Chaque jour, nous inhalons des organismes pathogènes ou non tels que des bactéries ou des champignons. Chez l’individu sain, l’infection est évitée grâce à l’action conjuguée du mucus pulmonaire sécrété qui empêche la colonisation des pathogènes et par le battement des cils de l’épithélium pulmonaire permettant ainsi la clairance des poumons. Si cette barrière ne suffit pas, les cellules du système immunitaire entrent alors en jeu et vont reconnaître les pathogènes via une famille de récepteurs particuliers, les PRR. Chez les personnes immunodéprimées ou atteintes de mucoviscidose, ces mécanismes ne sont plus fonctionnels favorisant le développement de pathogènes tels que Pseudomonas aeruginosa ou Aspergillus fumigatus. Afin de mieux comprendre la pathogénèse des infections pulmonaires, mon travail de thèse a consisté d’une part à caractériser la paroi d’A. fumigatus au cours de la germination des conidies et d’autre part à identifier les motifs glycanniques portés par les mucines et reconnus par les pathogènes. Nous avons purifié les mucines pulmonaires de patients atteints de mucoviscidose et caractérisé leurs profils de glycosylation. Nous avons pu démontrer de très fortes variations inter-individuelles avec pour certains patients la présence de mucines essentiellement neutres alors que pour d’autres les mucines étaient presque exclusivement acides. nous avons pu démontré que P. aeruginosa adhère préférentiellement sur les structures sialylées et sulfatées. Nous avons également montré qu’A. fumigatus adhérait aux mucines pulmonaires humaines et de porc. Ce travail devrait permettre à terme d’identifier de nouvelles molécules permettant d’inhiber l’adhésion de pathogène. / Daily, we inhale pathogenic or not pathogenic bacteria and fungi organisms. In healthy individuals, infection is prevented by the combined action of secreted pulmonary mucus which avoids colonization of pathogens and the beating of cilia of pulmonary mucosal epithelium allowing clearance of the lungs. If the first barrier effect is not sufficient, immune cells will recognize pathogens by the pathogen recognition receptors (PRR) family. In immunocompromised people or cystic fibrosis patients, these mechanisms are no longer functional promoting the development of pathogens such as Pseudomonas aeruginosa or Aspergillus fumigatus. In order to better understand pathogenesis of pulmonary infection, my PhD work was focused on the characterization of A. fumigatus wall during conidial germination and on the identification of oligosaccharidic ligands carried by mucins and recognized by pathogens. We have purified respiratory mucins from patients with cystic fibrosis and analyzed their glycosylation profile. We have demonstrated profund inter-individual variation with for some patients mainly neutral mucins whereas for others, mucins were essentially acidic. We were able to demonstrate that P. aeruginosa preferentially adheres on sulfated and sialylated structures. We also showed that A. fumigatus is able to bind to human and pig lung mucins. This work paves the way for the development of alternative strategies against pathogens infection, using adherence inhibitors.

L’activation des réponses immunitaires des plantes repose sur la reconnaissance de motifs moléculaires associés aux pathogènes (aussi appelés PAMP) par des récepteurs de l’immunité, également nommés PRR (pattern recognition receptors). La chitine, principal composant de la paroi des champignons, est un PAMP bien caractérisé qui induit des réponses de défense aussi bien chez les mammifères que chez les plantes.La première partie de cette étude met en évidence que deux chito-oligosaccharides, la chitine et le chitosan, agissent comme des PAMP chez la vigne (Vitis vinifera) puisqu’ils induisent des évènements précoces de signalisation, l’expression de gènes de défense et une résistance contre des agents pathogènes. Ces résultats suggèrent que des systèmes de perception existent chez la vigne. Une analyse phylogénétique a permis d’identifier trois récepteurs kinases à domaine LysM (LysM-RK ou LYK) chez V. vinifera (VvLYK1-1, -2, -3) appartenant au même clade que le récepteur à la chitine chez Arabidopsis et nommé AtCERK1 (Arabidopsis thaliana Chitin Elicitor Receptor Kinase 1). Leur analyse fonctionnelle a été réalisée par complémentation du mutant d’Arabidopsis Atcerk1, affecté dans la perception de la chitine. Nos résultats montrent que VvLYK1-1 et VvLYK1-2, mais