O presente estudo objetivou estimar parâmetros genéticos visando quantificar a variabilidade genética de uma população de café robusta (Coffea canephora Pierre ex A. Froehner) introduzida da Costa Rica e analisar o seu potencial genético para o desenvolvimento de futuras cultivares clonais para o estado de São Paulo. Outro intuito foi verificar a possibilidade de submeter essa população à seleção recorrente, tornando-a, assim, fonte de alimentação e sustentação de programas de melhoramento genético do café robusta. O experimento foi composto por 25 tratamentos, sendo 21 progênies de C. canephora e quatro cultivares de C. arabica, plantados em Mococa (SP). O delineamento experimental utilizado foi em látice balanceado 5x5 quadruplicado, com seis repetições e uma planta por parcela. Foram realizadas doze colheitas e após a sexta colheita as plantas foram podadas. Em 2004, foi realizada uma seleção fenotípica dessa população a fim de clonar os melhores indivíduos. Essa seleção resultou em novo experimento, instalado em Campinas, seguindo o delineamento de blocos ao acaso, com três repetições, 28 clones e quatro plantas por parcela, sendo realizadas cinco colheitas consecutivas. As análises estatísticas e biométricas foram realizadas considerando os modelos lineares mistos (procedimento REML/BLUP), por meio do software Selegen, cujos componentes de variância são estimados pelo método da máxima verossimilhança restrita (REML) e os valores genotípicos preditos pela melhor predição linear não viesado (BLUP). As análises mostraram que, na população em estudo, observou-se elevada variabilidade genética, passível de ser explorada tanto para a extração de clones quanto para a seleção recorrente. As adversidades climáticas severas fizeram com que a seleção fosse prejudicada. Nessa situação é preferível não considerar o período afetado e analisar os dados após a recuperação das plantas. A seleção baseada em seis colheitas forneceu estimativas de parâmetros e ganhos genéticos similares aos obtidos na seleção baseada em duas colheitas de alta produção. Os ganhos genéticos esperados nas duas formas de propagações foram elevados e a seleção clonal proporcionou maiores ganhos do que a sexual. No experimento clonal foi possível identificar materiais com potencial produtivo e que poderão vir a ser recomendados para o cultivo no estado de São Paulo. Apesar de a interação genótipos x colheitas ter sido do tipo complexa, devido ao veranico ocorrido, esta não afetou significativamente o ordenamento dos melhores clones e nem comprometeu as estimativas dos parâmetros genéticos. Os coeficientes de variação experimental e genético bem como seu valor relativo deverão ser analisados conjuntamente com o número de repetições e a acurácia seletiva. A seleção recorrente deverá ser conduzida concomitantemente com o programa de seleção clonal, a fim de evitar o esgotamento da variabilidade genética e o comprometimento do programa de melhoramento genético visando o desenvolvimento de cultivares clonais. Tendo em vista que a população inicial foi constituída por um pequeno número de progênies, é aconselhável o monitoramento do tamanho efetivo populacional e do grau de endogamia ao longo dos ciclos de seleção recorrente. / The objective of this research was to estimate genetic parameters to quantify the variability of a population of robusta coffee (Coffea canephora Pierre ex A. Froehner) introduced into Brazil from Costa Rica in 1974 aiming at determining its genetic potential for the development of clonal or seedling cultivars for the state of São Paulo, Brazil. The feasibility has also been studied to submit this population to recurrent selection, making it a continuous source of improved base material in support of varietal improvement of robusta. An experiment consisting of 21 open pollinated seedling progenies of robusta and four cultivars of arabica was established in Mococa (SP) in 1975. Yield was observed for twelve harvests and after the sixth harvest the plants were pruned. The experimental lay out was a balanced 5x5 quadruple lattice design, with six replicates and one plant per plot. In 2004 a phenotypic selection of this population for yield was carried out aiming at cloning the best individuals. These 28 clones were planted in an experiment in Campinas in 2005, following a completely randomized block design, with 28 treatments (clones), three replications and four plants per plot. In total, yields were collected over five harvests. Statistical and biometrical analyzes were performed considering the linear mixed models (REML/BLUP), through software Selegen, where the variance components are estimated by restricted maximum likelihood (REML) and genotypic values predicted by best linear unbiased prediction (BLUP). The analyzes showed that the population had high genetic variability, which can be exploited for the extraction of both clones and seedling progenies, used for recurrent selection. Selection was impaired by severe adverse weather conditions. In such situations it is preferable not to consider the affected period and analyze the data after recovery of the plants. Due to the moisture stress that occurred in the clonal trial, genotype x environment interaction was complex. However this did not affect the ranking of superior clones nor compromised the genetic parameter estimates. Selection for yield based on six yield resulted in genetic parameters and genetic gains similar to those obtained by selection based on two high yielding harvesting periods. The expected genetic gains both for clones as for open pollinated progenies were high. However, clonal selection resulted in higher genetic gains for yield than the seedling selection. In the clonal experiment it was possible to identify materials with high yield potential that may become to be recommended for cultivation in São Paulo State. The experimental, genetics and relative coefficients of variation, should be analyzed together with the number of replications and selective accuracy. Recurrent selection should be conducted concurrently with the clonal selection program in order to avoid depletion of genetic variability and to impairthe breeding program aiming at the development of clonal cultivars. Considering that the initial population was composed of a small number of progeny, it will be important monitoring adequately the effective size and the inbreeding coefficient during recurrent selection cycles.

