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Detection and epidemiologic subtyping of Legionella pneumophila using DNA-based molecular methods /Bernander, Sverker, January 2003 (has links)
Diss. (sammanfattning) Stockholm : Karol. inst., 2003. / Härtill 7 uppsatser.
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Prevalência de Chlamydia trachomatis em mulheres inférteis e gestantes assintomáticasGomez, Deborah Beltrami January 2016 (has links)
Introdução: A infecção urogenital por Chlamydia trachomatis é a doença sexualmente transmissível bacteriana mais prevalente no mundo e afeta principalmente mulheres jovens sexualmente ativas. Infecções não tratadas podem provocar complicações reprodutivas decorrentes do dano tubáreo. Na gestação, aumenta o risco de parto prematuro, baixo peso ao nascer, morte perinatal, conjuntivite e pneumonia neonatal. Existem poucos dados brasileiros referentes à epidemiologia dessa infecção no nosso meio. O objetivo desse estudo foi determinar a prevalência de C. trachomatis em mulheres inférteis e em gestantes. Método: Foram analisadas transversalmente 77 mulheres inférteis e 60 gestantes assintomáticas. Foram coletadas amostras urinárias para ensaio de PCR e amostras sanguíneas para pesquisa de anticorpos IgG através da técnica de imunofluorescência indireta. Todas as participantes responderam um questionário referente ao seu histórico clínico e ginecológico. Resultados: A prevalência, tanto no ensaio de PCR quanto na imunofluorescência indireta (IgG) para C. trachomatis foi similar entre os grupos. Encontramos anticorpos IgG presentes em 61% das mulheres inférteis e em 56,7% das gestantes. Houve somente 1 PCR positivo no grupo das inférteis (1,3%) e nenhum do grupo das gestantes. Conclusão: Encontramos alta prevalência de anticorpos IgG para C. trachomatis em mulheres inférteis e em gestantes, mas verificamos baixa prevalência de PCR positivo nas participantes. A presença de IgG correlacionou-se com comportamento sexual e tabagismo. / Background: Chlamydia trachomatis (CT) is the most prevalent sexually transmitted bacterial infection and affects mainly young, sexually active, women. Untreated infection may lead to reproductive complications due to tubal damage. Infections during pregnancy may cause preterm labor, low birth weight, perinatal death and neonatal conjunctivitis and pneumonia. There is little data on CT infection in Brazil. The aim of this study was to determine CT prevalence on infertile and pregnant women. Methods: A cross-sectional study included 77 infertile and 60 asymptomatic pregnant women. First void urine was tested to CT using PCR and blood samples were collected for CT IgG antibodies testing using Indirect Immunofluorescence. A questionnaire about medical, gynecological and sexual history was applied to all participants. Results: We found statistically similar prevalence of PCR and IgG antibodies between groups. This study observed a 61% prevalence of CT IgG antibodies in infertile women and 56,7% in pregnant women. PCR was positive in only one (1,3%) infertile woman and in none of the pregnant. Conclusion: A high prevalence of C. trachomatis IgG antibody in Brazilian pregnant and infertile women, but a low prevalence of positive PCR on urine samples were demonstrated. CT antibodies were associated with sexual behavior and smoking.
