Made available in DSpace on 2014-06-12T23:15:49Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo9279_1.pdf: 1360778 bytes, checksum: 627309e7ac5e10640d1f8cbf3e0b037b (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2005 / Realizamos cálculos de orbitais moleculares utilizando um modelo de cluster representando a célula unitária do supercondutor YBCO. Para minimizar os efeitos da introdução excesso de elétrons no sistema devido às ligações flutuantes, os átomos de cobre da fronteira do cluster foram saturados com átomos de hidrogênio. Esse artifício foi fundamental para a obtenção de bons resultados. O cluster foi considerado diamagnético. O efeito da estequiometria de oxigênio nas propriedades eletrônicas foram analisadas em termos da variação do gap de energia HOMO-LUMO com a ocupação do sítio O(1). É conhecido que os orbitais de fronteira são responsáveis por muitas das propriedades químicas e físicas das moléculas e o gap HOMO-LUMO mostrou-se aqui uma construção bastante útil para a compreensão das propriedades supercondutoras do material estudado. Foram realizados cálculos do gap usando dados estruturais de diferentes estequiometrias de YBa2Cu3O7-δ para uma comparação do cluster completamente oxigenado com o cluster com vacância no sítio O(1), o que nos permitiu concluir que o aparecimento de supercondutividade envolve a desocupação desse sítio de oxigênio. Descrevemos também com sucesso o comportamento de duas vacâncias de oxigênio nas estequiometrias com δ ≈ 0,5. Os cálculos Hartree-Fock foram feitos em nível ECP (Effective Core Potential) e com o conjunto de base mínima lanl1mb. Neste nível de teoria o HOMO consiste principalmente de elétrons p, mas também contém contribuições de elétrons d do cobre, que são importantes para a condução elétrica e a supercondução. Observamos átomos de cobre nos três estados de oxidação e na proporção requerida pelo princípio da eletro-neutralidade. Nossos cálculos comprovam as previsões qualitativas que Pauling ofereceu em 1987, logo após a descoberta dos óxidos de cobre supercondutores. Acreditamos que nossos resultados irão contribuir para que a teoria RVB seja reconhecida como uma teoria apropriada para descrever a supercondutividade e como uma alternativa à teoria BCS

A Ordem Rodentia é considerada a mais diversa entre os mamíferos, compreendendo cerca de 2.277 espécies descritas, distribuídas em 34 famílias. Roedores subterrâneos têm representantes distribuídos em todos os continentes, à exceção da Oceania e da Antártida. Na América do Sul, são representados pela família Ctenomyidae e seu único gênero, Ctenomys, o mais diverso entre os roedores subterrâneos, com cerca de 60 espécies descritas. Ctenomídeos são territorialistas, em geral solitários, e dependentes de um sistema de galerias para sobrevivência, deixando esses sistemas apenas para buscar alimento, procurar parceiro para reprodução ou para migração. Tais características refletem na estruturação genética entre populações, que podem ser divididas em subpopulações, ou demes. Neste estudo foram analisados 91 indivíduos de Ctenomys, distribuídos em nove populações localizadas nos estados do Mato Grosso populações PL (Pontes e Lacerda), CA (Cáceres), SP (Sapezal), NO (Nova Olímpia), NU1 (Nova Ubiratã 1), NU2 (Nova Ubiratã 2), FN (Feliz Natal) e NM (Nova Mutum) e de Rondônia; PB (Pimenta Bueno), para quatro loci de DNA mitocondrial e 14 loci de microssatélites, de modo a inferir padrões estruturação genética ancestral e atual para as populações conhecidas, posicionando-as numa filogenia expandida para o gênero Ctenomys. Análises dos marcadores mitocondriais revelam estruturação genética ancestral entre a maioria dos pares populacionais, à exceção de populações geograficamente próximas, para alguns marcadores; filogenias interpopulacionais formam dois grandes clados, o Norte populações NO, NU1, NU2 e FN e o Sul populações PL, CA e SP. PB e NM compartilham ancestral comum mais recente para alguns dos loci mitocondriais, mas variam de posição nas filogenias, não constituindo um clado. Na filogenia interespecífica, as populações de estudo constituem as espécies mais derivadas do grupo boliviensis, sendo um grupo monofilético, que compartilha ancestral comum mais recente com o grupo de espécies do oeste e sudoeste da Bolívia, norte do Chile e norte da Argentina (grupo opimus). Análises com microssatélites encontram estruturação genética atual entre todos os pares de populações do Clado Norte e do Clado Sul, mesmo entre populações geograficamente próximas. O padrão de estruturação genética encontrado não pode ser explicado apenas pela disposição geográfica das populações, sendo propostas algumas barreiras geográficas, que, em conjunto com o acúmulo aleatório de mutações nas sequências de DNA dos marcadores analisados, possam explicar o padrão de estruturação genética observado. Análises acessórias às análises com marcadores moleculares, como identificação do padrão cariotípico e da morfologia craniana de cada indivíduo, são necessárias para confirmar o número de espécies presentes na área de estudo, que são estimadas em, no mínimo três, com base nas análises moleculares conduzidas neste estudo e em estudos anteriores, e conhecimento prévio do padrão cariotípico e da morfologia craniana de algumas populações. / The Order Rodentia is considered to be the most diverse among mammals, comprising approximately 2,277 known species, sorted among 34 families. Subterranean rodents are distributed in all continents, except for Oceania and Antartida. In South America they are represented by the Family Ctenomyidae and its single genus, Ctenomys, the most diverse genus of subterranean rodents, comprising approximately 60 known species. Individuals of the genus Ctenomys are generally solitary, territorialist, and rely upon a system of galleries to survive, emerging only to secure food, mate, or migrate. Such characteristics result in genetic structuring among populations, which can be subdivided in subpopulations or demes. 