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Desenvolvimento de métodos para a quantificação direta de Salmonella sp. por PCR-tempo real e por transcriptase reversa-PCR-tempo real / Development of methods for the direct quantification of Salmonella sp. using real time-PCR and reverse transcriptase-PCR-real timeFroder, Hans 25 November 2008 (has links)
Para obter resultados rápidos e confiáveis que permitam o monitoramento da segurança microbiológica de alimentos, seja pela indústria ou pelos órgãos de fiscalização, diversos métodos alternativos têm sido desenvolvidos para a detecção e quantificação de Salmonella. Os propósitos do estudo foram avaliar a viabilidade de emprego do QIAamp® DNA Stool Mini Kit para extração e purificação de DNA de Salmonella; validar ensaios baseados em PCR-tempo real (PCR-RT) para quantificar o DNA de Salmonella empregando ttr ou tuf e desenvolver um ensaio para quantificar Salmonella baseado na transcriptase reversa-PCR-tempo real (RT-PCR-RT). Para avaliação do QIAamp® DNA Stool Mini Kit empregaram-se fezes coletadas diretamente do reto de animais infectados ou não, sendo estas últimas artificialmente contaminadas e submetidas à extração segundo protocolo do fabricante. As amostras de DNA isoladas foram quantificadas empregando um ensaio Salmonella-específico PCR-RT utilizando como alvo o lócus ttr. O mesmo ensaio foi utilizado para células de Salmonella provenientes de meio de cultura. O ensaio PCR-RT baseado no alvo tuf foi validado empregando-se primeiramente cepas de diferentes sorotipos de Salmonella e de outras Enterobacteriaceae. A seguir sua eficiência foi avaliada para alimentos-modelo (ave e suíno) artificialmente contaminadas com elevada (≈ 6 log UFC/mL) e baixa (≈ 2 log UFC/mL) população de Salmonella Typhimurium DT 104. A validação do método quantitativo de Salmonella por RT-PCR-RT foi realizada primeiramente com células em meio de cultura e posteriormente nos mesmos alimentos-modelo utilizados para PCR-RT. Em ambos os métodos, alíquotas dos alimentos-modelo foram mantidas a 20 ºC e a 8 ºC, sendo examinadas em diferentes tempos pós-inoculação. Como controle empregou-se a enumeração de microrganismos mesófilos totais e de Salmonella por técnicas convencionais. A taxa de recuperação de Salmonella em fezes suínas artificialmente inoculadas, após tratamento com QIAamp® DNA Stool Kit, variou entre 25% a 50%, dependendo da quantidade inicial de células. Empregando o DNA extraído e submetendo-o à PCR-RT para o ttr obteve-se limite de detecção de 2,8 log UFC eq/g de fezes; método que foi menos sensível que o convencional. A quantificação de Salmonella por PCR-RT empregando tuf apresentou limite de detecção menor que 1 log UFC eq. Os resultados obtidos com este método, empregando-se células em meio de cultura ou alimentos-modelo, foram, de maneira geral, ligeiramente inferiores aos do método convencional. A eficiência de amplificação para PCR-RT e tuf foi de 94%. O método RT-PCR-RT apresentou limite de detecção semelhante ao obtido com o ttr (2 log UFC eq) e sua eficiência de amplificação foi de 100%. Observou-se que tuf é expresso na fase logarítmica de multiplicação bacteriana, o que o torna um bom indicador da viabilidade de Salmonella. / In order to get fast and trustworthy results that allow monitoring the microbiological food safety either by industries or governmental agencies, diverse alternative methods have been developed for Salmonella detection and quantification. The purposes of this study were to evaluate the viability of the use of QIAamp® DNA Stool Mini Kit for Salmonella DNA extraction and purification; to validate assays based on real time-PCR (PCR-RT) to quantify Salmonella DNA by using ttr or tuf, and to develop an assay to quantify Salmonella based on reverse transcriptase- PCR-real time (RT-PCR-RT). For QIAamp® DNA Stool Mini Kit evaluation feces taken directly from the rectum of infected or health animals were used, with the former being artificially contaminated. Samples were submitted to DNA extraction, according to manufacturers protocol. The isolated DNA were quantified using a Salmonella-specific PCR-RT targeting the ttr locus. The same assay was used for Salmonella cells originated from culture medium. The PCR-RT assay with tuf as target