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Cloning, Expression and Initial Characterization of a Novel Human Gene ROGDI

Chen, Kuei-Chiu 29 November 2006 (has links)
ROGDI is a novel gene which has unknown function. According to GenBank, the gene is located on chromosome 16p13.3 and the size of coding region is 864 bp which encodes 287 amino acids. It was a novel gene isolated from primary human renal epithelial cells in NEDO human cDNA sequencing project (AK026039). The definition of its reference sequence (RefSeq NM_024589) described as Homo sapiens rogdi homolog (Drosophila), ROGDI. By bioinformatic analysis, the gene was predicted as a hydrophilic protein with leucine zipper domain and located in cytoplasm. A partial cDNA of this gene was cloned in our laboratory. For further study of the biological function of the gene, the coding region of this gene was cloned into pGEX-6p and pET-28a vector and expressed in E. coli BL21 (DE3). The fusion protein was partially purified for preparation of polyclonal antibody. Northern blot analysis revealed that the gene was not expressed in all tissues. From the results of RT-PCR and western blot analysis, it can be concluded that the products, both mRNA and protein, of this gene were found in many cancer cell lines, but protein level expression of the gene was much less in normal cell lines. By immunocytochemistry analysis and subcellular localization analysis of GFP-tagged ROGDI, the gene was expressed both in the nucleus and cytoplasm, but expressed more in the nucleus than cytoplasm. In addition, ROGDI was up-regulated in early stages of liver fibrosis of TAA-treated mouse livers. This novel gene may play roles in tumorigenesis and liver fibrosis.
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Systems enabling antibody-mediated proteomics research

Falk, Ronny January 2006 (has links)
As many genome sequencing efforts today are completed, we are now provided with the genetic maps for several organisms, including man. With these maps at hand, the scientific focus is now shifting towards investigations of the functionality of proteins. This task is even more challenging than the genomic field since proteins, in contrast to DNA, do not allow themselves to be specifically probed or amplified by easy and generic methods. However, to achieve knowledge regarding protein function, useful information includes where, when and how much certain proteins are expressed in an organism. Such information can be obtained if protein-specific binding molecules are available as tools. One such class of target specific binders are the antibody molecules, traditionally employed in a broad variety of biotechnical applications, including protein localization studies on both cellular and sub cellular levels. In a first serie of studies, new methodology for recombinant production and purification of antigens for generation of antibodies via immunization routes were investigated. Parallel affinity gene fusion-based expression systems were used for evaluation of different concepts for production of antigen and post-immunization antibody purification. Carefully designed protein antigens from different organisms were produced and used to raise antisera which were affinity purified on their respective antigens to obtain highly specific polyclonal antibodies (monospecific antibodies). One of the constructed expression systems includes an affinity handle, ZSPA-1, previously selected from a combinatorial protein library for its capacity to selectively bind protein A. This allows for convenient, non IgG-dependent, affinity purification of proteins on conventional protein A resins. A strategy where highly target specific antibody preparations could be affinity purified in a more streamlined setup is also presented. By this strategy it was possible to fractionate antibodies showing reactivity to different parts of the antigen into separate fractions. This resulted in affinity purified antibodies showing monospecific but still multi-epitope reactivity. Purified monospecific antibodies were used in different studies including Western blot immunofluorescence and recovery applications. For affinity purification of endogenous target from its native surrounding a selective elution strategy where the recombinant antigen was used to competitively elute the captured target was developed. / QC 20100824
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Produção e caracterização de um anticorpo policlonal monoespecífico contra rNcp43 para o diagnóstico da neosporose / Produção e caracterização de um anticorpo policlonal monoespecífico contra rNcp43 para o diagnóstico da neosporose

Sá, Gizele Lima de 14 February 2012 (has links)
