Leishmanioses são doenças classificadas pela Organização Mundial da Saúde (OMS) como negligenciadas, o que as caracterizam como aquelas que prevalecem em condições de pobreza e representam significativo entrave ao desenvolvimento por contribuírem para desigualdade. Cerca de 350 milhões de pessoas vivem sob o risco de infecção em 98 países da África, Eurásia e Américas. Acometem o homem e outros animais sob um espectro clínico amplo, que varia de discretas lesões, de cura espontânea, a quadros de comprometimento sistêmico, potencialmente fatais. A manutenção do ciclo de transmissão está inserida em um sistema biológico complexo, com a participação de mais de 20 espécies de Leishmania e uma grande variedade de reservatórios e vetores, e o diagnóstico está entre as estratégias empregadas para o controle dessas doenças. A precisa identificação das espécies envolvidas no ciclo de transmissão permite a geração de dados importantes para mapeamentos ecoepidemiológicos e para o delineamento de estratégias terapêuticas e de controle. O material genético do parasita como alvo de detecção e identificação desses organismos é descrito na literatura científica em trabalhos que abordam diversas estratégias metodológicas. Entre as técnicas mais recentes estão as análises de dissociação em alta resolução (HRM- High Resolution Melting), descrita como uma estratégia eficiente para a discriminação de polimorfismos em fragmentos específicos de DNA gerados por PCR (Polymerase Chain Reaction). O presente trabalho teve como principal objetivo padronizar um protocolo de detecção e identificação de Leishmania capaz de discriminar o maior número possível de espécies com base em polimorfismos do gene hsp70, utilizando HRM como ferramenta metodológica. Sequências nucleotídicas de hsp70 disponíveis em banco de dados e obtidas no laboratório foram analisadas in silico e regiões polimórficas foram delimitadas. Das regiões delimitadas, três foram escolhidas por conterem polimorfismos que geraram fragmentos cujas temperaturas de dissociação simuladas são distintas entre espécies ou grupo de espécies. A exploração de perfis de dissociação dos três amplicons de hsp70 obtidos por PCR em tempo real revelou diferenças que permitiram a discriminação das espécies de Leishmania responsáveis por doenças nas Américas, África e Eurásia. Os testes foram padronizados com a utilização de DNA de cepas-referência de Leishmania e então aplicados a amostras de DNA obtidas de amostras clínicas, de campo ou experimentais, como isolados, biópsias humanas frescas ou fixadas, flebotomíneos e cães naturalmente infectados e camundongos experimentalmente infectados. Os resultados obtidos por HRM foram comparados aos obtidos previamente por outras metodologias como PCR convencional, RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism) ou sequenciamento, com confirmação da identidade do parasita nas amostras testadas. O protocolo descrito é relativamente barato, tecnicamente simples, passível de automatização, podendo ser uma alternativa para a detecção e identificação de Leishmania em amostras, em estudos diagnósticos e ecoepidemiológicos. / According to the World Health Organization (WHO), the leishmaniases are classified as neglected diseases, since they are related to poverty and contribute to inequality. Approximately 350 million people are at risk of infection in 98 countries in Africa, Eurasia and Americas. They affect humans and other animals that, depending on the species, causes a wide spectrum of clinical manifestations, that range from discrete lesions of spontaneous healing to potentially fatal systemic disease. The maintenance of the transmission cycle is part of a complex biological system, in which there is the participation of more than 20 species of Leishmania and a large variety of reservoirs and vectors. Diagnosis is important for early control of the disease. A precise identification of the species involved in the transmission cycle allows the generation of important data for eco-epidemiological mapping and for therapeutic measures and control strategies. Several genes have been used as diagnostic targets and several molecular strategies have been used in diagnosis. High resolution melting (HRM) analysis is among the most recent techniques and it is described as an efficient strategy for discriminating polymorphisms in specific DNA fragments generated by PCR (Polymerase Chain Reaction). The main objective of this work was to standardize a protocol for detection and identification of Leishmania spp, capable of discriminating the largest possible number of species based on hsp70 gene polymorphisms through HRM methodological tool. Available nucleotide sequences of hsp70 in databases as well as the ones obtained in the laboratory were analyzed in silico and polymorphic regions were delimited. Three regions were chosen since they contained polymorphisms that generated distinct simulated dissociation temperatures among species or group of species. The analysis of dissociation profiles of the three amplicons of hsp70 obtained by real-time PCR revealed differences that allowed the discrimination of Leishmania species responsible for diseases in the Americas, Africa and Eurasia. The tests were standardized using DNA from Leishmania reference strains and then applied to DNA samples obtained from clinical or from field samples, such as isolates, fresh or fixed human biopsies, phlebotomines and dogs naturally infected, and experimentally infected mice. The results obtained by HRM were compared to those obtained previously by other methodologies such as conventional PCR, RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism) or sequencing, confirming the parasite identity in the samples tested. The described protocol is relatively inexpensive, technically simple, potentially automated, and may be an alternative for the detection and identification of Leishmania in biological samples, in diagnostic and eco-epidemiological studies.

