Abstract The Cassini/Huygens mission is a collaborative mission of NASA and ESA to study the Saturnian system. Cassini Plasma Spectrometer (CAPS)is one of the scientific investigations onboard the Cassini orbiter. It consists of three separate spectrometers: Electron Spectrometer (ELS), Ion Mass Spectrometer (IMS) and Ion Beam Spectrometer (IBS). The University of Oulu has a co-investigator status in the CAPS project, and been mainly involved in simulating the structure and scientific performance of the IBS instrument. IBS is a high resolution hemispherical electrostatic analyser aimed to study the solar wind ions. This thesis contains an Introduction and five original papers. Papers I–III contain a detailed description of the simulation process of the IBS instrument and related results. In Paper I the manufacturing tolerances were calculated in order to verify that the high resolution requirements can be achieved using available manufacturing processes. In Paper II the simulations have been further developed and the instrument properties have been studied in more detail. In Paper III the simulation model is used to help the analysis and interpretation of the laboratory calibrations of the IBS flight model. Papers IV and V study the long-term fluctuations in solar wind and interplanetary magnetic field in the period range of 1–2 years (so called mid-term quasi periodicities, MTQP), using the wavelet transformation method to produce dynamic power spectra. In paper IV the MTQP structure in solar wind speed at 1 AU was studied using the longest available series of geomagnetic activity. It was shown that the long-term occurrence MTQP fluctuations roughly follows the long-term solar activity, suggesting that MTQP fluctuations are closely connected with the solar dynamo activity. Moreover, it was also noted that MTQP activity may offer a possibility for a precursory signal which could be used to predict significant changes in long-term solar activity. While Paper IV presents the temporally longest study of MTQP fluctuations, Paper V gives the spatially widest treatment of the same phenomenon. Paper V studies MTQP fluctuations in solar wind and interplanetary magnetic field measured by four probes in the outer heliosphere. It is shown that two MTQP fluctuations of different periods (1.3 and 1.7 years)co existed during solar cycle 22, while during solar cycle 21 only the 1.7-year band existed. This suggests that the solar dynamo acts differently during even and odd cycles. It is also shown that the two MTQP fluctuations during solar cycle 22 are organized latitudinally. While the 1.3-year periodicity originates from equatorial regions, the 1.7-year fluctuations arise at mid-latitudes. / Original papers Original papers are not included in the electronic version of the dissertation. Vilppola, J. H., Keisala, J. T., Tanskanen, P. J., & Huomo, H. (1993). Optimization of hemispherical electrostatic analyzer manufacturing with respect to resolution requirements. Review of Scientific Instruments, 64(8), 2190–2194. https://doi.org/10.1063/1.1143958 Vilppola, J. H., Tanskanen, P. J., Huomo, H., & Barraclough, B. L. (1996). Simulations of the response function of a plasma ion beam spectrometer for the Cassini mission to Saturn. Review of Scientific Instruments, 67(4), 1494–1501. https://doi.org/10.1063/1.1146881 Vilppola, J. H., Tanskanen, P. J., Barraclough, B. L., & McComas, D. J. (2001). Comparison between simulations and calibrations of a high resolution electrostatic analyzer. Review of Scientific Instruments, 72(9), 3662–3669. https://doi.org/10.1063/1.1392337 Mursula, K., Zieger, B., & Vilppola, J. H. (2003). Mid-term quasi-periodicities in geomagnetic activity during last 15 solar cycles: Connection to solar dynamo strength. Solar Physics, 212(1), 201–207. https://doi.org/10.1023/a:1022980029618 Mursula, K., & Vilppola, J. H. (2004). Fluctuations of the Solar Dynamo Observed in the Solar Wind and Interplanetary Magnetic Field at 1 AU and in the Outer Heliosphere. Solar Physics, 221(2), 337–349. https://doi.org/10.1023/b:sola.0000035053.17913.26

The cycle regression analysis algorithm is the most recent addition to a group of techniques developed to detect "hidden periodicities." This dissertation investigates four major aspects of the algorithm. The objectives of this research are 1. To develop an objective method of obtaining an initial estimate of the cycle period? the present procedure of obtaining this estimate involves considerable subjective judgment; 2. To validate the algorithm's success in extracting cycles from multi-cylical data; 3. To determine if a consistent relationship exists among the smallest amplitude, the error standard deviation, and the number of replications of a cycle contained in the data; 4. To investigate the behavior of the algorithm in the predictions of major drops.

