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DNA Barcoding em Utricularia (Lentibulariaceae)

Pena, Michelle Mendonça [UNESP] 15 July 2015 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2016-04-01T17:54:52Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-07-15. Added 1 bitstream(s) on 2016-04-01T18:00:35Z : No. of bitstreams: 1 000859555_20160715.pdf: 314328 bytes, checksum: de480f12444da2a9fedafb16079a9793 (MD5) Bitstreams deleted on 2016-07-25T13:17:41Z: 000859555_20160715.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2016-07-25T13:18:48Z : No. of bitstreams: 1 000859555.pdf: 4094738 bytes, checksum: 1c3690c0cf5379b39472b8236e1cdb9c (MD5) / A família Lentibulariaceae Rich. é considerada o maior grupo de plantas carnívoras dentre as angiospermas. Utricularia é o gênero de maior riqueza, com aproximadamente 250 espécies. Diversos estudos de identificação baseados em morfologia foram realizados para a família Lentibulariaceae, porém eles se mostram limitados para determinados grupos de espécies. Com base nisso a aplicação do DNA Barcoding pode ser uma importante alternativa. No presente estudo foram utilizadas sequências de DNA dos espaçadores intergênicos cloroplastidiais trnS-trnG e trnL-trnF e também do gene mitocondrial coxI com o objetivo de testá-las com a abordagem DNA Barcoding na diferenciação intraespecífica, interespecífica e entre as seções do gênero Utricularia. Com base nas matrizes de distâncias, a distância intraespecífica média foi de 0,004 para ambos os marcadores cloroplastidiais e de 0,006 para o gene coxI, a distância interespecífica média foi de 0,260 para trnS-trnG, 0,190 para trnL-trnF, 0,043 para coxI e a distância média entre as seções foi de 0,036, 0,029 e 0,025 para trnS-trnG, trnL-trnF e coxI, respectivamente. A análise baseada na árvore de Neighbor-Joining indicou que a maioria das espécies se agruparam em seções de acordo com o proposto para a filogenia do gênero, formando grupos monofiléticos. A eficácia de discriminação interespecífica foi 82% para trnS-trnG e 61% trnL-trnF, a discriminação intraespecífica foi de 36% para trnS-trnG e 23% para trnL-trnF. O gene mitocondrial coxI apresentou 24% de discriminação inter e intraespecífica, com resolução baixa de espécies na árvores de Neighbor-Joining. Esses resultados demonstram que as regiões cloroplastidiais apresentam informações satisfatórias para separação das espécies em clados que corroboram com a filogenia do grupo e que portanto trnS-trnG e trnL-trnF podem ser considerados bons barcodes para o... / The family Lentibulariaceae Rich. is considered the largest group of carnivorous plants among the angiosperms. Utricularia is the richest genus with approximately 250 species. Several studies based on morphological identification have been published for the family Lentibulariaceae, but they are limited regarding some groups of species. Hence, DNA Barcoding may be an important alternative. The present study used DNA sequences of chloroplast intergenic spacers trnS-trnG and trnL-trnF and also the mitochondrial gene coxI in order to test them with the DNA Barcoding approach to intraspecific, interspecific and between sections differentiation in the Utricularia genus. Based on the distance analyses, the average intraspecific distance was 0.004 for both chloroplast markers and 0.006 for the coxI gene, the average interspecific distance was 0.260 to trnS-trnG, 0.190 to trnL-trnF, 0.043 to coxI and the average distance between sections was 0.036, 0.029 and 0.025 to trnS-trnG, trnL-trnF and coxI, respectively. The analysis based on Neighbor-Joining tree indicated that most species were grouped into sections according to the proposed for the phylogeny of the genus, forming monophyletic groups. The efficacy of interspecies discrimination was 82% to trnS-trnG and 61% to trnL-trnF, intraspecific discrimination was 36% to trnS-trnG and 23% to trnL-trnF. The mitochondrial gene coxI showed 24% of inter and intraspecific discrimination, with low resolution of species on trees Neighbor-Joining. These results demonstrate that the chloroplast regions have satisfactory information to separate species in clades that corroborate the phylogeny of the group and therefore trnS-trnG and trnL-trnF can be considered good barcodes for the Utricularia genus
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Sistemática molecular de Utricularia L. (Lentibulariaceae)

Silva, Saura Rodrigues da [UNESP] 27 March 2014 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2014-11-10T11:09:36Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-03-27Bitstream added on 2014-11-10T11:58:12Z : No. of bitstreams: 1 000794424_20160327.pdf: 337534 bytes, checksum: adc540fd375f841e7177a2074e496e74 (MD5) Bitstreams deleted on 2016-03-28T13:37:49Z: 000794424_20160327.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2016-03-28T13:38:51Z : No. of bitstreams: 1 000794424.pdf: 1308675 bytes, checksum: e1d5bc45f208ca75ec4ac58f766f8199 (MD5) / O uso da sistemática molecular, nas mais variadas abordagens existentes atualmente, é de suma importância para produzir e complementar dados relativos à identificação e história evolutiva das mais diversas espécies. O emprego do DNA, aliado às ferramentas atuais baseadas em sistemática filogenética, pode ser de grande valia para a proposição de um sistema classificatório mais próximo do natural. O gênero Utricularia (Lentibulariaceae) compreende cerca de 250 espécies, das quais cerca de 90 ocorrem nos Neotrópicos e 69 no Brasil, sendo que 20 destas são endêmicas. Muitas espécies ocorrem em ampla variedade de habitats e apresentam alto grau de polimorfismo estrutural, sendo comumente identificadas de forma equivocada, mesmo por especialistas. A delimitação infragenérica também apresenta inconsistências quanto às circunscrições e relações filogenéticas dos subgêneros e seções, fato que evidencia a necessidade de estudos filogenéticos, principalmente baseados em dados moleculares. Assim fica clara a necessidade de pesquisas em sistemática para o grupo, o que poderia trazer informações diagnósticas para as delimitações interespecíficas, assim como para as relações dos táxons infragenéricos (subgêneros, seções e espécies). Sendo assim, o presente estudo teve por objetivos principais avaliar (i) a eficácia da aplicação do DNA “Barcoding” e (ii) realizar o maior estudo filogenético já proposto para Utricularia, baseado em sequências de DNA dos genomas nuclear e cloroplastidial / The use of molecular systematics in various existing approaches is currently of paramount importance to produce and supplement data concerning the identification and evolutionary history of several species. The use of the DNA molecule, combined with the current tools based on systematics, can be of great value to the proposition of a classificatory system closer to natural. The genus Utricularia L. (Lentibulariaceae) comprises about 250 species, of which about 90 occur in the Neotropics and 69 in Brazil, and 20 of these are endemic. Many species occur in a wide variety of habitats and has a high degree of structural polymorphism, by that they are commonly mistakenly identified, even by experts. Infrageneric delimitation has also inconsistencies regarding boundaries and phylogenetic relationships of the subgenera and sections, a fact that highlights the need for phylogenetic studies based mainly on molecular data. Thus there is a clear need for systematic research for the group, which could provide diagnostic information for interspecific boundaries as well as the relationships of taxa (subgenera, sections and species). Therefore, the present study was to evaluate the main objectives (i) the effectiveness of the application of DNA barcoding and (ii) hold the largest phylogenetic study already proposed for Utricularia, based on DNA sequences of nuclear and chloroplast genomes

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