91 individuals from nine populations from the states of Mato Grosso PL (Pontes e Lacerda), CA (Cáceres), SP (Sapezal), NO (Nova Olímpia), NU1 (Nova Ubiratã 1), NU2 (Nova Ubiratã 2), FN (Feliz Natal) and NM (Nova Mutum) populations and Rondônia PB (Pimenta Bueno) population were amplified for four mitochondrial DNA loci, and 14 microsatellite loci, allowing the inference of patterns of ancestral and present genetic structure for the known populations, and positioning them in an expanded phylogeny for the genus Ctenomys. Mitochondrial markers reveal genetic structure between most pairs of population comparisons, except for geographically close populations, given the marker. Population level phylogenies structure populations into two major clades, the Northern Clade NO, NU1, NU2 and FN populations and the Southern Clade PL, CA and SP populations. The PB and NM populations share their most recent common ancestor depending on the locus being analyzed, but do not occupy a fixed position in the phylogenies neither comprise a clade of their own. A species level phylogeny considers the study populations to be the most recently diverged populations among the boliviensis group, a monophyletic group of species, and share their most recent common ancestor with the opimus group, which comprise species distributed in West and Southwest Bolivia, Northern Chile and Northern Argentina. Microsatellite analysis of present population structure reveal genetic structuring between all pairs of populations from the Southern and Northern clades. Overall patterns of genetic structuring cannot be resolved by the geographic distance between populations, and so geographic barriers have to be proposed in order to explain the patterns of genetic structure observed, complementing the random accumulation of mutations in diverging DNA sequences of neutrally evolving molecular markers. Analysis which are complementary to molecular analysis, such as karyotype and skull morphometry analysis, are required to confirm the number of species present at the study area, which is estimated at at least three species and previous knowledge of karyotype and skull morphometry patterns available for some of the populations.

O grupo willistoni de Drosophila tem origem e distribuição essencialmente Neotropical. A primeira descrição de espécies desse grupo data do final do século 19, sendo a mais recente nova espécie adicionada ao grupo em 2013. Dessa forma, apesar de uma longa trajetória de estudos, muito ainda precisa ser acrescentado acerca da diversidade e evolução das espécies desse grupo, que é o principal objetivo da presente Tese. Assim, revisamos os registros de distribuição geográfica das espécies dos subgrupos willistoni, bocainensis e alagitans, e reforçamos a D. willistoni como a de distribuição mais ampla do grupo. As lacunas quanto à distribuição das espécies do grupo, parecem ser devidas mais a escassez de estudos do que à ausência de espécies. A caracterização ultraestrutural dos estágios pré-adultos de espécies do grupo willistoni, mostrou que, com exceção da forma dos filamentos respiratórios dos ovos, que são variáveis, todas as outras estruturas apresentam-se de forma similar, tanto dentro quanto entre as espécies analisadas. Quanto à análise de estruturas morfológicas dos adultos das espécies crípticas do subgrupo willistoni, foram observadas diferenças essencialmente na genitália masculina. Essas diferenças permitem a diferenciação ou identificação de espécies, até mesmo daquelas entidades pertencentes ao cluster da D. paulistorum. As nossas análises filogenéticas combinando marcadores morfológicos e moleculares, sugerem a origem evolutiva do subgrupo no Mioceno, a partir da espécie D. insularis. D. paulistorum começou a divergir há cerca um milhão de anos, e parece estar ainda em processo de especiação. Tal sugestão tem respaldo na similaridade aqui observada com diferentes marcadores dentro do grande conjunto de espécies, incluindo as espécies incipientes da D. paulistorum. / The willistoni group of Drosophila has a distribution that is essentially Neotropical, as is its origin. The first species description of this group dates from the later 19th century, with the latest dating from 2013. Thus, even after many studies, a lot of information is still lacking about the diversity and evolution of the species in this group, a situation this work aims to improve. With that said, we revised the geographical distribution records for the species in the subgroups willistoni, bocainensis and alagitans, and