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Evaluación de tres primeros para la detección molecular de Giardia intestinalis en muestras fecales humanasRojas Hinostroza, Giancarlo Eduardo January 2014 (has links)
Introducción: Giardia intestinalis es el protozoario intestinal más común a nivel mundial y su diagnóstico parasitológico está basado en el examen microscópico, sin embargo, debido al carácter intermitente de la excreción del parásito en las heces el método puede revelar baja sensibilidad, esto ha motivado la búsqueda de nuevas alternativas de diagnóstico entre las que destacan aquellas que tiene como base la biología molecular. Objetivos: Evaluar 3 primeros para la detección molecular de G. intestinalis en muestras fecales. Diseño: Se realizó un estudio observacional, de corte transversal. Lugar: Instituto de Medicina Tropical “Daniel A. Carrión”, UNMSM. Procedimiento: Se evaluaron primers que amplifican las regiones de la beta-giardina y de la proteína de choque térmico 70 del ADN de G. intestinalis. Principales medidas de resultados: Se recolectó muestras fecales positivas y negativas a G. intestinales y a otros parásitos, las cuales fueron concentradas por centrifugación, luego almacenadas a -20°C y posteriormente analizadas mediante la técnica de PCR convencional. Resultados: Se estableció una temperatura de hibridación de 60°C para los primers de la beta-giardina y la proteína de choque térmico 70. La mezcla de reacción se estandarizó con las siguientes condiciones: Cl 2 Mg 1.5 mM, primers 0.6 µM, dNTPmix 0.3 mM y taq polimerasa 0.75 U. El límite de detección de los primeros fue de 87.3 ng/µL para beta-giardina, 359.5 ng/µL para GHSP70-1 y 24.1 ng/µL para GHSP70-2. Conclusiones: Se estableció una temperatura de hibridación y concentración de cloruro de magnesio común para los primers. Se observó un mejor límite de detección para el primer GHSP70-1 identificándose bandas en 7 diluciones con una sensibilidad y especificidad mayor que para el primer de la beta-giardina. / Introducción: Giardia intestinalis is the most common intestinal protozoan worldwide and its parasitologic diagnosis is based in microscopic examination; nonetheless, due to the intermittent parasites excretion in the feces, this method could reveal low sensitivity, this has motivated the search of new diagnostic alternatives such as those based on molecular biology. Goals: To assess 3 primers for the molecular detection of G. intestinalis in stool samples. Design: an observational, cross-sectional study was implemented. Settings: Tropical Medicine Institute “Daniel A. Carrión”, UNMSM. Procedures: We assessed primer that amplifies beta-giardin and heat-shock protein 70 of the G. intestinalis. Main measures of: Positives and negatives stool samples for G. intestinalis and for other parasites were collected and then concentrated by centrifugation and stored at -20°C for further analysis using conventional PCR. Results: A 60°C hybridization temperature was established for the primers of beta-giardin and the heat-shock protein 70. The master mix was standardized with the following conditions: 1.5mM Cl2Mg, 0.6 uM primers, 0.3mM dNTPmix and 0.75U Taq polimerasa. Limit detections were 87.3 ng/µL for beta-giardin, 359.5 ng/µL for GHSP70-1 and 24.1 ng/µL for GHSP70-2. Conclusions: We established a common hibridization temperature and a magnesium chloride common for the primers. A better detection limit was established for the primer GHSP70-1, identifying bands in seven dilutions with sensitivity and specificity higher for the beta-giardine primer.
keywords: Giardia intestinalis, PCR, beta-giardina, heat-shock protein 70.