Made available in DSpace on 2014-08-20T14:31:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 dissertacao_gizele_lima_de_sa.pdf: 488608 bytes, checksum: fe16f7b595024fb9112b8c23f5da90ca (MD5) Previous issue date: 2012-02-14 / Neosporosis is considered a disease of worldwide distribution. It is caused by the apicomplexa protozoan Neospora caninum, responsible for neuromuscular disorders in dogs and abortions in bovines, which makes it an important pathogen in cattle breeding. The diagnosis of this disease can be accomplished by identifying the parasites by histological sections or by detection of specific antibodies. However, serological methods can be hampered by cross-reactivity with other apicomplexa parasites, such as Toxoplasma gondii. Parasite-specific antigens used for detection of antibodies or in the production of antiserum for the detection of tachyzoites can improve the specificity and sensitivity of diagnostic tests and studies of the biology of the parasite. Among specific antigens of Neospora genus, NcSRS2 (Nc-p43) which is an immunodominant surface protein stands out. It is present in tachyzoites as well as bradyzoites. In this study, Nc-p43 protein was produced in its recombinant form (rNcp43), by inserting the gene NcSRS2 in the cloning vector pET100/DTOPO, which was used to transform Escherichia coli BL21 Star. rNc-p43 protein was evaluated for reactivity with immune sera from naturally infected bovine, ovine and canine species, and used to immunize BALB/c mice for the production of a polyclonal antibody (pAb). rNc-p43 (pAb/rNc-p43) antibody was conjugated to fluorescein isothiocyanate (FITC) and the reactivity with the native protein on the surface of the parasite was evaluated by immunofluorescence. rNc-p43 protein was recognized by anti N. caninum present in immune sera by ELISA and dot blot and it was able to generate antibodies against the p43 antigen. The pAb/rNc-p43 reacted with the rNc-p43 protein in indirect ELISA and Western blotting, detecting N. caninum tachyzoites in direct and indirect immunofluorescence, with a fluorescence pattern only in the apical complex of the parasite, maintaining affinity even after conjugation with FITC. pAb/rNc-p43 showed no cross-reactivity with T. gondii. The results of this study suggest that the rNc-p43 obtained and the pAb produced can be useful in developing diagnostic tests based on the detection of specific antibodies and the antigen present on the surface of the parasite. / A neosporose é considerada uma doença de distribuição mundial, causada pelo protozoário apicomplexa Neospora caninum, causador de desordens neuromusculares em cães e abortos em bovinos, o que o torna um patógeno de relevância na bovinocultura. O diagnóstico desta enfermidade pode ser realizado através da identificação do parasito em cortes histológicos ou pela detecção de anticorpos específicos. No entanto, os métodos sorológicos aplicados podem ser dificultados por reações cruzadas com outros parasitos apicomplexas, como Toxoplasma gondii. Antígenos específicos do parasito utilizados para detecção de anticorpos ou na produção de insumos biológicos para a detecção de taquizoítos podem melhorar a especificidade e a sensibilidade dos testes de diagnóstico e de estudos da biologia do parasito. Entre os antígenos específicos de Neospora, destaca-se a proteína de superfície imunodominante NcSRS2 (Nc-p43), presente tanto em taquizoítos quanto em bradizoítos. Neste estudo, a proteína Nc-p43 foi produzida em sua forma recombinante (rNc-p43), através da inserção do gene NcSRS2 no vetor de clonagem pET100/DTOPO, o qual foi utilizado para transformar a bactéria Escherichia coli BL21 Star. A proteína rNc-p43 foi avaliada quanto a reatividade com soros imunes de animais naturalmente infectados das espécies bovina, ovina e canina; e utilizada para imunizar camundongos da linhagem BALB/c para a produção de um anticorpo policlonal (pAb). O anticorpo anti rNc-p43 (pAb/rNc-p43) foi conjugado com isotiocianato de fluoresceína (FITC) e avaliado quanto a reação com a proteína nativa na superfície do parasito por imunofluorescência. A proteína rNc-p43 foi reconhecida por anticorpos anti N. caninum presente nos soros imunes, através de ELISA e Dot blot e foi capaz de gerar anticorpos contra o antígeno rNc-p43. O pAb/rNc-p43 reagiu com a proteína rNc-p43 em ELISA indireto e Western blotting, detectou taquizoítos de N. caninum em imunofluorescência indireta e direta, apresentando um padrão de fluorescência somente no complexo apical do parasito, mantendo sua afinidade mesmo após sua conjugação com FITC. O pAb/rNc-p43 não apresentou reação cruzada com T. gondii. Os resultados deste estudo sugerem que a rNc-p43 obtida e o pAb gerado podem ser úteis no desenvolvimento de testes de diagnóstico baseados na detecção de anticorpos específicos e do antígeno presente na superfície do parasito.
