Submitted by Hiolanda Rêgo (hiolandar@gmail.com) on 2013-06-10T20:55:35Z No. of bitstreams: 1 Dissertação_ICS_ Ana Carolina Arraes.pdf: 1876812 bytes, checksum: c4740a70b3675be50d2ebafeb0ba8fe3 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-06-10T20:55:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação_ICS_ Ana Carolina Arraes.pdf: 1876812 bytes, checksum: c4740a70b3675be50d2ebafeb0ba8fe3 (MD5) / CAPES / A incidência de candidemia tem aumentado nos últimos anos e o espectro das espécies de Candida tem mudado com a emergência das espécies não-albicans e com o aumento da resistência antifúngica. A técnica de PCR associada à análise dos polimorfismos de fragmentos de restrição (PCR-RFLP) e AP-PCR são exemplos de técnicas moleculares utilizadas para a detecção da variabilidade genética desses micro-organismos. O objetivo deste trabalho foi caracterizar molecularmente Candida spp. clinicamente importantes. Foram estudadas 82 leveduras do gênero Candida, 73 isolados clínicos e nove cepas padrão de referência da “American Type Culture Collection” (ATCC). O DNA genômico foi extraído através de lise mecânica/química e fenol-clorofórmio. Após amplificação com iniciadores ITS1 e ITS4, os produtos da PCR foram digeridos com as enzimas DdeI, HaeIII, BfaI e MspI. Outra amplificação foi realizada com o iniciador arbitrário AP-4. A identificação fenotípica revelou a frequência de 38% de C. parapsilosis, 33% de C. albicans, 27,5% de C. tropicalis e 1,5% de C. guilliermondii. Após amplificação, foi possível identificar e diferenciar as espécies C. lusitaniae, C. guilliermondii, C. famata e C. glabrata. A diferenciação entre C. albicans, C. dubliniensis C. tropicalis, C. krusei e C. parapsilosis não foi bem evidenciada com as enzimas DdeI e HaeIII. Porém, MspI conseguiu diferenciar C. tropicalis, C. krusei, C. parapsilosis, C. glabrata, C. guilliermondii, C. lusitaniae e C. famata, juntamente com BfaI que separou C. albicans de C. dubliniensis. Já a técnica de AP-PCR com o iniciador AP-4, possibilitou a distinção das nove espécies cepas padrão ATCC de Candida, pois todas apresentaram perfis de amplificação com número, intensidade e tamanho de banda específico, onde cada espécie foi alocada em grupo distinto e a relação de similaridade variou de 38-69%, ratificando o poder de diferenciação das espécies. As técnicas moleculares foram reprodutíveis e relativamente rápidas, de fácil interpretação e podem ser aplicadas na identificação de espécies clinicamente importantes de Candida para auxílio no diagnóstico mais rápido e tratamento mais eficiente. / Salvador

Orientador: Sergio Roberto Peres Line / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Odontologia de Piracicaba / Made available in DSpace on 2018-08-12T22:28:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Saito_CristianePereiraBorges_D.pdf: 2404829 bytes, checksum: ef69d02f749dac4b0974b53ad416de6d (MD5) Previous issue date: 2009 / Resumo: O gene PAX9 é um regulador chave durante o processo de desenvolvimento dentário e, particularmente em humanos, mutações neste gene estão associadas a fenótipos peculiares como agenesias dentárias. O objetivo deste estudo foi descobrir novas coordenadas acerca da atividade transcricional do promotor desse gene e de um possível padrão de metilação. Quanto ao estudo da metilação, foram avaliadas amostras de DNA genômico extraído da papila dentária de embriões humanos através de enzimas de restrição sensíveis à metilação e através da amplificação por Reação da Polimerase em Cadeia-PCR com oligos específicos. A extração de DNA de amostras incluídas em parafina foi padronizada no laboratório de Morfologia da Faculdade de Odontologia de Piracicaba, FOP-UNICAMP. Amostras de DNA extraídas de saliva humana foram usadas como controle. Para os ensaios de transcrição, foram amplificados através de ensaios com a transcriptase reversa, transcritos do gene Pax9 de Células Embrionárias de Rato, bem como de Células Odontoblastóides de Camundongo- MDPC-23 (Mouse Odontoblast Cell-like-23). Esses transcritos foram quantificados através de PCR semi-quantitativa. A região promotora do gene PAX9 humano íntegra (-947 - +251) e deletada (-485 - +22), recombinada com o vetor de expressão pGL3Basic, contendo o gene repórter luciferase após a região promotora, foi transfectada em cultura de Células Embrionárias de Rato. Todas as placas de cultura foram submetidas à ação de duas drogas: Ácido Retinóico (AR) e Dexametasona (Dex). Após a lise das células, os níveis relativos de expressão da proteína luciferase foram analisados, utilizando o kit Dual-Glo Luciferase (Promega), em um luminômetro. Os resultados mostram que: (1) O gene PAX9 encontra-se metilado in vitro; (2) O AR inibiu a síntese de RNA mensageiro transcrito pelas Células Embrionárias Rato. O promotor do gene humano PAX9 clivado nos sítios -485 e +22 e que não continha 507pb não foi afetado pelos receptores do AR. O Promotor PAX9 íntegro foi ativado na presença do AR na maior