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Identifica??o de genes diferencialmente expressos em h?bridos de Eucalyptus inoculados com isolados de Ceratocystis fimbriata / Identification of genes differentially expressed in hybrids of Eucalyptus inoculated with Ceratocystis fimbriata isolateds

Marques, Ariadne 08 August 2013 (has links)
Submitted by Rodrigo Martins Cruz (rodrigo.cruz@ufvjm.edu.br) on 2015-01-06T11:29:59Z No. of bitstreams: 2 ariadne_marques.pdf: 1829125 bytes, checksum: 01fca719846b682abc79cca9f78f836a (MD5) license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) / Approved for entry into archive by Rodrigo Martins Cruz (rodrigo.cruz@ufvjm.edu.br) on 2015-01-06T11:30:33Z (GMT) No. of bitstreams: 2 ariadne_marques.pdf: 1829125 bytes, checksum: 01fca719846b682abc79cca9f78f836a (MD5) license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) / Approved for entry into archive by Rodrigo Martins Cruz (rodrigo.cruz@ufvjm.edu.br) on 2015-01-06T11:31:10Z (GMT) No. of bitstreams: 2 ariadne_marques.pdf: 1829125 bytes, checksum: 01fca719846b682abc79cca9f78f836a (MD5) license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-01-06T11:31:10Z (GMT). No. of bitstreams: 2 ariadne_marques.pdf: 1829125 bytes, checksum: 01fca719846b682abc79cca9f78f836a (MD5) license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Previous issue date: 2013 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior (CAPES) / O Ceratocystis fimbriata Ellis & Halsted ? um fitopat?geno vascular de ampla distribui??o geogr?fica e gama de hospedeiros. A murcha de Ceratocystis em Eucalyptus ? considerada de dif?cil controle devido ao seu car?ter sist?mico e a variabilidade gen?tica dos isolados. O plantio de material resistente ? a principal forma de controle desta doen?a. No entanto, a obten??o de material gen?tico resistente pode demandar longos per?odos em um programa de melhoramento. A identifica??o de gen?tipos resistentes dentre os clones utilizados comercialmente pode ajudar a abreviar o tempo necess?rio ao melhoramento. Assim, objetivou-se avaliar a resist?ncia de clones de eucalipto ? murcha de Ceratocystis, analisar as respostas ecofisiol?gicas desses clones sob infec??o e fornecer suporte ao processo de melhoramento gen?tico para tal caracter?stica. Foram avaliados 27 clones de resist?ncia desconhecida e 2 clones caracterizados como resistente e suscet?vel ? murcha de Ceratocystis, todos inoculados artificialmente com isolados de C. fimbriata. Os 27 clones apresentaram, aos 50 dias ap?s inocula??o, varia??o quanto ? resist?ncia ? doen?a. Os dois clones de resist?ncia conhecida tiveram crescimento, ?ndice de clorofila e efici?ncia qu?ntica do fotossistema II (Fv/Fm) avaliados em quatro diferentes tempos. As vari?veis analisadas apresentaram potencial para uso na avalia??o da resist?ncia/suscetibilidade de gen?tipos de Eucalyptus spp. ? murcha de Ceratocystis. O clone resistente (R) e o suscet?vel (S) foram utilizados para a constru??o de uma biblioteca subtrativa supressiva. / Disserta??o (Mestrado) ? Programa de P?s-Gradua??o em Ci?ncia Florestal, Universidade Federal dos Vales do Jequitinhonha e Mucuri, 2013. / ABSTRACT The Ceratocystis fimbriata Ellis & Halsted is a vascular phytopathogen of wide geographic distribution and host range. Ceratocystis wilt in Eucalyptus is considered difficult to control due to its systemic character and the genetic variability of the isolated. Planting resistant material is the main way to control this disease. However, the acquisition of genetic material resistant may require long periods in a breeding program. The identification of resistant genotypes among clones used commercially can help shorten the time needed to improve. The aim was to evaluate the resistance of eucalyptus clones to Ceratocystis wilt, analyze the ecophysiological responses of these clones under infection and provide support to the process of breeding for this trait. We evaluated 27 clones of unknown resistance and 2 clones characterized as resistant and susceptible to Ceratocystis wilt, all artificially inoculated with isolates of C. fimbriata. The 27 clones showed, 50 days after inoculation, variation in disease resistance. The two clones of known resistance grew, chlorophyll content and quantum efficiency of photosystem II (Fv / Fm) evaluated at four different times. The variables analyzed showed potential for use in the evaluation of the resistance/susceptibility of genotypes of Eucalyptus spp. to Ceratocystis wilt. The clone resistant (R) and susceptible (S) were used for the construction of a suppressive subtractive library.
