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Automatisation de la différenciation des cellules souches pluripotentes humaines en cellules de l’épithélium pigmentaire rétinien et modélisation des symptômes rétiniens associés à la mutation d’APC / Automation of human pluripotent stem cell differentiation toward retinal pigment epithelial cells for large-scale productions and modeling of retinal manifestations associated with familial adenomatous polyposis

Regent, Florian 13 December 2018 (has links)
Les premiers essais cliniques visant à greffer des cellules de l’épithélium pigmentaire rétinien (EPR) dérivées de cellules souches pluripotentes humaines (CSPhs) chez des patients atteints de dégénérescence maculaire liée à l’âge ou de rétinites pigmentaires se sont révélés à la fois satisfaisants du point de vue de la tolérance et prometteurs du point de vue de l’efficacité. Toutefois, ils ont également pointé du doigt la nécessité d’un protocole de différenciation plus efficace, plus robuste et moins onéreux que ceux employés actuellement avant de pouvoir utiliser ce traitement en routine. Au cours de cette étude, nous avons mis au point un nouveau protocole de différenciation récapitulant les principales étapes de la rétinogenèse via l’utilisation séquentielle de seulement 3 composés (Nicotinamide, Activine A et CHIR99021). Ce protocole a permis d’automatiser la différenciation des cellules de l’EPR et permet donc d’envisager la production de ces cellules à grande échelle pour la mise au point d’un traitement accessible au plus grand nombre.Dans un second temps, nous avons utilisé ce nouveau protocole de différenciation pour modéliser les atteintes rétiniennes associées à la Polypose Adénomateuse Familiale (PAF). La PAF est une maladie héréditaire à transmission autosomique dominante causée par la mutation du gène suppresseur de tumeurs Adenomatous Polyposis Coli (APC). Cette pathologie se caractérise principalement par l’apparition de quelques centaines à plusieurs milliers d’adénomes dans le colon, mais certains patients présentent également des symptômes extra-intestinaux dont le plus courant est la formation de lésions pigmentées du fond de l’œil. Bien que presque toujours bénignes, la présence de ces lésions suggère un rôle d’APC dans le développement et l’homéostasie de l’EPR. La différenciation de CSPhs porteuses d’une mutation sur APC en cellules de l’EPR nous a ainsi permis de mettre en évidence un rôle nouveau pour cette protéine dans la régulation de mélanogénèse et de la prolifération de ces cellules. / First attempts to transplant retinal pigment epithelial (RPE) cells derived from human pluripotent stem cells (hPSCs) in patients affected by age related macular degeneration or retinitis pigmentosa have shown both satisfactory safety results and promising efficacy results. However, they also highlighted the need for more robust and efficient differentiation protocols to treat large numbers of patients. In our study, we used only three compounds in a sequential manner (Nicotinamide, Activin A and CHIR99021) to develop a novel differentiation protocol that summarizes the main steps of retinogenesis. This protocol enabled us to automate RPE cells differentiation and, thus, should enable the large-scale production of these cells for the development of a treatment accessible to all.Secondly, we used this new differentiation protocol to model retinal manifestations of Familial Adenomatous Polyposis Coli (FAP). FAP is an autosomal dominant inherited disease due to the mutation of the tumor suppressor gene Adenomatous Polyposis Coli (APC). This disease is mainly characterized by the development of hundreds to thousands of adenomas in the rectum and colon but also by various extra -intestinal manifestations. Among these manifestations, pigmented ocular fundus lesions are the most common. Although these lesions are almost always benign, they suggest a role for APC in the development and the homeostasis of the RPE. In this study, we differentiated hPSCs harboring APC mutations into RPE cells and described a new role for this protein in the regulation of the melanogenesis and the proliferation of these cells.