Βασική επιδίωξη της παρούσας διατριβής είναι η διερεύνηση των δυνατοτήτων του πεδίου της επιστήμης των υπολογιστών που πραγματεύεται την αποθήκευση και την επεξεργασία πληροφορίας, μέσα στο περιβάλλον που έχουν σχηματίσει οι σύγχρονες εφαρμογές. Τα τελευταία χρόνια, η πληροφορία που είναι διαθέσιμη σε ηλεκτρονική μορφή, έχει γιγαντωθεί με αποτέλεσμα να είναι αναγκαία η ανάπτυξη νέων τεχνικών για την αποτελεσματική αποθήκευση και επεξεργασία αυτής. Δύο πολύ χαρακτηριστικές και σημαντικές εφαρμογές, στις οποίες ανακύπτουν συνεχώς νέα προβλήματα, είναι η διαχείριση Βιολογικών δεδομένων, όπως π.χ. οι ακολουθίες γονιδιωμάτων, καθώς και η διαχείριση πληροφορίας από τον παγκόσμιο ιστό, όπως π.χ. τα έγγραφα HTML, XML ή οι συντομεύσεις (urls). Στόχος είναι ανάπτυξη δομών δεικτοδότησης πάνω στην πληροφορία έτσι ώστε τα σχετικά ερωτήματα με αυτή να απαντώνται αποδοτικά και πολύ πιο γρήγορα από το να ψάχναμε εκτενώς μέσα σε αυτή. Χαρακτηριστικά τέτοια ερωτήματα είναι η εύρεση προτύπων (pattern matching) ή ο εντοπισμός επαναλαμβανόμενων μοτίβων (motif extraction). Πιο συγκεκριμένα, τα ϑέματα στα οποία εστίασε η παρούσα διατριβή είναι τα ακόλουϑα: - Εντοπισμός Περιοδικοτήτων σε συμβολοσειρές. Στην ενότητα αυτή δίνεται μια σειρά από αλγόριθμους για την εξαγωγή περιοδικοτήτων από συμβολοσειρές. Δίνονται αλγόριθμοι για την εξαγωγή μέγιστων επαναλήψεων, της περιόδου του καλύμματος και της ρίζας μιας συμβολοσειράς. Οι αλγόριθμοι αυτοί χρησιμοποιούν ώς βάση το δένδρο επιθεμάτων και οι περισσότεροι από αυτούς είναι γραμμικοί. - Δεικτοδότηση Βεβαρημένων Ακολουθιών. Στην επόμενη ενότητα η μελέτη εστιάζει στην δεικτοδότηση βεβαρημένων ακολουθιών, καθώς και στην απάντηση ερωτημάτων σε αυτές όπως η εύρεση προτύπων, η εύρεση επαναλήψεων, η εύρεση καλυμμάτων, κ.α.. Οι βεβαρημένες ακολουθίες είναι ακολουθίες όπου σε κάθε ϑέση τους έχουμε εμφάνιση όλων των συμβόλων του αλφαβήτου της ακολουθίας, έχοντας λάβει ένα συγκεκριμένο βάρος. Οι βεβαρημένες ακολουθίες αναπαριστούν βιολογικές ακολουθίες είτε νουκλεοτιδίων είτε αμινοξέων και στην ουσία περιγράφουν την πιθανότητα εμφάνισης ενός συμβόλου του αλφαβήτου σε μια συγκεκριμένη ϑέση της ακολουθίας ή κάποιες συγκεκριμένες βιολογικές ιδιότητες που διαθέτουν οι ρυθμιστικές πρωτεΐνες σε κάθε ϑέση της ακολουθίας. Για την διαχείριση αυτών των ιδιόμορφων ακολουθιών προτείνεται ως δομή δεικτοδότησης το βεβαρημένο δένδρο επιθεμάτων (Weighted Suffix Tree), ένα δένδρο με παρόμοια δομικά χαρακτηριστικά με αυτά του γενικευμένου δένδρου επιθεμάτων. Στην παρούσα εργασία δίνεται ο ορισμός του βεβαρημένου δένδρου επιθεμάτων και αλγόριθμοι κατασκευής του σε γραμμικό χρόνο και χώρο. -Εξαγωγή μοτίβων από βεβαρημένες Ακολουθίες. Με την χρήση του βεβαρημένου δένδρου επιθεμάτων υλοποιούνται ένα σύνολο αλγόριθμων εξαγωγής επαναληπτικών δομών από βεβαρημένες ακολουθίες. Πιο συγκεκριμένα, δίνονται αλγόριθμοι για την εύρεση μέγιστων ευγών,επαναλαμβανόμενων μοτίβων και κοινών μοτίβων από περισσότερες της μίας βεβαρημένες ακολουθίες. - Αλγόριθμοι Σύστασης Σελίδων Παγκόσμιου Ιστού με χρήση τεχνικών επεξεργασίας συμβολοσειρών. Αρκετές εφαρμογές παγκόσμιου ιστού (συστήματα σύστασης ή συστήματα κρυφής μνήμης) προσπαθούν να προβλέψουν τις προθέσεις ενός επισκέπτη είτε για να του προτείνουν είτε για να προφορτώσουν μία σελίδα. Για το σκοπό αυτό προσπαθούν να εκμεταλλευτούν οποιαδήποτε εμπειρία που έχει καταγραφεί στο σύστημα από προηγούμενες προσπελάσεις. Προτείνεται νέος τρόπος δεικτοδότησης και αναπαράστασης της πληροφορίας που εξάγεται