was first validated employing different Salmonella serovars and other Enterobacteriaceae strains. After, its efficiency was evaluated on food-models (chicken and swine) spiked with high (≈ 6 log CFU/mL) and low (≈ 2 log CFU/mL) Salmonella Typhimurium DT 104 populations. The validation of the quantitative RT-PCR-RT method was first conducted with cells grown in culture medium, and then in the same food-model used for PCR-RT. For both methods aliquots of foodmodels were maintained at 20 ºC and 8 ºC being evaluated at different incubation times. Enumeration of total mesophilic microorganisms and Salmonella based on conventional methods were used as controls. The DNA recovery rate in swine feces artificially inoculated, after QIAamp® DNA Stool Mini Kit treatment, was between 25% to 50% depending the initial amount of cells. Using the extracted DNA and submitting it to PCR-RT for ttr a detection level of 2,8 CFU eq/g of feces was obtained. This method showed lower sensitivity than the conventional. Salmonella quantification by PCR-RT employing tuf showed a detection level lower than 1 log CFU eq. The results obtained with this method and cells suspended in culture medium or in food-model systems were, in general slightly lower that those obtained with the conventional method. The efficiency of amplification for PCR-RT tuf was 94%. Detection limit of RT-PCR-RT was similar to that of ttr (2 log CFU eq) and efficiency of amplification was 100%. tuf was expressed in logarithmic phase of bacteria growth curve showing that it is a good viability indicator for Salmonella.
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Avaliação da qualidade higiênico-sanitária e nutritiva de bentôs comercializados no bairro da Liberdade, São Paulo / Evaluation of the hygienic-sanitary and nutritional quality of benthos marketed in Liberdade, São PauloAgnes Hanashiro 14 March 2002 (has links)
A questão da segurança alimentar vem ganhando atenção global face as milhões de vítimas de doenças transmitidas pelos alimentos. Mudanças demográficas, econômicas e sociais têm provocado transformações nas sociedades que resultam em maiores riscos à saúde pública. A difusão do comércio de alimento de rua, principalmente nos grandes centros urbanos, pode ser considerada um forte reflexo dessas mudanças. Os bentôs constituem um lanche ou refeição pronta para consumo, considerado o primeiro alimento de rua no Japão, há mais de um século. Em vista das características de comercialização e dos alimentos envolvidos questionou-se a qualidade microbiológica e nutritiva de bentôs comercializados no bairro oriental em São Paulo. Foram analisadas 60 amostras coletadas durante a primavera e o verão e classificadas segundo seu risco epidemiológico. A composição variou de preparações à base de pescado cru às refeições completas. Fez-se a determinação de macronutrientes e a pesquisa de microrganismos indicadores, Escherichia coli, Staphylococcus aureus, Bacillus cereus e Salmonella spp. O valor nutritivo oscilou bastante, sendo a proporção média em relação ao valor energético total igual a 16% de proteína, 19% de lipídeos e 65% de carboidratos. O valor energético das porções variou de 136 a 885Cal. 65% das amostras foram observadas em condições higiênicas insatisfatórias. Dentre as bactérias patogênicas, B. cereus apresentou o maior risco percentual, sendo que 40% das amostras estavam fora dos padrões considerados seguros. Não houve diferença estatística na contagem microbiana em relação à época de coleta ou ao tipo de amostra. A constatação de que 73,3% das amostras encontravam-se impróprias para consumo pode se agravar, em vista das características intrínsecas e de conservação observadas. O consumo de bentôs representa um perigo potencial à saúde, sendo necessários maiores investimentos em educação em saúde a todos os envolvidos na cadeia alimentar, incluindo os consumidores, como uma forma efetiva de inibir os riscos à saúde pública. / Food safety has become one of the biggest concerns to public health authorities, in view of the millions of victims of foodborne diseases world spread. Face to the social and economical changes in the societies, the public health risks are arising. As a reflex, the popularity of street food commerce exposes the