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Immunocytochemical analysis of subcellular localization of rhamnogalacturonan II, a pectic polysaccharide in plants / 植物のペクチン質多糖ラムノガラクツロナンIIの細胞内局在に関する免疫組織化学的研究

Zhou, Ye 25 March 2019 (has links)
京都大学 / 0048 / 新制・課程博士 / 博士(農学) / 甲第21817号 / 農博第2330号 / 新制||農||1067(附属図書館) / 学位論文||H31||N5189(農学部図書室) / 京都大学大学院農学研究科応用生命科学専攻 / (主査)教授 間藤 徹, 教授 髙部 圭司, 教授 矢﨑 一史 / 学位規則第4条第1項該当 / Doctor of Agricultural Science / Kyoto University / DFAM
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Desenvolvimento de técnicas de imunoensaio para detecção de microcistina em amostras ambientais / Development of immunoassay techniques to detect microcystin in environmental samples

Anjos, Fabyana Maria dos 15 December 2009 (has links)
A contaminação da água para consumo humano por toxinas produzidas por cianobactérias é um problema de saúde pública e das autoridades em todo o mundo. Microcistina-LR (MCLR) é uma cianotoxina heptapeptídica cíclica que inibe as proteínas fosfatases PP1 E PP2A nos hepatócitos. Microcistinas são produzidas por diversos gêneros de cianobactérias e mais de 70 variações estruturais têm sido caracterizadas em florações naturais. Por serem haptenos, as microcistinas são incapazes de induzir uma resposta imune em animais. Conseqüentemente, foi necessário aplicar métodos de conjugação envolvendo a adição de uma proteína carreadora, mcKLH (cationized Keyhole Limpet Hemocyanin). Portanto, o objetivo inicial desta tese foi o de obter anticorpos monoclonal (em camundongos) e policlonal (em coelho) anti- MCLR. Com relação ao anticorpo monoclonal foram obtidos 9 hibridomas (k29, k210, k317, k248, k284, k290, k2161, k2226, k2232), sendo que apenas 5 se mostraram estáveis (k29, k317, k248, k284, k2232). Estes foram selecionados para serem isotipados, expandidos em líquido ascítico, purificados em coluna cromatográfica de proteína-A e titulados. Dentre estes cinco hibridomas secretores de anticorpos, o clone k317 foi o que melhor reconheceu (mais específico) a toxina MCLR. Os anticorpos do sobrenadante de meio de cultura do hibridoma e o fluido ascítico purificado foram identificados pelo ensaio ELISA (Enzyme Linked Immunosorbent Assay) previamente padronizado. Mesmo sensibilizando a placa de ELISA com diferentes antígenos, tais como MCLR-cBSA, MCLR, MCLR, MCRR, MCYR e MCLA, o clone 17 foi o que apresentou melhor linearidade frente às variantes de microcistina. Portanto, o clone 17 (isótipo IgG1) obtido é muito promissor e será usado para detecção de MCLR na água para consumo humano através do desenvolvimento de um kit de ELISA competição. Com relação ao anticorpo policlonal, o antígeno de imunização foi MCLR-mcKLH, enquanto que o antígeno de sensibilização foi MCLR-cBSA para o ensaio de titulação de anticorpos de classe IgG por ELISA indireto. Na seqüencia, foi padronizado um ensaio ELISA competição utilizando somente a toxina MCLR como antígeno de sensibilização. Este método Caseína foi padronizado, validado e comparado com o kit comercial Abraxis®. O kit ELISA competição que utiliza anticorpo policlonal, nomeado como método Caseína, foi avaliado quanto Limite Inferior de Quantificação, Especificidade, Seletividade, influência do metanol no ensaio, Recuperação, Linearidade, Precisão, Exatidão e Robustez. Este método de triagem apresentou excelente resultado quando comparado ao kit comercial Abraxis®, pois foi capaz de detectar tanto variantes de microcistinas como nodularinas no ambiente aquático. O ensaio ELISA competição utilizando anticorpo policlonal anti-MCLR foi submetido à patente pela Agência USP de Inovação (I.N.P.I. 018090046230). / The contamination of drinking water by cyanobacterial toxins is a public health issue and a concern for water authorities throughout the world. Microcystin-LR (MCLR) is a hazardous cyclic heptapeptide cyanotoxin, which inhibits protein phosphatase PP1 and PP2A in hepatocytes. Microcystins are produced by several genera of cyanobacteria and presents more than 70 structural variations characterized in natural blooms. As haptens, microcystins