Made available in DSpace on 2014-06-12T15:49:10Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo126_1.pdf: 5361968 bytes, checksum: 5b5b15ceb3a451a8c287f6b4b77e6338 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2009 / Petróleo Brasileiro S/A / O filo Nematoda apresenta uma grande diversidade e elevada abundância em ambientes aquáticos (marinhos e água doce) e terrestres. A identificação do grupo usando caracteres morfológicos consome tempo, principalmente devido à alta plasticidade fenotípica entre as populações. Alguns métodos moleculares como DNA barcoding oferecem um alternativa eficiente no estudo da biodiversidade das comunidades dos Nematoda marinhos. Os objetivos desse estudo foram: (1) revisão molecular discutindo os conceitos de taxonomia de DNA, código de barras e taxonomia integrativa; (2) aplicação dos marcadores moleculares nucleares e mitocondriais; (3) fazer um inventário molecular através das sequências depositadas em bancos de dados públicos, estimando a porcentagem dos genes mais usados para DNA barcoding com os Nematoda marinhos, produzir novas sequências de DNA de Nematodade três regiões: Bacia de Campos (RJ), Baja Califórnia (Mex) e Bolsa Chica (CA/USA) e (4) elaborar uma visão conceitual do Cartão de Identificação dos Nematoda (NIC) integrado com bancos de dados apresentando-se como uma ferramenta útil para estudos ecológico-moleculares. Os resultados apontaram que mais de 600 espécies do filo Nematoda já foi sequenciado, a maioria parcialmente, depositadas em bancos genéticos públicos com respectivos números de acesso e genes. Observou-se que o gene 18S é o mais utilizado na produção de sequências barcode com aproximadamente 72%, enquanto que citocromo oxidase e região intergênica são frequentemente menos sequenciados. A partir das árvores filogenéticas construídas, o marcador Minibarcode não se mostrou útil para taxonomia molecular dos Nematoda marinhos. Nesse estudo produziu-se 20 sequências de 18S e 42 de 28S, pertencentes a 36 espécies, correspondendo a 27 gêneros e 15 famílias. Além disso, 14 espécies foram identificadas como novos registros de sequências para Genbank. Em adição, o conceito NIC tem o objetivo de promover ligação entre os diversos tipos de bancos de dados públicos a partir da criação de um site . A técnica de DNA barcoding nos Nematoda marinhos tem crescido rapidamente nos últimos anos, devido à necessidade de aprimoramento das ferramentas de biodiversidade e ecológicas em programas de monitoramento. Foi feita a descrição de Cornurella gen nv da Bacia de Campos (RJ) apresentando caracteres morfológicos da família Desmodoridae (Nematoda). Estudos futuros usando uma combinação de taxonomia integrativa e NIC são necessários para melhorar a informação disponível, com o intuito de caracterizar melhor a diversidade dos Nematoda marinhos

Made available in DSpace on 2014-06-12T18:06:46Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo6319_1.pdf: 813959 bytes, checksum: ac0fdfeef1e3a6adeb19be879b540aad (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2004 / O Brasil ocupa mundialmente a terceira posição na produção de mamona (Ricinus communis L.). Embora existam muitos estudos moleculares voltados às proteínas expressas nas sementes, não existem até o momento análises com marcadores moleculares avaliando a diversidade genética dessa espécie. O presente trabalho estudou a variabilidade genética de 16 genótipos de populações subespontâneas de mamona adquiridas através de coletas em quatro diferentes localidades de Pernambuco e em duas outras regiões do Brasil, comparando-as a acessos cultivados de quatro outros países. Para isso a metodologia de DAF (DNA amplification Fingerprinting) foi utilizada, permitindo a geração de em média 14 bandas por primer, sendo 10,72 polimórficas, a partir de 11 primers. Para a construção da matriz de dados 143 bandas foram analisadas, perfazendo 2.288 caracteres. A análise filogenética de máxima parsimônia revelou uma diversidade genética significativa, entre genótipos da mesma população, considerando os diferentes pontos de coleta no Brasil, bem como comparativamente com acessos cultivados no exterior. O estudo confirma a variabilidade sugerida pelos melhoristas para as populações subespontâneas de mamona e demonstra a eficiência deste tipo de marcador para estudos de caracterização de germoplasma desta importante cultura vegetal.