O objetivo deste estudo foi avaliar a plataforma OpenArray para testes genéticos em doadores de sangue e determinar as frequências genotípicas e alélicas de alterações pontuais (SNPs) associadas à trombose venosa (G1691A e G20210A), à hiperhomocisteinemia (C677T, A1298C), e à hemocromatose hereditária (C282Y, H63D e S65C) na população de doadores de sangue de São Paulo, Brasil. Foram analisadas 400 amostras de sangue total coletadas de outubro a novembro de 2011. A detecção dos SNPs foi realizada utilizando a tecnologia de microarray em superfície sólida OpenArray. As amostras também foram analisadas utilizando a técnica de PCR em Tempo Real sistema FRET para comparação dos resultados e determinação da acurácia do sistema OpenArray. Observamos que houve 100% de concordância de resultados entre ambas as técnicas para todas as amostras, em todas as variantes pesquisadas, com exceção da mutação C282Y no gene HFE, a qual apresentou 99,75% de concordância. O resultado da amostra em questão foi posteriormente confirmado por sequenciamento direto (Sanger), que confirmou o resultado fornecido pelo método OpenArray. As frequências calculadas para cada SNP foram: FV G1691A 98,8% (G/G), 1,2% (G/A); FII G2021A 99,5% (G/G), 0,5% (G/A); MTHFR C677T 45,5% (C/C), 44,8% (C/T), 9,8% (T/T); MTHFR A1298C 60,3% (A/A), 33,6% (A/C), 6,1% (C/C); HFE C282Y 96%(G/G), 4%(G/A), HFE H63D 78,1%(C/C), 20,3% (C/G), 1,6% (G/G); e HFE S65C 98,1% (A/A), 1,9% (A/T). Esses resultados descrevem as frequências de SNPs associados a doenças e são importantes para aprimorar o conhecimento atual do perfil genético da população de doadores de sangue brasileiros, embora um estudo maior seja necessário para determinar com a maior acurácia a frequência das mutações pesquisadas. Além disso, observamos que a plataforma OpenArray, demonstrou alta taxa de concordância com o método de PCR em Tempo Real sistema FRET. / The aim of this study was to evaluate the OpenArray platform for genetic testing of blood donors and to assess the genotype frequencies of nucleotide-polymorphisms (SNPs) associated with venous thrombosis (G1691A and G20210A), hyperhomocysteinemia (C677T, A1298C), and hereditary hemochromatosis (C282Y, H63D and S65C) in blood donors from Sao Paulo, Brazil. We examined 400 blood donor samples collected from October to November 2011. The SNPs were detected using OpenArray technology. The blood samples were also examined using a real-time PCR-FRET system to compare the results and determine the accuracy of the OpenArray method. We observed 100% agreement in all assays tested, except HFE C282Y, which showed 99.75% agreement. The HFE C282Y assay was further confirmed through direct sequencing, and the results showed that OpenArray analysis was accurate. The calculated frequencies of each SNP were FV G1691A 98.8% (G/G), 1.2% (G/A); FII G2021A 99.5% (G/G), 0.5% (G/A); MTHFR C677T 45.5% (C/C), 44.8% (C/T), 9.8% (T/T); MTHFR A1298C 60.3% (A/A), 33.6% (A/C), 6.1% (C/C); HFE C282Y 96%(G/G), 4%(G/A), HFE H63D 78.1%(C/C), 20.3% (C/G), 1.6% (G/G); and HFE S65C 98.1% (A/A), 1.9% (A/T).Taken together, these results describe the frequencies of SNPs associated with diseases and are important to enhance our current knowledge of the genetic profiles of Brazilian blood donors, although a larger study is needed for a more accurate determination of the frequency of the alleles. Furthermore, the OpenArray platform showed a high concordance rate with standard FRET RT-PCR

Nos últimos anos a incidência da clorose letal, causada pelo Zucchini lethal chlorosis virus (ZLCV) vem aumentando em plantios de cucurbitáceas e preocupando produtores pelos danos causados na produção. Devido às poucas informações sobre esta virose em cucurbitáceas, somente algumas medidas profiláticas de controle têm sido recomendadas para minimizar a incidência da doença. A resistência genética, seja da forma tradicional ou por meio da transgenia, é considerada a melhor e mais eficiente forma de controle de viroses em geral. Sendo assim essa proposta de pesquisa visou caracterizar a resistência da moranga Exposição ao ZLCV, para gerar informações que auxiliem programas de melhoramento vegetal e também estudar a possível interferência do Papaya ringspot virus type W (PRSV-W) e do Zucchini yellow mosaic virus (ZYMV) na resistência das plantas ao ZLCV. A infecção pelo ZLCV e sua movimentação na planta foram avaliadas por PTA-ELISA, RT-PCR, impressão de tecido (Tissue printing) e teste de recuperação biológica. Os resultados mostraram que o vírus pôde ser detectado no local da infecção, mas não foi detectado além do ponto de inoculação. Estes resultados sugerem que a moranga Exposição apresenta uma resistência à invasão sistêmica de longa distância ao ZLCV. Para verificar a possível interferência dos potyvirus na resistência da moranga Exposição ao ZLCV foram conduzidos experimentos em casa de vegetação, onde os vírus foram inoculados em mistura nas plantas teste e experimentos em campo onde os potyvirus foram pré-inoculados e a infecção pelo ZLCV ocorreu naturalmente pelo vetor. Em nenhum dos casos foi verificada interferência dos potyvirus na resistência das plantas de moranga ao ZLCV. / The occurrence of lethal chlorosis in the past years, caused by Zucchini lethal chlorosis virus (ZLCV), has become common in cucurbit crops, which concerns producers in terms of yield losses. Due to the lack of information about this virus disease, only few prophylactic precautions have been recommended in order to minimize the occurrence of the disease. The genetic resistance, either via conventional means or via transgenesis, is considered the most efficient way so far to control virus diseases. With that in mind, the present work aimed to characterize the genetic resistance of winter squash Exposição against ZLCV in order to generate important information for cucurbit breeding programs, as well as to investigate the potential effect of Papaya ringspot virus type W (PRSV-W) and Zucchini yellow mosaic virus (ZYMV) in winter squash Exposição resistance against ZLCV. The ZLCV infection and its systemic mobility inside the plant were evaluated by PTA-ELISA, RT-PCR, tissue printing and biological recovery test. The results have shown that ZLCV can be detected at the infection spot, but was not detected beyond the inoculation point. These results suggest that winter squah Exposição is resistant to long-distance systemic invasion of ZLCV. In order to verify the potential interference of the potyviruses on the winter squash Exposição resistance against ZLCV, experiments were carried out into greenhouse, where the viruses were inoculated together into testing plants, and also in field trials, where the potyviruses were pre-inoculated and the infection by ZLCV naturally occurred by the vector. Interference of potyviruses on the winter squash resistance was not observed via the investigation methods presented.

A taxa de infecção mínima (TIM) em flebotomíneos é uma informação útil para estudos epidemiológicos em leishmaniose. Quando estes estudos de campo contem grande número de insetos, a PCR é a indicada para caracterização por Leishmania nos vetores. Este estudo avaliou a PCR na identificação da (TIM) natural por Leishmania spp. em Lutzomyia longipalpis e, ao mesmo tempo, determinou as (TIM) por Leishmania spp em uma micro-região endêmica do Estado de São Paulo. Na primeira parte deste estudo, as avaliações do desempenho das PCRs convencional (cPCR) e em tempo real (qPCR) foram realizadas em 66 amostras de conteúdo intestinal de flebotomíneos utilizados no xenodiagnóstico (30 positivas e 36 negativas). O material contido nas lâminas foi transferido para tubos com solução salina estéril e congeladas a -20° C por cerca de 12 meses. Os marcadores moleculares utilizados foram RV1/RV2 para L. (L.) infantum na cPCR; e Linj31 para sub gênero (L.) (Leishmania) na qPCR. Das 30 amostras positivas, 20 (67%) e 21 (70%) foram positivas utilizando os marcadores RV1/RV2 e Linj31, respectivamente. Das 36 amostras negativas no xenodiagnóstico, 2 (5%) foram positivas em todos os marcadores moleculares. Na segunda parte foram analisados insetos capturados durante 2 a 3 noites/mês durante 11 meses (janeiro a novembro de 2012) usando 10 armadilhas automáticas de luz do tipo CDC ao redor de um canil em uma transição entre bairro periurbano e urbano de Dracena. As áreas de captura foram agrupadas em 3 zonas para determinar a TIM. Um total de 1.690 Lu. longipalpis foram capturadas durante o período estudado. Destes, 292 (17,25%) eram fêmeas de flebotomíneos e foram agrupadas em 165 pools (1 a 5 insetos) para extração de DNA e análise por PCR. Resultados positivos para L. (L.) infantum na cPCR e qPCR foram vistos em 7,28% (12/165) e 4,85% (8/165) das amostras, respectivamente. Estes dados confirmam que espécimes capturados na área de estudo estavam infectados por L. (L.) infantum. A TIM durante os 11 meses de capturas foi de 4,10% (292 fêmeas coletadas). Os ecótopos com TIM mais altos foram canil, galinheiro e casa 2. Flebotomíneos infectados estavam presentes nos locais de captura com abundância de hospedeiros. O maior número de pools positivos (6/93) foi obtido no galinheiro, todavia a maior TIM foi obtido em um domícilio (1/6) 16,67%. / The minimum infection rate (MIR) in sandflies is a useful information for epidemiological studies on leishmaniasis. When these field studies consider large numbers of insects, PCR is indicated for identification and characterization of Leishmania in the vectors. This study evaluated a PCR in the identification of natural (MIR) by Leishmania spp. in Lutzomyia longipalpis and, at the same time, determined MIR by Leishmania spp in a micro region endemic in São Paulo State . In the first part of this study, the performance evaluation of conventional PCR (cPCR) and real-time PCR (qPCR) were carried out on 66 intestinal contents samples of non-xenodiagnostic sandflies (30 positive and 36 negative). The material contained in the slides was transferred to tubes with sterile saline solution and frozen at -20 ° C for about 12 months. The molecular markers used were RV1 / RV2 for L. (L.) infantum in cPCR; E Linj31 for sub genus (L.) Leishmania on qPCR. From the 30 positive samples, 20 (67%) and 21 (70%) were positive using the RV1 / RV2 and Linj31 markers, respectively. From the 36 negative xenodiagnostic samples, 2 (5%) were positive in all molecular markers. In the second part, we analyzed insects captured during 2 to 3 nights / month for 11 months (January to November 2012) using 10 CDC automatic light traps around a kennel in a transition between urban and suburb of Dracena. Capture areas were grouped into 3 zones to determine MIR. A total of 1,690 Lu. longipalpis were captured during the study period. From these, 292 (17.25%) were female sand flies and were grouped into 165 pools (1 to 5 insects) for DNA extraction and PCR analysis. Positive results for L. (L.) infantum in cPCR and qPCR were seen in 7.28% (12/165) and 4.85% (8/165) of the samples, respectively. These data confirm that the specimens captured in the study area were infected by L. (L.) infantum. The MIR during the 11 months of captures was 4.10% (292 females collected). The highest MIR ecotopes were kennel, chicken coop and house 2. Infected sandflies were presented at capture sites with host abundance. The highest number of positive pools (6/93) was obtained in henhouse, however the highest MIR was obtained in a domicile (1/6) 16.67%.