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Analyse de dynamiques temporelles, spatiales et fluctuantes des activités de contrôleurs aériens / Analysis of temporal, spatial dimensions and fluctuation scaling of controller's activities from a human dynamics perspective

Wang, Yanjun 21 June 2012 (has links)
L’industrie du transport aérien offre un service de transport pour le grand public dans le but de permettre le commerce, les affaires et les voyages d'agrément. Pour fournir un transport aérien sûr et précis, la gestion du trafic aérien (ATM, Air Traffic Management) tend à une gestion dynamique et intégrée de la sécurité de l’espace aérien grâce à la fourniture d'équipements et de services sans couture (seamless) en collaboration avec toutes les parties (ICAO 2005). En tant qu’élément clé de l'ATM, le contrôleur du trafic aérien est étroitement lié à la sécurité et à l'efficacité du système. Depuis 1960 (Davis, Danaher et al. 1963), il y a des efforts en cours pour étudier les facteurs humains dans le système ATM, ce qui contribue à notre compréhension des activités de contrôleurs aériens. Cette thèse portera sur l'analyse empirique de la dynamique des contrôleurs aériens d'un point de vue « système complexe » en explorant les caractéristiques temporelles et spatiales de leurs activités de communication ainsi que leurs fluctuations / The automation systems have been prompting the improvement of capability of the Air Traffic Management (ATM) system. However, there remains substantial debate over the role of air traffic controller (ATCO), in particular, controller's activities that are closely related to the operation safety in both current ATM system and future ATM system. As a matter of fact, researchers and operational experts have long been sought the way to measure and predict controllers’ activities. With a few exception, most of existing works are incapable of predicting controllers’ activities correctly. The difficulty roots in the inadequate knowledge of the dynamics of air traffic controllers. In the context of transforming of the ATM system, there is a need for a generalized description on air traffic controllers’ activities. Recent human dynamics research has unmasked astonishing statistical characteristics in human activities which indicate there might exist a universal law that governs human activities. Building upon the previous research on controllers, this thesis analyzes air traffic controllers’ dynamics from human dynamics perspective using a complex system approach
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3D Reconstruction Using High Resolution Implicit Surface Representations and Memory Management Strategies

Eskandari, Mana 02 February 2024 (has links)
La disponibilité de capteurs de numérisation 3D rapides et précis a permis de capturer de très grands ensembles de points à la surface de différents objets qui véhiculent la géométrie des objets. La métrologie appliquée consiste en l'application de mesures dans différents domaines tels que le contrôle qualité, l'inspection, la conception de produits et la rétroingénierie. Une fois que le nuage de points 3D non organisés couvrant toute la surface de l'objet a été capturé, un modèle de la surface doit être construit si des mesures métrologiques doivent être effectuées sur l'objet. Dans la reconstruction 3D en temps réel, à l'aide de scanners 3D portables, une représentation de surface implicite très efficace est le cadre de champ vectoriel, qui suppose que la surface est approchée par un plan dans chaque voxel. Le champ vectoriel contient la normale à la surface et la matrice de covariance des points tombant à l'intérieur d'un voxel. L'approche globale proposée dans ce projet est basée sur le cadre Vector Field. Le principal problème abordé dans ce projet est la résolution de l'incrément de consommation de mémoire et la précision du modèle reconstruit dans le champ vectoriel. Ce tte approche effectue une sélection objective de la taille optimale des voxels dans le cadre de champ vectoriel pour maintenir la consommation de mémoire aussi faible que possible et toujours obtenir un modèle précis de la surface. De plus, un ajustement d e surface d'ordre élevé est utilisé pour augmenter la précision du modèle. Étant donné que notre approche ne nécessite aucune paramétrisation ni calcul complexe, et qu'au lieu de travailler avec chaque point, nous travaillons avec des voxels dans le champ vectoriel, cela réduit la complexité du calcul. / The availability of fast and accurate 3D scanning sensors has made it possible to capture very large sets of points at the surface of different objects that convey the geometry of the objects. A pplied metrology consists in the application of measurements in different fields such as quality control, inspection, product design and reverse engineering. Once the cloud of unorganized 3D points covering the entire surface of the object has been capture d, a model of the surface must be built if metrologic measurements are to be performed on the object. In realtime 3D reconstruction, using handheld 3D scanners a very efficient implicit surface representation is the Vector Field framework, which assumes that the surface is approximated by a plane in each voxel. The vector field contains the normal to the surface and the covariance matrix of the points falling inside a voxel. The proposed global approach in this project is based on the Vector Field framew ork. The main problem addressed in this project is solving the memory consumption increment and the accuracy of the reconstructed model in the vector field. This approach performs an objective selection of the optimal voxels size in the vector field frame work to keep the memory consumption as low as possible and still achieve an accurate model of the surface. Moreover, a highorder surface fitting is used to increase the accuracy of the model. Since our approach do not require any parametrization and compl ex calculation, and instead of working with each point we are working with voxels in the vector field, then it reduces the computational complexity.
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Modélisation expérimentale des interactions entre déformations salifères et sédimentation turbiditique : une nouvelle approche expérimentale appliquée aux déformations des corps salifères allochtones / Modelling the interaction between turbidite deposition and salt-related deformation : a new experimental tectono-stratigraphic approach with application to deformation of allochthonous salt bodies

Sellier, Nicolas 23 September 2011 (has links)
Le long d’une marge passive, la présence d'un niveau de sel mobile, ainsi que des apports sédimentaires détritiques importants peuvent déclencher une tectonique gravitaire déformant la couverture sédimentaire et le sel sous-jacent. Ces déformations sont contrôlées au niveau du glacis continental par la surcharge différentielle engendrée par le dépôt d'éventails turbiditiques (étalement gravitaire). Localement, lorsque la marge est mature, l'extrusion des évaporites forme des nappes de sel allochtone de quelques dizaines de kilomètres de longueur, pouvant être remobilisés et déformés par le dépôt de lobes/éventails turbiditiques. Deux styles structuraux se distinguent : Le premier (stepped counterregional) est dominé par la subsidence de la couverture sédimentaire et l’extrusion du sel en aval du système. Le second (roho) est dominé par des mouvements de translation horizontaux accommodés par de nombreuses structures extensives.Nous avons développé un nouveau type de dispositif expérimental permettant d’étudier les interactions entre sédimentation et tectonique salifère au sein des marges passives. Notre dispositif combine deux approches traditionnellement distinctes : l’approche stratigraphique, s’intéressant au transport et au dépôt sédimentaire, et l’approche tectonique, se focalisant sur les déformations salifères. Le bassin tectono-stratigraphique conçu au cours de cette thèse permet donc de simuler les processus de transport et de dépôt turbiditique ainsi que les déformations gravitaires induites par une surcharge sédimentaire différentielle sur un niveau mobile salifère à l’échelle régionale (étalement gravitaire) ou locale (remobilisation de nappe de sel allochtone). / Salt-bearing passive margin with large clastic sediment supply are characterized by gravity-driven tectonics that deforms the sedimentary overburden and the underlying salt. These deformations are controlled along the continental rise by the differential loading generated by the deposition of turbidite fan (gravity spreading). Locally, along mature margin, extrusion of evaporites form allochthonous salt nappes (tens kilometres long) that are remobilized and deformed by the deposition of turbiditic lobes. Two end-members are recognized: the stepped counterregional structural style, which is dominated by subsidence of the sedimentary cover and distal salt extrusion. The roho structural style, which is dominated by lateral translation accommodated by several extensional structures.We designed a completely new kind of experimental apparatus for studying the interaction between sedimentation and salt tectonics along passive margin. Our device combines two approaches that are traditionally distinct: (1) the stratigraphic approach aiming to simulate sediment transport and deposition, and (2) the tectonic approach focusing on the deformation of the salt and its sedimentary cover. Thus, the tectono-stratigraphic basin built during this PhD work allows the modelling of turbiditic transport and deposition processes, as well as, salt-related deformations induced by differential loading of a mobile salt substratum at regional (gravity spreading) or local (allochthonous salt bodies remobilization).
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Analyse des processus de recherche et de modélisation du patrimoine à partir de deux cas : l’écluse Saint-Gabriel du canal de Lachine et la gare Montreal and Southern Counties Railways Co.

Gosselin, Louis Pierre January 2014 (has links)
Depuis deux décennies, des chercheurs et des diffuseurs utilisent des modélisations 3D pour rendre compte d'espaces et de structures du passé. Cependant, les historiens demeurent généralement réticents envers cette manière de représenter l'histoire. Pourtant, la science historique peut tirer parti du 3D de plusieurs façons. Une modélisation peut servir de laboratoire, une approche déjà utilisée en archéologie. Par exemple, à partir d'un modèle 3D du Colisée, les historiens pourraient s'intéresser aux interactions entre la population romaine et le bâtiment, aux techniques de construction, à l'impact de cette architecture monumentale sur l'évolution urbaine. La modélisation ne doit pas non plus se limiter aux grands monuments du passé. L'évolution de l'architecture vernaculaire, d'un quartier populaire, d'un complexe industriel ou d'un village aborigène peut tout aussi bien se prêter à une analyse tirant profit d'une modélisation. Mais avant d'intégrer une telle approche à la discipline historique, il faut assurer les chercheurs du caractère scientifique d'une maquette 3D. Un tel environnement doit pouvoir répondre aux mêmes critères scientifiques que toute autre production historique de nature académique. De tels systèmes – incorporant des objets virtuels, des sources et des éléments narratifs – sont présentement en développement, et je porterai donc mon attention sur l'élaboration d'une procédure efficace pour créer des environnements virtuels pertinents respectant les pratiques historiennes.
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Évaluation de la précision de simulations du couvert neigeux par SNOWPACK à partir de données météorologiques in-situ et de prévision dans différents contextes climatiques des régions montagneuses canadiennes

Côté, Kevin January 2016 (has links)
Résumé : Depuis les années 1990, environ 12 personnes par année sont tuées des suites d’une avalanche, ce qui en fait maintenant la principale cause de décès liés aux catastrophes hivernales au Canada (Stethem, 2003). Comme l'intérêt pour les activités de plein air telles que la randonnée, la motoneige et le ski de randonnée dans les régions éloignées augmente, l’amélioration de la prévision des avalanches à l'échelle régionale est nécessaire afin d’assurer la sécurité des usagers de l’arrière-pays. La logistique et les mesures de sécurité étant importantes lors de déplacements dans l’arrière-pays, les observations du couvert neigeux (observations d'avalanches, profils stratigraphiques et tests de stabilité) en terrain avalancheux ne sont pas toujours possibles pour les praticiens et prévisionnistes du milieu. Une alternative intéressante est d'analyser le manteau neigeux à distance en utilisant les sorties de modèles physiques de simulation du couvert neigeux. SNOWPACK, un modèle développé par l'Institut WSL sur la neige et les avalanches (SLF) en Suisse, est actuellement utilisé de manière opérationnelle pour la prévision d'avalanches et la recherche dans les Alpes suisses. Le projet vise à adapter SNOWPACK aux différentes conditions météorologiques dans les montagnes canadiennes (climat parfois côtier, transitionnel ou continental) et à l’utiliser dans le contexte de gestion de la prévention d’avalanches d’Avalanche Canada afin d’améliorer les prévisions à l’échelle régionale de la stabilité du couvert neigeux. Ce mémoire présente les traitements et analyses qui ont été menés pour évaluer le potentiel d'utilisation du modèle SNOWPACK forcé à la fois avec des données météorologiques in-situ et des données météorologiques de réanalyses. La validation des données de réanalyses avec les données in-situ pour les hivers de 2013-2014 et de 2014-2015 montre que le modèle météorologique GEM-LAM (Global Environmental Multiscale Limited Area Model) du Centre Météorologique Canadien (CMC) est le plus précis pour les trois contextes climatiques du projet. Un biais sur les données de précipitation proportionnel à l’intensité de celles-ci a toutefois également été identifié. Les sorties des simulations forcées avec GEM-LAM sont les plus proches des mesures observées sur le terrain en ce qui a trait aux indices de densité et de température relative moyenne, montrant des R² supérieurs et des valeurs de RMSE plus faibles. Finalement, l’analyse qualitative de la présence de couches faibles persistantes à l'aide de la plate-forme InfoEX d’Avalanche Canada montre un accord entre les dates de formation de croûte de regel et de givre de surface et les sorties du modèle SNOWPACK, confirmant son potentiel pour une adaptation canadienne. / Abstract : Since the 1990s, approximately 12 people per year are killed on average by avalanches, which are now the primary cause of death related to winter disasters in Canada (Stethem, 2003). As interest in outdoor activities, such as hiking, sledding and ski touring, in remote areas is increasing, there is a strong need for improved avalanche forecasting at the regional scale. Due to important logistical and safety matters, avalanche terrain measurements are not always possible for practitioners/forecasters (avalanche observations, snowpack profiles and stability tests). An interesting alternative is to analyze the snowpack without these challenges by using multilayered snow model outputs. SNOWPACK, a model developed by the WSL Institute for Snow and Avalanche Research (SLF) in Switzerland, is currently used operationally for avalanche prediction and research (Lehning, 1999) in the Swiss Alps. This projects aims to improve largescale predictions of snow stability and avalanches in a Canadian context using SNOWPACK. Thus, this documents presents the analyses that have been conducted to assess the potential of using SNOWPACK driven with both in-situ and forecasted meteorological data. A comparison of meteorological data from in-situ and predicted datasets for the winters of 2013-2014 and 2014-2015 shows that the GEM-LAM model is the most accurate for the three climatic contexts in this project, but also showed a precipitation bias proportional to its intensity/rate. Snow simulations forced with GEM-LAM are the closest to field measurements, showing a higher R² and lower RMSE values. Finally, predictions of persistent weak layers have also been validated using the InfoEx platform from Avalanche Canada. Crust and surface hoar formation dates simulated by SNOWPACK agree with the information reported in InfoEx highlighting the potential for a Canadian implementation.
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Modélisation des efflorescences algales et des cycles du C, N, P et Si dans l'écosystème eutrophisé de la mer du Nord

Gypens, Nathalie 16 February 2006 (has links)
Le modèle biogéochimique de résolution complexe MIRO a été développé pour étudier la dynamique des efflorescences de Phaeocystis en zone côtière belge (BCZ) en réponse aux apports de nutriments anthropiques délivrés directement par l’Escaut et indirectement par la Seine via les eaux atlantiques entrantes. Le modèle MIRO décrit les cycles du carbone (C), de l’azote (N), du phosphore (P) et de la silice (Si) au travers de 38 compartiments chimiques, planctoniques et benthiques clés de l’écosystème côtier dominé par Phaeocystis. Il a été validé dans une configuration multi boite simple en utilisant des forçages climatologiques pour la période 1989-1999 et sur base d’une comparaison visuelle des simulations de nutriments et des variables planctoniques avec les données récoltées durant cette même période. Le modèle validé a ensuite été utilisé pour étudier le fonctionnement de l’écosystème et les cycles biogéochimiques associés. Plus précisément, les bilans de carbone et de nutriments réalisés sur base des flux biologiques modélisés ont montré que l’écosystème de la BCZ, dominé par les efflorescences de Phaeocystis, se caractérise par une faible efficience trophique, une faible capacité de rétention/élimination des apports de nutriments d’origine anthropique et une faible capacité d’absorption du CO2 atmosphérique. Des scénarios annulant tour à tour l’activité biologique et les apports de carbone par les rivières ont permis de déterminer les rôles respectifs de la température, des processus biologiques et des apports de nutriments et de carbone par les rivières dans l’évolution saisonnière de la pCO2 des eaux de surface. L’effet combiné des apports anthropiques de nutriments et des conditions météorologiques locales (débit, vent, température) a été étudié sur base d’une simulation effectuée pour la période contemporaine (1989-2003) en utilisant les forçages réels mesurés. La comparaison visuelle des simulations et des observations montre que, si le modèle est parfaitement capable de reproduire les successions phytoplanctoniques, il est par contre moins performant en ce qui concerne la reproduction des signaux extrêmes. Il apparaît donc que l’échelle de temps (mensuelle) utilisée pour décrire la variabilité des forçages est trop longue et ne permet pas de capter les variations hydrologiques à court terme résultant du vent et de la marée. De manière à mieux comprendre le lien entre les activités humaines sur le bassin versant et l’eutrophisation des zones côtières, le modèle MIRO a été couplé aux sorties du modèle de rivière RIVERSTRAHLER appliqué à la Seine et à l’Escaut sur une période de 50 ans (1950-1998). Les résultats obtenus montrent que l’importance des efflorescences de diatomées est conditionnée par les apports de PO4, alors que l’importance des Phaeocystis est directement liée à l’importance des apports de NO3. Un bilan établi pour la BCZ montre que plus de 50% des apports annuels de N et 60% des apports annuels de P proviennent des eaux Atlantiques et pointe l‘importance des apports de la Seine pour l’enrichissement de la BCZ. Différents scénarios de réduction des apports de nutriments provenant des rivières ont été réalisés afin de cibler le ou les nutriments à diminuer prioritairement pour réduire les efflorescences de Phaeocystis. Les résultats montrent que, dans les conditions actuelles, seule une réduction des apports de NO3 prédit une diminution des efflorescences de Phaeocystis. De plus, pour avoir un abattement significatif de ces efflorescences, il est nécessaire d’agir de manière conjointe sur les apports de la Seine et de l’Escaut. En vue de l’implémentation du code MIRO dans un modèle 3D hydrodynamique et pour tenir compte de la variabilité spatiale des sédiments dans la zone étudiée, une paramétrisation des flux de nutriments à l’interface eau-sédiment a été recherchée sur base des résultats obtenus avec un modèle diagénétique analytique décrivant la dégradation de la matière organique et les cycles de l’azote et du phosphore dans les sédiments.
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Modélisation pathologique des maladies monogéniques par l'utilisation des cellules souches embryonnaires humaines : preuve de concept appliquée à la dystrophie myotonique de type 1 / Pathological modeling of monogenic diseases using human embryonic stem cells : proof of concept applied to myotonic dystrophy type 1

Denis, Jérôme 13 October 2010 (has links)
Parmi leurs applications prometteuses, les lignées de cellules souches embryonnaires humaines (hES) présentent un potentiel inestimable pour améliorer la compréhension des mécanismes moléculaires et cellulaires impliqués dans le développement de maladies monogéniques. Cette application de modélisation pathologique est devenue possible grâce à l’utilisation de lignées hES porteuses de la mutation causale d’une maladie monogénique, obtenues au cours d’un diagnostique pré-implantatoire. L’équipe dans laquelle j’ai effectué mes travaux de thèse a démontré que des lignées hES et leurs progénies, porteuses de la mutation causale de la dystrophie myotonique de type 1 (DM1), exprimaient des défauts moléculaires caractéristiques de la pathologie, permettant ainsi leur analyse de façon plus pertinente par rapport à des cultures primaires dérivées de biopsies de patients et validant l’utilisation de ce modèle cellulaire. Dans ce contexte, dans la première partie de mon travail de thèse, mon objectif a été de mettre au point des conditions de culture permettant la différenciation des cellules hES normales et mutantes vers le lignage neural afin d’obtenir des populations homogènes de progéniteurs neuraux et de cellules souches neurales, puis de les caractériser sur le plan phénotypique et fonctionnel. Par une étude transcriptomique, j’ai ensuite comparé le profil d’expression de ces progéniteurs neuraux à une autre population homogène de précurseurs mésenchymateux. J’ai ainsi identifié des gènes et des voies de signalisation spécifiques à chacune de ces populations. (Article 1). Dans la seconde partie de mes travaux, ma contribution au projet de modélisation pathologique de DM1 a été d’utiliser ces progéniteurs neuraux et les cellules souches neurales mutés pour explorer les mécanismes physiopathologiques responsables des symptômes neurologiques observés dans cette pathologie. J’ai ainsi identifié une anomalie dans une voie de signalisation cellulaire perturbée, la voie la voie mTORC1, basée sur l’observation selon laquelle les cellules NSC porteuses de la mutation DM1 proliféraient plus lentement que les cellules contrôles (Article II). J’ai également étudié l’expression la protéine Tau, connue pour son implication dans la maladie d’Alzheimer, et mis en évidence des modifications suggérant une altération du transport axonal dans les neurones issus des lignées hES mutantes. Ces résultats, associés à ceux réalisés dans l’équipe, permettent d’apporter la preuve de concept de l’intérêt d’un tel modèle cellulaire pour la modélisation pathologique des maladies monogéniques. / Among their promising applications, human embryonic stem cells lines (hES) have huge potential to improve the understanding of molecular and cellular mechanisms involved in the development of monogenic diseases. This application of modeling pathologic became possible using hES cell lines carrying the causal mutation of a monogenic disease, obtained during pre-implantation diagnosis. The team where I did my thesis work demonstrated that hES cell lines and their progeny, carrying the causal mutation in myotonic dystrophy type 1 (DM1), expressing the molecular defects characteristic of the pathology, allowing more relevant analysis than primary cultures derived from biopsies of patients and validates the use of this cell model. In this context, in the first part of my thesis, my goal was to develop culture conditions for hES cell differentiation into normal and mutant neural lineage in order to obtain homogeneous populations of neural progenitors and neural stem cells and to characterize their phenotypic and fonctional preperties. Next, using a transcriptomic method, I compared the expression profile of neural progenitors to another homogeneous population of mesenchymal precursors. Thus, I identified genes and signaling pathways specific to each of these populations. (Article 1). In the second part of my work, my contribution to the pathological modeling of DM1 was to use these mutant neural progenitor cells and neural stem cells to explore the pathophysiological mechanisms involved in neurological symptoms observed in this pathology. Thus, I have identified a cell signaling pathway defects in mTORC1 pathway based on the observation that NSC cells carrying DM1 mutation proliferated more slowly than control cells (Article II).At last, I also studied the expression of Tau protein, a protein involved in Alzheimer’s disease and I have highlighted changes suggesting impairement of axonal transport in neurons derived from hES cell lines mutant. These results, together with those performed in the team, can provide proof of concept for the benefit of such a cell model for modeling disease monogenic diseases.
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Contribution au développement de la sémantique en modélisation d’entreprise

Zouggar, Nabila 04 December 2009 (has links)
Cette thèse traite de l’enrichissement sémantique de la modélisation d’entreprise. L’étude de l’existant a révélé que les langages de modélisation d’entreprise existant depuis plus de vingt ans sont conçus sur une base essentiellement syntaxique. Les modèles d’entreprise basés sur ces langages accusent un déficit sémantique conséquent entravant fortement la compréhension et l’exploitation de ces modèles. L’étude approfondie du processus de création des modèles d’entreprise et la comparaison faite avec le processus de conversion des connaissances a permis de distinguer différents conflits sémantiques en modélisation d’entreprise et d’affirmer que ces conflits peuvent être diminués avec l’apport d’une sémantique d’avantage explicite. Les ontologies sont caractérisées par leurs capacités à définir des concepts de façon formelle et d’expliciter leur sémantique. Une méthodologie a été proposée en se basant sur les ontologies et les techniques qui lui sont associées. / Abstract
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Towards Dynamic Software Product Lines : Unifying Design and Runtime Adaptations / Vers les lignes de produits logiciels dynamiques : unification des adaptations à la conception et à l’exécution

Parra, Carlos 04 March 2011 (has links)
Pour profiter des nombreux matériels actuellement, les logiciels s’exécutant sur des téléphones mobiles doivent devenir sensibles au contexte, c'est-à-dire, qu’ils doivent surveiller les événements provenant de leur environnement et réagir en conséquence. Nous considérons que ces logiciels peuvent  bénéficier d'une approche basée sur les Lignes de Produits Logiciels (LPL). Les LPLs sont définies pour exploiter les points communs par la définition d’éléments réutilisables. Néanmoins, les LPLs ne prennent pas en compte  les modifications à l'exécution des applications. Cette thèse propose une ligne de produits logiciels dynamique (LPLD) qui étend une LPL classique en fournissant des mécanismes pour adapter les produits à l'exécution. Notre objectif principal est d'unifier les adaptations à la conception et à l'exécution en utilisant des artefacts logiciels de haut niveau. Concrètement, nous introduisons un modèle de variabilité et un modèle de composition pour modulariser les produits sous forme de modèles d'aspect. Chaque modèle d'aspect a trois parties : l’architecture, les modifications, et le point de coupe. Ensuite, nous proposons deux processus de dérivation du produit : un pour la conception que vise à construir un produit, et un pour l'exécution que vise à adapter un produit. Ce travail de recherche s’est déroulé dans le cadre du projet FUI CAPPUCINO. Nous avons défini une LPLD pour une étude de cas de vente sensible au contexte d’un hypermarché.  Le scénario démontre les avantages de notre approche et, en particulier, l'unification réalisée par les modèles d'aspect utilisés à la fois à la conception et à l'exécution. / In order to take advantage of new hardware capabilities in mobile devices, software has to be context aware, i.e. it has to monitor the events and information coming from its environment and react accordingly. Moreover, often such mobile applications share characteristics regarding its architecture and implementation. This leads us to consider that context-aware systems can benefit from the Software Product Line (SPL) paradigm. However, SPLs are limited regarding the runtime modifications implied by context awareness. This dissertation investigates on Dynamic Software Product Lines (DSPL). A DSPL extends a classic SPL by providing mechanisms to adapt products at runtime. Our main goal is to unify design and runtime adaptations under the same definition through high-level artifacts. Concretely, as the first contribution of this dissertation, we introduce a variability model, and a composition model that realizes variability. We use these models to divide the products in several modules called aspect models. Each aspect model is formed by three parts: architecture, changes, and places. As a second contribution, we propose two processes of product derivation: design weaving and runtime weaving. Design weaving aims at building a single product. Runtime weaving aims at adapting a product being executed. To validate our approach we define and implement a DSPL. Concretely, this research is part of the FUI CAPPUCINO project where we developed a DSPL for a retail case study. The validation shows the versatility of our approach and in particular the unification achieved through the aspect models used at design time as well as at runtime.

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