Made available in DSpace on 2016-08-12T19:15:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 JarinaIAD_DISSER.pdf: 514833 bytes, checksum: 641caa6d8e62a6f321b602c8088bf35f (MD5) Previous issue date: 2014-08-22 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The Gherkin (Cucumis anguria L.) is a very common cucurbit but still underutilized in the Brazilian north-northeast. This study aimed to evaluate the genetic potential of two populations of gherkin with germplasm obtained from small farms. Hundred families half-sibs of MCE-20 (fruit with spikes) and MSE-03 (fruit without spikes) populations were evaluated in design in randomized blocks with three replications for the traits fruit weight, number of fruits per plant, longitudinal diameter, transverse diameter, format index, and soluble solids. Both populations have the potential for breeding programs to obtain plants with large fruit (> 90 g) and prolific plants. Indirect selection based on the selection of plants with higher number of fruits per plant is efficient for the selection of families with large fruit, long fruit (IF> 1.3) and prolific plants / O maxixe (Cucumis anguria L.) é uma cucurbitácea muito comum no norte-nordeste brasileiro mas ainda subutilizada. O presente trabalho teve o objetivo de avaliar o potencial genético de duas populações de maxixe obtidas com germoplasma provenientes de pequenas propriedades. Foram avaliadas cem famílias de meio-irmãos das populações MCE-20 (frutos com espículos) e MSE-03 (frutos sem espículos) em delineamento em blocos casualizado com três repetições para os caracteres peso médio do fruto, número de frutos por planta, diâmetros longitudinal e transversal, índice de formato e sólidos solúveis. As populações MCE-20 e MSE-03 têm potencial para programas de melhoramento visando obter plantas com frutos grandes (> 90 g) e prolíficas. A seleção indireta com base na seleção de plantas com maior número de frutos por plantas é eficiente para a seleção de famílias com frutos grandes, compridos (IF > 1,3) e plantas prolíficas. Palavras-chave: Cucumis anguria, parâmetros genéticos, REML-BLUP, ganho genético

Made available in DSpace on 2016-08-12T19:18:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 JarinaIAD_DISSER.pdf: 514833 bytes, checksum: 641caa6d8e62a6f321b602c8088bf35f (MD5) Previous issue date: 2014-08-22 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The Gherkin (Cucumis anguria L.) is a very common cucurbit but still underutilized in the Brazilian north-northeast. This study aimed to evaluate the genetic potential of two populations of gherkin with germplasm obtained from small farms. Hundred families half-sibs of MCE-20 (fruit with spikes) and MSE-03 (fruit without spikes) populations were evaluated in design in randomized blocks with three replications for the traits fruit weight, number of fruits per plant, longitudinal diameter, transverse diameter, format index, and soluble solids. Both populations have the potential for breeding programs to obtain plants with large fruit (> 90 g) and prolific plants. Indirect selection based on the selection of plants with higher number of fruits per plant is efficient for the selection of families with large fruit, long fruit (IF> 1.3) and prolific plants / O maxixe (Cucumis anguria L.) é uma cucurbitácea muito comum no norte-nordeste brasileiro mas ainda subutilizada. O presente trabalho teve o objetivo de avaliar o potencial genético de duas populações de maxixe obtidas com germoplasma provenientes de pequenas propriedades. Foram avaliadas cem famílias de meio-irmãos das populações MCE-20 (frutos com espículos) e MSE-03 (frutos sem espículos) em delineamento em blocos casualizado com três repetições para os caracteres peso médio do fruto, número de frutos por planta, diâmetros longitudinal e transversal, índice de formato e sólidos solúveis. As populações MCE-20 e MSE-03 têm potencial para programas de melhoramento visando obter plantas com frutos grandes (> 90 g) e prolíficas. A seleção indireta com base na seleção de plantas com maior número de frutos por plantas é eficiente para a seleção de famílias com frutos grandes, compridos (IF > 1,3) e plantas prolíficas. Palavras-chave: Cucumis anguria, parâmetros genéticos, REML-BLUP, ganho genético