Foram desenhados três pares de primers, sendo um deles dirigido ao gene que codifica uma proteína periplasmática da Brucella (BP26) e dois outros dirigidos para a região interespaçadora entre os gene 16S e 23S do RNA ribossômico (ITS). Com os primers acima, foram padronizadas três PCRs, potencialmente capazes de detectar qualquer espécie de Brucella e denominadas PCR-ITS1, PCR-ITS2 e PCR-BP26. Soluções de DNA de sangue de cão livre de Brucella foram contaminadas com quantidades decrescentes de DNA de B. canis (RM6/66) e, então, submetidas às PCRs descritas anteriormente. Para a avaliação das PCRs quanto à capacidade de detecção de Brucella spp. em sangue de animais naturalmente infectados, foram utilizadas 75 amostras de sangue de cães provenientes de canis comerciais onde foram registrados casos clínicos sugestivos de infecção por Brucella. As 75 amostras de sangue de cães foram colhidas com anti-coagulante (citrato de sódio) por punção da veia jugular. As amostras foram separadas em duas alíquotas, uma das quais (2 ml) foi submetida ao isolamento e identificação bacteriológica e a outra alíquota (1ml), às PCRs. O DNA total das amostras de sangue foi extraído por método baseado em digestão com proteinase K, SDS e CTAB seguido de purificação com fenol e clorofórmio. Considerando os resultados da PCR de melhor desempenho (PCR-ITS1), entre as 35 amostras positivas pelo isolamento bacteriano, 30 (85,71%) foram positivas pela técnica de PCR, enquanto entre as 40 amostras negativas pelo cultivo bacteriológico, 11 (27,5%) foram positivas pela PCR. A PCR-ITS1 foi capaz de detectar um mínimo de 3,78fg de DNA bacteriano misturado a 450ng de DNA de cão, o que representa, teoricamente, a massa genômica de 1,26 bactérias. Pela aparente superior capacidade de classificar animais positivos que o método de cultura bacteriológica, a PCR-ITS1 parece ser uma técnica promissora para o diagnóstico direto da brucelose em cães. / Three pair of primers were designed against Brucella genetic sequences. Two of them were directed to 16S-23S rRNA interspacer and the other was directed to a periplasmatic protein coding gene (BP26). Three PCRs assays named PCR-ITS1, PCR-ITS2 and PCR-BP26, each one putatively capable of amplifying DNA from any Brucella species were tested using the aforementioned primers. Nucleic acid extracts from whole-blood from naïve dogs were spiked with decreasing amounts of B. canis (RM6/66) DNA and the resulting solutions were tested by PCR. The capability of the PCRs to amplify Brucella spp. genetic sequences from naturally infected dogs was evaluated by using 75 whole-blood samples from dogs raised in commercial kennels were clinically affected animals have already been detected with signs suggestive of Brucella infection. The whole-blood samples were collected with sodium citrate as anti-coagulant by venal puncturing the jugular vein. The samples were split into two aliquots, one of them (2mL) being submitted to bacterial isolation and identification and the remaining sample (1mL) to PCR. The DNA from whole-blood was extracted by using proteinaseK, SDS and CTAB following phenol-chloroform purification. Considering the results from the PCR with the best performance (PCR-ITS1), within 35 isolation positive samples, 30 were positive by PCR. Within 40 isolation negative samples, 11 were positive by PCR. PCR-ITS1 was capable of detecting as few as 3.78fg of bacterial DNA mixed to 450ng of host DNA. Theoretically, 3.78fg of Brucella DNA represents the total genomic mass of 1.26 bacterial cells. The superior ability of PCR-ITS1 on classifying positive animals suggest that PCR-ITS1 is a promising tool for the direct detection of canine brucellosis.

