Orientador: Fabio Porto-Foresti / Resumo: Múltiplos fatores antropogênicos têm causado grande interferência nos ecossistemas aquáticos continentais, entre eles estão os represamentos dos rios. As alterações causadas por essas construções afetam profundamente populações de peixes, podendo levar até mesmo a extinção das espécies que não apresentam adaptação às alterações provocadas nestes ecossistemas. Assim, ação como o repovoamento através do supportive breeding tem sido empregada a fim de manter populações naturais vulneráveis. Porém, no Brasil, poucos trabalhos de soltura de alevinos levam em conta características genéticas para a formação dos estoques de reprodutores. Além disso, poucos trabalhos de repovoamento se preocupam com a eficiência destes, não havendo monitoramento da diversidade genética dos indivíduos liberados pós-soltura. O presente estudo empregou loci microssatélites a fim de acessar a diversidade e estrutura genética de populações de Astyanax altiparanae em Pequenas Centrais Hidrelétricas (PCHs), no rio Sapucaí-Mirim de 2015 a 2017, onde ocorre soltura de alevinos desde 2011. Além disso, foi proposto o uso de marcadores microssatélites, como ferramentas para auxiliar na formação de banco de reprodutores e estimar o índice de recaptura de indivíduos provenientes de estoques de cultivo provenientes de repovoamentos em populações naturais. Os bancos de reprodutores analisados dos anos de 2015 e 2016 mostram que os indivíduos que compõem esse banco apresentam alta diversidade genética (A = 24, 35; AR ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Multiple anthropogenic factors have caused great interference in continental aquatic ecosystems, among them are the impoundments of the rivers. The changes caused by these constructions deeply affect fish populations and may lead to extinction of species that do not have adaptation to changes in these ecosystems. Thus, actions like the fish stocking through the supportive breeding have been employed in order to maintain vulnerable wild populations. However, in Brazil, few restocking programs take into account genetics characteristics for the foundation of breeding stocks. In addition, scarce studies are concerned with their efficiency, and there are not monitoring of the genetic diversity post release of the fingerlings. This work employed loci microsatellite aiming access the diversity and genetic structure of Astyanax lacustris populations in Small Hydroelectric Plants (SHP), in the Sapucaí-Mirim River from 2015 to 2017, where there are releases since 2011. Additionally, it was proposed the use of microsatellites markers as tool to assist in the foundation of breeders stocks and estimate the recapture rate of individuals from breeding of fish farm stocks. The breeders analyzed from the years 2015 and 2016 show that individual that make up this stock show high genetic diversity (A = 24.35; AR = 16.27; HE = 0.856), with values of index (Fis) ranging from 0.146 to 0.207 (P-value = 0.007). The stock of 2015 presented significant deviations from Hardy-Weinberg equilibrium for mo... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Submitted by Thaisa Yuriko Kuboyama Kubota null (thaisayuriko@yahoo.com.br) on 2017-03-28T17:23:06Z No. of bitstreams: 1 Thaisa Yuriko Kuboyama Kubota final.pdf: 3306542 bytes, checksum: 181c1290e3cfe55497289015bf4453c0 (MD5) / Approved for entry into archive by Luiz Galeffi (luizgaleffi@gmail.com) on 2017-03-29T20:58:34Z (GMT) No. of bitstreams: 1 kubota_tyk_dr_ilha.pdf: 3306542 bytes, checksum: 181c1290e3cfe55497289015bf4453c0 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-29T20:58:34Z (GMT). No. of bitstreams: 1 kubota_tyk_dr_ilha.pdf: 3306542 bytes, checksum: 181c1290e3cfe55497289015bf4453c0 (MD5) Previous issue date: 2017-02-03 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Cariniana estrellensis (Raddi) Kuntze (Lecythidaceae), popularmente conhecida como jequitibá-branco, é uma espécie arbórea tropical típica de estágios sucessionais avançados, característica de florestas clímax. Apesar da sua importância ecológica, a espécie encontra-se ameaçada de extinção, principalmente devido à intensa exploração e degradação de seu ambiente natural. O objetivo deste trabalho foi investigar a diversidade genética, a estrutura genética espacial intrapopulacional (EGE), o sistema de cruzamento e o fluxo gênico contemporâneo de uma população de C. estrellensis, localizada em um fragmento florestal (448,2 ha) na cidade de Bataguassu (Estado do Mato Grosso do Sul, Brasil), utilizando marcadores microssatélites. Foram mapeadas, medidas (altura e diâmetro a altura do peito) e genotipadas todas as 285 árvores adultas encontradas na área e coletadas sementes de 20 árvores matrizes, 32 sementes por árvore para as análises de forma hierárquica dentro e entre frutos. Utilizando os genótipos de adultos e progênies foram investigadas a herança Mendeliana, ligação genética e o desequilíbrio genotípico de nove locos de C. estrellensis, os quais exibiram herança Mendeliana, não estão ligados e segregam de forma independente. Embora a riqueza alélica ( ), heterozigozidade observada ( ) e esperada ( ) foram similares entre adultos ( = 8,3, = 0,648, = 0,686) e sementes ( = 7,8, = 0,640, = 0,682), estes índices foram significativamente menores nas sementes. O índice fixação médio ( ) não foi significativamente maior do que zero, sugerindo ausência de endogamia nos adultos e nas sementes. A taxa de cruzamento multilocos ( ) foi significativamente menor que a unidade (1,0), sugerindo autofecundações. A taxa de cruzamento entre indivíduos parentes ( ) foi significativamente maior do que zero (0,062) e a correlação de paternidade foi maior dentro ( = 0,835) do que entre frutos ( = 0,062). O coeficiente médio de coancestria ( ) foi maior e o tamanho efetivo ( ) foi menor do que o esperado para progênies de populações panmíticas. O número estimado de árvores matrizes para a coleta de sementes para obter um tamanho efetivo de 150 foi de 52. A taxa de imigração de pólen foi de 9,4%. O raio efetivo de dispersão de pólen ( ) foi de 974 m. A análise de modelagem de dispersão de pólen de Kernel indicou o modelo de dispersão exponencial como o que melhor explica a dispersão de pólen, com