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Avaliação da capacidade de biodegradação de tebuconazole por isolados microbianos de solos contaminados e de ambientes amazônicos / Evaluation of tebuconazole degradation by microbial isolates from contaminated soil and from amazon environments

Sehnem, Nicole Teixeira January 2009 (has links)
A utilização de fungicidas na agricultura para controle de pragas pode causar grandes impactos ambientais e as suas ações podem alterar quantitativa e qualitativamente a microbiota de solos expostos. O tebuconazole é um fungicida sistêmico do grupo dos triazóis que inibe o passo de desmetilação do carbono 14 do 24-metilenodihidrolanosterol, na biossíntese do ergosterol. Atualmente, as lavouras recebem repetidas aplicações deste em uma mesma cultura, propiciando o aparecimento de espécies resistentes à sua ação. Através do isolamento dos microrganismos encontrados em solos contaminados pode-se encontrar espécies resistentes e capazes de degradar este xenobiótico. O objetivo desse trabalho foi isolar, selecionar e avaliar a capacidade de biodegradação de tebuconazole por isolados microbianos de solos contaminados e de ambientes Amazônicos. Os microrganismos foram isolados a partir de técnicas de isolamento utilizando diferentes soluções. As bactérias isoladas foram submetidas a experimentos de seleção e biodegradação realizados em biorreatores e tolerância em agitador horizontal. Os fungos isolados foram submetidos a esta mesma avaliação, porém em cultivos estáticos. Os fungos isolados mostraram ser resistentes a 100 mg.L-¹ de tebuconazole, no entanto não foram capazes de degradá-lo. As bactérias selecionadas que apresentaram capacidade de degradar até 51% deste fungicida e tolerância de até 1 g.L-¹ foram identificadas como Enterobacter sakazakii e Serratia marcescens. Estas cepas apresentaram características interessantes para uma potencial utilização destas em remediação ambiental. Também foram testadas várias cepas de fungos recentemente isoladas dos ambientes Amazônicos, mas os mesmos não demonstraram qualquer tipo de resistência ou capacidade biodegradadora deste fungicida. / The use of fungicides in agriculture for the control of diseases can cause great environmental impacts and their actions can quantitatively and qualitatively modify microbial systems of exposed soils. Tebuconazole is a systemic fungicide of the group of the triazol that inhibits the sterol C-14 α-demethylation of 24-methylenedihydrolanosterol, a precursor of the cell membrane component ergosterol in fungi. Currently, crops receive repeated applications of these chemicals, inducing the appearance of resistant strains of bacteria and fungi. Through the isolation of microrgansims found in these soils, resistant species can be found that could be capable of degrading these xenobiotics. Thus, the objective of this work was to isolate microorganisms from contaminated soil and to evaluate the biodegradation of tebuconazole by them, as well as to test some recently isolated fungi strains from Amazon environment for this same purpose. Microorganisms were isolated by different methods of sampling soil. Screening of bacteria was performed on bioreactors, while tolerance to tebuconazole assays were performed on shaker. Screening of fungi was performed in static cultures. Some fungi were capable of growing in concentrations of 100 mg.L-¹ of tebuconazole, but proved unable to degrade this xenobiotic. Screening of bacteria resulted in some isolated capable of degrading up to 51% of the initial concentration of tebuconazole and were capable to tolerate up to 1 g.L-¹. These strains were identified by biochemical standard procedures as being Enterobacter sakazakii and Serratia marcescens species. These bacteria present some important characteristics for potential use on environmental bioremediation. Microorganisms isolated from Amazon did not show any resistances or biodegradation capabilities towards tebuconazole.
