Olfaction mediates many aspects of the bank vole’s life. However, all the mechanisms are far from being fully understood. In the present context of habitat fragmentation, to study how olfactory cues can mediate its social processes, influence its active search for biotic resources and elicit its movements appears to be of major interest and is the main objective of this PhD-thesis. The research started with three behavioural experiments, performed under laboratory conditions. Bank voles were found to behave differently to scent marks according to the population of origin of the marker. They react more to odours from OPO conspecifics (i.e. members of an Other Population of Origin) than to odours from conspecifics belonging to their own population. A field enclosure experiment was then set up in order to study the ability of bank voles to distinguish between different artificial odours (i.e. extracted with methanol) sprayed on food. The results confirmed the attractiveness of OPO conspecific odours even extracted with methanol and tested in outdoor conditions. On the other hand, odours from terrestrial predators (i.e. weasel and red fox) were found to be strongly repulsive. The most attractive artificial olfactory marker (i.e. from OPO conspecific) and the most repulsive one (i.e. from weasel) were then tested on the spatial behaviour of voles. Both were used in a complex maze with attractive markers placed in pathways leading to the goal and repulsive markers placed in pathways to be avoided. Results obtained were inconclusive, none of the artificial marker showed an influence on movements of bank voles. As voles did not take heed of artificial markers while moving, we hypothesised that natural scented trails created by conspecifics, should direct the bank voles to the goal more efficiently than artificial markers did. However, the overall movements of bank voles were not significantly influenced by the presence of natural odours of conspecifics either. Original and convincing results were found on the use of olfaction in social and foraging contexts in bank voles. However, this four-year research did not come up with findings on whether and how olfactory cues can influence their spatial behaviour. The idea is worthwhile pursuing as proposed in the perspectives, and there is hope that in the future we may understand which elements elicit movements of bank voles for helping to counteract the impacts of habitat fragmentation on populations.

Le campagnol roussâtre Myodes glareolus est le réservoir principal de l'hantavirus Puumala (PUUV) responsable de la néphropathie épidémique (NE) en Europe. L'objectif de cette thèse est de décrire la variabilité de la résistance / tolérance de M. glareolus à PUUV et d'explorer son rôle dans la distribution et la transmission de ce virus. Nous émettons l'hypothèse que la tolérance à PUUV favorise sa persistance et sa transmission, ce qui devrait accroître le risque d'émergence de la NE. Nous avons développé une approche gène candidat pour déterminer le rôle de trois gènes de l'immunité dans la résistance / tolérance à PUUV. L'existence d'associations positives entre les allèles du gène Drb et l'infection par PUUV d'une part et les relations négatives détectées entre le niveau d'expression du gène Tnf-α et la prévalence en PUUV d'autre part corroborent l'évolution d'une tolérance en zones d'endémie de la NE. Elle pourrait être sélectionnée en réponse au coût de la réponse inflammatoire développée contre PUUV. L'approche de génétique des populations a démontré le rôle de la dynamique des réservoirs dans l'épidémiologie de PUUV. La comparaison du polymorphisme des gènes Drb et Tnf-α et des patrons génétiques neutres semble cependant indiquer une faible influence de la sélection dans le polymorphisme de ces gènes. Ce résultat suggère un effet potentiellement important de la plasticité phénotypique dans les niveaux de résistance/tolérance observés. L'étude de la communauté d'helminthes a confirmé cette hypothèse en révélant l'impact de certaines espèces sur le risque d'infection à PUUV. / The bank vole Myodes glareolus is the main reservoir of Puumala hantavirus (PUUV), the agent of nephropathia epidemica (NE) in Europe. This work aims at describing the variability of M. glareolus resistance / tolerance to PUUV and at exploring its role in the distribution and transmission of the virus. We hypothesized that tolerance to PUUV should favour its persistence and transmission, what could increase the risk of NE emergence.We developed a candidate gene approach to determine the role of three immune genes in the resistance / tolerance to PUUV. Both the detection of positive associations between Drb alleles and PUUV infection and the negative relationship observed between Tnf-α gene expression and PUUV prevalence corroborated the evolution of tolerance in NE endemic areas. The costly inflammatory response activated against PUUV infection could mediate this evolution.Using landscape population genetics, we revealed the role of M. glareolus population dynamics in PUUV epidemiology. The comparison of Drb and Tnf-α genetic differentiation with the neutral pattern detected at microsatellites indicated that selection weakly acted on these immune genes. This result suggested the potential effect of phenotypic plasticity in the balance of resistance/tolerance to PUUV. The study of helminth communities confirmed this hypothesis as it revealed the impact of two nematode species on the risk of PUUV infection