concentração da droga ; (3) A Dex estimulou a transcrição do gene Pax9 no grupo de células MDPC-23 e influenciou positivamente ambas as versões do promotor do gene PAX9 com as concentrações: 0.1µM e 1nM. Esses resultados demonstraram que os receptores dos hormônios esteróides AR e Dex podem se ligar diretamente a sequências do gene Pax9 em ratos e camundongos e que a região contendo 507pb retirada do promotor do gene PAX9 humano pode conter sítios de ligação para receptores do AR. Além disso, o sítio de metilação encontrado na região promotora do gene PAX9 humano resultou em novas perspectivas acerca do seu padrão de funcionamento em células normais. / Abstract: PAX9 is a key regulator during tooth development and plays an essential role in the patterning of murine and human dentition. In humans, mutations in PAX9 are associated with unique phenotypes of familial tooth agenesis that mainly involve posterior teeth. The objectives of this study were to gain new insights into the transcriptional activity and DNA methylation within the promoter region of human PAX9 gene in vitro. The methylation pattern was examined by studying PAX9 gene promoter in Dental Papilla of human Embryos through methylation-sensitive restriction enzyme and PCR amplified with specific oligos. DNA extractions from paraffin-embedded tissue sections were well established in Morphology Laboratory, Piracicaba Dental School. DNA samples from Buccal Epithelial Cells were used as control. In the present study, we have PCR amplified cDNAs encoding Rat Pax9 and Mouse Pax9 from Primary embryonic cell culture obtained from 13 day-old Wistar Rat and Mouse odontoblast cell-like culture-23 (MDPC-23) respectively and quantified by Semi-quantitative PCR technique. Furthermore, we examined the transcriptional activity of human Pax9 gene promoter: (-947 - +251) full Pax9 promoter and the promoter lacking 507bp (-485 - +22) through recombination into pGL3Basic expression vector and transfection in primary rat embryonic cells. Cell cultures were all submitted to selective regulation of both drugs: Retinoic Acid (RA) and Dexamethasone (Dex). Relative luciferase expression units were obtained by dual luciferase assay kit (Promega). Our results showed that: (1) human PAX9 promoter region is methylated in vitro; (2) RA inhibited Pax9 mRNA synthesis in Primary Rat embryonic cells while PAX9 promoter lacking 507bp (-485 - +22) was not activated by RA receptors. Human PAX9 full promoter activation was improved by RA treatment at the greater concentration; (3) Dex stimulated Pax9 mRNA activity in MDPC-23 and influenced positively both PAX9 promoter versions with 0.1µM and 1nM concentrations. The present experiments suggest that a 507bp region in PAX9 promoter may contain binding sites for RA receptors and that Dex and RA steroid hormone receptors may be directly bind to the sequences of murine Pax9 gene. The methylation pattern finding give rise to new perspectives on PAX9 patterning in normal cells phisiology. / Doutorado / Histologia e Embriologia / Doutor em Biologia Buco-Dental

Considerando a crescente importância econômica da exportação de carne de peru e os desafios sanitários que surgem com o aumento da produção desta espécie, o presente projeto propõe a detecção dos agentes bacterianos em perus apresentando quadro de aerossaculite, através da reação em cadeia pela polimerase (PCR). Um total de 201 suabes de sacos aéreos foram coletados a partir das carcaças de perus em um abatedouro comercial localizado no Centro Oeste do Brasil. Os suabes foram submetidos a PCR para detecção de Bordetela avium, Pasteurela multocida, Ornithobacterium rhinotracheale, Mycolplasma. gallisepticum, M. iowae, M. meleagridis e M. synoviae. B. avium foi detectada através da PCR em 58 animais, representando 28,8% dos suabes analisados. Os 201 suabes foram negativos para detecção de todos os outros agentes pesquisados. B. avium está presente nas criações de peru do país, e pode ter importante impacto sobre as doenças respiratórias desta espécie em condições intensivas de produção. / Considering the increasing economic importance of exports of turkey meat and sanitary challenges that come with increased production of this species, this project proposes the detection of bacterial agents involved in airsacculitis of turkeys, through polymerase chain reaction (PCR). A total of 201 air sacs swabs were collected from turkey carcasses at a commercial slaughterhouse located in the Midwest of Brazil. These swabs were submitted to PCR for detection of Bordetela avium, Pasteurela multocida, Ornithobacterium rhinotracheale, Mycolplasma. gallisepticum, M. iowae, M. meleagridis e M. synoviae. B. avium was detected in 58 animals, representing 28.8% of the swabs analyzed. All 201 swabs were negative to detection of other six agents tested. B. avium is disseminated in Brazilians turkey herds and may have important impact in respiratory diseases in this specie under intensive production systems.

