Orientador: José Fernando Garcia / Banca: Silvana de Cássia Paulan / Banca: Flávia Lombardi Lopes / Resumo: O gene High Mobility Group AT-hook2 (HMGA2) apresentou fortes evidências de estar associado com o tamanho de umbigo em bovinos da raça Nelore através da análises de associação genômica ampla (GWAS). Diversos relatos de associação desse gene a fenótipos do âmbito da morfologia corporal existem para diferentes espécies, tais como altura em humanos, cães e equinos, e tamanho da orelha em suínos. Descobertas recentes demonstraram que o gene HMGA2 está associado avia metabólica de grande importância fisiológica e biológica que tem como um dos principais fatores o PLAG1 (Pleomorphic adenoma gene1), que está associado ao fator de crescimento semelhante à insulina 2 (IGF2), importante regulador do crescimento e da reprodução em bovinos. No presente trabalho, foi descritaa identificação e caracterização de variação no número de cópias (CNV) cromossomo 5 do cromossomo bovino, na região do gene HMGA2 que apresenta associação a característica de tamanho de umbigo. Análises da sequência completa do genoma de indivíduos Bos taurus e Bos indicus foram empregadas para caracterizar o CNV, sendo sua validação realizada através de PCR quantitativo (qPCR). Além disso, os resultados foram comparados com dados de sequência de animais africanos B. indicus evidenciando a origem zebuína do CNV. / Abstract: The High Mobility Group AT-hook 2 (HMGA2) gene presented strong evidence of being associated with navel size in Nellore cattle through genome association analysis (GWAS). Several reports of association of this gene with phenotypes in the scope of body morphology exist for different species, such as height in humans, dogs and horses, and ear size in swine. Recent discoveries have shown that the HMGA2 gene is associated with a metabolic pathway of great physiological and biological importance that has as one of its main factors PLAG1 (Pleomorphic adenoma gene 1), which is associated with insulin-like growth factor 2 (IGF2), important regulator of growth and reproduction in cattle. In the present work, the identification and characterization of copy number variation (CNV) on chromosome 5 of the bovine chromosome in the region of the HMGA2 gene that has association with the navel size trait was described. Genome sequence analysis of Bos taurus and Bos indicus individuals was used to characterize the CNV, and its validation was performed using quantitative PCR (qPCR). In addition, the results were compared with sequence data from a African B.indicus animals evidencing the indicine origin of the CNV. / Mestre

Orientador: Danísio Prado Munari / Coorientador: Guilherme Batista do Nascimento / Banca: Fernando Sebastian Baldi Rey / Banca: Raysildo Barbosa Lobo / Resumo: Programas de melhoramento genético na bovinocultura de corte são importantes para o progresso genético do rebanho e consequentemente para a economia do país. Os avanços nas tecnologias de genotipagem permitiram estimativas de parâmetros genéticos a partir de informações genômicas por meio dos painéis de marcadores do tipo SNP (single nucleotide polymorphism). Estes avanços permitem estimativas de parâmetros genéticos, a partir de informações genômicas mais acuradas, acelerando o progresso genético dos rebanhos brasileiros. O objetivo deste trabalho foi a estimação de parâmetros genéticos, tendência genética e análise de componentes principais de características de peso corporal ao nascer (PN), aos 210 (P210), 365 (P365), e 450 (P450) dias de idade e escores visuais de Estrutura (ES), Precocidade (PS) e Musculosidade (MS), medidas ao sobreano. Os dados utilizados nesse estudo foram obtidos junto ao Programa Nelore Brasil, mantido pela Associação Nacional de Criadores e Pesquisadores (ANCP). As estimativas foram obtidas com base em registros de pedigree de 192.483 animais, 80.114 registros fenotípicos e 8.652 registros de animais genotipados. Os valores genéticos preditos (EBV) foram estimados a partir da equação dos modelos mistos e metodologia bayesiana, enquanto os valores genéticos genômicos preditos (GEBV) foram obtidos a partir do melhor preditor genômico linear não-viesado de único estágio (ssGBLUP). As estimativas de herdabilidade (h2) para as características de PN, P21... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Genetic improvement programs of Brazilian beef cattle are important for herd's genetic progress and consequently for the country's economy. With the advances in sequencing and genotyping technologies, high density panels with SNP (single nucleotide polymorphism) type polymorphic markers are available on the market. These advances allow genetic parameters estimation from genomic information to be more accurate, leading to a faster genetic progress of Brazilian herds. The aim of this study was the genetic parameters estimation, genetic trend and principal components analysis for body weight measured at birth (PN), 210 (P210), 365 (P365) and 450 (P450) days of age and visual scores of Structure (ES), Precocity (PS) and Musculoskeletal (MS), measured in yearling period (from 12 to 20 months of age). The data were obtained from the Nelore Brazil breeding program maintained by the National Association of Breeders and Researchers (ANCP). The estimates were obtained on pedigree records of 192,483 animals, 80,114 phenotypic records and 8,652 records of genotyped animals. The genomic estimated breeding value (GEBV) and estimated breeding value (GEBV) were obtained from the single step best genomic linear unbiased predictor (ssGBLUP), mixed models' equation and bayesian methodology, respectively. The (co)variance components were estimated from Bayesian methodology. The heritability estimates (h2) for PN, P210, P365, P450, ES, PS and MS were respectively 0.81±0.01. 0.38±0.02. 0.34±0.02. 0.35±0.02. 0.31±0.04. 0.38±0.05. 0.39±0.05, with information from SNPs and for estimates only with pedigree and phenotypes information, h2 were 0.82±0.01. 0.33±0.02. 0.31±0.02. 0.32±0.02. 0.32±0.05. 0.37±0.05. 0.38±0.05, respectively. The principal com... (Complete abstract click electronic access below)eng / Mestre

Orientador: Lucia Galvão de Albuquerque / Coorientador: Daniel Gustavo Mansan Gordo / Coorientador:Gerardo Alves Fernandes Júnior / Coorientador: Maria Eugênia Zerlotti Mercadante / Banca: Ana Fabrícia Braga Magalhães / Banca: Rodrigo Pelicioni Savegnago / Resumo: Características de eficiência alimentar estão diretamente associadas com a lucratividade e sustentabilidade da bovinocultura de corte. Conversão alimentar, consumo alimentar residual, consumo de matéria seca, eficiência alimentar e ganho em peso, são características importantes para a seleção de animais mais eficientes dentro de um sistema de produção, porém, com exceção do ganho em peso, as demais não vêm sendo consideradas como critérios de seleção devido à dificuldade de obtenção de fenótipos para as mesmas. Com o avanço nas tecnologias de genotipagem e sequenciamento, foram desenvolvidos chips de alta densidade de marcadores do tipo SNP (Single Nucleotide Polymorphism) espalhados pelo genoma. Estas informações moleculares vêm sendo utilizadas em estudos de associação genômica ampla (GWAS) e de seleção genômica (SG). Basicamente, o GWAS permite a identificação de variações genéticas de maior efeito sobre a expressão fenotípica de características de interesse, enquanto a SG visa a predição do valor genômico direto dos candidatos à seleção utilizando apenas a informação molecular, o que tem revolucionado o melhoramento genético por proporcionar a diminuição do intervalo de geração e o aumento da acurácia de predição dos valores genéticos dos animais. Assim sendo, os objetivos do presente trabalho foram: 1) encontrar regiões cromossômicas de maior efeito sobre características de eficiência alimentar em animais Nelore provenientes de dois programas de melhoramento (Instituto d... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Feed efficiency traits are directly associated with the profitability and sustainability of beef cattle. Feed conversion rate, residual feed intake, dry matter intake, feed efficiency and average daily gain are important traits for the selection of more efficiency animals within a production system, but, except for weight gain, the others have not been considered as selection criteria due to the difficulty of obtaining phenotypes. With the advance in genotyping and sequencing technologies, high density chips of SNP (Single Nucleotide Polymorphism) have been developed. This molecular information has been used in genome-wide association (GWAS) and genomic selection (GS) studies. Basically, GWAS allows the identification of genetic variations with major effects on the phenotypic expression of traits of interest, while SG aims at the prediction of direct genomic value for the selection candidates using only their molecular information, which has revolutionized the animal breeding by providing a decrease in generation interval and increases in the prediction accuracies of breeding values. Thus, the objectives of the present study were to: 1) identify chromosomal regions with major effects on feed efficiency traits in animals from two Nellore breeding programs (Instituto de Zootecnia and Nellore Qualitas), in order to find possible differences/similarities between the populations; 2) evaluate the existence of candidate genes in common to populations; and 3) evaluate the possibility... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Gustavo Rezende Siqueira / Coorientadora: Laura Franco Prados / Banca: Elizabeth Santin / Banca: Ricardo Andrade Reis / Banca: Danilo Domingues Millen / Banca: Márcia Helena Machado da Rocha Fernandes / Abstract: The study was divided into two phases. The first phase was designed to identify which mycotoxin was present in Brazillian feedlot diets, and the second phase was designed to evaluate the performance of Nellore bulls finished in feedlot fed mycotoxins, and the effects of mycotoxin adsorbent (ADS). Thus, the objective of the first phase was to identify which mycotoxins were present in ingredients used in diets fed to feedlot cattle and its concentrations. The survey covered 30 Brazillian feedlots located in the 5 largest beef-producing states. Samples of total mixed ration (TMR) and ingredients were collected on-site and sent to the 37+® Analytical Services Laboratory (KY, USA) for analysis of mycotoxins. The quantification of 38 different mycotoxins was performed using ultra-performance liquid chromatography coupled to tandem mass spectrometry. The mycotoxin concentrations were further interpreted according to known species- specific sensitivities and normalized according to the principles of toxic equivalent factors, determining the Risk Equivalent Quantities (REQ) expressed in µg/kg of aflatoxin B1-equivalent. Descriptive statistics were obtained using the UNIVARIATE procedure of SAS and multivariate statistics were obtained using STATISTICA. The toxins identified in TMR were: fumonisins, trichothecenes A, trichothecenes B, fusaric acid, aflatoxins and ergot (means of 2,330, 104.3, 79.5, 105, 10.5, and 5.5 µg/kg, respectively). Fumonisins were the primary mycotoxins found an... (Complete abstract click electronic access below) / Resumo: O experimento foi dividido em duas fases. A primeira fase foi desenvolvida para identificar quais micotoxinas estavam presentes nas dietas de confinamentos brasileiros e a segunda fase foi para verificar o desempenho de bovinos confinados alimentados com micotoxinas e efeito do Mycosorb A+ ADS. Assim, o objetivo da primeira fase foi identificar quais micotoxinas e em quais concentrações estavam presentes em ingredientes utilizados em dietas de bovinos de cortes confinados. A pesquisa abrangeu 30 confinamentos brasileiros localizados em 5 diferentes estados. Amostras de ração total (RT) e ingredientes foram coletadas no local e enviadas para o 37+® Analytical Services Laboratory (KY, USA) para análise de micotoxinas. A quantificação de 38 micotoxinas diferentes foi realizada utilizando cromatografia líquida de ultra-desempenho acoplada a espectrometria de massa. As concentrações de micotoxinas foram interpretadas de acordo com sensibilidades específicas de espécies conhecidas e normalizadas de acordo com os princípios de fatores equivalentes tóxicos, determinando o Risk Equivalency Quantities (REQ) expressas em µg/kg equivalente de aflatoxina B1. Estatísticas descritivas foram obtidas utilizando o procedimento UNIVARIATE do SAS e estatísticas multivariadas foram obtidas utilizando o STATISTICA. As toxinas identificadas nas RT foram: fumonisinas, tricotecenos A, tricotecenos B, ácido fusárico, aflatoxinas e ergot (média de 2330; 104,3; 79,5; 105; 10,5 e 5,5 µg/kg). As fumonisin... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Doutor

