Submitted by Marlene Santos (marlene.bc.ufg@gmail.com) on 2014-12-01T16:24:52Z No. of bitstreams: 2 Dissertação- Weslley José Moreira Garcia - 2013.pdf: 1042957 bytes, checksum: a4d228204aeaaf723a235c9bd9929256 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2014-12-04T14:30:35Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação- Weslley José Moreira Garcia - 2013.pdf: 1042957 bytes, checksum: a4d228204aeaaf723a235c9bd9929256 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-12-04T14:30:35Z (GMT). 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Objectives: (i) to compare the prevalence of S. pneumoniae nasopharyngeal colonization by using real-time PCR (RT-PCR) and multiplex PCR, and culture (“gold standard”) in children residing in Goiania municipality; (ii) to evaluate the simultaneous colonization by different serotypes by using the multiplex PCR technique. Methods: A household populationbased survey was carried out between October/2010 and March/2011 by using a systematic sampling, weighted by census tract. Based on previous studies, the sample size was calculated taking into account an estimated 50% of pneumocococcal carriage. A total of 1,437 nasopharyngeal swabs were collected from children less than 24 months of age. Broth-enriched culture of nasopharynx specimens followed by pneumococcal isolation by both, culture and RT-PCR targeting the lytA gene (S. pneumoniae) were performed. Pneumococcal carriage was defined for RT-PCR Cycle threshold (Ct) < 35.0, and therefore all samples were submitted to multiplex PCR to detect serotypes. ROC curve (Receiver Operating Characteristics) were built up to identify Ct values predicted of S. pneumoniae positive culture. Results: The prevalence of pneumococcal carriage by RT-PCR (56.9%) was statistically higher (p< 0,001), compared to that obtained by culture (39.3%), regardless of the vaccination status. Among the 818 positive children/samples by RT-PCR, in 54.2% of them it was possible to detect the serotype. Simultaneous colonization by different types was found in 6.9% of the children. Ct values Ct33.0 showed the best accuracy (91.4%) to predict positive pneumococcal culture (Sensitivity=88% and Specificity=81.2%). When using Ct values  32.0 we found the best accuracy of multiplex PCR in detecting serotypes (Sensitivity =90% and Specificity =84,7%). Conclusion: Our findings suggest that RT-PCR and multiplex PCR techniques showed great potential to be used in evaluating the vaccination impact. Further studies are needed to evaluate the cost-effectiveness of using these technologies on a large scale. / O Brasil foi o primeiro pais a introduzir a vacina pneumocócica conjugada, 10-valente (PCV10), no Programa de Imunização infantil, em 2010. A colonização nasofaringeana pelo Streptococcus pneumoniae ocorre na infância e é etapa obrigatória para desenvolvimento da doença invasiva. Até o momento nenhum estudo avaliou o impacto da vacinação na redução do estado de portador. Para avaliação do impacto de vacinas deve-se utilizar tecnologias de alta acurácia. Este estudo utiliza técnicas moleculares, recentemente desenvolvidas, para detecção de pneumococo e sorotipos de secreção nasofaringeana.Objetivos: (i) Comparar a prevalência de colonização nasofaringeana por S. pneumoniae pelas técnicas de PCR em tempo real (RT-PCR) e cultura (―padrão-ouro‖) em crianças residentes em Goiânia no primeiro ano de introdução da PCV10; (ii) avaliar a colonização simultânea por pneumococo por diferentes sorotipos por meio da reação de PCR multiplex. Métodos: Um inquérito populacional domiciliar foi conduzido de outubro/2010 a março/2011, com coleta de 1.437 swabs nasofaríngeos de crianças < 24 meses de idade. A amostragem foi sistemática, ponderada por setor censitário, com tamanho da amostra calculado para prevalência esperada de 50% de portador. O isolamento do pneumococo foi realizado a partir do caldo enriquecido (meio STGG). A cultura foi realizada pela semeadura do caldo em placas de Agar sangue de carneiro. A RT-PCR foi direcionada para o gene lytA do pneumococo, utilizando como positividade valores do ciclo da PCR (Ct-Cycle threshold) <35,0. A reação de PCR multiplex para sorotipagem foi realizada para amostras com valores de Ct<35,0. Foram construídas curvas ROC (Receiver Operating Characteristics) para identificação de valores de Ct preditivos de cultura positiva e de tipo capsular. Resultados: A prevalência de pneumococo obtida pela RT-PCR foi de 56,9%, estatisticamente maior do que a prevalência de 39,3% obtida pela cultura (p< 0,001), independente da situação vacinal da criança. Dentre as 818 crianças positivas pela RT-PCR, em 54,2% delas foi possível detectar-se o tipo capsular. Cocolonização por diferentes sorotipos foi encontrada em 6,9% (100/1.437) das crianças. Valores de Ct33,0 apresentaram a melhor acurácia (91,4%) na predição de cultura positiva para pneumococo (sensibilidade/S=88% e especificidade/E=81,2%). Para detecção de sorotipos a melhor acurácia da PCR multiplex foi para valores de Ct32,0 (S=90% e E=84,7%). Conclusão: Os resultados sugerem que as técnicas de PCR em tempo real e multiplex apresentam grande potencial para serem utilizadas em estudos de avaliação de impacto da vacinação, respectivamente no portador e nos sorotipos vacinais. Estudos deverão ser conduzidos para se avaliar o custo-benefício da utilização desta tecnologia em larga escala.