are unable to invoke an immune response in animals. Consequently, the application of conjugation methods with an additional carrier protein, the KLH (Keyhole Limpet Hemocyanin) was necessary. The main objective of this study was to obtain monoclonal (in mice) and polyclonal (in rabbits) antibodies for reacting against MCLR. In what refers to monoclonal antibodies, 9 hybridomas (k29, k210, k317, k248, k284, k290, k2161, k2226, k2232) were obtained; however only 5 were stables (k29, k317, k248, k284, k2232). These were selected to be isotyped, expanded in ascitic fluid, purified by protein-A column chromatography and then, they were titrated. Out of these five antibody-secretor hybridomas, clone k317 was the best to recognize (more specific) the MCLR toxins. Antibodies in hybridoma cell culture supernatant and purified ascites fluid were identified by ELISA assay (Enzyme Linked Immunosorbent Assay) as prior standardized. Even when sensitizing ELISA plate with different antigens, as MCLR-cBSA, MCLR, MCLR, MCRR, MCYR and MCLA, clone 17 presented the best linearity against microcystin variants. Therefore, the obtained clone 17 (isotype IgG1) is a promising clone and shall be used for detecting MCLR in drinking water through the development of a competitive ELISA immunoassay kit. In what refers to the polyclonal antibody, MCLR-mcKLH was used as immunization antigen, while MCLR-cBSA was used as sensitizing antigen for the IgG titration assay by indirect ELISA. In the sequence, a competition ELISA assay was standardized using the MCLR toxin as sensitizing antigen. This Casein method was standardized, validated and compared to the commercial kit Abraxis®. The competition ELISA kit using polyclonal antibody, known as Casein method, was analyzed concerning its Quantification Inferior Limit, Specificity, Selectivity, methanol influence of the assay, Recuperation, Linearity, Precision, Accuracy and Robustness. This screening method reached excellent results if compared to the commercial kit Abraxis®, for being able to detect both the microcystins variants and the nodularins in aquatic environmental. The competition ELISA assay using anti-MCLR polyclonal antibody was submitted to the grant of a patent by USP Innovation Agency (INPI 018090046230).
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Desenvolvimento de técnicas de imunoensaio para detecção de microcistina em amostras ambientais / Development of immunoassay techniques to detect microcystin in environmental samples

Fabyana Maria dos Anjos 15 December 2009 (has links)
A contaminação da água para consumo humano por toxinas produzidas por cianobactérias é um problema de saúde pública e das autoridades em todo o mundo. Microcistina-LR (MCLR) é uma cianotoxina heptapeptídica cíclica que inibe as proteínas fosfatases PP1 E PP2A nos hepatócitos. Microcistinas são produzidas por diversos gêneros de cianobactérias e mais de 70 variações estruturais têm sido caracterizadas em florações naturais. Por serem haptenos, as microcistinas são incapazes de induzir uma resposta imune em animais. Conseqüentemente, foi necessário aplicar métodos de conjugação envolvendo a adição de uma proteína carreadora, mcKLH (cationized Keyhole Limpet Hemocyanin). Portanto, o objetivo inicial desta tese foi o de obter anticorpos monoclonal (em camundongos) e policlonal (em coelho) anti- MCLR. Com relação ao anticorpo monoclonal foram obtidos 9 hibridomas (k29, k210, k317, k248, k284, k290, k2161, k2226, k2232), sendo que apenas 5 se mostraram estáveis (k29, k317, k248, k284, k2232). Estes foram selecionados para serem isotipados, expandidos em líquido ascítico, purificados em coluna cromatográfica de proteína-A e titulados. Dentre estes cinco hibridomas secretores de anticorpos, o clone k317 foi o que melhor reconheceu (mais específico) a toxina MCLR. Os anticorpos do sobrenadante de meio de cultura do hibridoma e o fluido ascítico purificado foram identificados pelo ensaio ELISA (Enzyme Linked Immunosorbent Assay) previamente padronizado. Mesmo sensibilizando a placa de ELISA com