consumers\' health to other threats. Bento is an ancient Japanese tradition of bringing ready-to-eat meals wherever you are, which surpassed the modem way of life and is still a convenience way to have a fast meal. But face to the trading features and composition its quality is doubtful. Therefore, the aim of this study was to evaluate the nutritional and microbiological qualities of bentos sold at the oriental district, in São Paulo. Sixty samples were purchased during spring and summer seasons from 17 points of sale and they were classified according to their epidemiological risk. The macronutrients were determined and the sanitary conditions were evaluated through the research of coliform organisms, Escherichia coli, Staphylococcus aureus, Bacillus cereus and Salmonella spp. The samples composition ranged from raw fish to :full course meals. The nutritive value presented a large variation and the average proportions of macronutrients in relation to the total energy value was 16% of protein, 19% of lipids and 65% of carbohydrates. The portion energy value ranged from 136 to 885Cal. B. cereus posed the greatest percentage risk of contamination, among the pathogens. The hygienic conditions of the bentos were critical in 65% of the samples. No statistical difference was observed in the microbiological counts related to the sample collection season or its sort. In general, 73.3% of the samples were unsuitable for consumption and considering the time-temperature abuse such proportion can reach higher degrees. The consumption of bentos poses a potential health hazard, showing to be necessary greater investments in health education for every sector of the food chain, including the consumers, as an effective way of inhibiting the risks to public health.
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Avaliação da qualidade higiênico-sanitária e nutritiva de bentôs comercializados no bairro da Liberdade, São Paulo / Evaluation of the hygienic-sanitary and nutritional quality of benthos marketed in Liberdade, São PauloHanashiro, Agnes 14 March 2002 (has links)
A questão da segurança alimentar vem ganhando atenção global face as milhões de vítimas de doenças transmitidas pelos alimentos. Mudanças demográficas, econômicas e sociais têm provocado transformações nas sociedades que resultam em maiores riscos à saúde pública. A difusão do comércio de alimento de rua, principalmente nos grandes centros urbanos, pode ser considerada um forte reflexo dessas mudanças. Os bentôs constituem um lanche ou refeição pronta para consumo, considerado o primeiro alimento de rua no Japão, há mais de um século. Em vista das características de comercialização e dos alimentos envolvidos questionou-se a qualidade microbiológica e nutritiva de bentôs comercializados no bairro oriental em São Paulo. Foram analisadas 60 amostras coletadas durante a primavera e o verão e classificadas segundo seu risco epidemiológico. A composição variou de preparações à base de pescado cru às refeições completas. Fez-se a determinação de macronutrientes e a pesquisa de microrganismos indicadores, Escherichia coli, Staphylococcus aureus, Bacillus cereus e Salmonella spp. O valor nutritivo oscilou bastante, sendo a proporção média em relação ao valor energético total igual a 16% de proteína, 19% de lipídeos e 65% de carboidratos. O valor energético das porções variou de 136 a 885Cal. 65% das amostras foram observadas em condições higiênicas insatisfatórias. Dentre as bactérias patogênicas, B. cereus apresentou o maior risco percentual, sendo que 40% das amostras estavam fora dos padrões considerados seguros. Não houve diferença estatística na contagem microbiana em relação à época de coleta ou ao tipo de amostra. A constatação de que 73,3% das amostras encontravam-se impróprias para consumo pode se agravar, em vista das características intrínsecas e de conservação observadas. O consumo de bentôs representa um perigo potencial à saúde, sendo necessários maiores investimentos em educação em saúde a todos os envolvidos na cadeia alimentar, incluindo os consumidores, como uma forma efetiva de inibir os riscos à saúde pública. / Food safety has become one of the biggest concerns to public health authorities, in view of the millions of victims of foodborne diseases