Submitted by Hiolanda Rêgo (hiolandarego@gmail.com) on 2014-10-21T17:15:11Z No. of bitstreams: 1 Dissertação_ICS_ Talita de Jesus Caldas Nunes.pdf: 1705477 bytes, checksum: db29ce9e44a8eae162753f3c1c22e8d9 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-10-21T17:15:11Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação_ICS_ Talita de Jesus Caldas Nunes.pdf: 1705477 bytes, checksum: db29ce9e44a8eae162753f3c1c22e8d9 (MD5) / A criptococose é uma micose sistêmica causada por leveduras pertencentes ao gênero Cryptococcus, cujas principais espécies de importância clínica são C. neoformans e C. gattii. Essas duas espécies são divididas em cinco sorotipos (A, B, C, D e AD) e mais raramente têm sido relatados os sorotipos BD e AB. O gênero possui dois mating types (α e a) determinados em um único locus MAT, com dois alelos. Diferenças genéticas têm sido detectadas através de métodos moleculares e tem sido essenciais para se entender a biologia do fungo. Nesse sentido, o objetivo dessa dissertação foi avaliar a variabilidade genética, através de extração de DNA por fervura, de amostras de Cryptococcus isolados de casos de meningite, diagnosticados no Hospital Especializado Couto Maia, Salvador-BA, no período de 2006 a 2011. A extração de DNA foi realizada através da fervura de suspensão fúngica e a determinação do mating type, das variedades e do sorotipo através da técnica da Reação em Cadeia da Polimerase associada ao Polimorfismo do Tamanho do Fragmento de Restrição (PCR-RFLP). A técnica de extração do DNA genômico por fervura foi bem reproduzida e, após ter sido empregada diretamente na reação da PCR, foi possível observar que nenhuma diferença houve com relação aos produtos da PCR com DNA extraído pela técnica tradicional. Dos 94 isolados analisados, a determinação de mating types e da ploidia mostrou que todos apresentaram padrão compatível com mating type α, assim como haploidia. A técnica molecular de sorotipagem permitiu observar que 88% dos isolados eram da variedade grubii (sorotipo A) e 12% da variedade gattii (sorotipo B). Nossos resultados mostram como se pode facilitar a PCR de leveduras com uma técnica que envolve um menor tempo de execução e menor custo, além de contribuir para a epidemiologia da criptococose, no que se refere à importância de se ter um diagnóstico diferencial entre as variedades envolvidas no processo infeccioso.

Submitted by Nathália Faria da Silva (nathaliafsilva.ufv@gmail.com) on 2017-07-13T13:35:59Z No. of bitstreams: 1 texto completo.PDF: 380446 bytes, checksum: 7e55c93cd23967dc3c52fb63f4b4ab1f (MD5) / Made available in DSpace on 2017-07-13T13:35:59Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.PDF: 380446 bytes, checksum: 7e55c93cd23967dc3c52fb63f4b4ab1f (MD5) Previous issue date: 2001-10-17 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / No presente trabalho, estudaram-se aspectos epidemiológicos das infecções causadas por Streptococcus suis, enfocando, principalmente, a ocorrência dos seus diversos sorotipos. Analisaram-se 323 amostras de S. suis, isoladas de animais clinicamente doentes, as quais foram sorotipadas, de acordo com a técnica de coaglutinação, utilizando soro hiperimune produzido para este trabalho. Um questionário foi elaborado e enviado aos proprietários das granjas questionários recebidos, positivas para observou-se que S. todas suis. as Analisando granjas os possuem sistema de criação de ciclo completo, 40,5% possuem entre 10 e 20 anos de existência e 38,1% possuem entre 100 e 500 matrizes. Pela sorotipagem das amostras, constatou-se que o S. suis está presente em vários estados brasileiros, sendo o maior número de isolados correspondente ao Estado de Minas Gerais (60,1%), seguido de São Paulo (10,4%) e Paraná (8,9%). O sorotipo 2 foi o mais freqüente (61,9%), seguido dos sorotipos 1, 3, 4, 7 e 8. O maior número de isolamentos foi obtido de cérebro (56,0%), seguido do pulmão (9,8%) e casos de septicemia (9,2%). Em relação à sensibilidade a antibióticos, as amostras de S. suis foram mais sensíveis a amoxicilina (96,4%), seguida de lincomicina-espectinomicina (90,9%), ampicilina (87,2%), cloranfenicol (79,1%) e penicilina (71,0%). / In the present work, epidemiological features of Streptococcus infections were studied, mainly focalizing the serotypes suis occurrence. It was analyzed 323 S. suis isolated samples, of clinically sick pigs. These samples were serotyped following the coaglutination method, using hyperimmune sera, specially produced for this work. A questionnaire was developed and then sent to farmers that had S. suis positives pigs. Analyzing the received questionnaires, it was observed that all farms have farrow-to-finish production system, 40,5% have 10 to 20 years of production and 38,1% had between 100 and 500 sows. Serotyping these samples, it was noticed that S. suis is present in several Brazilian states, and the greater number of them belong to Minas Gerais, followed by São Paulo (10,4%) and Paraná (8,9%).The serotype 2 was the most frequent one (61,9%), followed by the serotypes 1, 3, 4, 7 and 8. The greater number of isolations occurred in brain (56,0%), followed by lung (9,8%) and septicemic cases (9,2%). Regarding to drugs’ sensitivity, the S. suis isolated samples were more sensitive to amoxicillin (96,4%), followed by lincomycin-spectinomycin (90,9%), ampicillin (87,2%), chloranphenicol (79,1%) and penicillin (71,0%).

