A cultura do citros é produzida mundialmente, sendo consumidos in natura ou na forma de produtos industrializados. Os frutos cítricos são hospedeiros de muitos patógenos. A pinta preta é uma doença que afeta a citricultura, e tem como agente causal Guignardia citricarpa Kiely. A pinta preta dos citros é controlada mais comumente com defensivos sintéticos, mas esta prática tem acarretado em consequências indesejáveis, tais como, aumento do custo de produção, contaminação do meio ambiente, envenenamento de produtores e consumidores. Em vista disso, faz-se necessário a procura por novos defensivos agrícolas alternativos de baixo impacto ambiental. Desde muito tempo, diversos estudos têm mostrado a ação antagônica de inúmeras linhagens dos fungos do gênero Trichoderma sobre outros fungos. Embora existam estudos sobre o controle de Guignardia citricarpa kiely com espécies de Trichoderma, é sabido que a variabilidade genética entre linhagens do antagonista e do patógeno apresentam uma consequência diferencial na eficiência do controle. Este trabalho teve por objetivo avaliar a capacidade antagonista de quatro linhagens de Trichoderma spp sobre Guignardia citricarpa, buscando identificar os isolados que possam ser aplicadas nos cultivos de citros no Rio Grande do Sul, com incidência da pinta preta. Para tal estudo foram feitos teste de antagonismo e teste de compostos voláteis com as linhagens T1A, T4, T17 e T8 de Tricodema spp. Avaliação da atividade enzimática quitinolítica com as linhagens T1A e T17 e avaliação da sobrevivência dos conídeos dos isolados T1A e T17 de Trichoderma spp. na parte aérea das mudas de laranjeira da variedade valência. Os isolados T8, T4, T1A e T17 de Trichoderma spp. em cultura dupla apresentam maior velocidade de crescimento que o isolado A49/11 de Guignardia citricarpa, estas mesmas linhagens em cultura dupla desenvolveram micoparasitismo sobre o isolado A49/11 de Guignardia citricarpa. Os isolados T8, T4, T1A e T17 de Trichoderma spp. foram capazes de inibir o crescimento micelial do isolado A49/11 de Guignardia citricarpa por emissão de metabólitos voláteis. Os isolados T1A e T17 de Trichoderma spp. liberaram quitinases ativas na presença de micélio desativado de G. citricarpa e Trichoderma spp. A população de Trichoderma spp. aspergida na parte aérea das plantas reduz acentuadamente no período de trinta dias, porém ainda mantém uma concentração que possivelmente pode agir como agente de controle biológico. Sendo assim as linhagens de Trichoderma utilizadas neste trabalho podem ser uma alternativa aos defensivos sintéticos para o controle da pinta preta dos citros. / The culture of citrus is produced worldwide, being consumed in natura or as industrialized products. The citric fruits, such as the orange trees, host many pathogens. The black spot is one disease that affects the citrus culture and has as its usual cause agent Guignardia citricarpa Kiely. The black spot of citrus is more commonly controlled with synthetic pesticides, but this measure has caused undesirable consequences such as the increase of production costs, environment contamination, producers and consumer poisoning. Due to this fact, it is necessary the search for new alternatives of agricultural pesticides of low environmental impact. Since long time ago, several studies have shown the opposite action of several lineages of fungi of genre Trichoderma over other fungi. Although there are studies about the control of Guignardia citricarpa kiely with species of Trichoderma, it is known that the genetic variability of the antagonist and the pathogens show a significant consequence in the efficiency control. This paper has as its objective to evaluate the antagonist capacity of four lineages of Trichoderma spp in controlling Guignardia citricarpa, looking for the identification of isolated ones that could be applied in the citrus cropping in Rio Grande do Sul, with incidence of the black spot. For this study, antagonism tests and volatile compounds tests were carried out with lineages T1A, T4, T17 and T8 of Tricodema spp. Evaluation of enzyme chitinolytic with lineages T1A and T17and evaluation survival of conidium of isolated T1A and T17 de Trichoderma spp in the top part of seedling of orange trees of the Valencia type. The isolated T8, T4, T1A and T17 of Trichoderma spp. in coupled culture show faster speed growing than the isolated A49/11 of Guignardia citricarpa, the same lineages of coupled culture have developed mycoparasitism over the isolated A49/11 of Guignardia citricarpa. The isolated T8, T4, T1A and T17 of Trichoderma spp were capable of inhibiting the mycelia growing of isolated A49/11 of Guignardia citricarpa by emission of volatile metabolites. The isolated T1A and T17 of Trichoderma spp released active chitinases in the presence of non active mycelium of G. citricarpa and Trichoderma spp. The population of Trichoderma spp. sprayed in the top parts of plants sharply reduces in the period of thirty day, however it still maintains a concentration that can possibly acts as a biologic control agent. As a consequence the lineages of Trichoderma spp. used in this paper can be an alternative to synthetic pesticides to control the citrus black spot.

