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Caracterização genética de seleções irradiadas de figueira por marcadores moleculares (RAPD e AFLP) /

Rodrigues, Maria Gabriela Fontanetti. January 2010 (has links)
Resumo: A figueira (Ficus carica L.) é uma frutífera de grande importância mundial e, neste sentido, o melhoramento genético se torna uma linha de pesquisa importante para a melhoria da cultura, sendo necessário reunir informações sobre esta espécie, principalmente em relação à sua variabilidade genética, para que projetos de propagação e manejo adequados sejam realizados. O presente trabalho teve como objetivo verificar a existência de variabilidade genética, por marcadores moleculares RAPD e AFLP, de seleções originadas de estacas provenientes de gemas irradiadas com raio gama. O experimento foi conduzido na Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias - UNESP - Campus de Jaboticabal - SP, utilizando-se estacas de cinco seleções de figueira obtidas em trabalho anterior realizado na Faculdade de Engenharia de Ilha Solteira - UNESP, comparando-as entre si e utilizando a cultivar Roxo-de- Valinhos como parâmetro de comparação. Não há polimorfismo entre os tratamentos, indicando uma possível variação epigenética, devendo ser testada com outras técnicas sensíveis à uma possível metilação do DNA / Abstract: The fig (Ficus carica L.) is a fruit of great importance worldwide and in this sense, the genetic improvement becomes an important line of research to improve the culture, it is necessary to gather information about this species, especially in relation to their variability gene for propagation projects and handling are carried out. This study aims to determine the existence of genetic variability of selections originated from cuttings from buds irradiated with gamma rays, using the RAPD and AFLP molecular markers. The experiment was conducted at the Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias - UNESP - Jaboticabal - SP, using cuttings from five fig selections obtained in a previous study conducted at the Faculdade de Engenharia de Ilha Solteira - UNESP, comparing them with each other and using the Roxo-de-Valinhos cultivar for comparison. There was no polymorphism between treatments, indicating a possible epigenetic variation and should be tested with other techniques sensitive to a DNA methylation / Orientador: Antonio Baldo Geraldo Martins / Coorientadora: Janete Apparecida Desidério / Banca: Luiz de Souza Corrêa / Banca: Bianca Waléria Bertoni / Mestre
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Análise mutacional da região dos exons 5 a 8 do gene supressor de tumor p53 em neoplasias mamárias caninas/

Fernandes, Simone Crestoni. January 2008 (has links)
Resumo: Visando à contribuição ao estudo da oncologia e ao aumento da sobrevida de cadelas com neoplasias mamárias, o objetivo deste trabalho é investigar as possíveis alterações no gene supressor de tumor p53 em tumores de mama relacionando-as com a idade, raça, tipo histológico, número e localização da neoplasia, tempo de progressão e característica macroscópica do tumor (tamanho e presença de úlcera). Foram avaliadas 30 amostras de neoplasias de mama de cadelas. Este material foi distribuído em cinco grupos, de acordo com a classificação histopatológica do tumor (adenoma, tumor misto benigno, carcinoma, tumor misto maligno e sarcoma). O Grupo Controle compreendeu cinco amostras de tecido mamário sem alterações patológicas. As possíveis mutações existentes nos exons 5 a 8 do gene p53 foi analisado por meio da técnica de PCR (reação em cadeia de polimerase) e seqüenciamento. Foram observadas cinco mutações em neoplasias malignas e uma mutação em neoplasia benigna. Dessas mutações, todas eram "missense" e três delas eram do tipo "frameshift". Comparando as mutações com os outros parâmetros clínicos, concluiu-se que alterações em p53 devem ser originadas em um estágio inicial na carcinogênese mamária canina e mutações em p53 podem estar relacionadas com a malignidade do tumor. / Abstract: Aiming at the contribution for oncology's study and the improvement of survival time of bitches with mammary neoplasm, the purpose of this research is investigate the possible alterations in tumor suppressor gene p53 in mammary neoplasm, relating then with age, breed, tumor histologic classification, neoplasm location (which mammary gland and if they are unique or multiples), progression time and neoplasm macroscopic characteristic (size and ulceration presence). Thirty canine mammary neoplasm patterns were evaluated. This material was distributed in five groups according to histologic classification of the tumor (adenoma, benign mixed tumor, carcinoma, malignant mixed tumor and sarcoma). The Control Group included five mammary tissue patterns with no pathological alterations. Possible mutations at 5 to 8 exons within p53 gene was analyzed by the PCR technique ("Polymerase Chain Reaction") and sequencing. Five mutations were observed in malignant mammary neoplasm and one mutation in benign neoplasm. About these mutations, all were missense and three of them were frameshift. Comparing the mutations with the other clinical parameters, it was concluded that p53 alterations must be started in an initial stage in canine mammary carcinogenesis and p53 mutations can be related with the tumor malignancy. / Orientador: Carlos Roberto Daleck / Coorientadora: Janete Apparecida Desidério Sena / Banca: Renata Afonso Sobral / Banca: José Jurandir Fagliari / Mestre
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Avaliação de operadores de algoritmos genéticos em otimização multidimensional /