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Histopatologia e identificação de genes diferencialmente expressos durante a interação Ceratocystis fimbriata - Eucalyptus spp / Histopathology and identification of genes differentially expressed during the Ceratocystis fimbriata - Eucalyptus spp. interaction

Leguízamo Betancourth, Blanca Mercedes 19 July 2016 (has links)
Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2017-02-08T16:07:29Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 4996993 bytes, checksum: 7316ddf61eff1e251dc9ce03e4fb3eb9 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-08T16:07:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 4996993 bytes, checksum: 7316ddf61eff1e251dc9ce03e4fb3eb9 (MD5) Previous issue date: 2016-07-19 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Com o aumento das áreas plantadas surgem as doenças que incidem na cultura do eucalipto. A murcha-de-Ceratocystis, causada por Ceratocystis fimbriata, é atualmente uma das doenças mais importantes no Brasil. Esse patógeno é um fungo do solo que pode infectar seus hospedeiros por meio de ferimentos no caule e nas raízes, onde coloniza principalmente os tecidos vasculares e causa escurecimento do lenho e morte das plantas. Uma alteração contínua na resistência de Eucalyptus à murcha-de-Ceratocystis tem sido observada, variando de altamente suscetível a altamente resistente, o que indica um padrão típico de resistência horizontal. Devido a isto, tem sido sugerido um alto grau de controle genético aditivo e uma baixa influência de dominância alélica. A alta variação genética entre e dentro das famílias parece estar associada com as contribuições para a alta herdabilidade e ganho genético para resistência à murcha-de-Ceratocystis. Em Eucalyptus, a existência dessa ampla variabilidade inter e intraespecífica para resistência a essa doença torna a seleção de genótipos resistentes a melhor estratégia de controle. No entanto não se conhece, em nível histopatológico, a colonização do patógeno nos tecidos de clones resistentes e suscetíveis e nem os genes que conferem resistência a esse patógeno, informação que é fundamental para obtenção de genótipos com resistência durável. Assim, no presente trabalho objetivou-se comparar, em nível histopatológico, e estudar o transcriptoma durante o processo infeccioso de C. fimbriata. Em geral, foram constatadas as mesmas reações em ambos os clones, mas houve variação na intensidade e velocidade da resposta, sendo maior em plantas do clone resistente, capaz de limitar a colonização do fungo nos seus tecidos. Entre essas respostas estiveram a formação de tiloses, o acúmulo de compostos fenólicos e cristais de oxalato, o fechamento de pontuações nos vasos do xilema, entre outras. Além disso, foram identificados vários genes expressos diferencialmente entre os dois clones testados, tendo sido induzido um maior número desses genes no pool R às primeiras horas da interação. Entre eles foram constatados genes codificadores de receptores de membrana, genes relacionados com a sinalização dependente de cálcio e hormônios, fatores de transcrição, genes de proteínas de parede celular, genes envolvidos no sistema redox e na resposta sistêmica adquirida e outros genes de defesa. Desse modo, a resistência à murcha-de-Ceratocystis em Eucalyptus pode estar relacionada com a velocidade e a intensidade da resposta de defesa ao patógeno. / With the increase in planted areas, arise diseases that affect the eucalyptus culture. Among these diseases, Ceratocystis wilt caused by Ceratocystis fimbriata is currently one of the most important in Brazil. This pathogen is a soil fungus that can infect their hosts through wounds in the stem and roots, which mainly colonizes the vascular tissues and causes wood darkening and plant death. It has been observed a continuous variation in Eucalyptus resistance to the Ceratocystis wilt, ranging from highly susceptible to highly resistant, which indicates a typical pattern of horizontal resistance. Due to this, it has suggested a high degree of genetic control additive and a low allelic dominance influences. The high genetic variation