world spread. Face to the social and economical changes in the societies, the public health risks are arising. As a reflex, the popularity of street food commerce exposes the consumers\' health to other threats. Bento is an ancient Japanese tradition of bringing ready-to-eat meals wherever you are, which surpassed the modem way of life and is still a convenience way to have a fast meal. But face to the trading features and composition its quality is doubtful. Therefore, the aim of this study was to evaluate the nutritional and microbiological qualities of bentos sold at the oriental district, in São Paulo. Sixty samples were purchased during spring and summer seasons from 17 points of sale and they were classified according to their epidemiological risk. The macronutrients were determined and the sanitary conditions were evaluated through the research of coliform organisms, Escherichia coli, Staphylococcus aureus, Bacillus cereus and Salmonella spp. The samples composition ranged from raw fish to :full course meals. The nutritive value presented a large variation and the average proportions of macronutrients in relation to the total energy value was 16% of protein, 19% of lipids and 65% of carbohydrates. The portion energy value ranged from 136 to 885Cal. B. cereus posed the greatest percentage risk of contamination, among the pathogens. The hygienic conditions of the bentos were critical in 65% of the samples. No statistical difference was observed in the microbiological counts related to the sample collection season or its sort. In general, 73.3% of the samples were unsuitable for consumption and considering the time-temperature abuse such proportion can reach higher degrees. The consumption of bentos poses a potential health hazard, showing to be necessary greater investments in health education for every sector of the food chain, including the consumers, as an effective way of inhibiting the risks to public health.
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Efeitos da radiação gama na microbiota e no teor de vitamina C de agrião (Nasturtium officinale) orgânico minimamente processado: aceitação e intenção de compra do produto irradiado / Effects of gamma radiation on the microbiota and vitamin C content of minimally processed organic watercr ess (Nasturtium officinale): Acceptance and intention to purchase the irradiated productMartins, Cecilia Geraldes 17 October 2008 (has links)
O aumento do consumo de vegetais frescos e a globalização do mercado de hortaliças e frutas frescas provocaram um aumento na preocupação com as enfermidades transmitidas por alimentos (ETA) associadas a esses produtos. No Brasil, a produção de hortaliças orgãnicas vem crescendo, aproximadamente 40% ao ano. Considerando o exposto, foram analisadas 108 amostras de agrião orgãnico minimamente processado e irradiado coletadas, aleatoriamente, em produtores da região de São Roque, São Paulo, no período de novembro de 2005 a março de 2007, para avaliar a ecologia microbiana e a concentração de vitamina C ao longo da cadeia produtiva. As amostras de agrião orgãnico coletadas no campo e as de minimamente processado apresentaram populações superiores a 3,0 log UFC/g para aeróbios mesófilos, aeróbios psicrotróficos, Pseudomonas spp, coliformes termotolerantes e E. coli. Salmonella spp, E. coli 0157:H7 e L. monocytogenes não foram detectadas ao longo da cadeia produtiva. Comparando o processo mínimo com a combinação processo mínimo e irradiação constata-se que a combinação é mais eficiente uma vez que o processo mínimo seguido de exposição à dose de 1 kGy foi suficiente para reduzir de maneira significativa os diversos grupos de mícrorganismos no agrião. As concentrações de ácido ascórbico, ácido dehidroáscorbico e de vitamina C variaram em todas as etapas de processamento do agrião orgãnico minimamente processado e irradiado. Ao longo da vida-de-prateleira de agrião orgãnico minimamente processado e irradiado, a população de L. monocytogenes foi reduzida em, aproximadamente, 4,5, 5,5 e 5,9 ciclos log de acordo com as doses de 1 kGy, 2 kGye 3 kGy, respectivamente. Comportamento similar pode ser constatado para a população de Salmonella spp,. Os resultados da análise sensorial mostraram que o conhecimento ou não do processo de