Made available in DSpace on 2016-01-26T18:56:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao.pdf: 378123 bytes, checksum: 7a0355c2b9d1cf6a5f844f5bb5622e1d (MD5) Previous issue date: 2008-12-01 / Cattleya walkeriana is widely grown by collectors and receive special attention by the breeders because it exhibit a rare colour variation and a great visual effect. RAPD markers (Random Amplified Polymorphic DNA) are one of the molecular markers most used in genetic studies. They have advantages, such as low amount of genomic DNA, hybridization absence, gene amplification at low costs and easy implementation. The DNA extracted from Cattleya walkeriana plants, wild and from cerulean offsprings, was amplified by elected RAPD primers. With the generated bands it was possible to estimate the fixation allelic index (FST) and to construct a dendogram. It could be inferred that Cattleya walkeriana is an allogamous species and that was a decrease in the genetic variability among the crosses as the recessive plants were used. Cerulean plants are difficult to obtain since they have all the pairs of genes in the recessive form. The inheritance for the trait in question is oligogenic and determined by genes that act in a complementary manner and are segregated independently. / Cattleya walkeriana é amplamente cultivada por colecionadores e tem recebido especial atenção dos melhoristas por apresentar variações na forma da coloração que são raras de serem obtidas, e possuem grande valor visual. Marcadores RAPD (polimorfismo de DNA amplificado ao acaso) são um dos tipos de marcadores moleculares mais utilizados em estudos genéticos por apresentarem vantagens como a utilização de baixa quantidade de DNA genômico, ausência de hibridação, emprego de amplificação gênica além de baixo custo e fácil execução. Para a realização deste trabalho, foi extraído DNA de diversas plantas de Cattleya walkeriana, plantas nativas e de progênies, obtidas de outras plantas de forma cerúlea, cujo DNA foi amplificado por marcadores RAPD selecionados. A partir das bandas geradas foi possível estimar o índice de fixação alélica (FST) e construir um dendrograma das amostras. Determinou-se que Cattleya walkeriana é uma espécie alógama e que houve diminuição da variabilidade genética dentro dos cruzamentos á medida que plantas recessivas de mesmo fenótipo foram utilizadas. Plantas cerúleas são de difícil obtenção, pois apresentam todos os pares de genes na forma recessiva. A herança para a característica em questão é oligogênica e determinada por genes que atuam de maneira complementar e são de segregação independente.

Made available in DSpace on 2016-07-18T17:51:05Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao.pdf: 378123 bytes, checksum: 7a0355c2b9d1cf6a5f844f5bb5622e1d (MD5) Previous issue date: 2008-12-01 / Cattleya walkeriana is widely grown by collectors and receive special attention by the breeders because it exhibit a rare colour variation and a great visual effect. RAPD markers (Random Amplified Polymorphic DNA) are one of the molecular markers most used in genetic studies. They have advantages, such as low amount of genomic DNA, hybridization absence, gene amplification at low costs and easy implementation. The DNA extracted from Cattleya walkeriana plants, wild and from cerulean offsprings, was amplified by elected RAPD primers. With the generated bands it was possible to estimate the fixation allelic index (FST) and to construct a dendogram. It could be inferred that Cattleya walkeriana is an allogamous species and that was a decrease in the genetic variability among the crosses as the recessive plants were used. Cerulean plants are difficult to obtain since they have all the pairs of genes in the recessive form. The inheritance for the trait in question is oligogenic and determined by genes that act in a complementary manner and are segregated independently. / Cattleya walkeriana é amplamente cultivada por colecionadores e tem recebido especial atenção dos melhoristas por apresentar variações na forma da coloração que são raras de serem obtidas, e possuem grande valor visual. Marcadores RAPD (polimorfismo de DNA amplificado ao acaso) são um dos tipos de marcadores moleculares mais utilizados em estudos genéticos por apresentarem vantagens como a utilização de baixa quantidade de DNA genômico, ausência de hibridação, emprego de amplificação gênica além de baixo custo e fácil execução. Para a realização deste trabalho, foi extraído DNA de diversas plantas de Cattleya walkeriana, plantas nativas e de progênies, obtidas de outras plantas de forma cerúlea, cujo DNA foi amplificado por marcadores RAPD selecionados. A partir das bandas geradas foi possível estimar o índice de fixação alélica (FST) e construir um dendrograma das amostras. Determinou-se que Cattleya walkeriana é uma espécie alógama e que houve diminuição da variabilidade genética dentro dos cruzamentos á medida que plantas recessivas de mesmo fenótipo foram utilizadas. Plantas cerúleas são de difícil obtenção, pois apresentam todos os pares de genes na forma recessiva. A herança para a característica em questão é oligogênica e determinada por genes que atuam de maneira complementar e são de segregação independente.

Made available in DSpace on 2016-08-12T19:15:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 leidianeBA_DISSERT.pdf: 951596 bytes, checksum: 769c70c85ea3d6f0353cabbe1093e973 (MD5) Previous issue date: 2014-02-28 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Downy mildew, caused by the fungus Pseudoperonospora cubensis, is a major threat to the production of melons in wetlands worldwide. Despite its importance, there are few studies involving the assessment of sources of resistance, as well as the identification of molecular markers that are connected to this feature and that may help breeders in marker-assisted selection (MAS). Given this, the objectives of this work were promote the selection of sources of resistance to downy mildew, from melon accessions, collected from different states in the Northeast region of Brazil and to identify QTLs that co-segregate with the resistance gene of this pathogen, using the F2:3 obtained from parents and Védrantais MR-1, contrasting to the register character. To identify sources of resistance, thirty-six accesses and four commercial cultivars in a randomized block design (RBD) were assessed with three replications and seven plants per plot, which evaluation was made on the field. The evaluation was carried out on 24 days after transplanting the seedlings to the field, when 50% of plants reached the stage of flowering, with the aid of a diagrammatic scale. It was observed that there is variability in melon germplasm for reaction to downy mildew. The accessions A1, A4, A6, A9, A12, A17, A18, A23, A27, A35 and A36 were considered promising for use in breeding programs aiming resistance to P cubensis. All commercial cultivars analyzed were highly susceptible to the pathogen. To identify markers connected the resistance QTLs, MR-1 and Védrantais parents were crossed and subsequently the F2 generation was obtained. It was extracted the DNA for evaluation molecular of the 98 plants obtained with microsatellite primers polymorphic selected from contrasting parents. Of F2 plants were obtained 98 progenies F2:3 that were used for the assessments phenotypic of the severity caused by P. cubensis, it was used the same time assessment described in the previous experiment, the period April-June 2013. The experimental design utilized was lattice simple 10 x 10. The efficiency of lattice was low (100.28%) thus data were analyzed in DBC. Significant genetic differences (P<0.01) between the progenies were identified. The estimated of heritability was considered high (86.75%), indicating successful selection. Were found 23 primers polymorphic, of this sum, thirteen amplified in all the population and were used for analyzes genotypic. Of these, ten markers presented values below level critical specified by FDR test. There was more proportion allele of parent Védrantais for eight loci, while there was more proportion allele the parent MR-1 for two loci. For other loci (three), frequencies allelic did not change. The values coefficients of determination (R2) obtained for the markers were relatively low in population. By regression simple linear, the markers explained the feature in population F2:3 the most were CMBR 139 and CMMS 22-2, being the same identified by regression multiple linear, thus they can also be used in SAM / O míldio, causado pelo fungo Pseudoperonospora cubensis, é uma das principais ameaças à produção do meloeiro em áreas úmidas em todo o mundo. Apesar de sua importância, são poucos os trabalhos envolvendo a avaliação de fontes de resistência, bem como a identificação de marcadores moleculares que estejam ligados a esta característica e que possam auxiliar os melhoristas na seleção assistida por marcadores (SAM). Diante disso, os objetivos deste trabalho foram promover a seleção de fontes de resistência ao míldio, a partir de acessos de meloeiro, coletados em diferentes estados da região Nordeste do Brasil e também identificar QTLs que co-segreguem com genes de resistência a este patógeno, utilizando progênies F2:3 obtidas dos genitores MR-1 e Védrantais, contrastantes para o caráter. Para a identificação de fontes de resistência, foram avaliados trinta e seis acessos e quatro cultivares comerciais em delineamento em blocos casualizados (DBC) com três repetições e sete plantas por parcela, cuja avaliação foi feita em campo. A