Les recherches sur les ARN non codants et leurs rôles biologiques ont transformé la conception des propriétés des génomes et de la régulation de l'expression génétique. Ces recherches sont ici analysées dans une perspective historique et philosophique. Elles permettent de caractériser certaines transformations théoriques, conceptuelles et méthodologiques affectant la biologie moléculaire contemporaine. La diversité des démarches d'investigation employées dans les travaux sur les ARN non codants est soulignée. Parmi ces démarches, les expériences exploratoires occupent une place importante, et sont à l'origine de bouleversements conceptuels et théoriques majeurs. L'affirmation selon laquelle la découverte des ARN non codants constitue une révolution scientifique est nuancée, et les apports de cette découverte sont caractérisés dans toute leur diversité. Les limites rencontrées par le concept de gène dans la biologie post-génomique sont précisées, et reliées à l'histoire de ce concept. Un statut possible pour le gène est alors proposé ; il reconnaît la diversité des éléments génétiques fonctionnels, la dimension historique des génomes, et les différents niveaux d'étude de la relation entre génotype et phénotype. Les recherches sur les ARN non codants affaiblissent par ailleurs la pertinence théorique du discours informationnel pour décrire la diversité des fonctions assurées par les acides nucléiques. Enfin, ce travail montre que les explications du rôle régulateur des ARN mettent en jeu différents types explicatifs, dépassant le cadre mécaniste. Un pluralisme explicatif est défendu, et le statut du concept de mécanisme dans la biologie moléculaire contemporaine est clarifié. / Research on non-coding RNAs and their biological roles has transformed the way biologists conceptualize genomic properties and the regulation of genetic expression. This work analyzes this research from both a historical and philosophical perspective. It helps characterize some theoretical, conceptual and methodological transformation currently affecting moleculau biology. I stress that multiple modes of investigation are employed in research on non coding RNAs. Particularly important among them is exploratory experimentation, which brings about major conceptual and theoretical changes. I temper the claim that the discovery of non-coding RNAs has triggered a scientific revolution and characterize the multifaceted contributions of this discovery. I identify some limits faced by the gene concept in post-genomic biology, and relate them to the history of this concept. I suggest a possible status for the gene, which to study the relation between genotype and phenotype. Besides, research on non-coding RNAs leads to question the theoretical relevance of informational concepts to describe the diverse functions fulfilled by nucleic acids. Finally, I show that explanations of the regulatory roles of RNAs involve different explanatory schemes, which do not fit the mechanistic framework. I advocate an explanatory pluralism, and clarify the status of the concept of mechanism in contemporary molecular biology.

En Afrique, les fièvres récurrentes à Borrelia sont des pathologies négligées transmises par les arthropodes et responsables de septicémie mortelle et d'autres manifestations cliniques, en particulier d'avortement chez les femmes enceintes. Quatre Borrelia différentes sont actuellement cultivées de prélèvements cliniques et de vecteurs, il s'agit de Borrelia crocidurae, Borrelia duttonii, Borrelia recurrentis et Borrelia hispanica. Ces différentes espèces ont été initialement séparées les unes des autres sur la base de leur répartition géographique et de leur vecteur. Au cours de ce travail de thèse, nous avons réalisé le séquençage et l'annotation du génome de Borrelia crocidurae. Ceci nous a permis de comparer le génome de trois espèces séquencées: Borrelia crocidurae, Borrelia duttonii et Borrelia recurrentis. Cette comparaison indique que ces trois espèces sont extrêmement proches comme cela avait déjà été montré par la comparaison de la séquence du gène 16S ARN ribosomal de chacune de ces espèces, montrant une similarité comprise entre 99,7 et 99,9%. L'analyse de données génomiques permet de conforter les résultats antérieurs basés sur l'analyse de quelques gènes et de proposer que ces trois espèces ne forment qu'une seule espèce génomique présentant trois écotypes avec une relative spécificité de vecteur, de répartition géographique et d'évolution clinique. La très grande similitude entre Borrelia crocidurae, Borrelia duttonii et Borrelia recurrentis constitue un obstacle pour la mise au point de techniques de diagnostic direct de ces espèces dans les prélèvements de vecteur ou dans les prélèvements humains. / In Africa, relapsing fever borreliae are neglected arthropod-borne pathogens causing mild to deadly septicemia. Borrelia crocidurae, Borrelia duttonii, Borrelia hispanica and Borrelia recurrentis are the currently cultured causative agents in Africa. The relapsing fever borreliae species were initially distinguished one from another on the basis of geography and vector. we performed the genome sequencing of Borrelia crocidurae. At the genomic level the four species are highly similar as illustrated by the 16S rRNA gene sequence of each species, resulting in an overall high sequence similarity of 99.7 to 99.9% between the four species. Genomic analyses of Borrelia crocidurae, Borrelia duttonii and Borrelia recurrentis further indicated that they in fact forming an unique bacterial species, each one of the three species could be regarded as an ecotype of an unique species with preferential arthropod vector, geographic distribution and clinical outcome, rather than an unique bacterial species. The high similarity between species remained an obstacle for the diagnosis at the species level. Currently the identification of relapsing fever borreliae relies upon a few phenotypic traits and the detection of single nucleotide polymorphisms in the 16S rRNA and flabB, glpQ genes and the 16S-23S ribosomal RNA intergenic spacer (IGS). In this study, based on comparative genomic anaylsis between the published genomic sequence and partial sequence in the genbank, we developed multiplex, quantitative real-time PCR detecting any relapsing fever Borrelia and specifically B. crocidurae, B. hispanica and B. duttonii/B. recurrentis.

Ce mémoire examine les contenus d'enseignement d'une discipline scolaire de l'enseignement général secondaire français, les sciences de la vie et de la Terre (SVT). Il vise, plus précisément, à questionner la prise en charge curriculaire de la génomique et de la postgénomique et de leurs enjeux de formation par les programmes d'enseignement pour les SVT. Différentes pratiques sociales relevant de la génomique et de la post-génomique ont été identifiées et caractérisées : des pratiques de recherche scientifique, de production industrielle et agricole, des pratiques médicales et citoyennes. La prise en charge de ces pratiques sociales a été interrogée d'un double point de vue : celui des pratiques sélectionnées comme référence pour les contenus et les visées des programmes de SVT et celui du mode d'agencement disciplinaire de ces contenus et visées. Les résultats montrent que si les pratiques de recherche en génomique et post-génomique n'ont pas été sélectionnées, des pratiques contribuant à mieux les appréhender, ainsi que des pratiques industrielles, agricoles, médicales et citoyennes relevant de la génomique et de la post-génomique, ont été, elles, retenues comme référence pour les contenus et visées des programmes. L'examen de leur mode d'agencement met en évidence des mises en forme et en cohérence spécifiques, soulignant le caractère original de la construction des programmes pour les SVT, comme discipline scolaire « en directives ».