Entre os casos de transmissão de agentes infecciosos por transfusão, a contaminação bacteriana ocupa o primeiro lugar no número de eventos, morbidade e mortalidade. Isto ocorre principalmente em transfusões de concentrados de plaquetas, que são armazenados à temperatura ambiente e sob agitação constante, condições propícias ao crescimento bacteriano. A cultura automatizada é adotada por alguns bancos de sangue para detecção de contaminação bacteriana, mas a um custo elevado, e oferecendo tempo inadequado na realização frente ao curto período de validade dos concentrados de plaquetas, de apenas 5 dias. Recentemente, alguns grupos vem avaliando a utilização de métodos de amplificação molecular, como um ensaio de PCR em tempo real baseado no gene de RNA ribossômico (16S RNAr), um método prático, uma vez que um par de iniciadores/sonda permite a detecção da mais ampla gama de bactérias. O objetivo do nosso trabalho foi estabelecer um método semi-automatizado de amplificação de DNA para a triagem universal de bactérias em concentrados de plaquetas. Concentrados de plaquetas foram contaminados com suspensões de cinco bactérias diferentes, Staphylococcus aureus, Staphylococcus hominis, Staphylococcus epidermidis, Enterobacter cloacae e Serratia marcescens, em 1 e 10 unidades formadoras de colônia (UFC)/mL, simulando a contaminação que ocorre durante a doação de sangue. Os concentrados de plaquetas foram armazenados à temperatura ambiente sob agitação durante 5 dias e alíquotas de 1 mL foram colhidas a cada 24 horas. A presença de bactérias foi investigada por PCR em tempo real e pelo ensaio eBDS (Enhanced Bacterial Detection System, PALL) como um método de referência. O DNA foi extraído no sistema automatizado MagNA Pure 96 (Roche). A amplificação por PCR em tempo real foi realizada com um conjunto de iniciadores universais e sonda alvo do gene de 16S RNAr em paralelo a um alvo de DNA mitocondrial como controle interno. A mistura de amplificação foi tratada com etídio-monoazida (EMA) seguido por fotoativação, para eliminar a contaminação com DNA bacteriano em reagentes. Com o PCR em tempo real foi possível detectar a presença de todas as espécies bacterianas testadas com uma concentração inicial de 10 UFC/mL 24 horas após a contaminação, com exceção de Staphylococcus hominis. Além disso, detectou-se a presença das bactérias Staphylococcus aureus, Serratia marcescens e Enterobacter cloacae com uma concentração inicial de 1 UFC/mL. Durante o período de estudo foram realizados 26.728 testes eBDS, com 9 resultados positivos. 800 amostras foram testadas simultaneamente pelo eBDS e PCR em tempo real, apenas uma das amostras contaminadas estava entre as testadas por ambos os testes. A incidência da contaminação bacteriana de CPs foi de 1:2.969, semelhante a outros trabalhos. Os resultados do teste molecular podem ser obtidos em 4 horas. O ensaio de PCR em tempo real pode ser uma boa alternativa aos métodos convencionais de cultura na triagem de contaminação bacteriana em concentrados de plaquetas, permitindo a detecção de bactérias, mesmo com uma quantidade inicial baixa de microrganismos, apresentando boa sensibilidade e resultados rápidos. / Among cases of transfusion transmission of infectious agents, bacterial contamination ranks first in the number of events, morbidity and mortality. This occurs mainly by transfused platelets, which are stored at room temperature and under constant agitation what favors bacterial growth. Automated culture is adopted by some blood banks for screening of bacterial contamination, but this is expensive and has a relatively long turnaround time. Recently, some groups have evaluated the use of molecular amplification methods such as real-time PCR based on the highly conserved 16S rRNA gene; this allows a single pair of \'universal\' primers/probe to detect a very broad range of bacteria. The aim of our work was to establish a semi-automated high-throughput DNA amplification method for universal screening of bacteria in platelet concentrates. Platelet concentrates were spiked with suspensions of Staphylococcus aureus, Staphylococcus hominis, Staphylococcus epidermidis, Enterobacter cloacae and Serratia marcescens to 1 and 10 colony-forming units (CFU)/mL, to simulate contamination occurring during blood donation or processing. The platelet concentrates were stored at room temperature under agitation for 5 days and 1 mL aliquots were drawn every 24 hours. The presence of bacteria was investigated by real-time PCR and by the eBDS assay (Enhanced Bacterial Detection System, PALL) as a reference method. DNA was extracted by using a Large Volume kit in the MagNA Pure 96 (Roche) system. Real-time PCR amplification was performed with a set of universal primers and probe targeting the 16S rRNA gene. Co-amplification of human mitochondrial DNA served as an internal control. The amplification mixture was treated with ethidium monoazide (EMA) followed by photoactivation to eliminate contamination with spurious bacterial DNA in reagents. By the real-time PCR it was possible to detect the presence of all bacterial species tested with an initial concentration of 10 CFU/mL 24 hours after contamination of platelet concentrates, except for Staphylococcus hominis. The PCR assay also detected the presence of bacteria Serratia marcescens and Enterobacter cloacae with an initial concentration of 1 CFU/mL. During the study period, 26.728 eBDS tests were performed, with 9 positive results. Eight hundred samples were tested simultaneously by eBDS and real-time PCR, only one of the contaminated samples was among those evaluated by both methods. The incidence of bacterial contamination on platelets concentrates was 1: 2.969, similar to other reports. The results of the molecular test could be obtained in 4 hours. The real-time PCR assay may be a good alternative to conventional culture methods in the screening of bacterial contamination of platelet concentrates, enabling bacterial detection even with a low initial concentration of microorganisms, whilst offering good sensitivity and a fast turnaround time.

