Dans un contexte politique et socio-économique de remise en cause de l'exploitation sectorielle des années 1960, et alors que les relations entre agriculteurs et autres acteurs locaux s'intensifient autour du partage de l'espace, de l'environnement, de la qualité et de l'alimentation ; cette thèse s'organise autour de l'hypothèse centrale d'une territorialisation de l'exploitation agricole. Cela suppose que l'avenir des exploitations agricoles se joue de plus en plus dans les interactions entre agriculteurs et acteurs locaux, ce qui conduit à des mutations quant aux instances où se négocient l'accès aux facteurs de production, la définition des pratiques, et l'insertion marchande. La démonstration mobilise les apports croisés de la géographie rurale, de la sociologie et l'économie institutionnelle dans l'analyse des arrangements émergeants entre exploitations agricoles et territoires dans les situations de conflits, d'action collective et d'action publique. La thèse consiste en une étude diachronique des rapports exploitations agricoles - agriculteurs - territoires sur la période 1970-2010 à l'échelle de deux petites régions : les Monts du Lyonnais et la Flandre intérieure. Les différences observées entre une région laitière de moyenne montagne et une région périurbaine dont l'agriculture est insérée dans un complexe agro-industriel régional et européen révèlent les formes contrastées de ce mouvement de territorialisation selon les histoires agraires et les contextes sociopolitiques locaux. Il se dégage de cette analyse que la territorialisation met en jeu, à l'échelle individuelle et collective, les identités d'action et les compétences politiques des agriculteurs. Trois idéaux-types d'exploitations agricoles, distincts dans leurs formes d'insertion marchande et leurs réseaux sociotechniques, permettent d'organiser la réflexion sur les enjeux de leur territorialisation en matière de politiques publiques.