Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2017-08-31T16:06:08Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1641093 bytes, checksum: f6c2e8cb821012534ecca293ccb32197 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-31T16:06:08Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1641093 bytes, checksum: f6c2e8cb821012534ecca293ccb32197 (MD5) Previous issue date: 2017-03-01 / A cenoura (Daucus carota) é cultivada em várias regiões do Brasil, incluindo Minas Gerais. O estado possui três pólos principais de produção: Alto Paranaíba, Triângulo Mineiro e Campos das Vertentes. O nematoide-de-galhas do gênero Meloidogyne está entre os fatores mais importantes na redução de produção de diversas culturas, e a identificação acurada desses fitopatógenos é fundamental para o sucesso das práticas de manejo. Diferentes metodologias são usadas para a diagnose do nematoide-de-galhas. A análise do padrão perineal de fêmeas foi a principal técnica de identificação de espécies de Meloidogyne por vários anos, sendo complementada, a partir da década de 70 e 80, pela técnica de eletroforese de isoenzimas. Atualmente, as técnicas moleculares vêm sendo cada vez mais usadas para diagnose desses patógenos, com diversos protocolos e sequências de DNA disponíveis. Apesar da importância do nematoide-de-galhas para a cultura da cenoura, não há nenhum levantamento sistemático de ocorrência e distribuição do patógeno nessa cultura no estado de Minas Gerais. Mediante ao exposto, o presente trabalho objetivou caracterizar, através de técnicas morfológicas, bioquímicas e moleculares, as principais espécies de Meloidogyne presentes em áreas de cultivo de cenoura em Minas Gerais. Amostras de raízes e solo foram coletadas em áreas infestadas por Meloidogyne spp. na regiões do Alto Paranaíba, Triângulo Mineiro e Campo das Vertentes. A identificação das espécies foi realizada por análise do padrão perineal, eletroforese de isoenzimas e por PCR com primers SCAR específicos. As espécies encontradas foram Meloidogyne incognita, Meloidogyne javanica e Meloidogyne polycephannulata. M. incognita foi a espécie mais frequente, ocorrendo em 9 amostras (60%), seguida de M. javanica (26,6%). M. incognita foi identificado em amostras provenientes das três regiões, enquanto M. javanica em amostras do Alto Paranaíba e Campo das Vertentes. No Alto Paranaíba foi identificada também uma população de Meloidogyne polycephannulata. / Carrots (Daucus carota) are grown in different regions of Brazil, including Minas Gerais. The state has three main production poles: Alto Paranaíba, Triângulo Mineiro and Campos das Vertentes. The root-knott nematode of the genus Meloidogyne is among the most important factors in the reduction of production of several crops, and the accurate identification of these phytopathogen is fundamental for the success of the management practices. Different methodologies are used for the diagnosis of the root-knott nematode. The analysis of the perineal pattern of females was the main technique of identification of Meloidogyne species for several years, being complemented, from the decade of 70 and 80, by the technique of electrophoresis of isoenzymes. Currently, molecular techniques have been increasingly used for the diagnosis of these pathogens, with several protocols and available DNA sequences. Despite the importance of root-knott nematode for carrot culture, there is no systematic study of the occurrence and distribution of the pathogen in this crop in the state of Minas Gerais. The present work aimed to characterize, through morphological, biochemical and molecular techniques, the main species of Meloidogyne present in areas of carrot cultivation in Minas Gerais. Root and soil samples were collected in areas infested by Meloidogyne spp. in the regions of Alto Paranaíba, Triângulo Mineiro and Campo das Vertentes. The identification of the species was performed by perineal pattern analysis, isoenzyme electrophoresis and by PCR with specific SCAR primers. The species found were Meloidogyne incognita, Meloidogyne javanica and Meloidogyne polycephannulata. M. incognita was the most frequent species, occurring in 9 samples (60%), followed by M. javanica (26.6%). M. incognita was identified in samples from the three regions, while M. javanica in samples from Alto Paranaíba and Campo das Vertentes. In Alto Paranaíba a population of Meloidogyne polycephannulata was also identified.