diferentes antígenos, tais como MCLR-cBSA, MCLR, MCLR, MCRR, MCYR e MCLA, o clone 17 foi o que apresentou melhor linearidade frente às variantes de microcistina. Portanto, o clone 17 (isótipo IgG1) obtido é muito promissor e será usado para detecção de MCLR na água para consumo humano através do desenvolvimento de um kit de ELISA competição. Com relação ao anticorpo policlonal, o antígeno de imunização foi MCLR-mcKLH, enquanto que o antígeno de sensibilização foi MCLR-cBSA para o ensaio de titulação de anticorpos de classe IgG por ELISA indireto. Na seqüencia, foi padronizado um ensaio ELISA competição utilizando somente a toxina MCLR como antígeno de sensibilização. Este método Caseína foi padronizado, validado e comparado com o kit comercial Abraxis®. O kit ELISA competição que utiliza anticorpo policlonal, nomeado como método Caseína, foi avaliado quanto Limite Inferior de Quantificação, Especificidade, Seletividade, influência do metanol no ensaio, Recuperação, Linearidade, Precisão, Exatidão e Robustez. Este método de triagem apresentou excelente resultado quando comparado ao kit comercial Abraxis®, pois foi capaz de detectar tanto variantes de microcistinas como nodularinas no ambiente aquático. O ensaio ELISA competição utilizando anticorpo policlonal anti-MCLR foi submetido à patente pela Agência USP de Inovação (I.N.P.I. 018090046230). / The contamination of drinking water by cyanobacterial toxins is a public health issue and a concern for water authorities throughout the world. Microcystin-LR (MCLR) is a hazardous cyclic heptapeptide cyanotoxin, which inhibits protein phosphatase PP1 and PP2A in hepatocytes. Microcystins are produced by several genera of cyanobacteria and presents more than 70 structural variations characterized in natural blooms. As haptens, microcystins are unable to invoke an immune response in animals. Consequently, the application of conjugation methods with an additional carrier protein, the KLH (Keyhole Limpet Hemocyanin) was necessary. The main objective of this study was to obtain monoclonal (in mice) and polyclonal (in rabbits) antibodies for reacting against MCLR. In what refers to monoclonal antibodies, 9 hybridomas (k29, k210, k317, k248, k284, k290, k2161, k2226, k2232) were obtained; however only 5 were stables (k29, k317, k248, k284, k2232). These were selected to be isotyped, expanded in ascitic fluid, purified by protein-A column chromatography and then, they were titrated. Out of these five antibody-secretor hybridomas, clone k317 was the best to recognize (more specific) the MCLR toxins. Antibodies in hybridoma cell culture supernatant and purified ascites fluid were identified by ELISA assay (Enzyme Linked Immunosorbent Assay) as prior standardized. Even when sensitizing ELISA plate with different antigens, as MCLR-cBSA, MCLR, MCLR, MCRR, MCYR and MCLA, clone 17 presented the best linearity against microcystin variants. Therefore, the obtained clone 17 (isotype IgG1) is a promising clone and shall be used for detecting MCLR in drinking water through the development of a competitive ELISA immunoassay kit. In what refers to the polyclonal antibody, MCLR-mcKLH was used as immunization antigen, while MCLR-cBSA was used as sensitizing antigen for the IgG titration assay by indirect ELISA. In the sequence, a competition ELISA assay was standardized using the MCLR toxin as sensitizing antigen. This Casein method was standardized, validated and compared to the commercial kit Abraxis®. The competition ELISA kit using polyclonal antibody, known as Casein method, was analyzed concerning its Quantification Inferior Limit, Specificity, Selectivity, methanol influence of the assay, Recuperation, Linearity, Precision, Accuracy and Robustness. This screening method reached excellent results if compared to the commercial kit Abraxis®, for being able to detect both the microcystins variants and the nodularins in aquatic environmental. The competition ELISA assay using anti-MCLR polyclonal antibody was submitted to the grant of a patent by USP Innovation Agency (INPI 018090046230).