Orientadores: Wanderley Dias da Silveira, Marcelo Palma Sircili / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-17T16:00:37Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Maturana_VictorGoncalves_M.pdf: 5059455 bytes, checksum: b3305e2d1e0d658292aa1e194e68fb8f (MD5) Previous issue date: 2010 / Resumo: Escherichia coli patogênica para aves (APEC) causa diferentes tipos de infecções sistêmicas extraintestinais nestes hospedeiros, coletivamente denominadas colibaciloses, causando grandes prejuízos econômicos à indústria aviária. Essas doenças incluem, dentre outras, septicemia, onfalite, celulite e síndrome da cabeça inchada. Entretanto, não há até o momento wna descrição de genes ou características que permitam classificar as linhagens aviárias em patótipos responsáveis por causar doenças específicas em seus hospedeiros, a semelhança do que ocorre para linhagens de E. co/i patogênicas para seres humanos. O objetivo deste estudo foi caracterizar linhagens de Escherichia coli de origem aviána representantes de 4 grupos, sendo um grupo de linhagens comensais (AFEC - stgla em inglês para "Avian Fecal Escherichia co/i") e três grupos de linhagens patogêmcas, causadoras de três sindromes diferentes em seus hospedeiros (septicemia, síndrome da cabeça inchada e onfalite). Para o trabalho, as características biológicas estudadas foram: adesão em células eucarióticas, formação de biofilme, produção de molécula sinalizadora de quorum sensing, presença de genes de ilhas de patogenicidade, dose de letalidade (LD50), grupo filogenético e presença de genes de virulência. A comparação entre as diferentes linhagens com base nestes traços genotípicos e fenotípicos, por meio de diferentes ferramentas de estatística multivariada além de redes complexas, permitiu inferir a estrutura populacional do grupo estudado. Os resultados indicam que APEC não constitui um grupo homogêneo, mas um conjunto estruturado de diferentes subgrupos, cada um associado a uma síndrome infecciosa específica causada no hospedeiro, possivelmente definindo diferentes patótipos ou subpatótipos dentro de linhagens APEC. Assim, sugerimos a existência de um subpatótipo associado à onfalite, com características de letal idade semelhantes as de linhagens AFEC, mas com um padrão de adesão diferente, que pode ser atribuído a uma especialização do grupo relacionada a colonização de um nicho particular, o saco da gema do ovo. E um subpatótipo associado à síndrome da cabeça inchada, igualmente adaptado à patogenicidade, mas com características mais "agressivas" evidenciadas pelos altos índices de letalidade, grande número de genes de virulência e altos índices de adesão. Linhagens associadas à septicemia, contudo, não constituem um grupo coeso, sugerindo tratar-se de uma miscelânea de linhagens que podem pertencer a diferentes subpatótipos e que em última instância geram a síndrome sistêmica (septicemia), devido à evolução do quadro clínico e/ou às condições imunológicas do hospedeiro. Este trabalho é pioneiro em demonstrar a existência de subpatótipos dentro de linhagens APEC, relacionando diferentes síndromes infecciosas com grupos específicos de linhagens as quais possuem características fenotípicas e genotípicas particulares. Tais resultados abrem novas possibilidades no estudo de genes responsáveis pelos diferentes processos de patogênese em APEC, bem como no desenvolvimento de vacinas. Talvez seja importante considerar estes subgrupos no desenvolvimento de vacinas, com o intuito de produzir vacinas com proteção cruzada, o que ainda não foi atingido com sucesso para linhagens APEC. / Abstract: Avian Pathogenic Escherichia coli (APEC) cause different types of systemic extraintestinal infections in poultry, which are collectively termed colibacillosis, imposing significant economic casses for the avian industry Among these diseases are septicaemia, omphalitis, cellulites and swollen head syndrome. However, to the date, there is no description of genes or characteristics which allow us to classify avian strains in pathotypes responsible for causing specific diseases in their hosts, as there are for human pathogenic E. co/i strains. In this study we aimed to characterize avian pathogenic E. co/i strains representing 4 groups, one of commensal strains (AFEC - Avian Fecal Escherichia co/i) and 3 groups of pathogenic strains responsible for causing 3 different syndromes in their hosts (septicaemia, omphalitis and swollen head syndrome). The biological characteristics studied were: adhesion to eukaryotic cells, biofilm formation, capacity of synthesizing quorum sensing s1gnaling molecule, presence of pathogenicity island, pathogenicity levels according to lethal dose (50%) assay, phylogenetic group and presence of virulence genes. The comparison between strains based on these genotypic and phenotypic traits, by different multivariate statistics tools and complex network, allowed us to infer. the population structure of the studied group. The results indicate that APEC do not constitute a unique