Made available in DSpace on 2014-12-17T14:33:06Z (GMT). No. of bitstreams: 1 CarolineGBM_DISSERT.pdf: 778935 bytes, checksum: 2a19b59e3c8f14ceef97a9f6a966da73 (MD5) Previous issue date: 2010-02-28 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior / O aumento da concentra??o de CO2 na atmosfera tem sido observado, principalmente a partir da revolu??o industrial. Uma das causas principais desse comportamento tem sido a queima de combust?veis f?sseis. Isso tem levado a altera??es globais no ciclo do carbono. Desta forma tem sido de suma import?ncia trabalhos que mostrem a influ?ncia dos sistemas em geral e suas contribui??es relativas na din?mica e ciclo do carbono. Dentro deste contexto, os ecossistemas aqu?ticos apresentam import?ncia no processamento da mat?ria org?nica produzida internamente nos sistemas aqu?ticos (aut?ctone), bem como a mat?ria org?nica trazida dos sistemas terrestres (al?ctone). Os principais organismos que metabolizam a mat?ria org?nica dissolvida (carbono org?nico dissolvido COD) presente nos sistemas aqu?ticos s?o as bact?rias. No entanto a qualidade da mat?ria org?nica determina a prefer?ncia e a via metab?lica (produ??o bacteriana - PB ou respira??o bacteriana - RB) pela qual o carbono ser? direcionado quando assimilado pelas bact?rias. Nos sistemas aqu?ticos a diversidade da mat?ria org?nica presente, muitas vezes estimula a produ??o bacteriana. Desta forma, os objetivos deste trabalho foram avaliar os efeitos do COD al?ctone e aut?ctone na PB e RB, al?m de avaliar o efeito da mistura de COD sobre o balan?o de CO2 no experimento de mesocosmo. Para testar os objetivos realizamos um experimento de mesocosmo com o arranjo experimental do tipo (2x2) destinado a simular condi??es onde houvesse o predom?nio de mat?ria org?nica aut?ctone (fitopl?ncton), al?ctone (detrito de vegeta??o terrestre) e ambas combinadas. Consistindo em quatro tratamentos incluindo o Controle. A dura??o do experimento foi de 42 dias. Verificamos no geral que os tratamentos enriquecidos com mat?ria org?nica al?ctone apresentaram as maiores taxas metab?licas (RB, CO2), o que provavelmente esteve relacionado ? qualidade da mat?ria org?nica utilizada. Conclu?mos que o aporte de mat?ria org?nica de origem terrestre resulta em aumento da atividade de decomposi??o resultando na condi??o de heterotrofia nos tanques estudados. Conclu?mos ainda que com o esgotamento da mat?ria, os tanques passaram a apresentarem-se subsaturados em CO2, resultando na condi??o de autotrofia. Conclu?mos tamb?m que nos tanques com mistura de fonte o efeito observado foi antag?nico. / The increased concentration of CO2 in the atmosphere has been observed, mainly from the industrial revolution. One of the main causes of this behavior has been the burning of fossil fuels. This has led to changes in the global carbon cycle. Thus it has been extremely important work showing the influence of systems in general and their contributions on the dynamics and the carbon cycle. Within this context, aquatic ecosystems have importance in the processing of domestically produced organic matter in aquatic systems (indigenous) and the organic matter brought from the terrestrial (allochthonous). The main organisms that metabolize dissolved organic matter (dissolved organic carbon - DOC) present in aquatic systems is bacteria. However the quality of organic matter determines the preference and the metabolic pathway (bacterial production - PB or bacterial respiration - RB) by which carbon will be directed when assimilated by bacteria. In aquatic systems, the diversity of organic matter present, often stimulates bacterial production. Thus, the objectives were to evaluate the effects of allochthonous and autochthonous DOC in the PB and RB, and to evaluate the effect of mixing of DOC on the CO2 balance in the mesocosm experiment. For testing purposes we conducted a mesocosm experiment with the experimental arrangement of type (2x2) to simulate conditions where there was a predominance of autochthonous organic matter (phytoplankton), allochthonous (terrestrial vegetation detritus) and both combined. Consisting of four treatments including control. The experiment lasted 42 days. We note that in general the treatments enriched with allochthonous organic matter showed the highest metabolic rates (RB, CO2), which probably was related to the quality of organic matter used. We conclude that the input of organic matter from terrestrial origin results in increased activity of decomposition resulting in the condition of heterotrophy in the tanks studied. We also concluded that the exhaustion of matter, the tanks began to present themselves in subsaturados CO2, resulting in the condition of autotrophy. We also conclude that the tanks blend with the source of the observed effect was antagonistic.

