Th.--Sci. nat.--Nancy--I.N.P.L., 1984.

Th. univ.--Sci. nat.--Toulouse 3, 1981. N°: 13.

Au début de la lactation, les vaches laitières produisent des quantités de lait importantes, les plaçant en débalancement énergétique comparativement à l'énergie qu'elles obtiennent par leur alimentation. Pour combler cette balance énergétique négative, elles reçoivent, dans leur ration alimentaire des ingrédients riches en énergie hautement digestible, comme l'amidon, qui peut perturber l'équilibre acido-basique, l'équilibre entre les communautés microbiennes et engendrer des troubles métaboliques, comme l'acidose ruminale subaiguë (ARSA), dans le rumen. Malgré les nombreuses recherches, peu de solutions existent pour pallier le besoin énergétique en début de lactation. Ce qui n'a pas encore été testé à ce jour est l'ajout d'une source d'énergie liquide, comme le perméat de lait liquide. Le perméat de lait est un sous-produit industriel qui provient principalement de la transformation du lait en fromage et en yogourt. Il est riche en lactose, un sucre facilement digestible qui n'entraine pas des baisses du pH ruminal comme celles observées lorsque les rations sont riches en amidon. Cependant, son utilisation pourrait permettre de réduire les effets nocifs associés à un bilan énergétique négatif et bonifier la productivité des vaches laitières, mais aussi de réduire l'empreinte écologique de l'industrie laitière. Pour comprendre les effets de l'ajout de perméat de lait liquide comme source d'énergie et son impact sur les communautés microbiennes du rumen, nous avons utilisé un modèle RUSITEC où l'eau était substituée par le perméat de lait liquide. Cependant, afin d'évaluer le rôle du liquide dans le RUSITEC, il était nécessaire de comprendre d'abord l'impact de l'ajout d'eau dans le système *in vitro*, car il s'agit d'une composante manquante dans la conception classique du modèle. Dans cette expérience, trois vaches donneuses Holstein ont permis d'avoir accès au liquide et au solide ruminaux pour le démarrage du RUSITEC. Le RUSITEC était composé de deux systèmes en blocs complets comportant chacun 8 fermenteurs dont les échantillons était soutirés sur les deux périodes expérimentales de 15 jours chacune. Chaque bloc de 8 fermenteurs était sujet à une condition unique, soit « Normale (N) » ou « ARSA (S) ». De plus, il y avait quatre traitements en duplicata appliqués quotidiennement aux fermenteurs soit « Témoin (C) », « Eau (W) », « Perméat dilué à 50 % (WP) » et « Perméat (P) ». Quotidiennement, 50 mL étaient prélevés aux fermenteurs pour l'analyse de l'osmolalité, du pH, de la production d'acides gras volatiles (AGV) et de l'azote ammoniacal, mais aussi des analyses microbiologiques comme le décompte des protozoaires et l'analyse par séquençage du gène de l'ARN ribosomal 16S afin d'évaluer les diversités alpha et bêta et l'abondance relative des différents taxa bactériens. L'osmolalité et la concentration en azote ammoniacal étaient les seules différences entre les traitements C et W où W démontre un effet de dilution marqué pour les deux conditions (p ˂ 0,05). Une diminution du pH par ajout de perméat (WP et P) a été observer sans tenir compte des conditions. L'ajout de perméat (WP et P) provoque aussi une diminution en azote ammoniacal pour les deux conditions (p ˂ 0,05). Le traitement P a causé une augmentation de la production d'AGV (p ˂ 0,05) ainsi qu'une augmentation de la proportion en acide butyrique (p ˂ 0,05). Quant aux effets sur les communautés microbiennes, une disparition quasi totale du nombre de protozoaires survient au début de l'expérimentation peu importe le traitement. Pour l'indice de diversité bêta, une différence marquée est observée entre la composition des communautés bactériennes pour les traitements W et WP (p ˂ 0,05) se reflétant dans la différence en abondance relative de plusieurs taxa bactériens. Finalement, l'ajout de perméat de lait liquide dans le RUSITEC n'a entraîné aucune répercussion sur la richesse spécifique des microorganismes, mais a altéré les métabolismes causant des changements de pH et des changements dans les proportions d'AGVs en plus d'affecter la capacité tampon ruminale associée à la condition ARSA. Cependant, le perméat de lait liquide serait un supplément envisageable pour augmenter l'apport énergétique des vaches laitières recevant des diètes riches en énergie, mais des essais avec des animaux doivent être réalisés afin de mieux comprendre les répercussions de son emploie sur le pH ruminal *in vivo*. / At the beginning of lactation, dairy cows produce large amounts of milk, placing them in an energy imbalance compared to the energy they obtain from their diet. To