Proefschrift Universiteit van Amsterdam. / Met bibliogr., lit. opg. - Met samenvatting in het Nederlands.

Tau ist ein Mikrotubuli-assoziiertes Protein, das die Polymerisation von Tubulin fördert und die Mikrotubuli stabilisiert. Folglich wird angenommen, dass Tau essentiell für die neuronale Morphogenese ist, vor allem für die Axonenausbildung und -aufrechterhaltung. Mittels tangentieller Nissl-gefärbter Schnitte von Mäusegehirnen konnte in der vorliegenden Arbeit gezeigt werden, dass Tau-knockout Mäuse die regelhafte thalamokortikale Barthaar-projektion („Barrel“ Konfiguration) entwickeln. Der Einfluss von Tau auf die Entstehung von Dendriten wurde anhand von Golgi-gefärbten Präparaten untersucht. Die Sholl-Analyse der gefärbten CA1-Pyramidenzellen zeigte, dass die Komplexität apikaler Dendriten durch das Fehlen von Tau reduziert wurde, während die Basaldendriten unbeeinflusst blieben. Das Tau-Protein scheint demzufolge unwesentlich für die Entstehung von axonalen Verbindungen im embryonalen Gehirn zu sein, ist aber beteiligt an der Steuerung des dendritischen Verzweigungsmusters. Ferner wurde beobachtet, dass sowohl die adulte Neurogenese, als auch die Mikrotubuli-Stabilität in den Apikal- und Basaldendriten und die Synapsen von dem Fehlen des Tau-Proteins unbeeinflusst blieben. In primären Zellkulturen aus dem Kleinhirn von Tau-knockout und Tau-wildtyp Mäusen konnten zwischen den zwei Genotypen keine signifikanten Unterschiede in der Länge oder im Verzweigungsmuster der Dendriten und der Axone von Körnerzellen beobachtet werden. Die Untersuchung der Effekte einzelner Tau-Isoformen auf die Morphologie von N2A-Zellen zeigte, dass es Unterschiede sowohl zwischen Tau-defizienten und Tau-positiven Zellen, als auch zwischen Zellen mit den verschiedenen Tau-Isoformen gibt. Das Tau-Protein übt demnach in vivo einen wichtigen Einfluss auf die Morphologie der Nervenzellen und besonders der Dendriten aus, welcher in vitro weiter analysiert wurde.

Tau ist ein Mikrotubuli-assoziiertes Protein, das die Polymerisation von Tubulin fördert und die Mikrotubuli stabilisiert. Folglich wird angenommen, dass Tau essentiell für die neuronale Morphogenese ist, vor allem für die Axonenausbildung und -aufrechterhaltung. Mittels tangentieller Nissl-gefärbter Schnitte von Mäusegehirnen konnte in der vorliegenden Arbeit gezeigt werden, dass Tau-knockout Mäuse die regelhafte thalamokortikale Barthaar-projektion („Barrel“ Konfiguration) entwickeln. Der Einfluss von Tau auf die Entstehung von Dendriten wurde anhand von Golgi-gefärbten Präparaten untersucht. Die Sholl-Analyse der gefärbten CA1-Pyramidenzellen zeigte, dass die Komplexität apikaler Dendriten durch das Fehlen von Tau reduziert wurde, während die Basaldendriten unbeeinflusst blieben. Das Tau-Protein scheint demzufolge unwesentlich für die Entstehung von axonalen Verbindungen im embryonalen Gehirn zu sein, ist aber beteiligt an der Steuerung des dendritischen Verzweigungsmusters. Ferner wurde beobachtet, dass sowohl die adulte Neurogenese, als auch die Mikrotubuli-Stabilität in den Apikal- und Basaldendriten und die Synapsen von dem Fehlen des Tau-Proteins unbeeinflusst blieben. In primären Zellkulturen aus dem Kleinhirn von Tau-knockout und Tau-wildtyp Mäusen konnten zwischen den zwei Genotypen keine signifikanten Unterschiede in der Länge oder im Verzweigungsmuster der Dendriten und der Axone von Körnerzellen beobachtet werden. Die Untersuchung der Effekte einzelner Tau-Isoformen auf die Morphologie von N2A-Zellen zeigte, dass es Unterschiede sowohl zwischen Tau-defizienten und Tau-positiven Zellen, als auch zwischen Zellen mit den verschiedenen Tau-Isoformen gibt. Das Tau-Protein übt demnach in vivo einen wichtigen Einfluss auf die Morphologie der Nervenzellen und besonders der Dendriten aus, welcher in vitro weiter analysiert wurde.:Abkürzungsverzeichnis 1 Einleitung 1 1.1 Das Mikrotubuli-assoziierte Protein Tau 1 1.2 Bedeutung des Tau-Proteins beim Menschen: Tauopathien 3 1.3 Bedeutung des Tau-Proteins beim Menschen: Mikrodeletion des MAPT-Lokus 4 1.4 Ergebnisse aus bisherigen Studien mit Tau-knockout Tieren 6 1.5 Aufgabenstellung 7 2 Material und Methoden 9 2.1 Material 9 2.1.1 Versuchstiere 9 2.1.2 Chemikalien 9 2.1.3 Häufig