between and within families appears to be associated with contributions to the high heritability and genetic gain for Ceratocystis wilt resistance. The existence in Eucalyptus, of that extensive inter and intraspecific variability for resistance to this disease makes the selection of resistant genotypes to better control strategy. However it is not known, in a histopathological level, the pathogen colonization in tissues of susceptible and resistant clones and even genes that confer resistance to this pathogen, key information for obtaining durable resistance genotypes. Thus, this study aimed to compare, in the histopathological level, and study the transcriptoma during the infection process of C. fimbriata. In general, the same reactions in both clones were observed, but there was variation in the intensity and velocity of response, being higher in the resistant clone plants, able to limit the colonization of the fungus in their tissues. Among these responses were the formation of tyloses, accumulation of phenolic compounds and oxalate crystals, xylem vessels pores closing, among others. Moreover, several defense genes differentially expressed between the two clones tested were identified, being induced more of these genes in R pool at the early hours of interaction. Among these genes were genes coding for membrane receptors, genes related to calcium and hormones-dependent signaling, transcription factors, cell wall protein genes, genes involved in the Redox system and the systemic acquired response and other defensive genes. Thus, resistance to Ceratocystis wilt in Eucalyptus may be related to the speed and intensity of the pathogen defense response.
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Estrutura genética da população de Ceratocystis fimbriata associada a kiwi e avaliação da resistência do hospedeiro à murcha-de-ceratocystis / Genetic structure of the population of Ceratocystis fimbriata associated with kiwi and evaluation of resistance of host to ceratocystis wilt

Pimenta, Lucas Veiga Ayres 16 February 2018 (has links)
Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2018-06-15T14:10:17Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1557007 bytes, checksum: f8ffa76b20a7c89d07a35057f2df0ffb (MD5) / Made available in DSpace on 2018-06-15T14:10:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1557007 bytes, checksum: f8ffa76b20a7c89d07a35057f2df0ffb (MD5) Previous issue date: 2018-02-16 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A murcha-de-ceratocystis causada por Ceratocystis fimbriata é a doença mais importante para a cultura do kiwi (Actinidia spp.) no Brasil. O emprego de material resistente é um eficiente método de controle desta doença. Entretanto, as três cultivares (Hayward, Elmwood e Monty) que foram avaliadas quanto à resistência à murcha-de-ceratocystis foram suscetíveis. Com isso, este trabalho objetivou determinar a estrutura genética, a história evolutiva e a variabilidade fisiológica do patógeno na cultura do kiwi, e ainda realizar uma triagem em cultivares e progênies de kiwi com o intuito de identificar materiais resistentes a serem utilizados como enxerto ou porta-enxerto. A população de isolados de C. fimbriata de kiwi apresentou níveis de diversidade gênica semelhantes a populações nativas e foi formada pela mistura de isolados de três distintas regiões, Sul do Brasil, Cerrado e Mata Atlântica. Os isolados de kiwi variaram amplamente em agressividade, sendo que os 14 isolados avaliados separaram em quatro grupos, com valores de intensidade da doença entre 10-95%. A intensidade de doença induzida em “Monty” causada pela mistura equitativa de inóculo dos cinco isolados mais agressivos não diferiu estatisticamente da intensidade da doença causada pelo isolado PG01, um dos isolados mais agressivos. Todas as oito cultivares avaliadas foram suscetíveis à murcha- de-ceratocystis. Dentre 618 plantas meio-irmãos de Bruno inoculadas, sete não apresentaram sintomas de murcha nem escurecimento dos tecidos internos do caule e foram classificadas como resistentes, constituindo potenciais porta-enxertos. / Ceratocystis wilt caused by