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Prevalência de Chlamydia trachomatis em mulheres inférteis e gestantes assintomáticasGomez, Deborah Beltrami January 2016 (has links)
Introdução: A infecção urogenital por Chlamydia trachomatis é a doença sexualmente transmissível bacteriana mais prevalente no mundo e afeta principalmente mulheres jovens sexualmente ativas. Infecções não tratadas podem provocar complicações reprodutivas decorrentes do dano tubáreo. Na gestação, aumenta o risco de parto prematuro, baixo peso ao nascer, morte perinatal, conjuntivite e pneumonia neonatal. Existem poucos dados brasileiros referentes à epidemiologia dessa infecção no nosso meio. O objetivo desse estudo foi determinar a prevalência de C. trachomatis em mulheres inférteis e em gestantes. Método: Foram analisadas transversalmente 77 mulheres inférteis e 60 gestantes assintomáticas. Foram coletadas amostras urinárias para ensaio de PCR e amostras sanguíneas para pesquisa de anticorpos IgG através da técnica de imunofluorescência indireta. Todas as participantes responderam um questionário referente ao seu histórico clínico e ginecológico. Resultados: A prevalência, tanto no ensaio de PCR quanto na imunofluorescência indireta (IgG) para C. trachomatis foi similar entre os grupos. Encontramos anticorpos IgG presentes em 61% das mulheres inférteis e em 56,7% das gestantes. Houve somente 1 PCR positivo no grupo das inférteis (1,3%) e nenhum do grupo das gestantes. Conclusão: Encontramos alta prevalência de anticorpos IgG para C. trachomatis em mulheres inférteis e em gestantes, mas verificamos baixa prevalência de PCR positivo nas participantes. A presença de IgG correlacionou-se com comportamento sexual e tabagismo. / Background: Chlamydia trachomatis (CT) is the most prevalent sexually transmitted bacterial infection and affects mainly young, sexually active, women. Untreated infection may lead to reproductive complications due to tubal damage. Infections during pregnancy may cause preterm labor, low birth weight, perinatal death and neonatal conjunctivitis and pneumonia. There is little data on CT infection in Brazil. The aim of this study was to determine CT prevalence on infertile and pregnant women. Methods: A cross-sectional study included 77 infertile and 60 asymptomatic pregnant women. First void urine was tested to CT using PCR and blood samples were collected for CT IgG antibodies testing using Indirect Immunofluorescence. A questionnaire about medical, gynecological and sexual history was applied to all participants. Results: We found statistically similar prevalence of PCR and IgG antibodies between groups. This study observed a 61% prevalence of CT IgG antibodies in infertile women and 56,7% in pregnant women. PCR was positive in only one (1,3%) infertile woman and in none of the pregnant. Conclusion: A high prevalence of C. trachomatis IgG antibody in Brazilian pregnant and infertile women, but a low prevalence of positive PCR on urine samples were demonstrated. CT antibodies were associated with sexual behavior and smoking.
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Prevalência de Chlamydia trachomatis em mulheres inférteis e gestantes assintomáticasGomez, Deborah Beltrami January 2016 (has links)
Introdução: A infecção urogenital por Chlamydia trachomatis é a doença sexualmente transmissível bacteriana mais prevalente no mundo e afeta principalmente mulheres jovens sexualmente ativas. Infecções não tratadas podem provocar complicações reprodutivas decorrentes do dano tubáreo. Na gestação, aumenta o risco de parto prematuro, baixo peso ao nascer, morte perinatal, conjuntivite e pneumonia neonatal. Existem poucos dados brasileiros referentes à epidemiologia dessa infecção no nosso meio. O objetivo desse estudo foi determinar a prevalência de C. trachomatis em mulheres inférteis e em gestantes. Método: Foram analisadas transversalmente 77 mulheres inférteis e 60 gestantes assintomáticas. Foram coletadas amostras urinárias para ensaio de PCR e amostras sanguíneas para pesquisa de anticorpos IgG através da técnica de imunofluorescência indireta. Todas as participantes responderam um questionário referente ao seu histórico clínico e ginecológico. Resultados: A prevalência, tanto no ensaio de PCR quanto na imunofluorescência indireta (IgG) para C. trachomatis foi similar entre os grupos. Encontramos anticorpos IgG presentes em 61% das mulheres inférteis e em 56,7% das gestantes. Houve somente 1 PCR positivo no grupo das inférteis (1,3%) e nenhum do grupo das gestantes. Conclusão: Encontramos alta prevalência de anticorpos IgG para C. trachomatis em mulheres inférteis e em gestantes, mas verificamos baixa prevalência de PCR positivo nas participantes. A presença de IgG correlacionou-se com comportamento sexual e tabagismo. / Background: Chlamydia trachomatis (CT) is the most prevalent sexually transmitted bacterial infection and affects mainly young, sexually active, women. Untreated infection may lead to reproductive complications due to tubal damage. Infections during pregnancy may cause preterm labor, low birth weight, perinatal death and neonatal conjunctivitis and pneumonia. There is little data on CT infection in Brazil. The aim of this study was to determine CT prevalence on infertile and pregnant women. Methods: A cross-sectional study included 77 infertile and 60 asymptomatic pregnant women. First void urine was tested to CT using PCR and blood samples were collected for CT IgG antibodies testing using Indirect Immunofluorescence. A questionnaire about medical, gynecological and sexual history was applied to all participants. Results: We found statistically similar prevalence of PCR and IgG antibodies between groups. This study observed a 61% prevalence of CT IgG antibodies in infertile women and 56,7% in pregnant women. PCR was positive in only one (1,3%) infertile woman and in none of the pregnant. Conclusion: A high prevalence of C. trachomatis IgG antibody in Brazilian pregnant and infertile women, but a low prevalence of positive PCR on urine samples were demonstrated. CT antibodies were associated with sexual behavior and smoking.