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Avaliação da diversidade microbiana e degradabilidade in situ em animais tratados com preparado de anticorpos policlonais contra bactérias produtoras de lactato e bactérias proteolíticas / Evaluation of microbial diversity and in situ degradability in animals treated with polyclonal antibody preparation against lactate-producer and proteolytic bacteria

Otero, Walter Guimarães 15 December 2008 (has links)
A imunidade passiva surge como uma alternativa para a manipulação da fermentação ruminal e anticorpos de origem aviária contra bactérias específicas começam a ser pesquisados. Objetivou-se com este trabalho avaliar um preparado de anticorpos policlonais contra Streptococus bovis, Fusobacterium necrophorum e algumas cepas de bactérias proteolíticas (Peptostreptococcus anacrobius, Clostridium aminophilum e Clostridium sticklandii) sobre a diversidade microbiana ruminal e degradabilidade in situ de alguns alimentos. Foram utilizadas nove vacas mestiças portadoras de cânula ruminal. O delineamento experimental foi o quadrado latino 3 x 3 replicado 3 vezes, com arranjo fatorial de tratamentos 3 x 3 referente a 2 modificadores ruminais representados pela monensina (MON) e pelo preparado de anticorpos policlonais (PAP) mais o grupo controle e 3 fontes energéticas suplementadas na dieta, representadas pelo milho seco moído (MSM), silagem de grão úmido de milho (SGUM) e polpa cítrica (PC). Cada subperíodo experimental foi composto de 21 dias, sendo 16 dias para adaptação aos tratamentos e 5 para coleta de dados. A degradabilidade in situ dos alimentos testados foi mensurada através da técnica de saco de náilon. A coleta de amostras para a análise quantitativa de protozoários ocorreu no 21° dia de cada período, às 0 e 4 horas pós-alimentação, sendo estas coletadas por varredura do assoalho ruminal. O conteúdo ruminal foi coletado no 21° dia de cada período, às 4 h pós-alimentação, para análise da diversidade microbiana através de técnica de eletroforese em gel com gradiente de desnaturação. Observou-se que dietas contendo PC apresentaram aumento de 80,6%; 75,4% e 66,8% da degradabilidade efetiva da FDN da cana-de-açúcar para as taxas de passagem de 2, 5, 8%/h, respectivamente, em relação ao grupo tratado com SGUM, mas não em relação ao grupo com MSM. O tratamento com PAP demonstrou efeito sobre a fração solúvel (a) do amido do MSM, diminuindo esta em 45,26% e 45,37% em relação ao grupo CON e grupo MON, respectivamente. Observou-se que o tratamento com MON diminuiu em 16,14% o valor da fração potencialmente degradável (b) da MS da SGUM em relação ao grupo CON, mas não em relação ao grupo tratado com PAP. Já sobre a taxa de degradação (c), a MON aumentou o valor desta em 63,18% e 60,65% em relação ao grupo CON e PAP, respectivamente. Também a MON diminuiu a degradabilidade potencial (Dp) da MS da SGUM em 3,40% em relação ao grupo CON, mas não em relação ao grupo tratado com PAP. Observou-se que o PAP aumentou em 93,65% a contagem relativa de Isotricha em relação ao grupo CON, mas não em relação ao grupo MON. Já a PC aumentou em 334,42% (0h) e 399,75% (4h) a contagem relativa de protozoários do gênero Isotricha em relação às dietas de MSM e SGUM. Observou-se que o tratamento com PC aumentou em 52% a contagem do número de bandas em DGGE para a comunidade Archaea, em relação ao grupo MSM, sem diferir do grupo SGUM. Em linhas gerais, no presente experimento, não foi possível atribuir um padrão na estrutura de amplificação das comunidades Bacteria ou Archaea do conteúdo ruminal de animais tratados com dois diferentes modificadores ruminais ou 3 fontes energéticas distintas. / Passive immunity arises as an alternative for ruminal fermentation manipulation and aviary antibodies against specific bacteria starts to be studied. The objective of the present study was to evaluate a polyclonal antibody preparation (PAP) against Streptococus bovis, Fusobacterium necrophorum and some proteolytic bacteria (Peptostreptococcus anacrobius, Clostridium aminophilum and Clostridium sticklandii) on ruminal microbial community diversity and in situ degradability of some feedstuffs. Nine ruminally fistulated cows were used in a latin square 3 x 3 replicated 3 times with factorial arrangement of treatments 3 x 3 regarding to two rumen modifiers [monensin (MON) and (PAP) plus a control group (CON)] and three energetic sources supplemented in the diet represented by the dry-grounded corn grain (CG), high moisture corn silage (HMCS) and citrus pulp (CiPu). Each trial lasted 21 days where 16 days were for treatments adaptation and 5 for data collection. In situ degradability of the experimental diets was measured by nylon bag in situ technique. The collection of samples for quantitative protozoa analysis occurred on day 21 of each trial at 0 and 4 h after feeding by scanning the ruminal floor. The ruminal content was collected in the day 21 of each trial at 0 and 4 h after feeding for the analysis of microbial ruminal diversity by the denaturing gradient gel electrophoresis. Diets with CiPu presented an increase of 80.6%; 75.4% and 66.8% in effective degradability of NDF of sugar cane for outflow rates of 0.02, 0.05, 0.08/h, respectively, in relation to group treated with HMCS but not to the group CG. The group treated with PAP showed effect on soluble fraction (a) of starch of CG decreasing it in 45.26% and 45.37% in relation to CON and MON group respectively. It was observed that the treatment with MON decreased in 16.14% the value of potentially soluble fraction (b) of DM from HMCS in relation to CON group but not in relation to PAP. For the degradation rate (c) the MON increased it values in 63.18% and 60.65% in relation to CON and PAP group respectively. Also, MON treatment decreased potential degradability (Pd) of DM of HMCS in 3.40% in relation to CON group but not to PAP. It was observed that PAP treatment increased in 93.65% the relative counting of Isotricha in relation to CON group but not in relation to MON group. It was observed that CiPu diet increased in 334.42% (0h) and 399.75% (4h) the relative counting of Isotricha in relation to CG and HMCS. It was observed that CiPu increased in 52% the counting of the numbers of bands in DGGE for Archaea community in relation to CG without difference to HMCS group. In general lines, in the present experiment, it was not possible to assign that there was a pattern in the structures of amplification by Bacteria and Archaea communities of the ruminal content of animals treated with two different rumen modifiers or three distinct energetic sources.
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Avaliação da diversidade microbiana e degradabilidade in situ em animais tratados com preparado de anticorpos policlonais contra bactérias produtoras de lactato e bactérias proteolíticas / Evaluation of microbial diversity and in situ degradability in animals treated with polyclonal antibody preparation against lactate-producer and proteolytic bacteria

Walter Guimarães Otero 15 December 2008 (has links)
A imunidade passiva surge como uma alternativa para a manipulação da fermentação ruminal e anticorpos de origem aviária contra bactérias específicas começam a ser pesquisados. Objetivou-se com este trabalho avaliar um preparado de anticorpos policlonais contra Streptococus bovis, Fusobacterium necrophorum e algumas cepas de bactérias proteolíticas (Peptostreptococcus anacrobius, Clostridium aminophilum e Clostridium sticklandii) sobre a diversidade microbiana ruminal e degradabilidade in situ de alguns alimentos. Foram utilizadas nove vacas mestiças portadoras de cânula ruminal. O delineamento experimental foi o quadrado latino 3 x 3 replicado 3 vezes, com arranjo fatorial de tratamentos 3 x 3 referente a 2 modificadores ruminais representados pela monensina (MON) e pelo preparado de anticorpos policlonais (PAP) mais o grupo controle e 3 fontes energéticas suplementadas na dieta, representadas pelo milho seco moído (MSM), silagem de grão úmido de milho (SGUM) e polpa cítrica (PC). Cada subperíodo experimental foi composto de 21 dias, sendo 16 dias para adaptação aos tratamentos e 5 para coleta de dados. A degradabilidade in situ dos alimentos testados foi mensurada através da técnica de saco de náilon. A coleta de amostras para a análise quantitativa de protozoários ocorreu no 21° dia de cada período, às 0 e 4 horas pós-alimentação, sendo estas coletadas por varredura do assoalho ruminal. O conteúdo ruminal foi coletado no 21° dia de cada período, às 4 h pós-alimentação, para análise da diversidade microbiana através de técnica de eletroforese em gel com gradiente de desnaturação. Observou-se que dietas contendo PC apresentaram aumento de 80,6%; 75,4% e 66,8% da degradabilidade efetiva da FDN da cana-de-açúcar para as taxas de passagem de 2, 5, 