Submitted by Marlene Santos (marlene.bc.ufg@gmail.com) on 2014-12-01T16:24:52Z No. of bitstreams: 2 Dissertação- Weslley José Moreira Garcia - 2013.pdf: 1042957 bytes, checksum: a4d228204aeaaf723a235c9bd9929256 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2014-12-04T14:30:35Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação- Weslley José Moreira Garcia - 2013.pdf: 1042957 bytes, checksum: a4d228204aeaaf723a235c9bd9929256 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-12-04T14:30:35Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação- Weslley José Moreira Garcia - 2013.pdf: 1042957 bytes, checksum: a4d228204aeaaf723a235c9bd9929256 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2013-01-23 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / Brazil was the first country to introduce the pneumococcal conjugate 10valent vaccine into the National Immunization Program for infants, in 2010. The nasopharyngeal colonization by Streptococcus pneumoniae occurs early in life. It is the first step for the development of invasive diseases. So far no study has evaluated the impact of vaccination on the reduction on pneumococcal carriage. The evaluation of the impact of vaccination should based on technologies with high accuracy. In this investigation we applied molecular technologies, recently developed, to ascertain pneumococcal nasopharyngeal colonization and serotypes. Objectives: (i) to compare the prevalence of S. pneumoniae nasopharyngeal colonization by using real-time PCR (RT-PCR) and multiplex PCR, and culture (“gold standard”) in children residing in Goiania municipality; (ii) to evaluate the simultaneous colonization by different serotypes by using the multiplex PCR technique. Methods: A household populationbased survey was carried out between October/2010 and March/2011 by using a systematic sampling, weighted by census tract. Based on previous studies, the sample size was calculated taking into account an estimated 50% of pneumocococcal carriage. A total of 1,437 nasopharyngeal swabs were collected from children less than 24 months of age. Broth-enriched culture of nasopharynx specimens followed by pneumococcal isolation by both, culture and RT-PCR targeting the lytA gene (S. pneumoniae) were performed. Pneumococcal carriage was defined for RT-PCR Cycle threshold (Ct) < 35.0, and therefore all samples were submitted to multiplex PCR to detect serotypes. ROC curve (Receiver Operating Characteristics) were built up to identify Ct values predicted of S. pneumoniae positive culture. Results: The prevalence of pneumococcal carriage by RT-PCR (56.9%) was statistically higher (p< 0,001), compared to that obtained by culture (39.3%), regardless of the vaccination status. Among the 818 positive children/samples by RT-PCR, in 54.2% of them it was possible to detect the serotype. Simultaneous colonization by different types was found in 6.9% of the children. Ct values Ct33.0 showed the best accuracy (91.4%) to predict positive pneumococcal culture (Sensitivity=88% and Specificity=81.2%). When using Ct values  32.0 we found the best accuracy of multiplex PCR in detecting serotypes (Sensitivity =90% and Specificity =84,7%). Conclusion: Our findings suggest that RT-PCR and multiplex PCR techniques showed great potential to be used in evaluating the vaccination impact. Further studies are needed to evaluate the cost-effectiveness of using these technologies on a large scale. / O Brasil foi o primeiro pais a introduzir a vacina pneumocócica conjugada, 10-valente (PCV10), no Programa de Imunização infantil, em 2010. A colonização nasofaringeana pelo Streptococcus pneumoniae ocorre na infância e é etapa obrigatória para desenvolvimento da doença invasiva. Até o momento nenhum estudo avaliou o impacto da vacinação na redução do estado de portador. Para avaliação do impacto de vacinas deve-se utilizar tecnologias de alta acurácia. Este estudo utiliza técnicas moleculares, recentemente desenvolvidas, para detecção de pneumococo e sorotipos de secreção nasofaringeana.Objetivos: (i) Comparar a prevalência de colonização nasofaringeana por S. pneumoniae pelas técnicas de PCR em tempo real (RT-PCR) e cultura (―padrão-ouro‖) em crianças residentes em Goiânia no primeiro ano de introdução da