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Valor disgnóstico da nested PCR em tempo real em pacientes com meningite tuberculosa / Diagnostic value of the nested real time PCR patients with tuberculous meningitisGualberto, Felipe Augusto Souza 03 June 2014 (has links)
Introdução: A meningite tuberculosa (MTB) é a forma mais grave e fatal de tuberculose. O diagnóstico oportuno e o tratamento adequado e precoce são os principais fatores associados com o bom prognóstico. Os métodos utilizados na prática médica diária - achados clínicos, exames de imagem e análise de líquido cefalorraquidiano (LCR) - têm baixa acurácia. A pesquisa do DNA do Mycobacterium tuberculosis no LCR através da reação em cadeia da polimerase (PCR, do inglês polimerase chain reaction) com a metodologia nested é promissora, especialmente quando associada à praticidade da amplificação do DNA em tempo real. Objetivo: Avaliar o valor diagnóstico da nested PCR em tempo real (nRT-PCR, do inglês nested real-time PCR) na investigação de pacientes com MTB. Métodos: Estudo observacional realizado em duas fases: uma prospectiva e outra retrospectiva. Na fase prospectiva, foram incluídos pacientes com suspeita de MTB internados no Instituto de Infectologia Emílio Ribas (IIER). Informações clínicas, laboratoriais e radiológicas foram coletadas, assim como amostra de LCR de todos os pacientes. A partir de critérios internacionais padronizados, os pacientes foram categorizados como \"MTB Definitiva\", \"MTB Provável\", \"MTB Possível\" e \"Não MTB\". A nRT-PCR, utilizando o gene alvo mpt64, foi realizada em todas as amostras de LCR no Laboratório de Meningites Bacterianas do Instituto Adolfo Lutz. Sensibilidade, especificidade e intervalos de confiança (IC 95%) da nRT-PCR foram calculados com base no padrão-ouro (cultura positiva para M. tuberculosis ou isolamento de BAAR no sistema nervoso central) e nos pacientes com outros diagnósticos estabelecidos (Não MTB). Também foi calculada a proporção de pacientes com a nRT-PCR positiva em cada categoria clínica. Na fase retrospectiva, foi realizada uma revisão de prontuários de pacientes que tiveram a nRT-PCR solicitada no IIER e no Centro de Referência e Treinamento em DST/AIDS. Os mesmos procedimentos de categorização diagnóstica, cálculos de sensibilidade e especificidade foram adotados. Resultados: Na fase prospectiva, foram incluídos 102 pacientes, sendo 92 deles infectados por HIV. Nove deles tiveram o padrão-ouro positivo e foram classificados como \"MTB Definitiva\" e 81 deles tiveram outros diagnósticos estabelecidos (\"Não MTB\"). A sensibilidade e a especificidade da nRT-PCR foi 100% (IC95%:70-100 e 95-100, respectivamente). A positividade da nRT-PCR na categoria \"MTB Provável\" foi 50% (4/8 pacientes) e 25% na \"MTB Possível\" (1/4). Na fase retrospectiva, 56 pacientes foram incluídos, sendo 48 infectados por HIV. A nRT-PCR teve sensibilidade de 83% (5/6) e especificidade de 100% (0/45). A positividade na categoria \"MTB Provável\" foi 60% (3/5) e não houve pacientes classificados como \"MTB Possível\". Conclusão: A nRT-PCR apresentou boa sensibilidade e ótima especificidade, demonstrando seu valor diagnóstico na identificação oportuna de casos de MTB / Background: Tuberculous meningitis (TBM) is the most serious and lethal presentation of tuberculosis. Timely diagnosis and appropriated treatment are the main factors associated with good outcome. Methods used in the daily medical practice - clinical, radiological and cerebrospinal fluid (CSF) findings - have low accuracy. Search for Mycobacterium tuberculosis DNA in the CSF by polymerase chain reaction (PCR) using the nested methodology is promising, especially when combined with the practical approach of the real time DNA amplification. Objective: To evaluate the diagnostic value of a nested real-time PCR (nRT-PCR) in the investigation of patients with TBM. Methods: A two-phase observational study was carried out: prospective and retrospective. In the prospective