Busca aplicar la metodología del Código de Barras utilizando dos regiones del ADN cloroplastídico y una región nuclear para identificar varias especies de los géneros Piper y Cinchona distribuidas a lo largo del territorio peruano. Se trabajó con material fresco y herborizado, que fue colectado y procesado por el Museo de Historia Natural de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos. Se analizaron 209 muestras de herbario y 118 muestras frescas colectadas en 7 departamentos del Perú. Al usar de manera individual los marcadores rbcL y matK, la distancia genética interespecifica usando el modelo de evolución de Kimura de 2 parámetros (K2p) no fue significativa para ninguno de los dos géneros (distancia de K2p ≤ 0,01), por lo que se procedió a combinar las dos regiones, mejorando ligeramente la variabilidad entre especies para ambos géneros (distancia de K2p ≤ 0,015). La región del genoma nuclear ITS2 fue incluida en el análisis dando como resultado un mayor poder discriminativo entre las especies del género Piper teniendo una distancia genética ≥ 0,05. En contraste, las especies del genero Cinchona siguieron presentando poca variabilidad interespecifica. Nuestros resultados indicarían que el empleo de los marcadores Barcode universales rbcL y matK, serían insuficientes para discriminar entre especies de los géneros Piper y Cinchona, siendo necesario el uso adicional de una o más regiones para tener un mejor valor discriminativo. / Tesis