Bibliography: leaves 250-284. / xviii, 284 leaves : ill., plates (some col.) ; 30 cm. / Title page, contents and abstract only. The complete thesis in print form is available from the University Library. / Thesis (Ph.D.)--University of Adelaide, School of Molecular and Biomedical Science, Discipline of Microbiology and Immunology, 2004

Au début de mon travail de thèse dans l'équipe Atomes et Molécules Froides du Laboratoire Aimé Cotton, l'intérêt du groupe était, d'un côté, la préparation et la manipulation des molécules de Césium créées via photoassociation, et de l'autre, à la préparation d'un échantillon de Césium à basse température et de grande densité dans un piége dipolaire. Initialement, j'ai participé aux études de realization du piége dipolaire atomique, et ensuite aux études de préparation et de manipulation des molécules. Dans la période entre Novembre 2006 jusqu'a Octobre 2008 j'ai développé une série de techniques différentes pour le chargement d'un piége dipolaire à partir d'un réservoir atomique, réalisé soit par un piége magnétique, soit par un piége du type 'Dark-SPOT', soit par C-MOT (piége magnéto-optique comprimé) et un mêlasse optique. Au commencement du mon travail, un BEC de Césium a été rapporté un seule fois [Web03], après des années des efforts de plusieurs équipes [Sod98, Boir98, Thom04]. De plus, l'intérêt sur l'atome de Césium a augmenté à cause des expériences liées à la formation de trimères de Césium et des résonances du type 'Efimof' [Lee07, Knoo08]. La stratégie sur laquelle notre approche pour le chargement du piége dipolaire était basée, est discutée dans une publication rédigée avant mon intégration au sein d'équipe Atomes et Molécules Froides du Laboratoire Aimé Cotton [Comp06]. Il s'agit d'un chargement à partir d'un réservoir obtenu par un piége magnétique. L'objectif de cette proposition était la préparation d'un échantillon ultra froid avec un dispositif expérimental beaucoup plus simple que celui de la référence [Web03]. De plus, la proposition [Comp06] prédit la préparation d'un condensat de Césium en un temps beaucoup plus court que les temps de préparation rapportée dans la référence [Web03]. L'étude de la réalisation expérimentale de cette proposition théorique a déjà commencé, dans le cadre de la thèse de G.Stern [Stern08]. J'ai continué cette étude et j'ai réalisé plusieurs études avec différents types de réservoir (Dark-SPOT, C-MOT) et aussi de un type de chargement différent qui est basé sur le refroidissement par bandes latérales (Raman-Sideband Cooling). Toutes les piéges préparés par ces méthodes, avait une densité inférieure a celle nécessaire pour la réalisation d'un processus de refroidissement évaporatif, qui est nécessaire pour la réalisation d'un condensat. Les problèmes techniques que nous avons rencontrés vers Mai 2008 (destruction de vide), nous ont conduit d'arrêter les études de refroidissement des atomes, et de s'orienter vers les études de manipulation des molécules de Césium. Pendant cette période, l'équipe avait beaucoup progressé dans manipulation des molécules de Césium, et plus spécifiquement sur la réalisation du refroidissement du degré de liberté qui correspond à la vibration des molécules. La nouvelle technique que l'équipe avait introduit et qui est rapporté à la référence [Vit08], permet le refroidissement de la vibration des molécules de Césium par un laser femtoseconde faconné, avec un processus de pompage optique [Kast66]. Mon objectif dans la thématique de la manipulation des molécules froides, était d'étudier la généralisation de cette technique. Par example le transfert de la population moléculaire dans un seul état vibrationnel pré – sélectionné a été observé. Ce résultat est discuté dans la référence [Sof09]. Une autre généralisation est la réalisation du refroidissement vibrationnel et du transfert de la population moléculaire avec une source de lumière non cohérente, résultat qui est discuté dans la référence [Sof09b]. Une autre généralisation importante est le refroidissement de la rotation moléculaire. Cette étude théorique est discutée dans les articles de l'équipe auxquels j'ai participé [Vit09, Sof09, Sof09c], et les études expérimentales préliminaires dans la référence [Fio09]. Finalement, la généralisation de la technique pour le refroidissement vibrationnel des molécules heteronucleaires est discuté dans le dernière chapitre de ma thèse. Le document de ma thèse est donc divisé en deux parties, dans chacune d'elles je discute en détails ma contribution scientifique dans l'équipe Atomes et Molécules Froides du Laboratoire Aimé Cotton.

<p>Second harmonic generation (SHG) is a nonlinear optical effect sensitive to interfaces between materials with inversion symmetry. It is used as an effective tool for detection of the adsorption of a substance to microscopic particles, cells, liposomes, emulsions and similar structures, surface analysis and characterization of microparticles. The scattered second harmonic (SH) intensity from surfaces of suspended microparticles is characterized by its complex angular distribution dependence on the shape, size, and physical and chemical properties of the molecules making up the outer layer of the particles. In particular, the overall scattered SH intensity has been predicted to have a dramatic and nontrivial dependence on the particle size.</p><p>Results are reported for aqueous suspensions of polystyrene microspheres with different dye molecules adsorbed on their surfaces. They indicate that the scattered SH power has an oscillatory dependence on the particle size. It is also shown that adsorption of one of the dyes (malachite green) on polystyrene particles is strongly affected when SDS surfactants are added to the solution. For this system a rapid increase of the SH signal with increasing concentration of SDS was observed in the range of low SDS concentration.</p><p>Three different theoretical models are used to analyze the observed particle size dependence of SHG. The calculated angular and particle size dependences of the SH scattered power show that the models do not agree very well between each other when the size of the particles is of the order of the fundamental light wavelength, as here. One of the models - nonlinear Mie scattering - predicts oscillatory behaviour of the scattered SH power with the particle size, but fails to reproduce the position of the maxima and minima of the experimentally observed oscillations.</p><p>The obtained results on the size dependence of the SH can be used in all applications to increase the count rate by choosing particles of the size for which the SH efficiency was found to the highest. A new effect of cooperative malachite green and SDS interaction at the polystyrene surface can be employed, for example, in the areas of microbiology or biotechnology, where adsorption macromolecules, surfactants and dyes to polystyrene microparticles is widely used.</p>

<p>In silico ligand docking is a versatile and common technique when predicting ligands and inhibitors for protein binding sites. The various docking programmes aim to calculate binding energies and to predict interactions, thus identifying potential ligands.The currently available programmes lack satisfying means by which to account for structural water molecules which can either mediate protein-ligand contacts or be displaced upon ligand binding. The present project aims to generate data to facilitate the global work of developing scoring functions in docking programmes to account for structural water molecules contribution to ligand binding to fill the said void. This is done by validating the performance of docking using a simple model system (cytochrome C peroxidase (CCP) W191G) containing four well ordered, deeply buried structural water molecules which are known to either interact with a ligand or to be displaced upon ligand binding.Known ligands were docked into eight (crystallographically determined) receptor set-ups comprising the receptor and no, one or two of the water molecules. The performance was validated by comparison of the binding modes of the docked ligands and the crystal structures, comparison of docking scores of the ligands in the different set-ups, enrichment of the ligands from a database of decoys and finally by predicting new ligands from the decoy database. In addition a high resolution crystal structure of CCP W191G in complex with 3-aminopyridine (3AP) was determined in order to resolve ambiguities in the binding mode of this ligand.</p>

R.E. Hillger, M.W.P. Strandberg. / II. HDS. / "October 5, 1950." / Includes bibliography. / Army Signal Corps Contract DA36-039 sc-100 Project no. 8-102B-0. Dept. of the Army Project 3-99-10-022.

Thesis (Ph. D. in Cancer Biology)--Vanderbilt University, May 2007. / Title from title screen. Includes bibliographical references.

Thesis (Ph.D.)--University of Delaware, 2006. / Principal faculty advisors: Eric W. Kaler, College of Engineering; and Abraham M. Lenhoff, Dept. of Chemical Engineering. Includes bibliographical references.

Thesis (Ph. D.)--University of Chicago, Department of Chemistry and Department of Astronomy and Astrophysics, June 2001. / Includes bibliographical references. Also available on the Internet.

Le domaine des senseurs chimiques et biochimiques est en pleine expansion, tant au niveau de la recherche fondamentale que du design et de la fabrication de nouveaux « nez artificiels ». Les recherches actuelles visent à la mise au point de dispositifs de taille réduite permettant l’identification et la quantification d’espèces multiples, avec une réponse rapide et réversible, une détection sensible et sélective, le tout intégré dans une technologie simple et peu coûteuse. Les composantes actives des nez artificiels dont il est question ici reposent sur l’utilisation en tant que composante active de polymères et molécules conjugués. Les polymères conjugués sont attractifs pour leur grande sensibilité (tributaire du processus de diffusion efficace des excitations électroniques le long des chaînes) tandis que les molécules conjuguées répondent généralement favorablement au cahier des charges imposé à un senseur, dont les interactions fortes et spécifiques entre le senseur et la molécule à détecter ou encore une grande stabilité chimique et photochimique. Dans ce contexte, le but de cette thèse est d’associer polymères et molécules conjugués pour mettre au point un dispositif hybride combinant les avantages des deux composantes. Afin de caractériser ces dispositifs et de les optimiser, nous nous sommes focalisés dans un premier temps sur l’étude des propriétés géométriques, électroniques et optiques des entités séparées, que nous avons étudiées par le biais de méthodes issues de la chimie quantique. D’une part, nous avons considéré les améliorations pouvant être apportées aux détecteurs moléculaires tant au niveau des limites de détection que de ses propriétés spectroscopiques. D’autre part, nous avons mené une étude mécanistique des processus de transfert d’énergie le long de chaînes de polymères conjugués rigides, en apportant une attention particulière sur les différentes approches envisageables pour en améliorer l’efficacité (effets conformationnels, introduction d’unités à longues durées de vie, écart énergétique donneur-accepteur). Enfin, sur base des résultats obtenus pour les constituants séparés, nous avons proposé des structures chimiques de systèmes ‘hybrides’, constitués de polymères conjugués substitués en bouts de chaîne par des groupements ionophores. Ces études ont été menées en étroite collaboration avec le groupe du Prof. Noël Boens à la KULeuven, où les molécules et polymères conjuguées étudiés théoriquement dans le cadre de ce travail ont été synthétisés et caractérisés d’un point de vue spectroscopique.

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