• Refine Query
  • Source
  • Publication year
  • to
  • Language
  • 1
  • Tagged with
  • 1
  • 1
  • 1
  • 1
  • 1
  • 1
  • 1
  • 1
  • 1
  • 1
  • 1
  • 1
  • 1
  • 1
  • 1
  • About
  • The Global ETD Search service is a free service for researchers to find electronic theses and dissertations. This service is provided by the Networked Digital Library of Theses and Dissertations.
    Our metadata is collected from universities around the world. If you manage a university/consortium/country archive and want to be added, details can be found on the NDLTD website.
1

Structural insights and interaction mechanism of stress granule core proteins UBAP2L and G3BP1 / Strukturella insikter och interaktionsmekanism av kärnproteiner i stressgranuler UBAP2L och G3BP1

Lin, Yuyang January 2023 (has links)
Ubiquitinbindande protein 2-liknande (UBAP2L) och Ras GTPas-aktiverande proteinsbindande protein 1 (G3BP1) är två kärn-RNA-bindande proteiner (RBPs) som är involverade i bildandet av SGs. Nyligen genomförda studier föreslog att UBAP2L kan fungera som ett upströmsprotein till G3BP1/2 med förmågan att främja SG-bildning oberoende. NTF2-domänen dimeriserar G3BP1 och bildar en plattform för protein-protein-interaktioner. Dess interaktion med UBAP2L-DUF-regionen var avgörande för bildandet av mogna SG. Detta projekt syftade till att avslöja protein-protein-interaktionen mellan G3BP1 och UBAP2L in vitro och karakterisera den kända interaktionen mellan G3BP1-NTF2 och UBAP2L-DUF-regionen. I detta projekt renades homodimeren av G3BP1-NTF2-domänen och komplexades med en syntetiserad peptid som motsvarar rester 505–534 av UBAP2L (UBAP2L 505-534). Låga diffraktionskristallträffar erhölls genom att co-kristallisera G3BP1-NTF2 med peptiden. Ytterligare optimeringar krävs fortfarande. Tre konstruktioner av UBAP2L (N, C och L) designades och utsattes för reningsförsök. Fullängds-G3BP1 renades för att identifiera domäninteraktionen inom UBAP2L-konstruktionerna. Pull-down-testet med His-G3BP och samuttrycket av G3BP1/UBAP2L-N föreslog en mycket svag interaktion mellan G3BP1 och UBAP2L-N. Med tanke på de tillgängliga resultaten från vår studie och co-IP-tester från andra publicerade artiklar bör vi fokusera mer på studien av G3BP2, som föreslogs spela en mer direkt roll i att binda UBAP2L. / Ubiquitin Binding Protein 2-like (UBAP2L) and Ras GTPase-activating protein-binding protein 1 (G3BP1) are two core RNA-binding proteins (RBPs) involved in the assembly of SGs. Recent studies suggested that UBAP2L might serve as an upstream protein of G3BP1/2 with the ability to promote SG assembly independently. The NTF2 domain dimerizes G3BP1 and forms a platform for protein-protein interactions. Its interaction with the UBAP2L-DUF region was critical for mature SG formations. This project aimed to reveal the protein-protein interaction between G3BP1 and UBAP2L in vitro and characterize the known interaction between G3BP1-NTF2 and UBAP2L-DUF region. In this project, the G3BP1-NTF2 domain homodimer was purified and complexed UBAP2L-DUF derived peptide. Low diffraction crystal hits were obtained by co-crystallizing G3BP1-NTF2 with a synthesized peptide corresponding to residues 505 – 534 of UBAP2L (UBAP2L 505-534). While further optimizations are still required. Three constructs of UBAP2L (N, C, and L) were designed and subjected to purification trials.  Full-length G3BP1 was purified to identify the domain interaction within UBAP2L constructs. The his-G3BP pull-down assay and co-expression of G3BP1/UBAP2L-N suggested a very weak interaction between G3BP1 and UBAP2L-N. Considering the available results from our study and co-IP assays from other published papers, we should focus more on the study of G3BP2 which was suggested to play a more direct role in binding UBAP2L.

Page generated in 0.0204 seconds