CAVALHEIRO, N.P. Análise dos sorotipos do VHC identificados em pacientes da cidade de São Paulo, através de método imunoenzimático. São Paulo, 1999. 97p. Dissertação de mestrado - Faculdade de Medicina, Universidade de São Paulo. Com o objetivo de analisar a prevalência dos diferentes tipos do vírus da Hepatite C (VHC) em uma população de pacientes portadores crônicos do VHC, através de um método sorológico (MUREX HCV Serotyping Assay), foram estudados 219 pacientes, que apresentaram positiva a Reação em Cadeia da Polimerase (PCR), nested-PCR. Estes soros foram submetidos ao teste imunoenzimático para detecção dos anticorpos contra os tipos 1,2,3,4,5,6 do VHC. As amostras foram diluídas e incubadas na presença de peptídeos heterólogos de competição, com antígenos sorotipo-específicos do VHC. Dos 219 pacientes, foi possível detectar o sorotipo do VHC em 166, revelando uma sensibilidade de 75,8%. Os resultados apresentaram a predominância do tipo 1 (70,0%) em nosso meio, seguido pelo tipo 3 (22,3%) e tipo 2 (4,2%). Os sorotipos 4 e 5 estiveram presentes para 1,8% dos pacientes, sempre associados com o sorotipo 1. Estas amostras, apesar de cumprirem os quesitos de validade do teste, apresentaram leituras de Densidade Ótica muito altas para todos os tipos virais testados, inclusive controles positivo e negativo e a possibilidade de reações cruzadas, nestes casos, deve ser considerada. A confirmação por genotipagem e uma investigação mais detalhada sobre a procedência e formas de aquisição do VHC destes pacientes devem ser pesquisados. O tipo 6 não foi confirmado em nenhuma das amostras testadas e provavelmente não estava presente nesta coleção de amostras avaliadas. Os parâmetros epidemiológicos avaliados foram: idade, sexo e vias de transmissão. Dos 166 pacientes com diagnóstico para o tipo do VHC, 108 (65,1%) eram homens e 58 (34,9%) mulheres. A idade dos pacientes variou de 12 a 73 anos (média 41,1). As formas de transmissão mencionadas foram 52 (31,3%) transfusão de sangue, 18 (10,8%) uso de drogas injetáveis, 8 (4,8%) tatuagens, 6 (3,6%) provável via sexual, 3 (1,8%) acidente com agulha, 2 (1,2%) trabalho em área de saúde, 1 (0,6%) acupuntura, 1 (0,6%) hemofílico. Sessenta e um pacientes (36,7%) não apresentaram fatores de risco que justificassem a aquisição da infecção pelo VHC. Não foi verificada diferença significativa entre os tipos do VHC encontrados e os parâmetros epidemiológicos estudados. A predominância dos tipos 1, 3 e 2 é compatível com outros estudos, de genotipagem, que envolveram amostras brasileiras, particularmente da cidade de São Paulo. As amostras que apresentaram leituras de Densidade Ótica altas ou baixas, para todos os poços de uma mesma amostra testada, inclusive controles positivo e negativo, sugerem a possibilidade de reações inespecíficas ou cruzadas e devem ser confirmadas por outras técnicas de genotipagem ou seqüenciamento. A praticidade oferecida pelo teste de sorotipagem do VHC, apesar de não identificar os subtipos, pode ser útil na prática clínica e auxiliar no prognóstico da doença, não necessitando da tecnologia exigida pelos testes que envolvem biologia molecular. / CAVALHEIRO, N.P. Analysis of serotypes of HCV in patients from the city of São Paulo, by means of a enzyme-immunoassay method. São Paulo, 1999. 97p. Dissertação de Mestrado - Faculdade de Medicina, Universidade de São Paulo. With the objetive of analysing the prevalence of the different types of Hepatitis C Virus (HCV) in a population of chronic carriers of HCV, through a sorologic method (MUREX HCV Serotyping Assay), 219 patients were studied who showed a positive polymerase chain reaction. This sera were submitted to immunoenzimatic tests for the detection of antibodies in relation to HCV types 1, 2,3,4,5 and 6. The samples were diluted and incubated in the presence of heterologous competing peptides, with microwells coated with serotype-specific antigens of HCV. Of the 219 patients, it was possible to detect the HCV serotype in 166, revealing a sensitivity of 75.8%. The results showed a predominance of type 1 (70.0%) in our medium, followed by type 3 (22.3%) and type 2 (4.2%). Serotypes 4 and 5 were present in 1.8% of the patients, but always associated with serotype 1. These samples, in spite of fulfilling the prerequisites of validity for testing, showed a very high optical density reading for all types of viruses tested, including positive and negative controls. The possibility of cross reactions in these cases should be considered. Confirmation by genotyping and a more detailed investigation on the origin and mode of acquisition of the HCV of these patients should be researched. Type 6 was not confirmed in any of the samples tested and probably was not present in this particular collection. The epidemiological parameters evaluated were: age, sex and means of transmission. Of the 166 patients diagnosed with the HCV, 108 (65.1%) were men and 58 (34.9%) were women. The age of the patients varied from 12 to 73 years, the average being 41.1 years. The means of transmission mentioned were blood transfusion in 52 (31.3%) cases, intravenous drug use in 18 (10.8%) cases, by tatoos in 8 (4.8%) cases, 6 (3.6%) cases were sexually transmitted, 3 (1.8%) were by accident with a needle, 2 (1.2%) through work in the health field, one (0.6%) through acupunture and one by being hemophiliac. Sixty one (36.7%) patients were not able to offer any risk factor which justified the acquisition of the HCV infection. No significant difference was verified among the different types of HCV found and the different epidemiological parameters studied. The predominance of types 1, 3 and 2 is compatible with other genotyping studies which involved Brazilian samples, particularly in the city of São Paulo. The samples which showed high or low dense optical reading for all the wells of the same samples tested even the positive or negative controls, suggested confirmation by sequecing or genotyping. The praticality obtained by the HCV serotyping test, in spite of the fact that it does not identify the sub type, can be useful in clinical pratice and helpful in the prognostication of the disease, not needing the tecnology demanded by the tests which involve molecular biology.