reaffirmed D. willistoni as the one with the widest distribution within this group. Gaps in the distribution information, seems to be more due to lack of research than due to a lack of species. The ultrastructural characterization of the pre-adult stages of the willistoni group showed that, with the exception of the shape of the egg’s respiratory filaments, which are variable, all other structures have a similar shape, either within or between the analyzed species. As for the the analisys of morphological structures in adults of the cryptic species in the subgroup wlillistoni, the differences were limited to the male genitalia. Those differences allowed us to differentiate or identify species, even those belonging to the D. paulistorum cluster. Our phylogenetic analyses, combining both morphologic and molecular markers, suggest an origin during the Miocene, from D. insularis. D. paulistorum started diverging around 1Mya, and it seems to be an ongoing process. This suggestion is backed by the similarities hereby observed with different markers within a big group of species, including the early D. paulistorum species.

A Ordem Rodentia é considerada a mais diversa entre os mamíferos, compreendendo cerca de 2.277 espécies descritas, distribuídas em 34 famílias. Roedores subterrâneos têm representantes distribuídos em todos os continentes, à exceção da Oceania e da Antártida. Na América do Sul, são representados pela família Ctenomyidae e seu único gênero, Ctenomys, o mais diverso entre os roedores subterrâneos, com cerca de 60 espécies descritas. Ctenomídeos são territorialistas, em geral solitários, e dependentes de um sistema de galerias para sobrevivência, deixando esses sistemas apenas para buscar alimento, procurar parceiro para reprodução ou para migração. Tais características refletem na estruturação genética entre populações, que podem ser divididas em subpopulações, ou demes. Neste estudo foram analisados 91 indivíduos de Ctenomys, distribuídos em nove populações localizadas nos estados do Mato Grosso populações PL (Pontes e Lacerda), CA (Cáceres), SP (Sapezal), NO (Nova Olímpia), NU1 (Nova Ubiratã 1), NU2 (Nova Ubiratã 2), FN (Feliz Natal) e NM (Nova Mutum) e de Rondônia; PB (Pimenta Bueno), para quatro loci de DNA mitocondrial e 14 loci de microssatélites, de modo a inferir padrões estruturação genética ancestral e atual para as populações conhecidas, posicionando-as numa filogenia expandida para o gênero Ctenomys. Análises dos marcadores mitocondriais revelam estruturação genética ancestral entre a maioria dos pares populacionais, à exceção de populações geograficamente próximas, para alguns marcadores; filogenias interpopulacionais formam dois grandes clados, o Norte populações NO, NU1, NU2 e FN e o Sul populações PL, CA e SP. PB e NM compartilham ancestral comum mais recente para alguns dos loci mitocondriais, mas variam de posição nas filogenias, não constituindo um clado. Na filogenia interespecífica, as populações de estudo constituem as espécies mais derivadas do grupo boliviensis, sendo um grupo monofilético, que compartilha ancestral comum mais recente com o grupo de espécies do oeste e sudoeste da Bolívia, norte do Chile e norte da Argentina (grupo opimus). Análises com microssatélites encontram estruturação genética atual entre todos os pares de populações do Clado Norte e do Clado Sul, mesmo entre populações geograficamente próximas. O padrão de estruturação genética encontrado não pode ser explicado apenas pela disposição geográfica das populações, sendo propostas algumas barreiras geográficas, que, em conjunto com o acúmulo aleatório de mutações nas sequências de DNA dos marcadores analisados, possam explicar o padrão de estruturação genética observado. Análises acessórias às análises com marcadores moleculares, como identificação do padrão cariotípico e da morfologia craniana de cada indivíduo, são necessárias para confirmar o número de espécies presentes na área de estudo, que são estimadas em, no mínimo três, com base nas análises moleculares conduzidas neste estudo e em estudos anteriores, e conhecimento prévio do padrão cariotípico e da morfologia craniana de algumas populações. / The Order Rodentia is considered to be the most diverse among mammals, comprising approximately 2,277 known species, sorted among 34 families. Subterranean rodents are distributed in all continents, except for Oceania and Antartida. In South America they are represented by the Family Ctenomyidae and its single genus, Ctenomys, the most diverse genus of subterranean rodents, comprising approximately 60 known species. Individuals of the genus Ctenomys are generally solitary, territorialist, and rely upon a system of galleries to survive, emerging only to secure food, mate, or migrate. Such characteristics result in genetic structuring among populations, which can be subdivided in subpopulations or demes. 