Introdução: Dos arbovírus transmitidos no Brasil, os Flavivirus apresentam destaque por causarem o maior número de infecções e doenças no homem e pela gravidade das doenças que provocam. A cidade de São Paulo possui áreas verdes, representadas por parques municipais em que existem lagos, aves e mamíferos. Esses locais são frequentados pela população e podem servir de refúgio para mosquitos que infestam a área urbana. Alguns trabalhos revelam a ocorrência de espécies de mosquitos conhecidas como vetoras de Flavivirus em tal cidade, o que pode favorecer o aparecimento de casos e transmissão de doenças causadas por este tipo de vírus. No entanto, a presença de Flavivirus infectando tais artrópodes não é conhecida. Objetivo: Identificar presença de Flavivirus em mosquitos (Diptera: Culicidae) provenientes de áreas verdes da cidade de São Paulo. Método: Sete parques municipais localizados em diferentes regiões da cidade foram selecionados para o estudo. Foram realizadas coletas de mosquitos mensais em cada parque no período de março de 2011 e fevereiro de 2012. As armadilhas utilizadas foram: aspirador, Shannon e CDC-CO2. Os mosquitos foram transportados para o laboratório em gelo seco, identificados em mesa fria e agrupados em \"pools\" de até 10 fêmeas não ingurgitadas, segundo espécie, data e local de coleta. Fêmeas ingurgitadas foram armazenadas individualmente. As amostras foram submetidas à extração de ácidos nucleicos, seguida de RT-PCR em tempo real para amplificação de fragmento de aproximadamente 200pb do gene NS5 de Flavivirus. Amostras positivas foram encaminhadas para sequenciamento e análises filogenéticas. Resultados: Dentre as 5.213 fêmeas não ingurgitadas (818 pools) e as 778 fêmeas ingurgitadas coletadas, ocorreu presença de onze gêneros de Culicídeos, sendo mais frequentes Culex e Aedes. Dezenove pools de fêmeas não ingurgitadas obtiveram resultado positivo para Flavivirus. Análises filogenéticas mostraram presença de RNA relacionado à Aedes flavivirus (AEFV) em dois pools de Aedes e à Culex flavivirus (CxFV) nos demais pools, todos de Culex. Conclusões: CxFV e AEFV estão presentes em mosquitos dos gêneros Culex e Aedes, respectivamente, coletados em parques municipais da cidade de São Paulo. Embora flavivírus patogênicos ao homem não tenham sido encontrados no presente trabalho, recomenda-se vigilância de flavivírus nas áreas estudas, visto que elas possuem presença de mosquitos vetores e hospedeiros vertebrados, ou seja, elementos necessários para a transmissão destes vírus. / Introduction: Among the arboviruses transmitted in Brazil, Flavivirus are noteworthy once they cause the largest number of infections and diseases in humans and also because they can cause serious illnesses. In the city of São Paulo there are green spaces, represented by city parks in which lakes, birds and mammals are found. The population visits those places, which can also be a refuge for mosquitoes that infect the urban area. Some studies reveal the occurrence of mosquitoes species known to be vectors of Flavivirus in this city, what can contribute to the emergence of cases and transmission of diseases caused by this kind of virus. However, the presence of Flavivirus infecting those arthropods is not known. Objective: To Identify infection by Flavivirus in mosquitoes (Diptera: Culicidae) collected in São Paulo\'s city parks. Method: Seven city parks located in different places of the city were selected for the study. Monthly mosquito collections were carried out in each park from March 2011 to February 2012. The traps employed were aspirator, Shannon and CDC-CO2. The mosquitoes were transported to the laboratory on dry ice. Identification was performed in a chill table. Up to 10 non-engorged females were pooled according to specie, date and place of collection. Engorged females were stored individually. Nucleic acids were extracted and submitted to real time RT-PCR that amplifies a 200pb fragment of NS5 gene of Flavivirus. Positive samples were sequenced and phylogenetic analyses were performed. Results: Eleven genus of Culicidae were found among the 5,213 non engorged females (818 pools) and the 778 engorged females. Culex and Aedes were the most frequent collected genus. Nineteen non engorged female pools had positive results for the presence of Flavivirus RNA. Phylogenetic analyses showed the RNA found was related to Aedes flavivirus (AEFV) in two pools of Aedes and to Culex flavivirus (CxFV) in the other pools, all of them consisting of Culex. Conclusion: CxFV and AEFV are present in mosquitoes Culex and Aedes, respectively, collected in São Paulo\'s city parks. Flavivirus of medical importance were not detected. Although, once there are species of mosquitoes that can act as vectors of pathogenic Flavivirus and vertebrate hosts, which are required for the transmission cycle of those virus, surveillance is recommended in the studied areas.

As formas sintomáticas de toxoplasmose são um grave problema de saúde pública e ocorrem em cerca de 10 a 20% das pessoas infectadas. Com o objetivo de melhorar o diagnóstico molecular de toxoplasmose sintomática em pacientes brasileiros, este estudo avaliou o desempenho da PCR em tempo real (qPCR) na detecção do DNA de T. gondii testando dois conjuntos de iniciadores moleculares (B1 e REP-529) para diagnóstico molecular. A metodologia foi testada em 807 amostras clínicas com diagnóstico clínico conhecido, ELISA e PCR convencional (cPCR) em um período de 9 anos. Todas as amostras foram de pacientes com suspeita clínica de diferentes formas da toxoplasmose. De acordo com a curva mínima de limite de detecção (no CT), o REP-529 apresentou maior sensibilidade para detectar DNA de T. gondii do que B1. Ambos os conjuntos de iniciadores moleculares foram avaliados retrospectivamente usando o DNA de 515 amostras clínicas diferentes. Os 122 pacientes com resultado negativo na PCR em tempo real, provavelmente por terem infecção crônica, demonstraram alta especificidade (REP-529, 99,2% e B1, 100%). Das 393 amostras com ELISA positivo (IgG), 146 apresentaram diagnóstico clínico de toxoplasmose e cPCR positivo. As sensibilidades de REP-529 e B1 foram de 95,9% e 83,6%, respectivamente. A comparação dos desempenhos do REP-529 e B1 foi analisada prospectivamente em 292 amostras. Assim, a partir de um total de 807 amostras de DNA analisadas, 217 (26,89%) apresentaram PCR positivo, pelo menos em um conjunto de iniciadores e com toxoplasmose sintomática confirmada pelo diagnóstico clínico. O REP-529 foi positivo em 97,23%, enquanto o B1 amplificou apenas 78,80%. Depois de comparar várias amostras em um laboratório brasileiro de referência, este estudo concluiu que o conjunto de iniciadores REP-529 apresentou melhor desempenho do que B1. Essas observações foram baseadas após o uso de casos com diagnóstico clínico definido, ELISA e cPCR. / Symptomatic forms of toxoplasmosis are a serious public health problem and occur in around 10-20% of the infected people. Aiming to improve the molecular diagnosis of symptomatic toxoplasmosis in Brazilian patients, this study evaluated the performance of real time PCR (qPCR) in detecting T. gondii DNA testing two primer sets (B1 and REP-529) for molecular diagnosis. The methodology was assayed in 807 clinical samples with known clinical diagnosis, ELISA, and conventional PCR (cPCR) results in a 9-year period. All samples were from patients with clinical suspicion of several features of toxoplasmosis. According to the minimum detection limit curve (in CT), REP-529 had greater sensitivity to detect T. gondii DNA than B1. Both primer sets were retrospectively evaluated using 515 DNA from different clinical samples. The 122 patients without toxoplasmosis (with negative real-time PCR) provided high specificity (REP-529, 99.2% and B1, 100%). From the 393 samples with positive ELISA (IgG), 146 had clinical diagnosis for toxoplasmosis and positive cPCR. REP-529 and B1 sensitivities were 95.9% and 83.6%, respectively. Comparison of REP-529 and B1 performances was further analyzed prospectively in 292 samples. Thus, from a total of 807 DNA analyzed, 217 (26.89%) had positive PCR with, at least one primer set and with symptomatic toxoplasmosis confirmed by clinical diagnosis. REP-529 was positive in 97.23%, whereas B1 amplified only 78.80%. After comparing several samples in a Brazilian referral laboratory, this study concluded that REP-529 primer set had better perform than B1 one. These observations were based after using cases with defined clinical diagnosis, ELISA, and cPCR.

A taxa de infecção mínima (TIM) em flebotomíneos é uma informação útil para estudos epidemiológicos em leishmaniose. Quando estes estudos de campo contem grande número de insetos, a PCR é a indicada para caracterização por Leishmania nos vetores. Este estudo avaliou a PCR na identificação da (TIM) natural por Leishmania spp. em Lutzomyia longipalpis e, ao mesmo tempo, determinou as (TIM) por Leishmania spp em uma micro-região endêmica do Estado de São Paulo. Na primeira parte deste estudo, as avaliações do desempenho das PCRs convencional (cPCR) e em tempo real (qPCR) foram realizadas em 66 amostras de conteúdo intestinal de flebotomíneos utilizados no xenodiagnóstico (30 positivas e 36 negativas). O material contido nas lâminas foi transferido para tubos com solução salina estéril e congeladas a -20° C por cerca de 12 meses. Os marcadores moleculares utilizados foram RV1/RV2 para L. (L.) infantum na cPCR; e Linj31 para sub gênero (L.) (Leishmania) na qPCR. Das 30 amostras positivas, 20 (67%) e 21 (70%) foram positivas utilizando os marcadores RV1/RV2 e Linj31, respectivamente. Das 36 amostras negativas no xenodiagnóstico, 2 (5%) foram positivas em todos os marcadores moleculares. Na segunda parte foram analisados insetos capturados durante 2 a 3 noites/mês durante 11 meses (janeiro a novembro de 2012) usando 10 armadilhas automáticas de luz do tipo CDC ao redor de um canil em uma transição entre bairro periurbano e urbano de Dracena. As áreas de captura foram agrupadas em 3 zonas para determinar a TIM. Um total de 1.690 Lu. longipalpis foram capturadas durante o período estudado. Destes, 292 (17,25%) eram fêmeas de flebotomíneos e foram agrupadas em 165 pools (1 a 5 insetos) para extração de DNA e análise por PCR. Resultados positivos para L. (L.) infantum na cPCR e qPCR foram vistos em 7,28% (12/165) e 4,85% (8/165) das amostras, respectivamente. Estes dados confirmam que espécimes capturados na área de estudo estavam infectados por L. (L.) infantum. A TIM durante os 11 meses de capturas foi de 4,10% (292 fêmeas coletadas). Os ecótopos com TIM mais altos foram canil, galinheiro e casa 2. Flebotomíneos infectados estavam presentes nos locais de captura com abundância de hospedeiros. O maior número de pools positivos (6/93) foi obtido no galinheiro, todavia a maior TIM foi obtido em um domícilio (1/6) 16,67%. / The minimum infection rate (MIR) in sandflies is a useful information for epidemiological studies on leishmaniasis. When these field studies consider large numbers of insects, PCR is indicated for identification and characterization of Leishmania in the vectors. This study evaluated a PCR in the identification of natural (MIR) by Leishmania spp. in Lutzomyia longipalpis and, at the same time, determined MIR by Leishmania spp in a micro region endemic in São Paulo State . In the first part of this study, the performance evaluation of conventional PCR (cPCR) and real-time PCR (qPCR) were carried out on 66 intestinal contents samples of non-xenodiagnostic sandflies (30 positive and 36 negative). The material contained in the slides was transferred to tubes with sterile saline solution and frozen at -20 ° C for about 12 months. The molecular markers used were RV1 / RV2 for L. (L.) infantum in cPCR; E Linj31 for sub genus (L.) Leishmania on qPCR. From the 30 positive samples, 20 (67%) and 21 (70%) were positive using the RV1 / RV2 and Linj31 markers, respectively. From the 36 negative xenodiagnostic samples, 2 (5%) were positive in all molecular markers. In the second part, we analyzed insects captured during 2 to 3 nights / month for 11 months (January to November 2012) using 10 CDC automatic light traps around a kennel in a transition between urban and suburb of Dracena. Capture areas were grouped into 3 zones to determine MIR. A total of 1,690 Lu. longipalpis were captured during the study period. From these, 292 (17.25%) were female sand flies and were grouped into 165 pools (1 to 5 insects) for DNA extraction and PCR analysis. Positive results for L. (L.) infantum in cPCR and qPCR were seen in 7.28% (12/165) and 4.85% (8/165) of the samples, respectively. These data confirm that the specimens captured in the study area were infected by L. (L.) infantum. The MIR during the 11 months of captures was 4.10% (292 females collected). The highest MIR ecotopes were kennel, chicken coop and house 2. Infected sandflies were presented at capture sites with host abundance. The highest number of positive pools (6/93) was obtained in henhouse, however the highest MIR was obtained in a domicile (1/6) 16.67%.

Setenta e seis amostras intestinais de lotes de perus apresentando ou não sinais clínicos de enterite foram avaliadas quanto à presença de adenovírus grupo 1 (TAV), vírus da enterite hemorrágica dos perus (HEV), astrovírus tipo 1 e 2 (TAstV-1 e TAstV-2), coronavírus dos perus (TCoV), reovírus, rotavírus e vírus da nefrite aviária (ANV) através da reação em cadeia da polimerase. Os resultados obtidos foram analisados quanto à região geográfica de origem das amostras, idade das aves e presença de sinais clínicos nos lotes. Foi detectada elevada positividade das amostras para pelo menos um vírus (93,4%), e grande número de amostras com associações de mais de um vírus (69,7%). Santa Catarina foi o estado com maior média de número de vírus detectados em associação nas amostras (3,14) e Goiás o estado com menor média (1,73). As amostras provenientes de aves em fase inicial de criação (1 a 4 semanas de idade) tiveram média de 3,20 vírus detectados por amostra, e 85% de detecção de TAstV-1 e TCoV (os mais frequentes), enquanto que na fase de terminação (5 a 18 semanas) foi observada menor média de vírus associados nas amostras (2,41), e os agentes mais detectados foram TAstV-1 (57,1%) e rotavírus (51,8%), no entanto, todos os vírus apresentaram menor frequência na fase de terminação do que na inicial, com exceção do TAV e reovírus. Quando os sinais clínicos estavam presentes todos os vírus foram detectados em maior percentual (sendo TAstV-1, TAstV-2 e TCoV os mais frequentes) do que nos lotes sem sinais clínicos, onde TAstV-1 e rotavírus foram os mais frequentes. Estudos posteriores são necessários para a compreensão do papel de cada vírus no desenvolvimento de enterites. / Intestinal samples from seventy-six Brazilian turkey flocks affected or not with intestinal disorders were evaluated for the presence of Adenovirus group 1 (TAV), hemorrhagic enteritis virus (HEV), Astrovirus type 1 and 2 (TAstV-1 e TAstV-2), turkey Coronavirus (TCoV), Reovirus, Rotavirus and avian nephritis virus (ANV) using the polimerase chain reaction. Geographic location, age of the flocks and the presence of clinical signs were analyzed in order to find a relationship with the viral detection. A high frequency of positive samples for at least one virus was observed (93,4%) and 69,7% of the samples showed an association of more than one agent. The highest average number of viruses detected in association (3,14) was found in the state of Santa Catarina and Goias showed the lowest average (1,73). An average of 3,20 viruses per sample was detected in poults in initial phase of the production cycle (1 to 4 weeks of age), and TAstV-1 and TCoV were detected in 85% of the samples (the most frequent viruses), while the terminanting phase (5 to 18 weeks) showed lower average number of viruses in association (2,41), and the most frequent viruses were TAstV-1 (57,1%) and rotavírus (51,8%). However, all the viruses were detected more frequently in the initial phase rather than in the terminating phase, in exception of TAV and reoviruses. A higher detection of the viruses was observed in poults with clinical signs (as TAstV-1, TAstV-2 and TCoV were the most frequent) compared to normal birds (as TAstV-1 and rotavirus were the most frequent). Furher researches should focus on the description and comprehension of the role of each virus, and the different combinations of viruses, in the development of enteric disease.