Submitted by Pós graduação Farmácia (ppgfar@ufba.br) on 2017-05-25T21:38:30Z No. of bitstreams: 1 RIOS RSR-UFBA.pdf: 2890961 bytes, checksum: fae1486048636d899ff4db4f5903144f (MD5) / Approved for entry into archive by Patricia Barroso (pbarroso@ufba.br) on 2017-05-29T17:23:59Z (GMT) No. of bitstreams: 1 RIOS RSR-UFBA.pdf: 2890961 bytes, checksum: fae1486048636d899ff4db4f5903144f (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-29T17:23:59Z (GMT). No. of bitstreams: 1 RIOS RSR-UFBA.pdf: 2890961 bytes, checksum: fae1486048636d899ff4db4f5903144f (MD5) / CAPES / Streptococcus pneumoniae é um dos principais agentes causadores de doenças invasivas graves como: pneumonia, meningite e septicemia. Estima-se o óbito em cerca de 2,0 milhões de crianças em países em desenvolvimento. O padrão ouro para diagnóstico é a cultura, mas a sua sensibilidade é baixa e por isso o aprimoramento no diagnóstico dos casos continua um desafio. O objetivo do presente estudo foi avaliar o uso de técnicas moleculares diretamente em líquor visando detectar e caracterizar genotipicamente Streptococcus pneumoniae em casos de meningite. Um estudo prospectivo de corte transversal foi realizado no Hospital Couto Maia, no período entre abril de 2006 a dezembro de 2010. As amostras de líquor foram selecionadas de acordo com critérios de inclusão como celularidade superior a 100 células/mm3 e/ou Glicorraquia inferior a 40 mg/dl e/ou Proteinorraquia superior a 65 mg/dl, e foram submetidas a análises de rotina do hospital, e posteriormente testadas por técnica de PCR em tempo real para detecção de S. pneumoniae, usando como alvo o gene lytA e a reação de PCR-Multiplex para a dedução do sorotipo capsular. A caracterização genotípica foi realizada através da técnica de Multilocus Sequence Typing (MLST). Foram analisadas 1141 amostras de líquor provenientes de pacientes com suspeita clínica de meningite bacteriana. Destas, 92 amostras foram positivas para S. pneumoniae por PCR em tempo real. Das quais, 68 amostras (73,9%) foram cultura positiva e 24 (26,1%) cultura negativa. Os sorotipos de 21 dos 24 casos cultura negativa foram deduzidos. Cerca de 46% dos sorotipos encontrados nos casos cultura negativa, foram não vacinais. Dentre os sorotipos vacinais mais frequentes estavam o 6A/B/C com 6 casos (25%), 14 com 3 casos (12,5%), 23F com 2 (8,3%), 18A/B/C com 1 caso (4,2%) e 4 com 1 caso (4,2%). Do total de 24 casos cultura negativa, três casos (12,5%) não apresentaram positividade para qualquer dos 40 sorotipos testados, embora tenham apresentado positividade para o gene cpsA, permanecendo então como não determinados. Seis amostras (25%) tiveram genótipo caracterizado por MLST, sendo definidos os STs 750, 6403 e 2814. Este estudo conclui que as técnicas moleculares de PCR em tempo real e Multiplex PCR podem ser bastante úteis quando aplicadas diretamente em espécimes clínicos, possibilitando uma melhor detecção e diagnóstico dos casos, mesmo quando todas as outras técnicas diagnósticas convencionais não são capazes de fazê-lo, além de proporcionar um ganho de informações epidemiológicas que não seriam possíveis de serem obtidos por métodos convencionais, devido à ausência de positividade das culturas bacteriológicas. / Streptococcus pneumoniae is a major cause of severe invasive diseases such as pneumonia, meningitis and bacteremia. It is estimated death in about 2.0 million children in developing countries. The gold standard for diagnosis of this agent is the culture, but its sensitivity is low and therefore the accurate diagnosis of cases of pneumococcal meningitis remains a challenge. The aim of this study was to evaluate the use of molecular techniques to detect directly in CSF samples, and genotype Streptococcus pneumoniae in meningitis cases. A prospective cross-sectional study was conducted at Hospital Couto Maia, in the period from April 2006 to December 2010. The CSF samples were selected according to inclusion criteria as cellularity above 100 cells/mm3 and / or CSF glucose less than 40 mg/dl and / or protein levels over than 65 mg / dl, and were submitted to routine hospital and subsequently tested by PCR in real time for the detection of S. pneumoniae, using targeting the lytA gene and PCR-Multiplex for the deduction of capsular serotype. The genotypic characterization was performed by Multilocus Sequence Typing technique (MLST). One amount of 1141 CSF samples were collected from patients with suspected bacterial meningitis and submitted for analysis. Of these, 92 samples were positive for S. pneumoniae by real-time PCR. Of which, 68 samples (73.9%) were culture positive and 24 (26.1%) culture negative. The serotypes of 21 of the 24 culture-negative cases were found. About 46% of the serotypes found in culture-negative cases were non vaccine types. Among the most common vaccine serotypes were the 6A/B/C with 6 cases (25%), 14 with 3 cases (12.5%), 23F with 2 (8.3%), 18A/B/C with one case (4.2%) and 4 with 1 case (4.2%). Of the total of 24 culture-negative cases, three cases (12.5%) showed positivity for any of the 40 serotypes tested, although they presented positive result for the gene CPSA amplification and remain as not determined. Six samples (25%) had the genotype characterized by MLST, the STs being set 750, 6403 and 2814. This study concludes that the molecular techniques of real-time PCR and multiplex PCR can be useful when applied directly on clinical specimens, enabling better detection and diagnosis of cases, even when all other conventional diagnostic techniques are not able to do it, and provide a gain of epidemiological information that would not be possible to obtain by conventional methods, due to the absence of positive bacterial cultures.