91 individuals from nine populations from the states of Mato Grosso PL (Pontes e Lacerda), CA (Cáceres), SP (Sapezal), NO (Nova Olímpia), NU1 (Nova Ubiratã 1), NU2 (Nova Ubiratã 2), FN (Feliz Natal) and NM (Nova Mutum) populations and Rondônia PB (Pimenta Bueno) population were amplified for four mitochondrial DNA loci, and 14 microsatellite loci, allowing the inference of patterns of ancestral and present genetic structure for the known populations, and positioning them in an expanded phylogeny for the genus Ctenomys. Mitochondrial markers reveal genetic structure between most pairs of population comparisons, except for geographically close populations, given the marker. Population level phylogenies structure populations into two major clades, the Northern Clade NO, NU1, NU2 and FN populations and the Southern Clade PL, CA and SP populations. The PB and NM populations share their most recent common ancestor depending on the locus being analyzed, but do not occupy a fixed position in the phylogenies neither comprise a clade of their own. A species level phylogeny considers the study populations to be the most recently diverged populations among the boliviensis group, a monophyletic group of species, and share their most recent common ancestor with the opimus group, which comprise species distributed in West and Southwest Bolivia, Northern Chile and Northern Argentina. Microsatellite analysis of present population structure reveal genetic structuring between all pairs of populations from the Southern and Northern clades. Overall patterns of genetic structuring cannot be resolved by the geographic distance between populations, and so geographic barriers have to be proposed in order to explain the patterns of genetic structure observed, complementing the random accumulation of mutations in diverging DNA sequences of neutrally evolving molecular markers. Analysis which are complementary to molecular analysis, such as karyotype and skull morphometry analysis, are required to confirm the number of species present at the study area, which is estimated at at least three species and previous knowledge of karyotype and skull morphometry patterns available for some of the populations.

O grupo willistoni de Drosophila tem origem e distribuição essencialmente Neotropical. A primeira descrição de espécies desse grupo data do final do século 19, sendo a mais recente nova espécie adicionada ao grupo em 2013. Dessa forma, apesar de uma longa trajetória de estudos, muito ainda precisa ser acrescentado acerca da diversidade e evolução das espécies desse grupo, que é o principal objetivo da presente Tese. Assim, revisamos os registros de distribuição geográfica das espécies dos subgrupos willistoni, bocainensis e alagitans, e reforçamos a D. willistoni como a de distribuição mais ampla do grupo. As lacunas quanto à distribuição das espécies do grupo, parecem ser devidas mais a escassez de estudos do que à ausência de espécies. A caracterização ultraestrutural dos estágios pré-adultos de espécies do grupo willistoni, mostrou que, com exceção da forma dos filamentos respiratórios dos ovos, que são variáveis, todas as outras estruturas apresentam-se de forma similar, tanto dentro quanto entre as espécies analisadas. Quanto à análise de estruturas morfológicas dos adultos das espécies crípticas do subgrupo willistoni, foram observadas diferenças essencialmente na genitália masculina. Essas diferenças permitem a diferenciação ou identificação de espécies, até mesmo daquelas entidades pertencentes ao cluster da D. paulistorum. As nossas análises filogenéticas combinando marcadores morfológicos e moleculares, sugerem a origem evolutiva do subgrupo no Mioceno, a partir da espécie D. insularis. D. paulistorum começou a divergir há cerca um milhão de anos, e parece estar ainda em processo de especiação. Tal sugestão tem respaldo na similaridade aqui observada com diferentes marcadores dentro do grande conjunto de espécies, incluindo as espécies incipientes da D. paulistorum. / The willistoni group of Drosophila has a distribution that is essentially Neotropical, as is its origin. The first species description of this group dates from the later 19th century, with the latest dating from 2013. Thus, even after many studies, a lot of information is still lacking about the diversity and evolution of the species in this group, a situation this work aims to improve. With that said, we revised the geographical distribution records for the species in the subgroups willistoni, bocainensis and alagitans, and reaffirmed D. willistoni as the one with the widest distribution within this group. Gaps in the distribution information, seems to be more due to lack of research than due to a lack of species. The ultrastructural characterization of the pre-adult stages of the willistoni group showed that, with the exception of the shape of the egg’s respiratory filaments, which are variable, all other structures have a similar shape, either within or between the analyzed species. As for the the analisys of morphological structures in adults of the cryptic species in the subgroup wlillistoni, the differences were limited to the male genitalia. Those differences allowed us to differentiate or identify species, even those belonging to the D. paulistorum cluster. Our phylogenetic analyses, combining both morphologic and molecular markers, suggest an origin during the Miocene, from D. insularis. D. paulistorum started diverging around 1Mya, and it seems to be an ongoing process. This suggestion is backed by the similarities hereby observed with different markers within a big group of species, including the early D. paulistorum species.