PCV10; (ii) avaliar a colonização simultânea por pneumococo por diferentes sorotipos por meio da reação de PCR multiplex. Métodos: Um inquérito populacional domiciliar foi conduzido de outubro/2010 a março/2011, com coleta de 1.437 swabs nasofaríngeos de crianças < 24 meses de idade. A amostragem foi sistemática, ponderada por setor censitário, com tamanho da amostra calculado para prevalência esperada de 50% de portador. O isolamento do pneumococo foi realizado a partir do caldo enriquecido (meio STGG). A cultura foi realizada pela semeadura do caldo em placas de Agar sangue de carneiro. A RT-PCR foi direcionada para o gene lytA do pneumococo, utilizando como positividade valores do ciclo da PCR (Ct-Cycle threshold) <35,0. A reação de PCR multiplex para sorotipagem foi realizada para amostras com valores de Ct<35,0. Foram construídas curvas ROC (Receiver Operating Characteristics) para identificação de valores de Ct preditivos de cultura positiva e de tipo capsular. Resultados: A prevalência de pneumococo obtida pela RT-PCR foi de 56,9%, estatisticamente maior do que a prevalência de 39,3% obtida pela cultura (p< 0,001), independente da situação vacinal da criança. Dentre as 818 crianças positivas pela RT-PCR, em 54,2% delas foi possível detectar-se o tipo capsular. Cocolonização por diferentes sorotipos foi encontrada em 6,9% (100/1.437) das crianças. Valores de Ct33,0 apresentaram a melhor acurácia (91,4%) na predição de cultura positiva para pneumococo (sensibilidade/S=88% e especificidade/E=81,2%). Para detecção de sorotipos a melhor acurácia da PCR multiplex foi para valores de Ct32,0 (S=90% e E=84,7%). Conclusão: Os resultados sugerem que as técnicas de PCR em tempo real e multiplex apresentam grande potencial para serem utilizadas em estudos de avaliação de impacto da vacinação, respectivamente no portador e nos sorotipos vacinais. Estudos deverão ser conduzidos para se avaliar o custo-benefício da utilização desta tecnologia em larga escala.

Submitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2016-08-09T13:25:07Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Tainá Carvalho Guerreiro - 2015.pdf: 1793254 bytes, checksum: b06a919b2f95dde4661fe77445d3668c (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2016-08-09T13:27:31Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Tainá Carvalho Guerreiro - 2015.pdf: 1793254 bytes, checksum: b06a919b2f95dde4661fe77445d3668c (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-09T13:27:31Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Tainá Carvalho Guerreiro - 2015.pdf: 1793254 bytes, checksum: b06a919b2f95dde4661fe77445d3668c (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2015-07-08 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / Streptococcus pneumoniae remains as a major cause of childhood morbidity and mortality worldwide, especially in developing countries. Nasopharyngeal colonization is the key of the development of pneumococcal diseases as well as for horizontal spread of this pathogen in the community. Children are the main reservoir of S. pneumoniae and act as vectors in the transmission chain of this microorganism. Pneumococcal conjugate vaccines protect against pneumococcal disease caused by vaccine serotypes, also contributes to the protection against colonization by the same serotypes. In 2010, PCV10 was introduced in the childhood immunization program of Brazil. This is a population-based study that was conducted immediately after the introduction of the vaccine in order to determine the carriage rate of this pathogen in children attending in day care centers in Goiania. These data may be used as a predictor for evaluating the dynamic of the circulating serotypes into the community after the vaccine introduction. Between October and November 2010, nasopharyngeal swabs were collected from 853 children ranging from 36 to 59 months attending in day care centers in Goiania. Isolation and identification of S. pneumoniae were done after the incubation step on broth-enriched for 6 h and posterior plating on blood agar. Isolates that were α-haemolytic, optochin-sensitive and soluble in bile were identified as S. pneumoniae. The isolates were serotyped by cmPCR. The database had been built with the statistical program