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Os ovos embrionados são estruturas complexas compostas pelo embrião e as membranas de suporte (corioalantóide, amniótica, gema). O desenvolvimento embrionário e suas membranas geram diversos tipos de células que são necessárias para a replicação bem sucedida de uma grande variedade de vírus. Dentre os vírus entéricos, os ovos embrionados foram usados como o principal hospedeiro para o isolamento, cultivo e propagação da grande maioria destes. O presente trabalho descreve o isolamento, cultivo e propagação em ovos embrionados livres de patógenos específicos (SPF), assim como a caracterização macroscópica do vírus relacionado com problemas entéricos em lotes de aves comerciais no Brasil. Amostras intestinais provenientes de galinhas ou frangos de corte sadias ou com problemas entéricos (diarreia) e que se apresentaram positivas, através da reação em cadeia pela polimerase (PCR) e da técnica da trancriptase reversa da reação em cadeia pela polimerase (RT-PCR), para Astrovírus de Galinha, Parvovírus de Galinha, Vírus da Nefrite Aviária, Rotavírus Aviário, Reovírus Aviário, Vírus da Bronquite Infecciosa das Galinhas e Adenovírus Aviário Tipo 1 foram selecionadas para a realização do isolamento, cultivo e propagação em ovos embrionados SPF. Mortalidade e lesões macroscópicas como hemorragias, edema, nanismo, enrolamento, aspecto gelatinoso e deformações foram encontradas nos embriões, porém as membranas de suporte do ovo não apresentaram alteração. A confirmação viral nas passagens nos ovos foi realizada mediante o uso da PCR ou RT-PCR. Houve a replicação de Astrovírus de galinha, Vírus da Nefrite Aviária, Adenovírus Aviário do Tipo 1, Vírus da Bronquite Infecciosa das Galinhas, Parvovírus de Galinha e Reovírus Aviário nos ovos embrionados SPF, inoculados via saco da gema, aos sete dias de idade. No entanto, estes vírus também foram isolados em ovos embrionados de 14 dias de idade. A inoculação pelo saco da gema se mostrou uma ótima via para o isolamento viral. Foram isoladas duas amostras de Parvovírus de Galinha, oito amostras de Astrovírus de Galinha, sete amostras do Vírus da Bronquite das Galinhas, dezesseis amostras de Vírus da Nefrite Aviária, onze amostras de Adenovírus Aviário do Tipo 1 e três amostras de Reovírus Aviário. Nenhuma amostra de Rotavírus Aviário foi isolada. As características macroscópicas apresentadas nos embriões foram similares em todos os vírus isolados. Várias amostras utilizadas não apresentaram lesões e foram negativas na detecção molecular, e foram consideradas amostras negativas no isolamento viral. A positividade nas provas moleculares (PCR e RT-PCR) e a presença de lesões nos embriões determinou o isolamento virale confirmou que os ovos embrionados de galinha são excelentes hospedeiros para o isolamento, cultivo, propagação e caracterização de vírus relacionados com problemas entéricos, no Brasil. As alterações encontradas no embrião sugerem a patogenicidade do vírus e o possível dano que causariam ao desenvolver a doença. Futuros trabalhos determinarão a relação existente entre os vírus isolados neste estudo e aqueles isolados em todo o mundo, estabelecendo homologia ou heterogeneidade entre eles. / The embryonated eggs are complex structures composed by embryo and support membranes (yolk sac, chorioallantoic membrane, amniotic sac). The embryo development and their membranes produced many kinds of cells that are necessary for successful replication of many viruses. Between the enteric viruses, the embryonated eggs have been used as the principal host for isolation, culture and propagation of many of these viruses. The present work describes the isolation, culture, propagation and macroscopic characterization of astrovírus, adenovirus, coronavirus, parvovirus, reovírus e rotavirus, related to enteric problems in commercial flows at Brazil in chicken embryonated eggs specific pathogens free (SPF). Intestinal samples from hens or chickens health or with enteric problems (diarrhea), but showed positive for chicken astrovírus, chicken parvovirus, avian nephritis vírus, avian rotavirus, avian reovirus, bronchitis infectious vírus and fowl adenovirus type 1, through PCR and RT-PRC reactions, were selected for making of isolation, culture and propagation in chicken embryonated eggs specific pathogens free (SPF). Mortality and macroscopic lesions presented in the embryos characterized by hemorrhages, edemas, stunting, enrollment, gelatin features and deformations, however the support membranes not presented any damaged. The viral confirmation in the eggs passages was carry out using the polymerase chain reaction and transcriptase reverse of the polymerase chain reaction. Chicken astrovírus, avian nephritis vírus, fowl adenovirus type 1, bronchitis infectious vírus, chicken parvovirus and avian reovírus grow well in chickens embryonated eggs specific pathogen free SPF, inoculated in the yolk sac on seven days-old, however these viruses were isolated in embryonated eggs of fourteen days-old, too. The inoculation by yolk sac resulted be a optimal route for viral isolation, getting isolate two samples of chicken parvovirus, eight samples of chicken astrovirus, seven samples of bronchitis infectious vírus, sixteen samples of avian nephritis vírus, eleven samples of fowl adenovirus type one and three samples of avian reovirus, but any samples was isolated for avian rotavirus. The macroscopic characteristics presented in the embryos were similar in all of isolated viruses. Many samples used not present lesions and were negative in the molecular detection, considering as negative samples to viral isolation. The positivity in the molecular tests (PCR and RT-PCR) and the presence of injuries in the embryo determinate the presence of enteric vírus and that chicken astrovírus, avian nephritis vírus, fowl adenovirus type 1, bronchitis infectious vírus, chicken parvovirus and avian reovírus were isolated, confirming that the chicken embryonated eggs are excellent host for isolation, culture, propagation and characterization of vírus related with enteric problems at Brazil. The patogenicity presented in the embryo determinate the harmful the vírus are and the possible damage that their will produce in the development of disease. Future works will establish the relation exist between the isolated vírus in this work and the other viruses around the world, and their roll in the enteric disease.

A number of fungal species, particularly Candida species, are opportunistic pathogens capable of causing disease in humans. These range from relatively mild infections in healthy individuals (e.g. thrush) to life threatening systemic infections and colonisation of major organs in immunocompromised individuals. Existing methods of identifying Candida species in clinical samples are time and resource intensive and are not always specific enough to differentiate between drug-susceptible and drug-resistant species. Atlas Genetics have developed a novel electrochemical assay for the detection of nucleic acid from target pathogens using PCR followed by hybridisation by labelled probes. The work describes the development of a suite of probes and optimisation of reaction conditions for the rapid detection of fungal pathogens using this assay. A suite of five species-specific probes was developed to detect the five most clinically relevant Candida species as well as a pan-fungal probe capable of detection of DNA from any fungal species. Additionally, since the assay was novel, the work investigated other aspects such as probe and primer design which led to the development of a quick bioinformatics approach for design of species-specific probes which is also described. The results demonstrated that species-specific detection of C. albicans, C. glabrata, C. parapsilosis, C. tropicalis and C. krusei was possible, and that there was no cross reactivity exhibited by any probe with isolates from a test panel of other Candida species. The limit of detection of the assay was shown to be approximately one genome in 1ml of blood or 10 whole cells in 1ml of blood. The use of solid-state electrodes for detection provides an opportunity for miniaturisation of the assay into a robust, easily operated, portable system capable of rapid detection of pathogenic DNA in clinical samples either at point of care or in the microbiological laboratory.

Os ovos embrionados são estruturas complexas compostas pelo embrião e as membranas de suporte (corioalantóide, amniótica, gema). O desenvolvimento embrionário e suas membranas geram diversos tipos de células que são necessárias para a replicação bem sucedida de uma grande variedade de vírus. Dentre os vírus entéricos, os ovos embrionados foram usados como o principal hospedeiro para o isolamento, cultivo e propagação da grande maioria destes. O presente trabalho descreve o isolamento, cultivo e propagação em ovos embrionados livres de patógenos específicos (SPF), assim como a caracterização macroscópica do vírus relacionado com problemas entéricos em lotes de aves comerciais no Brasil. Amostras intestinais provenientes de galinhas ou frangos de corte sadias ou com problemas entéricos (diarreia) e que se apresentaram positivas, através da reação em cadeia pela polimerase (PCR) e da técnica da trancriptase reversa da reação em cadeia pela polimerase (RT-PCR), para Astrovírus de Galinha, Parvovírus de Galinha, Vírus da Nefrite Aviária, Rotavírus Aviário, Reovírus Aviário, Vírus da Bronquite Infecciosa das Galinhas e Adenovírus Aviário Tipo 1 foram selecionadas para a realização do isolamento, cultivo e propagação em ovos embrionados SPF. Mortalidade e lesões macroscópicas como hemorragias, edema, nanismo, enrolamento, aspecto gelatinoso e deformações foram encontradas nos embriões, porém as membranas de suporte do ovo não apresentaram alteração. A confirmação viral nas passagens nos ovos foi realizada mediante o uso da PCR ou RT-PCR. Houve a replicação de Astrovírus de galinha, Vírus da Nefrite Aviária, Adenovírus Aviário do Tipo 1, Vírus da Bronquite Infecciosa das Galinhas, Parvovírus de Galinha e Reovírus Aviário nos ovos embrionados SPF, inoculados via saco da gema, aos sete dias de idade. No entanto, estes vírus também foram isolados em ovos embrionados de 14 dias de idade. A inoculação pelo saco da gema se mostrou uma ótima via para o isolamento viral. Foram isoladas duas amostras de Parvovírus de Galinha, oito amostras de Astrovírus de Galinha, sete amostras do Vírus da Bronquite das Galinhas, dezesseis amostras de Vírus da Nefrite Aviária, onze amostras de Adenovírus Aviário do Tipo 1 e três amostras de Reovírus Aviário. Nenhuma amostra de Rotavírus Aviário foi isolada. As características macroscópicas apresentadas nos embriões foram similares em todos os vírus isolados. Várias amostras utilizadas não apresentaram lesões e foram negativas na detecção molecular, e foram consideradas amostras negativas no isolamento viral. A positividade nas provas moleculares (PCR e RT-PCR) e a presença de lesões nos embriões determinou o isolamento virale confirmou que os ovos embrionados de galinha são excelentes hospedeiros para o isolamento, cultivo, propagação e caracterização de vírus relacionados com problemas entéricos, no Brasil. As alterações encontradas no embrião sugerem a patogenicidade do vírus e o possível dano que causariam ao desenvolver a doença. Futuros trabalhos determinarão a relação existente entre os vírus isolados neste estudo e aqueles isolados em todo o mundo, estabelecendo homologia ou heterogeneidade entre eles. / The embryonated eggs are complex structures composed by embryo and support membranes (yolk sac, chorioallantoic membrane, amniotic sac). The embryo development and their membranes produced many kinds of cells that are necessary for successful replication of many viruses. Between the enteric viruses, the embryonated eggs have been used as the principal host for isolation, culture and propagation of many of these viruses. The present work describes the isolation, culture, propagation and macroscopic characterization of astrovírus, adenovirus, coronavirus, parvovirus, reovírus e rotavirus, related to enteric problems in commercial flows at Brazil in chicken embryonated eggs specific pathogens free (SPF). Intestinal samples from hens or chickens health or with enteric problems (diarrhea), but showed positive for chicken astrovírus, chicken parvovirus, avian nephritis vírus, avian rotavirus, avian reovirus, bronchitis infectious vírus and fowl adenovirus type 1, through PCR and RT-PRC reactions, were selected for making of isolation, culture and propagation in chicken embryonated eggs specific pathogens free (SPF). Mortality and macroscopic lesions presented in the embryos characterized by hemorrhages, edemas, stunting, enrollment, gelatin features and deformations, however the support membranes not presented any damaged. The viral confirmation in the eggs passages was carry out using the polymerase chain reaction and transcriptase reverse of the polymerase chain reaction. Chicken astrovírus, avian nephritis vírus, fowl adenovirus type 1, bronchitis infectious vírus, chicken