CoordenaÃÃo de AperfeiÃoamento de Pessoal de NÃvel Superior / A emergÃncia de mocroorganismos resistente a multidrogas, tais como Staphylococcus aureus as resistentes a meticilina, Enterococcus resistente a vancomicina, e Mycobacterium tuberculosis resistente a drogas, tem incitado esforÃospara desenvolver e pesquisar novas classes de antibiÃticos que possam ter utilidade clÃnica. Nos Ãltimos anos, uma variedade de antibiÃticos de baixo peso molecular tÃm sido isolados de diversas espÃcies animais. Estes agentes incluem peptÃdeos, lipÃdios, e alcalÃides, exibem atividade antibiÃtica contra micrÃbios do meio ambiente e considera-se que desempenhem um papel na imunidade inata. Compostos com largo espectro de atividade antimicrobiana que sÃo sintetizados pelas glÃndulas granulares presentes na pele de anuras (rÃs e sapos) tÃm recebido uma crescente atenÃÃo como agentes terapÃuticos em potencial. NÃs relatamos aqui a descoberta de um antibiÃtico esteroidal de atividade de largo espectro, bufadienolÃdeos, chamados hellebrigenin, telocinobufagin, marinobufagin e bufalin de Bufo schneideri, um sapo Brasileiro, com atividade inibitÃria diferenciada contra sete microorganismos e nenhuma atividade contra Pseudomonas aeruginosa. A secreÃÃo da pele do sapo foi obtida porcompressÃo manual das glÃndulas paracnemis e tibial. Tr~e peptÃdeos com estruta possivelmente relacionada com uma potente atividade inibitÃria para bactÃria gram positiva, Staphylococcus aureus e uma potente proteÃna com forte atividade antimicrobiana contra Pseudomonas aeruginosa (MIC = 9,64 microg/ml) foi isolada com secreÃÃes da pele de Leptodactylus pentadactylus estimuladas por adrenalina obtidas por injeÃÃo subcutÃnea de 500 micro l (100 microg/ml) e caracterizada. Os bufadienolÃdeos foram obtidos com separaÃÃo em CLAE de fase reversa sendo executado utilizando-se uma coluna C-18 (15 micro m, 100 Ao, Shim-pack PREP 250 mm x 25 mm) com um gradiente de 0-40 % de acetonitrila/Ãgua e 0,05 % de Ãcido trifluoroacÃtico. AnÃlise de NMR de alta resoluÃÃo das amostras purificadas por aplicaÃÃo de seqÃÃncia de pulsos modernos tais como 1H, 1H-COSY e NOESY, e determinaÃÃo da correlaÃÃo heteronuclear dos carbono-hidrogÃnio ligados diretamente 1H, 13C-COSY (HETCOR) e via detecÃÃo do hidrogÃnio inversa (HMQC), bem como o seqÃenciamento a longa distÃncia, COLOC e HMBC, permitindo assim sua identificaÃÃo como um esterÃide do tipo bufodienolÃdeo. A proteÃna de L. pentadactylus foi purificada por cromatografia em Sephacryl S-400 (460 mm x 6 mm) eluÃda com um tampÃo (Tris â HCl 0,05 N) e sua pureza foi avaliada poreletroforese em condiÃÃes desnayurantes e nÃo desnaturantes.A proteÃna total foi determinada pelo mÃtodo de Bradford usando albumina soro bovina como padrÃo. O isolamento dos peptÃdeos foi efetuado usando-se o exsudato liofilizado e redissolvendo em Ãgua bidestilada/TFA 0,05 % (20:1; P:V) e corrido numa coluna C18 de fase reversa em CLAE (15 micro m, 100 Ao, Shim-pack PREP 250 mm x 25 mm) eluÃda com um gradiente linear de 5 - 80% em 103 min num fluxo de 5 ml/min com acetonitrila/Ãgua e Ãcido trifluoroacÃtico 0.05 %. A atividade antimicrobiana de todas as amostras foi monitorada pelos mÃtodos de Bauer â Kirby e placa de microdiluiÃÃo padrÃousando Escherichia coli ATCC 25922, Enterobacter aerogenes ATCC 1304, Klebsiella pneumoniae ATCC 10031, Salmonella choleraesus choleraesus var typhi ATCC 6534, Bacillus subtilis ATCC 6633, Staphylococcus aureus ATCC 6538 P e Pseudomonas aeruginosa HUWC 1. No primeiro mÃtodo, cada placa com agar MÃeller âHinton apÃs promover incubaÃÃo por 24 h a 35 ÂC. As zonas claras na superfÃcie do agar foram tomadas como indicativoda atividade antibacteriana. O diÃmetro destas foram mensuradas e a atividade foi expressa em Ãrea das zonas claras (mm2). As incubaÃÃes com os microorganismos foram feitas em caldo de B.H.I. por diferentes tempos atà 24 h a 35ÂC e estimada a influÃncia da desnaturaÃÃo na atividade das amostras protÃicas. ApÃs incubaÃÃo, na absorbÃncia de 492 nm cada poÃo foi determinado usando-se um Detector Shimadzu UV â VS modelo SPD - 10A VP. A mÃnima concentraÃÃo inibitÃria (MICs) se possÃvel foi determinada pelo mÃtodo da microdiluiÃÃo padrÃo. Todos os procedimentos foram executados de acordo com os manuais de instruÃÃo do Comità National de PadronizaÃÃo para LaboratÃrios ClÃnicos (Wayne, PA, USA). A hemÃlise induzida por