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Made available in DSpace on 2016-08-29T15:37:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_3365_Jacques Douglas Coimbra Dias.pdf: 807743 bytes, checksum: ae21a15ea56009f372e516886db1ee10 (MD5) Previous issue date: 2010-08-13 / A hematúria enzootica bovina (HEB) é uma doença de ocorrência mundial e apresenta uma prevalência variada em áreas endêmicas, que pode chegar a 90% em animais com idade superior a dois anos. A técnica da reação em cadeia pela polimerase (PCR) foi desenvolvida e padronizada para a detecção do papilomavírus bovino tipo 2 (BPV-2). Esta técnica é baseada na amplificação enzimática de um fragmento altamente conservado de 386 pb do gene. A infecção com o papilomavírus bovino Tipo 2 (BPV-2) também tem sido implicada na etiologia desta enfermidade. Objetivou-se com este estudo realizar a avaliação macroscópica das lesões de bexiga de bovino e detectar a presença do papilomavírus tipo 2 pela técnica de reação em cadeia de polimerase PCR. Para isso foram coletadas 50 bexigas de bovinos que apresentaram lesões macroscópicas, sendo cada uma dividida em quatro quadrantes, referenciadas no órgão para os cortes como A, B, C e D, para avaliação histopatológica. A caracterização macroscópica incluiu a definição dos tipos de lesões em: hemorragias difusas ou focais, lesões verrucosas ou hemangiomatosas, lesões ulceradas, dentre outras. A análise histopatológica revelou cinco amostras positivas para neoplasia (2,5%). Pelo método de reação em cadeia pela polimerase, todas as amostras foram consideradas neoplásicas e apresentaram o papilomavírus bovino tipo 2. A presença do papilomavírus bovino tipo 2 nas lesões neoplásicas de bexiga urinária de bovinos, confirmada pela técnica de PCR, indica que este vírus pode estar diretamente envolvido na patogênese da hematúria enzoótica bovina (HEB) em associação com o consumo da samambaia, sendo uma planta endêmica na região. PALAVRAS CHAVE: neoplasias, bexiga, PCR, bovino

A Doença de Marek é uma enfermidade linfoproliferativa das aves, causada por um alfaherpesvírus e caracterizada pela infiltração de células em nervos periféricos, gônadas, íris, vísceras, músculos e pele. Desde 1970, vacinas atenuadas têm sido utilizadas como ferramenta principal no controle da doença. Esse trabalho descreve a implantação da Reação em Cadeia da Polimerase em Tempo Real (qPCR) para a titulação de vacinas contra o vírus da doença de Marek do sorotipo 3, herpesvírus dos perus (HVT). A qPCR foi comparada com a técnica tradicional de titulação, baseada no cultivo celular de fibroblastos de embrião de galinha. Foram avaliadas três vacinas vivas (congeladas, cepa FC126) provenientes de distintos fabricantes. A técnica molecular apresentou alta correlação entre os valores de threshold cycle (CT) e respectivas diluições das vacinas (R2 = 0,99), indicando que, dentro desta faixa linear testada (102 a 104 PFU/dose), a qPCR foi capaz de quantificar as vacinas disponíveis no mercado. A reprodutibilidade da titulação em cultivo celular e qPCR foi avaliada pela realização dos testes em três dias distintos a partir de ampolas de um mesmo lote da vacina. Os títulos obtidos por ambos os métodos demonstraram alta reprodutibilidade e coerência com o fornecido pelo fabricante. Caracterizou-se também a proporção de vírus livres e associados às células, onde foi observado que, pelo menos, 90% dos vírus encontravamse na forma associada. Este trabalho indicou que a qPCR é reprodutível, rápida e menos trabalhosa do que a titulação em cultivo celular tradicionalmente utilizada.