Submitted by Ana Maria Fiscina Sampaio (fiscina@bahia.fiocruz.br) on 2012-07-25T20:57:02Z No. of bitstreams: 1 Luis da Conseiçao Martins Morais Epidemiologia molecular de Streptococcus pneumoniaes... 2012.pdf: 2694690 bytes, checksum: 6a8757e0acddf633d2db80ca6ea13e0c (MD5) / Made available in DSpace on 2012-07-25T20:57:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Luis da Conseiçao Martins Morais Epidemiologia molecular de Streptococcus pneumoniaes... 2012.pdf: 2694690 bytes, checksum: 6a8757e0acddf633d2db80ca6ea13e0c (MD5) Previous issue date: 2012 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Gonçalo Moniz. Salvador, Bahia, Brasil / Streptococcus pneumoniae é a principal causa de morbi-mortalidade no mundo. Em Moçambique, os sorotipos 1 e 5 são os mais prevalentes. Este estudo investigou a relação clonal de isolados de pneumococo obtidos de doença invasiva entre o período de 2002-2007, utilizando três procedimentos laboratoriais: Box-PCR, PFGE e MLST. Um total de 105 isolados (sendo 72 do sorotipo 1 e 33 do sorotipo 5), foram submetidos a técnica de Box-PCR. O sorotipo 5 apresentou cinco padrões, sendo um clonal com 20 isolados e quatro padrões não clonais. O padrão A foi o predominante com 61% dos isolados, enquanto que por PFGE, 100% dos isolados foram agrupados em um único clone (clone A), e pela técnica de MLST foi identificado apenas um único ST (ST 289). Por outro lado, o sorotipo 1 apresentou maior diversidade clonal pelos três métodos; por Box-PCR os isolados foram agrupados em 3 clones, sendo predominante o padrão B com 58 isolados, padrão C e N com dois isolados cada. Um total de 12 isolados foram não clonais. O clone B apresentou 20 subtipos, sendo o mais frequente o sub-tipo B1 com 20 amostras idênticas, seguido por B2, B6, B7 com 5 amostras idênticas cada. Por PFGE, 19 amostras confirmaram ser do mesmo perfil clonal (clone B), enquanto que 12 amostras demonstraram ser não clonais. Quando submetidos ao MLST, foram identificados 6 STs; ST 217 (7 isolados), ST 853 (1 isolado), e quatro novos STs, ST 4125, ST 2909, ST 3779 e ST 4166. O ST 217 pertence ao clone Suécia1-27 (ST217), identificados previamente em surtos de meningite na África, enquanto o ST 289 foi identificado como um representante do clone Colômbia5-19 (ST289) que circulam na América Latina desde 1994. A taxa de não susceptibilidade à penicilina foi de 3%, e à cotrimoxazole foi de 39%. A maior taxa de resistência foi encontrada entre os isolados de sorotipo 1. Este trabalho mostra a persistência de dois sorotipos responsáveis por causar doença pneumocócica invasiva graves, bem como seus respectivos clones em uma região do sul de Moçambique. / Streptococcus pneumoniae is the leading cause of morbidity and mortality worldwide. In Mozambique, serotypes 1 and 5 are the most prevalent. This study investigated the clonal relationship of isolates obtained from pneumococcal invasive disease during the period of 2002-2007 using three laboratory procedures: Box-PCR, PFGE and MLST. A total of 105 isolates (72 serotype 1 and 33 serotype 5) were submited to Box-PCR technique. The serotype 5 showed five patterns, one clonal with 20 isolates and four non-clonal patterns. The pattern A, covered 61% of all isolates, whereas by PFGE, 100% of the isolates have been grouped into a single clone (clone A), and by MLST was also identified only one ST (ST 289). In another hand, serotype 1 had higher clonal diversity by the three methods; by Box-PCR isolates have been grouped into three clonal patterns, the pattern B being predominantly (58 isolates), C and N with two isolates each. A total of 12 strains were non-clonal. Clone B showed 20 sub-types, the most common subtype B1 with 20 identical samples, followed by B2, B6, B7 with 5 identical samples each. By PFGE, 19 samples confirmed with the same profile clone (clone B), while 12 samples were non-clonal. By MLST, 6 STs were identified, ST 217 (7 isolates), ST 853 (one isolate) and four new STs, ST 4125, ST 2909, ST 3779 and ST 4166. ST 217 belongs to Sweden1-27 clone (ST217), previously identified in outbreaks of meningitis in Africa, while the ST 289 has been identified as a representative clone Colômbia5-19 clone (ST289) that circulate in Latin America since 1994. The rate of non susceptibility to penicilin was 3%, and 39% to cotrimoxazol. The highest resistance rate was found among serotype 1 isolates. This results shows the persistence of two serotypes responsible for cases of severe invasive pneumococcal disease, as well as their respective clones in a region of southern Mozambique.

The diagnosis of dengue cases in Central Laboratories of Public Health (LACEN) of the country includes the research of NS1 protein and only in positive cases, diagnostic confirmation occurs by identifying the serotype. Data provided by the Epidemiological Surveillance of Sergipe revealed that the first half of 2016 all suspected cases that reached the LACEN / SE were negative on screening tests, even in the thirty-first epidemiological week of the same year, Sergipe has reached the seventh place in the racking of dengue cases in the Northeast region and the third in the Quick Survey Infestation Index by Aedes aegypti. This study aimed to identify the serotypes and the epidemiological profile of suspected dengue cases in the first half of 2016. The 437 suspected dengue patients from January to June of this year were registered in LACEN / SE. After exclusion criteria, 382 serum samples of these patients diagnosed and negative for dengue by ELISA NS1 Antigen Platelia kit method were analyzed by RT-PCR in real time on the multiplex system for confirmation of suspected cases of dengue. The distribution of patients according to epidemiological and demographic variables revealed that there was a predominance of cases in the south central region of the state and large Aracaju (53.5%) inferring the ease in access to outpatient and laboratory service in the region the most affected gender was female (62.8%) and the age group of highest incidence was 20-59 years (59.3%). The highest rate was in urban areas (84.9%) and the first three days of symptoms (63.9%) with higher sampling rate. The prevalence of dengue in cases initially presented as a suspect was 22.5% (86) distributed among serotypes DENV4 82.5% (71), DENV1 9.3% (8) and DENV3 8.1% (7). Compared to official data reported that there were no cases of dengue in the period, this study reveals the positive for dengue with cocirculation of three distinct serotypes being DEV4 the predominant. As also, reports the first evidence of the last ten years of DENV3 serotype circulating in the state. Data analysis enabled to view an underreporting of cases screened and thus suggest a reassessment of the methods used as diagnostic screening so that they can take control measures to the potential for severe disease in a population. / O diagnóstico de casos de dengue nos Laboratórios Centrais de Saúde Pública (LACEN) do país contempla a pesquisa da proteína NS1 e, somente em casos positivos, a confirmação diagnóstica ocorre pela identificação do sorotipo. Dados disponibilizados pela Vigilância epidemiológica de Sergipe revelaram que no primeiro semestre de 2016 todos os casos suspeitos que chegaram ao LACEN/SE foram considerados negativos nos testes de triagem, ainda que na trigésima primeira semana epidemiológica do mesmo ano, Sergipe tenha alcançado o sétimo lugar no racking de casos de dengue da região Nordeste e o terceiro no Levantamento Rápido do Índice de Infestação por Aedes aegypti. O presente trabalho teve como objetivo conhecer da dengue no estado de Sergipe no primeiro semestre de 2016 relacionando-os com alguns parâmetros epidemiológicos. Os 437 pacientes suspeitos de dengue, de janeiro a junho do presente ano, foram cadastrados no LACEN/SE. Após critérios