amostras foi determinada por incubaÃÃo de uma suspensÃo 5% (v/v) de hemÃcias humanas dos tipos antigÃnicos A e O, rato e caprinos em tampÃo fosfato - salina com quantidades apropriadas das amostras a 37 ÂC atà 24 h. O sobrenadante foi mensurado em densidade optical a 541 nm. Esta foi comparada a uma suspensÃo tratada com detergente a 0,1 % com agitaÃÃo enÃrgica e definido o % de hemÃlise. Todos os compostos manifestaram moderado ou nenhuma atividade hemolÃtica. A proteÃna de L. pentadactylus apresentou uma concentraÃÃo hemolÃtica mÃnima de 2,09 x 10-4, 1,34x10-2, 1,07x10-1 e 1,34x10-2 microgramas para rato, caprino, tipos antigÃnicos humanos A e O humanos respectivamente. Sob refrigeraÃÃo estes valores decrescem. Para analisar interrelaÃÃo entre a assimetria e mecanismos, estimativa de parÃmetros cinÃticos foram obtidos pelos modelos matemÃticos de equaÃÃes de Gompertz e regressÃo nÃo linear, ANOVA e teste de comparaÃÃo mÃltipla de Tukey / A emergÃncia de mocroorganismos resistente a multidrogas, tais como Staphylococcus aureus as resistentes a meticilina, Enterococcus resistente a vancomicina, e Mycobacterium tuberculosis resistente a drogas, tem incitado esforÃospara desenvolver e pesquisar novas classes de antibiÃticos que possam ter utilidade clÃnica. Nos Ãltimos anos, uma variedade de antibiÃticos de baixo peso molecular tÃm sido isolados de diversas espÃcies animais. Estes agentes incluem peptÃdeos, lipÃdios, e alcalÃides, exibem atividade antibiÃtica contra micrÃbios do meio ambiente e considera-se que desempenhem um papel na imunidade inata. Compostos com largo espectro de atividade antimicrobiana que sÃo sintetizados pelas glÃndulas granulares presentes na pele de anuras (rÃs e sapos) tÃm recebido uma crescente atenÃÃo como agentes terapÃuticos em potencial. NÃs relatamos aqui a descoberta de um antibiÃtico esteroidal de atividade de largo espectro, bufadienolÃdeos, chamados hellebrigenin, telocinobufagin, marinobufagin e bufalin de Bufo schneideri, um sapo Brasileiro, com atividade inibitÃria diferenciada contra sete microorganismos e nenhuma atividade contra Pseudomonas aeruginosa. A secreÃÃo da pele do sapo foi obtida porcompressÃo manual das glÃndulas paracnemis e tibial. Tr~e peptÃdeos com estruta possivelmente relacionada com uma potente atividade inibitÃria para bactÃria gram positiva, Staphylococcus aureus e uma potente proteÃna com forte atividade antimicrobiana contra Pseudomonas aeruginosa (MIC = 9,64 microg/ml) foi isolada com secreÃÃes da pele de Leptodactylus pentadactylus estimuladas por adrenalina obtidas por injeÃÃo subcutÃnea de 500 micro l (100 microg/ml) e caracterizada. Os bufadienolÃdeos foram obtidos com separaÃÃo em CLAE de fase reversa sendo executado utilizando-se uma coluna C-18 (15 micro m, 100 Ao, Shim-pack PREP 250 mm x 25 mm) com um gradiente de 0-40 % de acetonitrila/Ãgua e 0,05 % de Ãcido trifluoroacÃtico. AnÃlise de NMR de alta resoluÃÃo das amostras purificadas por aplicaÃÃo de seqÃÃncia de pulsos modernos tais como 1H, 1H-COSY e NOESY, e determinaÃÃo da correlaÃÃo heteronuclear dos carbono-hidrogÃnio ligados diretamente 1H, 13C-COSY (HETCOR) e via detecÃÃo do hidrogÃnio inversa (HMQC), bem como o seqÃenciamento a longa distÃncia, COLOC e HMBC, permitindo assim sua identificaÃÃo como um esterÃide do tipo bufodienolÃdeo. A proteÃna de L. pentadactylus foi purificada por cromatografia em Sephacryl S-400 (460 mm x 6 mm) eluÃda com um tampÃo (Tris â HCl 0,05 N) e sua pureza foi avaliada poreletroforese em condiÃÃes desnayurantes e nÃo desnaturantes.A proteÃna total foi determinada pelo mÃtodo de Bradford usando albumina soro bovina como padrÃo. O isolamento dos peptÃdeos foi efetuado usando-se o exsudato liofilizado e redissolvendo em Ãgua bidestilada/TFA 0,05 % (20:1; P:V) e corrido numa coluna C18 de fase reversa em CLAE (15 micro m, 100 Ao, Shim-pack PREP 250 mm x 25 mm) eluÃda com um gradiente linear de 5 - 80% em 103 min num fluxo de 5 ml/min com acetonitrila/Ãgua e Ãcido trifluoroacÃtico 0.05 %. A atividade antimicrobiana de todas as amostras foi monitorada pelos mÃtodos de Bauer â Kirby e placa de microdiluiÃÃo padrÃousando Escherichia coli ATCC 25922, Enterobacter aerogenes ATCC 1304, Klebsiella pneumoniae ATCC 10031, Salmonella choleraesus choleraesus var typhi ATCC 6534, Bacillus subtilis ATCC 6633, Staphylococcus aureus ATCC 6538 P e Pseudomonas aeruginosa HUWC 