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Diagnóstico do fator RhD utilizando a reação em cadeia da polimerase convencional / Diagnosis of the RhD status using conventional polymerase chain reactionCoutinho, Conrado Milani 10 October 2008 (has links)
A aplicação dos métodos de biologia molecular tem acrescentado benefícios aos métodos convencionais de diagnóstico do grupo sangüíneo Rhesus (Rh). Alguns estudos evidenciaram a superioridade prática da genotipagem RhD por reação em cadeia da polimerase (PCR) em relação às técnicas de identificação do fenótipo dos antígenos do grupo Rh obtidas pela hemaglutinação. Esta análise molecular tem sido realizada utilizando-se várias seqüências cromossômicas e diferentes tipos de técnicas. O grupo Rh contém dois genes homólogos, um codificando o antígeno D e o outro os antígenos C/c e E/e. Os objetivos deste projeto foram: (1) Detectar a presença de seqüência RhD específica dos indivíduos Rh positivo; (2) Comparar a presença/ausência destas seqüências com o grupo sanguíneo detectado pela hemaglutinação e calcular a sensibilidade e a especificidade da PCR. Para cumprir estes objetivos, foram analisadas amostras de DNA extraídas de sangue periférico de 23 indivíduos (4 homens e 19 mulheres) Rh positivo (11) e negativo (12) para amplificação de seqüências dos genes RhD e RhCE utilizando a técnica de PCR convencional. Nestas amostras, a comparação dos resultados da PCR com os da hemaglutinação demonstrou total concordância entre os testes. A sensibilidade do método foi avaliada pela realização da PCR em amostras de sangue Rh positivo diluídas em água e em sangue Rh negativo, amplificando o DNA na concentração de até 4 pg/l. Estes resultados indicaram que a técnica de PCR mostrou-se efetiva no diagnóstico da genotipagem do fator Rh, vislumbrando-se a possibilidade de sua utilização em outros tecidos de origem êmbrio-fetal para orientação de diagnóstico fetal invasivo e do uso profilático da imunoglobulina anti-D apenas nos casos de incompatibilidade Rh materno-fetal. Adicionalmente, indicaram que havendo melhora da sensibilidade desta técnica será possível detectar quantidades objetivamente menores de DNA fetal na circulação materna, fundamentando um importante passo rumo ao diagnóstico do fator Rh fetal por técnica não invasiva. / Molecular biology techniques have added some advantages to conventional diagnosis of the Rhesus (Rh) blood group. Many researches have demonstrated the practical superiority of RhD genotyping using polymerase chain reaction (PCR) over phenotypic identification tests obtained by hemagglutination. The use of different kinds of molecular analysis techniques and genetic sequences has been described. The Rh blood group contains two homologous genes, one encoding the D antigen and the other one coding C/c and E/e antigens. This study objectives were: (1) Detect the RhD sequence specific for the Rh positive individuals; (2) Compare the presence/absence of these sequences with the blood group identified by hemagglutination to calculate PCRs sensitivity and specificity rates. To accomplish these objectives, DNA extracted from venous blood of 23 individuals (4 men and 19 women), Rh positive (11) and negative (12), were analyzed using conventional PCR to amplify RhD and RhCE gene sequences. The comparison of PCR with hemagglutination results has shown total agreement. The sensitivity of this PCR method was evaluated using progressive dilutions of Rh positive samples on water and also on Rh negative samples, which demonstrated successful amplification of until 4 pg/l DNA concentration. These results have indicated that PCR was effective for the RhD genotyping, foreseeing the possibility of its utilization with other embryofetal tissues for invasive diagnosis orientation and anti-D immunoglobulin use only in cases of maternal-fetal incompatibility. Also, with an increase of this techniques sensitivity, fewer DNA amounts could be detected, which will certainly be an important step towards noninvasive fetal RhD diagnosis.