de exclusão, 382 amostras séricas destes pacientes com diagnóstico e resultado negativo para dengue através da metodologia ELISA NS1 Antígeno do kit Platelia foram analisadas pela técnica de RT-PCR em tempo real no sistema multiplex para a confirmação dos casos suspeitos de dengue. A distribuição dos pacientes de acordo com as variáveis epidemiológicas e demográficas revelou que houve predominância dos casos na região centro-sul do estado e da grande Aracaju (53,5%) podendo-se inferir a facilidade no acesso ao atendimento ambulatorial e laboratorial nessa região, o gênero mais acometido foi o feminino (62,8%) e a faixa etária de maior incidência foi 20 a 59 anos (59,3%). A maior frequência foi na zona urbana (84,9%) e os três primeiros dias dos sintomas (63,9%) com maior índice de coletas. A incidência de dengue nos casos que incialmente se apresentaram como suspeita foi de 22,5% (86) distribuídas entre os sorotipos DENV4 82,5% (71), DENV1 9,3% (8) e DENV3 8,1% (7). Em comparação aos dados oficias que informavam que não houve casos de dengue no referido período, este estudo revela a positividade para dengue com co-circulação de três sorotipos distintos sendo o DENV4 o predominante. Ademias, relata a primeira evidência, dos últimos dez anos, de circulação do sorotipo DENV3 no estado. A análise dos dados permitiu visualizar uma subnotificação dos casos triados e, assim, sugerir uma reavaliação dos métodos utilizados como triagem diagnóstica para que se possam tomar medidas de controle para riscos potenciais de formas graves da doença numa população. / Lagarto, SE

CAVALHEIRO, N.P. Análise dos sorotipos do VHC identificados em pacientes da cidade de São Paulo, através de método imunoenzimático. São Paulo, 1999. 97p. Dissertação de mestrado - Faculdade de Medicina, Universidade de São Paulo. Com o objetivo de analisar a prevalência dos diferentes tipos do vírus da Hepatite C (VHC) em uma população de pacientes portadores crônicos do VHC, através de um método sorológico (MUREX HCV Serotyping Assay), foram estudados 219 pacientes, que apresentaram positiva a Reação em Cadeia da Polimerase (PCR), nested-PCR. Estes soros foram submetidos ao teste imunoenzimático para detecção dos anticorpos contra os tipos 1,2,3,4,5,6 do VHC. As amostras foram diluídas e incubadas na presença de peptídeos heterólogos de competição, com antígenos sorotipo-específicos do VHC. Dos 219 pacientes, foi possível detectar o sorotipo do VHC em 166, revelando uma sensibilidade de 75,8%. Os resultados apresentaram a predominância do tipo 1 (70,0%) em nosso meio, seguido pelo tipo 3 (22,3%) e tipo 2 (4,2%). Os sorotipos 4 e 5 estiveram presentes para 1,8% dos pacientes, sempre associados com o sorotipo 1. Estas amostras, apesar de cumprirem os quesitos de validade do teste, apresentaram leituras de Densidade Ótica muito altas para todos os tipos virais testados, inclusive controles positivo e negativo e a possibilidade de reações cruzadas, nestes casos, deve ser considerada. A confirmação por genotipagem e uma investigação mais detalhada sobre a procedência e formas de aquisição do VHC destes pacientes devem ser pesquisados. O tipo 6 não foi confirmado em nenhuma das amostras testadas e provavelmente não estava presente nesta coleção de amostras avaliadas. Os parâmetros epidemiológicos avaliados foram: idade, sexo e vias de transmissão. Dos 166 pacientes com diagnóstico para o tipo do VHC, 108 (65,1%) eram homens e 58 (34,9%) mulheres. A idade dos pacientes variou de 12 a 73 anos (média 41,1). As formas de transmissão mencionadas foram 52 (31,3%) transfusão de sangue, 18 (10,8%) uso de drogas injetáveis, 8 (4,8%) tatuagens, 6 (3,6%) provável via sexual, 3 (1,8%) acidente com agulha, 2 (1,2%) trabalho em área de saúde, 1 (0,6%) acupuntura, 1 (0,6%) hemofílico. Sessenta e um pacientes (36,7%) não apresentaram fatores de risco que justificassem a aquisição da infecção pelo VHC. Não foi verificada diferença significativa entre os tipos do VHC encontrados e os parâmetros epidemiológicos estudados. A predominância dos tipos 1, 3 e 2 é compatível com outros estudos, de genotipagem, que envolveram amostras brasileiras, particularmente da cidade de São Paulo. As amostras que apresentaram leituras de Densidade Ótica altas ou baixas, para todos os poços de uma mesma amostra testada, inclusive controles positivo e negativo, sugerem a possibilidade de reações inespecíficas ou cruzadas e devem ser confirmadas por outras técnicas de genotipagem ou seqüenciamento. A praticidade oferecida pelo teste de sorotipagem do VHC, apesar de não identificar os subtipos, pode ser útil na prática clínica e auxiliar no prognóstico da doença, não necessitando da tecnologia exigida pelos testes que envolvem biologia molecular. / CAVALHEIRO, N.P. Analysis of serotypes of HCV in patients from the city of São Paulo, by means of a enzyme-immunoassay method. São Paulo, 1999. 97p. Dissertação de Mestrado - Faculdade de Medicina, Universidade de São Paulo. With the objetive of analysing the prevalence of the different types of Hepatitis C Virus (HCV) in a population of chronic carriers of HCV, through a sorologic method (MUREX HCV Serotyping Assay), 219 patients were studied who showed a positive polymerase chain reaction. This sera were submitted to immunoenzimatic tests for the detection of antibodies in relation to HCV types 1, 2,3,4,5 and 6. The samples were diluted and incubated in the presence of heterologous competing peptides, with microwells coated with serotype-specific antigens of HCV. Of the 219 patients, it was possible to detect the HCV serotype in 166, revealing a sensitivity of 75.8%. The results showed a predominance of type 1 (70.0%) in our medium, followed by type 3 (22.3%) and type 2 (4.2%). Serotypes 4 and 5 were present in 1.8% of the patients, but always associated with serotype 1. These samples, in spite of fulfilling the prerequisites of validity for testing, showed a very high optical density reading for all types of viruses tested, including positive and negative controls. The possibility of cross reactions in these cases should be considered. Confirmation by genotyping and a more detailed investigation on the origin and mode of acquisition of the HCV of these patients should be researched. Type 6 was not confirmed in any of the samples tested and probably was not present in this particular collection. The epidemiological parameters evaluated were: age, sex and means of transmission. Of the 166 patients diagnosed with the HCV, 108 (65.1%) were men and 58 (34.9%) were women. The age of the patients varied from 12 to 73 years, the average being 41.1 years. The means of transmission mentioned were blood transfusion in 52 (31.3%) cases, intravenous drug use in 18 (10.8%) cases, by tatoos in 8 (4.8%) cases, 6 (3.6%) cases were sexually transmitted, 3 (1.8%) were by accident with a needle, 2 (1.2%) through work in the health field, one (0.6%) through acupunture and one by being hemophiliac. Sixty one (36.7%) patients were not able to offer any risk factor which justified the acquisition of the HCV infection. No significant difference was verified among the different types of HCV found and the different epidemiological parameters studied. The predominance of types 1, 3 and 2 is compatible with other genotyping studies which involved Brazilian samples, particularly in the city of São Paulo. The samples which showed high or low dense optical reading for all the wells of the same samples tested even the positive or negative controls, suggested confirmation by sequecing or genotyping. The praticality obtained by the HCV serotyping test, in spite of the fact that it does not identify the sub type, can be useful in clinical pratice and helpful in the prognostication of the disease, not needing the tecnology demanded by the tests which involve molecular biology.