Ceratocystis fimbriata is the most important disease on kiwifruit (Actinidia spp.) in Brazil. The use of resistant material is one of the most efficient method to control this disease. however, so far, all three kiwifruit cultivars (Hayward, Elmwood and Monty) evaluated for resistance to Ceratocystis wilt were susceptible. Therefore, the aim of this work was to access the genetic structure, the evolutionary history and the physiological variability of the pathogen on kiwifruit crop, as well as to perform a screening in kiwifruit cultivars and progenies in order to identify resistant materials to be used as graft or rootstocks. The population of C. fimbriata isolates of kiwifruit showed gene diversity similar to native populations and it was formed by the mixture of isolates from three regions, South of Brazil, Cerrado and Mata Atlântica. The kiwi isolates showed great variability in aggressiveness, and the 14 isolates evaluated separated into four groups, with values of disease intensity between 10-95%. The intensity of disease induced by the equitable mixture of inoculum prepared with the five most aggressive isolates did not differ statistically from the intensity of the disease caused by PG01 isolate, one of the most aggressive isolates. All eight cultivars evaluated were susceptible to Ceratocystis wilt. Among 618 Bruno half-sibling plants inoculated, seven had no symptoms of wilt or darkening of internal stem tissues and were classified as resistant, constituting potential rootstocks.
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Intensidade da murcha-de-ceratocystis em mangueira submetida a diferentes níveis de salinidade / Intensity of ceratocystis-wiltin mango tree under differents levels of salinity

Vieccelli, Juliana Cristina 22 September 2014 (has links)
Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2015-10-20T10:16:00Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1174025 bytes, checksum: 8531234a544f4edd35c28acd81052d2a (MD5) / Made available in DSpace on 2015-10-20T10:16:00Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1174025 bytes, checksum: 8531234a544f4edd35c28acd81052d2a (MD5) Previous issue date: 2014-09-22 / Vale / Este trabalho teve como objetivo avaliar a intensidade da murcha-de-ceratocystis em mangueiras submetidas a diferentes níveis de salinidade, em três variedades consideradas resistentes à doença. Plantas das variedades Tommy Atkins, Dura e Ubá foram cultivadas em vasos com 20 L de areia lavada e submetidas à irrigação diária com 3 L de Solução de Hoagland modificada. Após o período de aclimatação ao sistema hidropônico, foi adicionado NaCl à solução nutritiva. Aos 50 dias depois de submetidas ao estresse salino, as plantas das três variedades foram inoculadas. As avaliações foram feitas no 1o, 14o, 28o e 42o dias após a inoculação. Foram avaliadas a incidência e a evolução dos sintomas do fungo Ceratocystis nas plantas, trocas gasosas, fluorescência da clorofila e teores de macronutrientes nas folhas e ramos da variedade Tommy Atkins e nas folhas, ramos e raízes das variedades Tommy Atkins, Ubá e Dura. O experimento foi realizado em arranjo fatorial (4 x 2), no delineamento em blocos ao acaso, sendo quatro concentrações de sal (0, 30, 60 e 90 mmol L-1 NaCl) e plantas inoculadas e não inoculadas com o fungo Ceratocystis fimbriata Ellis & Halst., isolado CEBS15, em cinco repetições, sendo cada parcela formada por um vaso com uma planta por vaso. Para análise dos dados, utilizou-se a estatística descritiva. Das três variedades, a Ubá foi a que apresentou menor comprimento de lesão no caule das plantas, seguida das variedades Tommy Atkins e Dura. Observou-se, nas plantas das três variedades estudadas e em todos os níveis de salinidade, que houve incidência da doença com diferentes níveis de severidade. Os sintomas da murcha-de-ceratocystis nos ramos e hastes ocorreram em todos os níveis de salinidade, mas, de modo geral, não houve tendência clara da evolução dos sintomas em razão dos níveis de salinidade testados. Quanto aos teores de nutrientes, observaram-se, de maneira geral, as mesmas tendências entre plantas inoculadas e não