Ferreira, Alexandre Beletti. January 2007 (has links)
Orientador: João Batista Aparecido / Banca: Emanuel Rocha Woiski / Banca: Luis Carlos de Castro Santos / Resumo: Desenvolveu-se neste trabalho a implementação computacional de um algoritmo genético. Este se constituiu de uma população inicial sobre a qual agem quatro operadores fundamentais: seleção, "crossover", substituição e mutação, e produz uma nova população. Sobre a qual agem novamente os operadores genéticos, e assim sucessivamente produzindo uma seqüência de populações. O operador seleção foi implementado em três algoritmos básicos: roda da roleta, amostragem estatística universal e torneio. O "crossover" também foi desenvolvido em algumas opções: um ponto, dois pontos, múltiplos pontos, e uniforme. A substituição de indivíduos da população pelos filhos ocorre de três maneiras básicas: dos pais, dos menos aptos, e dos indivíduos sorteados aleatoriamente. A mutação ocorre de apenas uma maneira. Inicialmente, o algoritmo genético foi executado em computador de maneira seqüencial. Resolveu-se um conjunto de problemas de otimização multidimensional e também o Problema do Caixeiro Viajante (TSP - Traveler Salesman Problem). Fez-se um estudo paramétrico dos vários parâmetros que aparecem no algoritmo genético, tais como: tamanho da população, número de gerações, taxa de seleção, probabilidade de mutação, e taxa de elitismo. No caso de problemas de otimização multidimensional a representação do cromossomo de cada indivíduo é binária, já no caso do TSP a representação é inteira decimal. Em ambos os casos da otimização multidimensional e do TSP também foi utilizada a técnica de hill-climbing visando aumentar a taxa de convergência da solução. A técnica de janelamento foi utilizada somente no caso de otimização multidimensional, também visando aumentar a taxa de convergência. Posteriormente, o algoritmo genético foi executado também em processamento computacional paralelo, ...(Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: It was developed in this work the computational implementation of a genetic algorithm. That is constituted of an initial population upon which act four basic operators: selection, crossover, substitution and mutation, producing a new population. Upon which act again the genetic operators, and thus, successively, producing a sequence of populations. The operator selection was implemented in three basic algorithms: roulette wheel, stochastic universal sampling, and tournament. The crossover also was developed in some options: one point, two points, several points, and uniform. Substitution of individuals from the population by the newborns happens in three basic ways: the fathers, the less apt, and the individuals sorted randomly. Mutation happens in only one manner. Initially, the genetic algorithm was processed sequentially in the computer. It was solved a set of multidimensional optimization problems and also the Traveler Salesman Problem - TSP. It was done a parametric study of the several parameters that appear in the genetic algorithm, such as: population size, number of generations, selection rate, mutation probability, and elitism rate. In the case of multidimensional optimization problems the chromosome representation of each individual is binary, but in the case of TSP the representation is integer decimal. In both cases of multidimensional optimization and TSP also it were used the hill-climbing technique aiming to increase the solution convergence rate. The windowing technique was used just for the multidimensional optimization case, also aiming to increase the convergence rate. Lately, the genetic algorithm was also performed in a computational parallel processing mode, using several computers linked by a net. In each computer it was executed one genetic algorithm upon a local population. The interaction among several populations was done through the migration ...(Complete abstract, click electronic access below) / Mestre

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