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:40:00Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1030707 bytes, checksum: 38a98872217f0816409997c5432b9b0f (MD5) Previous issue date: 2013-07-05 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Every year, at trials called as value for cultivation and use (VCU s), new rice lines, which have potential to be recommended for the rice farmers, are inserted and evaluated, joining the remaining ones from the last year. Therefore, it is possible to evaluate the genetic progress of the important characters for the crop. This estimative indicates the effectiveness of the selection and the necessity of using new selection methods and strategy. Thus, the objective was estimating the genetic progress of agronomic characters of the irrigated rice breeding program at the state of Minas Gerais between 1998 and 2012. For this, it were evaluated the characters: productivity of grains (Kg.ha-1), 100-grain weight (g), plant height (cm), days until flowering (days), tillering(notes) andlodging (notes) of 108 rice lines of ACT s conduced at randomized block design, with three to four repetitions, at four different regions of Minas Gerais between the years of 1998 and 2012. Not all the sites were included in all crop years, according to their selective accuracy. To obtain true estimates of the genetic values it was used the technic REML/BLUP. The genotypes were evaluated at the sites in every year and between the years through the deviance analyses. After, it was estimated the environmental and genetic progress. There was a significant effect for genotype effect and of the interaction genotype x site and genotype x year. The genetic progress observed during the period was: 195,91 kg.ha-1; 0,10 g; 1,50 cm; 3,17 day; -0,01 points; and, -0,18 points, for productivity, 100-grain weight, plant height, days until flowering, tillering and lodging, respectively. Even though the results were satisfactory, new strategies should be employed, such as increase the genetic base of the program, increase of the repetition number, latice design, use of selection indexes, increase of the substitution rate and reduction of the maintaining rate of the rice lines of the program. / A cada ano, nos ensaios de valor de cultivo e uso (VCU s), são inseridas e avaliadas novas linhagens com potencial para serem recomendadas aos orizicultores, juntando-se àquelas remanescentes do ano anterior. Desta forma, é possível avaliar o progresso genético dos caracteres importantes para a cultura. Esta estimativa indica a eficácia da seleção e a necessidade do emprego de novos métodos e estratégias de seleção. Diante disso, o objetivo foi estimar o progresso genético de caracteres agronômicos no programa de melhoramento de arroz irrigado do estado de Minas Gerais entre 1998 e 2012. Para isso, foram avaliados os caracteres: produtividade de grãos (Kg.ha-1), peso de 100 grãos (g), altura de plantas (cm), dias para floração (dias), perfilhamento (nota) e acamamento (nota) de 108 linhagens dos ECA s conduzidos em delineamento de blocos casualizados, com três a quatro repetições, em quatro regiões de Minas Gerais entre os anos de 1998 e 2012. Nem todos os locais foram contemplados em todos os anos agrícolas, de acordo com a acurácia seletiva nos mesmos. Para a obtenção de estimativas fiéis dos valores genéticos foi utilizada a técnica REML/BLUP. Os genótipos foram avaliados nos locais dentro de cada ano e entre os anos pela análise de deviance. Posteriormente, foi estimado o progresso genético e ambiental. Houve efeito significativo para efeito de genótipos e das interações genótipos x locais e genótipos x anos. O progresso genético observado no período foi de foi de 195,91 kg.ha-1; 0,10 g; 1,50 cm; 3,17 dias; 0,01 pontos; e, -0,18 pontos para: produtividade de grãos, peso de 100 grãos, altura de plantas, dias para floração, acamamento e perfilhamento, respectivamente. Apesar de satisfatórios, novas estratégias devem ser empregadas, como: aumento da base genética do programa, aumento no número de repetições, delineamento em látice, utilização de índices de seleção, elevação da taxa de substituição e redução da taxa de manutenção das linhagens do programa.