από τα διαθέσιμα δεδομένα, όπως οι προσβάσεις των χρηστών από τα logfilesκαι το περιεχόμενο των σελίδων. Για την εξόρυξη γνώσης από τα παραπάνω δεδομένα, αυτά αναπαριστώνται ως συμβολοσειρές και στη συνέχεια επεξεργάζονται και δεικτοδοτούνται από ένα γενικευμένο βεβαρημένο δένδρο επιθεμάτων. Το δένδρο αυτό συμπυκνώνει αποδοτικά τα πιο συχνά αλλά και πιο ουσιαστικά μοτίβα προσπελάσεων και χρησιμοποιείται, αφότου κατασκευαστεί, σαν ένα μοντέλο για την πρόβλεψη των κινήσεων τον επισκεπτών ενός ιστοτόπου. / The basic goal of this thesis is to explore the possibilities of the field of computer science that deals with storing and processing information in the environment that formed by the modern applications. In recent years, the information that is available in electronic form, has met an enormous growth. Thus it is necessary to develop new techniques for efficient storage and processing. Two very specific and important applications in which constantly new problems arise are, the management of biological data, such as genome sequences, and the management information from the Web, such as documents HTML, XML or shortcuts (urls). The objective is the development of data structures for indexing information so that the questions are able to be answered in less time than looking explicitly in information. Such questions are to find patterns (pattern matching) or the identification of repeated motifs (motif extraction). In particular, the issues on which this thesis has focused are: - Locating Periodicities in strings. This section provides a series of algorithms for the extraction of periodicities of strings. We propose algorithms for the extraction of maximum repetitions of the cover, period and the seed of a string. The algorithms used are based on suffix tree and they are optimal. - Weighted Sequences indexing. In the next section, the study focuses on indexing of weighted sequences, and to answer questions like finding models, pairs, covers etc. in them. The weighted sequences are sequences where each position consists of all the symbols of the alphabet in sequence, having each one a specific weight. For the management of these sequences a particular indexing structure is proposed with the name Weighted Suffix Tree, a tree with structural features similar to those of the generalized suffix tree. In this work we propose the definition of the weighted suffix tree and construction algorithms in linear time and memory space. With the utilization of weighted suffix tree on a set of weighted sequences we propose algorithms for extracting repetitive structures from a set of weighted sequences. More specifically, we propose algorithms for finding maximum pairs, repeated motifs and common patterns of more than one weighted sequences -Recommendation Algorithms for web pages using strings processing algorithms. Several web applications (Recommendation systems or cache systems) want to predict the intentions of a visitor in order to propose or to preload a webpage. For this purpose systems try to exploit any experience that is recorded in the system from previous accesses. A new method for indexing and representing of information extracted is proposed upon the recorder data, from the user accesses in log files and content pages. For extracting knowledge from these data, the information is represented as strings and then treated and processed as weighted sequences. All these sequences are indexed by a generalized weighted sequence tree.