compensate for this negative energy balance, they receive a food ration rich in highly digestible energy, such as starch, which can disrupt the acid-base balance, the balance between microbial communities and cause metabolic disorders, such as subacute ruminal acidosis (SARA) in the rumen. Despite much research, few solutions exist to compensate for the energy needed at the start of lactation. What has not yet been tested to date is the addition of a liquid energy source, such as liquid milk permeate. Milk permeate is an industrial byproduct that mainly comes from the processing of milk into cheese and yogurt. It is rich in lactose, an easily digestible sugar that does not lower ruminal pH like starch does. However, its use could reduce the harmful effects associated with a negative energy balance and improve the productivity of dairy cows, but also reduce the ecological footprint of the dairy industry. To understand the effects of the addition of liquid milk permeate as an energy source and its impact on rumen microbial communities, we used a RUSITEC model where water was substituted by liquid milk permeate. However, to assess the role of liquid in RUSITEC, it was necessary to first understand the impact of adding water to the *in vitro* system, as this is a missing component in the classic design of the model. In this experiment, three Holstein donor cows allowed to have access to ruminal liquid and solid for the start of the RUSITEC. The RUSITEC was composed of two complete blocks systems, each containing 8 fermenters (n=16) from which samples were drawn over two experimental periods of 15 days each. Each block of 8 fermenters was subject to a unique condition, either « Normal (N) » or « SARA (S) » condition. In addition, there were four duplicate treatments applied daily to the fermenters: « Control (C) », « Water (W) », « Permeate diluted to 50% (WP) » and « Permeate (P) ». Daily, 50 mL were taken from the fermenters for the analysis of osmolality, pH, production of volatile fatty acids (VFA) and ammoniacal nitrogen, but also microbiological analyzes such as counting protozoa and analysis by sequencing of the 16S ribosomal RNA gene in order to evaluate the alpha and beta diversities, and the relative abundance of different bacterial taxa. Osmolality and ammoniacal nitrogen concentration were the only differences between treatments C and W where W demonstrates a marked dilution effect for both conditions (p ˂ 0.05). A decrease in pH by addition of permeate (WP and P) was observed without considering both conditions. The addition of permeate (WP and P) also causes a decrease in ammoniacal nitrogen. For treatment P, an increase in VFA production (p ˂ 0.05) as well as an increase in proportion of butyric acid (p ˂ 0.05) were observed. In terms of microbial communities, an almost total disappearance in the number of protozoa occurs at the start of the experiment regardless of the treatment. For the beta diversity index, a marked difference was observed between the composition of the bacterial communities for the W and WP treatments (p ˂ 0.05) which was reflected in the difference in relative abundance of several bacterial taxa. Ultimately, the addition of liquid milk permeate in the RUSITEC had no impact on the specific richness of microorganisms, but it altered metabolisms, causing changes in pH and shifts in the proportions of VFAs, in addition to affecting the ruminal buffering capacity associated with the SARA condition. However, liquid milk permeate could be a suitable supplement to increase the energy intake of dairy cows receiving energy-rich diets, but trials with animals must be conducted to better understand the effects of its use on ruminal pH *in vivo*.

Les bactéries attachées à la paroi du rumen, également appelées communauté épimurale, ne représente que 1% de la biomasse microbienne totale du rumen. Cette communauté a été très peu étudiée jusqu'à présent, mais elle pourrait néanmoins jouer un rôle important dans le fonctionnement du rumen. L'objectif de notre travail a été de mieux connaître ces bactéries attachées à la paroi du rumen en étudiant leur diversté par PCR-DGGE. Nous avons ainsi montré que, quels que soient le régime et l'espèce animale étudiés, la diversité de cette communauté bactérienne était 1) similaire entre tous les sites de prélèvements épithéliaux, 2) variable entre individus et 3) différente de la diversité des communautés bactériennes du contenu ruminal lui suggérant des rôles spécifiques. Contrairement aux bactéries du contenu ruminal dont la diversité change avec la composition du régime alimentaire, celle des bactéries épithéliales semble stable à moyen terme (2 mois).