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:29:42Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-02-23Bitstream added on 2014-06-13T20:39:10Z : No. of bitstreams: 1 arantes_fc_me_ilha.pdf: 1168321 bytes, checksum: ea63f91d3265eeb7fda8cc1c3380e584 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Clones com alta produtividade, adaptabilidade e estabilidade a vários ambientes são imprescindíveis para o desenvolvimento da heveicultura no Brasil. O objetivo do trabalho foi selecionar progênies com maior adaptabilidade e estabilidade a partir do diâmetro da planta a 50 cm do solo (DA50) e a produção de borracha seca (PBS, a partir do teste Hamaker Morris Mann modificado), de uma população de seringueira, aos três anos de idade, plantada em três ambientes distintos (Selvíria-MS, Votuporanga-SP e Colina-SP), utilizando-se do método MHPRVG (média harmônica da performance relativa dos valores genéticos) preditos por BLUP e estimar a variabilidade genética a partir de caracteres quantitativos, tais como: altura da planta (ATP), DA50, forma da planta (FOP), sobrevivência das progênies (SOP) e PBS dos três locais, aos dois e três anos de idade, pelo procedimento REML/BLUP visando a conservação dos recursos genéticos da espécie. As sementes utilizadas na produção das mudas dos testes de progênies foram, na sua maioria, coletadas de clones de origem Asiática provenientes da coleção de clones instalada na área experimental da Agência Paulista de Tecnologia dos Agronegócios – APTA - Polo Regional de Votuporanga, Estado de São Paulo. As progênies foram instaladas nos três locais sob o delineamento de blocos ao acaso, compostos por 30 tratamentos (progênies), três repetições e parcelas lineares de 10 plantas, no espaçamento de 3,00 x 3,00 metros, totalizando 900 plantas úteis em cada local. O método da MHPRVG propiciou um ganho genético de 12,03 a 45,65% entre 10 progênies selecionadas a partir da PBS e permitiu a seleção de progênies com alto potencial produtivo predito. As 10 melhores progênies foram oriundas dos clones GT1, PB 28/59, PR 261, RRIM 606, PB 217, IAC 41, IAC 35, PR 255, RRIM 701 e IAC 301. Os caracteres ATP, DA50, FOP, SOP e a PBS... / Clones with high yield, adaptability and stability for many environments are indispensables to the development of the rubber tree crop in Brasil. The paper objective was to select progenies with high adaptability and stability from the diameter gauges from 50 cm of height of soil (DA50) and dry rubber yield (PBS, from the Hamaker Morris Mann modified test), of genotypes from a rubber tree population, two and three years old, installed in three different locations (Selvíria-MS, Votuporanga-SP e Colina-SP), by the MHPRVG (Harmonic Average Performance Relative breeding values) method predicted by BLUP and to estimate the genetic variability from quantitative characters: total height of the plant (ATP), DA50, plant form (FOP), survival of progeny (SOP) and PBS of three locations, two and three years old, by REML/BLUP procedure, intending the genetic resources conservation of the specie. The seeds used on seedlings production of progenies tests were in majority collected on Asiatic clones origin from the clones installed in the experimental area of Agência Paulista de Tecnologia dos Agronegócios – APTA – Votuporanga regional pole, State of São Paulo. The progenies were installed in a randomized block design of 30 treatments (progenies), three replications and 10 plants per plot, with spacing of 3,00 x 3,00 m, a total of 900 useful plants in each location. The method of MHPRVG provided a genetic gain ranging from 12,03 to 45,65% in 10 progenies to the PBS and allowed the selection of progenies with high yield potential predicted. The 10 best progenies were derived from clones GT1, CR 28/59, PR 261, RRIM 606, PB 217, IAC 41, IAC 35, PR 255, RRIM 701 and IAC 301. The characters ATP, DA50, FOP, SOP and PBS presented considerable coefficients of genetic variation, ranging from 1,25% for the ATP to 21,33% for PBS and medium heritability for DA50 and PBS being 0,23 and 0,80, respectively... (Complete abstract click electronic access below)

Submitted by Ricardo Cedraz Duque Moliterno (ricardo.moliterno@uefs.br) on 2016-07-11T23:39:34Z No. of bitstreams: 1 Tese-Ronaldo SOliveira_2015.pdf: 1819214 bytes, checksum: da69b4c584e3e9304788bb2b45091d51 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-11T23:39:34Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese-Ronaldo SOliveira_2015.pdf: 1819214 bytes, checksum: da69b4c584e3e9304788bb2b45091d51 (MD5) Previous issue date: 2015-01-31 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior - CAPES / The aim of this work was to organize a Forage Germplasm Bank in the State University of Feira de Santana-BA (BGF-UEFS), to carry out a survey of the occurrence of species of Stylosanthes and do pre-breeding studies in a sample of accessions collected in the Semiarid of Bahia from 2008 and 2014. Five collection expeditions in different Semiarid regions of the State was done as an attempt to rescue the maximum genetic variability available. For the pre-breeding work, 25 accessions of Stylosanthes plus a control were utilized. The methods of analysis of variance (ANOVA) and Restricted Maximum Likelihood/Best Linear Unbiased Prediction (REML/BLUP) were used. The genetic parameters were estimated in order to choose the most precise method to select the best individuals for a breeding program. Finally, it was studied the genetic diversity in order to choose the best combinations to develop segregating populations in a breeding program of Stylosanthes. In total, 225 accessions of Stylosanthes spp. were rescued in the state of Bahia, being 61 from de Northeast of the state, 58 from the Mid North, 59 from S?o Francisco Valley, 24 from the Mid South and 23 from the Far West. The estimates of the genetic parameters showed that the methods (ANOVA and REML/BLUP) presented divergent values. The REML/BLUP estimated the genetic values with better accuracy, increased the efficiency of selection and therefore decreased the cost of a given breeding program that has the objective to increase the mass production in Stylosanthes. In a sample of the analyzed accessions, four species were found (S. scabra, S. humilis, S. viscosa and S. capitata). Genetic variability among the accessions and the clusters of Tocher and UPGMA were basically defined by the botanical species and some of them were superior for mass production (BGF08-16 and BGF06-15) and for forage quality (BGF08- 006 and BGF08-007). / O objetivo deste trabalho foi organizar um Banco de Germoplasma de Forrageiras da Universidade Estadual de Feira de Santana, BA (BGF-UEFS), realizar o levantamento da ocorr?ncia de esp?cies do g?nero Stylosanthes e conduzir um estudo de Pr?-melhoramento em uma amostra de acessos coletados no Semi?rido baiano entre os anos de 2008 a 2014. Foram realizadas cinco expedi??es de coleta em diferentes regi?es do Estado procurando resgatar o m?ximo da variabilidade gen?tica dispon?vel. Para os estudos de pr?-melhoramento foram utilizados 25 acessos de Stylosanthes mais uma testemunha. Por meio dos m?todos de an?lise de vari?ncia (ANOVA) e M?xima Verossimilhan?a Restrita/Melhor Predi??o Linear n?o Viesada (REML/BLUP) foram estimados os par?metros gen?ticos, procurando indicar qual o m?todo mais preciso na sele??o dos melhores indiv?duos para um programa de melhoramento. Por fim, realizou-se o estudo da diversidade gen?tica no intuito de indicar as melhores combina??es para formar as popula??es segregantes do programa de melhoramento gen?tico dessa forrageira. Foram resgatados 225 acessos de Stylosanthes spp. de cinco mesorregi?es da Bahia, dos quais 61 foram do Nordeste baiano, 58 do Centro Norte baiano, 59 oriundos do Vale S?o Franciscano da Bahia, 24 resgatados no Centro Sul Baiano e 23 acessos no extremo Oeste Baiano. A estimativa dos par?metros gen?ticos mostrou que os m?todos (ANOVA e REML/BLUP) apresentaram valores divergentes sendo que o REML/BLUP estima os valores gen?ticos com maior acur?cia, aumenta a efici?ncia da sele??o e consequentemente diminui os custos dos programas de melhoramento gen?tico que objetivam aumentar a produ??o de massa em Stylosanthes. Em uma amostra de acessos analisada foram identificadas quatro esp?cies (S. scabra, S. humilis, S. viscosa e S. capitata). Foi observada variabilidade gen?tica entre os acessos avaliados e os agrupamentos de Tocher e UPGMA foram definidos quase que pela identifica??o bot?nica das esp?cies, sendo que os acessos BGF08-16 e BGF06-15 se mostraram superiores para produ??o de massa e os acessos BGF08- 006 e BGF08-007 para a qualidade de forragem.