homogeneous group, but a structured set of different subgroups, each one associated to a specific infectious syndrome inflicted to the host, possibly defining pathotypes or subpathotypes within APEC strains. Thus, we suggest the existence of a subpathotype associated to omphalitis, with lethality characteristics similar to AFEC strains, but with a different adhesion pattem, which may be due to a specialization related to the colonization of a particular niche, the egg's yolk sac. Anda subpathotype associated to the swollen head syndrome, equally adapted to pathogenicity, but with more "aggressive" characteristics demonstrated by the high lethality and adhesion levels. Septicaemic strains, however, do not constitute a cohesive group, which suggests a constellation of strains associated to different subpathotypes and capable of, eventually, cause a systemic syndrome (sepsis), due to the clinical evolution of the illness ami/or host immunological conditions. This work is pioneer in demonstrating the existence of subpathotypes within APEC strains, relating different infectious syndromes to specific groups of strains possessing particular genotypic and phenotypic characteristics. These results offer new possibilities in studying the genes responsible for different pathogenesis processes within APEC and for the vaccine developing. It may be important to consider these subgroups in the process of vaccine developing, in the efforts for obtain cross protection, which had not yet being accomplished successfully concerning APEC strains. / Mestrado / Genetica de Microorganismos / Mestre em Genética e Biologia Molecular

Motivado pela crescente importância que os animais domésticos vêem causando na sociedade humana, tanto em relação à busca de melhor qualidade de vida, quanto em relação ao seu valor epidemiológico, visto que são poucos os estudos sobre este assunto, este trabalho objetivou-se em identificar e traçar o perfil de sensibilidade frente aos antífúngicos das espécies de leveduras potencialmente patogênicas isoladas da mucosa oral de cães sem raça definida, da cidade de Campinas, São Paulo. Por motivos de segurança, os animais selecionados foram anestesiados para a realização de exame clínico da cavidade oral e coleta de amostras da região de mucosa oral, seguida de inoculação em ágar Sabouraund dextrose com cloranfenicol. A partir do crescimento em placa, foram isoladas as colônias de fungos leveduriformes, submetidas a exames macromorfológicos e micromorfológicos, meio cromogênico, provas bioquímicas (urease e método API 20C AUX) e teste de sensibilidade aos antifúngicos. Dos 50 animais participantes do estudo, os cães com idade superior a 4 anos e os que apresentavam doença periodontal tiveram maior percentual de isolamento. Foram identificadas 43 leveduras das 45 amostras isoladas, sendo elas 86% (37) correspondentes ao gênero Candida spp, 11,6% (5) pertencentes ao gênero Trichosporon spp e 2,3% (1) do gênero Malassezia pachydermatis. O perfil de sensibilidade pelo método \"Etest\" identificou importante resistência de algumas amostras à antifúngicos rotineiramente utilizados na clínica médica veterinária, o que ressalta a importância da continuidade deste trabalho para o melhoramento da conduta clínica e para a explicação dos inúmeros tratamentos recidivos tanto em animais como em humanos. / Regarding the increasing impact that that the pets have been causing to the human society as its relation to the search for a better quality of life, and its relation with the epidemiological value, this study aimed to identify and draw the profile of the susceptibility to the antifungal drugs of the potentially pathogenic species of yeasts isolated from the oral canine mucosa of animals from indefinite breed of the city of Campinas, São Paulo. For their safety, the selected animals were anesthetized to have a short clinic exam of the oral cavity performed and to have samples from the oral mucosa collected. Later an inoculation in Sabouraud Dextrose Agar with chloramphenicol was performed. After the growth on a dish, colonies of fungi with yeast shape were isolated and submitted to macro morphological and micro morphological exams, chromogenous medium, biochemical proofs (urease and API 20C AUX method), and the test of the susceptibility to the antifungal drugs. Among the 50 animals taken part in the study, the dogs over 4 years old and those which presented periodontal diseases had a higher isolation percentage. Yeasts were identified 43 of the 45 isolates, being that 86%(37) were from the genus Candida spp, 11,6% (5) belonged to the genus Trichosporon spp., and 2,3% (1) belonged to the genus Malasseziapachydermatis.The susceptibility profile through the \"Etest®\" method identified a relevant resistance of some strains to the antifungal drugs commonly used in the veterinary medical clinic. This found highlights the relevance of the continuity of this study to improve the clinical conduct and to explain many relapse treatments in both animals and humans.