1. No primeiro mÃtodo, cada placa com agar MÃeller âHinton apÃs promover incubaÃÃo por 24 h a 35 ÂC. As zonas claras na superfÃcie do agar foram tomadas como indicativoda atividade antibacteriana. O diÃmetro destas foram mensuradas e a atividade foi expressa em Ãrea das zonas claras (mm2). As incubaÃÃes com os microorganismos foram feitas em caldo de B.H.I. por diferentes tempos atà 24 h a 35ÂC e estimada a influÃncia da desnaturaÃÃo na atividade das amostras protÃicas. ApÃs incubaÃÃo, na absorbÃncia de 492 nm cada poÃo foi determinado usando-se um Detector Shimadzu UV â VS modelo SPD - 10A VP. A mÃnima concentraÃÃo inibitÃria (MICs) se possÃvel foi determinada pelo mÃtodo da microdiluiÃÃo padrÃo. Todos os procedimentos foram executados de acordo com os manuais de instruÃÃo do Comità National de PadronizaÃÃo para LaboratÃrios ClÃnicos (Wayne, PA, USA). A hemÃlise induzida por amostras foi determinada por incubaÃÃo de uma suspensÃo 5% (v/v) de hemÃcias humanas dos tipos antigÃnicos A e O, rato e caprinos em tampÃo fosfato - salina com quantidades apropriadas das amostras a 37 ÂC atà 24 h. O sobrenadante foi mensurado em densidade optical a 541 nm. Esta foi comparada a uma suspensÃo tratada com detergente a 0,1 % com agitaÃÃo enÃrgica e definido o % de hemÃlise. Todos os compostos manifestaram moderado ou nenhuma atividade hemolÃtica. A proteÃna de L. pentadactylus apresentou uma concentraÃÃo hemolÃtica mÃnima de 2,09 x 10-4, 1,34x10-2, 1,07x10-1 e 1,34x10-2 microgramas para rato, caprino, tipos antigÃnicos humanos A e O humanos respectivamente. Sob refrigeraÃÃo estes valores decrescem. Para analisar interrelaÃÃo entre a assimetria e mecanismos, estimativa de parÃmetros cinÃticos foram obtidos pelos modelos matemÃticos de equaÃÃes de Gompertz e regressÃo nÃo linear, ANOVA e teste de comparaÃÃo mÃltipla de Tukey

Submitted by Biblioteca de Pós-Graduação em Geoquímica BGQ (bgq@ndc.uff.br) on 2017-09-26T17:16:29Z No. of bitstreams: 1 dissertação mestrado-Savergnini.pdf: 1862145 bytes, checksum: e45f0963fc6b204e533d27e1e8f57ffb (MD5) / Made available in DSpace on 2017-09-26T17:16:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 dissertação mestrado-Savergnini.pdf: 1862145 bytes, checksum: e45f0963fc6b204e533d27e1e8f57ffb (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Universidade Federal Fluminense. Instituto de Química. Programa de Pós-Graduação em Geoquímica, Niterói, RJ / drenagem da bacia hidrográfica e de lançamentos pontuais de efluentes do processamento da cana, como o vinhoto. Este efluente consiste em um líquido com alta carga orgânica, demanda de oxigênio e sólidos em suspensão. Para caracterizar a matéria orgânica proveniente do impacto da agroindústria da cana, ferramentas geoquímicas podem ser utilizadas, determinando sua origem e o estado trófico ambiental. Análises microbiológicas também são importantes na medida em que microrganismos degradam a matéria orgânica, estabelecendo o equilíbrio dinâmico do ecossistema. Este trabalho apresentou como objetivo a caracterização do impacto ambiental e degradação microbiana do vinhoto no Baixo Rio Paraíba do Sul. As análises foram realizadas na água e no sedimento ao longo da zona de mistura fluvial no início (Campanhas I – 07/2006 e III – 07/2007) e final da safra (Campanha II – 10/2006). No laboratório, foram realizados bioensaios para se estimar o potencial de biodegradação do vinhoto. As estações se localizaram a montante e a jusante do lançamento do efluente em até cerca de 200 metros de distância, também sendo realizadas coletas na foz do rio como referência. Os sedimentos foram fracionados em finos (<63 μm) e grossos (>63 μm). Na água, valores elevados de temperatura e oxigênio dissolvido juntamente com baixos valores de pH foram bons indicadores da presença de vinhoto e a alta concentração de potássio foi essencial para a identificação de seu lançamento no efluente industrial. No sedimento, as diferenças encontradas entre as concentrações de fósforo orgânico e inorgânico, e as altas concentrações de carbono orgânico, razão C:N e potássio foram eficientes na caracterização do impacto do efluente e da agricultura. Concentrações semelhantes de fósforo orgânico e inorgânico, juntamente com razões C:N em torno de 12 demonstraram que a foz do rio é influenciada pela agricultura de cana, sugerindo que a matéria orgânica sedimentada é tanto de origem