniques, we identify genomic regions involved in producing this phenotypic variation. To create an expectation for the distribution of genetic effects in this population, we develop a computer simulation model for the evolution of genetic effects under directional selection. The genetic effects in the population are more complex than in the simulation model, and we find that the genetic covariation between growth traits is created by the interaction among several different kinds of genetic effects. Finally, we present a review on the evolution of genetic covariation and discuss the macroevolutionary consequences of the themes we explore in the other chapters

Orientador: Célia Regina Lopes Zimback / Coorientador: Paulo Milton Barbosa Landim / Coorientador: Amílcar Oliveira Soares / Banca: Rodrigo Lilla Manzione / Banca: Ednaldo Carvalho Guimarães / Banca: Luiz Gustavo Frediani Lessa / Banca: Maria Helena Moraes / Resumo: Os métodos convencionais de levantamento e classificação de solos são demorados, tem alto custo, com limites abruptos entre as unidades de mapeamento. Além disso, não são adequados para a aplicação da agricultura de precisão, pois a dependência espacial dos atributos do solo não é considerada. Dentro desse contexto, o presente trabalho teve por objetivos: analisar e mapear os atributos dos solos pela análise espacial univariada (simulação geoestatística) e multivariada (escalonamento multidimensional), anteriormente classificados por unidade de mapeamento e verificar a sensibilidade de cada atributo utilizado na definição dos grupos de solo. O estudo foi realizado na Fazenda Experimental Edgardia com área de 1200,32 ha, localizada no Município de Botucatu, Estado de São Paulo, e pertencente à Faculdade de Ciências Agronômicas/UNESP. Os dados de solos (atributos físicos e químicos) analisados foram adquiridos do mapa semidetalhado de solos elaborado por Carvalho et al. (1991). A malha amostral foi composta por 90 pontos (25 trincheiras e 65 tradagens). Neste estudo foi desenvolvido um método de classificação de solos com base nas propriedades do solo e sua continuidade espacial. Foram utilizados o método geoestatístico da simulação estocástica para o mapeamento de propriedades do solo e a análise multivariada do escalonamento multidimensional/MDS para identificar grupos de solos. Também, foi realizada análise de sensibilidade de como cada atributo diagnóstico controla esses grupos de solos. Na área de estudo foi verificado que há uma maior ocorrência de solo pouco desenvolvido, com horizonte B ou C com acúmulo de argila, eutrófico, de cor bruno e argiloso. A aplicação da simulação sequencial e escalonamento multidimensional permitiu identificar os grupos de solos e agrupou os atributos diagnósticos em oito grupos com características diferentes, demonstrando... / Abstract: Conventional methods of survey and soil classification are time consuming, are costly, with sharp boundaries between the mapping units. Also, they not suitable for precision agriculture application, because of the spatial dependence of soil properties is not properly considered. Within this context, this study aimed to: analyze and mapping soil attributes by univariate (geostatistical simulation) and multivariate (multidimensional scaling) analysis, previously classified by mapping unit and check the sensitivity of each attribute used in the definition of classes soil. The study was conducted at the Experimental Farm Edgardia, with an area of 1200.32 ha located in Botucatu, State of São Paulo, belonging to the Faculdade de Ciências Agronômicas/UNESP. The soil data (physical and chemical attributes) here analyzed was collected during the preparation of a semi-detailed soil map prepared by Carvalho et al. (1991). The sampling consisted of 90 points (25 trenches and 65 augers). This study developed a method of classification of soil based on soil properties and their spatial continuity. We used stochastic geostatistical simulation for mapping soil properties and multidimensional scaling (MDS) to identify soils classes. In addition, we performed a sensitivity analysis of how each diagnosed attribute controls these groups of soils. In the study area it was found that there is a higher occurrence of undeveloped soil, with textural B horizon or C, eutrophic, brown color and clay. The application of sequential simulation and MDS identified soil classes and grouped attributes into eight diagnostic groups with different characteristics, demonstrating the potential of this methodology for soils mapping. The sensitivity analysis showed that soils of groups 1, 2, 3 and 5 are less likely to be incorrectly classified than soil of groups ... / Doutor