A antracnose, doença causada por fungos do gênero Colletotrichum, é uma das doenças mais importantes em muitas plantas cultivadas. Nas cucurbitáceas, como pepino, chuchu, melão e melancia, a antracnose é muito freqüente e causa prejuízos bastante elevados. O agente causal é o Colletotrichum lagenarium, que apresenta como sinonímias C. orbiculare e C. gloeosporioides f. sp. cucurbitae. O presente trabalho visa caracterizar cultural, morfológica e patogenicamente, e identificar molecularmente, os isolados de C. lagenarium, obtidos de plantas da família Cucurbitaceae. Os isolados foram obtidos através de isolamento de tecidos de plantas que apresentavam sintomas de antracnose. A caracterização cultural envolveu a avaliação do crescimento micelial, esporulação, coloração da colônia, topografia da colônia, formação de setores, presença e coloração de massa conidial. A caracterização morfológica compreendeu a avaliação das formas e dimensões dos conídios e apressórios. A caracterização patogênica envolveu a avaliação da virulência de todos os isolados em inoculações cruzadas com pepino, melão, melancia, abóbora e chuchu, além da avaliação do período de incubação, do período latente e do índice de crescimento da lesão. A identificação molecular compreendeu a análise de PCR, utilizando “primer” específico para C. lagenarium, para auxílio na identificação da espécie. Quanto à caracterização cultural, os isolados apresentaram uma variabilidade muito grande quanto à cor e topografia da colônia e formação de setores, contudo, quando analisada a coloração de massa micelial, nos isolados em que esta se fez presente, a coloração não apresentou grandes variações. Apesar da grande variação encontrada nos índices de crescimento micelial diário entre os isolados, não existiu grande variação para cada isolado quando se alterou o meio de cultivo. A esporulação não apresentou correlação com o crescimento micelial, e não constituiu um bom parâmetro para caracterização, devido à variação que apresentou tanto entre os isolados, quanto entre os meios de cultivo. Os conídios apresentaram formatos cilíndrico, clavado e levemente curvo, com dimensões variando de 2,25 a 6,38µm de largura e 5,34 a 15,73µm de comprimento. Os apressórios apresentaram os formatos globoso, clavado e lobado, com dimensões variando de 5,54 a 8,68µm de largura e 6,71 a 10,75µm de comprimento. Dos 25 isolados testados nas inoculações cruzadas, apenas 14 se apresentaram virulentos aos hospedeiros testados. Não foi encontrada correspondência entre a virulência do isolado e o hospedeiro, o local de coleta, suas características culturais ou morfológicas. Cada isolado apresentou um comportamento diferente perante os demais, quando se considerou a gama de hospedeiros a ele suscetíveis, e ao seu comportamento quanto aos períodos latente e de incubação, e ao índice de crescimento de lesão. O período de incubação variou de dois a sete dias, e período latente variou de três a nove dias. O índice de crescimento de lesão variou de 0,5 a 4,9mm/dia. Não foi observada correlação entre o período latente, o período de incubação e o índice de crescimento de lesão. Através da identificação molecular, cinco isolados puderam ser identificados pelo “primer” específico utilizado, contudo não foi encontrada correspondência entre a identificação molecular e as caracterizações cultural, morfológica e patogênica. / Anthracnose is one of the most important diseases of cucurbitaceous plants, causing severe damages to cucumber, chayote, melon, watermelon and pumpkin. The causal agent is Colletotrichum lagenarium (syn. C. orbiculare, C. gloeosporioides f. sp. cucurbitae). The objective of this work was to determine cultural, morphological and pathogenic characterization, and molecular identification of C. lagenarium, isolated from plants of the Cucurbitaceae family. The isolates used in this study were obtained through isolation from plants presenting symptoms of Anthracnose. The cultural characterization involved the evaluation of mycelial growth, sporulation, colony colour, colony topography, sectors formation, presence and colour of conidial mass. The shape and size of the conidia and apressoria were assessed to the morphological characterization. The pathogenic characterization involved the evaluation of the virulence of all isolates on cross inoculations with cucumber, melon, watermelon, pumpkin and chayote, evaluation of the incubation period, the latent period and the lesion growth. For the molecular identification PCR analysis was used, with specific “primer” for C. lagenarium, to assist the identification of the species. Colonies of all isolates presented great variability in color, topography, and sectors formation; however the color of the mycelial mass did not present great variations. Despite the great variation found in the daily micelial growth indices among the isolates, great variation for each one did not exist when the culture medium was changed. The sporulation did not present correlation with the micelial growth, showing a high variation among the isolates and the culture media. This later parameter was not useful for characterization. The conidia of the isolates were classified in the shapes cylindrical, clavate and slightly curved, with average dimensions varying from 2.25 to 6.38µm in width, and from 5.34 to 15.73µm in length. The apressoria had the shapes globose, clavate and lobed, with average dimensions varying from 5.54 to 8.68µm in width, and 6.71 to 10,75µm in length. From the 25 isolates tested in the cross inoculations, only 14 were virulent to the tested host plants. Correspondence was not found between the virulence of the isolates and de host plants origin, the local origin, and the cultural and morphological characteristics. Analyzing the variability of susceptible host plants, the inoculation and latent periods, and the lesion growth, each isolate showed a different behavior compared to the others. The incubation period varied from two to seven days, and the latent period varied from three to nine days. The lesion growth varied from 0,5 to 4,9mm/day. It was not observed correlation between the latent and incubation periods, as well as in lesion growth. Five isolates were identified to the pair of primers used, although correspondence was not found among the molecular identification and the cultural, morphological and pathogenic characterization.

A antracnose é uma das principais doenças que afetam a goiaba no Estado de São Paulo. Tanto Colletotrichum gloeosporioides quanto Colletotrichum acutatum, são relatados como sendo os agentes causais da doença. Os objetivos do trabalho foram caracterizar e identificar 54 isolados de Colletotrichum oriundos de lesões de goiaba, baseados nos aspectos culturais, morfológicos, moleculares e enzimáticos, além da caracterização patogênica de isolados representativos de cada espécie de Colletotrichum identificadas. A caracterização cultural foi avaliada mediante a mensuração do crescimento micelial dos isolados a 25 ºC, além dos aspectos culturais, como a coloração e a topografia das colônias. Na caracterização morfológica foram mensurados comprimento e largura de conídios, bem como avaliados os seus formatos. Oligonucleotídeos específicos foram utilizados na caracterização molecular, visando identificar as espécies dos isolados de Colletotrichum. A caracterização enzimática envolveu a mensuração, in vitro, do halo de degradação dos substratos da amilase, proteinase, celulase, pectinase e lipase. Por fim, alguns isolados representativos e identificados foram utilizados na caracterização patogênica, sendo avaliados os períodos de latência e incubação, a área lesionadas dos frutos e a esporulação. Baseados na coloração das colônias, os isolados foram reunidos em 9 grupos diferentes. Os mesmos puderam se reunidos em dois grupos distintos de acordo com a taxa do crescimento micelial. Os conídios apresentaram os formatos: (i) reto, fusiforme, com ápices afilados, (ii) reto, oblongo, com ápices arredondados, (iii) reto, clavado, afilado em uma extremidade e (iv) reto, com constrição. As dimensões variaram de 11,4 a 16,8 µm de comprimento por 2,6 a 4,9 µm de largura. O uso de oligonucleotídeos específicos permitiu identificar C. acutatum e C. gloeosporioides entre os isolados avaliados. Grande parte dos isolados, 94%, foram identificados como pertencendo à espécie C. gloeosporioides, enquanto que apenas 4% foram identificados como C. acutatum. Em relação à caracterização enzimática, apenas a atividade celulolítica proporcionou diferenças significativas entre C. gloeosporioides e C. acutatum. A patogenicidade dos isolados avaliados mostrou alta variabilidade na severidade da doença nos frutos, contudo não foi possível evidenciar diferenças significativas que distinguissem C. acutatum de C. gloeosporioides. Os períodos de incubação e latência foram menores para os isolados de C. acutatum em relação aos isolados de C. gloeosporioides. C. acutatum produziu quantidade superior de esporos nos frutos inoculados quando comparados a C. gloeosporioides. Observou-se, ainda, correlação positiva entre a área do halo de degradação de pectina, lipídio e amido e a área lesionada dos frutos afetados pelos isolados avaliados. / Anthracnose is one of the major diseases affecting guava in the State of São Paulo. Both Colletotrichum gloeosporioides and Colletotrichum acutatum are reported as the causal agents of the disease. The objectives of this work were to characterize and to identify 54 Colletotrichum isolates from guava, based on cultural, morphological, molecular, enzymatic, and pathogenic aspects. Cultural characterization was achieved by measuring the mycelial growth at 25 ° C, as well as reporting cultural aspects, such as color and topography of the colonies. In the morphological characterization it was measured length and width of conidia, and rated their shapes. CaInt2 and CgInt specific primers were used in the molecular identification of the Colletotrichum isolates. The enzymatic characterization was performed by measuring, in vitro degradation of starch, protein, cellulose, pectin and lipid. Finally some representative and identified isolates were used in the pathogenic characterization, evaluated by latency and incubation periods, diseased area and sporulation. Based on the color of the colonies, the isolates were grouped in 9 different groups. These same isolates showed two distinct growth paterns according to the mycelial growth rates. Conidia showed shapes: (i) straight, fusiform, with acute ends, (ii) straight, oblong, with round ends, (iii) straight, clavate, tapered at one end and (iv) straight, with a constriction in the middle. Conidia size ranged from 11.4 to 16.8 µm in length by 2.6 to 4.9 µm in width. The use of specific primers identified C. acutatum and C. gloeosporioides among the isolates. Most of the isolates (94%) were identified as C. gloeosporioides, while only (6%) were identified as C. acutatum. In the enzymatic characterization, only cellulolytic activity revealed significant differences between C. gloeosporioides and C. acutatum. Pathogenicity of the isolates was highly variable, but could not help to distinguish between C. acutatum and C. gloeosporioides. The incubation and latency periods were shorter for C. acutatum in relation to C. gloeosporioides. C. acutatum produced higher amounts of spores on inoculated fruits compared to C. gloeosporioides. There was also a positive correlation between in vitro degradation of pectin, lipid and starch, and the diseased area for tested isolates.