Orientador: Flávio Dutra de Resende / Banca: Saulo da Luz e Silva / Banca: Otávio Rodrigues Machado Neto / Banca: João Marcos Beltrame Benatti / Banca: Laura Franco Prados / Resumo: Objetivou-se avaliar o efeito do tempo de confinamento sobre o desempenho, ganho em carcaça e rendimento de desossa (padrão brasileiro) de tourinhos Nelore. Trezentos e sessenta animais (peso inicial= 389± 33.8 kg e 26 meses de idade) foram distribuídos em 36 baias (unidade experimental) para avaliar os tempos de confinamento, que consistiram em 61, 89, 117 e 145 dias. Foram utilizadas 9 baias por tempo de confinamento. Ao final de cada tempo de confinamento todos os animais foram abatidos. O delineamento experimental foi em blocos casualizados (o peso corporal inicial foi o critério de blocagem). As médias foram comparadas por contrastes ortogonais polinomiais, linear e quadrático, sendo considerado o nível de significância de 5% de probabilidade. Ao longo dos dias de alimentação os animais não diferiram no CMS, em kg/dia, porém quando expresso em porcentagem do peso corporal observou-se redução linear no consumo, no GMD, no GMDcar e nas EA e EAc a medida que o peso corporal aumentou linearmente (P < 0,0001). Os pesos de abate foram de 498, 533, 555 e 583 kg, para 61, 89, 117 e 145 dias de confinamento, respectivamente. Foram observados ganhos de 1,28, 1,21, 1,10 e 1,01 kg de carcaça/dia. O RC, RG e peso de carcaça final apresentaram comportamento quadrátido (P < 0,0001) com o aumento nos dias de alimentação. O RG foi de 71,2, 75,4, 77,7 e 75,4 % e o peso de carcaça foi de 285, 315, 336 e 354 kg, para os respectivos tempos de confinamento. A composição química foi influencia... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The objective was evaluate the effect of feedlot time on the Nellore young bulls performance, carcass gain and meat cust yield . Three hundred and fifty - two animals (initial body weight (BW) = 389 ± 33.8 kg and 26 months old) were assigned into 36 pens (experimental unit) where was evaluated the feedlot times, which consisted in 61, 89, 117 and 145 days. Da ta were obtained from all bulls into nine pens for each feedlot time. At the beginning of the study, nine animals were slaughtered (one representative of each weight block) to determine the initial carcass weight. The carcass daily gain was calculated as t he difference betwe en the final weight hot carcass and initial estimated by reference slaughter. Carcass gain ( CG ) expressed in percentage, is the amount of casing per unit weight gain. The datas were analized using orthogonal polynomial contrasts in a ran domized block design (blocked by initial body weight) in the SAS PROC MIXED (9.0). Significance was declared at P ≤ 0. 05 . During the feeding days the animals did not differ in the DMI, in kg / day, however when expressed as a percentage of body weight, a l inear reduction in consumption, ADG, ADG car and FE and FE c was observed as body weight increased linearly (P < 0.0001). There was a linear increase (P < 0.01) for BW with increasing feedlot time. Final body weights were 498, 533, 555 and 583 kg, in their f eedlot times. There were gains of 1.28, 1.21, 1.10 and 1.01 kg of carcass / day. The dressing percen... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Roberto Carvalheiro / Coorientador: Marina Rufino Salinas Fortes / Coorientador: Lucia Galvão de Albuquerque / Banca: Ricardo Vieira Ventura / Banca: Yuri Tani Utsunomiya / Banca: Henrique Nunes de Oliveira / Banca: Gerardo Alves Fernandes Júnior / Resumo: O poder estatístico de um único estudo de associação genômica ampla (GWAS) para detectar loci de características quantitativas (QTL) é esperado ser menor do que combinando resultados de GWAS independentes de múltiplas raças, isto é, de diferentes raças, especialmente para características complexas, como as de puberdade. Utilizar