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Desenvolvimento de um software para planejamento in silico de fármacos Multimol

OLIVEIRA FILHO, Jorge Ferraz de January 2011 (has links)
Submitted by Caroline Falcao (caroline.rfalcao@ufpe.br) on 2017-04-04T19:08:22Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) 2011-Dissertação-JorgeOliveiraFIlho.pdf: 1509169 bytes, checksum: 3a60c3845f5f2566418cca7bb188df7e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-04T19:08:22Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) 2011-Dissertação-JorgeOliveiraFIlho.pdf: 1509169 bytes, checksum: 3a60c3845f5f2566418cca7bb188df7e (MD5) Previous issue date: 2011 / A área de Modelagem Molecular vem despertando interesse crescente desde que surgiu. O uso de métodos computacionais na previsão de estruturas e propriedades moleculares, particularmente aplicados na inovação terapêutica através do planejamento de fármacos, por exemplo, tem adquirido crescente espaço e confiabilidade na comunidade científica e na grande indústria farmacêutica mundial. Dentre as diversas abordagens computacionais aplicáveis ao desenvolvimento de fármacos, destacam-se os estudos da relação quantitativa entre estrutura molecular e atividade biológica. Esta técnica permite construir modelos estatísticos de regressão capazes de oferecer, a partir das estruturas de moléculas, uma previsão confiável de uma propriedade de interesse, como por exemplo, a atividade biológica (QSAR), a toxicidade (QSTR) ou a solubilidade (QSPR). O MultiMOL, desenvolvido no Laboratório de Química Teórica Medicinal (LQTM) da UFPE, é um software implementado em linguagem de programação C/C++, que oferece as técnicas de estatística multivariada mais comumente utilizadas nos problemas de QSAR. As suas funcionalidades incluem algoritmos de pré-processamento de dados (escalonamento, centrar na média, seleção de variáveis), diversos métodos de regressão (MLR, PCR, PLS e QPLS), a validação de modelos por validação cruzada (LOO-FCV) ou por utilização de série de testes e a exibição dos resultados dos modelos por meio de gráficos bidimensionais. Importa ressaltar que o método de PLS quadrático (Q-PLS) não é facilmente encontrado em outros softwares disponíveis, tornando-se assim um importante diferencial do MultiMOL. Todas estas funcionalidades encontram-se disponíveis para o usuário por meio de uma interface gráfica (GUI) de fácil utilização. O programa foi construído com ênfase em desempenho, robustez e precisão numérica, a fim de ser uma alternativa satisfatória como ferramenta de evidente interesse para a inovação terapêutica. Os testes realizados, com três conjuntos de dados distintos (QSAR Tradicional, QSAR-3D e dados espectroscópicos), ofereceram indicativos satisfatórios da eficácia do software na construção de modelos de regressão. Dentre os modelos obtidos, podem ser destacados (i) PCR para QSAR Tradicional [Q² = 0,70]; (ii) PLS para QSAR-3D [Q² = 0,75]; e (iii) Q-PLS para os dados espectroscópicos [Q² = 0,93]. Estes resultados, aliados à precisão e ao bom desempenho do programa, demonstram que o MultiMOL é uma ferramenta adequada para tratar problemas típicos de estatística multivariada. Versões futuras do software poderão incluir opções de processamento paralelo (Grid-Computing) para cálculos que exijam maiores demandas computacionais, bem como a implementação de algoritmos classificatórios (HCA, SIMCA, KNN), com o intuito de aumentar o leque de aplicabilidade do programa. / The molecular modeling area has an increasing interest since it appeared. The application of computational methods in order to predict molecular structures and properties, particularly applied in therapeutic innovation by drug design, for example, has acquired increasing space and reliability in the scientific community and big pharma industry. Among the various computational approaches applied to drug development, it can be highlighted the study of quantitative structure-activity relationship (QSAR). This technique allows the building of statistical regression models which are capable to offer a reliable prediction of a property of interest, e.g., biological activity (QSAR), toxicity (QSTR) or solubility (QSPR). The MultiMOL program, developed at the Laboratório de Química Teórica Medicinal (LQTM), UFPE, is implemented in the programming language C / C++, which offers the multivariate statistical techniques most commonly used in QSAR problems. The features available on it include algorithms for data preprocessing (scaling, mean-centering, variable selection), a variety of regression methods (MLR, PCR, PLS and QPLS), techniques to validate models by cross validation (LOO- FCV) or by use of series of tests, and features to display the results in a graphical way. It should be emphasized that the method of quadratic PLS (QPLS) is not easily found in other softwares, becoming so an important implementation for MultiMOL. All these features are available to the user through a graphical user interface (GUI) for easy use. The program was built with an emphasis on performance, robustness and numerical accuracy, in order to be a satisfactory alternative as a tool of obvious interest for medicinal chemistry and therapeutic innovation. Tests performed with the program, using three different data sets (traditional QSAR, 3D-QSAR and spectroscopic data) have given satisfactory indications of its effectiveness in building regression models. Generated results were obtained with the performance and accuracy characteristics of the program. Among the models obtained, can be detached (i) PCR for traditional QSAR [Q ² = 0.70], (ii) PLS for 3D-QSAR [Q ² = 0.75] and (iii) Q-PLS for spectroscopic [Q ² = 0.93]. These results demonstrate that MultiMOL is a suitable tool for solving typical problems of multivariate statistics, accomplishing therefore with the previously established objectives. Future versions of software may include parallel processing options (Grid-Computing), for calculations that require greater computational demands, as well as the implementation of classification algorithms (HCA, SIMCA, KNN), in order to increase the range of applicability of the program.
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Modelos moleculares para prótons e nêutrons

FERREIRA, Joacy Vicente January 2003 (has links)
Made available in DSpace on 2014-06-12T23:01:26Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo9182_1.pdf: 369448 bytes, checksum: 62a6933931c7847dbf74b6449d15cd24 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2003 / A propriedade mais característica dos quarks é a das cargas elétricas fracionárias. Considerando o quark d (-1/3e) como constituído por um quark u (+2/3e) mais um elétron, o próton (uud) e o nêutron (udd) podem ser descritos por sistemas do tipo (uuu + um elétron) e (uuu + dois elétrons), respectivamente. São sistemas similares às moléculas H3 ++ e H3 +, respectivamente. Além da diferença devido as dimensões dos sistemas, nas moléculas-íon de hidrogênio as cargas nucleares são inteiras, enquanto que nos sistemas quark-elétron propostos elas são fracionárias e do tipo +2/3e. De acordo com o modelo proposto, o decaimento β é um processo de ionização. Além desta visão qualitativa, os modelos aqui propostos para nêutrons e prótons também são úteis para análises quantitativas. Neste trabalho, através de cálculos de orbital molecular, obtivemos a diferença de massa nêutron-próton, usando a diferença de energias eletrônicas totais entre os dois sistemas. Ainda calculamos os raios destas duas partículas. Para a construção dos orbitais moleculares definimos um conjunto de funções-base gaussianas apropriado para descrever interações a distâncias da ordem de Fermi. Sem incluir correções relativísticas e corrigindo as energias cinéticas pelo teorema virial, obtivemos resultados bastante próximos dos valores experimentais
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Estudo da captura de CO2 utilizando adsorventes modificados via simulação molecular / Study of CO2 capture using adsorbents modified by molecular simulation

Lima, Adriano Erique de Oliveira 30 July 2012 (has links)
LIMA, A. E. de O. Estudo da captura de CO2 utilizando adsorventes modificados via simulação molecular. 2012. 117 f. Dissertação (Mestrado em Engenharia Química) - Centro de Tecnologia, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2012. / Submitted by Marlene Sousa (mmarlene@ufc.br) on 2012-11-07T18:16:39Z No. of bitstreams: 1 2012_dis_aeolima.pdf: 1421991 bytes, checksum: 8c52dd10b2cdb97777304536d50b1495 (MD5) / Approved for entry into archive by Marlene Sousa(mmarlene@ufc.br) on 2012-11-07T18:49:38Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2012_dis_aeolima.pdf: 1421991 bytes, checksum: 8c52dd10b2cdb97777304536d50b1495 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-11-07T18:49:38Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2012_dis_aeolima.pdf: 1421991 bytes, checksum: 8c52dd10b2cdb97777304536d50b1495 (MD5) Previous issue date: 2012-07-30 / The high levels of CO2 emissions over the last century have generated concern and alert worldwide. Incentives to promote technologies for CO2 capture and storage are highlighted in this situation. Among the viable alternatives to capture that gas is the adsorption process. The literature contains many experimental studies of CO2 adsorption in various impregnated materials, despite that, few papers are devoted to the understanding of such phenomena at the atomic level. This study investigates the CO2 adsorption in X-faujasites and activated carbons impregnated with monoethanolamine (MEA) using molecular simulation. Thus, models of MEA, CO2, faujasite and activated carbon were proposed. For faujasite, the structure was modeled based on the crystallographic data reported in the literature. For activated carbon, the pores were represented by the slit pores model of graphene and the study was conducted in three pore sizes (8.9, 18.5, 30.9 Å) to represent different regions of the adsorption and also allow for data correlation with the commercial activated carbon WV-1050. The CO2 molecule was modeled in the three-centers (faujasites tests) and one-center (carbons tests) models. The adsorbents were loaded with increasing amounts of monoethanolamine and the impact of this addition was evaluated through a set of simulated CO2 isotherms using the Grand Canonical Monte Carlo (GCMC) method. With the model faujasite/MEA/CO2, it was possible to reproduce the decreasing experimental CO2 adsorption with increased MEA concentration. In carbons, it was observed that the values of adsorbed CO2 at high pressure (above 4 bar) always decrease with MEA increasing loadings for both pores, as verified experimentally in real carbons. However, the simulation has shown that the amount adsorbed at low pressures (below 1 bar) is enhanced with monoethanolamine concentration in carbonaceous material. These results, considering the techniques used in this study, indicate that the activated carbon and NaX systems modified with monoethanolamine are unfeasible for capturing CO2 if adsorption capacity is the only criterion to take into account / Os altos níveis de emissão de CO2 neste último século têm gerado alerta e preocupação às autoridades a nível mundial. Incentivos para desenvolver tecnologias de captura e armazenamento de CO2 ganham destaque nesse cenário. Dentre as alternativas viáveis para captura do referido gás está o processo de adsorção. A literatura é vasta nos estudos experimentais de adsorção de CO2 em diversos materiais impregnados, entretanto poucos trabalhos se dedicam ao entendimento dos fenômenos em nível atômico. O presente estudo objetiva investigar a adsorção de CO2 em faujasitas do tipo X e carbonos ativados impregnados com monoetanolamina (MEA), mediante o uso de simulação molecular. Para isso, modelos de MEA, CO2, faujasita e carbono ativado foram elaborados. Para a faujasita, construiu-se a estrutura com base nos dados cristalográficos reportados na literatura. No carbono ativado, os poros foram representados pelo modelo de placas paralelas de grafeno e realizou-se o estudo em três tamanhos característicos (8,9, 18,5, 30,9 Å) de modo a representar distintas regiões de adsorção e também permitir correlacionar dados com o carvão comercial WV-1050. A molécula de CO2 foi construída com os modelos de 3 centros (ensaios em faujasitas) e de 1 centro (ensaios em carbonos ativados). Os adsorventes foram carregados com quantidades crescentes de MEA e o impacto desta adição foi avaliado através do levantamento de novas isotermas de CO2 utilizando-se o método de Monte Carlo no ensemble Grande Canônico (GCMC). Com o modelo proposto faujasita/MEA/CO2, foi possível reproduzir a tendência experimental de redução de adsorção de CO2 com aumento da concentração de MEA, em concordância com resultados experimentais apresentados na literatura. Em carbonos ativados, observou-se que os valores de CO2 adsorvidos a alta pressão (acima de 4 bar) sempre decaíam com o carregamento de MEA para ambos os poros, como foi evidenciado experimentalmente em carbonos reais. No entanto, a simulação revelou que as quantidades adsorvidas a baixa pressão (abaixo de 1 bar) são maiores quando se adiciona monoetanolamina ao material carbonoso. Os resultados, com base nas técnicas aplicadas nesse estudo, indicam que os sistemas NaX e carbono ativado modificados com MEA são pouco viáveis para captura de CO2 no que diz respeito ao critério isolado de capacidade de adsorção
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Detecção molecular de bocavírus humano e metapneumovirus humano associados à infecção respiratória aguda

Pilger, Diogo Andre January 2009 (has links)
Introdução: os vírus são responsáveis por 50 a 90% das infecções respiratórias agudas (IRAs) em crianças pequenas, sendo a maioria das infecções atribuídas ao vírus respiratório sincicial (VRS), vírus influenza A e B, vírus parainfluenza 1, 2 e 3, rinovirus e adenovirus. Mais recentemente, com o advento de métodos moleculares, novos agentes foram identificados e relacionados com IRA, como o metapneumovirus humano (hMPV) e bocavirus humano (hBoV). O reconhecimento da importância da determinação do agente etiológico das IRAs em crianças está aumentando porque permite a implementação de medidas de controle de infecção adequadas e, eventualmente, uso de terapia anti-viral. Objetivos: o objetivo principal deste trabalho é verificar a presença do hMPV e hBoV em amostras respiratórias de crianças com sintomas de infecção respiratória aguda do trato respiratório inferior através de método molecular. Além disso, verificar sua associação com outros patógenos respiratórios, distribuição sazonal, associação com variáveis climáticas e comparar a metodologia de PCR em Tempo real com a imunofluorescência direta (IFD) para identificação destes outros patógenos respiratórios. Métodos: foram avaliadas 455 amostras de crianças com sintomas sugestivos de infecção respiratória aguda do trato respiratório inferior no período de maio de 2007 a junho de 2008. A presença de patógenos respiratórios foi analisada por PCR em Tempo Real e IFD. Resultados: hMPV e hBoV foram identificados na população analisada em uma prevalência de 14.5% e 13.2%, respectivamente. A prevalência global de patógenos respiratórios foi 89.9% quando analisados por PCR em Tempo Real e 78.7% por IFD. O coeficiente kappa de concordância entre as duas metodologias foi de 0.241, evidenciando baixa concordância e o índice de coinfecções identificado por PCR em Tempo Real foi significativamente superior ao encontrado por IFD. Poucas medidas de associação foram observadas entre as variáveis climáticas e os patógenos analisados, entretanto uma clara distribuição sazonal foi observada para a maioria dos patógenos analisados. Conclusões: os dois vírus pesquisados estão presentes no nosso meio, principalmente nos meses de inverno, frequentemente associados com outros patógenos respiratórios. Independentemente do patógeno respiratório analisado, a metodologia molecular mostrou-se mais eficaz para a identificação de amostras positivas. / Introduction: viruses are responsible for 50 to 90% of acute respiratory infections (ARIs) in children, the majority of infections attributed to respiratory syncytial virus (RSV), influenza virus A and B, parainfluenza viruses 1, 2 and 3, rhinovirus and adenovirus. More recently, with the advent of molecular methods, new agents have been identified and related to ARI, such as human metapneumovirus (hMPV) and human bocavirus (hBoV). The recognition of the importance of determining the etiologic agent of ARI in children is increasing because it allows the implementation of appropriate infection-control and, possibly, use of anti-viral therapy. Objectives: the main objective of this work is to verify the presence of hMPV and hBoV in respiratory samples from children with symptoms of acute respiratory infection of the lower respiratory tract by molecular method. Also, verify its association with other respiratory pathogens, seasonal distribution, association with climatic variables and compare the methodology of real-time PCR with direct immunofluorescence (DIF) for identification of these others respiratory pathogens. Methods: 455 samples were selected from children with symptoms suggestive of acute respiratory infection of the lower respiratory tract in the period May 2007 to June 2008. The presence of respiratory pathogens was analyzed by Real Time PCR and DIF. Results: hMPV and hBoV were identified in the population analyzed in a prevalence of 14.5% and 13.2%, respectively. The overall prevalence of respiratory pathogens was 89.9% when analyzed by Real Time PCR and 78.7% for DIF. The kappa coefficient of agreement between the two methods was 0.241, showing low correlation and the index of coinfection identified by Real-time PCR was significantly higher than that found by DIF. Few measures of association were observed between the climatic variables and the pathogens tested, but a clear seasonal distribution was observed for most of the pathogens analyzed. Conclusions: the two viruses studied are present in our environment, especially in the winter months, often associated with other respiratory pathogens. Regardless of the respiratory pathogen studied, the molecular approach was more effective for the identification of positive samples.
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Identificação, resistência a antimicrobianos e caracterização molecular de Enterococcus isolados de alimentos / Identification, antimicrobial resistence and molecular characterization of Enterococcus isolated from food

Fracalanzza, Suely Aparecida Pimenta January 2007 (has links)
Made available in DSpace on 2014-08-26T17:15:04Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) 122.pdf: 1194114 bytes, checksum: b0b0d31b9027bb954f6bb3ca83a18349 (MD5) Previous issue date: 2007 / Os enterococos são patógenos com considerável capacidade de expressar resistência a vários antimicrobianos. Sua natureza ubiqüitária e resistência às condições ambientais adversas explicam sua habilidade para colonizar diferentes habitats e seu potencial para se disseminar com facilidade através da cadeia alimentar. No presente estudo avaliamos a distribuição das espécies e a susceptibilidade aos antimicrobianos entre enterococos isolados a partir de alimentos de origem animal (carne de frango e leite pasteurizado) obtidos de supermercados e feiras livres no Rio de Janeiro / RJ, Brasil. As seguintes espécies foram identificadas, entre 167 amostras isoladas obtidos de carne de frango e 127 obtidas de leite pasteurizado: E. faecalis (184 – 62,6%), E. casseliflavus (51 – 17,3%), E. durans (19 – 6,5%), E. gallinarum (9 – 3%), E. gilvus (7 – 2,4%), E. faecium 6 – 2%), E. hirae (4 – 1,4%) e E. sulfureus (3 – 1%). Os percentuais de resistência aos antimicrobianos entre os isolados foram: 32,1% à tetraciclina; 23,3% à eritromicina; 11,3% à estreptomicina; 0,7% ao cloranfenicol; 3,9% à gentamicina, 2,1% ao imipenem; 1,1% à norfloxacina; 0,7% à ciprofloxacina, nitrofurantoína e penicilina e 0,4% /à ampicilina. Resistência intermediária foi detectada em percentuais que variaram de 0,5% para a linezolida até 62% para a eritromicina. Nenhuma das amostras bacterianas apresentou resistência aos glicopeptídeos testados, vancomicina e teicoplanina. Resistência a níveis elevados de aminoglicosídeos foi observada em 13,1% dos isolados. Multirresistencia aos antimicrobianos foi observada nas espécies E. faecalis, E. casseliflavus, E. faecium, E. gallinarum, E. durans e E. gilvus. Entre os enterococos isolados de carne de frango e leite pasteurizado foi possível detectar a presença do gene ermB, responsável pela resistência à eritromicina entre E. faecalis, E. casseliflavus, E. gallinarum e E. durans. Os genes tetL, tetM e tetO, foram detectados nas espécies E. faecalis, E. casseliflavus e E. gallinarum isoladas a partir carne de frango. A diversidade genética de E. faecalis (54 isolados) apresentando características de multirresistencia aos antimicrobianos, procedentes de carne de frango e de leite pasteurizado foi avaliada através da análise dos perfis de fragmentação do DNA cromossômico utilizando a endonuclease de restrição SmaI e eletroforese em campo pulsado (PFGE). Foi detectado um número elevado (39) de diferentes perfis de fragmentação do DNA cromossômico. Deste total, a maioria (30) foi constituída por apenas um isolado, revelando um elevada diversidade genética. / The enterococci are important nosocomial pathogens with a remarkable capacity of expressing resistance to several antimicrobial agents. Their ubiquitous nature and resistance to adverse environmental conditions take account for their ability to colonize different habitats and for their potential for easy spreading through the food chain. In the present study we evaluated the distribution of species and antimicrobial susceptibility among enterococcal isolates recovered from food obtained in retail stores in Rio de Janeiro, Brazil. The following species were identified among 167 isolates obtained from poultry meat and 127 from pasteurized milk: Enterococcus faecalis (62.6%), Enterococcus casseliflavus (17.3%), Enterococcus durans (6.5%), Enterococcus gallinarum (3.0%), Enterococcus gilvus (2.4%), Enterococcus faecium (2.0%), Enterococcus hirae (1.4%), and Enterococcus sulfureus (1.0%). The overall percentages of antimicrobial resistant isolates were: 31.2 % to tetracycline, 23.8% to erythromycin, 11.3% to streptomycin, 4.3% to chloramphenicol, 3.9% to gentamicin, 1.4% to norfloxacin, 1.1% to imipenem, 0.7% to ciprofloxacin, nitrofurantoin, and penicillin and 0.4% to ampicillin. Intermediate resistance was detected in frequencies varying from 0.5% for linezolid to 58.2% for erythromycin. None of the isolates showed resistance to glycopeptides. High-level resistance to aminoglycosides was observed in 13.1% of the isolates. Multiresistance was observed in E. faecalis, E. casseliflavus, E. faecium, E. gallinarum, E. durans and E. gilvus. The presence of the gene ermB, coding for the resistance to erythromycin, was detected by PCR in E. faecalis, E. casseliflavus, E. gallinarum and E. durans. The presence of the genes tetL, tetM and tetO, associated with resistance to tetracycline, were detected by PCR, among E. faecalis, E. casseliflavus, and E. gallinarum isolatede from poultry meat. The genetic diversity among multiresistant E. faecalis (54 isolates) from poultry meat and pasteurized milk, was evaluated by the analysis of the cromossomic DNA fragmentation profile by PFGE after cleavage with SmaI by PFGE. A variety (39) of different cromossomic DNA fragmentation profile or clonal complexes was found among multiresistant E. faecalis from poultry meat and milk, indicating a high level of genetic diversity.
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Detecção molecular de bocavírus humano e metapneumovirus humano associados à infecção respiratória aguda

Pilger, Diogo Andre January 2009 (has links)
Introdução: os vírus são responsáveis por 50 a 90% das infecções respiratórias agudas (IRAs) em crianças pequenas, sendo a maioria das infecções atribuídas ao vírus respiratório sincicial (VRS), vírus influenza A e B, vírus parainfluenza 1, 2 e 3, rinovirus e adenovirus. Mais recentemente, com o advento de métodos moleculares, novos agentes foram identificados e relacionados com IRA, como o metapneumovirus humano (hMPV) e bocavirus humano (hBoV). O reconhecimento da importância da determinação do agente etiológico das IRAs em crianças está aumentando porque permite a implementação de medidas de controle de infecção adequadas e, eventualmente, uso de terapia anti-viral. Objetivos: o objetivo principal deste trabalho é verificar a presença do hMPV e hBoV em amostras respiratórias de crianças com sintomas de infecção respiratória aguda do trato respiratório inferior através de método molecular. Além disso, verificar sua associação com outros patógenos respiratórios, distribuição sazonal, associação com variáveis climáticas e comparar a metodologia de PCR em Tempo real com a imunofluorescência direta (IFD) para identificação destes outros patógenos respiratórios. Métodos: foram avaliadas 455 amostras de crianças com sintomas sugestivos de infecção respiratória aguda do trato respiratório inferior no período de maio de 2007 a junho de 2008. A presença de patógenos respiratórios foi analisada por PCR em Tempo Real e IFD. Resultados: hMPV e hBoV foram identificados na população analisada em uma prevalência de 14.5% e 13.2%, respectivamente. A prevalência global de patógenos respiratórios foi 89.9% quando analisados por PCR em Tempo Real e 78.7% por IFD. O coeficiente kappa de concordância entre as duas metodologias foi de 0.241, evidenciando baixa concordância e o índice de coinfecções identificado por PCR em Tempo Real foi significativamente superior ao encontrado por IFD. Poucas medidas de associação foram observadas entre as variáveis climáticas e os patógenos analisados, entretanto uma clara distribuição sazonal foi observada para a maioria dos patógenos analisados. Conclusões: os dois vírus pesquisados estão presentes no nosso meio, principalmente nos meses de inverno, frequentemente associados com outros patógenos respiratórios. Independentemente do patógeno respiratório analisado, a metodologia molecular mostrou-se mais eficaz para a identificação de amostras positivas. / Introduction: viruses are responsible for 50 to 90% of acute respiratory infections (ARIs) in children, the majority of infections attributed to respiratory syncytial virus (RSV), influenza virus A and B, parainfluenza viruses 1, 2 and 3, rhinovirus and adenovirus. More recently, with the advent of molecular methods, new agents have been identified and related to ARI, such as human metapneumovirus (hMPV) and human bocavirus (hBoV). The recognition of the importance of determining the etiologic agent of ARI in children is increasing because it allows the implementation of appropriate infection-control and, possibly, use of anti-viral therapy. Objectives: the main objective of this work is to verify the presence of hMPV and hBoV in respiratory samples from children with symptoms of acute respiratory infection of the lower respiratory tract by molecular method. Also, verify its association with other respiratory pathogens, seasonal distribution, association with climatic variables and compare the methodology of real-time PCR with direct immunofluorescence (DIF) for identification of these others respiratory pathogens. Methods: 455 samples were selected from children with symptoms suggestive of acute respiratory infection of the lower respiratory tract in the period May 2007 to June 2008. The presence of respiratory pathogens was analyzed by Real Time PCR and DIF. Results: hMPV and hBoV were identified in the population analyzed in a prevalence of 14.5% and 13.2%, respectively. The overall prevalence of respiratory pathogens was 89.9% when analyzed by Real Time PCR and 78.7% for DIF. The kappa coefficient of agreement between the two methods was 0.241, showing low correlation and the index of coinfection identified by Real-time PCR was significantly higher than that found by DIF. Few measures of association were observed between the climatic variables and the pathogens tested, but a clear seasonal distribution was observed for most of the pathogens analyzed. Conclusions: the two viruses studied are present in our environment, especially in the winter months, often associated with other respiratory pathogens. Regardless of the respiratory pathogen studied, the molecular approach was more effective for the identification of positive samples.
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Estudo da captura de CO2 utilizando adsorventes modificados via simulaÃÃo molecular / Study of CO2 capture using adsorbents modified by molecular simulation

Adriano Erique de Oliveira Lima 30 July 2012 (has links)
nÃo hà / Os altos nÃveis de emissÃo de CO2 neste Ãltimo sÃculo tÃm gerado alerta e preocupaÃÃo Ãs autoridades a nÃvel mundial. Incentivos para desenvolver tecnologias de captura e armazenamento de CO2 ganham destaque nesse cenÃrio. Dentre as alternativas viÃveis para captura do referido gÃs està o processo de adsorÃÃo. A literatura à vasta nos estudos experimentais de adsorÃÃo de CO2 em diversos materiais impregnados, entretanto poucos trabalhos se dedicam ao entendimento dos fenÃmenos em nÃvel atÃmico. O presente estudo objetiva investigar a adsorÃÃo de CO2 em faujasitas do tipo X e carbonos ativados impregnados com monoetanolamina (MEA), mediante o uso de simulaÃÃo molecular. Para isso, modelos de MEA, CO2, faujasita e carbono ativado foram elaborados. Para a faujasita, construiu-se a estrutura com base nos dados cristalogrÃficos reportados na literatura. No carbono ativado, os poros foram representados pelo modelo de placas paralelas de grafeno e realizou-se o estudo em trÃs tamanhos caracterÃsticos (8,9, 18,5, 30,9 Ã) de modo a representar distintas regiÃes de adsorÃÃo e tambÃm permitir correlacionar dados com o carvÃo comercial WV-1050. A molÃcula de CO2 foi construÃda com os modelos de 3 centros (ensaios em faujasitas) e de 1 centro (ensaios em carbonos ativados). Os adsorventes foram carregados com quantidades crescentes de MEA e o impacto desta adiÃÃo foi avaliado atravÃs do levantamento de novas isotermas de CO2 utilizando-se o mÃtodo de Monte Carlo no ensemble Grande CanÃnico (GCMC). Com o modelo proposto faujasita/MEA/CO2, foi possÃvel reproduzir a tendÃncia experimental de reduÃÃo de adsorÃÃo de CO2 com aumento da concentraÃÃo de MEA, em concordÃncia com resultados experimentais apresentados na literatura. Em carbonos ativados, observou-se que os valores de CO2 adsorvidos a alta pressÃo (acima de 4 bar) sempre decaÃam com o carregamento de MEA para ambos os poros, como foi evidenciado experimentalmente em carbonos reais. No entanto, a simulaÃÃo revelou que as quantidades adsorvidas a baixa pressÃo (abaixo de 1 bar) sÃo maiores quando se adiciona monoetanolamina ao material carbonoso. Os resultados, com base nas tÃcnicas aplicadas nesse estudo, indicam que os sistemas NaX e carbono ativado modificados com MEA sÃo pouco viÃveis para captura de CO2 no que diz respeito ao critÃrio isolado de capacidade de adsorÃÃo / The high levels of CO2 emissions over the last century have generated concern and alert worldwide. Incentives to promote technologies for CO2 capture and storage are highlighted in this situation. Among the viable alternatives to capture that gas is the adsorption process. The literature contains many experimental studies of CO2 adsorption in various impregnated materials, despite that, few papers are devoted to the understanding of such phenomena at the atomic level. This study investigates the CO2 adsorption in X-faujasites and activated carbons impregnated with monoethanolamine (MEA) using molecular simulation. Thus, models of MEA, CO2, faujasite and activated carbon were proposed. For faujasite, the structure was modeled based on the crystallographic data reported in the literature. For activated carbon, the pores were represented by the slit pores model of graphene and the study was conducted in three pore sizes (8.9, 18.5, 30.9 Ã) to represent different regions of the adsorption and also allow for data correlation with the commercial activated carbon WV-1050. The CO2 molecule was modeled in the three-centers (faujasites tests) and one-center (carbons tests) models. The adsorbents were loaded with increasing amounts of monoethanolamine and the impact of this addition was evaluated through a set of simulated CO2 isotherms using the Grand Canonical Monte Carlo (GCMC) method. With the model faujasite/MEA/CO2, it was possible to reproduce the decreasing experimental CO2 adsorption with increased MEA concentration. In carbons, it was observed that the values of adsorbed CO2 at high pressure (above 4 bar) always decrease with MEA increasing loadings for both pores, as verified experimentally in real carbons. However, the simulation has shown that the amount adsorbed at low pressures (below 1 bar) is enhanced with monoethanolamine concentration in carbonaceous material. These results, considering the techniques used in this study, indicate that the activated carbon and NaX systems modified with monoethanolamine are unfeasible for capturing CO2 if adsorption capacity is the only criterion to take into account
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Detecção molecular de bocavírus humano e metapneumovirus humano associados à infecção respiratória aguda

Pilger, Diogo Andre January 2009 (has links)
Introdução: os vírus são responsáveis por 50 a 90% das infecções respiratórias agudas (IRAs) em crianças pequenas, sendo a maioria das infecções atribuídas ao vírus respiratório sincicial (VRS), vírus influenza A e B, vírus parainfluenza 1, 2 e 3, rinovirus e adenovirus. Mais recentemente, com o advento de métodos moleculares, novos agentes foram identificados e relacionados com IRA, como o metapneumovirus humano (hMPV) e bocavirus humano (hBoV). O reconhecimento da importância da determinação do agente etiológico das IRAs em crianças está aumentando porque permite a implementação de medidas de controle de infecção adequadas e, eventualmente, uso de terapia anti-viral. Objetivos: o objetivo principal deste trabalho é verificar a presença do hMPV e hBoV em amostras respiratórias de crianças com sintomas de infecção respiratória aguda do trato respiratório inferior através de método molecular. Além disso, verificar sua associação com outros patógenos respiratórios, distribuição sazonal, associação com variáveis climáticas e comparar a metodologia de PCR em Tempo real com a imunofluorescência direta (IFD) para identificação destes outros patógenos respiratórios. Métodos: foram avaliadas 455 amostras de crianças com sintomas sugestivos de infecção respiratória aguda do trato respiratório inferior no período de maio de 2007 a junho de 2008. A presença de patógenos respiratórios foi analisada por PCR em Tempo Real e IFD. Resultados: hMPV e hBoV foram identificados na população analisada em uma prevalência de 14.5% e 13.2%, respectivamente. A prevalência global de patógenos respiratórios foi 89.9% quando analisados por PCR em Tempo Real e 78.7% por IFD. O coeficiente kappa de concordância entre as duas metodologias foi de 0.241, evidenciando baixa concordância e o índice de coinfecções identificado por PCR em Tempo Real foi significativamente superior ao encontrado por IFD. Poucas medidas de associação foram observadas entre as variáveis climáticas e os patógenos analisados, entretanto uma clara distribuição sazonal foi observada para a maioria dos patógenos analisados. Conclusões: os dois vírus pesquisados estão presentes no nosso meio, principalmente nos meses de inverno, frequentemente associados com outros patógenos respiratórios. Independentemente do patógeno respiratório analisado, a metodologia molecular mostrou-se mais eficaz para a identificação de amostras positivas. / Introduction: viruses are responsible for 50 to 90% of acute respiratory infections (ARIs) in children, the majority of infections attributed to respiratory syncytial virus (RSV), influenza virus A and B, parainfluenza viruses 1, 2 and 3, rhinovirus and adenovirus. More recently, with the advent of molecular methods, new agents have been identified and related to ARI, such as human metapneumovirus (hMPV) and human bocavirus (hBoV). The recognition of the importance of determining the etiologic agent of ARI in children is increasing because it allows the implementation of appropriate infection-control and, possibly, use of anti-viral therapy. Objectives: the main objective of this work is to verify the presence of hMPV and hBoV in respiratory samples from children with symptoms of acute respiratory infection of the lower respiratory tract by molecular method. Also, verify its association with other respiratory pathogens, seasonal distribution, association with climatic variables and compare the methodology of real-time PCR with direct immunofluorescence (DIF) for identification of these others respiratory pathogens. Methods: 455 samples were selected from children with symptoms suggestive of acute respiratory infection of the lower respiratory tract in the period May 2007 to June 2008. The presence of respiratory pathogens was analyzed by Real Time PCR and DIF. Results: hMPV and hBoV were identified in the population analyzed in a prevalence of 14.5% and 13.2%, respectively. The overall prevalence of respiratory pathogens was 89.9% when analyzed by Real Time PCR and 78.7% for DIF. The kappa coefficient of agreement between the two methods was 0.241, showing low correlation and the index of coinfection identified by Real-time PCR was significantly higher than that found by DIF. Few measures of association were observed between the climatic variables and the pathogens tested, but a clear seasonal distribution was observed for most of the pathogens analyzed. Conclusions: the two viruses studied are present in our environment, especially in the winter months, often associated with other respiratory pathogens. Regardless of the respiratory pathogen studied, the molecular approach was more effective for the identification of positive samples.
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Ensino de química: proposição e testagem de materiais para cegos / Ensino de química: proposição e testagem de materiais para cegos

Lourenço, Ilza Mara Barros 09 December 2003 (has links)
o processo de inclusão social do aluno portador de deficiência visual é facilitado pela adoção de estratégias pedagógicas, e pela utilização de materiais didáticos adequados. Neste trabalho, com o objetivo de facilitar a compreensão de conceitos químicos básicos, desenvolvemos um material didático, constituído de bolas texturizadas, que representam elementos qUlmlcos freqüentemente citados em aulas de Química de nível introdutório. Este material permite que o aluno, por meio do toque, e com o uso de uma legenda escrita em Braille, reconheça os elementos químicos em uma Tabela Periódica, especialmente montada para tal fim. Utilizando este modelo texturizado, o aluno pode, também, estabelecer ligações entre átomos, montar moléculas e cadeias de compostos orgânicos. Desta forma, a tridimensionalidade molecular pode ser melhor compreendida. O material instrucional foi testado com alunos de classes variadas, pertencentes à oitava série do ensino fundamental ou a uma das séries do ensino médio, sendo demonstrada sua eficiência. Além disso, em paralelo, procurou-se conhecer as idéias de professores, diretamente envolvidos com a educação especial, com relação à inclusão social de alunos deficiente visuais . / Special educational strategies and specific instructional material are needed in order to promote School and Social inclusion of students with visual impairment. In this work, we present our results on the development and testing of a new instructional material , composed of a specially designed Periodic Table of elements in which the na me of each element is written according to the Braille system, and some elements are represented by texturized balls. The tactile recognition of elements and names were very helpful in developing basic concept on chemical bonding and chemical properties of elements and compounds. Using texturized ball and stick models, High School students with visual impairment were also able to construct physical representations of organic and inorganic molecules, as well as of some hydrocarbon molecular chains. These three dimension structural models allowed for a proper insight on the space orientation of simple molecules. Some teachers\' ideas on the process of Social inclusion of students with visual impairment are also presented and discussed.
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Ensino de química: proposição e testagem de materiais para cegos / Ensino de química: proposição e testagem de materiais para cegos

Ilza Mara Barros Lourenço 09 December 2003 (has links)
o processo de inclusão social do aluno portador de deficiência visual é facilitado pela adoção de estratégias pedagógicas, e pela utilização de materiais didáticos adequados. Neste trabalho, com o objetivo de facilitar a compreensão de conceitos químicos básicos, desenvolvemos um material didático, constituído de bolas texturizadas, que representam elementos qUlmlcos freqüentemente citados em aulas de Química de nível introdutório. Este material permite que o aluno, por meio do toque, e com o uso de uma legenda escrita em Braille, reconheça os elementos químicos em uma Tabela Periódica, especialmente montada para tal fim. Utilizando este modelo texturizado, o aluno pode, também, estabelecer ligações entre átomos, montar moléculas e cadeias de compostos orgânicos. Desta forma, a tridimensionalidade molecular pode ser melhor compreendida. O material instrucional foi testado com alunos de classes variadas, pertencentes à oitava série do ensino fundamental ou a uma das séries do ensino médio, sendo demonstrada sua eficiência. Além disso, em paralelo, procurou-se conhecer as idéias de professores, diretamente envolvidos com a educação especial, com relação à inclusão social de alunos deficiente visuais . / Special educational strategies and specific instructional material are needed in order to promote School and Social inclusion of students with visual impairment. In this work, we present our results on the development and testing of a new instructional material , composed of a specially designed Periodic Table of elements in which the na me of each element is written according to the Braille system, and some elements are represented by texturized balls. The tactile recognition of elements and names were very helpful in developing basic concept on chemical bonding and chemical properties of elements and compounds. Using texturized ball and stick models, High School students with visual impairment were also able to construct physical representations of organic and inorganic molecules, as well as of some hydrocarbon molecular chains. These three dimension structural models allowed for a proper insight on the space orientation of simple molecules. Some teachers\' ideas on the process of Social inclusion of students with visual impairment are also presented and discussed.

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