inoculadas, mas não foi possível verificar padrão definido de aumento ou diminuição em razão das concentrações salinas e da inoculação. Não houve diferença, entre plantas inoculadas e não inoculadas, nas trocas gasosas, potencial hídrico e eficiência fotoquímica do fotossistema II, independentemente da concentração de NaCl utilizada. A variedade Ubá foi a mais resistente ao fungo C. fimbriata e a ‘Tommy Atkins’, a mais sensível à salinidade, seguida pela ‘Dura’ e ‘Ubá’, esta a menos sensível à salinidade. / This study aimed to assess the intensity of ceratocystis-wiltin mango trees under differents levels of salinity in three mango trees varieties considered resistant to the disease. Plants of Tommy Atkins, Dura and Ubá were grown in vases with 20 L of washed sand and submitted to daily irrigation with 3 L of modified Hoagland solution. After the acclimation period of the hydroponic system, NaCl was added to the nutrient solution. 50 days after being submitted to salt stress, plants of the three varieties were inoculated. The assessments were performed 1, 14, 28 and 42 days after inoculation. We evaluated the incidence and progression of the symptoms of the Ceratocystis fungus in plants, gas exchange, chlorophyll fluorescence, and macronutrient content in leaves and branches of the Tommy Atkins variety and leaves, branches and roots of the Tommy Atkins, Ubá and Dura varieties. The experiment was performed in a factorial arrangement (4 x 2), randomized block design, four salt concentrations (0, 30, 60 and 90 mmol L-1NaCl) and inoculated and not inoculated plants with the fungus Ceratocystis fimbriata Ellis & Halst., isolated CEBS15, in five repetitions, each plot being formed by a vase with one plant per vase. For data analysis, we used descriptive statistics. Of the three varieties, Ubá showed the smallest lesion length in the stems of the plants, followed by Tommy Atkins and Dura. It was observed in the three studied varieties of plants and at all levels of salinity that there was incidence of the disease with different levels of severity. The symptoms of ceratocystis-wilt in the branches and stems occurred in all salinity levels, but, in general, there was no clear trend in the evolution of symptoms due to the tested salinity levels. As for the nutrient contents, there were, in general, the same trends between inoculated and not inoculated plants, but it was not possible to verify a defined standard of increase or decrease due to the salt concentrations and inoculation. There was no difference between inoculated and not inoculated plants, gas exchange, water potential and photochemical efficiency of photosystem II, regardless of the NaCl concentration used. The Ubá variety was the most resistant to the fungus C. fimbriata and ‘Tommy Atkins’ was the most sensitive to salinity, followed by ‘Dura’ and 'Ubá', the last one being the less sensitive to salinity.
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Ceratocystis fimbriata Ellis & Halsted EM ESPÉCIES FLORESTAIS NO RIO GRANDE DO SUL: COMPORTAMENTO E CONTROLE BIOLÓGICO / Ceratocystis fimbriata Ellis & Halsted IN FOREST SPECIES IN RIO GRANDE DO SUL STATE: BEHAVIOR AND BIOLOGICAL CONTROL

Mezzomo, Ricardo 25 February 2014 (has links)
Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Pathogens of the genus Ceratocystis are polyphagous, attacking several species of economic importance, such as black wattle, eucalyptus, mango and cocoa, these have wide variability even within a single genus or species, the result of adaptations to the environment they live in and the hosts available. Study the behavior of these pathogens such as Ceratocystis fimbriata in forest species is important to understand the ways of survival variability and fungus resistance mainly native species. The use of biocontrol as of the genera Trichoderma and Bacillus, have been widely studied as an alternative for the biological control of soil borne pathogens. Hence, the present work aims to study the behavior of different isolates of C. fimbriata obtained from kiwi (Actinidia deliciosa) in forest species as black wattle (Acacia mearnsii), guava (Psidium cattleianum), araucaria (Araucaria angustifolia), cherry (Eugenia involucrata) and inga (Inga marginata); potential biocontrol in vitro Trichoderma spp. and Bacillus subtilis about C. fimbriata and the in vivo behavior of B. subtilis in seedlings of black wattle , against C. fimbriata as an alternative control . For this purpose, we used isolates of C. fimbriata obtained and identified in kiwi plantations. In the pathogenicity test isolates were evaluated for their pathogenic variability and behavior on seedlings of black wattle, guava, araucaria, cherry and inga. Through direct confrontation testing was analyzed in vitro antagonistic potential of Trichoderma spp. and B. subtilis on the pathogen. For the evaluation of the in vivo behavior of B. subtilis black wattle seedlings were inoculated with product Rizolyptus®, seven days before and seven days after pathogen inoculation. Seedlings inoculated with native species C. fimbriata showed no sign of wilting or discoloration of the tissues. However, in seedlings of Acacia mearnsii isolates of C. fimbriata exhibited severity percentage ranging from 44.15 to 100%. In direct confrontation testing isolates of Trichoderma spp. and B. subtilis demonstrated to be effective in vitro on biocontrol isolates of C. fimbriata with percentages of inhibition ranging from 46.48 to 57.76 and from 14.12 to 32.20 % respectively. In biocontrol in vivo test, the Rizolyptus® product was not effective in controlling C. fimbriata and all black wattle seedlings inoculated with the pathogen showed symptoms of wilting and death. / Patógenos do gênero Ceratocystis são polífagos, atacando diversas espécies com importância econômica, como a acácia-negra, eucalipto, mangueira e cacau, estes possuem ampla variabilidade, mesmo dentro de um único gênero ou espécie, resultado de adaptações ao meio em que vivem e aos hospedeiros disponíveis. Estudar o comportamento destes patógenos, como Ceratocystis fimbriata, em espécies florestais é importante para compreender as formas de sobrevivência, variabilidade e resistência do fungo principalmente em espécies nativas. O uso de biocontroladores como, dos gêneros Trichoderma e Bacillus, tem sido largamente estudado como alternativa para o controle biológico de patógenos de solo. Diante disto, o presente trabalho tem como objetivo estudar o comportamento de diferentes isolados de C. fimbriata obtidos de kiwi (Actinidia deliciosa) em espécies florestais como, acácia-negra (Acacia mearnsii), araçá (Psidium cattleianum), araucária (Araucaria angustifolia), cerejeira (Eugenia involucrata) e ingá (Inga marginata); o potencial de biocontrole in vitro de Trichoderma spp. e Bacillus subtilis sobre C. fimbriata e o comportamento in vivo de B. subtilis em mudas de acácia-negra, frente a C. fimbriata, como alternativa de controle. Para tanto, foram utilizados isolados de C. fimbriata obtidos e identificados em plantios de kiwi. No teste de patogenicidade cruzada os isolados foram avaliados quanto à sua variabilidade patogênica e o comportamento sobre mudas de acácia-negra, araçá, araucária, cerejeira e ingá. Através de testes de confrontação direta foi analisado o potencial antagônico in vitro de Trichoderma spp. e B. subtilis sobre o patógeno. Para a avaliação do comportamento in vivo de B. subtilis as mudas de acácia-negra foram inoculadas com o produto Rizolyptus®, sete dias antes e após a inoculação do patógeno. As mudas de espécies nativas inoculadas com C. fimbriata não exibiram sintoma de murcha ou descoloração dos tecidos. Entretanto, em mudas de acácia-negra os isolados de C. fimbriata exibiram percentuais de severidade que variam entre 44,15 a 100%. Nos testes de confrontação direta os isolados de Trichoderma spp. e B. subtilis demostraram-se eficientes no biocontrole in vitro sobre os isolados de C. fimbriata com percentuais de inibição variando de 46,48 a 57,76 e 14,12 a 32,20% respectivamente. No teste de biocontrole in vivo, o produto Rizolyptus® não foi eficiente no controle de C. fimbriata e todas as mudas de acácia-negra inoculadas com o patógeno apresentaram sintomas de murcha e morte.

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