parvovirus and avian reovírus grow well in chickens embryonated eggs specific pathogen free SPF, inoculated in the yolk sac on seven days-old, however these viruses were isolated in embryonated eggs of fourteen days-old, too. The inoculation by yolk sac resulted be a optimal route for viral isolation, getting isolate two samples of chicken parvovirus, eight samples of chicken astrovirus, seven samples of bronchitis infectious vírus, sixteen samples of avian nephritis vírus, eleven samples of fowl adenovirus type one and three samples of avian reovirus, but any samples was isolated for avian rotavirus. The macroscopic characteristics presented in the embryos were similar in all of isolated viruses. Many samples used not present lesions and were negative in the molecular detection, considering as negative samples to viral isolation. The positivity in the molecular tests (PCR and RT-PCR) and the presence of injuries in the embryo determinate the presence of enteric vírus and that chicken astrovírus, avian nephritis vírus, fowl adenovirus type 1, bronchitis infectious vírus, chicken parvovirus and avian reovírus were isolated, confirming that the chicken embryonated eggs are excellent host for isolation, culture, propagation and characterization of vírus related with enteric problems at Brazil. The patogenicity presented in the embryo determinate the harmful the vírus are and the possible damage that their will produce in the development of disease. Future works will establish the relation exist between the isolated vírus in this work and the other viruses around the world, and their roll in the enteric disease.

<p>Nuvarande metoder för att diagnostisera svampinfektioner i nagel är långsamma och troligen ganska okänsliga. Diagnostik görs vanligen genom direktmikroskopi och odling på svampsubstrat. I ett försök att minska analystiden och att öka känsligheten användes i denna studie realtids-PCR (Polymerase Chain Reaction) för att påvisa dermatofyter. Optimering och validering gjordes av en PCR som var generell för dermatofyter och en PCR som var specifik för <em>Trichophyton rubrum</em>. Optimeringen innefattade annealingtemperatur, Mg²⁺-koncentration och primerkoncentration. Valideringen gjordes genom analys av ett templat som spätts seriellt och av isolerade svampstammar. PCR-produkter identifierades med smältpunktsanalys. 241 konsekutiva nagelprover analyserades med PCR och resultaten jämfördes med de från odling/mikroskopi. PCR-effektiviteten bestämdes till 102 % resp. 104,5 % och det dynamiska området täckte ett koncentrationsområde på minst 10⁴. Mellan-assay-variationen bestämdes till 1,6 % resp. 1,1 % för Ct-värdet (Threshold cycle) och 0,3 % resp. 0,2 % för smältpunktsbestämningen. Smältpunktsanalysen av stammarna visade att <em>T. rubrum</em> kunde identifieras med hjälp av PCR och att övriga dermatofyter kunde påvisas men inte artbestämmas. Analysen av nagelproverna visade att känsligheten hos PCR var bättre än känsligheten hos både odling (54 % i odlingen mot 99 % i PCR) och mikroskopi (83 % i mikroskopi mot 90 % i PCR). Metoden går att använda för att påvisa dermatofyter och för att identifiera <em>T. rubrum.</em></p>

Salmonellae are enteric bacteria infecting animals and humans. Large animal clinics and Veterinary Teaching Hospitals are greatly affected by Salmonella outbreaks and nosocomial infection. The risk of environmental contamination and spread of infection is increased when animals are confined in close contact with each other and subjected to increased stress factors. This study was designed to compare double-enrichment culture techniques with Gel-based and Real-time PCR assays in the quest for improved diagnostic methods for detecting Salmonella in equine fecal samples. 120 fecal samples submitted to the Clinical Microbiology Laboratory of the Veterinary Medical Teaching Hospital at Texas A&M University (CML, VMTH, TAMU) were tested for Salmonella using all three techniques. Double-enrichment bacterial culture detected 29 positive results (24%), Real-time PCR detected 33 positive results (27.5%), and Gel-based PCR detected 73 positives results (60.8%). While culture and real-time PCR methods had similar results, the gel-based PCR method detected many more positive results, indicating probable amplicon contamination. Real-time PCR can be completed as soon as the day after submission while culture techniques may take 2 to 5 days to complete. However, viable bacterial cells are needed for antimicrobial susceptibility testing and serotyping: both important for epidemiological studies. Therefore, double-enrichment bacterial culture performed concurrently with real-time PCR methods could be efficient in clinical settings where both accurate and expedient results are required.