The Ph.D. thesis enclosed focuses on various implications of scavenging by generalist predators on invertebrate cadavers. Comparison of the retention time for invertebrate cadavers in the field, with the detection period for decaying slug material in the guts of the predators is presented and indicates that PCR-based techniques are not able to distinguish between predated and scavenged food items. Disappearance rates for invertebrate cadavers in the field, together with generealist predator preference for dead prey were estimated and their implication on survival strategies of entomopathogenic and molluscicidal nematodes in the cadavers is discussed. Two different strategies were investigated and are presentd in the thesis.

A Doença de Marek é uma enfermidade linfoproliferativa das aves, causada por um alfaherpesvírus e caracterizada pela infiltração de células em nervos periféricos, gônadas, íris, vísceras, músculos e pele. Desde 1970, vacinas atenuadas têm sido utilizadas como ferramenta principal no controle da doença. Esse trabalho descreve a implantação da Reação em Cadeia da Polimerase em Tempo Real (qPCR) para a titulação de vacinas contra o vírus da doença de Marek do sorotipo 3, herpesvírus dos perus (HVT). A qPCR foi comparada com a técnica tradicional de titulação, baseada no cultivo celular de fibroblastos de embrião de galinha. Foram avaliadas três vacinas vivas (congeladas, cepa FC126) provenientes de distintos fabricantes. A técnica molecular apresentou alta correlação entre os valores de threshold cycle (CT) e respectivas diluições das vacinas (R2 = 0,99), indicando que, dentro desta faixa linear testada (102 a 104 PFU/dose), a qPCR foi capaz de quantificar as vacinas disponíveis no mercado. A reprodutibilidade da titulação em cultivo celular e qPCR foi avaliada pela realização dos testes em três dias distintos a partir de ampolas de um mesmo lote da vacina. Os títulos obtidos por ambos os métodos demonstraram alta reprodutibilidade e coerência com o fornecido pelo fabricante. Caracterizou-se também a proporção de vírus livres e associados às células, onde foi observado que, pelo menos, 90% dos vírus encontravamse na forma associada. Este trabalho indicou que a qPCR é reprodutível, rápida e menos trabalhosa do que a titulação em cultivo celular tradicionalmente utilizada.

Made available in DSpace on 2014-06-12T15:48:52Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo111_1.pdf: 2108554 bytes, checksum: 7c12ed18827845d85ca40cd1cc8553e0 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2011 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / O paramyxovírus ofídio (OPMV) Brasil foi isolado em cultivo de células Vero, a partir de amostras coletadas do fluido pulmonar de serpentes Crotalus durissus terrificus. Estas apresentavam sinais de pneumonia, enquanto eram mantidas no Centro de Estudos de Venenos e Animais Peçonhentos, Botucatu, São Paulo, Brasil. Amostras do OPMV Brasil purificado por ultracentrifugação em gradiente de sacarose foram inicialmente submetidas a alguns tratamentos no intuito de eliminar possíveis ácidos nucléicos contaminantes. Com o objetivo de realizar o sequenciamento do seu genoma, foi padronizada a técnica de PCR randômica. Através desta técnica foram obtidos seis fragmentos que representam proteínas de nucleocapsídeo, fosfoproteína, fusão e polimerase viral, variando entre 413 a 553 pb, exibindo identidade entre 82% a 89% com a espécie tipo dos paramyxovírus de répteis, o Fer-de-Lance vírus (FDLV - AY141760). Com base nestas informações outros primers foram desenhados e mais um fragmento com 670 pb foi sequenciado, o qual corresponde ao gene U com 85% de identidade com o FDLV. Juntamente com outras sequências obtidas por PCR para os genes HN, F e L, bem como uma sequência parcial para o gene F publicada por outros pesquisadores (AF251500) foram montadas sequências contíguas utilizando o software MEGA v4.0, as quais foram alinhadas e comparadas através do BLASTn contra os dados