média de dispersão de pólen de 610,9 m. Portanto, a população de C. estrellensis não está reprodutivamente isolada devido à dispersão de pólen a longas distâncias e apresenta grande potencial para fins de conservação genética in situ e ex situ. / Cariniana estrellensis (Raddi) Kuntze (Lecythidaceae), popularly known as jequitibá-branco, is a tropical tree species typical of advanced successional stages, characteristic of climax forests. Although it ecological importance, the species is threatened with extinction, mainly due to the intense exploitation and degradation of its natural environment. The objective of this study was to investigate the genetic diversity, intrapopulation spatial genetic structure (SGS), the mating system and contemporary gene flow of a population of C. estrellensis, located in a forest fragment (448.2 ha) in the city of Bataguassu (State of Mato Grosso do Sul, Brazil), using microsatellite markers. Were mapped, measured (height and diameter at breast height) and genotyped all 285 adult trees found in the area and collected seeds from 20 matrices trees, 32 seeds per tree for the hierarchical analyses within and among fruits. Using the genotypes of adults and progenies were investigated Mendelian inheritance, genetic linkage and genotypic disequilibrium of nine loci of C. estrellensis, which exhibited Mendelian inheritance, are not linkaged and segregate independently. Although the allelic richness ( R ), observed heterozygosity ( Ho ) and expected ( He ) were similar among adults ( R = 8.3, Ho = 0.648, He = 0.686) and seeds ( R = 7.8, Ho = 0.640, He = 0.682), these indexes were significantly lower in the seeds. The average fixation index ( F ) was not significantly greater than zero, suggesting absence of inbreeding in adults and seeds. The rate of multilocus outcrossing ( m t ) was significantly less than unit (1.0), suggesting selfing. The outcrossing rate between related individuals ( m s t  t ) was significantly greater than zero (0.062) and the paternity correlation was higher within ( p(w) r = 0.835) than that among fruits ( p(a) r = 0,062). The average coefficient of coancestry (  ) was higher and the effective size ( Ne ) lower than expected for progenies of panmitic populations. The estimated number of matrices trees to collect seeds to obtain the effective size of 150 was of 52. The immigration rate of pollen was 9.4%. The effective radius of pollen dispersal ( ep r ) was of 974 m. The analysis of Kernel pollen dispersion modeling indicated the exponential dispersion model as the best explanation for pollen dispersion, with a pollen dispersion average of 610.9 m. Therefore, the population of C. estrellensis is not reproductively isolated due to the dispersion of pollen over long distances and presents great potential for in situ and ex situ genetic conservation purposes. / FAPESP: 2014/02675-8

Orientador: Alexandre Magno Sebbenn / Resumo: Cariniana estrellensis (Raddi) Kuntze (Lecythidaceae), popularmente conhecida como jequitibá-branco, é uma espécie arbórea tropical típica de estágios sucessionais avançados, característica de florestas clímax. Apesar da sua importância ecológica, a espécie encontra-se ameaçada de extinção, principalmente devido à intensa exploração e degradação de seu ambiente natural. O objetivo deste trabalho foi investigar a diversidade genética, a estrutura genética espacial intrapopulacional (EGE), o sistema de cruzamento e o fluxo gênico contemporâneo de uma população de C. estrellensis, localizada em um fragmento florestal (448,2 ha) na cidade de Bataguassu (Estado do Mato Grosso do Sul, Brasil), utilizando marcadores microssatélites. Foram mapeadas, medidas (altura e diâmetro a altura do peito) e genotipadas todas as 285 árvores adultas encontradas na área e coletadas sementes de 20 árvores matrizes, 32 sementes por árvore para as análises de forma hierárquica dentro e entre frutos. Utilizando os genótipos de adultos e progênies foram investigadas a herança Mendeliana, ligação genética e o desequilíbrio genotípico de nove locos de C. estrellensis, os quais exibiram herança Mendeliana, não estão ligados e segregam de forma independente. Embora a riqueza alélica ( ), heterozigozidade observada ( ) e esperada ( ) foram similares entre adultos ( = 8,3, = 0,648, = 0,686) e sementes ( = 7,8, = 0,640, = 0,682), estes índices foram significativamente menores nas sementes. O índice fixaçã... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Doutor

O objetivo do presente projeto foi caracterizar a diversidade genética de 63 acessos de urucum (Bixa orellana), mantidos no Banco de Germoplasma do Instituto Agronômico (IAC), a partir da utilização de marcadores microssatélites. Para tanto foram desenvolvidos locos microssatélites para a espécie por meio de uma biblioteca genômica enriquecida. A partir da biblioteca genômica desenvolvida foram obtidas e sequenciadas um total de 84 colônias. Deste total, foram encontrados microssatélites em 57 colônias, o que representa 67,9% de enriquecimento. Foram identificados 70 microssatélites, sendo que destes, foram desenhados e selecionados um total de 31 iniciadores. Dentre estes, 25 iniciadores apresentaram produtos de amplificação, sendo 15 (60%) monomórficos para o grupo de indivíduos estudados. A caracterização dos acessos presentes no germoplasma de urucum, com os 10 iniciadores polimórficos permitiu identificar 38 alelos polimórficos, variando de 2 a 6 alelos por loco, obtendo-se uma média de 3,8 alelos por loco. Os valores de heterozigosidade esperada (He) variaram de 0,464 a 0,765, com média de 0,572. Por outro lado, a heterosigozidade observada (Ho) variou de 0 a 0,744, com média de 0,362. A partir dos índices de fixação de Wright foi possível inferir a taxa aparente de cruzamento, que neste caso foi de 0,39. Os valores de PIC observados neste estudo variaram de 0,359 a 0,725, com média de 0,497. Os marcadores BorB4, BorG3, BorC12, BorG4, BorA2 e BorF5_2 demonstraram ser moderadamente informativos enquanto os iniciadores BorB10, BorB12, BorF1 e BorE7 foram considerados marcadores altamente informativos. A análise de agrupamento para os genótipos avaliados apresentou estruturação em dois grandes grupos, um com acessos da região Norte e outro com os