Lobjectif général de cette thèse était de comprendre lhistoire évolutive du campagnol roussâtre (Myodes glareolus) en Eurasie à laide de la génétique moléculaire et des méthodes développées en phylogéographie et en génétique des populations mais aussi, par une approche multidisciplinaire impliquant des données morphologiques, paléontologiques, géologiques, paléoenvironnementales, écologiques et éthologiques. Un patron phylogéographique complexe et unique a été mis en évidence par la découverte de cinq lignées méditerranéennes et quatre lignées continentales pour cette espèce. Chacune de ces lignées présente une histoire évolutive particulière et permet de jeter un éclairage nouveau sur certains concepts et processus phylogéographiques. Le patron phylogéographique dune espèce peut être perçu comme un système en perpétuelle évolution, les réponses des organismes face aux changements environnementaux pouvant être très variables en termes de contraction, expansion, différenciation et extinction. La découverte de plusieurs lignées de campagnols roussâtres en péninsule ibérique, italienne et en Europe centrale révèle la complexité phylogéographique rencontrée au niveau de certaines régions refuges. La fragmentation du milieu durant les glaciations aurait conduit à structurer lespace géographique en îles dhabitat ou îles continentales (les refuges glaciaires) qui ont joué et jouent encore un rôle majeur dans lémergence et lévolution de la diversité génétique intraspécifique. Dans cette optique, cette thèse de doctorat révèle que les populations méditerranéennes savèrent être les garantes des plus hautes valeurs de diversité et de richesse intraspécifique malgré le fait quelles occupent une petite partie de laire de distribution de lespèce. Les régions méditerranéennes ont vu la contraction et lexpansion de nombreuses populations despèces tempérées au fil des refroidissements et réchauffements du Pleistocène. A côté de cette stratégie de survie des populations face aux changements climatiques, notre étude montre que certaines populations situées dans des refuges glaciaires nordiques ont été capables de survivre in situ aux glaciations, en recherchant localement les conditions environnementales les plus favorables ou en sadaptant à un nouvel environnement. En Russie, les populations de campagnols roussâtres ont subi une diminution drastique de leur diversité génétique et une extinction de plusieurs populations, suite aux changements brutaux des ceintures de végétation dans cette région durant les changements climatiques. Néanmoins, il existe un signal dexpansion post-glaciaire large et rapide pour ces populations ce qui montre leur capacité dexpansion sur de très longues distances dès que lhabitat leur redevient plus favorable. Finalement, létude dune lignée de campagnol roussâtre introgressée par lADN mitochondrial dune autre espèce, nous a permis daborder la question de lhybridation interspécifique chez les mammifères. La découverte de cette lignée largement étendue géographiquement et, dans certaines régions, très probablement soumise à la sélection naturelle, démontre que lhybridation interspécifique peut aussi être source de diversité et dadaptation chez les mammifères.

Habitat fragmentation during 50s of 20th century caused decrease in food resource availibility for many small mammalian forest species. Despite all of the changes, those species managed to adapt to it - one of the adaptation mechanics has been migrating into agricultural areas. The main aim of this study was to describe the spatial activity of Apodemus sylvaticus and Myodes glaerolus inside two forst patches and compare it. My next aim was evaluate the significance of agricultural areas nearby the researched forest patches. One part of this was even the comparison of different marking techniques used for rodents in field. Data describing movement activity of researched species were collected using capture-mark-recapture (CMR) As expected the data differ - Greater mobility was found in A. sylvaticus, the M. glaerolus preffered to stay inside patches with larger vegetation cover. The raids into surrounding patches differed even in those two researched forest sites. In site "Samota" A. sylvaticus showed greater movement distance, however in "Hejtman" it were M. glaerolus expressing greater movement ability. Theirs movement were directed inside clover field. Both species of Samota site ventured into patches with dense plant cover, perhaps to minimise the risk of predation. The best method of marking proved to be the clipping the rodents ears with tags. As the next more efficient I would choose the ear-clipping.

The dissertation summarises the result of the study of small terrestrial mammals (Eulipotyphla, Rodentia) along natural (watercourses) and anthropogenic (road, highway) landscape barriers. It points to an interesting phenomenon of road drainage ditches as a transitional migration environment, further it assesses the level of locomotion activity, the rate of structure of subpopulations and the frequency of crossing watercourses in the case of selected rodent species. It contributes with its results to solving problems concerning the effect of these landscape structures on the species diversity, ground mobility or genetic structure of small terrestrial mammals. ˙˙˙˙