Orientador: Paulo Eduardo Martins Ribolla / Banca: Virgilio E. do Rosário / Banca: Alexandre Afrânio / Banca: Marcelo Urbano / Banca: Maria Anice Mured Sallum / Resumo: A malária é uma das principais parasitoses humanas do mundo, causando mais de um milhão de mortes, e quase 500 milhões de casos agudos da doença por ano. No Brasil, esta doença continua sendo uma das mais importantes do país, tendo sido registrados no ano de 2009 mais de 300 mil casos. O mosquito Anopheles darlingi é o principal vetor desta doença no Brasil e outros países da América do Sul. Devido à sua importância como vetor da malária humana, estudos sobre a estrutura populacional de An. darlingi tem sido objeto de vários estudos. A sua distribuição na Região Amazônica é ampla e dados recentes mostram alto grau de heterogeneidade, tanto genética como de comportamento. Grande parte desta variabilidade observada em An. darlingi pode estar relacionada com estratégias adaptativas para explorar nichos ecológicos distintos enquanto que a estrutura populacional e a diferenciação pode ser explicada por diferenças no tamanho efetivo da população, padrões de fluxo gênico e acontecimentos históricos e de colonização recente. De igual modo, alterações ambientais efetuadas pelo homem podem ter um impacto significativo na dinâmica de populações de vetores e, consequentemente, na transmissão da malária. Este projeto utilizou a genotipagem de 10 microssatélites para o estudo populacional de Anopheles darlingi coletados em sete localidades ao longo da extensão das Hidrelétricas de Jirau e Santo Antônio, às margens do Rio Madeira, em Porto Velho - RO. Estes métodos foram aplicados na caracterização de amostras coletadas nestas regiões no 1º e 2° semestres de 2007. O objetivo do trabalho foi analisar a estrutura populacional de An. darlingi ao longo do Rio Madeira, na área de influência das Hidrelétricas de Jirau e Santo Antônio. Os resultados mostraram alto fluxo gênico entre as populações, mesmo distando de 70 km. Foram encontradas diferenças... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Malaria is the major human parasitic diseases in the world, causing more than a million deaths and almost 500 million acute cases of disease per year. In Brazil, this disease remains one of the most important, having been recorded in the year of 2009 more than 300.000 cases. The mosquito Anopheles darlingi is the principal malaria vector in Brazil and other countries in South America. Due to its importance as a vector of human malaria, population structure of Anopheles darlingi has been the subject of several studies. Its distribution in the Amazon region is large and recent data show a high degree of heterogeneity, regarding genetic and behavioral aspects. Much of this observed variability may be related to adaptive strategies to exploit different ecological niches, while the population structure and differentiation can be explained by differences in effective population size, patterns of gene flow and historical events and recent colonization. Similarly, environmental changes made by man can take a significant impact on population dynamics of vectors and hence the transmission of malaria. This project genotyping 10 microsatellites for population-based study of Anopheles darlingi collected at seven locations along Rio Madeira at Porto Velho - RO. These methods were applied in the characterization of samples collected in these regions in the 1st and 2nd semesters of 2007. The objective was to analyze the population structure of Anopheles darlingi along the Madeira River, the area of influence of Hydroelectric of Jirau and San Antonio. The results showed high gene flow among populations, even at 70 km apart. We found significant genetic differences among populations when samples were compared seasonally. The samples collected in the first half of the year showed effective population size 10x greater than those collected in the second half. These differences may represent differences... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Resumo: A produção de açúcar por hectare constitui o foco principal dos programas de melhoramento de cana-de-açúcar e depende tanto da produção da cana colhida no campo como da concentração de açúcar (sacarose) contida no colmo. O objetivo deste trabalho foi identificar marcadores microssatélites genômicos e funcionais associados aos componentes de produção (altura, diâmetro, peso e número de colmos), produtividade e parâmetros de qualidade em cana-de-açúcar (Brix, Fibra, Pol%Cana), com base em uma progênie proveniente do cruzamento entre o clone IACSP95-3018 e a cultivar IACSP93-3046 ambos do Programa de Melhoramento Cana IAC. O mapa de ligação foi composto por 175 marcadores em dose única distribuídos em 58 grupos de ligação (GL) com cobertura de 1525 centiMorgans e distância média entre os marcadores de 8,71 centiMorgans. O comprimento dos grupos de ligação variou de 1 a 72 centiMorgans. Os 58 GL deram origem a 9 grupos de homologia. Com os marcadores em dose única foi feita uma análise de marca simples para a identificação de QTLs putativos associados as medidas fenotípicas obtidas em cana planta e cana soca. No total foram detectadas 69 (25%) associações marcador/característica fenotípica (P<0.05) das quais, 32 (46%) em cana planta, 37 (54%) cana soca e 6 (9%) em ambos os ciclos. Estas associações foram derivadas de 47 locos de microssatélites. Para os componentes de produção e produtividade foram encontradas 38 associações e duas em ambos os ciclos (planta e soca) enquanto para os parâmetros de qualidade foram detectadas 22 associações e duas em ambos os ciclos. Para os marcadores derivados de seqüências expressas, algumas associações mostraram uma relação entre a função do gene do qual o marcador foi derivado com à característica fenotípica associada. Para estas associações, apesar dos marcadores terem apresentado... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Sugar production per hectare is the main focus of sugarcane breeding programs and depends on the sugarcane production harvest in the field and the sugar content (sucrose) of the stalk juice. The objective of the present work was to identify genomic and functional microsatellites markers associated to yield components (height, diameter, weight and stalk number), productivity and quality parameters (Brix, Fibre, Pol%Cane) in a progeny derived from a cross of the elite clone IACSP95-3018 and the variety IACSP93-3046, both from the IAC Sugarcane Breeding Program. The genetic map was composed by 175 single dose markers distributed onto 58 linkage groups (LG). The map coverage was 1525 centiMorgans with an average distance between markers of 8.71 centiMorgans (cM) and length of the LG ranging from 1 to 72 cM. The 58 LG gave rise to 9 homology groups. Single marker trait association analysis was performed with the single dose markers to identify putative QTLs associated with the phenotypic measures obtained at plant cane and ratoon cane. A total of 69 (25%) maker/trait associations (P<0.05) was detected, of which, 32 (46%) at plant cane, 37 (54%) at ratoon cane and 6 (9%) at both cycles. These associations were derived from 47 microsatellite loci. For the yield components and productivity 38 associations was found and 2 at both cycles while for the quality parameters 22 associations were detected and 2 at both cycles. For the EST derived markers, some associations showed a relation between the function of de gene of which it was derived with the phenotypic trait. For such associations, although the marker effects were low, it is probable that these markers contribute to the respective phenotypic trait / Orientador: Dilermando Perecin / Coorientadora: Luciana Rossini Pinto / Banca: Silvana Aparecida Creste Dias de Souza / Banca: Sandra Helena Unêda Trevisoli / Mestre

Resumo: O presente trabalho teve como objetivo principal ampliar o conhecimento sobre a estrutura genética e obter informações para a conservação de pacu (Piaractus mesopotamicus Holmberg, 1887), provenientes de populações selvagens dos rios da Bacia do Alto Paraguai. Esta espécie possui grande valor comercial e imenso potencial para exploração em pisciculturas. Os marcadores moleculares do tipo microssatélite utilizados neste estudo, resultaram em muitas informações sobre a estrutura populacional desta espécie, permitindo uma possível caracterização dos bancos genéticos para esta espécie. Exemplares provenientes de nove sub-bacias do Pantanal Matogrossense foram coletados para a realização da extração de DNA visando à análise do material genômico. Para isto, foram retirados pequenos fragmentos de nadadeira de cada indivíduo. A amplificação dos locos microssatélites foi realizada num termociclador de PCR utilizando oligonucleotídeos marcados com fluorescência, conforme descrito na literatura. A genotipagem foi realizada no seqüenciador automático MegaBACETM 