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Diagnóstico do fator RhD utilizando a reação em cadeia da polimerase convencional / Diagnosis of the RhD status using conventional polymerase chain reactionConrado Milani Coutinho 10 October 2008 (has links)
A aplicação dos métodos de biologia molecular tem acrescentado benefícios aos métodos convencionais de diagnóstico do grupo sangüíneo Rhesus (Rh). Alguns estudos evidenciaram a superioridade prática da genotipagem RhD por reação em cadeia da polimerase (PCR) em relação às técnicas de identificação do fenótipo dos antígenos do grupo Rh obtidas pela hemaglutinação. Esta análise molecular tem sido realizada utilizando-se várias seqüências cromossômicas e diferentes tipos de técnicas. O grupo Rh contém dois genes homólogos, um codificando o antígeno D e o outro os antígenos C/c e E/e. Os objetivos deste projeto foram: (1) Detectar a presença de seqüência RhD específica dos indivíduos Rh positivo; (2) Comparar a presença/ausência destas seqüências com o grupo sanguíneo detectado pela hemaglutinação e calcular a sensibilidade e a especificidade da PCR. Para cumprir estes objetivos, foram analisadas amostras de DNA extraídas de sangue periférico de 23 indivíduos (4 homens e 19 mulheres) Rh positivo (11) e negativo (12) para amplificação de seqüências dos genes RhD e RhCE utilizando a técnica de PCR convencional. Nestas amostras, a comparação dos resultados da PCR com os da hemaglutinação demonstrou total concordância entre os testes. A sensibilidade do método foi avaliada pela realização da PCR em amostras de sangue Rh positivo diluídas em água e em sangue Rh negativo, amplificando o DNA na concentração de até 4 pg/l. Estes resultados indicaram que a técnica de PCR mostrou-se efetiva no diagnóstico da genotipagem do fator Rh, vislumbrando-se a possibilidade de sua utilização em outros tecidos de origem êmbrio-fetal para orientação de diagnóstico fetal invasivo e do uso profilático da imunoglobulina anti-D apenas nos casos de incompatibilidade Rh materno-fetal. Adicionalmente, indicaram que havendo melhora da sensibilidade desta técnica será possível detectar quantidades objetivamente menores de DNA fetal na circulação materna, fundamentando um importante passo rumo ao diagnóstico do fator Rh fetal por técnica não invasiva. / Molecular biology techniques have added some advantages to conventional diagnosis of the Rhesus (Rh) blood group. Many researches have demonstrated the practical superiority of RhD genotyping using polymerase chain reaction (PCR) over phenotypic identification tests obtained by hemagglutination. The use of different kinds of molecular analysis techniques and genetic sequences has been described. The Rh blood group contains two homologous genes, one encoding the D antigen and the other one coding C/c and E/e antigens. This study objectives were: (1) Detect the RhD sequence specific for the Rh positive individuals; (2) Compare the presence/absence of these sequences with the blood group identified by hemagglutination to calculate PCRs sensitivity and specificity rates. To accomplish these objectives, DNA extracted from venous blood of 23 individuals (4 men and 19 women), Rh positive (11) and negative (12), were analyzed using conventional PCR to amplify RhD and RhCE gene sequences. The comparison of PCR with hemagglutination results has shown total agreement. The sensitivity of this PCR method was evaluated using progressive dilutions of Rh positive samples on water and also on Rh negative samples, which demonstrated successful amplification of until 4 pg/l DNA concentration. These results have indicated that PCR was effective for the RhD genotyping, foreseeing the possibility of its utilization with other embryofetal tissues for invasive diagnosis orientation and anti-D immunoglobulin use only in cases of maternal-fetal incompatibility. Also, with an increase of this techniques sensitivity, fewer DNA amounts could be detected, which will certainly be an important step towards noninvasive fetal RhD diagnosis.
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Estudo epidemiológico da coinfecção por toxoplasma gondii e pelo vírus da imunodeficiência felina em gatos domésticos (felis catus) em Goiânia, Goiás / Epidemiological study of the coinfection by toxoplasma gondii and by the feline immunodeficiency virus in domestic cats (felis catus) in Goiânia, GoiásCosta, Rebeka Cristine de Bastos 25 August 2015 (has links)
Submitted by Cláudia Bueno (claudiamoura18@gmail.com) on 2016-01-14T16:38:41Z
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Previous issue date: 2015-08-25 / Toxoplasmosis is a zoonotic disease in which mammals and birds can join the cycle as intermediate hosts, and felids as definitive hosts. Felis catus is recognized as the main responsible for the environmental contamination by Toxoplasma gondii oocysts. Serological diagnosis reveals little about the elimination of oocysts of T. gondii into the environment, principally by F. catus, which plays an important role in Public Health. There are few data on the frequency of feline toxoplasmosis in the State of Goiás. Therefore, the aim of this research was to evaluate the frequency of toxoplasmosis infection in domestic cats and their potential role in its transmission through the oocyst elimination into the environment and the respective factors associated with the infection. For this, we collected 102 blood samples and 98 fecal samples from 102 cats from Goiânia, State of Goiás. The animals were divided into groups according to age, gender and free access to the street or not. Indirect hemagglutination test was performed to determine the level of anti-T. gondii and indirect ELISA for the detection of infection by feline immunodeficiency virus (FIV). For search and detection of T. gondii oocysts elimination in the feces of cats we performed a centrifugal-flotation with Sheather's solution, subsequently we extracted DNA and used conventional PCR. The results showed that 18.63% (19/102) of the cats were positive for T. gondii, with titers ranging from 1:32 to 1: 8.192, while none of the fecal samples were positive in the PCR. The frequency of positive animals for FIV was 55.91% (52/93), and 18.28% (17/93) presented coinfection. By multivariate logistic regression we found the associated factors were the same for both infections, but one did not interfere with another. The factors associated with infection by T. gondii and feline immunodeficiency virus were free life and age under six months, since the sex was not statistically related to any of the illnesses. / A toxoplasmose é uma zoonose na qual, mamíferos e aves podem participar do seu ciclo como hospedeiros intermediários e os felídeos como hospedeiros definitivos. O Felis catus é reconhecido como o principal responsável pela contaminação ambiental por oocistos de Toxoplasma gondii. O diagnóstico sorológico pouco revela sobre a eliminação de tal fase no ambiente, o que representa o real impacto daquela espécie na Saúde Pública frente à toxoplasmose. São escassos os dados da frequência da toxoplasmose felina no Estado de Goiás. Assim sendo, objetivou-se com esta pesquisa avaliar a frequência da infecção da toxoplasmose em gatos domésticos e o seu potencial papel na sua transmissão, através da eliminação de oocistos no ambiente e dos respectivos fatores associados à infecção. Para isto, foram coletadas 102 amostras de sangue e 98 amostras fecais, de 102 gatos provenientes de Goiânia-Goiás. Os animais foram divididos em grupos de acordo com a faixa etária, gênero e livre acesso à rua ou não. Foi realizada a hemaglutinção indireta para a determinação do nível de anticorpos anti-T. gondii e o ELISA indireto para a detecção da infecção pelo vírus da imunodeficiência felina (FIV). Para a pesquisa e detecção da eliminação de oocistos de T. gondii nas fezes dos gatos foi feita a centrifugo-flutuação em solução de Sheather, posterior extração de DNA e realização da PCR convencional. Os resultados revelaram que 18,63% (19/102) dos gatos foram positivos para o T. gondii, com títulos variando entre 1:32 a 1:8.192, sendo que nenhuma das amostras fecais foi positiva na PCR. A frequência de positivos para o FIV foi de 55,91% (52/93), com coinfecção de 18,28% (17/93). Com a regressão logística multivariada verificou-se que os fatores associados foram os mesmos para as duas infecções, porém uma não interferiu diretamente na outra. Os fatores associados para a infecção pelo T. gondii e pelo vírus da imunodeficiência felina foram a vida livre e a idade igual ou superior a seis meses, já o gênero não apresentou relação estatística com nenhuma das enfermidades.
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Validação de protocolo para detecção de Guignardia citricarpa em citros por PCR convencional e PCR em tempo real / Validation of protocol of detection for Guignardia citricarpa in citrus by conventional PCR and real time PCRFaganello, Fernanda de Sillos 21 November 2013 (has links)
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Previous issue date: 2013-11-21 / Citrus Black Spot (CBS) caused by Guignardia citricarpa is classified as
quarantine disease, imposing restrictions to fresh fruits shipping to the European Union
countries. In the state of Goiás, despite systematic phytosanitary surveys, its distribution
and occurrence are unknown due to lack of available technologies for diagnosis. The
occurrence of latent infections, the presence of an endophytic species morphologically
similar to G. citricarpa, as well as time consuming for diagnosis through conventional
methods require the validation of fast, efficient, reproducible, safe and sensitive methods
of diagnosis to provide reliability of diagnosis and disease surveys for its detection and
delimitation. Modifications of the “Cationic hexadecyl trimethyl ammonium bromide”
method (CTAB) to extract DNA of G. citricarpafrom symptomatic tissues with validation
of chemical purity, structural integrity, and absence of DNA inhibiting substances, for
further use in diagnosis by PCR were tested. There was no difference in the average of
DNA extracted for hygienized and non-hygienized tissues (328.62 ng µL
-1
and
322.79 ng µL
-1
, respectively), with low concentration of proteinsin the DNA solution. The
extractor of DNA in amount (>300 ng µL
-1
) and quality (structural integrity) was sufficient
to perform the conventional and real-time PCR analyses. The absence of inhibitors was
demonstrated by real-time PCR, adding 0.1 % genetically modified standard corn DNA
(event MON 810 standard ERM®-BF413b), with the amplification of the specific region
of this event in all test samples. The modified CTAB method sowed repeatability and
partial reproducibility among the limits acceptablein the methodology with coefficient of
variability lower than 30 %. To comply with the ISO/TEC 17025:2005 norm, the method
for the diagnosis of the fungus G. citricarpaby PCR conventional and real time PCR was
validated with the specific evaluation of the limitof detection. Conventional and real time
PCR methods were specificity and adequacy to detect G. citricarpa. Conventional PCR
presented detecting limit of 10 ng µL
-1
of the fungus DNA, with repeatability. Real time
PCR presented higher sensitivity, having the detecting limit determined for the technique
with repeatability, at the concentration of 10 fg of DNA of the fungus. In two farms 24
external asymptomatic leaves from orange trees variety Pera Rio were collected; eight
from each third (lower, medium and upper); totaling twent plants. The modified CTAB
method for DNA extraction was used. The presence of the fungus in very low
concentrations was detected in the asymptomatic leaves, which made it impossible when
we used the conventional PCR technique. In those conditions, the real-time PCR proved to
be feasible, reproducible and highly sensitive for G. citricarpa detection, amplifying between 232 and 232 x 10
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DNA copies of the fungus from asymptomatic leaf samples;
being an excellent option for the diagnosis of thispathogen in asymptomatic orchards. / A pinta preta dos citros (PPC), causada pelo fungo Guignardia citricarpa, é
considerada uma doença quarentenária, que impõe restrições ao transporte de frutas frescas
para países da União Europeia. Em Goiás, apesar dos sistemáticos levantamentos
fitossanitários, ainda não se conhece a real distribuição da ocorrência da PPC em função da
tecnologia disponível para o diagnóstico. A ocorrência de infecção latente, a presença de
uma espécie endofítica muito semelhante morfologicamente à G. citricarpae o tempo para
o diagnóstico por métodos convencionais levam à necessidade de validar métodos
moleculares rápidos, eficientes, reprodutíveis, seguros e sensíveis de diagnóstico, que
garantem confiabilidade dos diagnósticos e dos levantamentos de detecção e delimitação
da distribuição dessa doença. Foram testadas modificações do método “Cationic hexadecyl
trimethyl ammonium bromide” (CTAB) para extração de DNA de G. citricarpaem tecidos
de frutos cítricos sintomáticos, com a avaliação dapureza química, integridade estrutural e
ausência de substâncias inibidoras na solução de DNA, para posterior uso em diagnóstico
por reação em cadeia da polimerase (PCR). Não houve diferença significativa na
quantidade média de DNA extraído para tecidos higienizados e não higienizados
(328,62 ng µL
-1
e 322,79 ng µL
-1
, respectivamente), com baixa concentração de proteínas
na suspensão de DNA. A obtenção de DNA em quantidade (>300 ng µL
-1
) e qualidade
(integridade estrutural) foi suficiente para realização das análises de PCR convencional e
PCR em tempo real. A ausência de compostos inibidores foi demostrada por PCR em
tempo real pela adição de DNA padrão de milho, geneticamente modificado 0,1 % (evento
MON 810 padrão ERM®-BF413b), com a amplificação da região específica desse evento
em todas as amostras teste. O método CTAB modificado apresentou repetitividade e
reprodutibilidade parcial dentro dos limites aceitáveis para a metodologia, apresentando
coeficientes de variação inferiores a 30 %. Em atendimento à norma ISO/IEC 17025:2005,
foi validado o método para diagnóstico do fungo G. citricarpa por PCR convencional e
PCR em tempo real com a avaliação da especificidadee do limite de detecção. Os métodos
de PCR convencional e PCR em tempo real demonstraram serem específicos e adequados
para a detecção de G. citricarpa. A PCR convencional apresentou o limite de detecção de
10 ng µL
-1
de DNA do fungo, com repetitividade. A PCR em tempo real apresentou maior
sensibilidade, sendo o limite de detecção determinado para a técnica, com repetitividade,
na concentração 10 fg de DNA do fungo. Em duas propriedades foram coletadas 24 folhas
externas assintomáticas de laranja-pera rio, sendo oito em cada terço (inferior, médio e
superior) da planta, em um total de vinte plantas. Para a extração do DNA, foi utilizado o
método CTAB modificado. Em folhas assintomáticas, apresença do fungo foi detectada
em baixíssimas concentrações, o que inviabiliza a utilização da técnica PCR convencional.
Nessas condições, a PCR em tempo real demonstrou ser viável, reprodutível e altamente
sensível para a detecção de G. citricarpa, sendo detectado na concentração de 232 a 232 x 10² números de cópia do DNA do fungo em amostras de folhas assintomáticas,
constituindo uma excelente opção para o diagnóstico desse patógeno em pomares
assintomáticos.
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Pesquisa de Yersinia Enterocolitica patogênica em tonsilas de suínos ao abate em Santa Catarina / Research of pathogenic Yersinia entercolitica in tonsils of pigs slaughtered in Santa CatarinaWildemann, Paula 26 February 2016 (has links)
Submitted by Claudia Rocha (claudia.rocha@udesc.br) on 2018-03-15T13:03:38Z
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Previous issue date: 2016-02-26 / Capes / Yersinina enterocolitica is a Gram-negative bacteria with zoonotic potential. It is associated with the occurrence of enteric diseases in humans. Pigs are considered the main source of Y. enterocolitica and the bacteria is mainly found in the pig’s palatine tonsils. The objective of this study was to evaluate the occurrence of pathogenic Y. enterocolitica in palatine tonsils of healthy pigs from Santa Catarina, during the slaughter process. In order to achieve this goal, a multiplex PCR technique was performed so as to detect the presence of virulence genes (ail, yadA and virF). This technique was compared to quantitative real time PCR (qPCR), only for the ail gene. Palatine tonsils were randomly collected from 400 pigs from four federally inspected slaughterhouses of the state of Santa Catarina. One positive sample was found for the three studied virulence genes, which were confirmed by DNA sequencing. The analysis of partial sequences of the three virulence genes identified three unique amino acid changes, one in the virF gene and two in YadA gene. This sample had 11.058.398 molecules/μL detected by qPCR. By comparing the two techniques, qPCR was 100 times more sensitive than standard PCR. This result shows low occurrence of pathogenic Y. enterocolitica in healthy pigs from federally inspected slaughterhouses in Santa Catarina / Yersinia enterocolitica é uma bactéria Gram-negativa emergente que possui potencial zoonótico e está associada a quadros de infecção alimentar em humanos. Os suínos são considerados o principal reservatório de Y. enterocolitica, abrigando-a principalmente nas tonsilas. Tendo em vista a carne suína como uma das mais consumidas no mundo e a importância deste agente zoonótico, o objetivo deste trabalho foi avaliar a ocorrência de Y. enterocolitica patogênica em tonsila de suínos no momento do abate no estado de Santa Catarina. Para isto, foi utilizada uma PCR convencional multiplex que detecta a presença de genes de virulência (ail, yadA e virF) e comparou-se esta técnica com a PCR quantitativa em tempo real (qPCR), somente para o gene ail. Foram coletadas aleatoriamente tonsilas de 400 suínos provenientes de quatro frigoríficos com inspeção federal em diferentes regiões do estado. Foi realizado o sequenciamento do DNA dos genes amplificados das amostras positivas na cPCR e posteriormente foi feita a análise filogenética. Apenas uma amostra foi positiva para os três genes pesquisados na PCR convencional, os quais foram confirmados por sequenciamento. A análise das sequências parciais dos três genes de virulência identificou três mudanças de aminoácidos exclusivas, sendo uma no gene virF e duas no gene yadA. Na qPCR esta amostra apresentou 11.058.398 moléculas/μL. Ao comparar as duas técnicas, a qPCR foi 100 vezes mais sensível que a PCR convencional. Isso demonstra uma baixa ocorrência de Y. enterocolitica patogênica em suínos sadios ao abate em frigoríficos com inspeção federal em Santa Catarina
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