verwendete Lösungen 10 2.1.4 Geräte 10 2.2 Histologie 11 2.2.1 Fixierung 11 2.2.2 Golgi-Einzelschnittimprägnierung 11 2.2.3 Gefrierschnitte 11 2.2.4 Nissl-Färbung 12 2.2.5 Immunhistochemische Markierungen 13 2.3 Morphometrie 15 2.3.1 Sholl-Analyse 15 2.3.2 Volumenbestimmung 16 2.3.3 Zellzahl (Neurogenese) 17 2.3.4 Synapsenzahl 17 2.4 Proteinbiochemie 19 2.4.1 Proben 19 2.4.2 SDS-Polyacrylamid-Gelelektrophorese 19 2.4.3 Western Blot 20 2.4.4 Immundetektion am Western Blot 21 2.5 Transfektion von Nervenzellen in primärer Zellkultur 25 2.5.1 Primäre Zellkultur 25 2.5.2 Transfektion von primären Zellkulturen 25 2.5.3 Morphometrische Analyse von Körnerzellen des Kleinhirns 26 2.6 Klonierung von Tau-Protein-Isoformen 27 2.6.1 Klonierungsstrategie zur Herstellung eines pIRES-DsRed-Tau Vektors 27 2.6.2 Agarose-Gelelektrophorese 30 2.6.3 Gelextraktion der verschiedenen Tau-Isoform-Sequenzen 30 2.6.4 Herstellung chemisch kompetenter E.coli Zellen 31 2.6.5 Chemische Transformation kompetenter E. coli Zellen 32 2.6.6 Animpfen 32 2.6.7 Plasmid-DNA Purifikation aus 15ml Medium („Miniprep”) 32 2.6.8 Schneiden mit Restriktionsendonukleasen 33 2.6.9 Plasmidpräparation aus 100 ml Medium („Midiprep“) 33 2.6.10 Transfektion von N2A-Zellen mit pIRESRed-Tau 34 2.6.11 Rekonstruktion der transfizierten N2A-Zellen 35 2.7 Statistische Auswertung 36 3 Ergebnisse 37 3.1 Thalamokorticale Projektionen 37 3.2 Komplexität der Dendriten von CA1-Pyramidenzellen 37 3.3 Adulte Neurogenese im Hippocampus 41 3.4 Volumen des Hippocampus 43 3.5 Glia 45 3.6 Synapsen 46 3.7 Stabilität der Mikrotubuli 48 3.8 Mikrotubuli-assoziierte Proteine 50 3.9 Entwicklung in vitro 52 3.9.1 Primärkulturen 52 3.9.2 N2A-Zellkultur 54 4 Diskussion 58 4.1 Diskussion der Methoden 58 4.1.1 Herstellung von Tau-knockout Mäusen 58 4.1.2 Golgi-Einzelschnittimprägnierung und die dreidimensionale Zellrekonstruktion 59 4.1.3 Neurogenese 60 4.1.4 Volumenbestimmung von Hippocampus und Gyrus dentatus 61 4.1.5 Synaptische Marker 61 4.1.6 Western Blot 62 4.1.7 Transfektion von primären Zellkulturen 62 4.1.8 Transfektion von N2A-Zellen mit humanen Tau-Isoformen 63 4.2 Vergleich mit bekannten Daten aus der Forschungsliteratur 64 4.2.1 Axonogenese 64 4.2.2 Dendritogenese 64 4.2.3 Mikrotubuli-assoziierte Proteine und Mikrotubuli-Stabilität 67 4.2.4 Neurogenese 67 4.2.5 Synaptogenese 68 4.2.6 Rolle der einzelnen Isoformen 68 4.3 Bedeutung für die Medizin 71 4.4 Fazit 72 5 Zusammenfassung 73 6 Literaturverzeichnis 76 Posterpräsentationen 88 Danksagung 89 Erklärung über die eigenständige Abfassung der Arbeit 90 Lebenslauf 91

Subject of study: Cilia and flagella are slender appendages of eukaryotic cells. They are actively bending structures and display regular bending waves. These active flagellar bending waves drive fluid flows on cell surfaces like in the case of the ciliated trachea or propels single cell micro-swimmers like sperm or alga. Objective: The axoneme is the evolutionarily conserved mechanical apparatus within cilia and flagella. It is comprised of a cylindrical arrangement of microtubule doublets, which are the elastic elements and dyneins, which are the force generating elements in the axonemal structure. Dyneins collectively bend the axoneme and must be specifically regulated to generate symmetric and highly asymmetric waveforms. In this thesis, I address the question of the molecular origin of the asymmetric waveform and test different theoretical descriptions for motor regulation. Approach: I introduce the isolated and reactivated Chlamydomonas axoneme as an experimental model for the symmetric and asymmetric flagellar beat. This system allows to study the beat in a controlled and cell free environment. I use high-speed microscopy to record shapes with high spatial and temporal resolution. Through image analysis and shape parameterization I extract a minimal set of parameters that describe the flagellar waveform. Using Chlamydomonas, I make use of different structural and motor mutants to study their effect on the shape in different reactivation conditions. Although the isolated axoneme system has many advantages compared to the cell-bound flagellum, to my knowledge, it has not been characterized yet. Results: I present a shape parameterization of the asymmetric beat using Fourier decomposition methods and find, that the asymmetric waveform can be understood as a sinusoidal beat around a circular arc. This reveals the similarities of the two different beat types: the symmetric and the asymmetric beat. I investigate the origin of the beat-asymmetry and find evidence for a specific dynein motor to be responsible for the asymmetry. I furthermore find experimental evidence for a strong sliding restriction at the basal end of the axoneme, which is important to establish a static bend. In collaboration with P. Sartori and F. Jülicher, I compare theoretical descriptions of different motor control mechanisms and find that a curvature controlled motor-regulation mechanism describes the experimental data best. We furthermore find, that in the dynamic case an additional sliding restriction at the base is unnecessary. By comparing the waveforms of intact cells and isolated reactivated axonemes, I reveal the effect of hydrodynamic loading, and the influence of boundary conditions on the shape of the beating flagella.

Subject of study: Cilia and flagella are slender appendages of eukaryotic cells. They are actively bending structures and display regular bending waves. These active flagellar bending waves drive fluid flows on cell surfaces like in the case of the ciliated trachea or propels single cell micro-swimmers like sperm or alga. Objective: The axoneme is the evolutionarily conserved mechanical apparatus within cilia and flagella. It is comprised of a cylindrical arrangement of microtubule doublets, which are the elastic elements and dyneins, which are the force generating elements in the axonemal structure. Dyneins collectively bend the axoneme and must be specifically regulated to generate symmetric and highly asymmetric waveforms. In this thesis, I address the question of the molecular origin of the asymmetric waveform and test different theoretical descriptions for motor regulation. Approach: I introduce the isolated and reactivated Chlamydomonas axoneme as an experimental model for the symmetric and asymmetric flagellar beat. This system allows to study the beat in a controlled and cell free environment. I use high-speed microscopy to record shapes with high spatial and temporal resolution. Through image analysis and shape parameterization I extract a minimal set of parameters that describe the flagellar waveform. Using Chlamydomonas, I make use of different structural and motor mutants to study their effect on the shape in different reactivation conditions. Although the isolated axoneme system has many advantages compared to the cell-bound flagellum, to my knowledge, it has not been characterized yet. Results: I present a shape parameterization of the asymmetric beat using Fourier decomposition methods and find, that the asymmetric waveform can be understood as a sinusoidal beat around a circular arc. This reveals the similarities of the two different beat types: the symmetric and the asymmetric beat. I investigate the origin of the beat-asymmetry and find evidence for a specific dynein motor to be responsible for the asymmetry. I furthermore find experimental evidence for a strong sliding restriction at the basal end of the axoneme, which is important to establish a static bend. In collaboration with P. Sartori and F. Jülicher, I compare theoretical descriptions of different motor control mechanisms and find that a curvature controlled motor-regulation mechanism describes the experimental data best. We furthermore find, that in the dynamic case an additional sliding restriction at the base is unnecessary. By comparing the waveforms of intact cells and isolated reactivated axonemes, I reveal the effect of hydrodynamic loading, and the influence of boundary conditions on the shape of the beating flagella.:Contents 1 Introduction. . . . . . . . .. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3 1.1 Biology of Cilia and Flagella . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3 1.1.1 The dimensions of flagellated micro-swimmers . . . . . . . . . . . . . . . . . 4 1.1.2 The symmetric and the asymmetric beat . . . . . . . . .. . . . . . . . . . . . 5 1.1.3 Chlamydomonas reinhardtii as a flagella model . . . . . . . . . . 5 1.2 The axoneme is the internal structure in eukaryotic cilia and flagella . . 6 1.3 Structure and function of microtubules and dyneins . . . . . . . . . . . 9 1.3.1 Microtubules: The structural elements in the axoneme . . . . . . 9 1.3.2 Dyneins: The force generators that drive the axonemal beat . . . 10 1.3.3 The asymmetries in the axoneme and consequences for the beat 17 1.4 Axonemal waveform models and mechanisms: from sliding to bending to beating . . . . . . . . . . . . . . 20 1.5 Geometrical representation and parameterization of the axonemal beat . . . . . . . . . . . . . . . 23 2 Questions addressed in this thesis . . . . . . . . . . . . . . 27 3 Material and Methods . . . . . . . . . . . . . . 29 3.1 Chlamydomonas cells: Axoneme preparation and motility assays . . . . 29 3.1.1 Culturing of Chlamydomonas reinhardtii cells . . . . . . . . . . . 29 3.1.2 Isolation, demembranation and storage of axonemes . . . . . . . 33 3.1.3 Reactivation of axonemes in controlled conditions . . . . . . . . . 35 3.1.4 Axoneme gliding assay using kinesin 1 . . . . . . . . . . . . . . . 36 3.2 Imaging and image processing . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 38 3.2.1 High-speed imaging of the flagella and axonemes . . . . . . . . . 38 3.2.2 Precise tracking of isolated axonemes and the flagella of cells . . 42 3.2.3 High throughput frequency evaluation of isolated axonemes . . . 47 3.2.4 Beat frequency characterization of the reactivated WT axoneme . . . . . . . . . . . . . . 49 4 Results and Discussion . . . . . . . . . . . . . . 53 4.1 The beat of the axoneme propagates from base to tip . . . . . . . . . . . 53 4.1.1 TEM study reveals no sliding at the base of a bend axoneme . . 53 4.1.2 The direction of wave propagation is directly determined from the reactivation of polarity marked axonemes . . . . . . . . . . 57 4.1.3 Summary . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60 4.2 The asymmetric beat is the superposition of a static semi-circular arc and a sinusoidal beat . . . . . . .. . . . . . . . . . . . . . . . . 61 4.2.1 The waveform is parameterized by Fourier decomposition in time . . . . . . . . . . . . . . 61 4.2.2 The 0th and 1st Fourier modes describe the axonemal waveform . . . . . . . . . . . . . . 65 4.2.3 General dependence of shape parameters on axoneme length and beat frequency. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 68 4.2.4 The isolated axoneme is a good model for the intact flagellum . .. . . . . . . . . . . . . . 71 4.2.5 Summary: . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 76 4.3 The circular motion is a consequence of the axonemal waveform . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 79 4.3.1 Hydrodynamic relations for small amplitude waves explain the relation between swimming and shape of axonemes . . . . 79 4.3.2 The swimming path can be reconstructed using shape information and a hydrodynamic model . . . . . . . . . . . . . . . . 83 4.3.3 Motor mutations alter the direction of rotation of reactivated axonemes. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 84 4.3.4 Summary: . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 87 4.4 The molecular origin of the circular mean shape. . . . . . . . . . . . . . 89 4.4.1 Motor Mutations do not abolish the mean shape, a structural mutation does . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 89 4.4.2 The axoneme is straight in absence of ATP but bend at low ATP concentrations. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 93 4.4.3 Viscous load decreases the mean curvature . . . . . . . . . . . . 99 4.4.4 Summary: . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 100 4.5 Curvature-dependent dynein activation accounts for the shape of the beat of the isolated axoneme . . . . . . . . . . . . . . . . 103 5 Conclusions and Outlook . . . . . . . . . . . . . . . . 109 5.1 Summary of the results . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 109 5.2 Future directions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 110 Abbreviations . . . . . . . . . . . . . . . . 111 List of figures . . . . . . . . . . . . . . . . 116 List of tables . . . . . . . . . . . . . . . . 118 Bibliography