A Ordem Rodentia é considerada a mais diversa entre os mamíferos, compreendendo cerca de 2.277 espécies descritas, distribuídas em 34 famílias. Roedores subterrâneos têm representantes distribuídos em todos os continentes, à exceção da Oceania e da Antártida. Na América do Sul, são representados pela família Ctenomyidae e seu único gênero, Ctenomys, o mais diverso entre os roedores subterrâneos, com cerca de 60 espécies descritas. Ctenomídeos são territorialistas, em geral solitários, e dependentes de um sistema de galerias para sobrevivência, deixando esses sistemas apenas para buscar alimento, procurar parceiro para reprodução ou para migração. Tais características refletem na estruturação genética entre populações, que podem ser divididas em subpopulações, ou demes. Neste estudo foram analisados 91 indivíduos de Ctenomys, distribuídos em nove populações localizadas nos estados do Mato Grosso populações PL (Pontes e Lacerda), CA (Cáceres), SP (Sapezal), NO (Nova Olímpia), NU1 (Nova Ubiratã 1), NU2 (Nova Ubiratã 2), FN (Feliz Natal) e NM (Nova Mutum) e de Rondônia; PB (Pimenta Bueno), para quatro loci de DNA mitocondrial e 14 loci de microssatélites, de modo a inferir padrões estruturação genética ancestral e atual para as populações conhecidas, posicionando-as numa filogenia expandida para o gênero Ctenomys. Análises dos marcadores mitocondriais revelam estruturação genética ancestral entre a maioria dos pares populacionais, à exceção de populações geograficamente próximas, para alguns marcadores; filogenias interpopulacionais formam dois grandes clados, o Norte populações NO, NU1, NU2 e FN e o Sul populações PL, CA e SP. PB e NM compartilham ancestral comum mais recente para alguns dos loci mitocondriais, mas variam de posição nas filogenias, não constituindo um clado. Na filogenia interespecífica, as populações de estudo constituem as espécies mais derivadas do grupo boliviensis, sendo um grupo monofilético, que compartilha ancestral comum mais recente com o grupo de espécies do oeste e sudoeste da Bolívia, norte do Chile e norte da Argentina (grupo opimus). Análises com microssatélites encontram estruturação genética atual entre todos os pares de populações do Clado Norte e do Clado Sul, mesmo entre populações geograficamente próximas. O padrão de estruturação genética encontrado não pode ser explicado apenas pela disposição geográfica das populações, sendo propostas algumas barreiras geográficas, que, em conjunto com o acúmulo aleatório de mutações nas sequências de DNA dos marcadores analisados, possam explicar o padrão de estruturação genética observado. Análises acessórias às análises com marcadores moleculares, como identificação do padrão cariotípico e da morfologia craniana de cada indivíduo, são necessárias para confirmar o número de espécies presentes na área de estudo, que são estimadas em, no mínimo três, com base nas análises moleculares conduzidas neste estudo e em estudos anteriores, e conhecimento prévio do padrão cariotípico e da morfologia craniana de algumas populações. / The Order Rodentia is considered to be the most diverse among mammals, comprising approximately 2,277 known species, sorted among 34 families. Subterranean rodents are distributed in all continents, except for Oceania and Antartida. In South America they are represented by the Family Ctenomyidae and its single genus, Ctenomys, the most diverse genus of subterranean rodents, comprising approximately 60 known species. Individuals of the genus Ctenomys are generally solitary, territorialist, and rely upon a system of galleries to survive, emerging only to secure food, mate, or migrate. Such characteristics result in genetic structuring among populations, which can be subdivided in subpopulations or demes. 91 individuals from nine populations from the states of Mato Grosso PL (Pontes e Lacerda), CA (Cáceres), SP (Sapezal), NO (Nova Olímpia), NU1 (Nova Ubiratã 1), NU2 (Nova Ubiratã 2), FN (Feliz Natal) and NM (Nova Mutum) populations and Rondônia PB (Pimenta Bueno) population were amplified for four mitochondrial DNA loci, and 14 microsatellite loci, allowing the inference of patterns of ancestral and present genetic structure for the known populations, and positioning them in an expanded phylogeny for the genus Ctenomys. Mitochondrial markers reveal genetic structure between most pairs of population comparisons, except for geographically close populations, given the marker. Population level phylogenies structure populations into two major clades, the Northern Clade NO, NU1, NU2 and FN populations and the Southern Clade PL, CA and SP populations. The PB and NM populations share their most recent common ancestor depending on the locus being analyzed, but do not occupy a fixed position in the phylogenies neither comprise a clade of their own. A species level phylogeny considers the study populations to be the most recently diverged populations among the boliviensis group, a monophyletic group of species, and share their most recent common ancestor with the opimus group, which comprise species distributed in West and Southwest Bolivia, Northern Chile and Northern Argentina. Microsatellite analysis of present population structure reveal genetic structuring between all pairs of populations from the Southern and Northern clades. Overall patterns of genetic structuring cannot be resolved by the geographic distance between populations, and so geographic barriers have to be proposed in order to explain the patterns of genetic structure observed, complementing the random accumulation of mutations in diverging DNA sequences of neutrally evolving molecular markers. Analysis which are complementary to molecular analysis, such as karyotype and skull morphometry analysis, are required to confirm the number of species present at the study area, which is estimated at at least three species and previous knowledge of karyotype and skull morphometry patterns available for some of the populations.

O grupo willistoni de Drosophila tem origem e distribuição essencialmente Neotropical. A primeira descrição de espécies desse grupo data do final do século 19, sendo a mais recente nova espécie adicionada ao grupo em 2013. Dessa forma, apesar de uma longa trajetória de estudos, muito ainda precisa ser acrescentado acerca da diversidade e evolução das espécies desse grupo, que é o principal objetivo da presente Tese. Assim, revisamos os registros de distribuição geográfica das espécies dos subgrupos willistoni, bocainensis e alagitans, e reforçamos a D. willistoni como a de distribuição mais ampla do grupo. As lacunas quanto à distribuição das espécies do grupo, parecem ser devidas mais a escassez de estudos do que à ausência de espécies. A caracterização ultraestrutural dos estágios pré-adultos de espécies do grupo willistoni, mostrou que, com exceção da forma dos filamentos respiratórios dos ovos, que são variáveis, todas as outras estruturas apresentam-se de forma similar, tanto dentro quanto entre as espécies analisadas. Quanto à análise de estruturas morfológicas dos adultos das espécies crípticas do subgrupo willistoni, foram observadas diferenças essencialmente na genitália masculina. Essas diferenças permitem a diferenciação ou identificação de espécies, até mesmo daquelas entidades pertencentes ao cluster da D. paulistorum. As nossas análises filogenéticas combinando marcadores morfológicos e moleculares, sugerem a origem evolutiva do subgrupo no Mioceno, a partir da espécie D. insularis. D. paulistorum começou a divergir há cerca um milhão de anos, e parece estar ainda em processo de especiação. Tal sugestão tem respaldo na similaridade aqui observada com diferentes marcadores dentro do grande conjunto de espécies, incluindo as espécies incipientes da D. paulistorum. / The willistoni group of Drosophila has a distribution that is essentially Neotropical, as is its origin. The first species description of this group dates from the later 19th century, with the latest dating from 2013. Thus, even after many studies, a lot of information is still lacking about the diversity and evolution of the species in this group, a situation this work aims to improve. With that said, we revised the geographical distribution records for the species in the subgroups willistoni, bocainensis and alagitans, and reaffirmed D. willistoni as the one with the widest distribution within this group. Gaps in the distribution information, seems to be more due to lack of research than due to a lack of species. The ultrastructural characterization of the pre-adult stages of the willistoni group showed that, with the exception of the shape of the egg’s respiratory filaments, which are variable, all other structures have a similar shape, either within or between the analyzed species. As for the the analisys of morphological structures in adults of the cryptic species in the subgroup wlillistoni, the differences were limited to the male genitalia. Those differences allowed us to differentiate or identify species, even those belonging to the D. paulistorum cluster. Our phylogenetic analyses, combining both morphologic and molecular markers, suggest an origin during the Miocene, from D. insularis. D. paulistorum started diverging around 1Mya, and it seems to be an ongoing process. This suggestion is backed by the similarities hereby observed with different markers within a big group of species, including the early D. paulistorum species.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Química, 2007. / Submitted by mariana castro (nanacastro0107@hotmail.com) on 2009-12-16T16:59:07Z No. of bitstreams: 1 2007_LarissaTunesdaSilva.PDF: 2246515 bytes, checksum: c55b0b4eb66a07b4d649159f2e313ee0 (MD5) / Approved for entry into archive by Joanita Pereira(joanita) on 2010-01-06T18:34:52Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2007_LarissaTunesdaSilva.PDF: 2246515 bytes, checksum: c55b0b4eb66a07b4d649159f2e313ee0 (MD5) / Made available in DSpace on 2010-01-06T18:34:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2007_LarissaTunesdaSilva.PDF: 2246515 bytes, checksum: c55b0b4eb66a07b4d649159f2e313ee0 (MD5) Previous issue date: 2007 / Neste trabalho, propriedades moleculares e termodinâmicas dos líquidos tetrahidrofurano (THF) e tetrahidropirano (THP) e de suas misturas com água foram estudadas por meio de métodos quânticos (Hartree-Fock) e clássicos. Propriedades termodinâmicas tais como densidade e entalpia de vaporização dos líquidos puros e de suas misturas com água em várias proporções foram calculadas por meio de simulações de Monte Carlo. Funções de distribuição radial obtidas nessas simulações permitiram a análise estrutural das misturas, em especial a caracterização de ligações de hidrogênio. Também se calculou a energia livre de solvatação das moléculas, por meio do método da perturbação termodinâmica. Paralelamente, o método de Hartree-Fock foi utilizado para otimização de geometrias e obtenção de curvas de energia potencial dos dímeros THF-THF e THP-THP. O potencial de Lennard-Jones 6-12 foi ajustado a essas curvas por dois métodos distintos, o método de Powell e o algoritmo genético. Os novos parâmetros de Lennard-Jones ajustados foram utilizados em novas simulações de Monte Carlo. Além disso, a partir das curvas ajustadas, foram obtidas constantes espectroscópicas vibracionais dos dois dímeros. _________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / In this work, molecular and thermodynamic properties of tetrahydrofuran (THF) and tetrehydropyran (THP) and of their mixtures with water have been studied via quantum mechanic methods and classical methods. Thermodynamic properties such as density and vaporization enthalpy of the pure liquids and of their mixtures with water have been calculated by means of Monte Carlo simulations. Solvation free energy of both molecules has also been calculated by thermodynamic perturbation method. Parallelly, Hartree-Fock method was used to optimize geometries and to build potential energy curves of the dimmers THF-THF and THP-THP. Two distinct methods were used to fit Lennard-Jones potencial to those curves: Powell’s method and genetic algorithm. The fitted Lennard-Jones parameters were used in new Monte Carlo simulations of the liquids. Besides that, rovibrational spectroscopic constants and spectra were obtained from the fitted curves.