Les potentialités Fibrobacter succinogenes, l'espèce majeure du rumen, ont été utilisées pour la dégradation de végétaux et dans le cadre du projet MELiSSa créé par l'ESA. Dans un premier temps des cultures sur glucose nous ont permis de maîtriser notre procédé et de valider les techniques utilisées. Les cultures sur déchets végétaux (chou, soja et paille) par Fibrobacter succinogenes ont permis de mettre en évidence des cinétiques de dégradation différentes selon le substrat utilisé. Ensuite, les cultures sur un substrat issu d'une première dégradation par biométhanogenèse (projet MELiSSA), ont permis une amélioration du système et ont révélé des rendements de dégradation importants. La recherche d'un contaminant par biologie moléculaire a été menée pour expliquer la production de butyrate dans nos cultures. Enfin le programme "Anaerobic Waste Compartment Modelling and Simulation" nous a montré une très grande similitude avec les résultats expérimentaux

Reproduction de : Thèse de doctorat : Sciences agronomiques : Toulouse, INPT : 2005. / Titre provenant de l'écran-titre. Bibliogr. 202 réf.

Thèse ou mémoire avec insertion d'articles. / Les objectifs de cette thèse étaient d'évaluer les effets d'un supplément combiné d'acide folique et de vitamine B12 sur les performances zootechniques en fermes laitières (première étude) et sur la cinétique du glucose en début de lactation (deuxième étude). Les traitements suivants ont été donnés par injections intramusculaires hebdomadaires de trois semaines avant le vêlage jusqu'à huit ou neuf semaines postpartum : pour la première étude 1) saline ou 2) acide folique et vitamine B12 et pour la deuxième étude 1) saline; 2) acide folique; 3) vitamine B12; ou 4) acide folique et vitamine B12. Pour la première étude, 805 vaches dans 15 troupeaux ont été impliquées. L'incidence de dystocie a été plus basse et la première insémination postpartum a eu lieu plus tôt pour les vaches multipares recevant le supplément que pour les vaches multipares ne le recevant pas. Le supplément n'a pas eu d'effet sur la production laitière. Toutefois, la concentration en gras du lait a diminué et celle en protéines a augmenté pour les vaches recevant le supplément. De plus, ces vaches ont perdu moins de poids corporel en début de lactation suggérant un effet du supplément sur la répartition de l'énergie. L'analyse économique a indiqué que ce supplément a été rentable pour la moitié des fermes à l'étude. Le supplément a augmenté la concentration en vitamine B12 du lait dans tous les troupeaux. Pour la deuxième étude, 24 vaches multipares ont été utilisées. Les concentrations plasmatiques de folates et de vitamine B12 des animaux témoins étaient plus élevées que ce qui a été rapporté dans la littérature. Étonnamment, le supplément d'acide folique a diminué le taux d'apparition du glucose à la neuvième semaine postpartum. L'ingestion, la concentration en glycogène hépatique et le pourcentage de glucose synthétisé provenant du propionate étaient semblables entre les traitements. Les résultats de ces études indiquent que, sous certaines circonstances, les apports d'acide folique et de vitamine B12 par la microflore du rumen semblent adéquats pour optimiser les performances des vaches. Cependant, il n'existe actuellement aucun moyen de prédire les apports en ces vitamines pour l'animal selon la ration reçue. / The objectives of this thesis were to evaluate the effects of a combined supplement of folic acid and vitamin B12 on performance in commercial dairy herds (first study) and on glucose kinetic in early lactation (second study). The following treatments were given by weekly intramuscular injections from three weeks before calving until eight or nine weeks postpartum: for the first study 1) saline or 2) folic acid and vitamin B12 and for the second study 1) saline; 2) folic acid; 3) vitamin B12 or; 4) folic acid and vitamin B12. For the first study, 805 cows in 15 herds were involved. The incidence of dystocia was lower and the first breeding postpartum occurred at an earlier time for multiparous cows receiving the vitamin supplement than for multiparous cows that did not. Vitamin supplement did not affect milk production. However, milk fat concentration decreased and milk protein concentration increased for dairy cows receiving the supplement. Moreover, these cows lost less body weight in early lactation suggesting an effect of the vitamin supplement on energy partitioning. The economic analysis showed that this supplement was profitable for half of the studied herds. The vitamin supplement increased vitamin B12 concentration in milk within each herd. For the second study, 24 multiparous cows were involved. Plasma concentrations of folates and vitamin B12 from controls were higher than previously reported in the literature. Surprisingly, the folic acid supplement decreased whole-body glucose rate of appearance at week nine postpartum. However, dry matter intake, liver glycogen concentration, and percentage of glucose synthesized from propionate were similar among treatments. Results from these two studies highlighted that, under some circumstances, supplies of folic acid and vitamin B12 from ruminal microflora seem to be adequate to optimize cow performance. However, it is not possible under the actual state of knowledge to predict supplies of these vitamins for the animal according to the diet.