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Variabilidade de isolados de estirpes de Bradyrhizobium ssp recomendadas para a cultura da soja

Carvalho, Fabíola Gomes de January 2003 (has links)
A produção da soja em escala comercial tem sido viabilizada técnica e economicamente, entre outros fatores, devido a fixação biológica do N2 por estirpes de Bradyrhizobium que podem suprir a demanda de nitrogênio desta leguminosa. No entanto, a variabilidade existente nas estirpes de Bradyrhizobium spp recomendadas para inoculação da soja tem comprometido o processo simbiótico. Variantes espontâneos isolados a partir das estirpes de B. japonicum (SEMIA 5079 e SEMIA 5080) e B. elkanii (SEMIA 587 e SEMIA 5019) foram avaliados quanto ao desempenho simbiótico (eficiência, nodulação em diferentes hospedeiros e competitividade), indução de clorose foliar em diferentes hospedeiros, morfologia colonial, habilidade de metabolização de carboidratos e tolerância à salinidade em diferentes temperaturas de incubação. Nas etapas de eficiência simbiótica e competitividade foi usada a cultivar de soja BR-16 e na avaliação da nodulação e indução de clorose foliar foram usados os seguintes hospedeiros: soja (Glycine max) (cultivares Clark e Peking), caupi (Vigna unguiculata) e guandu (Cajanus cajan). A caracterização genotípica foi realizada através da reação em cadeia da polimerase (PCR), com os oligonucleotídeos iniciadores BOX A 1-R, ERIC e RP01 Os resultados obtidos demonstraram que variantes e estirpes originais diferem quanto a características fenotípicas, e que diferenças nos perfis eletroforéticos de DNA analisados através da amplificação com os oligonucleotídeos iniciadores testados, evidenciaram a variabilidade genética presente entre as estirpes originais e os variantes selecionados. A cultivar de soja Clark, assim como caupi e guandu foram susceptíveis à rizobiotoxina produzida por estirpes e variantes de B. elkanii. Embora não se tenha verificado diferenças na nodulação em diferentes hospedeiros quando variantes ou estirpes de B. japonicum e B. elkanii foram inoculados em soja, caupi e guandu, foi observado uma simbiose eficiente para a soja (cultivares BR 16, Clark e Peking). A partir da variabilidade existente nas estirpes SEMIA 587, SEMIA 5019, SEMIA 5079 e SEMIA 5080 foram selecionados variantes eficientes e competitivos quanto à fixação de N2 em soja.
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Diversidade de bactérias diazotróficas associadas a plantas de milho cultivadas no estado do Rio Grande do Sul / Diversity of diazotrophic bacteria associated with maize grown in Rio Grande do Sul, Brazil

Roesch, Luiz Fernando Wurdig January 2007 (has links)
Bactérias diazotróficas podem promover o crescimento do milho por meio da fixação biológica do nitrogênio (FBN) ou pela produção de fitohormônios. Devido a tendência mundial de redução do uso de fertilizantes sintéticos na agricultura, existe um grande interesse em caracterizar a diversidade destes microrganismos para que seu potencial seja melhor explorado. Assim o objetivo deste trabalho foi avaliar a diversidade bacteriana sob três aspectos: a) diversidade de bactérias diazotróficas associadas a plantas de milho; b) diversidade total da comunidade microbiana do solo; c) comprovar o potencial das bactérias diazotróficas em promover o crescimento das plantas. A detecção da diversidade das bactérias diazotróficas, foi baseada na amplificação e no seqüenciamento do gene nifH isolado de amostras ambientais. Para a detecção da diversidade bacteriana total do solo, fragmentos do gene ribossomal do 16S foram amplificados e seqüenciados a partir do DNA bacteriano extraído diretamente do solo. Bactérias diazotróficas foram isoladas e testadas quanto a FBN e a produção de fitohormônios. As análises dos genes nifH indicaram que a associação das bactérias diazotróficas com plantas de milho pode sofrer influência do ambiente. O solo da rizosfera apresentou maior diversidade de bactérias diazotróficas em relação às raízes e ao colmo do milho. Com relação a riqueza das bactérias totais do solo, foram encontradas até 6.543 espécies bacterianas por grama de solo, sendo este valor muito menor do que supunha a literatura. Embora a diversidade das bactérias diazotróficas e das bactérias totais tenha sido elevada nas amostras utilizadas, detectou-se a presença de gêneros dominantes em todas as comunidades avaliadas. Os isolados bacterianos obtidos demonstraram possuir potencial para aumentar a produtividade das plantas e podem ser considerados como promissores para inoculação em plantas nas condições edafoclimáticas do Estado do Rio Grande do Sul. / Diazotrophic bacteria are capable of promoting the growth of maize by biological nitrogen fixation (BNF) or by plant hormone production. Since decreasing the use of synthetic fertilizers in agriculture is a worldwide necessity, there is a great interest in characterizing bacterial diversity to better explore their potential. The aim of this work was evaluate: a) the diazotrophic bacterial diversity associated with maize; b) The total bacterial diversity of soil; c) show the potential of diazotrophic bacterial as plant growth promoting To evaluate the diversity of nitrogen fixing bacteria in various ecosystems, universal primers were used to amplify the nifH gene by culture-independent means. The total bacterial diversity was assessed by amplification and sequencing of the 16S ribosomal gene using the DNA extracted from soil. Dizotrophic bacterium were isolated and tested for BNF and plant hormone production. The nifH gene analysis indicated that diazotrophic bacterial diversity can be environment controlled. The rhizosphere soil presented greater diazotrophic diversity than the roots and stem of maize. According to the analysis of the 16S gene fragments amplified from soil samples, it was found 6,543 bacterial species in one gram of soil which is smaller than supposed by the actual researches. Although diazotrophic bacterial diversity and the total bacterial diversity had been large in all samples used, we detected the presence of some dominant genera in all communities evaluated. The diazotrophic bacterial isolates shown to be able to increase plant growth in the Rio Grande do Sul climatic conditions.