A hanseníase é um importante problema de saúde pública nas cidades de Cuiabá e Várzea Grande. O coeficiente de detecção para as duas cidades, em 2010, era de 6,97 casos por 10.000 habitantes, o que caracteriza a forte presença endêmica da doença nesta área. A hipótese é de que os casos de hanseníase estariam agrupados, formando focos de contato e disseminação relacionados ao ambiente geográfico e fatores sociais e econômicos. Com isso, se objetiva analisar a distribuição espacial e os aspectos epidemiológicos da doença sob a perspectiva da Geografia. Trata-se de um estudo ecológico, tanto do ponto de vista da metodologia proposta por Maximilien Sorre quanto pelo seu delineamento epidemiológico, utilizando técnicas baseadas em Análise Espacial de Dados Geográficos e Análise Multivariada de Dados. Foram georreferenciados os casos de hanseníase registrados em Cuiabá e Várzea Grande entre os anos de 1999 a 2010, e posteriormente submetidos a testes estatísticos de dependência espacial entre casos, de existência de focos espaciais e de áreas de risco, e da possível influência de fatores sócio-econômicos e ambientais na presença ou ausência deste risco. Os resultados indicam a formação de focos endêmicos durante o período do estudo, cuja distribuição está condicionada a fatores sócio-econômicos e às formas de uso-ocupação da terra no ambiente urbano, mas esses fatores têm graus de influência diferentes dependendo da escala de análise. Na escala do bairro, o risco relativo esteve relacionado com a existência de domicílios com muitos moradores em áreas com média a alta densidade de casas, baixos percentuais de cobertura de saneamento básico e baixa renda. Nesta escala, o saneamento básico é o principal fator com maior poder de explicação entre as variáveis estudadas, e já na escala do setor censitário, não é um fator com grande poder explicativo e sem significância estatística, tendo na alfabetização e uso da terra os principais fatores explicativos. / The Hansens disease is an important public health problem in the cities of Cuiabá and Várzea Grande. The detection rate for the two cities in 2010 was 6.97 cases per 10,000 inhabitants, which characterizes the strong presence of endemic disease in this area. The hypothesis is that Hansens disease cases were grouped together, forming foci of contact and dissemination related to the geographical environment and social and economic factors. Therefore, the objective of this study is to analyze the spatial distribution and epidemiological aspects of the disease from the perspective of the Geography. It is an ecological study, both from the standpoint of the methodology proposed by Maximilien Sorre as for its epidemiological design. The techniques used are based on Spatial Data Analysis and Multivariate Data Analysis. The Hansens disease cases registered in Cuiabá and Várzea Grande from 1999 to 2010 were geocoded, then submitted to statistical tests for spatial dependence among cases, existence of spatial foci and risk areas, and the possible influence of socio-economic and environmental factors in the presence or absence this risk. The results indicate the formation of endemic foci during the period of study, and the distribution is conditioned by socio-economic factors and forms of land-use in the urban area, however these factors have different grades of influence depending on the scale of analysis. In neighborhood scale relative risk was related to the existence of houses with many residents in areas with medium to high density of houses, low coverage of basic sanitary services and low income. In this scale, basic sanitary services is a major factor with the greatest explanatory potential between the studied variables, however in the census tract scale, it is not a factor with great explanatory potential and it is not statistically significant, being the literacy and land use, the principal factors of explanation.

Os objetivos desta pesquisa foram observar a incidência de E. coli enterotoxigênica (ETEC), E. coli enteropatogênica clásssica (EPEC) e E. coli invasora (EIEC) em alimentos e estudar algumas de suas propriedades. Foram estudadas 360 amostras de alimentos, de origem animal e vegetal, das quais foram isoladas 1351 cepas diferentes de E.coli. Todas foram sorotipadas para investigação daquelas pertencentes aos sorogrupos enteropatogênicos clássicos, e as cepas imóveis e lisinadescarboxilase negativas sorotipadas para identificação daquelas pertencentes aos sorogrupos invasores. A capacidade de produção das enterotoxinas LT e ST de todas as cepas de E. coli foi também investigada. As amostras patogênicas isoladas corresponderam a 1,6 do total de cepas de E.coli estudado. Os alimentos de onde foram isolados representaram 4,2% do total de amostras de alimentos estudados e 5,2% das amostras de alimentos contendo E. coli. Não foram isoladas amostras de EIEC nas amostras de alimentos estudadas. As amostras de EPEC isoladas pertenceram aos sorogrupos 026 e 0125. Entre as amostras de ETEC isoladas predominaram aquelas produtoras somente da toxina LT, não tendo sido isoladas amostras capazes de produzir as toxinas LT e ST simultaneamente. Nenhuma das amostras de ETEC pertenceu aos sorogrupos enterotoxigênicos mais frequentes, nem possuiu os fatôres de colonização CFA/I e CFA/II. No teste de resistência a drogas, a maioria das amostras enteropatogênicas mostrou-se sensível às drogas utilizadas. O modelo de fermentação de açúcares foi relativamente uniforme entre estas amostras, e bastante semelhante ao apresentado pelo gênero Escherichia. / The objectives of this research work were to study the incidence of enterotoxigenic E. coli (ETEC), enteropathogenic. E.coli (EPEC) and invasive E. coli (EIEC) in foods, and to study some of their properties. 360 food samples, both of animal and plant origin, were studied and 1351 different E. coli strains were isolated. All of them were serotyped in order to identify those belonging to the serogroups enteropathogenic for children (EPEC). The strains which were non-motile and lysine descarboxylase negative were serotyped for the identification of those belonging to invasive serogroups. The capacity of all strains in producing enterotoxins ST and LT was also investigated. The isolated pathogenic strains corresponded to 1,6% of the E. coli strains tested. The foods from which they were isolated represented 4,2% of the total of food samples tested, and 5,2% of the food samples showing contamination with E. coli. No invasive strain was observed in the food samples tested. The isolated EPEC strains belonged to serogroups 026 and 0125. There was a prevalence of enterotoxin LT only producing strains among the ETEC ones, and no strain able to produce both enterotoxins LT and ST simultaneously was observed. None of them belonged to the usual enterotoxigenic serogroups, nor had colonization factors CFA/I and CFA/II. The antibiotic resistence test showed that the majority of pathogenic strains were sensitive to the drugs employed. The sugar fermentation model was relatively uniform among these strains, and very smilar to the one showed by the genus Escherichia.