As infecções por Streptococcus pneumoniae (pneumococo) ainda desafiam os sistemas de saúde em todo mundo. Este é um estudo observacional, de seguimento retrospectivo, que avaliou aspectos microbiológicos e clínicos das cepas de pneumococo isoladas de pacientes com doença invasiva pneumocócica (DIP) isolados nos Departamentos Regionais de Saúde (DRS) de Araraquara, Barretos, Franca e Ribeirão Preto, em um período de 16 anos (1998-2013). As informações foram obtidas junto ao Instituto Adolfo Lutz e, no banco de dados do Hospital das Clínicas de Ribeirão Preto (HCRP). Analisou-se 796 linhagens, com predominio do gênero masculino (58,9%), da faixa etária de 20 a menores de 60 anos de idade (32,2%) e do período de 2003 a 2010 (60,2%). As DIPs mais comuns foram a meningite (45,7%) e a pneumonia (45,0%). Quanto aos sorotipos mais frequentes, observou-se em 83,3%: 14, 3, 19F, 1, 6A, 6B, 23F, 9V, 18C, 19A, 12F, 4, 7F, 5, 22F, 11A, 8, 9N, 10A e 15C, sendo o 14 o mais comum nos quatro DRS estudados. Os sorotipos 14, 3 e 19F foram mais frequentes na meningite, enquanto os sorotipos 14, 3 e 1 na pneumonia. Após 2010, verificou-se diminuição dos sorotipos 14, 1, 23F e 5 e aumento de 12F, 11A e 8, não contidos na vacina. A resistência à penicilina foi de 14,8%, sendo 3,0% resistência intermediária e 11,8% de resistência plena. Para ceftriaxona, 5,3% foram não sensíveis. A sensibilidade ao cloranfenicol, eritromicina e ceftriaxona manteve-se acima dos 90%, no período estudado. O maior nível de resistência foi observado para Sulfametoxazol/trimetoprim (49,4%). Destaca-se o aumento dos sorotipos 12F, 11A e 8 após a vacinação, considerando que nenhum deles compõe as vacinas conjugadas disponíveis. Observou-se variabilidade de resistência entre os diferentes sorotipos de pneumococo. A DIP mais frequente nos pacientes cadastrados no HCRP foi a pneumonia (67,8%), seguida da meningite (22,9%) tendo como sorotipos mais frequentes 14, 6A, 23F, 1, 3, 18C, 19F, 12F, 4,9V, 6B e 19A. Destes pacientes 67,5% apresentaram cura sem sequelas, 6,9% tiveram algum tipo de sequela e 25,6% evoluíram para óbito. A pneumonia causou 18,2% dos óbitos, principalmente na faixa etária de 20 a menores de 60 anos de idade. Os sorotipos 12F, 14, 18C, 9V, 18A, 19A e 23F foram responsáveis por 64,9% dos óbitos por meningite, enquanto os sorotipos 3, 14, 9V, 6B, 23F e 19F estiveram envolvidos em 63,4% das mortes por pneumonia. Entre os pacientes que morreram 68,2% tinham algum tipo de comorbidade, sendo HIV/AIDS, alcoolismo e câncer as mais comuns. A faixa etária com 60 anos ou mais foi a mais significativa (OR=4,2) para o insucesso, independente da presença de comorbidade. A presença do sorotipo 18C foi fator de risco significativo tanto na análise bruta (OR=3,8), quanto ao ajustar por comorbidade (OR=5,0) ou ajustada por idade (OR=5,4). O mesmo ocorreu para o sorotipo 12F (respectivamente, OR=5,1, OR=5,0 e OR=4,7). Observou-se alterações na circulação de alguns sorotipos de pneumococo no período pós VPC10. Ressalta-se a importância da continuidade da vigilância das DIPs, afim de determinar oscilações clínicas e microbiológicas da doença. Além disto, na era das vacinas conjugadas, o contínuo monitoramento sobre a distribuição de sorotipos na população é necessário para a avaliação do impacto e adequação da imunização / Infections by Streptococcus pneumoniae (pneumococcus) are still a challenge to health systems worldwide. An observational retrospective study was developed to assess microbiological and clinical aspects of pneumococcus strains isolated from patients with invasive pneumococcal diseases (IPD) which were isolated in the Regional Health Departments (DRS) of Araraquara, Barretos, Franca and Ribeirão Preto, in a period of 16 years (1998-2013). Data were obtained at the Adolfo Lutz Institute and in databases of the Clinics Hospital of Ribeirão Preto (HCRP). A total of 796 strains were analyzed, with prevalence of male individuals (58.9%), aged between 20 and 60 years (32.2%), and in the period between 2003 and 2010 (60.2%). The most common IPD were meningitis (45.7%) and pneumonia (45.0%). Regarding the most frequent serotypes, in 83.3% they were: 14, 3, 19F, 1, 6A, 6B, 23F, 9V, 18C, 19A, 12F, 4, 7F, 5, 22F, 11A, 8, 9N, 10A and 15C, with 14 being the most common in the four DRS studied. Serotypes 14, 3 and 19F were more frequent in meningitis, whereas serotypes 14, 3 and 1 were more frequent in pneumonia. After 2010, there was a decrease in serotypes 14, 1, 23F and 5, and an increase in 12F, 11A and 8, which are not included in the vaccine. Resistance to penicillin was 14.8%, with 3.0% being intermediate, and 11.8% full resistance. For ceftriaxone, 5.3% were not sensitive. Sensitivity to chloramphenicol, erythromycin and ceftriaxone remained over 90% in the studied period. The highest level of resistance was observed for Sulfamethoxazole/trimethoprim (49.4%). It is noteworthy that there was an increase in the s serotypes 12F, 11A and 8 after vaccination, considering that none of them make up the combined vaccines available. Resistance varied among the different serotypes of pneumococcus. The