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Parâmetros microbiológicos como indicadores de qualidade do solo em sistemas de manejo / Microbiological parameters as soil quality indicators in management systems

Lisboa, Bruno Brito January 2009 (has links)
A atividade agrícola, mediante sistemas de manejo de solo, pode alterar a capacidade produtiva do solo. Este fato leva à necessidade da utilização de mecanismos para avaliar o impacto gerado por uma determinada prática. Porém, diferentemente de ar e água, ainda não existem indicadores definitivos de qualidade para o solo. Este trabalho analisou diferentes parâmetros microbiológicos para avaliar a qualidade do solo submetido a diferentes sistemas de preparo e de culturas, em relação a um sistema referência. Os parâmetros analisados foram a atividade das enzimas β-glucosidase, urease, fosfatase ácida e arilsulfatase, juntamente com determinação da atividade respiratória, biomassa e diversidade funcional da microbiota do solo. Os sistemas de manejo avaliados foram os preparos de solo direto (PD) e convencional (PC) e os sistemas de culturas rotação, sucessão e pousio. Além destes sistemas, foi avaliado também o campo nativo (CN), este considerado como condição original do solo para a realização de comparações entre os diferentes manejos. Os resultados das análises de atividade enzimática, bem como as determinações da biomassa e respiração microbiana, indicaram que o PC gerou valores inferiores aos demais sistemas, enquanto o CN e o PD tenderam a apresentar resultados semelhantes, indicando a capacidade do PD em manter a qualidade original do solo. Por outro lado, os sistemas de culturas avaliados não apresentaram diferenças nestas avaliações. A determinação da diversidade funcional diferenciou os sistemas, indicando que os sistemas que favorecem o acúmulo de carbono foram mais semelhantes ao sistema referencial. / Agricultural activity, through different soil management practices, may cause impacts in soil productive capacity. This leads to the necessity of impact evaluation derived from a given soil management practice. However, in contrast to air and water, there are no definitive established indicators to soil quality. In this research, different microbiological parameters were evaluated in order to access soil quality as affected by tillage practices and crop systems, in comparison to a natural reference system. The evaluated parameters were the the activities of β-glucosidase, urease, acid phosphatase and arylsulphatase, along with the determination of soil microbial respiratory activity, microbial biomass and microbial functional diversity. The evaluated managements were conventional tillage (CT) and no-tillage (NT) and, as crop systems, crop rotation, crop succession and fallow. Besides those systems, natural pasture (NP) was also evaluated, being considered as the original soil condition that was compared to the other management systems. The results of the analyses of enzymatic activities, as well as the determinations of microbial biomass and respiratory activity, indicated that CT presented values inferior to the other systems, while NP and NT trended to show similar results, indicating that NT may keep original soil quality. On other hand, as a rule, crop systems did not differ. The determination of microbial functional diversity distinguished the treatments, indicating that systems that favored carbon accumulation were more similar to the natural reference system.