Submitted by Renata Lopes (renatasil82@gmail.com) on 2017-10-09T20:37:27Z No. of bitstreams: 1 tamiryssilvabarino.pdf: 1193174 bytes, checksum: 4ad4ca2cfdc016bc7f65fda94a5fb98d (MD5) / Approved for entry into archive by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br) on 2017-10-10T12:20:20Z (GMT) No. of bitstreams: 1 tamiryssilvabarino.pdf: 1193174 bytes, checksum: 4ad4ca2cfdc016bc7f65fda94a5fb98d (MD5) / Made available in DSpace on 2017-10-10T12:20:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tamiryssilvabarino.pdf: 1193174 bytes, checksum: 4ad4ca2cfdc016bc7f65fda94a5fb98d (MD5) Previous issue date: 2017-02-13 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Microrganismos patogênicos são responsáveis pelo desenvolvimento de diversas infecções, e em ambientes hospitalares, levam muitos pacientes ao óbito. Modificar esse quadro é necessário, todavia as bactérias apresentam distintos mecanismos de resistência após mutações em seu DNA. Além disso, o uso indiscriminado de antibióticos gera continuamente a seleção natural e propagação de cepas mais resistentes fazendo com que os antibióticos percam sua eficácia com o passar dos anos. Diante desse panorama, a elaboração de um nanocarreador contendo peptídeos antimicrobianos (PAMs ou AMPs do inglês Antimicrobial Peptides) tornase uma interessante alternativa contra bactérias patogênicas. O objetivo deste trabalho foi sintetizar nanoesferas de alginato de sódio pelo método de Gelificação Ionotrópica para a entrega de AMPs Lrot3 às células bacterianas de Escherichia Coli 25922 e Staphylococcus epidermidis 12228. A atividade antimicrobiana dos peptídeos livres e nanoestruturados (128, 64, 32, 16, 8 e 4µg/mL), foi avaliada por meio da concentração mínima inibitória (MIC), e o potencial citotóxico investigado em células HEK 293 humanas utilizando o ensaio de MTT (Tetrazólio de azul de tiazolilo). Os dados foram avaliados por ANOVA e as médias comparada pelo teste de Tukey. Para a bactéria E. coli 25922, o peptídeo livre na concentração de 64 µg/mL destacou-se por ser a única concentração com atividade antimicrobiana significativa (P˂0,01), apresentando ação similar ao do cloranfenicol (128 µg/mL e 64 µg/mL). As nanopartículas contendo AMPs, por sua vez, mostraram-se eficazes em todas as concentrações (P˂0,01). Diferentemente se deu no S. epidermidis 12228, onde observou-se maior resistência da bactéria a todos tratamentos. Os resultados do MTT sugerem que as nanopartículas de alginato não apresentam citotoxicidade in vitro, motivando a continuidade deste estudo. Concluindo, os AMPs nanoestruturados tem potencial para serem utilizados no combate a infecções ocasionadas por E. coli. / Pathogenic microorganisms are responsible for the development of various infections, particularly in hospital environment, leading to death in many patients. It is therefore necessary to change this scenario, it is difficult, however, because the bacteria have very distinct resistance mechanisms after mutations in their DNA. Furthermore, the indiscriminate use of antibiotics continuously generates the selection and propagation of more resistant strains, causing loss of effectiveness of antibiotics over the years. In this case, the development of a nanocarrier containing Antimicrobial Peptides (AMPs) becomes an interesting alternative against pathogenic bacteria. This paper aims to synthesize the delivery of AMPs to bacterial cells of Escherichia coli 25922 and Staphylococcus epidermidis 12228 through the use of nanospheres of sodium alginate by ionotropic gelation method. Alginate stands out for being a polyanionic, biodegradable and biocompatible polymer, which show interaction with Lrot3 cationic AMP. The antimicrobial activity of free and nanostructured peptides (128, 64, 32, 16, 8 e 4 µg/mL) was evaluated by the minimum inhibitory concentration (MIC) and the cytotoxic potential investigated in human HEK 293 cells using the MTT Assay (Tetrazolium thiazolyl blue). The data were evaluated by ANOVA and the means compared by Tukey test. For Gramnegative E. coli 25922 bacteria, the free peptide at concentration of 64 µg/mL stood out for being the only concentration with significant antimicrobial activity (P˂0,01), showing similar action to the chloramphenicol, at concentrations of 128 µg/mL and 64 µg/mL, respectively. NPs, in turn, showed inhibitory activity at all concentrations (P˂0,01). Unlike occurred in S. epidermidis 12228, which was observed more bacterial resistance to all treatments. The MTT data suggest that alginate nanoparticles do not exhibit in vitro cytotoxicity, encouraging the continuation of this study. In conclusion, the nanostructured AMPs has the potential to be used to fight infections caused by E. coli.