depositados no GenBank. Ao todo foram obtidos 10 fragmentos genômicos do OPMV Brasil, 3 fragmentos por PCR tradicional, 6 por PCR randômica e 1 por primer walking. Cerca de 5313 nucleotídeos foram sequenciados, ou seja, um terço do genoma se comparado com 15378 pb do FDLV. Não foram obtidas sequências apenas para o gene M (matrix). As sequências de aminoácidos apresentaram identidade entre 77% e 97% com o FDLV e as sequências de aminoácidos de 4 fragmentos foram homólogas aos domínios conservados das proteínas N, F, HN e L. Quando comparadas as sequências para o gene F obtidas durante esta pesquisa com a depositada no GenBank sob número de acesso AF251500, constatou-se 100% de similaridade entre 328 nucleotídeos comuns, cerca de 109 aminoácidos. Portanto sugere-se que, em 2001, o mesmo agente viral afetou, no mesmo período, as serpentes dos gêneros Bothrops e Crotalus em diferentes regiões do estado de São Paulo. Baseado nas comparações das sequências de aminoácidos com o FDLV, OPMV Brasil pode ser considerado uma espécie diferente. Contudo, é necessário identificar as relações filogenéticas do OPMV Brasil com outras espécies de paramyxovírus isoladas até o momento

Made available in DSpace on 2014-06-12T15:54:26Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo6487_1.pdf: 7697187 bytes, checksum: 77c7654199970aa3ac51293a3871d243 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2011 / Faculdade de Amparo à Ciência e Tecnologia do Estado de Pernambuco / Os Papilomavírus humano (HPV) são responsáveis por causar lesões epiteliais, podendo evoluir a diversos tipos de carcinomas. Segundo a Organização Mundial de Saúde, a infecção pelo HPV é o principal fator de risco para o câncer cervical sendo detectado em aproximadamente 99% dos casos. O HPV 16, assim como o HPV 18, são os genótipos virais mais prevalentes em carcinomas cervicais invasivos no mundo. O teste molecular é mais eficiente em exames preventivos, ratificando sua utilização para a triagem do HPV e, desta forma, favorecendo a prevenção das lesões causadas pelo vírus. A presente dissertação teve como objetivo identificar os genótipos prevalentes do HPV em amostras cervicais consideradas normais e com alterações. O estudo de corte transversal foi realizado com 241 mulheres de 18 a 60 anos, atendidas numa Unidade de Saúde da Família do município de Olinda - PE. As amostras de DNA foram extraídas de células de raspado do colo uterino utilizando kit comercial. A infecção pelo HPV foi investigada através da Reação em Cadeia da Polimerase (PCR) utilizando os primers consensus MY09/11 e GP5+/6+. Alterações celulares foram visualizadas pelo exame citopatológico (Papanicolaou). O PapilloCheck HPV-screen DNA-chip foi utilizado para genotipar os HPV presentes nas amostras biológicas. Através do exame citopatológico observou-se que apenas 2,90% das pacientes apresentaram alterações celulares características da infecção pelo HPV, enquanto que o diagnóstico molecular permitiu detectar a presença do DNA viral em 23,23% das pacientes. Os dois pares de primers testados tiveram eficiências similares, sendo o MY09/11 com 15,35% e, o GP5+/6+ com 17,01%, entretanto o percentual de concordância entre ambos foi de apenas 39,28%. Neste estudo, o HPV6 (16,94%) e os HPV16 e HPV11, cada um com 10,16%, foram os genótipos virais mais prevalentes, em conjunto respondendo por quase 30% dos casos. O percentual de amostras com múltipla infecção foi de 22,03% sendo o HPV52 o genótipo mais prevalente (8,47%). Neste estudo o HPV 18 não figurou como sendo um dos genótipos mais prevalentes. A alta prevalência dos genótipos HPV6, 16 e 11 contribui para a discussão sobre estratégias de implantação de uma vacina contra o HPV, melhorando assim, a qualidade da assistência à saúde, além de reduzir os gastos públicos com tratamentos. Contudo, estudos incluindo uma maior amostragem em diferentes áreas do município se faz necessário para obter uma visualização mais detalhada da prevalência genotípica do HPV na região