avaliação se deu aos 24 dias após o transplantio das mudas para o campo, depois que 50% das plantas atingiram o estágio de floração, com o auxílio de uma escala diagramática. Observou-se que existe variabilidade no germoplasma de meloeiro para reação ao míldio. Os acessos A1, A4, A6, A9, A12, A17, A18, A23, A27, A35 e A36 foram considerados promissores para o uso em programas de melhoramento visando resistência a P cubensis. Todas as cultivares comerciais analisadas foram altamente suscetíveis ao patógeno. Para identificação de marcadores ligados a QTLs de resistência, os genitores MR-1 e Védrantais foram cruzados e posteriormente foi obtida a geração F2. Das 98 plantas obtidas foi extraído o DNA para avaliação molecular com primers microssatélites polimórficos selecionados a partir dos genitores contrastantes. Das plantas F2 foram obtidas 98 progênies F2:3 que foram utilizadas para as avaliações fenotípicas quanto a severidade provocada por P. cubensis, seguindo a mesma época de avaliação descrita no experimento anterior no período de abril a junho de 2013. O delineamento utilizado foi o látice simples 10 x 10. A eficiência do látice foi baixa (100,28%), por isso, os dados foram analisados em DBC. Foram identificadas diferenças genéticas significativas (P<0,01) entre as progênies. A estimativa de herdabilidade foi considerada alta (86,75%), indicando sucesso com a seleção. Foram encontrados 23 primers polimórficos. Treze amplificaram em toda a população e foram utilizados para as análises genotípicas. Destes, dez marcadores apresentaram valores abaixo do nível crítico especificado pelo teste FDR. Para oito locos houve maior proporção de alelos do genitor Védrantais, enquanto que para dois locos houve maior proporção de alelos do genitor MR-1. Para os demais locos (três), as frequências alélicas não se alteraram. Os valores dos coeficientes de determinação (R2) obtidos para os marcadores foram relativamente baixos na população. Pela regressão linear simples, os marcadores que mais explicaram a característica na população F2:3 foram CMBR 139 e CMMS 22-2, sendo os mesmos identificados pela regressão linear múltipla, podendo, portanto, serem utilizados na SAM

Made available in DSpace on 2016-08-12T19:18:45Z (GMT). No. of bitstreams: 1 leidianeBA_DISSERT.pdf: 951596 bytes, checksum: 769c70c85ea3d6f0353cabbe1093e973 (MD5) Previous issue date: 2014-02-28 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Downy mildew, caused by the fungus Pseudoperonospora cubensis, is a major threat to the production of melons in wetlands worldwide. Despite its importance, there are few studies involving the assessment of sources of resistance, as well as the identification of molecular markers that are connected to this feature and that may help breeders in marker-assisted selection (MAS). Given this, the objectives of this work were promote the selection of sources of resistance to downy mildew, from melon accessions, collected from different states in the Northeast region of Brazil and to identify QTLs that co-segregate with the resistance gene of this pathogen, using the F2:3 obtained from parents and Védrantais MR-1, contrasting to the register character. To identify sources of resistance, thirty-six accesses and four commercial cultivars in a randomized block design (RBD) were assessed with three replications and seven plants per plot, which evaluation was made on the field. The evaluation was carried out on 24 days after transplanting the seedlings to the field, when 50% of plants reached the stage of flowering, with the aid of a diagrammatic scale. It was observed that there is variability in melon germplasm for reaction to downy mildew. The accessions A1, A4, A6, A9, A12, A17, A18, A23, A27, A35 and A36 were considered promising for use in breeding programs aiming resistance to P cubensis. All commercial cultivars analyzed were highly susceptible to the pathogen. To identify markers connected the resistance QTLs, MR-1 and Védrantais parents were crossed and subsequently the F2 generation was obtained. It was extracted the DNA for evaluation molecular of the 98 plants obtained with microsatellite primers polymorphic selected from contrasting parents. Of F2 plants were obtained 98 progenies F2:3 that were used for the assessments phenotypic of the severity caused by P. cubensis, it was used the