8%/h, respectivamente, em relação ao grupo tratado com SGUM, mas não em relação ao grupo com MSM. O tratamento com PAP demonstrou efeito sobre a fração solúvel (a) do amido do MSM, diminuindo esta em 45,26% e 45,37% em relação ao grupo CON e grupo MON, respectivamente. Observou-se que o tratamento com MON diminuiu em 16,14% o valor da fração potencialmente degradável (b) da MS da SGUM em relação ao grupo CON, mas não em relação ao grupo tratado com PAP. Já sobre a taxa de degradação (c), a MON aumentou o valor desta em 63,18% e 60,65% em relação ao grupo CON e PAP, respectivamente. Também a MON diminuiu a degradabilidade potencial (Dp) da MS da SGUM em 3,40% em relação ao grupo CON, mas não em relação ao grupo tratado com PAP. Observou-se que o PAP aumentou em 93,65% a contagem relativa de Isotricha em relação ao grupo CON, mas não em relação ao grupo MON. Já a PC aumentou em 334,42% (0h) e 399,75% (4h) a contagem relativa de protozoários do gênero Isotricha em relação às dietas de MSM e SGUM. Observou-se que o tratamento com PC aumentou em 52% a contagem do número de bandas em DGGE para a comunidade Archaea, em relação ao grupo MSM, sem diferir do grupo SGUM. Em linhas gerais, no presente experimento, não foi possível atribuir um padrão na estrutura de amplificação das comunidades Bacteria ou Archaea do conteúdo ruminal de animais tratados com dois diferentes modificadores ruminais ou 3 fontes energéticas distintas. / Passive immunity arises as an alternative for ruminal fermentation manipulation and aviary antibodies against specific bacteria starts to be studied. The objective of the present study was to evaluate a polyclonal antibody preparation (PAP) against Streptococus bovis, Fusobacterium necrophorum and some proteolytic bacteria (Peptostreptococcus anacrobius, Clostridium aminophilum and Clostridium sticklandii) on ruminal microbial community diversity and in situ degradability of some feedstuffs. Nine ruminally fistulated cows were used in a latin square 3 x 3 replicated 3 times with factorial arrangement of treatments 3 x 3 regarding to two rumen modifiers [monensin (MON) and (PAP) plus a control group (CON)] and three energetic sources supplemented in the diet represented by the dry-grounded corn grain (CG), high moisture corn silage (HMCS) and citrus pulp (CiPu). Each trial lasted 21 days where 16 days were for treatments adaptation and 5 for data collection. In situ degradability of the experimental diets was measured by nylon bag in situ technique. The collection of samples for quantitative protozoa analysis occurred on day 21 of each trial at 0 and 4 h after feeding by scanning the ruminal floor. The ruminal content was collected in the day 21 of each trial at 0 and 4 h after feeding for the analysis of microbial ruminal diversity by the denaturing gradient gel electrophoresis. Diets with CiPu presented an increase of 80.6%; 75.4% and 66.8% in effective degradability of NDF of sugar cane for outflow rates of 0.02, 0.05, 0.08/h, respectively, in relation to group treated with HMCS but not to the group CG. The group treated with PAP showed effect on soluble fraction (a) of starch of CG decreasing it in 45.26% and 45.37% in relation to CON and MON group respectively. It was observed that the treatment with MON decreased in 16.14% the value of potentially soluble fraction (b) of DM from HMCS in relation to CON group but not in relation to PAP. For the degradation rate (c) the MON increased it values in 63.18% and 60.65% in relation to CON and PAP group respectively. Also, MON treatment decreased potential degradability (Pd) of DM of HMCS in 3.40% in relation to CON group but not to PAP. It was observed that PAP treatment increased in 93.65% the relative counting of Isotricha in relation to CON group but not in relation to MON group. It was observed that CiPu diet increased in 334.42% (0h) and 399.75% (4h) the relative counting of Isotricha in relation to CG and HMCS. It was observed that CiPu increased in 52% the counting of the numbers of bands in DGGE for Archaea community in relation to CG without difference to HMCS group. In general lines, in the present experiment, it was not possible to assign that there was a pattern in the structures of amplification by Bacteria and Archaea communities of the ruminal content of animals treated with two different rumen modifiers or three distinct energetic sources.

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