phase, patients with suspected TBM hospitalized at \"Instituto de Infectologia Emílio Ribas\" (IIER) were included. Clinical, laboratory and radiological data were collected, as well as CSF samples of all patients. According to international standard criteria, patients were categorized as \"TBM Definite\", \"TBM Probable\", \"TBM Possible\" and \"Not TBM\". The nRT-PCR, using the mpt64 gene, was performed on all CSF sample in the Laboratory of Bacterial Meningitis, Adolfo Lutz Institute. Sensitivity, specificity and confidence intervals (95% CI) of the nRT-PCR were calculated based on the gold standard (culture positive for M. tuberculosis or AFB isolation on the central nervous system) and on patients with other established diagnoses (\"Not TBM\"). The proportion of patients with a positive nRT-PCR in each clinical category was also calculated. In the retrospective phase, medical chart review was performed in those patients who had the nRT-PCR requested in IIER and in the \"Centro de Referência e Treinamento em DST/AIDS\". The same diagnostic categorization and calculations of sensitivity and specificity were adopted. Results: 102 patients were included in the prospective phase, 92 of them HIV-infected. Nine of them had the gold standard positive and were classified as \"TBM Definite\" and 81 of them had other diagnoses established (\"Not TBM\"). The sensitivity and specificity of the nRT-PCR were 100% (95%CI: 70-100 and 95-100, respectively). The nRT-PCR positivity in category \"TBM Probable\" was 50% (4/8 patients) and 25% in \"TBM Possible\" (1/4). In retrospective phase, the nRT-PCR had a sensitivity of 83% (5/6) and specificity of 100% (0/45), among the 56 included patients (48 of them HIV infected). Positivity in \"TBM Probable\" category was 60% (3/5) and no patients were classified as \"TBM Possible\". Conclusion: The nRT-PCR showed good sensitivity and excellent specificity, showing its diagnostic value in the timely identification of TBM
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Valor disgnóstico da nested PCR em tempo real em pacientes com meningite tuberculosa / Diagnostic value of the nested real time PCR patients with tuberculous meningitisFelipe Augusto Souza Gualberto 03 June 2014 (has links)
Introdução: A meningite tuberculosa (MTB) é a forma mais grave e fatal de tuberculose. O diagnóstico oportuno e o tratamento adequado e precoce são os principais fatores associados com o bom prognóstico. Os métodos utilizados na prática médica diária - achados clínicos, exames de imagem e análise de líquido cefalorraquidiano (LCR) - têm baixa acurácia. A pesquisa do DNA do Mycobacterium tuberculosis no LCR através da reação em cadeia da polimerase (PCR, do inglês polimerase chain reaction) com a metodologia nested é promissora, especialmente quando associada à praticidade da amplificação do DNA em tempo real. Objetivo: Avaliar o valor diagnóstico da nested PCR em tempo real (nRT-PCR, do inglês nested real-time PCR) na investigação de pacientes com MTB. Métodos: Estudo observacional realizado em duas fases: uma prospectiva e outra retrospectiva. Na fase prospectiva, foram incluídos pacientes com suspeita de MTB internados no Instituto de Infectologia Emílio Ribas (IIER). Informações clínicas, laboratoriais e radiológicas foram coletadas, assim como amostra de LCR de todos os pacientes. A partir de critérios internacionais padronizados, os pacientes foram categorizados como \"MTB Definitiva\", \"MTB Provável\", \"MTB Possível\" e \"Não MTB\". A nRT-PCR, utilizando o gene alvo mpt64, foi realizada em todas as amostras de LCR no Laboratório de Meningites Bacterianas do Instituto Adolfo Lutz. Sensibilidade, especificidade e intervalos de confiança (IC 95%) da nRT-PCR foram calculados com base no padrão-ouro (cultura positiva para M. tuberculosis ou isolamento de BAAR no sistema nervoso central) e nos pacientes com outros diagnósticos estabelecidos (Não MTB). Também foi calculada a proporção de pacientes com a nRT-PCR positiva em