fitoplanctônica como de vegetais superiores. A fração fina correlacionou-se significativamente com a maior parte dos parâmetros e se mostrou útil na avaliação do impacto, pois o principal componente do vinhoto, o potássio, se concentrou preferencialmente nos grãos menores que 63 μm. As análises microbiológicas revelaram que a entrada dos efluentes influencia a comunidade bacteriana, aumentando a biomassa e o ganho energético (analisado através da ETSA) na água e no sedimento no início da safra. Entretanto, o acúmulo de carga orgânica no sedimento do final da safra, inibiu a respiração aeróbia e diminuiu a capacidade de auto-depuração ambiental. Os microrganismos isolados do sedimento foram capazes de crescer e utilizar o vinhoto como única fonte de energia nos bioensaios, demonstrando seu possível uso em processos de biorremediação. Observou-se que o número de células por cm3 deve ser no mínimo da ordem de 108 a 109 para uma eficiente remoção de biopolímeros (37%) e percebeu-se que o fosfato é consumido eficientemente (99%) somente quando em concentrações próximas a 3 mg L-1, observando-se uma baixa eficiência de consumo quando em concentrações próximas a 9 mg L-1.. A eficiência de degradação foi alta nos primeiros 6 dias do bioensaio, não sendo observado reduções eficientes nos demais dias de análise. / The pollution in rivers caused by sugar cane agriculture and industry is a result of runoff and point source discharge of sugar cane effluents, mainly vinasse with high organic content, oxygen biological demand and suspended solids. Geochemical tools can be used to characterize the organic matter from effluents, like determining origin and environmental trophic state. Microbiological analyses are also important, as microorganisms degraded organic matter and establish the ecosystem dynamic equilibrium. The aim of this work was to characterize the impact and microbial degradation of vinasse in the Low River Paraíba do Sul. Analyses were performed in water and sediment along the fluvial mixture zone in the beginning (Campaign I -07/2006 e III – 07/2007) and at the end of crop (Campaign III – 10/2006). In laboratory were performed bioassays to estimate the vinasse potential biodegradation. The samples were collected upstream and downstream ranging in 200 m from the effluent discharge source, as well as at the mouth of the river how reference. The sediment samples were fractionated in fine (<63 μm) and coarse (>63 μm). In water, high values of temperature and dissolved oxygen with low values of pH were indicators of vinasse discharge and high concentration of potassium was fundamental to identify the presence of vinasse in the effluent. In sediments, differences were found between organic and inorganic phosphorus concentration, and the high values of organic carbon, C:N ratio and potassium were efficient descriptors of effluent and sugar cane agriculture. Similar concentrations of organic and inorganic phosphorus, and the C:N ratios around 12 demonstrated that the mouth of river was influenced by agriculture, suggested that the sedimentary organic matter originates from phytoplankton and also vacular plants. The fine fraction was significant correlated with the most part of parameters and was useful in the impact evaluation, as the main component of vinasse, the element potassium, was concentrated in grains smaller than 63 μm. The microbiological analyses revealed that the effluent influence in the bacterial community enhancing biomass, energetic gain (analyzed by ETSA) in both water and sediment at beginning of crop. However the organic fraction accumulated in the sediment inhibited aerobic respiration and reduced the capacity of environmental auto-depuration at the end of harvest period. Microorganisms isolated from local sediment were capable to grow and to use vinasse as a single source of energy during bioassays, demonstrating possible uses in bioremediation. It was observed that the number of cells/cm-3 has be in the minimum of the order 108 a 109 to an efficient remove of biopolymers (37%) and realized the fosfate is consumed efficiently (99%) only when in concentrations near of 3 mg L-1 , observing low efficient of consume when concentrations are nearly of 9 mg L-1 . The efficiency of degradation was high in the first 6 days of bioassay, not being observed efficient reductions in the others days of analyses.