Au cours des dernières années, l’intérêt de la communauté scientifique en ce qui a trait à la synthèse de vitamines B dans le rumen des vaches laitières s’est accentué, et une des stratégies employées afin d’augmenter cette synthèse endogène réside dans la formulation des rations. Plusieurs paramètres alimentaires influencent la quantité de vitamines B qui est acheminée à l’intestin. Ce projet de maîtrise a été entrepris pour évaluer les effets de deux de ces paramètres sur la synthèse apparente de vitamines B dans le rumen de la vache laitière : d’une part, la teneur en graines de lin extrudées de la ration, d’autre part, le niveau d’azote et la source d’énergie. Le premier essai s’est déroulé en deux expériences qui se différenciaient par leur ration de base; la première contenait du foin alors que la deuxième contenait de l’ensilage de maïs. Chacune d’entre elles a été entreprise avec quatre vaches Holstein qui ont ingéré des rations supplémentées à raison de 0, 5, 10 ou 15% en graines de lin extrudées sur une base de MS. L’augmentation de la concentration de graines de lin extrudées dans la ration a induit un plus grand flux duodénal de vitamine B6 et de folates dans les deux expériences. Pour l’expérience conduite avec un régime à base d’ensilage de maïs, il y a eu une réduction de la dégradation de vitamine B6 dans le rumen lorsque la concentration de graines de lin a augmenté dans la ration. La synthèse apparente de folates a augmenté avec un plus grand apport de graines de lin extrudées pour les deux expériences de ce projet. La thiamine, la riboflavine, la niacine et la vitamine B12 n’ont pas été affectées par les traitements. Le deuxième essai s’est effectué avec quatre vaches Holstein qui ont reçu des traitements alimentaires composés de deux niveaux d’azote (haut: 14% de protéines brutes; bas: 11% de protéines brutes) et de deux sources d’énergie (riche en amidon ou riche en fibres). Le niveau d’azote alimentaire le plus faible a entraîné la diminution du flux duodénal de vitamine B6 ainsi qu’une dégradation accrue de cette vitamine dans le rumen. Il y a également eu une réduction du flux duodénal et de la synthèse ruminale apparente de folates. Le régime alimentaire riche en amidon a augmenté le flux duodénal et la synthèse apparente dans le rumen de riboflavine, de vitamine B6 et des folates alors qu’au contraire, pour la vitamine B12, c’est le régime riche en fibres qui a augmenté la synthèse dans le rumen et le flux duodénal. Les résultats de ces travaux démontrent que, chez la vache laitière, les caractéristiques de la ration influencent différemment les apports de chacune des vitamines B. / Over the past years, scientific community interest on B-vitamin synthesis in the rumen of dairy cows has increased, and strategies employed to enhance their endogenous synthesis reside in the formulation of diets. Several dietary factors influence the amount of B vitamins reaching the intestine and this project was undertaken to evaluate the effects of two of these parameters on B-vitamin apparent ruminal synthesis (ARS) in dairy cows. On one hand, the dietary concentration of extruded linseed, and on the other hand, the nitrogen level and the energy source of the diet were studied. The first trial was conducted in two phases which differed in their basal forage diet. In the first one, cows received hay based diet while in the second one, cows received corn silage based diet. Each experiment was performed with four Holstein cows which ingested extruded linseed supplements at 0, 5, 10 or 15% on DM basis. Increasing extruded linseed concentration in the diet induced a greater duodenal flow of vitamin B6 and folates in both experiments. Vitamin B6 degradation in the rumen decreased with the increased concentration of linseed only in the experiment with corn silage-based diets. Folate ARS increased with a higher supply of extruded linseed in both phases. Thiamin, riboflavin, niacin and vitamin B12 were not affected by treatments. The second trial was carried out with four Holstein cows receiving dietary treatments comparing two nitrogen levels (high: 14% of crude protein; low: 11% crude protein) and two energy sources (high in starch or high in fiber). Decreasing dietary nitrogen concentration reduced vitamin B6 duodenal flow and increased its ruminal degradation. It also reduced folate duodenal flow and ARS. The rich-starch diets increased duodenal flow and ruminal balance of riboflavin, vitamin B6 and folates while the rich-fiber diets increased vitamin B12 duodenal flow and ARS. In summary, the results from the current study demonstrate that, in lactating dairy cows, dietary characteristics influence the individual supply of B vitamins differently.

Le tourteau de canola est un complément protéique de plus en plus utilisé dans les rations des vaches laitières. La substitution d'un complément protéique par du tourteau de canola a un effet positif sur la production laitière ainsi que sur la quantité de protéines produites. Cette réponse positive au niveau de la production laitière est observée, et ce, même si le NRC (2001) prédit une diminution de l'apport en protéines métabolisables lorsque le tourteau de canola remplace du tourteau de soya dans les rations des vaches laitières. Cela pourrait être dû à une sous-estimation de l'apport en protéines métabolisables par les modèles, comme le NRC (2001), lorsque le tourteau de canola est utilisé. Le projet avait comme objectif d'évaluer la cinétique de l'azote au rumen du tourteau de canola et d'évaluer l'apport en protéines métabolisables. Les objectifs spécifiques de l'étude étaient de (1) déterminer la contribution en azote soluble et en petites particules non dégradées du tourteau de canola et du tourteau de soya au flux de protéines au duodénum ; de (2) mesurer les flux de bactéries au duodénum à partir des deux suppléments ; et de (3) mieux comprendre la contribution en petites particules du tourteau de canola. Pour ce faire, quatre vaches munies de canules ruminale et duodénale ont été utilisées selon un plan croisé avec des rations soit à base de tourteau de canola, soit de tourteau de soya. De plus, du tourteau de canola et du tourteau de soya marqué au $^\textup{15}$N ont été administrés sous forme de dose unique pendant l'expérience. Les résultats ont montré que la proportion de bactéries associées à la phase liquide dans le digesta duodénal était supérieure pour le tourteau de canola que pour le tourteau de soya, puis l'inverse a été observé pour les bactéries associées aux particules. Lorsque ces résultats sont combinés avec les flux de matière sèche qui atteignent le duodénum, les flux totaux de bactéries arrivant au duodénum ne sont pas les mêmes pour les deux suppléments protéiques. L'étude des aires sous la courbe qui ont été obtenues à partir des excès en $^\textup{15}$N en fonction du temps a démontré que pour la fraction associée aux petites particules, la fraction des bactéries associées aux particules et la fraction des bactéries associées à la phase liquide, les aires sous la courbe estimées avec le modèle non linéaire étaient supérieures pour les rations contenant du tourteau de canola. Ceci renforce donc notre hypothèse selon laquelle la réponse positive du tourteau de canola serait associée davantage à la fraction de l'azote soluble et aux petites particules contenant de l'azote du tourteau de canola. / Canola meal is a protein supplement increasingly used in dairy cows diets. Substituting a protein supplement with canola meal has a positive effect on milk production as well as on the amount of protein produced. This positive response on milk production occurs even though the NRC (2001) predicts a reduction in metabolizable protein intake when canola meal replaces soybean meal in dairy cows rations. This could be due to an underestimation of metabolizable protein supply by models, such as the NRC (2001), when canola meal is used. The objective of the project was therefore to evaluate the kinetics of nitrogen in the rumen of a ration containing canola meal and to determine the consequences on the supply of metabolizable proteins. The specific objectives of the study were to (1) determine the contribution of soluble nitrogen and small undegraded particles from canola meal and soybean meal to protein flow to the duodenum; to (2) measure the flow of bacteria to the duodenum from the two supplements; and (3) to have a better understanding of the contribution of small particles from canola meal. Four cows fitted with a ruminal and a duodenal cannula were used in a cross-over design with diets including canola meal or soybean meal. Also, canola and soybean labeled with $^\textup{15}$N were given as single-pulse doses during the experiment. The results have shown that the proportion of fluid-associated bacteria in the duodenal digesta was higher when cows were fed canola meal than soybean meal. The opposite was observed for the particle-associated bacteria. When these results are combined with the flow of dry matter reaching the duodenum, the total flow of bacteria arriving at the duodenum was not the same for the two protein supplements. The study of the areas under the curve, which were obtained from the $^\textup{15}$N excesses as a function of time, demonstrated that for the fraction associated with small particles as well as for the fraction of particles-associated bacteria and the fraction of fluid-associated bacteria, areas under the curve estimated with the nonlinear model were greater for diets containing canola meal. This reinforces our hypothesis that the positive response of canola meal would be associated more with the soluble fraction of nitrogen and small particles of canola meal.

Une des références les plus utilisées dans l’évaluation de la composition en acides aminés (AA) du flux de protéines microbiennes (MCP) du duodénum nous provient de Clark et al. (1992, JDS : 2304). Néanmoins, cette référence comporte uniquement la composition en AA des bactéries associées à la phase liquide (BAL) du rumen, dont 7 des 18 études présentées ont été réalisées chez le mouton. Le présent travail propose d’investiguer plus en détails les protéines microbiennes, incluant les bactéries associées à la phase solide (BAS) et les protozoaires chez le bovin laitier. En effet, il a été démontré que moins de 40 % de la MCP duodénale pouvait provenir des BAL et que la composition en AA des BAS et des protozoaires diffère de celle des BAL (Jouany, 1996). Les objectifs sont dès lors de : Effectuer une mise à jour de la composition en AA des bactéries du rumen ; Ajouter à la base de données les compositions en AA des protozoaires du rumen ; Mettre en lumière les différences de composition en AA des protozoaires et des différents types de bactéries. Sur base de recherches préliminaires et d’une révision approfondie de la littérature scientifique traitant du présent sujet, 26 publications ont été sélectionnées afin de construire une base de données repertoriant les bactéries plus 10 publications concernant les protozoaires. Les valeurs rapportées pour les bactéries ont été réparties selon le type de bactéries, soit les BAL ou les BAS. La composition en AA des bactéries et des protozoaires a été comparée par une analyse de variance incluant l'effet du type de microorganisme en utilisant les contrastes orthogonaux suivant : 1) bactéries vs protozoaires, 2) BAL vs BAS. Les résultats obtenus ont été analysés et plusieurs conclusions ont pu être tirées. Notamment, en ce qui concerne le rapport entre la composition en AA essentiels des bactéries et celle des protozoaires. Le Trp (1,76 g/100 g AA) a montré le rapport le plus élevé tandis que la Lys (0,78 g/100 g AA) a montré le plus faible. Ces données suggèrent une importance particulière dans l’identification de la présence de protozoaires dans le flux de protéines duodénales afin de prédire correctement le flux duodénal en AA. En effet, l’inclusion des protozoaires dans le flux duodénal de MCP apporte une variation de plus de 4% dans l’estimation de ce flux pour tous les AA sauf pour Arg et Leu, comparativement à l’utilisation de la composition des bactéries rapportée par Clark et al. (1992, JDS: 2304). / One of the most used references in the evaluation of the amino acid composition (AA) of the duodenum microbial protein (MCP) flow is from Clark et al. (1992, JDS : 2304). Nevertheless, this reference only includes the AA composition of the bacteria associated with the liquid phase (BAL) of the rumen, of which 7 of the 18 studies presented were carried out in sheep. The present work proposes to investigate in more detail microbial protein, including bacteria associated with the solid phase (BAS) and protozoa in dairy cattle. It has been shown that less that 40 % of duodenal MCP can be derived from BAL (Jouany, 1996). The objectives are therefore : Updating the AA composition of rumen bacteria ; Add to the database the AA composition of the rumen protozoa ; Highlight differences in the composition of protozoa and different types of bacteria in AA. Based on preliminary research and a thorough review of the scientific literature on the subject, 26 publications were selected to construct a database of bacteria plus 10 publications on protozoa. The values reported for the bacteria were distributed according to the type of bacteria, i.e. BAL or BAS. The AA composition of bacteria and protozoa was compared by an analysis of variance including the effect of the microorganism type using the following orthogonal contrasts: 1) Bacteria vs protozoa, 2) BAL vs BAS. The results obtained were analyzed and several conclusions were drawn. In particular, as regards to the ratio between the essential AA composition of bacteria and that of protozoa. Trp (1.76 g/100g AA) showed the highest ration while Lys (0.78 g/100 g AA) showed the lowest. These data suggest a particular importance in the identification of the presence of protozoa in the duodenal protein flow in order to correctly predict the duodenal flow in AA. Indeed, the inclusion of protozoa in the duodenal MCP flow contributes a variation of more than 4 % in the estimation of this flow for all AA except for Arg and Leu, compared to the use of the composition of the bacteria reported by Clark et al. (1992, JDS: 2304)