irradiação pelo consumidor não prejudica a aceitação e a intenção de compra do produto irradiado. Portanto o processo de irradiação visando a melhoria da qualidade de agrião orgânico é factível desde que sejam seguidas as Boas Práticas Agrícolas, Boas Práticas de Produção e Boas Práticas do Processo de Irradiação. / With the increase in the consumption of fresh vegetables and the globalization of the market for fresh fruits and vegetables, the concern with foodborne diseases associated with these products has also increased. In Brazil, the production of organic vegetables has increased approximately 40% per year in the last decade. Considering the above, 108 samples of irradiated, minimally processed, organic watercress from producers in the region of Sao Roque, Sao Paulo, were collected through November 2005 to March 2007, to assess the microbial ecology and vitamin C content. Samples of organic watercress collected at the farm level and at the industry level showed populations higher than 3,0 UFC/g for aerobic mesophilic, psychrotrophic, Pseudomonas spp, fecal coliforms and E. coli. Salmonella, E. coli O157:H7 and L. monocytogenes were not detected along the production chain. Comparing the minimal process and the combination of minimal process and irradiation, the combination was more efficient since even the lower dose (1 kGy) was sufficient to reduce the population of the various groups of microorganisms. The ascorbic acid, dehidroascorbic acid and vitamin C content varied at all stages of minimal processing as well as with the exposed doses of irradiation (1, 2 and 3 kGy). The population of L. monocytogenes decreased approximately 4.5, 5.5, and 5.9 log cycles, depending on the exposed doses, throughout the shelf life of irradiated minimally processed organic watercress. Similar behavior was showed by the Salmonella population. Sensory evaluation results showed that previous knowledge or none by consumers does not interfere with the acceptance and intention of purchase of irradiated minimally processed organic watercress. Thus the process of irradiation to improve the microbiological quality of minimally processed organic watercress is feasible provided that Good Agricultural Practice, Good Practice Production and Good Irradiation Practice are followed.
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Efeitos da radiação gama na microbiota e no teor de vitamina C de agrião (Nasturtium officinale) orgânico minimamente processado: aceitação e intenção de compra do produto irradiado / Effects of gamma radiation on the microbiota and vitamin C content of minimally processed organic watercr ess (Nasturtium officinale): Acceptance and intention to purchase the irradiated productCecilia Geraldes Martins 17 October 2008 (has links)
O aumento do consumo de vegetais frescos e a globalização do mercado de hortaliças e frutas frescas provocaram um aumento na preocupação com as enfermidades transmitidas por alimentos (ETA) associadas a esses produtos. No Brasil, a produção de hortaliças orgãnicas vem crescendo, aproximadamente 40% ao ano. Considerando o exposto, foram analisadas 108 amostras de agrião orgãnico minimamente processado e irradiado coletadas, aleatoriamente, em produtores da região de São Roque, São Paulo, no período de novembro de 2005 a março de 2007, para avaliar a ecologia microbiana e a concentração de vitamina C ao longo da cadeia produtiva. As amostras de agrião orgãnico coletadas no campo e as de minimamente processado apresentaram populações superiores a 3,0 log UFC/g para aeróbios mesófilos, aeróbios psicrotróficos, Pseudomonas spp, coliformes termotolerantes e E. coli. Salmonella spp, E. coli 0157:H7 e L. monocytogenes não foram detectadas ao longo da cadeia produtiva. Comparando o processo mínimo com a combinação processo mínimo e irradiação constata-se que a combinação é mais eficiente uma vez que o processo mínimo seguido de exposição à dose de 1 kGy foi suficiente para reduzir de maneira significativa os diversos grupos de mícrorganismos no agrião. As concentrações de ácido ascórbico, ácido dehidroáscorbico e de vitamina C variaram em todas as etapas de processamento do agrião orgãnico minimamente processado e irradiado. Ao longo da vida-de-prateleira de agrião orgãnico minimamente