acessos da região Sudeste. Os valores das distâncias de Rogers modificada estimados a partir dos marcadores SSR, variaram de 0 a 0,968, podendo ser identificadas apenas duas duplicatas. O coeficiente de correlação de Pearson (r) entre as distancias genéticas e geográficas obtido com o teste de Mantel foi baixo (r = 0,367), embora significativo (P<0,01). A partir da análise bayesiana realizada pelo software Structure, o conjunto de acessos foi dividido em dois grupos, que coincidiram com os grupos obtidos na análise de agrupamento, demonstrando a consistência dos dados obtidos. Foi possível identificar que o grupo de acessos do Grupo 2 (região Norte) apresenta índices de diversidade superiores ao Grupo 1 (região Sudeste). Os valores médios obtidos de FST (0,183) e GST\' (0,194) indicam a existência de estruturação na amostra total e corrobora os resultados obtidos pela análise de agrupamento, e também com os dados obtidos pela análise de estruturação com o software Structure. Os valores médios de FIT (0,483) e HT\' (0.632) demonstraram a elevada diversidade genética no conjunto de acessos estudado. O fato de que os valores de FIS e GIS sejam maiores do que os valores de FST e GST para praticamente todos os locos, indicam a existência de maior diversidade dentro de cada grupo de acessos do que entre os grupos. A manutenção do banco ativo de germoplasma de urucum possibilita a preservação do patrimônio genético e pode fornecer matéria prima para as atividades de melhoramento e fomento da cadeia produtiva da cultura. / The aim of this project was to characterize the genetic diversity of 63 accessions of annatto (Bixa orellana), maintained at the Germplasm Bank of the Agronomic Institute (IAC), using microsatellite markers. For that purpose, microsatellite loci have been developed for this species through an enriched DNA genomic library. From the genomic library developed a total of 84 colonies were obtained and sequenced. Microsatellites were found in 57 colonies, representing 67.9% of enrichment. Seventy microsatellites were identified and, from those, a total of 31 primers were selected. Among these, 25 primers showed amplification products and 15 (60%) were monomorphic for the group of accessions studied. The germplasm accessions characterization with the 10 polymorphic primers showed 38 polymorphic alleles, ranging from 2 to 6 alleles per locus, yielding an average of 3.8 alleles per locus. Values of expected heterozygosity (He) ranged from 0.464 to 0.765, averaging 0.572. Moreover, the observed heterozygosity (Ho) ranged from 0 to 0.744, averaging 0.362. From the Wright\'s fixation index, it was possible to infer the apparent outcrossing rate, which in this case was 0.39. The PIC values observed in this study ranged from 0.359 to 0.725, averaging 0.497. The markers BorB4, BorG3, BorC12, BorG4, and BorA2 BorF5_2 were shown to be moderately informative, and the primers BorB10, BorB12, BorF1 BorE7 were considered highly informative markers. The cluster analysis for the genotypes showed structuring into two major groups, one with the accessions from the North and another with the accessions from the Southeast. The values of the modified Rogers distances estimated from the SSR markers ranged from 0 to 0.968, and only two duplicates were identified. The Pearson correlation coefficient (r) between genetic and geographic distances obtained with the Mantel test was low (r = 0.367), although significant (P <0.01). From the Bayesian analysis performed by the software Structure, the accessions were divided into two groups, which coincided with the groups obtained from the cluster analysis, demonstrating the consistency of the results obtained. It was possible to identify that the accessions in Group 2 (Northern region) present diversity indexes higher than Group 1 (Southeast). The average values of FST (0.183) and GST\' (0.194) indicate the existence of genetic structure in the total sample and confirms the results obtained in the cluster analysis, and also with the data obtained in the structure analysis using the software Structure. The average values of FIT (0.483) and HT\' (0.632) demonstrated the high genetic diversity among the accessions studied. The fact that the FIS and GIS values are higher than the values of FST and GST for almost all loci indicates that diversity is higher within each group than between groups of accessions. Maintaining the annatto germplasm bank enables the preservation of genetic resources and can provide material for breeding activities and improvements in the crop production chain.

Made available in DSpace on 2015-04-11T13:38:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Renata Maria Leite Castelloes Mesquita.pdf: 1252525 bytes, checksum: 9ec0087057f4329331531ec3014e3df7 (MD5) Previous issue date: 2012-09-28 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Brazil nuts are an important commercial product of northern Brazil, however this product has been rejected by the international market due to high levels of aflatoxin contamination. The fungus considered more important in the production of these mycotoxins is Aspergillus flavus. In order to provide data for the development of an efficient strategy for the detection of aflatoxigenic A. flavus, which will contribute greatly to the quality control of the Brazil nuts, this main scope of this work was to study the genetic diversity of the fungi A. flavus isolated from almonds produced by different regions of Amazon. For this we have used microsatellite markers (SSR) which have proven to be effective for the study of genetic diversity between individuals and populations. We have selected 100 isolates of Aspergillus sp., and species identification was performed by sequencing the rDNA ITS region. It was identified 32 Aspergillus nomius, 49 Aspergillus flavus, 16 Aspergillus tamarii and 1 Aspergillus fumigatus. In the study of genetic diversity was used 12 SSR markers developed specifically for the species A. flavus and selected from the literature. Two groups of isolates of A. flavus were formed according to the origin of Brazil nuts (Humaitá / AM and Acre), and a third group isolated from nuts previously acquired in trade fairs in Belém / PA were also included in the study, totaling 86 individuals. Ten of the twelve markers used were efficient in PCR amplification. According to the result all the 10 loci studied were polymorphic, and from the 86 individuals analyzed 118 alleles were identified ranging from 110-390 base pairs. The number of alleles per locus ranged from 8-16 with a mean of 11.7. The statistical mean value for genetic differentiation (Gst) was 0.099, which represents a low genetic variation between the groups. However, the genetic diversity within groups accounted for 85.9% of the total genetic diversity, indicating a greater variability within groups. The coefficient of similarity wasused to estimate the genetic distance between the 86 A. flavus, it ranged from 0.7 to 1.0 with an average of 0.96. The genetic distance was also calculated between populations and ranged from 0.562 to 0.7287. Thus it is concluded that the isolates showed high polymorphism among them, however a greater variability was found within the groups (85.5%), while diversity among the groups was only 14.5%. And according to the groups formed by genetic diversity analysis of A. flavus using SSRs markers, there was no correlation with the origin of the isolates / A Castanha-do-brasil é um importante produto comercial da região norte do Brasil, entretanto esta vem sofrendo embargos na exportação devido aos altos níveis de aflatoxinas presente em lotes comercializados. A espécie de fungo considerada mais importante na produção destas micotoxinas é o Aspergillus flavus. No intuito de fornecer subsídios para o desenvolvimento de uma estratégia eficiente para a detecção de A. flavus aflatoxigênicos, que irá contribuir extremamente para o controle da qualidade da Castanha-do-brasil, pretendeu-se neste trabalho estudar a diversidade genética de fungos A. flavus isolados de amêndoas provenientes de diferentes municípios do estado do Amazonas e Acre. Para isso foram utilizados marcadores moleculares microssatélites (SSR), os quais tem se mostrado eficientes no estudo de variabilidade genética entre indivíduos e entre populações. Foram selecionados 100 isolados do gênero Aspergillus, e para identificação da espécie foi realizado o sequenciamento e análise da região ITS do rDNA. Ao total foram identificados 32 Aspergillus nomius, 49 Aspergillus flavus, 16 Aspergillus tamarii e 1 Aspergillus fumigatus. No estudo da variabilidade genética foram utilizados 12 marcadores SSR selecionados da literatura desenvolvidos especificamente para a espécie de A. flavus. Dois grupos de isolados de A. flavus foram formados de acordo com a origem da castanha (Humaitá/AM e Acre), e um terceiro grupo previamente isolado de castanhas adquiridas em feiras na cidade de Belém/PA também foram incluídos no estudo, totalizando 86 indivíduos. Dez dos doze marcadores utilizados foram eficientes na amplificação da PCR. Com o resultado verificou-se que todos os 10 locus analisados foram polimórficos, e a partir dos 86 indivíduos analisados foram identificados 118 alelos com amplicons variando entre 110 a 390 pares de base. O número de alelos variou de 8-16 por locus, com a média de 11,7. Ao realizar a análise estatística o valor médio da diferenciação gênica (GST) foi de 0,099, representando uma baixa variação genética entre os grupos analisados. Já a diversidade gênica dentro dos grupos foi responsável por 85,9% da diversidade genética total, indicando maior variabilidade dentro dos grupos. O coeficiente de similaridade utilizado para calcular a distância genética entre os 86 isolados variou de 0,7 a 1,0 com uma média de 0,96. A distância genética também foi calculada entre as populações e variaram de 0,562 a 0,7287. Assim conclui-se que os isolados apresentaram grande polimorfismo entre eles, sendo que a maior variabilidade ocorreu dentro do grupo (85,5%), enquanto que a diversidade entre os grupos estudados foi de 14,5%. De acordo com os resultados obtidos os agrupamentos formados pela análise da variabilidade genética de A. flavus utilizando marcadores SSRs, não apresentou correlação com a origem dos isolados.

Submitted by MARCELA APARECIDA DE MORAES null (ma_apmoraes@yahoo.com.br) on 2016-03-14T18:12:59Z No. of bitstreams: 1 Tese_MarcelaMoraes_11-03-2016.pdf: 3817894 bytes, checksum: dc95b3a70da2ac90d7bed012881cfc8b (MD5) / Approved for entry into archive by Juliano Benedito Ferreira (julianoferreira@reitoria.unesp.br) on 2016-03-15T12:31:11Z (GMT) No. of bitstreams: 1 moraes_ma_dr_ilha.pdf: 3817894 bytes, checksum: dc95b3a70da2ac90d7bed012881cfc8b (MD5) / Made available in DSpace on 2016-03-15T12:31:11Z (GMT). No. of bitstreams: 1 moraes_ma_dr_ilha.pdf: 3817894 bytes, checksum: dc95b3a70da2ac90d7bed012881cfc8b (MD5) Previous issue date: 2016-02-05 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Os objetivos deste trabalho foram verificar o sistema de reprodução entre e dentro de frutos, a distância e padrões de fluxo de pólen, os níveis de endogamia e diversidade genética, a depressão por endogamia e a distribuição espacial de genótipos em duas populações de Hymenaea stigonocarpa: a primeira está presente em um fragmento e a segunda em árvores isoladas na pastagem. Para tanto, foram mapeadas e medidas todas as árvores adultas reprodutivas existentes nos dois locais. Foram coletadas sementes de 15 árvores matrizes no fragmento florestal e em 20 árvores matrizes isoladas na pastagem, sendo 30 sementes por árvore. Esta coleta propiciou a instalação de um teste de progênies na Fazenda de Ensino, Pesquisa e Extensão da FEIS/UNESP. Foram feitas a genotipagem de todas as árvores adultas de ambas as populações e de todas as progênies. Adicionalmente, dentro do fragmento foram também amostrados, mapeados e medida a altura de juvenis. As análises genéticas permitiram avaliar os efeitos da depressão por endogamia para altura e sobrevivência, e as análises dos genótipos foram feitas para seis locos microssatélites, já transferidos para a espécie. O estudo do sistema de reprodução foi baseado no modelo misto de reprodução e modelo de cruzamentos correlacionados. A análise de paternidade das sementes permitiu determinar a distância e o padrão de fluxo efetivo de pólen dentro das populações, bem como o fluxo gênico externo das áreas amostradas. A análise da distribuição espacial dos genótipos foi realizada para árvores adultas localizadas dentro dos fragmentos, utilizando-se estimativas do coeficiente de coancestria entre pares de indivíduos dentro de diferentes classes de distância, tornando-se possível estimar o tamanho efetivo de variância e, assim, estabelecer estratégias para a coleta de sementes. Os resultados permitiram entender o processo de reprodução que indica a presença marcante de progênies de irmãos-completos, formação da estrutura genética espacial, vizinhança genética reprodutiva e depressão por endogamia na geração descendente proveniente de ambas as populações de H. stigonocarpa. A coleta de sementes deve ser feita em árvores espaçadas de pelo menos 350 m de distância em 78 árvores com 30 sementes cada árvore para reter o tamanho efetivo de referência de 150 nas amostras para garantir o estabelecimento destas gerações futuras em longo prazo na conservação “ex situ” e/ou reflorestamento em áreas degradadas. / The aim of this work were to study the mating system within and among fruits, distance and pollen flow patterns, inbreeding levels and genetic diversity, inbreeding depression and the spatial distribution of genotypes in two populations of Hymenaea stigonocarpa: first is present in a fragment and the second in isolated trees in the pasture. Therefore, were mapped and measures all existing reproductive adult trees in both sites. It was collected seed of 15 seed trees in the forest fragment and in 20 isolated trees in the pasture, with 30 seeds per tree. This collection allowed the installation of a progeny test in Farm of Teaching, Research and Extension from FEIS/UNESP. It was made genotyping of all adult trees of both populations and all progenies. Additionally, within the fragment were also sampled, mapped and measured the height of juveniles. Genetic analysis allowed to evaluate the effects of inbreeding depression for height and survival, and analysis of genotypes were made for six microsatellite loci, already transferred for the species. The mating system study was based on the mixed mating model and correlated mating model. The paternity analysis of the seeds allowed to determine the distance and the pattern of effective flow of pollen within the fragments, as well as the outside gene flow of the sampled areas. The spatial distribution analysis of genotypes was done for adult trees located within of the fragments, using estimates coancestry coefficient between pairs of individuals within different distances classes, making it possible to estimate the variance effective size and thereby establish strategies for seed collection. The results allowed understanding the process of mating that indicates the strong presence of progeny full-sibs, formation of spatial genetic structure, reproductive genetic neighborhood and inbreeding depression in the descending generation from both populations of H. stigonocarpa. Seed collection should be done in trees spaced of at least 350 m away in 78 trees with 30 seeds each tree to retain the effective size of the reference 150 in the samples to ensure the establishment of these future generations in the long-term conservation "ex situ "and / or reforestation in degraded areas. / CNPq: 141028/2012-2

Orientador: Alexandre Magno Sebbenn / Resumo: Os objetivos deste trabalho foram verificar o sistema de reprodução entre e dentro de frutos, a distância e padrões de fluxo de pólen, os níveis de endogamia e diversidade genética, a depressão por endogamia e a distribuição espacial de genótipos em duas populações de Hymenaea stigonocarpa: a primeira está presente em um fragmento e a segunda em árvores isoladas na pastagem. Para tanto, foram mapeadas e medidas todas as árvores adultas reprodutivas existentes nos dois locais. Foram coletadas sementes de 15 árvores matrizes no fragmento florestal e em 20 árvores matrizes isoladas na pastagem, sendo 30 sementes por árvore. Esta coleta propiciou a instalação de um teste de progênies na Fazenda de Ensino, Pesquisa e Extensão da FEIS/UNESP. Foram feitas a genotipagem de todas as árvores adultas de ambas as populações e de todas as progênies. Adicionalmente, dentro do fragmento foram também amostrados, mapeados e medida a altura de juvenis. As análises genéticas permitiram avaliar os efeitos da depressão por endogamia para altura e sobrevivência, e as análises dos genótipos foram feitas para seis locos microssatélites, já transferidos para a espécie. O estudo do sistema de reprodução foi baseado no modelo misto de reprodução e modelo de cruzamentos correlacionados. A análise de paternidade das sementes permitiu determinar a distância e o padrão de fluxo efetivo de pólen dentro das populações, bem como o fluxo gênico externo das áreas amostradas. A análise da distribuição espacial d... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The aim of this work were to study the mating system within and among fruits, distance and pollen flow patterns, inbreeding levels and genetic diversity, inbreeding depression and the spatial distribution of genotypes in two populations of Hymenaea stigonocarpa: first is present in a fragment and the second in isolated trees in the pasture. Therefore, were mapped and measures all existing reproductive adult trees in both sites. It was collected seed of 15 seed trees in the forest fragment and in 20 isolated trees in the pasture, with 30 seeds per tree. This collection allowed the installation of a progeny test in Farm of Teaching, Research and Extension from FEIS/UNESP. It was made genotyping of all adult trees of both populations and all progenies. Additionally, within the fragment were also sampled, mapped and measured the height of juveniles. Genetic analysis allowed to evaluate the effects of inbreeding depression for height and survival, and analysis of genotypes were made for six microsatellite loci, already transferred for the species. The mating system study was based on the mixed mating model and correlated mating model. The paternity analysis of the seeds allowed to determine the distance and the pattern of effective flow of pollen within the fragments, as well as the outside gene flow of the sampled areas. The spatial distribution analysis of genotypes was done for adult trees located within of the fragments, using estimates coancestry coefficient between pairs of ... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Submitted by Alisson Mota (alisson.davidbeckam@gmail.com) on 2015-06-30T18:13:54Z No. of bitstreams: 1 Dissertação - Crystianne Bentes Barbosa Ferreira.pdf: 301180 bytes, checksum: a49848cd7e2915eeac3200451e77f4fc (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2015-07-01T15:26:28Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação - Crystianne Bentes Barbosa Ferreira.pdf: 301180 bytes, checksum: a49848cd7e2915eeac3200451e77f4fc (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2015-07-01T15:30:07Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação - Crystianne Bentes Barbosa Ferreira.pdf: 301180 bytes, checksum: a49848cd7e2915eeac3200451e77f4fc (MD5) / Made available in DSpace on 2015-07-01T15:30:07Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação - Crystianne Bentes Barbosa Ferreira.pdf: 301180 bytes, checksum: a49848cd7e2915eeac3200451e77f4fc (MD5) Previous issue date: 2009-04-30 / CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / The palm (Elaeis guineensis Jacd) is a palm of great potential for sustainable agricultural development in the Amazon region, bringing social benefits, economic and environmental. The availability of varieties with high productivity and better adapted to the conditions of cultivation has a fundamental role in sustainable development of culture in this sense, one can resort to the use of biotechnology to increase the efficiency improvement programs. Microsatellite markers are tools preferred by breeders, because they are multi-allelic, has codominantes expression and show Mendelian inheritance, facilitating genetic analysis. Knowledge of the distribution of genetic variability within and between populations of palm, through the use of molecular markers, provide information for the implementation of plans for use and conservation of genetic resources of this species. From the results of that work can get grants for improving the palm at Embrapa Amazônia Ocidental, to provide the seed culture for the establishment of plantations with high productivity of oil. Samples were collected from 24 progenies of palm held at the Center for Experimental de palm the River Urubu (CERU) - Embrapa Amazônia Ocidental, and 22 progenies from self and two crosses between full siblings. There is low genetic variability in the progenies, with an average of five alleles per loci and total diversity (HT) equal to 0.0774. Of the four loci studied the site mEgCIR0254 had set in all the progenies and progenies LM11592, LM11547, LM11732, LM12366, LM13533, LM12826, LM11591 and PO393612, were fixed in all loci. These data were expected, they are progenies from self or full brother. The observed heterozygosities (Ho) the whole plant were lower than expected heterozygosity (He) in all loci, suggesting strong excess of homozygotes, indicating existence of a process endogamic. As the palm is allogamy plant and the progeny are genetically relatives, and autofecundadas, it is expected that the effects of inbreeding interfere directly in the indices of heterozygosity, contributing to the uniformity of the progenies. The AMOVA detected 62.99% of total variation among the progenies and 37.01% within progenies. Contrary to what has been observed in plants allogamy either in natural populations or collections of germplasm, where the greatest variability has been found within populations / provenances than between them, this paper notes that most of the variation was retained among the progeny, that is to be expected, because 91.67% of these are from self. / O dendê (Elaeis guineensis Jacd) é uma palmeira de grande potencial para o desenvolvimento agrícola sustentável da região Amazônica, trazendo benefícios sociais, econômicos e ambientais. A disponibilidade de variedades com alta produtividade e melhores adaptadas às condições de cultivo tem papel fundamental na sustentabilidade do desenvolvimento dessa cultura. Para este fim o conhecimento da distribuição da diversidade genética entre e dentro das progênies de dendezeiro, por meio do uso de marcadores moleculares microssatélites fornecerá informações para a implementação de planos de uso e conservação dos recursos genéticos dessa espécie . O objetivo desse trabalho foi estimar parâmetros de diversidade genéticos entre e dentro progênies de dendezeiro utilizadas na produção de sementes comerciais da Embrapa Amazônia Ocidental (Manaus-AM) . . Foram analisadas 24 progênies de dendezeiro que estão mantidas no Campo Experimental de Dendê do Rio Urubu (CERU) - Embrapa Amazônia Ocidental, sendo 22 progênies provenientes de autofecundação e duas de cruzamentos entre irmãos completos utilizando quatro loci SSR. Os dados obtidos foram analisados no Programa Genes e, através das análises verificou-se que existe baixa variabilidade genética nas progênies, com média de cinco alelos por loci e diversidade total (HT) igual a 0,0774. Dos quatro loci estudados o loco mEgCIR0254 apresentou fixado em todas as progênies e as progênies LM11592, LM11547, LM11732, LM12366, LM13533, LM12826, LM11591 e PO393612 apresentaram-se fixadas em todos os loci, devido principalmente serem progênies oriundas de autofecundação ou de irmão completos. As heterozigosidades observadas (Ho) no conjunto de plantas foram inferiores a heterozigosidade esperada (He) em todos os loci, sugerindo forte excesso de homozigotos, indicando existência de um processo endogâmico. Como o dendezeiro é planta alógama e as progênies serem geneticamente aparentadas, e ainda autofecundadas, é de se esperar que os efeitos da endogamia interfiram diretamente nos índices de heterozigose, contribuindo para a homogeneidade das progênies. A AMOVA detectou 62,99% do total da variação entre as progênies e 37,01% dentro das progênies. Ao contrário do que tem sido observado em plantas alógamas, seja em populações naturais ou coleções de germoplasmas, onde a maior variabilidade tem sido encontrada dentro das populações/procedências do que entre as mesmas, neste trabalho observa-se que a maior parte da variação ficou retida entre as progênies, isso é de se esperar, pois 91,67% destas são oriundas de autofecundação.

Submitted by Alisson Mota (alisson.davidbeckam@gmail.com) on 2015-07-01T19:34:33Z No. of bitstreams: 1 Dissertação - Lliane dos Santos Oliveira.pdf: 1137558 bytes, checksum: 77f41c6e816fd4fd117874c6535aab88 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2015-07-10T15:35:38Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação - Lliane dos Santos Oliveira.pdf: 1137558 bytes, checksum: 77f41c6e816fd4fd117874c6535aab88 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2015-07-10T15:39:05Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação - Lliane dos Santos Oliveira.pdf: 1137558 bytes, checksum: 77f41c6e816fd4fd117874c6535aab88 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-07-10T15:39:05Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação - Lliane dos Santos Oliveira.pdf: 1137558 bytes, checksum: 77f41c6e816fd4fd117874c6535aab88 (MD5) Previous issue date: 2012-03-01 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The Amazon has valuable reservoir of genetic resources related to species of palms, which we highlight the jauari (Astrocaryum jauari Martius), a non-domesticated specie, verified as high dispersion and is the most common palm in flooded areas of the Rio Negro, in Brazilian Amazon. Specie very explored till 90s for the extraction of palm, which formed the basis of industrial production of palm in Central Amazonia, however, not very studied compared species like peach palm, acaí and tucumã. The high occurrence of natural populations of this palm can be associated with alternatives seeking improvements in quality of life of local populations and community development, but for this is necessary the expansion of basic and applied studies for a better understanding of its diversity, occupation of ecosystem, evolution, adaptation and development of suitable methods for the management and use of this potential. The objective of this study was to characterize the genetic variability of populations of jauari in Amazon, using microsatellite markers. Thirty samples were collected from leaves of jauari of three populations (Santa Luzia do Buiuçuzinho, Matrinxã and Nossa Senhora das Graças) and analyzed using nine microsatellite loci (Aac03, Aac04, Aac05, Aac06, Aac07, Aac10, Aac12, and Aac13 Aac14) developed for tucumã (Astrocaryum aculeatum) and transferred successfully to jauari. It was detected 47 alleles with an average of 5.2 alleles per locus being lower in Aac03, Aac05, Aac10 Aac13 and (3 alleles) and higher in Aac04 (9 alleles), confirming the high information content of this kind of genetic marker for genetic studies of palms. The alleles were classified according to their frequency and distribution among populations. A total of thirteen alleles was classified as rare (frequency <0.05), nineteen alleles as intermediaries (often between 0.05 and 0.2), and fifteen common (> 0.2). Eight private alleles were detected, four of these were found in population Nossa Senhora das Graças; nine sporadic alleles (present in two populations) and 30 broadcast (present in all three populations). The observed heterozygosity (Ho) were higher than the expected heterozygosity (He) in 89% of loci. The average of observed heterozygosity was higher in Santa Luzia do Buiuçuzinho (Ho = 0.77) and lowest in Matrinxã (Ho = 0.70). Moderate genetic divergence was observed among populations (Fst = 0.12). The analysis of molecular variance (AMOVA) revealed that the populations studied jauari have greater genetic variability within populations (87.75%), and a lower variability among populations (12.25%). The dendrogram based on SSR markers revealed the formation of two groups, showing that the populations of Santa Luzia do Buiuçuzinho and Matrinxã are more genetically similar. The results showed that genetic distances are not correlated with geographic distance. However, it was found high intrapopulation genetic diversity that can be used in breeding programs. Keywords: Genetic / A Amazônia possui valioso reservatório de recursos genéticos relacionados à espécies de palmeiras, entre elas, podemos destacar o jauari (Astrocaryum jauari Martius), uma espécie não domesticada, verificada como de alta dispersão, sendo a palmeira mais frequente nos igapós do Rio Negro, na Amazônia brasileira. Espécie muito explorada até a década de 90 para extração de palmito, que constituiu a base da produção industrial de palmito na Amazônia Central, porém, pouco estudada quando comparada as espécies como pupunha, açaí e tucumã. A alta ocorrência de populações naturais dessa palmeira pode ser associada a alternativas visando buscar melhorias na qualidade de vida das populações locais e desenvolvimento comunitário, mas para isto torna-se necessária a ampliação dos estudos básicos e aplicados para um melhor conhecimento de sua diversidade, ocupação no ecossistema, evolução, adaptação e desenvolvimento de métodos adequados para o manejo e utilização de seu potencial. O objetivo deste trabalho foi caracterizar a variabilidade genética de populações de jauari na Amazônia, utilizando marcadores microssatélites. Foram coletadas trinta amostras de folhas de jauari de três populações (Santa Luzia do Buiuçuzinho, Matrinxã e Nossa senhora das Graças) e analisadas utilizando nove loci microssatélites (Aac03, Aac04, Aac05, Aac06, Aac07, Aac10, Aac12, Aac13 e Aac14) desenvolvidos para tucumã (Astrocaryum aculeatum) e transferidos com sucesso para jauari. Foram detectados 47 alelos com média de 5,2 alelos por loco, sendo menor em Aac03, Aac05, Aac10 e Aac13 (3 alelos) e maior em Aac04 (9 alelos), confirmando o alto conteúdo de informação genética deste tipo de marcador para estudos genéticos em palmeiras. Os alelos foram classificados de acordo com suas frequências e distribuição entre as populações. Um total de treze alelos foi classificado como raros (freqüência < 0,05), dezenove alelos como intermediários (frequência entre 0,05 e 0,2), e quinze comum (>0,2). Foram detectados oito alelos privados destes, quatro encontrados na população Nossa Senhora das Graças, nove alelos esporádicos (presentes em duas populações) e 30 difundidos (presente nas três populações). As heterozigosidades observadas (Ho) foram superiores a heterozigosidade esperada (He) em 89% dos loci. A heterozigosidade média observada foi maior em Santa Luzia do Buiuçuzinho (Ho=0,77) e menor em Matrinxã (Ho=0,70). Divergência genética moderada foi observada entre as populações (Fst=0,12). A análise da variância molecular (AMOVA) revelou que as populações estudadas de jauari apresentam maior variabilidade genética dentro das populações (87,75%), e uma variabilidade menor entre as populações (12,25%). O dendrograma construído com base nos marcadores SSR revelou a formação de dois grupos, mostrando que as populações de Santa Luzia do Buiuçuzinho e Matrinxã são as mais semelhantes geneticamente. Os resultados obtidos mostraram que as distâncias genéticas não estão correlacionadas com a distância geográfica. No entanto, foi encontrada alta diversidade genética intrapopulacional que poderá ser utilizada em programas de melhoramento.

Submitted by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2017-11-16T14:11:03Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação - Antonio Saulo Cunha Machado.pdf: 1630078 bytes, checksum: 9018338e35f4ebb5375871ef5c348e75 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2017-11-16T14:11:17Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação - Antonio Saulo Cunha Machado.pdf: 1630078 bytes, checksum: 9018338e35f4ebb5375871ef5c348e75 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-11-16T14:11:17Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação - Antonio Saulo Cunha Machado.pdf: 1630078 bytes, checksum: 9018338e35f4ebb5375871ef5c348e75 (MD5) Previous issue date: 2013-12-06 / FAPEAM - Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Amazonas / The great catfish Pseudoplatystoma punchier (surubim) is among the five species of catfish of the Amazon basin with greater commercial value. It plays important role as top predator in freshwater ecosystems of the Amazon. The movement of aquatic species, in watersheds, can be interrupted by natural biogeographic barriers, formed by rapids and waterfalls that produce distinct biota.There are clear differences between the biota (assemblies) of fish in the area that is upstream and downstream of the falls of the Madeira Rive. The waterfalls of Madeira River delimit two distinct regions: upstream the sub-basins of the Mamore/Guapore (which will be called the Mamore/Guapore sub-basin) and downstream the sub-basin of the Madeira River.The knowledge of how the life cycle of P. punchier is influenced by the Madeira River rapids and waterfall, taking into account their migratory route and how much genetic variation occurs in this species, within and between sub-basins, is very important for the conservation and for possible management measures. Molecular analyzes were performed by sequencing the COI gene of mtDNA and 10 microsatellite loci. Our objective was to determine whether P. punchier constitutes a parunitic population or if there is some kind of genetic segregation, associated with space and time, which can be related to the waterfalls of the river Madeira or the homing behavior. Were analyzed 96 specimens with the COI gene and 99 with microsatellite loci from six localities, being two in the the Mamore/Guapore sub-basin and four in the sub-basin of the Madeira River, both in the Amazon basin. With the COI marker were observed 11 haplotypes, a haplotype diversity of 0.600 and a nucleotide diversity of 0.00157. All analyzed microsatellite loci were highly polymorphic, the number of alleles per locus ranging from two (Ppu8) to 22 (Ppu4), on average 10.4 alleles per locus. The total number of observed alleles was 104, with 27 unique alleles. Based on the results of the analysis of molecular variance (AMOVA) and gene flow (Nm) observed between the sub-basins to the microsatellite (PST = 0.067; Nm= 6.883) and for the gene COI ((DST = 0.391; Able 0.643), we cannot reject the hypothesis of panmixia for Pseudoplatystoma punchier. However, it was evidenced that the specimens of P. punchier of Madeira River and Mamore/Guapore sub-basins feature a large genetic differentiation and intermediate for the gene COI and microsatellites, respectively. Genetic differentiation observed in Bayesian analysis of BAPS, with the COI data clearly showed the existence of two maternal lines, an in each sub-basin. This result may be related to: sedentary females; the different environmental conditions; the water regime of the Madeira River and Mamore/Guapoth sub-basins and with rapids and waterfalls and of the Madeira River, which partially disrupt the gene flow. We propose a model of migration of males on the basis of the results of the analysis of microsatellite loci and prior studies of ecology. Our results indicated the occurrence of two fishing stocks, which require separate management or priority for conservation. However, anthropogenic actions in the area of study, such as: the construction of dams, deforestation and the fishing exploitation, make the complex conservation and management measures. / O grande bagre Pseudoplatystoma punctifer (surubim) está entre as cinco espécies de bagres da bacia Amazônica com maior valor comercial. Desempenha importante papel como predador de topo nos ecossistemas de água doce da Amazônia. O movimento das espécies aquáticas, nas bacias hidrográficas, pode ser interrompido por barreiras biogeográficas naturais formadas por comedeiras e cachoeiras que produzem biotas distintas. Existem diferenças claras entre as biotas (assembléias) de peixes da área que fica à montante e à jusante das cachoeiras do rio Madeira. As cachoeiras do rio Madeira delimitam duas regiões distintas: à montante, a sub-bacia dos rios Mamoré/Guaporé (que será chamada de sub-bacia do Mamoré/Guaporé) e à jusante, a sub-bacia do rio Madeira. O conhecimento de como o ciclo de vida de P. punctifer é influenciado pelas corredeiras e cachoeiras rio Madeira, levando em consideração a sua rota migratória e o quanto de variação genética ocorre nesta espécie, dentro e entre as sub-bacias, é muito importante para a conservação e para possíveis medidas de manejo. Foram realizadas análises moleculares através do sequenciamento do gene CO1 do DNA mitocondrial e de 10 !ocos microssatélites. O objetivo foi verificar se P. punctifer constitui uma população panmítica ou se existe algum tipo de segregação genética que possa ser relacionada com as cachoeiras do rio Madeira. Foram analisados 96 espécimes com o gene CO1 e 99 com os locos microssatélites, de seis localidades, sendo duas na sub-bacia do Mamoré/Guaporé e quatro na sub-bacia do rio Madeira, ambas na bacia Amazônica. Com o marcador CO1 foram observados 11 haplótipos, uma diversidade haplotípica de 0,600 e uma diversidade nucicotídica de 0,00157. Todos os !ocos microssatélites analisados foram altamente polimórficos, com o número de alclos por loco variando de dois (Ppu8) a 22 (Ppu4), em média 10,4 alclos por loco. O número total de alclos observados foi de 104, com 27 alclos exclusivos. Com base nos resultados da análise de variância molecular (AMOVA) c de fluxo gênico (Nm) observados entre das sub-bacias, para os microssatélites (FsT = 0,067; Nm= 6,883) e para o gene CO1 (0sT= 0,391; Nm= 0,643), não podemos rejeitar totalmente a hipótese de panmixia para Pseudoplatystoma punctifer. No entanto, foi evidenciada que os espécimes de P. punctifer das sub-bacias do rio Madeira e do Mamore/Guaporé apresentam uma diferenciação genética grande e intermediária para o gene CO1 e microssatélites, respectivamente. A diferenciação genética observada na análise baycsiana do programa BAPS, com os dados de CO1, mostrou claramente a existência de duas linhagens maternas, uma em cada sub-bacia. Este resultado pode estar relacionado com: o sedentarismo das fêmeas; as diferentes condições ambientais; o regime hídrico das sub-bacias do rio Madeira e do Mamoré/Guaporé e às corredeiras e cachoeiras do rio Madeira, que interrompem parcialmente o fluxo gênico. Propomos um modelo de migração dos machos, tendo como base os resultados da análise dos locos microssatélites e estudos prévios de ecologia. Nossos resultados indicaram a ocorrência de dois estoques pesqueiros, que precisam gestão separada ou prioridade para conservação. No entanto, as ações antropogênicas na área de estudo, tais como: a construção das hidrelétricas, o desmatamento e a exploração pesqueira, tomam as medidas de conservação e manejo complexas.