Submitted by DIEGO FELIPE ALVES BATISTA null (diegofelipe_vet@hotmail.com) on 2017-07-23T15:53:00Z No. of bitstreams: 1 Tese final.pdf: 4005234 bytes, checksum: 457b822652d4193c9c8e25953f4d3dc1 (MD5) / Rejected by Luiz Galeffi (luizgaleffi@gmail.com), reason: Solicitamos que realize uma nova submissão seguindo a orientação abaixo: Incluir o número do processo de financiamento FAPESP nos agradecimentos da dissertação/tese. Corrija esta informação e realize uma nova submissão com o arquivo correto. Agradecemos a compreensão. on 2017-07-26T13:34:20Z (GMT) / Submitted by DIEGO FELIPE ALVES BATISTA null (diegofelipe_vet@hotmail.com) on 2017-07-26T14:07:28Z No. of bitstreams: 1 Tese_Diego_Felipe_Alves_Batista.pdf: 4004591 bytes, checksum: 1de74c2da3ba5ba3e56c6bcf6f9ba6f2 (MD5) / Approved for entry into archive by Luiz Galeffi (luizgaleffi@gmail.com) on 2017-07-26T19:26:28Z (GMT) No. of bitstreams: 1 batista_dfa_dr_jabo.pdf: 4004591 bytes, checksum: 1de74c2da3ba5ba3e56c6bcf6f9ba6f2 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-07-26T19:26:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 batista_dfa_dr_jabo.pdf: 4004591 bytes, checksum: 1de74c2da3ba5ba3e56c6bcf6f9ba6f2 (MD5) Previous issue date: 2017-07-04 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O tifo aviário, causado por Salmonella Gallinarum biotipo Gallinarum, é uma infecção caracterizada pela alta mortalidade nos lotes de aves suscetíveis acometidos, enquanto S. Gallinarum biotipo Pullorum, o agente da pulorose, infecta as aves de produção industrial com as quais desenvolve relação mais branda. Ainda é escasso o conhecimento sobre os mecanismos moleculares que sustentam essas diferentes interações patógeno-hospedeiro. Nesse estudo, objetivou-se investigar o efeito de deleção parcial das sequências codificantes dos genes idnT (transportador de L-idonato ou D-gluconato), idnO (5-cetogluconato redutase) e ccmH (heme liase necessária na montagem de citocromos do tipo C) sobre a patogenicidade de S. Gallinarum 287/91 (SG287/91), uma vez que seus ortólogos são pseudogenes conservados em S. Pullorum. Os clones mutantes SG∆idnTO, SG∆ccmH e SG∆ccmHidnTO foram obtidos por meio da técnica de mutação sítio-dirigida, denominada de recombinação Lambda-Red e testados em dois experimentos independentes com aves comerciais semipesadas de postura suscetíveis ao tifo aviário. No 1º experimento não se observou alteração da patogenicidade dos clones mutantes após inoculação oral, pois todos os animais infectados desenvolveram sinais clínicos típicos do tifo aviário e vieram a óbito ao longo de 12 dias pós-infecção (dpi). Apesar dos 100% de mortalidade, as infecções desenvolvidas pelos clones SG∆idnTO e SG∆ccmHidnTO levaram os animais a óbito dentro de 48 horas desde o aparecimento dos sinais clínicos, enquanto SG287/91 o fez em 6 dias, sugerindo aumento da virulência dos clones mutantes. No 2º experimento observou-se que as mutantes invadiram o hospedeiro a partir do intestino, embora as quantidades recuperadas de SG∆idnTO e SG∆ccmHidnTO nos fígados e de SG∆idnTO nos baços, no 5º dpi, foram superiores a de SG287/91, reforçando a hipótese de aumento da virulência dos clones contendo a alteração idnTO. Apesar disso, os níveis de transcrição das citocinas CXCLi2 e IL6 produzidos à infecção por SG∆idnTO e SG∆ccmHidnTO não diferiram nas tonsilas cecais nos 1º e 3º dpi e nos baços no 3º dpi em relação à infecção por SG287/91. Somente SG∆ccmH inclinou-se a estimular a transcrição de CXCLi2 e IL6 nas tonsilas cecais no 1° dpi em relação ao grupo controle, enquanto SG287/91 tendeu a suprimi-la. Porém, não houve suporte estatístico para essa observação. Os níveis de mRNA do IFNγ estavam aumentados para todas as estirpes de S. Gallinarum, mutantes ou não, porém sem diferença estatística entre eles. Os resultados do presente estudo indicam que a ruptura nos genes idnTO, e em menor grau do gene ccmH, poderiam levar a perda de “fitness” em S. Gallinarum, lhes justificando a permanência no genoma desse micro-organismo, ao contrário do que ocorre com S. Pullorum. O estudo da patogenicidade de estirpe de S. Pullorum tendo reconstituídos os genes idnTO e ccmH no seu genoma poderia esclarecer os motivos pelos quais esses foram negativamente selecionados por esse micro-organismo. / Fowl typhoid, caused by Salmonella Gallinarum biovar Gallinarum, is an infectious disease which elicits high mortality into a flock of susceptible birds whereas S. Gallinarum biovar Pullorum, the aetiological agent of pullorum disease, infects poultry of commercial importance with which such a bacterium sets off a more permissive host-pathogen interaction. Little