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Avaliação da capacidade de biodegradação de tebuconazole por isolados microbianos de solos contaminados e de ambientes amazônicos / Evaluation of tebuconazole degradation by microbial isolates from contaminated soil and from amazon environments

Sehnem, Nicole Teixeira January 2009 (has links)
A utilização de fungicidas na agricultura para controle de pragas pode causar grandes impactos ambientais e as suas ações podem alterar quantitativa e qualitativamente a microbiota de solos expostos. O tebuconazole é um fungicida sistêmico do grupo dos triazóis que inibe o passo de desmetilação do carbono 14 do 24-metilenodihidrolanosterol, na biossíntese do ergosterol. Atualmente, as lavouras recebem repetidas aplicações deste em uma mesma cultura, propiciando o aparecimento de espécies resistentes à sua ação. Através do isolamento dos microrganismos encontrados em solos contaminados pode-se encontrar espécies resistentes e capazes de degradar este xenobiótico. O objetivo desse trabalho foi isolar, selecionar e avaliar a capacidade de biodegradação de tebuconazole por isolados microbianos de solos contaminados e de ambientes Amazônicos. Os microrganismos foram isolados a partir de técnicas de isolamento utilizando diferentes soluções. As bactérias isoladas foram submetidas a experimentos de seleção e biodegradação realizados em biorreatores e tolerância em agitador horizontal. Os fungos isolados foram submetidos a esta mesma avaliação, porém em cultivos estáticos. Os fungos isolados mostraram ser resistentes a 100 mg.L-¹ de tebuconazole, no entanto não foram capazes de degradá-lo. As bactérias selecionadas que apresentaram capacidade de degradar até 51% deste fungicida e tolerância de até 1 g.L-¹ foram identificadas como Enterobacter sakazakii e Serratia marcescens. Estas cepas apresentaram características interessantes para uma potencial utilização destas em remediação ambiental. Também foram testadas várias cepas de fungos recentemente isoladas dos ambientes Amazônicos, mas os mesmos não demonstraram qualquer tipo de resistência ou capacidade biodegradadora deste fungicida. / The use of fungicides in agriculture for the control of diseases can cause great environmental impacts and their actions can quantitatively and qualitatively modify microbial systems of exposed soils. Tebuconazole is a systemic fungicide of the group of the triazol that inhibits the sterol C-14 α-demethylation of 24-methylenedihydrolanosterol, a precursor of the cell membrane component ergosterol in fungi. Currently, crops receive repeated applications of these chemicals, inducing the appearance of resistant strains of bacteria and fungi. Through the isolation of microrgansims found in these soils, resistant species can be found that could be capable of degrading these xenobiotics. Thus, the objective of this work was to isolate microorganisms from contaminated soil and to evaluate the biodegradation of tebuconazole by them, as well as to test some recently isolated fungi strains from Amazon environment for this same purpose. Microorganisms were isolated by different methods of sampling soil. Screening of bacteria was performed on bioreactors, while tolerance to tebuconazole assays were performed on shaker. Screening of fungi was performed in static cultures. Some fungi were capable of growing in concentrations of 100 mg.L-¹ of tebuconazole, but proved unable to degrade this xenobiotic. Screening of bacteria resulted in some isolated capable of degrading up to 51% of the initial concentration of tebuconazole and were capable to tolerate up to 1 g.L-¹. These strains were identified by biochemical standard procedures as being Enterobacter sakazakii and Serratia marcescens species. These bacteria present some important characteristics for potential use on environmental bioremediation. Microorganisms isolated from Amazon did not show any resistances or biodegradation capabilities towards tebuconazole.
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Variabilidade de isolados de estirpes de Bradyrhizobium ssp recomendadas para a cultura da soja

Carvalho, Fabíola Gomes de January 2003 (has links)
A produção da soja em escala comercial tem sido viabilizada técnica e economicamente, entre outros fatores, devido a fixação biológica do N2 por estirpes de Bradyrhizobium que podem suprir a demanda de nitrogênio desta leguminosa. No entanto, a variabilidade existente nas estirpes de Bradyrhizobium spp recomendadas para inoculação da soja tem comprometido o processo simbiótico. Variantes espontâneos isolados a partir das estirpes de B. japonicum (SEMIA 5079 e SEMIA 5080) e B. elkanii (SEMIA 587 e SEMIA 5019) foram avaliados quanto ao desempenho simbiótico (eficiência, nodulação em diferentes hospedeiros e competitividade), indução de clorose foliar em diferentes hospedeiros, morfologia colonial, habilidade de metabolização de carboidratos e tolerância à salinidade em diferentes temperaturas de incubação. Nas etapas de eficiência simbiótica e competitividade foi usada a cultivar de soja BR-16 e na avaliação da nodulação e indução de clorose foliar foram usados os seguintes hospedeiros: soja (Glycine max) (cultivares Clark e Peking), caupi (Vigna unguiculata) e guandu (Cajanus cajan). A caracterização genotípica foi realizada através da reação em cadeia da polimerase (PCR), com os oligonucleotídeos iniciadores BOX A 1-R, ERIC e RP01 Os resultados obtidos demonstraram que variantes e estirpes originais diferem quanto a características fenotípicas, e que diferenças nos perfis eletroforéticos de DNA analisados através da amplificação com os oligonucleotídeos iniciadores testados, evidenciaram a variabilidade genética presente entre as estirpes originais e os variantes selecionados. A cultivar de soja Clark, assim como caupi e guandu foram susceptíveis à rizobiotoxina produzida por estirpes e variantes de B. elkanii. Embora não se tenha verificado diferenças na nodulação em diferentes hospedeiros quando variantes ou estirpes de B. japonicum e B. elkanii foram inoculados em soja, caupi e guandu, foi observado uma simbiose eficiente para a soja (cultivares BR 16, Clark e Peking). A partir da variabilidade existente nas estirpes SEMIA 587, SEMIA 5019, SEMIA 5079 e SEMIA 5080 foram selecionados variantes eficientes e competitivos quanto à fixação de N2 em soja.
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Avaliação de metodologias para o desenvolvimento da qualidade do solo / Evaluation of methodologies for monitoring soil quality

Silveira, Andressa de Oliveira January 2012 (has links)
O uso de indicadores biológicos para avaliar alterações na qualidade solo tem sido proposto, pois estes atributos possuem sensibilidade de responder rapidamente às modificações que ocorrem no ambiente. O objetivo deste trabalho foi avaliar metodologias para o monitoramento da qualidade do solo através de indicadores biológicos. Na primeira parte do trabalho foram avaliados solos sob cultivo em três locais, onde foram coletadas amostras na profundidade de 0-10 cm de áreas sob vegetação nativa e áreas cultivadas em duas épocas do ano. A biomassa microbiana foi determinada usando os métodos da Fumigação-Incubação, Fumigação-Extração e Respiração Induzida por Substrato. Foi ainda avaliada a atividade microbiana do solo por meio da respiração basal, N-mineralizado, atividade da desidrogenase, hidrólise do diacetato de fluoresecína (DAF) e a diversidade funcional com a utilização de placas BiologECO. De maneira geral a biomassa, respiração e hidrólise DAF mostraram-se sensíveis em detectar diferenças entre as áreas, enquanto o N mineralizado e a atividade da desidrogenase foram mais variáveis, não apresentando diferença estatística entre algumas áreas avaliadas. A diversidade funcional, representada pelo índice de Shannon aplicada aos resultados do BiologECO, na maioria dos locais não apresentou diferença significativa entre as áreas avaliadas nas duas amostragens. A visualização das diferenças entre as áreas ficou mais evidente quando todos os atributos avaliados foram representados juntos em gráficos radiais e quando foi calculado um índice biológico de qualidade integrando todos eles. No segundo estudo foi desenvolvido um novo protocolo para extração do proteoma do solo. Foi utilizado um solo contaminado com altas concentrações de cobre e remediado pelas adições de matéria orgânica e calcário dolomítico. O protocolo desenvolvido foi relativamente eficiente para extrair as proteínas do solo e também da solução do solo. Após a separação das proteínas por eletroforese de gel bidimensional foi possível visualizar diferenças no perfil protéico entre os diferentes tratamentos avaliados, indicando o potencial da proteômica em estudos de monitoramento de áreas contaminadas, assim como para avaliar a eficácia de tratamentos de remediação. No entanto, para que esta técnica seja efetivamente utilizada em estudos de monitoramento é necessário um estudo correlacionando a concentração do metal com a quantidade e expressão de proteínas. / The use of biological indicators to evaluate changes in soil quality has been proposed, because these attributes have sensitivity to respond quickly to changes occurring in the environment. The aim of this study was to evaluate methods for monitoring soil quality by biological indicators. In the first part of the study were evaluated in cropped soils under three locations. Samples were collected at depth of 0-10 cm areas under native vegetation and cultivated areas in two periods of the year. Microbial biomass was determined using the methods of fumigation-incubation, fumigation-extraction and substrate induced respiration. It was also evaluated the microbial activity of soil through respiration, mineralized-N, dehydrogenase activity, Fluorescein diacetate hydrolysis (FDA) and functional diversity with the use of BiologECO plates. In general the biomass, respiration and hydrolysis FDA were sensitive in detecting differences between areas, while the mineralized-N and dehydrogenase activity were more variable, with no significant difference between some areas evaluated. The functional diversity, represented by the Shannon index applied to the results of BiologECO, showed no significant difference between the areas assessed in two samples in most of the sites. The view of the differences between the areas became more evident when all attributes were represented together in radial graphs and when it was calculated an index of biological quality integrating them all. In the second study it was developed a new method for extraction of the proteome of the soil. It was used a soil contaminated with high concentrations of copper and remedied by additions of organic matter and lime. The protocol developed was relatively efficient way to extract the proteins from the soil and also soil solution. After separation of proteins by two-dimensional gel electrophoresis was possible to visualize differences in protein profiles between different treatments, indicating the potential of proteomics in studies monitoring of contaminated areas, as well as to evaluate the efficacy of treatments for remediation. However for this technique is effectively used in monitoring studies requires a study correlating the concentration of the metal with the quantity and protein expression.
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Avaliação de metodologias para o desenvolvimento da qualidade do solo / Evaluation of methodologies for monitoring soil quality

Silveira, Andressa de Oliveira January 2012 (has links)
O uso de indicadores biológicos para avaliar alterações na qualidade solo tem sido proposto, pois estes atributos possuem sensibilidade de responder rapidamente às modificações que ocorrem no ambiente. O objetivo deste trabalho foi avaliar metodologias para o monitoramento da qualidade do solo através de indicadores biológicos. Na primeira parte do trabalho foram avaliados solos sob cultivo em três locais, onde foram coletadas amostras na profundidade de 0-10 cm de áreas sob vegetação nativa e áreas cultivadas em duas épocas do ano. A biomassa microbiana foi determinada usando os métodos da Fumigação-Incubação, Fumigação-Extração e Respiração Induzida por Substrato. Foi ainda avaliada a atividade microbiana do solo por meio da respiração basal, N-mineralizado, atividade da desidrogenase, hidrólise do diacetato de fluoresecína (DAF) e a diversidade funcional com a utilização de placas BiologECO. De maneira geral a biomassa, respiração e hidrólise DAF mostraram-se sensíveis em detectar diferenças entre as áreas, enquanto o N mineralizado e a atividade da desidrogenase foram mais variáveis, não apresentando diferença estatística entre algumas áreas avaliadas. A diversidade funcional, representada pelo índice de Shannon aplicada aos resultados do BiologECO, na maioria dos locais não apresentou diferença significativa entre as áreas avaliadas nas duas amostragens. A visualização das diferenças entre as áreas ficou mais evidente quando todos os atributos avaliados foram representados juntos em gráficos radiais e quando foi calculado um índice biológico de qualidade integrando todos eles. No segundo estudo foi desenvolvido um novo protocolo para extração do proteoma do solo. Foi utilizado um solo contaminado com altas concentrações de cobre e remediado pelas adições de matéria orgânica e calcário dolomítico. O protocolo desenvolvido foi relativamente eficiente para extrair as proteínas do solo e também da solução do solo. Após a separação das proteínas por eletroforese de gel bidimensional foi possível visualizar diferenças no perfil protéico entre os diferentes tratamentos avaliados, indicando o potencial da proteômica em estudos de monitoramento de áreas contaminadas, assim como para avaliar a eficácia de tratamentos de remediação. No entanto, para que esta técnica seja efetivamente utilizada em estudos de monitoramento é necessário um estudo correlacionando a concentração do metal com a quantidade e expressão de proteínas. / The use of biological indicators to evaluate changes in soil quality has been proposed, because these attributes have sensitivity to respond quickly to changes occurring in the environment. The aim of this study was to evaluate methods for monitoring soil quality by biological indicators. In the first part of the study were evaluated in cropped soils under three locations. Samples were collected at depth of 0-10 cm areas under native vegetation and cultivated areas in two periods of the year. Microbial biomass was determined using the methods of fumigation-incubation, fumigation-extraction and substrate induced respiration. It was also evaluated the microbial activity of soil through respiration, mineralized-N, dehydrogenase activity, Fluorescein diacetate hydrolysis (FDA) and functional diversity with the use of BiologECO plates. In general the biomass, respiration and hydrolysis FDA were sensitive in detecting differences between areas, while the mineralized-N and dehydrogenase activity were more variable, with no significant difference between some areas evaluated. The functional diversity, represented by the Shannon index applied to the results of BiologECO, showed no significant difference between the areas assessed in two samples in most of the sites. The view of the differences between the areas became more evident when all attributes were represented together in radial graphs and when it was calculated an index of biological quality integrating them all. In the second study it was developed a new method for extraction of the proteome of the soil. It was used a soil contaminated with high concentrations of copper and remedied by additions of organic matter and lime. The protocol developed was relatively efficient way to extract the proteins from the soil and also soil solution. After separation of proteins by two-dimensional gel electrophoresis was possible to visualize differences in protein profiles between different treatments, indicating the potential of proteomics in studies monitoring of contaminated areas, as well as to evaluate the efficacy of treatments for remediation. However for this technique is effectively used in monitoring studies requires a study correlating the concentration of the metal with the quantity and protein expression.
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Diversidade de bactérias diazotróficas associadas a plantas de milho cultivadas no estado do Rio Grande do Sul / Diversity of diazotrophic bacteria associated with maize grown in Rio Grande do Sul, Brazil

Roesch, Luiz Fernando Wurdig January 2007 (has links)
Bactérias diazotróficas podem promover o crescimento do milho por meio da fixação biológica do nitrogênio (FBN) ou pela produção de fitohormônios. Devido a tendência mundial de redução do uso de fertilizantes sintéticos na agricultura, existe um grande interesse em caracterizar a diversidade destes microrganismos para que seu potencial seja melhor explorado. Assim o objetivo deste trabalho foi avaliar a diversidade bacteriana sob três aspectos: a) diversidade de bactérias diazotróficas associadas a plantas de milho; b) diversidade total da comunidade microbiana do solo; c) comprovar o potencial das bactérias diazotróficas em promover o crescimento das plantas. A detecção da diversidade das bactérias diazotróficas, foi baseada na amplificação e no seqüenciamento do gene nifH isolado de amostras ambientais. Para a detecção da diversidade bacteriana total do solo, fragmentos do gene ribossomal do 16S foram amplificados e seqüenciados a partir do DNA bacteriano extraído diretamente do solo. Bactérias diazotróficas foram isoladas e testadas quanto a FBN e a produção de fitohormônios. As análises dos genes nifH indicaram que a associação das bactérias diazotróficas com plantas de milho pode sofrer influência do ambiente. O solo da rizosfera apresentou maior diversidade de bactérias diazotróficas em relação às raízes e ao colmo do milho. Com relação a riqueza das bactérias totais do solo, foram encontradas até 6.543 espécies bacterianas por grama de solo, sendo este valor muito menor do que supunha a literatura. Embora a diversidade das bactérias diazotróficas e das bactérias totais tenha sido elevada nas amostras utilizadas, detectou-se a presença de gêneros dominantes em todas as comunidades avaliadas. Os isolados bacterianos obtidos demonstraram possuir potencial para aumentar a produtividade das plantas e podem ser considerados como promissores para inoculação em plantas nas condições edafoclimáticas do Estado do Rio Grande do Sul. / Diazotrophic bacteria are capable of promoting the growth of maize by biological nitrogen fixation (BNF) or by plant hormone production. Since decreasing the use of synthetic fertilizers in agriculture is a worldwide necessity, there is a great interest in characterizing bacterial diversity to better explore their potential. The aim of this work was evaluate: a) the diazotrophic bacterial diversity associated with maize; b) The total bacterial diversity of soil; c) show the potential of diazotrophic bacterial as plant growth promoting To evaluate the diversity of nitrogen fixing bacteria in various ecosystems, universal primers were used to amplify the nifH gene by culture-independent means. The total bacterial diversity was assessed by amplification and sequencing of the 16S ribosomal gene using the DNA extracted from soil. Dizotrophic bacterium were isolated and tested for BNF and plant hormone production. The nifH gene analysis indicated that diazotrophic bacterial diversity can be environment controlled. The rhizosphere soil presented greater diazotrophic diversity than the roots and stem of maize. According to the analysis of the 16S gene fragments amplified from soil samples, it was found 6,543 bacterial species in one gram of soil which is smaller than supposed by the actual researches. Although diazotrophic bacterial diversity and the total bacterial diversity had been large in all samples used, we detected the presence of some dominant genera in all communities evaluated. The diazotrophic bacterial isolates shown to be able to increase plant growth in the Rio Grande do Sul climatic conditions.
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Parâmetros microbiológicos como indicadores de qualidade do solo em sistemas de manejo / Microbiological parameters as soil quality indicators in management systems

Lisboa, Bruno Brito January 2009 (has links)
A atividade agrícola, mediante sistemas de manejo de solo, pode alterar a capacidade produtiva do solo. Este fato leva à necessidade da utilização de mecanismos para avaliar o impacto gerado por uma determinada prática. Porém, diferentemente de ar e água, ainda não existem indicadores definitivos de qualidade para o solo. Este trabalho analisou diferentes parâmetros microbiológicos para avaliar a qualidade do solo submetido a diferentes sistemas de preparo e de culturas, em relação a um sistema referência. Os parâmetros analisados foram a atividade das enzimas β-glucosidase, urease, fosfatase ácida e arilsulfatase, juntamente com determinação da atividade respiratória, biomassa e diversidade funcional da microbiota do solo. Os sistemas de manejo avaliados foram os preparos de solo direto (PD) e convencional (PC) e os sistemas de culturas rotação, sucessão e pousio. Além destes sistemas, foi avaliado também o campo nativo (CN), este considerado como condição original do solo para a realização de comparações entre os diferentes manejos. Os resultados das análises de atividade enzimática, bem como as determinações da biomassa e respiração microbiana, indicaram que o PC gerou valores inferiores aos demais sistemas, enquanto o CN e o PD tenderam a apresentar resultados semelhantes, indicando a capacidade do PD em manter a qualidade original do solo. Por outro lado, os sistemas de culturas avaliados não apresentaram diferenças nestas avaliações. A determinação da diversidade funcional diferenciou os sistemas, indicando que os sistemas que favorecem o acúmulo de carbono foram mais semelhantes ao sistema referencial. / Agricultural activity, through different soil management practices, may cause impacts in soil productive capacity. This leads to the necessity of impact evaluation derived from a given soil management practice. However, in contrast to air and water, there are no definitive established indicators to soil quality. In this research, different microbiological parameters were evaluated in order to access soil quality as affected by tillage practices and crop systems, in comparison to a natural reference system. The evaluated parameters were the the activities of β-glucosidase, urease, acid phosphatase and arylsulphatase, along with the determination of soil microbial respiratory activity, microbial biomass and microbial functional diversity. The evaluated managements were conventional tillage (CT) and no-tillage (NT) and, as crop systems, crop rotation, crop succession and fallow. Besides those systems, natural pasture (NP) was also evaluated, being considered as the original soil condition that was compared to the other management systems. The results of the analyses of enzymatic activities, as well as the determinations of microbial biomass and respiratory activity, indicated that CT presented values inferior to the other systems, while NP and NT trended to show similar results, indicating that NT may keep original soil quality. On other hand, as a rule, crop systems did not differ. The determination of microbial functional diversity distinguished the treatments, indicating that systems that favored carbon accumulation were more similar to the natural reference system.

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