Le travail, basé sur les données de plusieurs campagnes scientifiques de pêche, est divisé en deux parties indépendantes. La première partie s'inscrit dans la recherche d'une méthodologie de suivi des stocks à l'aide d'indicateurs basés sur les seules campagnes scientifiques. Pour cela, on a sélectionné des indices décrivant la distribution spatiale d'une population halieutique: centre de gravité, inertie, anisotropie, microstructure, diverses mesures d'aires, etc. Ces indices ont été choisis en particulier de façon à ne pas dépendre d'une délimitation arbitraire du champ, la contribution d'un échantillon à valeur nulle de densité de poissons valant zéro. Appliqués à la population de merlu européen du golfe de Gascogne, ces indices permettent de décrire la dynamique spatiale des différents groupes d'âge, ainsi que leur variabilité interannuelle. Par ailleurs, de tels indices spatiaux se révèlent être des indicateurs de la dynamique de la population, ainsi qu'en témoignent des corrélations significatives avec des paramètres démographiques, observées sur une variété de stocks européens. De façon à assurer un meilleur suivi de l'état d'un stock, indices spatiaux et indices biologiques ont enfin été combinés par la méthode des MAF (Min-max Autocorrelation Factors), qui vise à réduire le bruit en extrayant les composantes les plus continues dans le temps. Cette technique a été appliquée sur la morue de mer du Nord et l'anchois du golfe de Gascogne. La seconde partie vise à évaluer, dans l'estimation d'abondances à partir de campagnes acoustiques, la part d'incertitude provenant de l'échantillonnage spatial. L'estimation de l'abondance provenant du signal acoustique enregistré le long de transects, ainsi que de facteurs biologiques mesurés en des stations de chalutage, il est nécessaire de combiner les incertitudes des deux sources. On a recours pour cela à des simulations géostatistiques conditionnelles de modèles multivariés spécifiques (à base de simulations gaussiennes transformées et d'un échantillonneur de Gibbs pour le traitement des nombreuses valeurs nulles de l'acoustique). La méthode a été appliquée au hareng autour des îles Shetland et à l'anchois dans le golfe de Gascogne.

La gestion des pêches en Atlantique Nord-Est s'oriente vers une régionalisation, prenant en compte les interactions techniques caractéristiques des pêcheries mixtes. Ceci nécessite une compréhension et une évaluation des dynamiques spatio-temporelles des espèces exploitées et des flottilles qui les exploitent. Cette thèse vise à proposer un outil pour évaluer les conséquences de stratégies de gestion dans le golfe de Gascogne. Elle se focalise sur le stock de merlu Nord (Merluccius merluccius) et la pêcherie mixte démersale merlu - sole (Solea solea) – langoustine (Nephrops norvegicus) du golfe de Gascogne. Un cadre d'évaluation de stratégies de gestion (MSE) a été développé, intégrant un modèle d'évaluation spatialisé du stock de merlu Nord, et un modèle opératoire (lSlS-Fish) simulant la pêcherie mixte démersale du golfe de Gascogne. Le modèle spatialisé d'évaluation a estimé des variations spatio-temporelles d'abondance, recrutement et mortalité par pêche du merlu Nord, malgré la sensibilité de la procédure d'estimation au point initial. Le modèle opératoire intègre I'ensemble de la connaissance disponible sur la pêcherie. ll a été calibré selon une approche multi-critères, assurant la reproduction des captures de merlu sur 2010-2012. Le cadre d'évaluation de stratégies de gestion n'est pas opérationnel, mais a mis en évidence des différences de modélisation des dynamiques à l'échelle de la pêcherie, et illustre de potentiels effets de la gestion par TAC du stock de merlu Nord sur la pêcherie, dans un contexte de mise en place de I'obligation de débarquement. Ces résultats et des pistes d'amélioration sont discutés. / North-East Atlantic fisheries management goes towards a regionalisation, accounting for mixed fisheries technical interaction. Hence, understanding and assessing the spatio-temporal dynamics of exploited species and the fleets exploiting them is needed. This study aims to provide a tool to assess the effects of several management scenarii in the Bay of Biscay. lt fouses on North-east Atlantic northern hake stock (Merluccius merluccius) and the mixed demersal hake - sole (Solea solea) - Norway lobster (Nephrops norvegicus) Bay of Biscay fisheries.A Management Strategy Evaluation (MSE) framework has been developed, pairing a spatial northern hake stock assessment model, and an operating model (lSlS-Fish) simulating the Bay of Biscay mixed demersal fisheries.A Management Strategy Evaluation (MSE) framework has been developed, pairing a spatial northern hake stock assessment model, and an operating model (lSlS-Fish) simulating the Bay of Biscay mixed demersal fisheries.The spatial assessment model estimated northern hake abundance, recruitment and fishing mortality spatio-temporal variations, despite the estimation procedure sensitivity to initial point.The operating model incorporates all the current knowledge on the fisheries. lt has been calibrated following a multi-criteria approach, ensuring the reproduction of hake catch on 2010-2012. The Management Strategy Evaluation framework is not operational, although it highlighted discrepancies between both models dynamics at the fishery scale, and illustrated northern hake management through TACs potential effects on the fishery, in a landing obligation context. These results and improvement axes are discussed.