Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Seeds of Brassica napus L. var. oleifera Metzg. (canola) may transport pathogenic organisms that have the ability to affect seed quality and cause diseases at different stages of crop development. The objective of this study was to evaluate and identify the species of Alternaria spp. associated with seeds canola during the process of manufacture and storage and to evaluate the potential for transmission and pathogenicity. Experiments were conducted at the Plant Protection Department and Laboratory of Phytopathology, both in the Federal University of Santa Maria, Santa Maria - RS. Hybrid seeds from Hyola 401, Hyola 61 and Hyola 60 were used. Field experiments utilized a randomized blocks design, while lab experiments were based on completely randomized design. Plants were evaluated after the onset of seed maturation, at harvest and during storage. During this period, assessments of physical, physiological and sanitary quality of seeds were performed. Through the transmission test was checked for the occurrence of Alternaria spp. causing symptoms of "damping- off" the seedlings. Six isolates of the pathogen were obtained, which were inoculated on seeds to check the pathogenicity. The morphological identification was made by visual observation of Alternaria and genetic identification using sequenced genomic region of Elongation Factor - 1α. The results showed that the physiological maturation of canola seed occurs 58 days after full bloom. Ripening increased the levels of contamination of Alternaria spp. seeds and decreased during storage. The species A. brassicicola, A. japonica and A. Alternaria, that affected the physiological quality of seeds and canola, were pathogenic causing necrosis on his lap and seedling damping-off. / Sementes de Brassica napus L. var. oleifera Metzg. (canola) podem ser via de transporte de organismos fitopatogênicos que tem capacidade de afetar a qualidade fisiológica da semente e causar doenças em diferentes estádios de desenvolvimento da cultura. Dessa forma, o objetivo do trabalho foi avaliar e identificar as espécies de Alternaria spp. associadas às sementes de canola durante o processo de produção e armazenamento e avaliar o seu potencial de transmissão e patogenicidade. Para tanto, os experimentos foram conduzidos na área experimental do Departamento de Defesa Fitossanitária e no Laboratório de Fitopatologia, ambos da Universidade Federal de Santa Maria, Santa Maria - RS. Foram utilizadas sementes dos híbridos Hyola 401, Hyola 61 e Hyola 60. Para os experimentos realizados a campo, o delineamento foi blocos ao acaso e para aqueles realizados no laboratório foi utilizado o delineamento inteiramente casualizado. Foram realizadas observações durante o desenvolvimento das plantas, após o início da maturação das sementes, na colheita e durante o armazenamento, as quais envolveram avaliações da qualidade física, fisiológica e sanitária das sementes. Através do teste de transmissão, foi verificada a ocorrência de Alternaria spp. causando sintomas de damping-off nas plântulas. Foram obtidos seis isolados do patógeno, sendo os mesmos inoculados nas sementes para comprovar a sua patogenicidade. Procedeu-se a caracterização morfológica pelo Manual de identificação de Alternaria e, para a identificação molecular, foi adotado o seqüenciamento da região genômica do Fator de Elongação-1α. Os resultados obtidos permitem concluir que o ponto de maturidade fisiológica das sementes de canola ocorre aos 58 dias após a plena floração. Com o decorrer da maturação das sementes, ocorreu aumento dos índices de contaminação por Alternaria spp. nas sementes, os quais decresceram durante o armazenamento. As espécies A. brassicicola, A. japonica e A. alternata afetaram a qualidade fisiológica das sementes e foram patogênicas à canola, causando necrose no colo e tombamento de plântulas.