pas VvLYK1-3, complémentent fonctionnellement le mutant Atcerk1 en restaurant l’activation des MAPK (Mitogen-Activated Protein Kinases) et l’expression de gènes de défense induits par les chito-oligosaccharides. De plus, l’expression de VvLYK1-1 chez Atcerk1 restaure la résistance basale à l’agent de l’oïdium de la vigne (Erysiphe necator).La seconde partie du projet s’est focalisée sur les éliciteurs oligosaccharidiques de type « damage-associated molecular patterns (DAMP) ». Ces molécules endogènes peuvent provenir de la dégradation de la paroi lors d’une attaque et sont capables d’activer les réponses immunitaires de la plante. Les DAMP les mieux caractérisés actuellement sont les oligogalacturonates (OG), des fragments de pectine qui induisent des réponses immunitaires chez de nombreuses espèces végétales dont l’activation de MAPK, la production d’H2O2, l’expression de gènes de défense et le dépôt de callose. Nous avons montré dans cette étude que les xyloglucanes (Xh), des fragments d’hémicellulose pariétale purifiés, induisaient l’activation de MAPK et l’expression de gènes de défense chez la vigne et Arabidopsis, afin d’induire une résistance contre le champignon nécrotrophe Botrytis cinerea. Les Xh induisent également la production de resvératrol, une phytoalexine majoritaire chez la vigne, et un dépôt de callose chez Arabidopsis. Par une approche génétique, nous avons identifié certains composants de la signalisation induite par les Xh chez Arabidopsis. L’utilisation de mutants suggère que la résistance induite par les Xh contre B. cinerea est dépendante des voies de la camalexine, de l’acide salicylique, de l’acide jasmonique et de l’éthylène chez Arabidopsis. De manière globale, nos résultats mettent en lumière que les xyloglucanes peuvent être considérés comme de nouveaux éliciteurs de l’immunité chez la vigne et Arabidopsis. / Activation of the plant immune responses requires recognition of common pathogen-associated molecular pattern (PAMP) by their cognate pattern recognition receptors (PRR). Chitin, a major component of fungal cell walls, is a well-known PAMP that triggers defense responses in several mammal and plant species.In the first part of this study, we show that two chitooligosaccharides, chitin and chitosan, act as PAMPs in grapevine (Vitis vinifera) as they elicit immune signaling events, defense gene expression, and resistance against pathogens. These two PAMPs are active in grapevine suggesting that at least one perception system exists. Phylogenetic analysis clearly distinguished three V. vinifera LysM Receptor Kinases (VvLYK1-1, -2, -3) located in the same clade as the Arabidopsis Chitin Elicitor Receptor Kinase 1 (AtCERK1), which mediates chitin-induced immune responses. Their functional characterization was achieved by complementation assays in the Atcerk1 mutant, impaired in chitin perception. Our results provide evidence that VvLYK1-1 and VvLYK1-2, but not VvLYK1-3, functionally complement the loss of AtCERK1 function by restoring chitooligosaccharide-induced MAPK activation and immune gene expression. Moreover, expression of VvLYK1-1 in Atcerk1 restored penetration resistance to the non-adapted grapevine powdery mildew (Erysiphe necator).The second part of this study focused on damaged-associated molecular patterns (DAMP), endogenous molecules that can be released from the plant cell wall during an attack and activate the plant innate immunity. Until now, the best characterized DAMPs are oligogalacturonides (OG) coming from pectin fragments that induce innate immune responses in various plant species, including MAPK activation, H2O2 production, defense gene expression and callose deposition. In this study, we showed that purified xyloglucans (Xh), derived from the plant cell wall hemicellulose, elicit MAPK activation and immune gene expression in grapevine (V. vinifera) and Arabidopsis to trigger induced resistance against the necrotrophic fungus Botrytis cinerea. Xh also elicit the production of resveratrol, the main grapevine phytoalexin, and callose deposition in Arabidopsis. Using a genetic approach, we identified some signaling components of Xh-induced immunity. The use of Arabidopsis mutants suggests that Xh-induced resistance against B. cinerea is dependent on the camalexin, salicylate, jasmonate and ethylene pathways. Taken together, our data highlight that Xh can be considered as new elicitors of grapevine and Arabidopsis immunity.