same time assessment described in the previous experiment, the period April-June 2013. The experimental design utilized was lattice simple 10 x 10. The efficiency of lattice was low (100.28%) thus data were analyzed in DBC. Significant genetic differences (P<0.01) between the progenies were identified. The estimated of heritability was considered high (86.75%), indicating successful selection. Were found 23 primers polymorphic, of this sum, thirteen amplified in all the population and were used for analyzes genotypic. Of these, ten markers presented values below level critical specified by FDR test. There was more proportion allele of parent Védrantais for eight loci, while there was more proportion allele the parent MR-1 for two loci. For other loci (three), frequencies allelic did not change. The values coefficients of determination (R2) obtained for the markers were relatively low in population. By regression simple linear, the markers explained the feature in population F2:3 the most were CMBR 139 and CMMS 22-2, being the same identified by regression multiple linear, thus they can also be used in SAM / O míldio, causado pelo fungo Pseudoperonospora cubensis, é uma das principais ameaças à produção do meloeiro em áreas úmidas em todo o mundo. Apesar de sua importância, são poucos os trabalhos envolvendo a avaliação de fontes de resistência, bem como a identificação de marcadores moleculares que estejam ligados a esta característica e que possam auxiliar os melhoristas na seleção assistida por marcadores (SAM). Diante disso, os objetivos deste trabalho foram promover a seleção de fontes de resistência ao míldio, a partir de acessos de meloeiro, coletados em diferentes estados da região Nordeste do Brasil e também identificar QTLs que co-segreguem com genes de resistência a este patógeno, utilizando progênies F2:3 obtidas dos genitores MR-1 e Védrantais, contrastantes para o caráter. Para a identificação de fontes de resistência, foram avaliados trinta e seis acessos e quatro cultivares comerciais em delineamento em blocos casualizados (DBC) com três repetições e sete plantas por parcela, cuja avaliação foi feita em campo. A avaliação se deu aos 24 dias após o transplantio das mudas para o campo, depois que 50% das plantas atingiram o estágio de floração, com o auxílio de uma escala diagramática. Observou-se que existe variabilidade no germoplasma de meloeiro para reação ao míldio. Os acessos A1, A4, A6, A9, A12, A17, A18, A23, A27, A35 e A36 foram considerados promissores para o uso em programas de melhoramento visando resistência a P cubensis. Todas as cultivares comerciais analisadas foram altamente suscetíveis ao patógeno. Para identificação de marcadores ligados a QTLs de resistência, os genitores MR-1 e Védrantais foram cruzados e posteriormente foi obtida a geração F2. Das 98 plantas obtidas foi extraído o DNA para avaliação molecular com primers microssatélites polimórficos selecionados a partir dos genitores contrastantes. Das plantas F2 foram obtidas 98 progênies F2:3 que foram utilizadas para as avaliações fenotípicas quanto a severidade provocada por P. cubensis, seguindo a mesma época de avaliação descrita no experimento anterior no período de abril a junho de 2013. O delineamento utilizado foi o látice simples 10 x 10. A eficiência do látice foi baixa (100,28%), por isso, os dados foram analisados em DBC. Foram identificadas diferenças genéticas significativas (P<0,01) entre as progênies. A estimativa de herdabilidade foi considerada alta (86,75%), indicando sucesso com a seleção. Foram encontrados 23 primers polimórficos. Treze amplificaram em toda a população e foram utilizados para as análises genotípicas. Destes, dez marcadores apresentaram valores abaixo do nível crítico especificado pelo teste FDR. Para oito locos houve maior proporção de alelos do genitor Védrantais, enquanto que para dois locos houve maior proporção de alelos do genitor MR-1. Para os demais locos (três), as frequências alélicas não se alteraram. Os valores dos coeficientes de determinação (R2) obtidos para os marcadores foram relativamente baixos na população. Pela regressão linear simples, os marcadores que mais explicaram a característica na população F2:3 foram CMBR 139 e CMMS 22-2, sendo os mesmos identificados pela regressão linear múltipla, podendo, portanto, serem utilizados na SAM