populações independentes e métodos para detectar novas regiões genômicas e validar regiões previamente conhecidas como associadas com a característica de interesse em populações independentes é uma estratégia viável para identificar QTLs mais acuradamente. O objetivo deste estudo foi detectar regiões genômicas controlando características de precocidade sexual em três raças de gado de corte tropical (Nelore, Brahman e Composto Tropical - CT), utilizando duas estratégias, meta-analise utilizando diferentes raças e validação cruzada de QTL entre raças. No estudo de meta-análise as características incluídas foram idade ao primeiro parto (IPP), prenhez precoce (PP), e circunferência escrotal (CEN) medida aos 18 meses de idade no Nelore, e a idade ao surgimento do primeiro corpo lúteo (IPCL), intervalo do primeiro anestro pós-parto (IPAPP) e circunferência escrotal medida aos 18 meses de idade (CE18B) para o Brahman. A meta-análise foi realizada utilizando um método multi-característica. Um total de 108 polimorfismos de nucleotídeo único (SNP) significativos a um P-valor empírico de 1.39 × 10−5 (FDR < 0.05), foram encontrados neste estudo. Tais SNP signific... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The statistical power of an individual genome-wide association study (GWAS) to detect quantitative trait loci (QTL) is expected to be lower than combining independent GWAS results from multi-breed, i.e., from different breeds, especially for complex traits, as puberty traits. Using independent populations and methods to detect new genomic regions and validate in independent populations known regions associated with the trait of interest is a feasible strategy to identify QTLs more accurately. The aim with this study was to detect genomic regions controlling sexual precocity traits across three tropical beef cattle breeds (Nellore, Brahman and Tropical Composite - TC) by using two approaches, meta-analysis using different breeds and QTL validation across different breeds. In the meta-analysis study the traits included were age at first calving (AFC), early pregnancy (EP), and scrotal circumference (SCN) measured at 18 months of age for Nellore, and age at first corpus luteum (AGECL), first postpartum anoestrus interval (PPAI), and scrotal circumference measured at 18 months of age (SC18B) for Brahman cattle. The meta-analysis was performed using a multi-trait method. A total of 108 significant single-nucleotide polymorphisms (SNPs), at an empirical threshold P-value of 1.39 × 10−5 (FDR < 0.05), were found in this study. Those significant SNP were distributed over 19 out of 29 autosomes, and the major of them were located on BTA14. In the meta-analysis study we identified five association regions harbouring the majority of the significant SNP (76%), namely: BTA2 (5.55%) from 95 to 96 Mb, BTA4 (5.55%) from 94.1 to 94.8 Mb, BTA14 (59.26%) from 24 to 25 Mb and 29 to 30 Mb, and BTA21 (5.55%) from 6.7 Mb to 11.4 Mb. In the acr... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Roberto Carvalheiro / Coorientador: Danísio Prado Munari / Coorientador: Haroldo Henrique de Rezende Neves / Resumo: A análise de componentes principais (ACP) é uma técnica da estatística multivariada usada para avaliar as relações entre diferentes características a fim de eliminar a redundância resultante de suas correlações. No melhoramento genético animal, a ACP tem sido usada para explorar possíveis interpretações biológicas associadas aos componentes principais (CPs) que podem levar a caracterização de diferentes biotipos de animais. Os objetivos do presente estudo foram: i) avaliar as relações entre características de crescimento, escore visual e reprodutiva, por meio de ACP; ii) identificar, por meio de estudo de associação genômica ampla (GWAS), regiões genômicas que diferenciam os animais quanto aos diferentes componentes; e iii) avaliar a habilidade de predição de valores genéticos genômicos (GEBVs) obtidos para os CPs. Foram utilizados dados fenotípicos de 355.524 animais da raça Nelore provenientes da base de dados Aliança Nelore. Destes, foram genotipados 3.382 animais em painel lllumina® BovineHD (HD, ~777.000 SNPs) e 137 animais em painel GeneSeek Genomic Profiler Bovine HD (~76.000 SNPs). Os animais genotipados com o painel GGP-HD tiveram seus genótipos imputados para o painel mais denso (HD). Após o controle de qualidade, 3.519 animais com informações genotípicas de 471.880 SNPs permaneceram nas análises. A ACP foi realizada utilizando-se a matriz de (co)variância genética aditiva (AT) obtida a partir de análise multi-característica. As estimativas dos efeitos dos SNPs fora... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Principal component analysis (PCA) is a multivariate statistical technique that allows evaluating relationships among different traits in order to eliminate the redundancy resulting from their correlations. In animal breeding, PCA has been used to explore possible biological interpretations associated with the principal components (PCs) that can lead to the characterization of distinguished animal's biotype. The objectives of the present study were: i) to evaluate relationships among growth, visual scores, and reproductive traits by performing a PCA; ii) to identify genomic regions associated with PCs by performing a genome-wide association study (GWAS) on the main PCs; and iii) to evaluate the prediction ability of genomic breeding values (GEBVs) obtained for the PCs. Phenotypic data from 355,524 Nellore animals provided by the Alliance Nellore database, were used in this investigation. A total of 3,382 Nellore animals were genotyped using the lllumina® BovineHD chip (HD, ~777,000 SNPs) and 137 animals were genotyped using the GeneSeek Genomic Profiler Bovine HD chip (~76,000 SNPs). The GGP-HD genotypes were imputed to the HD genotypes. After genomic data quality control, 471,880 SNPs from 3,519 animals were available. The PCA was applied on the additive genetic (co)variance matrix (AT) obtained using multi-trait analysis. For GWAS, SNP effects were estimated using the weighted single-step GBLUP and the BayesC methods. The genes identified within the top-10 ranking windows that explained the highest proportion of variance were used for further functional analyses. For the genomic prediction study, the GEBVs were predicted using three distinguish response variables: EBV of the original traits, EBV of the PCs, and EBV of a selection index used by some Nellore cattle commercial breeding programs. The geno... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Danísio Prado Munari / Coorientador: Tatiane Cristina Seleguim Chud / Banca: Lenira El Faro Zadra / Banca: Henrique Nunes de Oliveira / Resumo: A seleção tradicional para características quantitativas de importância econômica é realizada geralmente com base nos valores genéticos preditos a partir de registros fenotípicos de um indivíduo e de seus parentes. Com a disponibilidade da informação genômica, a predição do valor genético para características complexas tem sido amplamente aperfeiçoada. A utilização da predição genômica poderá levar a um ganho genético mais rápido do que o alcançado com métodos tradicionais de seleção, com base apenas em dados de pedigree e fenotípicos. O objetivo deste trabalho foi avaliar a influência da inclusão da informação genômica nas estimativas dos parâmetros genéticos e tendências genéticas para ganho de peso diário do nascimento aos 120 dias de idade (GP1), dos 120 aos 210 dias de idade (GP2), dos 210 aos 365 dias de idade (GP3), dos 365 aos 450 dias de idade (GP4), área de olho de lombo (AOL), espessura de gordura subcutânea (EGS) e espessura de gordura subcutânea na garupa (EGP8) em bovinos da raça Nelore. Além disso, avaliou-se a associação genética entre as características estudadas e, por meio das análises de agrupamento não-hierárquicas, verificou-se quais os grupos de animais mais indicados para atender aos objetivos de seleção, visando contribuir para o processo de seleção do programa de melhoramento da raça Nelore. As estimativas de parâmetros genéticos foram obtidas com base em registros de pedigree de 192.483 animais, nascidos entre 1934 e 2016, registros fenotípicos de 8... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Traditional selection for economically important quantitative traits is generally performed on the basis of breeding values predicted from phenotypic records of an individual and their relatives. With the availability of genomic information, the prediction of breeding values for complex traits has been vastly improved. The use of genomic prediction may lead to a faster genetic gain compared to that achieved by traditional pedigree-based selection methods. The aim of this study was to evaluate the influence of the inclusion of genomic information on the genetic parameters estimates and the genetic trends for daily weight gain from birth to 120 days of age (GP1), from 120 to 210 days of age (GP2), from 210 to 365 days of age (GP3), from 365 to 450 days of age (GP4), ribeye area (AOL), subcutaneous backfat thickness (EGS) and rump fat (EGP8) in Nelore cattle. Further, the genetic associations between the studied traits were evaluated and, by using non-hierarchical clustering analyses it was verified which groups of animals were most suitable for meeting the selection objectives, in order to contribute to the selection process of the breeding program of the Nelore breed. The genetic parameters estimates were obtained based on the pedigree records of 192,483 animals born between 1934 and 2016, phenotypic records of 80,114 animals and genotypes of 8,652 animals, which were provided by the "Associação Nacional de Criadores e Pesquisadores" (ANCP). The (co) variance components were o... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Lucia Galvão de Albuquerque / Banca: Mário Luiz Santana Júnior / Banca: Fernando Sebastian Baldi Rey / Banca: Ana Fabrícia Braga Magalhães / Banca: Roberto Carvalheiro / Abstract: Genotype-environment (GxE) interactions could be an important source of variation in reproductive traits with a striking effect on the onset of animal puberty. Thus, the objectives of the present study were: i) to assess the GxE interaction in Nellore sexual precocity indicator traits under different environmental conditions (EC) and ii) to identify, genomic regions and biological pathways associated to Nellore sexual precocity indicator traits and to investigate whether their effects changes according to EC levels. Phenotypic records for age at first calving (AFC), heifer early pregnancy (HP), heifer rebreeding (HR) and scrotal circumference (SC) were collected on 128,994; 85,339; 90,831 and 151,053 animals, respectively. From those, 1800 heifers, 3050 young bulls, and 800 sires were genotyped with BovineHD BeadChip. A reaction norm model was used to estimate the animal's response to environmental conditions changes. To assess the predictive ability the younger scheme and environment-specific scheme were used. For genome-wide scan, the SNP effects for reproductive traits were estimated in three EC levels: Low (EC = -3.0), Medium (EC = 0.0) and High (EC = 3.0) using a linear transformation of the genomic breeding values. The pleiotropic regions associated to reproductive traits (AFC, SC, HP and HR) in three EC levels, were identified using the statistical combination of the single-trait GWAS results and considered significant when -log10(p-valor)>6.0. The inclusion of genomic... (Complete abstract click electronic access below) / Resumo: A interação genótipo-ambiente (GxE) pode ser uma importante fonte de variação em características reprodutivas com um efeito notável no início da puberdade animal. Desta forma, os objetivos do presente estudo foram: i) Avaliar a interação GxE em características indicadores de precocidade sexual em animais da raça Nelore em diferentes condições ambientais (EC) e ii) identificar regiões genômicas e vias biológicas associadas a características indicadores de precocidade sexual e verificar se seus efeitos mudam de acordo com os níveis de EC. Informações fenotípicas para idade ao primeiro parto (AFC), ocorrência de prenhez precoce (HP), reconcepção de novilhas (HR) e perímetro escrotal (SC), foram coletados em 128.994, 85.339, 90.831 e 151.053 animais, respectivamente. Destes, 1800 novilhas, 3050 touros jovens e 800 touros foram genotipados com BovineHD BeadChip. Um modelo de norma de reação foi usado para estimar a resposta do animal às mudanças nas condições ambientais. Para avaliar a capacidade preditiva, foram utilizados os esquemas de validação em animais jovens e em ambiente específico. Para varredura genômica ampla os efeitos dos marcadores SNP para as características reprodutivas foram estimados em três níveis de EC Baixo (EC = -3.0), Médio (EC = 0.0) e Alto (EC = 3.0) usando uma transformação linear dos valores genômicos genéticos. As regiões pleiotrópicas associadas com características reprodutivas (AFC, SC, HP e HR) em três EC foram identificadas utilizando a combinação ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Doutor