1000 (Amersham Biosciences), pertencente ao Centro de Estudos do Genoma Humano da Universidade de São Paulo. Os tamanhos dos alelos obtidos foram organizados para a montagem das matrizes de dados que foram submetidas aos programas computacionais para verificar a variabilidade genética nas populações. Os parâmetros que permitiram a determinação da diversidade genética intra e interpopulacional foram o número de alelos por loco, riqueza alélica, heterozigosidade observada e esperada, equilíbrio de Hardy Weinberg, índices Fst e Rst, análise de variância molecular (AMOVA), índice de fixação, desequilíbrio de ligacão e o número de migrantes. Também foi feita uma análise bayesiana para verificar a estrutura populacional e um dendrograma foi gerado a partir da matriz de distância baseada... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: This work aimed to obtain information about the genetic structure of pacu (Piaractus mesopotamicus Holmberg, 1887), from wild populations of Alto Paraguai Basin Rivers. This specie has a greatly commercial importance, with huge potential for hatcheries. The pacu has a wide distribution in the Prata Basin, formed by Paraguay, Paraná and Uruguay rivers and their tributaries Microsatellites markers offer relevant information about this specie, allowing the characterization of genetic stocks. Individuals from nine sampling sites in the Pantanal Matogrossense were analysed in this study. DNA extraction methods did not required killing the samples, we used fin clippings from each individual. The amplification of microsatellites loci was carried out via polymerase chain reaction (PCR) using oligonucleotide marked with fluorescent labels. The amplified fragments were analysed on the automatic DNA sequencer MegaBACETM 1000 (Amersham Biosciences), belonged to Centro de Estudos do Genoma Humano from Universidade de São Paulo. Allele sizes were organized in an input file that was submitted statistical analysis to verify the genetic variability of populations. The parameters used to estimate the genetic diversity intra and interpoulation were number of allele per locus, allele richness, observed and expected heterozygosities, Hardy Weinberg equilibrium, molecular variance analyses (AMOVA), fixation index, linkage disequilibrium and gene flow. Bayesian estimates were used to verify the populacional structure and a dendogram was calculated by the distances matrix based on chord distances values. The results showed no population structuring and intense gene flow. The most probable causes are the hight migratory capacityof this fish and the climatic and geographic characteristics of the Pantanal Matogrossense. / Orientador: Fausto Foresti / Coorientador: Daniela Calcagnotto / Banca: Alexandre Wagner Silva Hilsdorf / Banca: Emiko Kawakami de Resende / Banca: Jeffrey Frederico Lui / Banca: Claudio de Oliveira / Doutor

Resumo: O veado-campeiro (Ozotoceros bezoarticus) é uma das oito espécies de cervídeos reconhecidas no Brasil. Efeitos das atividades de caça, introdução de animais domésticos, destruição, fragmentação e alteração na qualidade do habitat são causas potenciais de ameaças às populações dessa espécie, sendo que a população existente no Pantanal é a mais significativa da espécie. Estudos a respeito da estrutura social do veado-campeiro são escassos e, além disso, a literatura apresenta questões controversas e outras em aberto. Dentro desse contexto, o presente projeto de pesquisa teve como objetivo analisar a estrutura social da população de veadoscampeiro na região central do Pantanal (MS, Brasil). Para tanto, 12 fêmeas foram marcadas com radiotransmissores, e utilizadas como animal focal para a observação da constituição de seus grupos. Amostras de fezes de integrantes do grupo dessas fêmeas foram coletadas mensalmente durante o período de 1 ano. O DNA das amostras de fezes foi extraído e amplificado por meio de iniciadores para seis regiões microssatélites. As análises permitiram acessar o nível de proximidade genética entre os animais que formavam cada grupo, sendo que o grau de parentesco foi significativo entre quatro fêmeas marcadas e seu respectivo grupo, devido, principalmente, a permanência de seus filhotes até o nascimento de um novo indivíduo em seu agrupamento. Para as demais fêmeas e análises realizadas, foi verificado que o grau de parentesco entre os animais não foi significativo. Esse fato contribui com a manutenção da diversidade genética da população, sendo que, a conservação do ambiente no qual estes animais estão inseridos é uma premissa para que o comportamento social dessa espécie se mantenha ao longo dos anos / Abstract: The pampas deer (Ozotoceros bezoarticus) is onde of eight recognized species of deer in Brazil. Effects of hunting, introduction of livestock, destruction, fragmentation and change in habitat quality are potential causes of threats to populations of this species, and the existing population in the Pantanal is the most significant in our country. Studies on the structure social pampas deer are scarce and, moreover, the literature presents controversial issues and other open. Within this context, this research project aimed at analyzing the social structure of population of pampas deer in the central region of the Pantanal (MS, Brazil). To this end, 12 females were marked with radio tranmitters, and used as focal animal for observation of the groups. Stool samples from members of 11 groups were collected monthly during period of one yaer. The DNA from stool samples was extracted and amplified using primers for six microsatellite regions. The analysis allows to access the level of genetic proximity between the animals that made up each group, and the degree of kinship was significant in four marked females and their respective group, due to mainly stay in their young until the birth of a new individual in their group. For the other females and analyzes it was found that the degree of relatedness among the animals was not significant. This contributes to maintaining the genetic diversity of the population, and the conservation of the environment in which these animals are inserted is a premise for the social behavior of this species is maintained over the years / Orientador: José Maurício Barbanti Duarte / Coorientador: Mateus José Rodrigues Paranhos da Costa / Coorientador: Renato Caparroz / Banca: Adriana Coletto Morales / Banca: Renata Alonso Miotto / Mestre

Resumo: Os fungos patogênicos Phakopsora pachyrhizi e Erysiphe diffusa causam a ferrugem asiática e oídio, respectivamente, em soja, e são responsáveis por grandes perdas nas áreas sojícolas de muitos países. O objetivo deste trabalho foi estudar a herança de caracteres qualitativos e quantitativos e mapear genes de resistência dessas doenças, utilizando populações de plantas F2 e F2:3 derivados dos cruzamentos entre os genótipos resistentes à ferrugem asiática PI 200487 e PI 200526 com o genótipo suscetível BRI98-641. Ambos os genótipos apresentaram um gene dominante para a resistência, os quais foram mapeados no mesmo grupo de ligação da soja (GL-N). Adicionalmente, as análises quantitativas demonstraram que o modelo aditivo-dominante foi suficiente para explicar a herança dos dois caracteres, número de urédias e severidade, mostrando que alguns genes adicionais de efeito menores podem contribuir para a resposta da severidade da ferrugem asiática nas duas populações. No entanto, o número de urédias demonstrou ser menos influenciado pelas condições ambientais, indicando que os genes podem estar concentrados apenas nos parentais resistentes, evidenciando o caráter de resistência. A severidade continua sendo importante na seleção, pois demonstra melhor o caráter seletivo e pela facilidade de avaliação. Para oídio da soja o gene de resistência foi mapeado em uma população F2:3, derivada do cruzamento entre os genótipos BR01-22106 (resistente) e PI 200487 (suscetível). A resistência ao oídio nesta população foi determinada por um único gene dominante e permitiu o mapeamento de um loco red no grupo de ligação C2 da soja. Os marcadores associados ao Rpp e Red identificados neste trabalho mostraram-se potencialmente úteis na seleção assistida de plantas resistência para o desenvolvimento de cultivares elites carregando estes genes e para manter... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The pathogenic fungi Phakopsora pachyrhizi and Erysiphe diffusa cause the Asian rust and powdery mildew diseases, respectively, in soybean and are responsible for severe yield reduction around the world. The aim of this work was to study the inheritance of qualitative and quantitative resistance characters and to map disease resistance genes in F2 e F2:3 soybean populations, derived from the crosses between Asian rust resistance genotypes, PI 200487 and PI 200526, with the susceptible genotype BRI98-641. Both genotypes revealed a dominant resistance gene that was mapped in the same soybean linkage group (LG-N). In addition, quantitative analysis demonstrated that the additivedominant model was sufficient to explain the inheritance of both characters, number of uredinia and severity, showing that some additional genes can contributed to soybean response to Asian rust severity in the two populations. However, the number of uredinia showed to be less influenced by environmental conditions, demonstrating that gene could be concentrated the in PI 200487 and PI 200526 and be evidence for resistance character. The severity remains important in the selection process because showing the best selective character and the available to evaluation. For powdery mildew, the resistance gene was mapped on linkage group C2 in a F2:3 populations derived from the cross between BR01-22106 (resistant) and PI 200487 (susceptible) genotypes. The powdery mildew resistance was determined by one dominant gene, mapped on linkage group C2 of soybean. The associate markers to Rpp and Red genes will be very useful to assist the selection of resistant plants on the development of elite cultivars carrying these genes and keep the competitiveness and sustainability of soybean Brazilian agribusiness. / Orientador: Antonio Orlando Di Mauro / Coorientador: Carlos Alberto Arrabal Arias / Coorientador: Ricardo Vilela Abdelnoor / Banca: Francismar Corrêa Marcelino / Banca: Eduardo Antonio Gavioli / Banca: Maria Aparecida Pessoa da Cruz Centurion / Banca: Rinaldo Cesar de Paula / Doutor

Resumo: Os marcadores de microssatélites tem sido utilizados com grande freqüência como ferramenta efetiva para estudos de estrutura genética de populações, fluxo gênico, parentesco e para quantificar os efeitos da fragmentação de habitats e guiar estratégias de conservação e melhoramento genético. Este trabalho teve como objetivo avaliar a diversidade genética e o sistema reprodutivo em progênies de duas populações de Myracrodruon urundeuva, procedentes de Aramina-SP e Selvíria-MS, assim como verificar os efeitos da ação antrópica sobre estas populações. Foram avaliadas 25 progênies de cada população, cada uma com 17 a 20 indivíduos, sendo analisados oito locos polimórficos de regiões microssatélites. Observouse 118 alelos nas duas populações e o número efetivo por loco ( e A ∧ = 4,05) foi inferior ao número médio de alelos por loco ( ∧A= 14,75), indicando elevado número de alelos em baixa freqüência. O índice de fixação (F = 0,210 e 0,107, respectivamente para Aramina e Selvíria) foi positivo, relativamente alto e significativamente diferente de zero. A taxa de cruzamento multilocos ( ∧ m t = 1,000 e ∧ m t = 1,000) e unilocos ( ∧ s t = 0,989 e ∧ s t = 0,999) para as populações de Aramina e Selvíria, respectivamente, foram altos, confirmando que a espécie é obrigatoriamente de cruzamento. A diferença entre a taxa de cruzamento multilocos e unilocos indicam cruzamentos entre indivíduos aparentados na população de Aramina. 9 Entretanto, as duas populações apresentaram alta diversidade genética, o que as qualifica para utilização em programas de conservação e melhoramento genético da espécie. / Abstract: The microsatellite markers has been often employed as effective tool for studies of genetic structure of populations, gene flow, relationship and also for to quantify environmental fragmentation effects and to outline strategies for conservation and breeding. This study aimed to evaluate the genetic diversity and mating system in progenies of two Myracrodruon urundeuva populations from Aramina-SP and Selvíria-MS, as well as verify the effects of antropic action on these populations. From each population were evaluated 25 progenies, with 15-20 individuals each, using genetic data from 8 microsatellite loci. There was 118 alleles in both populations and the actual number per locus ( e A ∧ = 4.05) was lower than the average number of alleles per locus ( ∧A = 14.75), indicating high number of alleles in low frequency. The fixation index (F = 0,210 e 0,107, respectively for Aramina and Selvíria) was positive, relatively high and significantly different from zero. The multilocus outcrossing rate ( ∧ m t = 1,000 e ∧ m t = 1,000) single-locus ( ∧ s t = 0,989 e ∧ s t = 0,999) for the populations for Aramina and Selvíria, respectively, they were high, confirming that the species is obligatorily for outcrossing. The difference between the multilocus outcrossing rates and single-locus outcrossing rate indicates mating among relatives in the Aramina population. Meanwhile, the 11 two populations had high genetic diversity, which qualifies them for use in programs for conservation and breeding of this species. / Orientador: Mário Luiz Teixeira de Moraes / Coorientador: Cristina Lacerda Soares Petrarolha Silva / Banca: Alexandre Magno Sebbenn. / Banca: Karina Martins. / Mestre

Resumo: O presente trabalho teve como objetivo produzir ferramentas e informações úteis para a conservação e exploração racional de Casearia sylvestris Sw. (Salicaceae), uma espécie que produz diterpenos clerodânicos de grande importância farmacológica (casearinas), e que é explorada por extrativismo. Tal objetivo foi alcançado através do desenvolvimento de marcadores microssatélites específicos para C. sylvestris e de um estudo da diversidade genética e química existente entre e dentro de populações do Estado de São Paulo. Tradicionalmente são reconhecidas duas variedades em C. sylvestris (var. sylvestris e var. lingua), o que é motivo de debate devido à existência de formas intermediárias. Este trabalho objetivou, adicionalmente, contribuir com argumentos genéticos para esta discussão. Foi construída uma biblioteca enriquecida em microssatélites, a partir da qual obtiveram-se e validaram-se dez pares de iniciadores (primers) microssatélites específicos para C. sylvestris. Estes pares de iniciadores foram utilizados para o estudo da estrutura genética de populações de C. sylvestris através da amostragem de 376 indivíduos em nove populações distribuídas em quatro ecossistemas (Floresta Ombrófila Densa, Floresta Estacional Semidecidual, Cerrado e ecótonos). As duas variedades foram amostradas de acordo com sua distribuição nestes ecossistemas. A genotipagem dos indivíduos para os locos amostrados foi realizada através de eletroforese em gel de acrilamida lido a 700 e 800 nm por um seqüenciador IR2-DNA Analyser (LI-COR). Os dados foram analisados através de abordagens frequentistas, bayesianas e baseadas na teoria de coalescência, utilizando-se diversos programas computacionais. Para o estudo da diversidade química, as mesmas populações foram amostradas, selecionando-se 12 indivíduos por população, totalizando 108 indivíduos. Adicionalmente, foram... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: This work aimed obtaining tools and information for the conservation and rational exploitation of Casearia sylvestris Sw. (Salicaceae), a tree species which produces casearins, pharmacologically important clerodane diterpenes. This goal was achieved through the development of a set of polymorphic microsatellite markers, and through the study of chemical and genetic diversity in populations of C. sylvestris from São Paulo State. Also, we aimed contributing for the debate on the existence of two varieties within this species (var. sylvestris e var. lingua). A genomic library was constructed and 10 primer pairs were obtained. Those primers were utilized for a population genetic structure analysis, in which 376 individuals from nine populations distributed on four different ecosystems (Evergreen Atlantic Forest, Semideciduous Atlantic Forest, Cerrado and ecotones) were sampled. The two varieties were sampled according to its distribution among these populations. Genotyping was performed at 700 and 800 nm by electrophoresis on an IR2-DNA Analyser (LI-COR). The data were analyzed through frequentist, Bayesian and coalescence-based approaches, through the use of several softwares. Chemical diversity was studied by sampling in the same populations (12 individuals per population, i.e. 108 individuals). Also, cuttings of these individuals were prepared, aiming to verify its' chemical compounds after a year of green-house cultivation. Cuttings' rooting was problematic and a methodology was developed. Only 46 cuttings survived. Casearins from these 154 individuals (108 + 46) were extracted and analyzed by HPLC. Genetic analysis results suggests a partial genome duplication, as more than two alleles for the same locus were observed in 8% of var. sylvestris individuals and in 70% of var. lingua individuals. Additional studies are necessary to verify the hypothesis of partial genome duplication... (Complete abstract click electronic access below) / Orientador: Marcos Aparecido Gimenes / Coorientador: Alberto José Cavalheiro / Banca: Roseli B. Torres / Banca: Maria Imaculada Zucchi / Banca: Giancarlo C. X. Oliveira / Doutor