Submitted by Caroline Falcao (caroline.rfalcao@ufpe.br) on 2017-04-04T19:08:22Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) 2011-Dissertação-JorgeOliveiraFIlho.pdf: 1509169 bytes, checksum: 3a60c3845f5f2566418cca7bb188df7e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-04T19:08:22Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) 2011-Dissertação-JorgeOliveiraFIlho.pdf: 1509169 bytes, checksum: 3a60c3845f5f2566418cca7bb188df7e (MD5) Previous issue date: 2011 / A área de Modelagem Molecular vem despertando interesse crescente desde que surgiu. O uso de métodos computacionais na previsão de estruturas e propriedades moleculares, particularmente aplicados na inovação terapêutica através do planejamento de fármacos, por exemplo, tem adquirido crescente espaço e confiabilidade na comunidade científica e na grande indústria farmacêutica mundial. Dentre as diversas abordagens computacionais aplicáveis ao desenvolvimento de fármacos, destacam-se os estudos da relação quantitativa entre estrutura molecular e atividade biológica. Esta técnica permite construir modelos estatísticos de regressão capazes de oferecer, a partir das estruturas de moléculas, uma previsão confiável de uma propriedade de interesse, como por exemplo, a atividade biológica (QSAR), a toxicidade (QSTR) ou a solubilidade (QSPR). O MultiMOL, desenvolvido no Laboratório de Química Teórica Medicinal (LQTM) da UFPE, é um software implementado em linguagem de programação C/C++, que oferece as técnicas de estatística multivariada mais comumente utilizadas nos problemas de QSAR. As suas funcionalidades incluem algoritmos de pré-processamento de dados (escalonamento, centrar na média, seleção de variáveis), diversos métodos de regressão (MLR, PCR, PLS e QPLS), a validação de modelos por validação cruzada (LOO-FCV) ou por utilização de série de testes e a exibição dos resultados dos modelos por meio de gráficos bidimensionais. Importa ressaltar que o método de PLS quadrático (Q-PLS) não é facilmente encontrado em outros softwares disponíveis, tornando-se assim um importante diferencial do MultiMOL. Todas estas funcionalidades encontram-se disponíveis para o usuário por meio de uma interface gráfica (GUI) de fácil utilização. O programa foi construído com ênfase em desempenho, robustez e precisão numérica, a fim de ser uma alternativa satisfatória como ferramenta de evidente interesse para a inovação terapêutica. Os testes realizados, com três conjuntos de dados distintos (QSAR Tradicional, QSAR-3D e dados espectroscópicos), ofereceram indicativos satisfatórios da eficácia do software na construção de modelos de regressão. Dentre os modelos obtidos, podem ser destacados (i) PCR para QSAR Tradicional [Q² = 0,70]; (ii) PLS para QSAR-3D [Q² = 0,75]; e (iii) Q-PLS para os dados espectroscópicos [Q² = 0,93]. Estes resultados, aliados à precisão e ao bom desempenho do programa, demonstram que o MultiMOL é uma ferramenta adequada para tratar problemas típicos de estatística multivariada. Versões futuras do software poderão incluir opções de processamento paralelo (Grid-Computing) para cálculos que exijam maiores demandas computacionais, bem como a implementação de algoritmos classificatórios (HCA, SIMCA, KNN), com o intuito de aumentar o leque de aplicabilidade do programa. / The molecular modeling area has an increasing interest since it appeared. The application of computational methods in order to predict molecular structures and properties, particularly applied in therapeutic innovation by drug design, for example, has acquired increasing space and reliability in the scientific community and big pharma industry. Among the various computational approaches applied to drug development, it can be highlighted the study of quantitative structure-activity relationship (QSAR). This technique allows the building of statistical regression models which are capable to offer a reliable prediction of a property of interest, e.g., biological activity (QSAR), toxicity (QSTR) or solubility (QSPR). The MultiMOL program, developed at the Laboratório de Química Teórica Medicinal (LQTM), UFPE, is implemented in the programming language C / C++, which offers the multivariate statistical techniques most commonly used in QSAR problems. The features available on it include algorithms for data preprocessing (scaling, mean-centering, variable selection), a variety of regression methods (MLR, PCR, PLS and QPLS), techniques to validate models by cross validation (LOO- FCV) or by use of series of tests, and features to display the results in a graphical way. It should be emphasized that the method of quadratic PLS (QPLS) is not easily found in other softwares, becoming so an important implementation for MultiMOL. All these features are available to the user through a graphical user interface (GUI) for easy use. The program was built with an emphasis on performance, robustness and numerical accuracy, in order to be a satisfactory alternative as a tool of obvious interest for medicinal chemistry and therapeutic innovation. Tests performed with the program, using three different data sets (traditional QSAR, 3D-QSAR and spectroscopic data) have given satisfactory indications of its effectiveness in building regression models. Generated results were obtained with the performance and accuracy characteristics of the program. Among the models obtained, can be detached (i) PCR for traditional QSAR [Q ² = 0.70], (ii) PLS for 3D-QSAR [Q ² = 0.75] and (iii) Q-PLS for spectroscopic [Q ² = 0.93]. These results demonstrate that MultiMOL is a suitable tool for solving typical problems of multivariate statistics, accomplishing therefore with the previously established objectives. Future versions of software may include parallel processing options (Grid-Computing), for calculations that require greater computational demands, as well as the implementation of classification algorithms (HCA, SIMCA, KNN), in order to increase the range of applicability of the program.

Orientador: Ulf Schuchardt / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Química / Made available in DSpace on 2018-07-22T17:17:03Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Carvalho_WagnerAlves.pdf: 3279992 bytes, checksum: 8e01c6de769bec6d99d4ddb88b71a8c6 (MD5) Previous issue date: 1997 / Tese (doutodado) - Universidad