Orientador: Maria Elisabete Jorge Amaral / Banca: Herminone Elly Melara de Campos Bicudo / Banca: Luciana Correia de Almeida Regitano / Banca: Eliana Morielle Versute / Banca: Artur Luiza da Costa da Silva / Resumo: O cromossomo 1 do genoma bubalino (BBU1), o maior cromossomo do cariótipo do búfalo de rio, é um cromossomo submetacêntrico que possui homologia com os cromossomos 1 e 27 do genoma bovino. Neste trabalho, apresentamos o primeiro mapa RH para este cromossomo, construído por meio da utilização de um painel de células somáticas híbridas irradiadas búfalo-roedor, denominado BBURH5000. O mapa consistiu em 69 marcadores derivados dos cromossomos bovinos BTA1 e BTA27, incluindo 48 genes codificantes, 17 microssatélites e quatro ESTs distribuídos em dois grupos de ligação. A freqüência de retenção observada entre os marcadores variou de 17.8% a 52.2%. A ordem dos marcadores dentro dos grupos de ligação foi, em sua maioria, idêntica a ordem encontrada nos mapas RH e de seqüência do genoma bovino. A análise comparativa do mapa RH obtido para BBU1 com o genoma humano revelou oito blocos homólogos de sintenia entre BBU1 e segmentos correspondentes dos cromossomos humanos 3, 4, 8 e 21, sendo a maioria deles rearranjados quanto à ordem dos genes e orientação dos blocos. Os blocos de sintenia também foram comparados com os genomas de outras espécies de mamíferos, como boi, chimpanzé, cachorro e cavalo. Considerando a inexistência de mapas de ligação para o búfalo de rio, o mapa RH obtido neste estudo fornece dados essenciais para os estudos comparativos deste cromossomo com qualquer outra espécie de mamífero. / Abstract: The largest chromosome in the river buffalo karyotype, BBU1, is a submetacentric chromosome with reported homology between BBU1q and bovine chromosome 1 and between BBU1p and BTA27. We present the first radiation hybrid map of this chromosome containing 69 cattle derived markers including 48 coding genes, 17 microsatellites and four ESTs distributed in two linkage groups. The RH map was constructed based on the analysis of a recently developed river buffalo-hamster whole genome radiation hybrid panel (BBURH5000). The retention frequency of individual markers across the panel ranged from 17.8% to 52.2%. With few exceptions, the order of markers within linkage groups is identical to the order established for corresponding cattle sequence and RH maps. Comparative analysis between BBU1-RH5000 and the human genome revealed eight homologous synteny blocks corresponding to HSA3q, HSA4q, HSA8p and HSA21q. Most of the blocks showed rearrangements in the gene order and in the orientation of the synteny blocks. The synteny blocks were also compared with other mammalian genomes, such as bovine, chimpanzee, dog and horse. Considering that a genetic linkage map does not exist for river buffalo, the radiation hybrid map generated in this study provides valuable data for comparative mapping of BBU1 chromosome. / Doutor

Resumo: O cromossomo X apresenta conteúdo conservado entre as diferentes espécies de mamíferos. No de búfalo de rio (Bubalus bubalis), espécie que vem ganhando interesse econômico no Brasil e no mundo, sua morfologia é acrocêntrica. No presente trabalho, apresentamos o primeiro mapa RH do cromossomo X bubalino gerado a partir do recentemente construído painel de células híbridas irradiadas búfalo-roedor (BBURH5000). Este mapa contém um total de 33 marcadores derivados de bovino, incluindo dez genes, quatro ESTs e 19 microssatélites. Estes marcadores estão distribuídos em dois grupos de ligação: LG1 com oito marcadores e abrangendo 125.6 cR, e o LG2 com 25 marcadores abrangendo 366.3 cR. As freqüências de retenção (FR) dos marcadores variaram de 7,8% para o gene UREB1 a 28,9% para os microssatélites MAF45 e INRA30. O BBUXRH5000 foi comparado ao mapa de seqüência e mapa RH3000 do cromossomo X bovino evidenciando alguns poucos rearranjos entre as duas espécies, e alguns prováveis erros de mapeamento em uma das duas espécies quando comparado com BTAX build 3.1 bovino. A utilização de primers derivados de boi para mapeamento em búfalo foi realizada com êxito, e a distribuição dos marcadores ao longo do X considerada satisfatória, culminando em uma cobertura adequada para os primeiros esforços de mapeamento deste cromossomo. Análises comparativas do BBUX com o cromossomo X de outras espécies de mamíferos (humano, camundongo, ovelha, cavalo e cachorro) foram realizadas, revelando grande conservação de sintenia deste cromossomo na classe mamífera e, extensa conservação da ordem gênica entre búfalo e ovelha e búfalo e boi. O BBUXRH5000 aqui apresentado é um ponto de partida para a construção de mapas de alta resolução, necessários para caracterização de rearranjos que ocorreram durante a evolução e futuros estudos com o objetivo de dissecar características genéticas de interesse econômico. / Abstract: The X chromosome shows conserved content among different mammalian species. In river buffalo (Bubalus bubalis), a brazilian and worldwide economic important specie, the X chromosome morphology is acrocentric. Here we report the first radiation hybrid map of the river buffalo X chromosome generated from a recently constructed river buffalo (Bubalus bubalis) whole-genome radiation hybrid panel (BBURH5000). This map contains a total of 33 cattle-derived markers, including ten genes, four ESTs and 19 microsatellites. The markers are distributed in two linkage groups: LG1 contains eight markers spanning 125.6 cR, and LG2 contains 25 markers spanning 366.3 cR. The retention frequency (RF) of individual markers across the panel ranged from 7.8% to the gene UREB1 and 28,9 to the microsatellites MAF45 and INRA30. The BBUXRH5000 was compared with the bovine sequence assembly (build 3.1) and RH3000 bovine X chromosome maps and showed few rearrangements between these species, and possible mapping errors in one of the two species when compared with BTAX build 3.1. The use of cattle-derived primers using carried out successfully and the markers distribution along the chromosome was satisfactory, resulting in adequate coverage for a first mapping effort of this chromosome. Comparative analysis between BBUX and X chromosome from other mammalian species (human, hamster, sheep, horse and dog) were carried out showed extensive sinteny conservation of the X chromosome in the Mammalian Class, and gene order conservation between river buffalo and sheep and river buffalo and cattle. The BBUXRH5000 here presented is the start-pointing for the construction of high-resolution map, which is necessary for characterization of rearrangements occurring during evolution and futures studies in order to dissect economically important traits. / Orientador: Claudia Regina Bonini Domingos / Coorientador: Mônica Regina Vendrame Amarante / Banca: Rosângela Hatori Rocha / Banca: Reinaldo Otávio Alves Alvarenga Brito / Banca: Hermione Elly Melara de Campos Bicudo / Banca: Mary Massumi Itoyama / Doutor

Orientador: Maria Elisabete Jorge Amaral / Coorientador: Nedenia Bonvino Stafuzza / Banca: Vera Fernanda Martins Hossepian de Lima / Banca: Luciane Madureira de Almeida / Resumo: No presente estudo, cinco novos genes codificantes de proteínas foram selecionados para o mapeamento do cromossomo 6 bubalino (BBU6). Os novos genes (muc1, ppp1r7, psmd4, tshb e gtf2b) foram testados com a tecnologia de PCR resultando em produtos de PCR adequados ao mapeamento utilizando-se um painel de células somáticas híbridas irradiadas, denominado BBURH5000. Os resultados obtidos mostraram uma freqüência de retenção (FR) do produto de PCR de cada gene nas diferentes linhagens do painel com variação de 13,3% (gtf2b) a 26,6% (psmd4). A análise comparativa entre os mapas RH do BBU6 e a sequência do cromossomo 3 bovino permitiu indicar a localização dos novos genes no cromossomo 6 bubalino / Abstract: In this study, five new protein coding genes were select for mapping buffalo chromosome 6. The new genes (muc1, ppp1r7, psmd4, tshb and gtf2b) were tested using PCR technology resulting in PCR products suitable for mapping using a radiation hybrid panel (BBURH5000). The retention frequency of the PCR products in each hybrid cell line of the panel showed the percentage from 13,3% (gtf2b) to 26,6% (psmd4). Comparative analysis between the buffalo chromosome 6 RH map and the sequence from bovine chromosome 3 allowed to assign the location of the new genes on buffalo chromosome 6 / Mestre

Orientador: Danísio Prado Munari / Coorientador: Mônica Corrêa Ledur / Banca: João Ademir de Oliveira / Banca: Sandra Aidar de Queiroz / Banca: Nedenia Bonvino Stafuzza / Banca: Jane de Oliveira Peixoto / Resumo: Neste estudo os objetivos foram estimar parâmetros genéticos e mapear loci associados a características ósseas e peso vivo aos 42 dias de idade (PV42) em Gallus gallus. Estas aves foram oriundas de uma população F2 resultante do cruzamento de uma linhagem de corte e outra de postura, mantidas pela Embrapa Suínos e Aves. Foram estimados parâmetros genéticos e identificados QTLs (loci de características quantitativas) para comprimento, largura e peso da tíbia e PV42, visando a melhor compreensão da arquitetura genética das características estudadas. Os componentes de variância foram estimados pelo método da Máxima Verossimilhança Restrita sob modelo animal multicaracterística. O modelo geral incluiu os efeitos aleatórios genético aditivo direto e residual e o efeito fixo da interação sexo (2 níveis) e incubação (17 níveis), totalizando 34 grupos sexo-incubação. As estimativas de herdabilidade para comprimento, largura e peso da tíbia e PV42, foram, respectivamente, 0,23 ± 0,08, 0,34 ± 0,09, 0,24 ± 0,08 e 0,15 ± 0,05. As correlações genéticas foram positivas e variaram de 0,56 ± 0,18 (entre comprimento da tíbia e PV42) a 0,89 ± 0,06 (entre largura e peso da tíbia). Quando PV42 foi incluído no modelo como covariável para as características ósseas, as estimativas de correlação genética entre as características da tíbia diminuíram e variaram de 0,28 ± 0,23 (entre comprimento e largura da tíbia) a 0,80 ± 0,11 (entre largura e peso da tíbia). Concluiu-se que a seleção favorecendo o aumento no PV42 poderia aumentar também as medidas de comprimento, largura e peso da tíbia. No entanto, como a associação genética entre PV42 e as características estudadas não é máxima, isto poderia em parte justificar os problemas ósseos encontrados em linhagens de frangos de corte, cujo principal critério de seleção é o peso corporal. Para o mapeamento... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The objectives of this study were to estimate genetic parameters and to map loci associated with tibia characteristics and body weight at 42 days of age (BW42) in Gallus gallus. An F2 chicken population was developed by crossing a broiler sire line and a layer line maintained by Embrapa Swine and Poultry. To better understand the genetic architecture of tibia length, width and weight and BW42, genetic parameters were estimated and QTL (Quantitative Trait Loci) for these traits were evaluated. Variance components were estimated by Restricted Maximum Likelihood under multi-trait animal model. The general model included the random additive genetic and residual fixed effect of the interaction and sex (2 levels) and incubation (17 levels), totaling 34 groups sex-incubation. Heritability estimates for length, width and weight of the tibia and BW42 were, respectively, 0.23 ± 0.08, 0.34 ± 0.09, 0.24 ± 0.08 and 0.15 ± 0.05. Genetic correlations were positive and ranged from 0.56 ± 0.18 (between tibia length and PV42) to 0.89 ± 0.06 (between width and weight of the tibia). When BW42 was included as a covariate in the model for bone characteristics, estimates of genetic correlations between traits of the tibia decreased and ranged from 0.28 ± 0.23 (between tibia length and tibia width) to 0.80 ± 0.11 (between tibia width and tibia weight). The genetic correlation between tibia traits and PV42 are not maximum, this could in part explain the bone problems found in strains of broilers. QTLs were mapped using 127 microsatellite markers, which covered 2630.30 cM of chromosomes 1-15, 18, 19, 23, 24 and 26-28. The analysis model mapping included the fixed effect of incubation (17 levels), sex (2 levels) and family of mothers, who ranged in different chromosomes. Seventeen QTL were found on chromosomes 1, 2, 3, 4, 6, 10, 13 and 24. QTLs for width and weight of the tibia and BW42 were mapped... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor