La polyarthrite rhumatoïde (PR) est le rhumatisme inflammatoire chronique le plus fréquent avec une prévalence mondiale qui varie selon les pays mais se situe aux alentours de 0,5% dans le monde. La PR est caractérisée par une atteinte articulaire souvent bilatérale et symétrique, évoluant par poussées inflammatoires, une production d'auto-anticorps, une destruction du cartilage et de l'os entrainant des déformations. La PR peut survenir à tous les âges mais apparaît le plus souvent entre 40 et 60 ans, avec une forte prédominance féminine (3 : 1). Il existe des variations géographiques au sein d'un même continent ou d'un même pays en raison de facteurs environnementaux, immunologiques mais aussi génétiques. Depuis bientôt 40 ans, l’implication du gène HLA-DRB1 est connue. Les études à grande échelle sur tout le génome ont permis d’identifier 110 nouveaux polymorphismes qui n’expliquent qu’une partie de la composante génétique de la PR. Ces études ont été principalement menées dans les populations d’Amérique du Nord, d’Asie ou d’Europe du Nord. L’objectif de ma thèse était donc d’étudier des facteurs génétiques de prédisposition à la PR 1) codant pour des microARNs ou mARNs, 2) dans deux populations jusqu’ici peu ou pas étudiées, et 3) portés par le chromosome X.Pour cela, j’ai travaillé sur deux ethnies différentes (Tunisienne et Française) afin d’effectuer une étude d’association « cas-contrôle » via une approche « gènes candidats». J’ai genotypé 3 polymorphismes (SNPs) sur le locus Xq28, et 2 SNPs sur le gène REL et quantifié le niveau d’expression de 13 micro-ARNs (miR-363, miR-106a, miR-20b, miR-188, miR-92a, miR-532, miR-652, miR-221, miR-222, miR-223, miR-98, let-7f miR-718 et miR-3202) situés sur le chromosome X. J’ai également évalué les composantes HLA et l’épitope partagé (EP) dans ces deux populations. J’ai effectué une analyse des haplotypes et du degré de déséquilibre de liaison (LD) pour chaque locus. Enfin j’ai validé mes résultats grâce à des méta-analyses.Mes résultats sur un échantillon cas/témoins de 995 individus montrent que les locus Xq28 et REL sont fortement associés à la PR chez les femmes Tunisiennes et Françaises, avec des différences entre ces deux populations. Les résultats des allèles du complexe HLA-DRB1 pourraient expliquer ces différences puisque ce ne sont pas les mêmes allèles HLA-DRB1 qui prédominent dans les deux populations. Parmi les 11 micro-ARNs étudiés, deux ne sont pas détectables (miR-718 et miR-3202) dans les PBMCs des patients atteints de PR, cinq (miR-221, miR-222, miR-223, miR-106a, miR-98) montrent une différence statistique d’expression entre les femmes contrôles et les femmes PR, et 6 (let-7f, miR-188, miR-652, miR-20b, miR-363, miR-92a) ne montrent aucune différences entre les deux groupes. Le cluster miR-221-222 montre une corrélation avec le génotype (AA+AG) de SNP rs3761548 et (AG+GG) versus (AA) et rs2223356 du gène FoxP3 chez les patients atteints de PR seulement avec une stratification en fonction du sexe.En conclusion, cette étude de 3 types de facteurs génétiques de prédisposition à la PR apporte un éclairage nouveau aux précédentes études Asiatiques ou d’Europe et d’Amérique du Nord, mettant en évidence des différences ethniques et géographiques. Des études de génomique fonctionnelle et sur de larges cohortes masculines seront nécessaires pour une meilleure compréhension de la physiopathologie de la PR et de l’importance du chromosome X dans cette maladie. Par ailleurs, le rôle des micro-ARNs en tant que facteurs génétiques de prédisposition de la PR reste peu étudié et mérite de futures explorations. / Rheumatoid arthritis (RA) is the most common chronic inflammatory joint disease with a worldwide prevalence that varies by country but is around 0.5% worldwide. RA is characterized by a bilateral and symmetrical joint disease, relapsing inflammation, production of auto-antibodies, cartilage destruction and bone causing deformations. RA can occur at any age, however, it appears most often between 40 and 60 years, with a strong female predominance (3: 1). There are geographical variations within the same continent or in the same country because of environmental factors, immunological but also genetical reasons. For nearly 40 years, the involvement of the HLA-DRB1 gene is known. Large-scale studies of the genome have identified 110 new polymorphisms (SNPs) that explain only a part of the genetic component of RA. These studies were mainly conducted in North American, Asian and North European populations. The aim of my thesis was to study genetic factors of susceptibility to RA 1) encoding microRNAs and mRNAs, 2) in two unstudied populations, and 3) with a specific focus on the X chromosome.For that, I worked on two different ethnicities (Tunisian and French) to conduct a "case-control" study of association via a "candidate gene" approach. I have genotyped 3 SNPs on the Xq28 locus (rs1059702, rs1059703, rs13397) and two SNPs on the REL gene , and quantified the expression level of 11 micro-RNAs (has_Mir-223, has_Mir-363, has_Mir-106a, 20b-has_Mir, has_Mir-188, has_Mir-92a, has_Mir-532, has_Mir-652, has_Mir-221, has_Mir -222, has_Mir-223, has_Mir-98 and let-7f) located within the X chromosome. I also assessed the HLA components and the shared epitope (SE) in these two populations. I performed a haplotype analysis and a linkage disequilibrium (LD) study for each locus. Finally I validated my results through a Meta-analysis.My results on a case/control sample of 995 individuals show that the Xq28 locus and REL locus are strongly associated with RA in both Tunisian and French women, with however differences between the two populations. The results of the HLA-DRB1 alleles might explain these differences since different HLA-DRB1 alleles predominate in each population. In overall our analysis showed that among the 11 studied X-linked miRNAs, two are not detectable (miR-718 and miR-3202) in PBMCs of RA patients, five (miR-221, miR-222, miR-223, miR-106a, miR-98) show a statistical difference between controls and RA women, and 6 (let-7f, miR-188, miR-652, miR-20b, miR-363, miR-92a) show no differences between controls and RA women. MiR-222 and miR-221 was statically correlation with (AA+AC) versus (CC) FoxP3 SNP rs3761548 and (AG+GG) versus (AA) FoxP3 SNP rs2223356 in RA patients only with gender stratification.In conclusion, this study focusing on three types of genetic predisposition to RA sheds new light on the previous studies from Asia, Northern Europe and America, highlighting ethnical and geographical differences. Functional genomic studies and large male cohorts will be needed for a better understanding of the pathophysiology of RA and to study the importance of the X chromosome in this disease. Moreover, the role of micro-RNAs as genetic factors of RA remains under-studied and needs further exploration.

Comme dans la plupart des maladies auto-immunes une prédominance féminine est observée dans la polyarthrite rhumatoïde (PR). Le chromosome X, présent en 2 exemplaires chez la femme, est intéressant puisque beaucoup de gènes à fonctions immunitaires y sont localisés. Dans ce travail, nous montrons que certains de ces gènes peuvent augmenter leur nombre de copies quand l'individu vieillit. En outre, cette variation est spécifique au sexe avec une augmentation chez les hommes et l'inverse chez les femmes. D’autre part, alors que généralement les femmes inactivent aléatoirement (50:50) le chromosome X d’origine maternel ou X d’origine paternel, nous montrons un biais d’inactivation (≥ 80:20) chez les femmes atteintes de PR. De plus ce biais est préférentiellement associé à celles qui portent les gènes de susceptibilité à la maladie. Ces résultats soulignent l’importance du chromosome X dans le développement de l’auto-immunité et aident à la compréhension du biais féminin dans ces maladies. / As in many autoimmune diseases, a female predominance is observed in rheumatoid arthritis (RA). The X chromosome, present in 2 copies in females, is of particular interest as it contains many genes with immune functions. In this work, we show an increase with age in copy number of some X-linked genes in peripheral blood cells of men, healthy or with RA. Importantly, this increase is not observed in women. On the other hand, when in fact females generally randomly inactivate (50:50) either the paternally-derived or the maternally-derived X chromosome, we show a skewed inactivation (≥ 80:20) in women with RA. Moreover this skewing correlates preferentially with women carrying disease susceptibility genes. Altogether, our findings highlight the importance of this fascinating chromosome in the development of autoimmunity in a step forward to better understand female predilection to autoimmune diseases.