most frequent IPD in the patients registered in the HCRP was pneumonia (67.8%), followed by meningitis (22.9%), with the most frequent serotypes being 14, 6A, 23F, 1, 3, 18C, 19F, 12F, 4, 9V, 6B and 19A. Of these patients, 67.5% were cured without sequela, 6.9% had some sort of sequela and 25.6% evolved to death. Pneumonia caused 18.2% of the deaths, mainly in the age range between 20 and 60 years. Serotypes 12F, 14, 18C, 9V, 18A, 19A and 23F were responsible for 64.9% of the deaths by meningitis, whereas serotypes 3, 14, 9V, 6B, 23F and 19F were involved in 63.4% of the deaths by pneumonia. Among the patients who died, 68.2% had some sort of comorbidity, with HIV/AIDS, alcoholism and cancer being the most common. The age range over 60 years was the most significant (OR=4.2) for failure, regardless of the presence of a comorbidity. The presence of serotype 18C was a significant risk factor both in the gross analysis (OR=3.8), and in the adjustment as for comorbidity (OR=5.0) or age (OR=5.4). This was also true for the serotype 12F (respectively, OR=5.1, OR=5.0 and OR=4.7). There were alterations in the circulation of some pneumococcus serotypes in the period after VPC10. it is emphasized the importance of continued monitoring of DIPs, in order to determine clinical and microbiological fluctuations of the disease. In addition, in the era of combined vaccines, it is necessary to keep monitoring the distribution of serotypes in the population to assess the impact and adequacy of immunization

As infecções por Streptococcus pneumoniae (pneumococo) ainda desafiam os sistemas de saúde em todo mundo. Este é um estudo observacional, de seguimento retrospectivo, que avaliou aspectos microbiológicos e clínicos das cepas de pneumococo isoladas de pacientes com doença invasiva pneumocócica (DIP) isolados nos Departamentos Regionais de Saúde (DRS) de Araraquara, Barretos, Franca e Ribeirão Preto, em um período de 16 anos (1998-2013). As informações foram obtidas junto ao Instituto Adolfo Lutz e, no banco de dados do Hospital das Clínicas de Ribeirão Preto (HCRP). Analisou-se 796 linhagens, com predominio do gênero masculino (58,9%), da faixa etária de 20 a menores de 60 anos de idade (32,2%) e do período de 2003 a 2010 (60,2%). As DIPs mais comuns foram a meningite (45,7%) e a pneumonia (45,0%). Quanto aos sorotipos mais frequentes, observou-se em 83,3%: 14, 3, 19F, 1, 6A, 6B, 23F, 9V, 18C, 19A, 12F, 4, 7F, 5, 22F, 11A, 8, 9N, 10A e 15C, sendo o 14 o mais comum nos quatro DRS estudados. Os sorotipos 14, 3 e 19F foram mais frequentes na meningite, enquanto os sorotipos 14, 3 e 1 na pneumonia. Após 2010, verificou-se diminuição dos sorotipos 14, 1, 23F e 5 e aumento de 12F, 11A e 8, não contidos na vacina. A resistência à penicilina foi de 14,8%, sendo 3,0% resistência intermediária e 11,8% de resistência plena. Para ceftriaxona, 5,3% foram não sensíveis. A sensibilidade ao cloranfenicol, eritromicina e ceftriaxona manteve-se acima dos 90%, no período estudado. O maior nível de resistência foi observado para Sulfametoxazol/trimetoprim (49,4%). Destaca-se o aumento dos sorotipos 12F, 11A e 8 após a vacinação, considerando que nenhum deles compõe as vacinas conjugadas disponíveis. Observou-se variabilidade de resistência entre os diferentes sorotipos de pneumococo. A DIP mais frequente nos pacientes cadastrados no HCRP foi a pneumonia (67,8%), seguida da meningite (22,9%) tendo como sorotipos mais frequentes 14, 6A, 23F, 1, 3, 18C, 19F, 12F, 4,9V, 6B e 19A. Destes pacientes 67,5% apresentaram cura sem sequelas, 6,9% tiveram algum tipo de sequela e 25,6% evoluíram para óbito. A pneumonia causou 18,2% dos óbitos, principalmente na faixa etária de 20 a menores de 60 anos de idade. Os sorotipos 12F, 14, 18C, 9V, 18A, 19A e 23F foram responsáveis por 64,9% dos óbitos por meningite, enquanto os sorotipos 3, 14, 9V, 6B, 23F e 19F estiveram envolvidos em 63,4% das mortes por pneumonia. Entre os pacientes que morreram 68,2% tinham algum tipo de comorbidade, sendo HIV/AIDS, alcoolismo e câncer as mais comuns. A faixa etária com 60 anos ou mais foi a mais significativa (OR=4,2) para o insucesso, independente da presença de comorbidade. A presença do sorotipo 18C foi fator de risco significativo tanto na análise bruta (OR=3,8), quanto ao ajustar por comorbidade (OR=5,0) ou ajustada por idade (OR=5,4). O mesmo ocorreu para o sorotipo 12F (respectivamente, OR=5,1, OR=5,0 e OR=4,7). Observou-se alterações na circulação de alguns sorotipos de pneumococo no período pós VPC10. Ressalta-se a importância da continuidade da vigilância das DIPs, afim de determinar oscilações clínicas e microbiológicas da doença. Além disto, na era das vacinas conjugadas, o contínuo monitoramento sobre a distribuição de sorotipos na população é necessário para a avaliação do impacto e adequação da imunização / Infections by Streptococcus pneumoniae (pneumococcus) are still a challenge to health systems worldwide. An observational retrospective study was developed to assess microbiological and clinical aspects of pneumococcus strains isolated from patients with invasive pneumococcal diseases (IPD) which were isolated in the Regional Health Departments (DRS) of Araraquara, Barretos, Franca and Ribeirão Preto, in a period of 16 years (1998-2013). Data were obtained at the Adolfo Lutz Institute and in databases of the Clinics Hospital of Ribeirão Preto (HCRP). A total of 796 strains were analyzed, with prevalence of male individuals (58.9%), aged between 20 and 60 years (32.2%), and in the period between 2003 and 2010 (60.2%). The most common IPD were meningitis (45.7%) and pneumonia (45.0%). Regarding the most frequent serotypes, in 83.3% they were: 14, 3, 19F, 1, 6A, 6B, 23F, 9V, 18C, 19A, 12F, 4, 7F, 5, 22F, 11A, 8, 9N, 10A and 15C, with 14 being the most common in the four DRS studied. Serotypes 14, 3 and 19F were more frequent in meningitis, whereas serotypes 14, 3 and 1 were more frequent in pneumonia. After 2010, there was a decrease in serotypes 14, 1, 23F and 5, and an increase in 12F, 11A and 8, which are not included in the vaccine. Resistance to penicillin was 14.8%, with 3.0% being intermediate, and 11.8% full resistance. For ceftriaxone, 5.3% were not sensitive. Sensitivity to chloramphenicol, erythromycin and ceftriaxone remained over 90% in the studied period. The highest level of resistance was observed for Sulfamethoxazole/trimethoprim (49.4%). It is noteworthy that there was an increase in the s serotypes 12F, 11A and 8 after vaccination, considering that none of them make up the combined vaccines available. Resistance varied among the different serotypes of pneumococcus. The most frequent IPD in the patients registered in the HCRP was pneumonia (67.8%), followed by meningitis (22.9%), with the most frequent serotypes being 14, 6A, 23F, 1, 3, 18C, 19F, 12F, 4, 9V, 6B and 19A. Of these patients, 67.5% were cured without sequela, 6.9% had some sort of sequela and 25.6% evolved to death. Pneumonia caused 18.2% of the deaths, mainly in the age range between 20 and 60 years. Serotypes 12F, 14, 18C, 9V, 18A, 19A and 23F were responsible for 64.9% of the deaths by meningitis, whereas serotypes 3, 14, 9V, 6B, 23F and 19F were involved in 63.4% of the deaths by pneumonia. Among the patients who died, 68.2% had some sort of comorbidity, with HIV/AIDS, alcoholism and cancer being the most common. The age range over 60 years was the most significant (OR=4.2) for failure, regardless of the presence of a comorbidity. The presence of serotype 18C was a significant risk factor both in the gross analysis (OR=3.8), and in the adjustment as for comorbidity (OR=5.0) or age (OR=5.4). This was also true for the serotype 12F (respectively, OR=5.1, OR=5.0 and OR=4.7). There were alterations in the circulation of some pneumococcus serotypes in the period after VPC10. it is emphasized the importance of continued monitoring of DIPs, in order to determine clinical and microbiological fluctuations of the disease. In addition, in the era of combined vaccines, it is necessary to keep monitoring the distribution of serotypes in the population to assess the impact and adequacy of immunization

Ovinos são considerados reservatórios de Escherichia coli produtora da toxina Shiga (STEC). Este estudo pesquisou amostras de 100 carneiros no Estado de São Paulo. PCR foi empregada para detecção de stx1, stx2, eae, ehx, e intiminas. RFLP-PCR foi realizado para identificação das variantes de stx1/stx2 e fliC. Cinco isolados eae+stx- de sorotipos O128:H2, O145:H2, O153:H7 e O178:H7 apresentaram intiminas b, g e e. Cinqüenta e seis STEC foram obtidos e os genótipos foram stx1cstx2d-O118 (56,1%), stx1c (33,3%), stx2d-O118 (7,6%), e stx1cstx2dOX3a (3%). Os sorotipos mais freqüentes foram ONT:H8, ONT:H-, O75:H-, O174:H8 e O5:H-. Gene fliC codificando para H2, H8, H14, H16, H19, H21 ou H28 foi identificado em 25/33 isolados. ehx foi detectado em três/cinco EPEC Atípicas e em 38 (57,6%) STEC. Sensibilidade aos antimicrobianos foi observada em 77,2% dos isolados STEC. A análise da similaridade genética por PFGE revelou 24 perfis entre 40 isolados STEC e EPEC atípicas. O estudo demonstrou que ovinos saudáveis podem se comportar como reservatórios de STEC e EPEC atípica. / Lambs are reported as carriers of Shiga toxin-producing Escherichia coli (STEC) worldwide. This study surveyed 100 sheep in São Paulo, Brazil. PCR was used for detection of stx1, stx2, eae, ehx, and intimins. RFLP-PCR investigated the stx1/stx2 variants and flagellar antigen (fliC). Five isolates were eae+/stx-, belonging to serotypes O128:H2, O145:H2, O153:H7 and O178:H7, harboring b, g and e intimins. Fifty-six STEC isolates were recovered, and stx genotypes were stx1cstx2d-O118 (56.1%), stx1c (33.3%), stx2d-O118 (7.6%), and stx1cstx2dOX3a (3%). A diversity of STEC serotypes was observed, but most frequent were ONT:H8, ONT:H-, O75:H-, O174:H8 and O5:H-. fliC gene coding for H2, H8, H14, H16, H19, H21 or H28 was identified in 25/33 isolates. ehx gene was detected in three Atypical EPEC and in 38 (57,6%) STEC. Fifty-one (77.2%) STEC were susceptible to antimicrobials tested. Pulsed field gel electrophoresis (PFGE) revealed 24/40 profiles. The study showed that healthy ovine can be carrier of STEC and atypical EPEC in Brazil.