processado e irradiado, a população de L. monocytogenes foi reduzida em, aproximadamente, 4,5, 5,5 e 5,9 ciclos log de acordo com as doses de 1 kGy, 2 kGye 3 kGy, respectivamente. Comportamento similar pode ser constatado para a população de Salmonella spp,. Os resultados da análise sensorial mostraram que o conhecimento ou não do processo de irradiação pelo consumidor não prejudica a aceitação e a intenção de compra do produto irradiado. Portanto o processo de irradiação visando a melhoria da qualidade de agrião orgânico é factível desde que sejam seguidas as Boas Práticas Agrícolas, Boas Práticas de Produção e Boas Práticas do Processo de Irradiação. / With the increase in the consumption of fresh vegetables and the globalization of the market for fresh fruits and vegetables, the concern with foodborne diseases associated with these products has also increased. In Brazil, the production of organic vegetables has increased approximately 40% per year in the last decade. Considering the above, 108 samples of irradiated, minimally processed, organic watercress from producers in the region of Sao Roque, Sao Paulo, were collected through November 2005 to March 2007, to assess the microbial ecology and vitamin C content. Samples of organic watercress collected at the farm level and at the industry level showed populations higher than 3,0 UFC/g for aerobic mesophilic, psychrotrophic, Pseudomonas spp, fecal coliforms and E. coli. Salmonella, E. coli O157:H7 and L. monocytogenes were not detected along the production chain. Comparing the minimal process and the combination of minimal process and irradiation, the combination was more efficient since even the lower dose (1 kGy) was sufficient to reduce the population of the various groups of microorganisms. The ascorbic acid, dehidroascorbic acid and vitamin C content varied at all stages of minimal processing as well as with the exposed doses of irradiation (1, 2 and 3 kGy). The population of L. monocytogenes decreased approximately 4.5, 5.5, and 5.9 log cycles, depending on the exposed doses, throughout the shelf life of irradiated minimally processed organic watercress. Similar behavior was showed by the Salmonella population. Sensory evaluation results showed that previous knowledge or none by consumers does not interfere with the acceptance and intention of purchase of irradiated minimally processed organic watercress. Thus the process of irradiation to improve the microbiological quality of minimally processed organic watercress is feasible provided that Good Agricultural Practice, Good Practice Production and Good Irradiation Practice are followed.
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Desenvolvimento de métodos para a quantificação direta de Salmonella sp. por PCR-tempo real e por transcriptase reversa-PCR-tempo real / Development of methods for the direct quantification of Salmonella sp. using real time-PCR and reverse transcriptase-PCR-real timeHans Froder 25 November 2008 (has links)
Para obter resultados rápidos e confiáveis que permitam o monitoramento da segurança microbiológica de alimentos, seja pela indústria ou pelos órgãos de fiscalização, diversos métodos alternativos têm sido desenvolvidos para a detecção e quantificação de Salmonella. Os propósitos do estudo foram avaliar a viabilidade de emprego do QIAamp® DNA Stool Mini Kit para extração e purificação de DNA de Salmonella; validar ensaios baseados em PCR-tempo real (PCR-RT) para quantificar o DNA de Salmonella empregando ttr ou tuf e desenvolver um ensaio para quantificar Salmonella baseado na transcriptase reversa-PCR-tempo real (RT-PCR-RT). Para avaliação do QIAamp® DNA Stool Mini Kit empregaram-se fezes coletadas diretamente do reto de animais infectados ou não, sendo estas últimas artificialmente contaminadas e submetidas à extração segundo protocolo do fabricante. As amostras de DNA isoladas foram quantificadas empregando um ensaio Salmonella-específico PCR-RT utilizando como alvo o lócus ttr. O mesmo ensaio foi utilizado para células de Salmonella provenientes de meio de cultura. O ensaio PCR-RT baseado no alvo tuf foi validado empregando-se primeiramente cepas de diferentes sorotipos de Salmonella e de outras Enterobacteriaceae. A seguir sua eficiência foi avaliada para