SPSS (Chicago, IL, USA) version 18.0. The possible risk factors were assessed by multivariate Poisson regression. The level of probability of 0.05 (two-tailed) was used to determine statistical significance. The prevalence of pneumococcus carrier was 57.6% (CI95%: 54.2% - 60.9%). According to the multivariate Poisson regression analysis, children aged 36-47 months (IRR: 1.117; CI95%: 1.007-1.238; p: 0.035) and children in whose houses had four or more residents (IRR: 1.1214; CI95%: 1.078-1.368; p 0.001) were considered risk factors independently associated to pneumococcal colonization. The variable family income equal to or greater than three minimum wages was considered a protective factor independently associated to pneumococcal colonization (IRR: 0.787; CI95%: 0.627-0.990; p 0.041). The most prevalent serotypes and serogroups founded were 6A/6B/6C/6D (n=80; 16.3%), 14 (n=47; 9.6%), 23F (n=46; 9.4%), 19F (n=43; 8.8%), 15B/15C (n=30; 6.1%), 11A/11D (n=28; 5.7%), 3 (n=22; 4.5%) and 19A (n=16; 3.3%). Our results showed a high prevalence of pneumococcal colonization among the study population, indicating that colonization by this microrganism is common among children, especially in environments that favor crowding. The main serotypes/serogroups are cover by PCV10. / Streptococcus pneumoniae é o patógeno responsável pelas maiores taxas de morbidade e mortalidade em crianças, principalmente em países em desenvolvimento. A colonização da nasofaringe é a chave para o desenvolvimento das doenças pneumocócicas, bem como para a transmissão horizontal desse patógeno na comunidade. Crianças são o principal reservatório de S. pneumoniae e atuam como vetores dentro da cadeia de transmissão desse microrganismo. As vacinas pneumocócicas conjugadas (PCV) protegem contra as doenças pneumocócicas causadas pelos sorotipos vacinais, atuando também na proteção contra a colonização pelos mesmos sorotipos. Em 2010, o Brasil introduziu a PCV10 no programa de imunização infantil. Este trabalho é um estudo de base populacional que foi conduzido imediatamente após a introdução da PCV10 para determinar a taxa de portador desse patógeno em crianças não vacinadas que frequentam creches no município de Goiânia. Esses dados poderão ser utilizados como linha de base epidemiológica para avaliação da dinâmica dos sorotipos circulantes na comunidade após a introdução da vacina. Foram coletados, nos meses de outubro e novembro de 2010, 853 swabs de secreção da nasofaringe em crianças entre 36 a 59 meses que frequentavam creches no município de Goiânia. Para o isolamento e identificação de S. pneumoniae as amostras foram incubadas por 6 h em caldo enriquecido e semeadas em ágar sangue. Colônias α-hemolíticas sensíveis à optoquina e à bile foram identificadas como S. pneumoniae. Os isolados foram sorotipados por PCR multiplex convencional. A base de dados foi construída com o programa estatístico SPSS (Chicago, IL, USA) versão 18.0. Os possíveis fatores de risco foram avaliados por regressão de Poisson multivariada. O nível de probabilidade de 0,05 (bi-caudal) foi utilizado para determinar a significância estatística. A prevalência de portador do pneumococo foi de 57,6% (IC95%: 54,2% - 60,9%). De acordo com a análise multivariada crianças com idade entre 36-47 meses de idade (IRR: 1,117; IC95%:1,007 – 1,238; p= 0,035) e crianças em cujos domicílios haviam quatro ou mais pessoas residentes (IRR: 1,1214; IC95%: 1,078 – 1,368; p= 0,001) foram considerados fatores de risco independentemente associados para a colonização pneumocócica. A variável renda familiar igual ou superior a três salários mínimos foi considerada um fator protetor independentemente associado para a colonização pneumocócica (IRR: 0,787; IC95%: 0,627 – 0,990; p= 0,041). Os sorotipos/sorogrupos mais prevalentes foram 6A/6B/6C/6D (n=80; 16,3%), 14 (n=47; 9,6%), 23F (n=46; 9,4%), 19F (n=43; 8,8%), 15B/15C (n=30; 6,1%), 11A/11D (n=28; 5,7%), 3 (n=22; 4,5%) e 19A (n=16; 3,3%). Nossos resultados mostraram uma alta prevalência de colonização por pneumococo entre a população estudada, indicando que a colonização por esse microrganismo é comum entre crianças, principalmente em ambientes que favorecem a aglomeração. Os principais sorotipos/sorogrupos encontrados são contemplados pela PCV10.

Submitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2018-01-11T10:54:50Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Robmary Matias de Almeida - 2017.pdf: 3556874 bytes, checksum: 27db72af224144cb18266e9f23af2021 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2018-01-11T10:55:37Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Robmary Matias de Almeida - 2017.pdf: 3556874 bytes, checksum: 27db72af224144cb18266e9f23af2021 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2018-01-11T10:55:38Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Robmary Matias de Almeida - 2017.pdf: 3556874 bytes, checksum: 27db72af224144cb18266e9f23af2021 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2017-06-26 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / Haemophilus influenzae (Hi) and Haemophilus haemolyticus (Hhae) are important microorganisms present in human nasopharyngeal colonization, with rates varying according to locality, sampling frequency, individual and social factors. Hi is a pathological agent that causes diseases such as meningitis, pneumonia, sepsis and otitis media, which presents in encapsulated forms with six serotypes a, b, c, d, e, f, and uncapsulated or non-typeable (HiNT). Hhae is a nasopharyngeal comensal and rarely causes invasive diseases. The objective of this study was to estimate the prevalence of Hi and Hhae in children under five years of age attending public day care centers in the city of Goiânia-GO, to determine the circulating serotypes, to analyze the risk factors associated with the nasopharyngeal carrige, as well as to characterize the antimicrobial resistance of Hi. Were analyzed 1.188 nasopharynx swabs from healthy children between 36 and 59 months of age from October to December 2010. The samples were submitted to bacterial culture for the isolation of Haemophilus spp. For the identification of the species, the Real-Time Polymerase Chain Reaction (TR-PCR) was used. Serotyping, as well as detection of the bla TEM-1 and bla ROB-1 resistance genes, was performed through the conventional Polymerase Chain Reaction. Phenotypic detection for β-lactamase production was performed by the chromogenic cephalosporin test. The database was constructed with the statistical software SPSS (Chicago, IL, USA) version 18.0. Risk factors, children aged 3 years, low maternal schooling and three or more children under 10 years of age living in the same household of the child recruited in the study were evaluated by multivariate Poisson regression. The prevalence of Hi carriers was 54.4% (646 / 1.188), 0.9% (n = 11) of the serotype e, 0.9% (n = 11) of serotype f, 0.2% (n = 2) serotype a, 0.08% (n = 1) serotype d, 0.0% (n = 0) serotype b and c and 52.3% (621 / 1.188) of HiNT. The prevalence of Hhae was 1.2% (14 / 1.188). Among the encapsulated Hi, the prevalence of the bla TEM-1 gene was 4.0% (1/25) and the bla ROB-1 gene was 4.0% (1/25). Among the 20% (124/621) of HiNT analysed, the prevalence of the bla TEM-1 gene was 13,7% (17/124) and the prevalence of the bla TEM-1 gene was 1,6% (2/124). Continuous surveillance of Haemophilus spp. as a colonizer, is necessary to evaluate its transmission and dissemination in the population where there is a higher risk of invasive disease, to control Hib re-emergence after the vaccinacion and to continue to monitor antimicrobial resistance. / Haemophilus influenzae (Hi) e Haemophilus haemolyticus (Hhae) são importantes microrganismos presentes na colonização nasofaríngea humana, com taxas que variam de acordo com a localidade, frequência de amostragem, fatores individuais e sociais. O Hi é um agente patológico causador de doenças como meningite, pneumonia, sepse e otite média que se apresenta sob as formas capsuladas com seis sorotipos a, b, c, d, e, f, e não capsuladas ounão tipáveis (HiNT). O Hhae é comensal nasofaríngeo e raramente causa doenças invasivas. O objetivo do estudo foi estimar a prevalência de Hi e Hhae em crianças menores de cinco anos de idade que frequentam creches públicas no município de Goiânia-GO, determinar os sorotipos circulantes, analisar os fatores de risco associados ao portador nasofaríngeo, bem como caracterizar a resistência antimicrobiana dos Hi. Foram analisados 1.188 swabs de nasofaringe de crianças saudáveis entre 36 e 59 meses de idade, no período de outubro a dezembro de 2010. As amostras foram submetidas à cultura bacteriana para o isolamento do Haemophilus spp. Para identificação da espécie foi utilizada a Reação em Cadeia da Polimerase em Tempo Real (PCR-TR). A sorotipagem, assim como a detecção dos genes de resistência bla TEM-1 e bla ROB-1 , foi realizada através da Reação em Cadeia da Polimerase convencional. A detecção fenotípica para produção da β-lactamase foi executada pelo teste da cefalosporina cromogênica. A base de dados foi construída com o programa estatístico SPSS (Chicago, IL, USA) versão 18.0. Os fatores de risco, crianças com idade de 3 anos, baixa escolaridade da mãe e três ou mais crianças menores de 10 anos de idade convivendo no mesmo domicilio da criança recrutada no estudo, foram avaliados por regressão de Poisson multivariada. A prevalência de portador do Hi foi de 54,4% (646/1.188) sendo 0,9% (n=11) do sorotipo e, 0,9% (n=11) do sorotipo f, 0,2% (n=2) do sorotipo a, 0,08%(n=1) do sorotipo d, 0,0% (n=0) dos sorotipos b e c e 52,3% (621/1.188) de HiNT. A prevalência do Hhae foi de 1,2% (14/1.188). Entre os Hi encapsulados a prevalência do gene bla TEM-1 foi de 4,0% (1/25) e do gene bla ROB-1 foi de 4,0% (1/25). Em 20% (124/621) dos HiNT, a prevalência do gene bla TEM-1 foi de 13,7% (17/124) e do gene bla ROB-1 de 1,6% (2/124). A vigilância contínua do Haemophilus spp. como colonizador, se faz necessária para avaliar sua transmissão e disseminação na população onde há maior risco de incidência de doenças invasivas, controlar a re-emergência do Hib após a vacinação e continuar monitorando a resistência antimicrobiana.