Orientador: Marcelo Brocchi / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-23T01:54:39Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Gosse_JessicaThandara_M.pdf: 9918536 bytes, checksum: dc4c91a89de0bb62c2d5c3f1c2ea0b3c (MD5) Previous issue date: 2013 / Resumo: O resumo poderá ser visualizado no texto completo da tese digital quando for liberada / Abstract: The abstract is available with the full electronic document when available / Mestrado / Genetica de Microorganismos / Mestra em Genética e Biologia Molecular

Orientador: Wanderley Dias da Silveira / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-21T23:45:44Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Rojas_ThaisCabreraGalvao_D.pdf: 2609032 bytes, checksum: 23a0546c76c17eff8087d0160c69308d (MD5) Previous issue date: 2012 / Resumo: A bactéria Escherichia coli coloniza o trato intestinal de aves e humanos, de maneira comensal sem causar processos infecciosos. No entanto alguns clones adquiriram fatores de virulência específicos, permitindo o desenvolvimento de diferentes doenças como infecção do trato urinário, diarréia e meningite em humanos e colibacilose em aves. As linhagens que causam doença em aves são tipicamente denominadas APEC (Avian Pathogenic Escherichia coli). Neste trabalho foram sequenciados e anotados os genomas de quatro linhagens APECs (SCI-07, SEPT362, S17 e O8)que, juntamente com mais nove genomas referentes a linhagens de Escherichia coli patogênicas para aves e patogênicas para humanos foram utilizados para a busca de genes sob seleção positiva. Os genes homólogos foram agrupados,e posteriormente submetidos ao alinhamento de códons e das sequencias protéicas correspondentes. Uma árvore filogenética foi gerada para cada grupo de proteínas homólogas. Testes estatísticos determinaram qual entre os modelos de seleção neutra ou seleção positiva melhor explicou os dados existentes (alinhamentos de códons e árvores filogenéticas). Essas análises detectaram duzentas e cinquenta e quatro grupos de genes homólogos com evidência de seleção positiva. Para cada grupo foi realizado um teste de recombinação para verificar se o aumento na variação das sequencias não era devido à conversão gênica, resultando em cento e dezesseis grupos de genes homólogos sob seleção positiva. A proteína correspondente a um gene de cada grupo de genes homólogos foi identificada, por meio da ferramenta Blast. Diversos fatores de virulência, já conhecidos, e proteínas regulatórias puderem ser detectados. Os genes sob seleção positiva, também foram submetidos à anotação considerando o termo GO (Gene Ontology),apenas da categoria processo biológico. Dos cento e dezesseis genes apenas cinquenta e sete puderam ser identificados por meio dessa metodologia. O resultado da classificação dos genes dentro da classe GO, considerando o terceiro nível hierárquico,mostrou que a maioria dos genes anotados (31) tinha relação com o metabolismo primário.As proteínas cuja identificação, por meio do blast, não foi possível (proteínas hipotéticas)foram submetidas à análise de predição de localização subcelular e de peptídeo sinal. Essas análises revelaram que três proteínas desconhecidas (hypothetical proteinECIAI39_1028, hypothetical proteinZ0639e hypothetical proteinEC042_3791) são potenciais alvos para estudos que visam à busca de novos fatores de virulência de Escherichia coli patogênicas / Abstract: The bacterium Escherichia coli colonizesthe intestinal tract of birds and humans, in a commensal relationship without causing infection. However, some clones have acquired specific virulence factors allowing the development of various diseases such as urinary tract infection, diarrhea and meningitis in humans and colibacillosis in poultry. The strains that cause disease in birds are typically named APEC (Avian Pathogenic Escherichia coli). In this study we sequenced and annotated the genomes of four APECs strains (SCI-07, SEPT362, S17 and O8). These genomes and nine others avian pathogenic Escherichia coli and humans pathogenic strains genomes were used for studying genes under positive selection. The homologous genes were grouped and then subjected to codons and corresponding protein sequences alignment. A phylogenetic tree was generated for each group of homologous proteins. Statistical tests determined which among neutral or positive selection models best explains the existing data (codon alignments and phylogenetic trees). This analyzes detected two hundred fifty-four groups of homologous genes with positive selection evidence. For each group a recombination test was conducted to verify if the variation increase in the sequences was not due to gene conversion, resulting in one hundred and sixteen groups of homologous genes under positive selection. The protein corresponding to a gene of each group of homologous genes under positive selection was identified through Blast tool. Genes under positive selection were annotated considering the GO term (Gene Ontology), just for the biological process category. Only fifty-seven genes could be identified using this methodology. The gene classification within the GO classes, considering only the third hierarchical level showed that most of the annotated genes (31) were related with the primary metabolism. Proteins which blast identification was not possible (hypothetical proteins) were subjected to sub cellular localization and signal peptide prediction analyzes. These analyzes revealed that three unknown proteins (hypothetical protein ECIAI39_1028, hypothetical protein Z0639e hypothetical protein EC042_3791) are potential targets for studies, in order to search for new virulence factors of pathogenic Escherichia coli / Doutorado / Microbiologia / Doutora em Genética e Biologia Molecular