Orientador: Josineudson Augusto II de Vasconcelos Silva / Coorientador: Fábio Morato Monteiro / Banca: Lenira El Faro Zadra / banca: André Michel de Castilhos / Resumo: O maior custo da produção de bovinos de corte é a alimentação, para isto tem se estudado melhorar a eficiência alimentar com maior ênfase na característica consumo alimentar residual (CAR), mas se faz necessário conhecer a relação desta com a fertilidade dos touros utilizados em programas de melhoramento genético. O objetivo do presente estudo foi avaliar touros jovens da raça Nelore, classificados em baixo e alto CAR e seus parâmetros reprodutivos. Foram utilizados 946 touros do programa de melhoramento Nelore Qualitas, participantes dos testes de eficiência alimentar nos anos de 2010 a 2017. As imagens termográficas e ultrassonográficas dos testículos foram realizadas em 114 animais ao final do teste do ano de 2017, e as avalições andrológicas foram realizadas em 54 animais dos testes de 2011 a 2015, na Central de reprodução Alta Genetics e 29 animais do teste de 2016 e 2017, na Central Bela Vista. A divisão dos animais em baixo e alto CAR, foi dentro de ano de prova e considerando os participantes que tinham valores acima da média do CAR mais (baixo) ou menos (alto) meio desvio padrão. O peso final (PESOF), peso metabólico (PMET) e ganho médio diário (GMD) não apresentaram diferença quando comparados nos grupos divergentes de CAR (GCAR). A temperatura da parte superior (TEMP_SUP) dos testículos apresentou diferença entre os GCAR e, a temperatura inferior (TEMP_INF) dos testículos, bem como o gradiente de temperatura do escroto (GTE) não apresentaram diferença. Nas imagens ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / The highest cost of beef cattle producing is the feed, for this has been studied to improve feed efficiency with a greater emphasis on the characteristic residual feed intake (RFI), but it is necessary to know the relationship of this with the fertility of the bulls used in programs genetic improvement. The objective of the present study was to evaluate efficient and non-efficient Nelore bulls and their reproductive parameters. A total 946 bulls were used from the Nelore Qualitas breeding program, participants in feed efficiency tests from 2010 to 2017. Thermographic and ultrasonographic images of the testicles were performed in 114 animals at the end of 2017 test, and andrological evaluations were performed in 54 animals from the tests of 2011 to 2015, in the Center of reproduction Alta Genetics, and 29 animals of the test of 2016 and 2017, in Central Bela Vista. The division of the animals into low and high RFI, was within the year of test and considering the participants who had values above the average of the RFI more (low) or less (high) half standard deviation. The final body weight (FBW), metabolic body weight (MBW) and average daily gain (ADG) didn't present statistical difference when compared in the divergent groups of RFI (GRFI). The upper temperature (TEMP_UP) of the testicles showed a significant difference between the GRFI and, the bottom temperature (TEMP_BO) of the testicles, as well as the temperature gradient of the scrotum (TGE) didn't present statistical difference. In the ultrasound images the pixel intensity (PI) and the andrological evaluations using motility (MOT), vigor (VIG), concentration (CONC), major defects (MAD), minor defects (MID) total defects (TOD), didn't present significance between the GRFI. The TEMP_UP and TEMP_BO had significant correlations wi... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre