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Fenótipos e perfis de sensibilidade aos antifúngicos de leveduras isoladas da mucosa oral de cães da cidade de Campinas, São Paulo / Phenotypes and profiles of antifungal drugs susceptibility of yeasts isolated from the oral mucosa of dogs in the city of Campinas, Sao PauloNavarro, Bianca Silva 21 October 2016 (has links)
Motivado pela crescente importância que os animais domésticos vêem causando na sociedade humana, tanto em relação à busca de melhor qualidade de vida, quanto em relação ao seu valor epidemiológico, visto que são poucos os estudos sobre este assunto, este trabalho objetivou-se em identificar e traçar o perfil de sensibilidade frente aos antífúngicos das espécies de leveduras potencialmente patogênicas isoladas da mucosa oral de cães sem raça definida, da cidade de Campinas, São Paulo. Por motivos de segurança, os animais selecionados foram anestesiados para a realização de exame clínico da cavidade oral e coleta de amostras da região de mucosa oral, seguida de inoculação em ágar Sabouraund dextrose com cloranfenicol. A partir do crescimento em placa, foram isoladas as colônias de fungos leveduriformes, submetidas a exames macromorfológicos e micromorfológicos, meio cromogênico, provas bioquímicas (urease e método API 20C AUX) e teste de sensibilidade aos antifúngicos. Dos 50 animais participantes do estudo, os cães com idade superior a 4 anos e os que apresentavam doença periodontal tiveram maior percentual de isolamento. Foram identificadas 43 leveduras das 45 amostras isoladas, sendo elas 86% (37) correspondentes ao gênero Candida spp, 11,6% (5) pertencentes ao gênero Trichosporon spp e 2,3% (1) do gênero Malassezia pachydermatis. O perfil de sensibilidade pelo método \"Etest\" identificou importante resistência de algumas amostras à antifúngicos rotineiramente utilizados na clínica médica veterinária, o que ressalta a importância da continuidade deste trabalho para o melhoramento da conduta clínica e para a explicação dos inúmeros tratamentos recidivos tanto em animais como em humanos. / Regarding the increasing impact that that the pets have been causing to the human society as its relation to the search for a better quality of life, and its relation with the epidemiological value, this study aimed to identify and draw the profile of the susceptibility to the antifungal drugs of the potentially pathogenic species of yeasts isolated from the oral canine mucosa of animals from indefinite breed of the city of Campinas, São Paulo. For their safety, the selected animals were anesthetized to have a short clinic exam of the oral cavity performed and to have samples from the oral mucosa collected. Later an inoculation in Sabouraud Dextrose Agar with chloramphenicol was performed. After the growth on a dish, colonies of fungi with yeast shape were isolated and submitted to macro morphological and micro morphological exams, chromogenous medium, biochemical proofs (urease and API 20C AUX method), and the test of the susceptibility to the antifungal drugs. Among the 50 animals taken part in the study, the dogs over 4 years old and those which presented periodontal diseases had a higher isolation percentage. Yeasts were identified 43 of the 45 isolates, being that 86%(37) were from the genus Candida spp, 11,6% (5) belonged to the genus Trichosporon spp., and 2,3% (1) belonged to the genus Malasseziapachydermatis.The susceptibility profile through the \"Etest®\" method identified a relevant resistance of some strains to the antifungal drugs commonly used in the veterinary medical clinic. This found highlights the relevance of the continuity of this study to improve the clinical conduct and to explain many relapse treatments in both animals and humans.
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Frequência de Cryptococcus spp. e outras leveduras com potencial patogênico em excretas de aves silvestres em três munícipios do estado de São Paulo / Frequency of Cryptococcus spp. and other yeasts with pathogenic potential in excreta of wild birds in three municipalities of the state of São PauloCaldas, Cirlene da Cunha 28 September 2017 (has links)
Introdução: Nas últimas décadas, as infeções fúngicas invasivas por leveduras tornou-se um importante problema de saúde pública, dado sua incidência crescente relacionada ao aumento da população suscetível. O reconhecimento destes patógenos em aspectos como, distribuicão ambiental e caraterísticas fenotípicas, são pilares essenciais para sua vigilância e controle. Objetivo: Descrever a frequência dos agentes de criptococose e outras leveduras com potencial patogênico e comparar essa frequência em excretas de aves silvestres em três municípios do estado de São Paulo, com vistas a melhor conhecimento da distribuição desses agentes no ambiente, além de determinar o perfil de suscetibilidade in vitro a antifúngicos de uso clínico. Método: No período de 2 anos, aves silvestres foram identificadas em áreas de circulação de 3 municípios de São Paulo (Praia Grande, Santos e Rio Claro) e submetidas à coleta de excretas para isolamento de leveduras com potencial patogênico. Análise microscópica e macroscópica para classificação presuntiva de gênero foram realizados em todas as colônias de leveduras obtidas das amostras de excretas. A suscetibilidade dos isolados de leveduras aos antífúngicos: fluconazol, voriconazol e anfotericina B foi determinada segundo método de referência europeu (AFST-EUCAST). Análise de dados: Foi utilizada a regressão de Poisson com a opção robusta para estimar razões de prevalência e identificar variáveis associadas com os principais isolados identificados, com opção de cluster para agrupar os isolados por excreta. Foi avaliado o nível de concordância entre os dois métodos de identificação (fenotípico e MALDI-TOF), utilizando o coeficiente Kappa. Adicionalmente, foi estimada a correlação entre os MIC´s dos fármacos estudados no total de espécies identificadas, utilizando o coeficiente de correlação de Spearman. Resultados: Das 294 excretas coletadas, 42,2 por cento continham leveduras, incluindo espécies de Candida 62 por cento , seguido por Rhodotorula 16,4 por cento , Cryptococcus 10,4 por cento , Trichosporon 6,6 por cento e Pichia 2,7 por cento . Muitas espécies, verificadas em alta frequência, tem forte potêncial de causar infecção invasiva, como: C. parapsilosis stricto sensu, C. tropicalis, Clavispora lusitaniae, C. krusei, C. orthopsilosis, C. glabrata, C. laurenti, C. albicans, C. metapsilosis, C. nivariensis e Meyerozyma guilliermondii. A resistência ao fluconazol, voriconazol e anfotericina B ocorreu nesses isolados, sendo documentada uma forte correlação entre a susceptibilidade, principalmente entre os azois (fluconazol e voriconazol), no entanto, a correlação mesmo sendo menor também foi significativa entre esses fármacos e a anfotericina. De 13 espécies de aves silvestres dispersoras de leveduras, as de maior frequência foram: Sula leucogaster 26,2 por cento , Turdus leucomelas 17 por cento , Larus dominicanus 15 por cento , Thalasseus maximus 11,2 por cento , Thalasseus acuflavidus 5,4 por cento , Tangara sayaca 4,4 por cento , Turdus amaurochalinus 3,7 por cento , Sterna hirundinacea e Pitangus sulphuratus 2,7 por cento . Os gêneros identificados apresentaram associações entre local, estação do ano e espécies de aves. Conclusões: Dentre as principais espécies de aves estudadas, 3 eram de hábitos migratórios (Thalasseus maximus, Thalasseus acuflavidus e Sterna hirundinacea) o que permite inferir dispersão interamericana de leveduras patogênicas. Diversas espécies resistentes a antifúngicos foram descritas, pela primeira vez, em excretas de aves silvestres conferindo a este estudo o valor de contribuir para o conhecimento da epidemiologia das infecções fúngicas por leveduras. / Background: In recent decades, invasive yeast fungal infections have become an important public health problem, due to their increasing incidence related to the increase in the susceptible population. The recognition of these pathogens in aspects such as environmental distribution and phenotypic characteristics are essential pillars for their surveillance and control. Objective: To describe the frequency of cryptococcosis agents and other yeasts with pathogenic potential and to compare this frequency in excreta of wild birds in three municipalities of the state of São Paulo, with a view to a better knowledge of the distribution of these agents in the environment, in addition to determining the profile of in vitro susceptibility to antifungals for clinical use. Method: During two years, wild birds were identified in circulation areas of three municipalities of São Paulo (Praia Grande, Santos and Rio Claro) and were screened for yeasts with pathogenic potential. Microscopic and macroscopic analysis for presumptive genus classification were performed in all yeast colonies obtained from excreta samples. Susceptibility of yeast isolates to antifungals: fluconazole, amphotericin B and voriconazole was determined according to the European reference method (AFST-EUCAST). Data analysis: Poisson regression was used with the robust option to estimate prevalence ratios and to identify variables associated with the main isolates identified, with option of cluster to group the isolates by excreta. The level of agreement between the two identification methods (phenotype and MALDI-TOF) was evaluated using the Kappa coefficient. Additionally, the correlation was estimated between MICs of the drugs studied in total of species identified, using Spearman\'s correlation coefficients. Results: Of the 294 excreta collected, half contained yeasts, including Candida species (62 per cent ), followed by Rhodotorula (16.4 per cent ), Cryptococcus (10.4 per cent ), Trichosporon (6.3 per cent ) and Pichia (2.7 per cent ). Many species, verified at high frequency, have a strong potential to cause invasive infection, such as: C. parapsilosis stricto sensu, C. tropicalis, Clavispora lusitaniae, C. krusei, C. orthopsilosis, C. glabrata, C. laurentii, C. albicans, C. metapsilosis, C. nivariensis and Meyerozyma guilliermondii. Resistance to fluconazole, voriconazole and amphotericin B occurred in these isolates and a strong correlation was reported between susceptibility, mainly between azole (fluconazole and voriconazole), however, the correlation, even though it was lower, was also significant between these drugs and amphotericin. From 13 species of wild birds dispersing yeasts, the ones with the highest frequency were: Sula leucogaster 26,2 per cent , Turdus leucomelas 17 per cent , Larus dominicanus 15 per cent , Thalasseus maximus 11,2 per cent , Thalasseus acuflavidus 5,4 per cent , Tangara sayaca 4,4 per cent , Turdus amaurochalinus 3,7 per cent , Sterna hirundinacea e Pitangus sulphuratus 2,7 per cent . The identified genera presented associations between site, season of the year and species of birds. Conclusion: Among the main species of birds studied, 3 were of migratory habits (Thalasseus maximus, Thalasseus acuflavidus and Sterna hirundinacea), which allows inferring the inter - American dispersion of pathogenic yeasts. Several species resistant to antifungal were described for the first time in excreta of wild birds, conferring to this study the value of contributing to the knowledge of the epidemiology of fungal infections by yeasts.
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Fenótipos e perfis de sensibilidade aos antifúngicos de leveduras isoladas da mucosa oral de cães da cidade de Campinas, São Paulo / Phenotypes and profiles of antifungal drugs susceptibility of yeasts isolated from the oral mucosa of dogs in the city of Campinas, Sao PauloBianca Silva Navarro 21 October 2016 (has links)
Motivado pela crescente importância que os animais domésticos vêem causando na sociedade humana, tanto em relação à busca de melhor qualidade de vida, quanto em relação ao seu valor epidemiológico, visto que são poucos os estudos sobre este assunto, este trabalho objetivou-se em identificar e traçar o perfil de sensibilidade frente aos antífúngicos das espécies de leveduras potencialmente patogênicas isoladas da mucosa oral de cães sem raça definida, da cidade de Campinas, São Paulo. Por motivos de segurança, os animais selecionados foram anestesiados para a realização de exame clínico da cavidade oral e coleta de amostras da região de mucosa oral, seguida de inoculação em ágar Sabouraund dextrose com cloranfenicol. A partir do crescimento em placa, foram isoladas as colônias de fungos leveduriformes, submetidas a exames macromorfológicos e micromorfológicos, meio cromogênico, provas bioquímicas (urease e método API 20C AUX) e teste de sensibilidade aos antifúngicos. Dos 50 animais participantes do estudo, os cães com idade superior a 4 anos e os que apresentavam doença periodontal tiveram maior percentual de isolamento. Foram identificadas 43 leveduras das 45 amostras isoladas, sendo elas 86% (37) correspondentes ao gênero Candida spp, 11,6% (5) pertencentes ao gênero Trichosporon spp e 2,3% (1) do gênero Malassezia pachydermatis. O perfil de sensibilidade pelo método \"Etest\" identificou importante resistência de algumas amostras à antifúngicos rotineiramente utilizados na clínica médica veterinária, o que ressalta a importância da continuidade deste trabalho para o melhoramento da conduta clínica e para a explicação dos inúmeros tratamentos recidivos tanto em animais como em humanos. / Regarding the increasing impact that that the pets have been causing to the human society as its relation to the search for a better quality of life, and its relation with the epidemiological value, this study aimed to identify and draw the profile of the susceptibility to the antifungal drugs of the potentially pathogenic species of yeasts isolated from the oral canine mucosa of animals from indefinite breed of the city of Campinas, São Paulo. For their safety, the selected animals were anesthetized to have a short clinic exam of the oral cavity performed and to have samples from the oral mucosa collected. Later an inoculation in Sabouraud Dextrose Agar with chloramphenicol was performed. After the growth on a dish, colonies of fungi with yeast shape were isolated and submitted to macro morphological and micro morphological exams, chromogenous medium, biochemical proofs (urease and API 20C AUX method), and the test of the susceptibility to the antifungal drugs. Among the 50 animals taken part in the study, the dogs over 4 years old and those which presented periodontal diseases had a higher isolation percentage. Yeasts were identified 43 of the 45 isolates, being that 86%(37) were from the genus Candida spp, 11,6% (5) belonged to the genus Trichosporon spp., and 2,3% (1) belonged to the genus Malasseziapachydermatis.The susceptibility profile through the \"Etest®\" method identified a relevant resistance of some strains to the antifungal drugs commonly used in the veterinary medical clinic. This found highlights the relevance of the continuity of this study to improve the clinical conduct and to explain many relapse treatments in both animals and humans.
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Caractérisation de la RNase P nucléaire de Candida glabrata et amélioration des outils d’édition de son génome / Characterization of the nuclear RNase P of Candida glabrata and improvement of genome editing toolsDahman, Yacine 19 September 2018 (has links)
Candida glabrata est une levure pathogène opportuniste, apparaissant aujourd’hui comme la deuxième cause de candidémie en Europe et en Amérique du Nord. Cette levure présente de nombreuses particularités génomiques telles que la présence de nouveaux domaines structuraux au sein d’ARN non-codants ubiquitaires. Le premier aspect de cette thèse a consisté en l’étude de la sous-unité ARN atypique de la Ribonucléase P nucléaire de C. glabrata. Cet ARN contient trois grand domaines additionnels octroyant au transcrit une taille trois fois plus élevée que la moyenne des sous-unités ARN des RNase P eucaryotiques. Les expériences réalisées ont permis une meilleure compréhension du rôle de ces domaines additionnels et ont démontré la présence inédite de la protéine Rcl1 au sein du complexe de la RNase P. Dans un second temps ce travail de thèse a aussi contribué à l’amélioration des outils d’édition du génome de C. glabrata existants. De nouvelles cassettes intégratives de faible taille et positivement sélectionnables ont été mises au point. Ces éléments présentent toutes les caractéristiques permettant leur utilisation dans la modification du génome de souches sauvages et d’isolats cliniques de C. glabrata. / Candida glabrata is an opportunistic pathogenic yeast, and is today the second causative agent of candidemia in Europe and North America. This yeast has many genomic peculiarities such as the presence of new structural domains within ubiquitous non-coding RNAs. The first aspect of this thesis was the study of the atypical RNA subunit of the nuclear Ribonuclease P of C. glabrata. This RNA contains three large additional domains giving the transcript an overall size more than three times larger than the average eukaryotic RNase P RNA subunits. The experiments performed led to a better understanding of the role of these additional domains and demonstrated for the first time the presence of the Rcl1 protein within the RNase P complex. Secondly, this thesis work also contributed to the improvement of existing genome editing tools in C. glabrata. New small and positively selectable integrative cassettes have been developed. These elements exhibited all the required characteristics for their use in wild-type strains and clinical isolates of C. glabrata.
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