alimentos-modelo (ave e suíno) artificialmente contaminadas com elevada (≈ 6 log UFC/mL) e baixa (≈ 2 log UFC/mL) população de Salmonella Typhimurium DT 104. A validação do método quantitativo de Salmonella por RT-PCR-RT foi realizada primeiramente com células em meio de cultura e posteriormente nos mesmos alimentos-modelo utilizados para PCR-RT. Em ambos os métodos, alíquotas dos alimentos-modelo foram mantidas a 20 ºC e a 8 ºC, sendo examinadas em diferentes tempos pós-inoculação. Como controle empregou-se a enumeração de microrganismos mesófilos totais e de Salmonella por técnicas convencionais. A taxa de recuperação de Salmonella em fezes suínas artificialmente inoculadas, após tratamento com QIAamp® DNA Stool Kit, variou entre 25% a 50%, dependendo da quantidade inicial de células. Empregando o DNA extraído e submetendo-o à PCR-RT para o ttr obteve-se limite de detecção de 2,8 log UFC eq/g de fezes; método que foi menos sensível que o convencional. A quantificação de Salmonella por PCR-RT empregando tuf apresentou limite de detecção menor que 1 log UFC eq. Os resultados obtidos com este método, empregando-se células em meio de cultura ou alimentos-modelo, foram, de maneira geral, ligeiramente inferiores aos do método convencional. A eficiência de amplificação para PCR-RT e tuf foi de 94%. O método RT-PCR-RT apresentou limite de detecção semelhante ao obtido com o ttr (2 log UFC eq) e sua eficiência de amplificação foi de 100%. Observou-se que tuf é expresso na fase logarítmica de multiplicação bacteriana, o que o torna um bom indicador da viabilidade de Salmonella. / In order to get fast and trustworthy results that allow monitoring the microbiological food safety either by industries or governmental agencies, diverse alternative methods have been developed for Salmonella detection and quantification. The purposes of this study were to evaluate the viability of the use of QIAamp® DNA Stool Mini Kit for Salmonella DNA extraction and purification; to validate assays based on real time-PCR (PCR-RT) to quantify Salmonella DNA by using ttr or tuf, and to develop an assay to quantify Salmonella based on reverse transcriptase- PCR-real time (RT-PCR-RT). For QIAamp® DNA Stool Mini Kit evaluation feces taken directly from the rectum of infected or health animals were used, with the former being artificially contaminated. Samples were submitted to DNA extraction, according to manufacturers protocol. The isolated DNA were quantified using a Salmonella-specific PCR-RT targeting the ttr locus. The same assay was used for Salmonella cells originated from culture medium. The PCR-RT assay with tuf as target was first validated employing different Salmonella serovars and other Enterobacteriaceae strains. After, its efficiency was evaluated on food-models (chicken and swine) spiked with high (≈ 6 log CFU/mL) and low (≈ 2 log CFU/mL) Salmonella Typhimurium DT 104 populations. The validation of the quantitative RT-PCR-RT method was first conducted with cells grown in culture medium, and then in the same food-model used for PCR-RT. For both methods aliquots of foodmodels were maintained at 20 ºC and 8 ºC being evaluated at different incubation times. Enumeration of total mesophilic microorganisms and Salmonella based on conventional methods were used as controls. The DNA recovery rate in swine feces artificially inoculated, after QIAamp® DNA Stool Mini Kit treatment, was between 25% to 50% depending the initial amount of cells. Using the extracted DNA and submitting it to PCR-RT for ttr a detection level of 2,8 CFU eq/g of feces was obtained. This method showed lower sensitivity than the conventional. Salmonella quantification by PCR-RT employing tuf showed a detection level lower than 1 log CFU eq. The results obtained with this method and cells suspended in culture medium or in food-model systems were, in general slightly lower that those obtained with the conventional method. The efficiency of amplification for PCR-RT tuf was 94%. Detection limit of RT-PCR-RT was similar to that of ttr (2 log CFU eq) and efficiency of amplification was 100%. tuf was expressed in logarithmic phase of bacteria growth curve showing that it is a good viability indicator for Salmonella.
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