cada categoria clínica. Na fase retrospectiva, foi realizada uma revisão de prontuários de pacientes que tiveram a nRT-PCR solicitada no IIER e no Centro de Referência e Treinamento em DST/AIDS. Os mesmos procedimentos de categorização diagnóstica, cálculos de sensibilidade e especificidade foram adotados. Resultados: Na fase prospectiva, foram incluídos 102 pacientes, sendo 92 deles infectados por HIV. Nove deles tiveram o padrão-ouro positivo e foram classificados como \"MTB Definitiva\" e 81 deles tiveram outros diagnósticos estabelecidos (\"Não MTB\"). A sensibilidade e a especificidade da nRT-PCR foi 100% (IC95%:70-100 e 95-100, respectivamente). A positividade da nRT-PCR na categoria \"MTB Provável\" foi 50% (4/8 pacientes) e 25% na \"MTB Possível\" (1/4). Na fase retrospectiva, 56 pacientes foram incluídos, sendo 48 infectados por HIV. A nRT-PCR teve sensibilidade de 83% (5/6) e especificidade de 100% (0/45). A positividade na categoria \"MTB Provável\" foi 60% (3/5) e não houve pacientes classificados como \"MTB Possível\". Conclusão: A nRT-PCR apresentou boa sensibilidade e ótima especificidade, demonstrando seu valor diagnóstico na identificação oportuna de casos de MTB / Background: Tuberculous meningitis (TBM) is the most serious and lethal presentation of tuberculosis. Timely diagnosis and appropriated treatment are the main factors associated with good outcome. Methods used in the daily medical practice - clinical, radiological and cerebrospinal fluid (CSF) findings - have low accuracy. Search for Mycobacterium tuberculosis DNA in the CSF by polymerase chain reaction (PCR) using the nested methodology is promising, especially when combined with the practical approach of the real time DNA amplification. Objective: To evaluate the diagnostic value of a nested real-time PCR (nRT-PCR) in the investigation of patients with TBM. Methods: A two-phase observational study was carried out: prospective and retrospective. In the prospective phase, patients with suspected TBM hospitalized at \"Instituto de Infectologia Emílio Ribas\" (IIER) were included. Clinical, laboratory and radiological data were collected, as well as CSF samples of all patients. According to international standard criteria, patients were categorized as \"TBM Definite\", \"TBM Probable\", \"TBM Possible\" and \"Not TBM\". The nRT-PCR, using the mpt64 gene, was performed on all CSF sample in the Laboratory of Bacterial Meningitis, Adolfo Lutz Institute. Sensitivity, specificity and confidence intervals (95% CI) of the nRT-PCR were calculated based on the gold standard (culture positive for M. tuberculosis or AFB isolation on the central nervous system) and on patients with other established diagnoses (\"Not TBM\"). The proportion of patients with a positive nRT-PCR in each clinical category was also calculated. In the retrospective phase, medical chart review was performed in those patients who had the nRT-PCR requested in IIER and in the \"Centro de Referência e Treinamento em DST/AIDS\". The same diagnostic categorization and calculations of sensitivity and specificity were adopted. Results: 102 patients were included in the prospective phase, 92 of them HIV-infected. Nine of them had the gold standard positive and were classified as \"TBM Definite\" and 81 of them had other diagnoses established (\"Not TBM\"). The sensitivity and specificity of the nRT-PCR were 100% (95%CI: 70-100 and 95-100, respectively). The nRT-PCR positivity in category \"TBM Probable\" was 50% (4/8 patients) and 25% in \"TBM Possible\" (1/4). In retrospective phase, the nRT-PCR had a sensitivity of 83% (5/6) and specificity of 100% (0/45), among the 56 included patients (48 of them HIV infected). Positivity in \"TBM Probable\" category was 60% (3/5) and no patients were classified as \"TBM Possible\". Conclusion: The nRT-PCR showed good sensitivity and excellent specificity, showing its diagnostic value in the timely identification of TBM
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