is known about the molecular mechanisms driving these distinct interplays with the host. Herein, we aimed at investigating the effect of partial deletions in the idnT (L-idonate / D-gluconate transporter), idnO (5-ketogluconase reductase) and ccmH (heme liase involved in the c-type cytochrome maturation) coding sequences on S. Gallinarum 287/91 (SG287/91) pathogenicity since they are conserved pseudogenes in S. Pullorum genomes. SG∆idnTO, SG∆ccmH and SG∆ccmHidnTO mutant strains were constructed through a one-step inactivation technique, known as Lambda-Red-mediated recombination, and tested on two independent experiments by using a commercial brown egg-producing layer line susceptible to fowl typhoid. On the experiment 1, no changing was observed in the pathogenicity of the mutant strains upon oral inoculation as the infected animals developed typical fowl typhoid clinical signs and died along 12 days post-infection (dpi). In spite of causing 100% mortality, SG∆idnTO and SG∆ccmHidnTO killed all the animals within 48 hours since the clinical signs appearance while SG287/91 did so in 6 days, indicating an increased virulence by these mutant strains. On the experiment 2 every mutant strain were able to invade the host system from the intestine albeit SG∆idnTO and SG∆ccmHidnTO were recovered from livers and SG∆idnTO alone from spleens at higher numbers than was SG287/91, supporting the hypothesis of increased virulence for those clones harbouring the idnTO mutation. Despite the results above, CXCLi2 and IL6 transcription levels during infection by SG∆idnTO and SG∆ccmHidnTO were similar to that induced by SG287/91 in caecal tonsils at 1 and 3 dpi and in spleens at 3 dpi. In contrast, SG∆ccmH trended to stimulate CXCLi2 and IL6 transcription in caecal tonsils at 1 dpi when compared to the negative, control group whereas SG287/91 tended to suppress it, but no statistical significance was found for such an observation. IFNγ mRNA were augmented for all S. Gallinarum strains, mutant or not, but without statistical difference amongst them. These findings indicate that gene decay into idnTO, and at a lesser extent, into ccmH sequences might lead to the loss of fitness by S. Gallinarum, raising an explanation for their maintenance on this bacterium chromosome when the opposite happens to S. Pullorum. Studying the pathogenicity of a S. Pullorum strain possessing both the idnTO and ccmH genes in its genome could bring to light the reasons whereby such genes were negatively selected by this microorganism. / FAPESP: 2013/22920-4 / FAPESP: 2013/26127-7

Submitted by Renata Lopes (renatasil82@gmail.com) on 2017-06-27T19:15:36Z No. of bitstreams: 1 eltonsoaresdelimafilho mestrado.pdf: 10470752 bytes, checksum: b2ec80f3017bdb5b70e7d1e60f734b92 (MD5) / Approved for entry into archive by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br) on 2017-08-07T21:06:43Z (GMT) No. of bitstreams: 1 eltonsoaresdelimafilho mestrado.pdf: 10470752 bytes, checksum: b2ec80f3017bdb5b70e7d1e60f734b92 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-07T21:06:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 eltonsoaresdelimafilho mestrado.pdf: 10470752 bytes, checksum: b2ec80f3017bdb5b70e7d1e60f734b92 (MD5) Previous issue date: 2009-08-07 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Neste trabalho apresenta-se os princípios, a construção e o funcionamento de um aparato que realiza medidas interferométricas de atividade metabólica de microorganismos, em tempo real e de várias amostras simultaneamente. A construção do MAI1 compreende o desenvolvimento e implementação de técnicas de posicionamento das amostras, controle preciso de temperatura, bem como a aquisição e interpretação de padrões de sinais modulados de interferência óptica. Ao longo deste trabalho serão apresentados os modelos teóricos utilizados, os códigos de computador, os desenhos dos circuitos eletrônicos e da mecânica do aparato, bem como medidas realizadas com o mesmo. / This work presents the principles, construction and functioning of an apparatus wich measures the metabolic activity of microorganisms, in real time and from different samples simultaneously, using optical interferometry. The construction of MAI' required the development and implementation of techniques for positioning of samples, precision control of temperature, as well as the acquisition and interpretation of patterns of modulated optical interference signals. Along this work the theoretical models used, the computer codes, the electronic circuit drawings, and the mechanics of the apparatus, as well as measurements carried out with it, will be presented.

Submitted by Renata Lopes (renatasil82@gmail.com) on 2015-12-02T16:59:05Z No. of bitstreams: 1 michaelaladeirademelo.pdf: 987332 bytes, checksum: b090c8cbfcdee51ae5a4874c6a656f2a (MD5) / Approved for entry into archive by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br) on 2015-12-03T11:29:39Z (GMT) No. of bitstreams: 1 michaelaladeirademelo.pdf: 987332 bytes, checksum: b090c8cbfcdee51ae5a4874c6a656f2a (MD5) / Made available in DSpace on 2015-12-03T11:29:39Z (GMT). No. of bitstreams: 1 michaelaladeirademelo.pdf: 987332 bytes, checksum: b090c8cbfcdee51ae5a4874c6a656f2a (MD5) Previous issue date: 2015-02-20 / CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Com o objeto de avaliar o papel do metabolismo bacteriano para a dinâmica da matéria orgânica (MO) na região de confluência dos rios Negro e Solimões, foram estimadas em escala espacial: o metabolismo bacteriano - produção bacteriana (PB), respiração bacteriana (RB), demanda bacteriana de carbono (DBC) e eficiência de crescimento bacteriana (ECB), além de variáveis físicas e químicas, como nutrientes inorgânicos, carbono orgânico dissolvido (COD), razões estequiométricas dos nutrientes, condutividade elétrica e turbidez. Um experimento foi realizado para estimar a contribuição do metabolismo bacteriano e dos processos de adsorção da MO para o decaimento de COD na região de mistura das águas. As taxas metabólicas apresentaram variabilidade longitudinal e lateral ao longo da região de confluência dos rios Negro e Solimões, entretanto, não foi observado incremento das taxas metabólicas com o aumento da mistura das águas em condições in situ. A PB variou de 0,03 a 0,56 μgC L-1 h-1 e a RB de 38,8 a 78,73 μgC L-1 h-1, refletindo em baixos valores de ECB, em média 0,236%, ou seja, as bactérias heterotróficas alocam a maior parte da MO disponível para os processos catabólicos das células, o que resulta na rápida remineralização de carbono e nutrientes nestes sistemas. De uma maneira geral, os nutrientes e a qualidade e quantidade da MO parecem ter sido os fatores com maior influência sobre o metabolismo bacteriano na região estudada. O metabolismo bacteriano mostrou-se como principal componente para o decaimento de carbono, porém a adsorção da MO é de grande importância no processamento da MO, principalmente na zona de mistura das águas. Os resultados do presente estudo mostraram que as bactérias planctônicas contribuem significativamente para a transformação da MO, sendo que as altas taxas de RB destacam o importante papel das bactérias planctônicas para a remineralização de carbono e nutrientes na zona de confluência dos rios Negro e Solimões. / In order to evaluated the role of bacterial metabolism for the organic matter (OM) dynamics on the confluence zone of Negro and Solimões rivers, it was estimated in spatial scale: bacterial production (BP), bacterial respiration (BR), bacterial carbon demand (BCD), bacterial growth efficiency (BGE), in addition, chemical and physical variables, such as inorganic nutrients, dissolved organic carbon (DOC), stoichiometric ratio of nutrients, conductivity and turbidity. An experiment was conducted to estimate the contribution of bacterial activity and sorption process of OM to the DOC decay on the mixing waters. The metabolic rates showed longitudinal and lateral variability along Negro and Solimões rivers. However, it was observed in the metabolic rates with the increase of mixing waters in situ. The BP ranged between 0,03 and 0,56 μgC L-1 h-1 and the BR between 38,8 and 78,73 μgC L-1 h-1, reflecting in low BGE rates, average 0,236%, which means the heterotrophic bacteria allocated major part of OM available to the cells catabolic process, resulting in a quick remineralization of carbon and nutrients on these systems. In general, the nutrients and the quality and quantity of OM were the factors that most contributed to bacterial metabolism in the studied site. The bacterial metabolism showed as major component to the DOC decay, however, the OM sorption process is very important to the OM processing, mainly on water mixing zone. The results of this study showed that planktonic bacteria significantly contributed to the processing of OM, and high BR rates highlight the important role of planktonic bacteria for the carbon and nutrient remineralization on the confluence zone of the Negro and Solimões rivers.