Cette thèse étudie les relations entre comportement spatial et parasitisme dans un contexte croissant d'interactions entre faune domestique et sauvage. Nous émettons l'hypothèse que la cohabitation du Chevreuil avec la faune domestique augmente son exposition et son infestation en parasites, ce qui modifie en retour le comportement du Chevreuil. Nos résultats montrent que (i) la cohabitation du Chevreuil avec les activités humaines augmente son exposition à Toxoplasma gondii et son infestation par des nématodes gastro-intestinaux (NGI), mais pas son exposition à Chlamydia abortus, suggérant pour ce parasite un cycle de transmission restreint aux espèces sauvages ; et (ii) que les chevreuils infestés par des NGI se dispersent moins et plus tardivement. Ce travail contribue à une meilleure compréhension de la circulation de parasites entre la faune domestique et sauvage, et souligne l'importance de considérer le comportement spatial des hôtes sauvages dans l'épidémiologie de maladies dont les effets sur la faune sauvage sont encore mal connus. / This thesis investigates the relationships between spatial behaviour and parasitism in the context of increasing interactions between wildlife and domestic animals. We hypothesise that the cohabitation of roe deer with domestic fauna increases its exposure and infestation to parasites, which modify in return the behaviour of roe deer. Our results show that (i) the cohabitation of roe deer with human activities increases its exposure to Toxoplasma gondii and its infestation by gastro-intestinal nematodes (GIN), but not its exposures to Chlamydia abortus, which suggest a possible wild cycle of transmission for this last parasite ; and (ii) roe deer infested by GIN disperse less and later. This work contributes to a better understanding of the circulation of parasites between domestic and the wild animals, and highlights the importance of considering the spatial behaviour of wild hosts in the epidemiology of diseases whose effects on wildlife are still poorly understood.

Un des enjeux relatifs à la durabilité des élevages équins est d’accroître la part de l’herbe dans l’alimentation sans compromettre les performances animales. Les chevaux à forts besoins, comme la jument en lactation, sont en effet couramment complémentés au pâturage alors même que l’impact de la complémentation sur leur ingestion et leurs performances n’est pas connu. Un second enjeu est d’identifier des solutions alternatives aux anthelminthiques pour gérer leurs parasites gastro-intestinaux en évitant le développement de résistances et le rejet de molécules toxiques dans l’environnement. Notre première expérimentation a montré qu’en conditions de pâturage non limitantes, la complémentation énergétique n’était pas indispensable. Les juments en lactation non complémentées ont accru leurs quantités ingérées journalières jusqu’à 28 g MS.kg PV -1 .j -1 , un niveau d’ingestion permettant de satisfaire leurs besoins énergétiques. La croissance des poulains et leur conformation n’ont donc pas été affectées par l’absence de complémentation énergétique, celle-ci n’ayant par ailleurs pas permis aux juments de mieux réguler leur charge parasitaire. La deuxième expérimentation, a permis de préciser le seuil en deçà duquel la complémentation énergétique devient nécessaire pour couvrir les besoins de la jument en lactation. Pour un pâturage au fil de repousses végétatives celui-ci a été estimé à 66 g MS.kg PV-1.j -1 , ce qui correspond à une hauteur de sortie de parcelle à 5,4 cm au stick, soit 4,5 cm à l’herbomètre à plateau. Enfin, la troisième expérimentation en box a permis de mettre en évidence l’efficacité d’une distribution de courte durée de sainfoin, une légumineuse riche en tanins condensés, pour réduire le développement des œufs de nématodes en larves infestantes ; une complémentation azotée « simple » s’est en revanche révélée inefficace. L’ensemble de ces résultats ouvre des perspectives pour optimiser la conduite alimentaire de la jument en lactation au pâturage. / Sustainable horse breeding requires increasing the proportion of herbage in horse diet without affecting animal performance. Horses with high requirements such as lactating mares are commonly supplemented at pasture, while the consequences of energy supplementation on intake and performance remain unknown. Another priority is to identify alternatives to chemical anthelmintic for gastro-intestinal parasite management in order to limit the spread of antibiotic resistance and the dumping of pharmaceutical residues into the environment. A first experiment showed that supplementing lactating mares at pasture should not be systematic because, under non-limiting conditions, their adaptive capacities enabled them to increase herbage intake up to 28 g DM.kg LW -1 .d -1 and ensure foal growth. In addition, energy supplementation did not allow mares to better regulate their parasite burden. A second experiment allowed us to precise the herbage allowance threshold below which energy supplementation is required. Under strip-grazing conditions it was estimated at 66 g DM.kg LW -1 .d -1 , which corresponds to a post-grazing height of 5.4 cm using sward stick. A third experiment has revealed the potential of secondary metabolites of sainfoin to reduce the nematode larval development, while no effect was observed with a short-term protein supplementation. These original results have practical implications for a better management of lactating saddle mares at pasture.

Les nématodes gastro-intestinaux sont des parasites de la caillette des petits ruminants qui posent des contraintes majeures pour l’élevage de ces animaux dans le monde. Récemment leur impact économique a augmenté notamment à cause de l’apparition de nématodes résistants aux anthelminthiques. La sélection génétique pourrait être une stratégie complémentaire des traitements chimiques. Dans cette thèse, nous avons exploré la variabilité génétique disponible qui permettrait une sélection sur la résistance aux nématodes. Les résultats obtenus en termes d’héritabilités, corrélations génétiques et QTLs, suggèrent que la variation génétique des populations étudiées pourrait satisfaire les requis d’un objectif de sélection permettant à la fois d’améliorer la résistance aux nématodes et la croissance des animaux. En outre, l’identification de loci SNP associés à la variation observée sur les caractères de résistance aux nématodes pourrait nous permettre d’améliorer la réponse à la sélection. / Abomasal nematodes are a major constraint to small ruminants industry worldwide. Recently their economic impact has increased due to the recrudescence of anthelmintic resistance among many parasite populations. Genetic selection might be a valid strategy for enhancing the efficacy of anthelmintics. We explored the genetic variability, in both sheep and goat, possibly available for a breeding plan featuring parasite resistance as its breeding goal. The results obtained in terms of heritabilities, genetic correlations and QTLs, suggest that the variation in the genetic pool of the population under study might comply with the requirements of a breeding goal including both parasite resistance and production traits. Furthermore, marker assisted selection could be a feasible option to enhance the selection response.