Orientador: Ananda Virginia de Aguiar / Resumo: As espécies nativas podem ser utilizadas para diversos usos em sistemas de produção, bem como para recuperação ambiental. Porém, poucas dessas espécies são exploradas economicamente devida à falta de oferta de sementes com qualidade genética no mercado. De maneira geral, a caracterização genética de populações e a seleção de indivíduos mais produtivos a partir de testes de progênies é a primeira etapa do processo para obtenção de indivíduos mais produtivos para sistemas de produção. Assim, os objetivos desse trabalho foram estimar a variação e a divergência genética, as relações genéticas e fenotípicas entre os caracteres quantitativos, bem como a interação genótipo x ambiente de testes de progênies de polinização aberta de Cordia trichotoma e Dalbergia nigra. As avaliações foram realizadas durante os quatro primeiros anos após o plantio. Os caracteres avaliados foram: diâmetro do coleto a 30 cm do solo, diâmetro a altura do peito 1,30 m do solo, altura total das plantas, altura do primeiro verticilo e sobrevivência. Para a estimativa dos componentes de variância e das análises multivariadas utilizou-se o método REML/BLUP (Melhor predição linear não viciada/máxima verossimilhança restrita). As análises foram realizadas entre as progênies da mesma espécie. Dois testes de progênies de C. trichotoma e D. nigra, em sistema de consórcio, foram instalados em 2012 na empresa Vale Rio Doce, em Linhares-ESpirito Santo, em duas áreas, em duas textura de solos. O delineamento experiment... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Native species can be used for various purposes in production systems, as well as for environmental recovery. However, few of these species are economically exploited due to the lack of genetic quality of seeds in the marketplace. In general, the genetic characterization of populations and the selection of more productive individuals from progeny tests are the first stage of the process to obtain more productive individuals for production systems. The objectives of this work were to estimate the variation and genetic divergence, identify the genetic and phenotypic relationships among the quantitative traits, as well as analyze the genotype x environment interaction of open pollinated progenies of Cordia trichotoma and Dalbergia nigra. The assessments were conducted during the first four years after planting. The evaluation traits were: collection diameter at 30 cm from the soil, diameter at 1.30 m from the soil, total height of the plants, height of first whorl and survival. To estimate the components of variance and multivariate analyzes, the REML/BLUP method (Restricted Maximum Likelihood/Best Linear Unbiased Prediction) was used. The analyses were carried out among the progenies of the same species. The two progenies of Cordia trichotoma and Dalbergia nigra, in a consortium system, were installed in 2012 at Vale Rio Doce, in the municipality of Linhares, Espirito Santo, in two areas, using two distinct soils. The experimental Randomized Complete Block design (RCB) were div... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2016-06-14T15:08:33Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 659118 bytes, checksum: 0e77dd2b16d977eb9de71bb0cdfe4aa8 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-14T15:08:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 659118 bytes, checksum: 0e77dd2b16d977eb9de71bb0cdfe4aa8 (MD5) Previous issue date: 2009-11-24 / Coordenação de Aperfeiçoamento do Pessoal de Nível Superior / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / O objetivo do estudo foi o de avaliar a eficiência do método BLUP individual simulado (BLUPIS) na seleção de genótipos dentro de famílias de irmãos germanos de cana-de-açúcar nos estágios de cana-planta e cana-soca, através da comparação com a seleção utilizando o método BLUP individual (BLUPI). Paralelamente, foi estabelecido o número ótimo de genótipos a serem selecionados na melhor família para quatro características avaliadas. Foram avaliadas dezessete famílias de irmãos germanos no Centro de Experimentação em Cana-de-açúcar (CECA), localizado em Oratórios, MG. As variáveis utilizadas para a validação do método BLUPIS foram massa média de colmos (MMC), teor de sólidos solúveis totais (BRIX), tonelada de colmos por hectare (TCH) e tonelada de BRIX por hectare (TBH). As equações de modelo misto foram utilizadas para calcular os valores genotípicos de cada família e os valores genotípicos de cada indivíduo dentro de família (BLUPI). O método BLUPIS, foi eficiente na seleção de genótipos dentro de famílias de irmãos germanos de cana-de-açúcar quando comparado à seleção realizada utilizando os valores genotípicos individuais preditos via BLUPI, para as características avaliadas. Os números ótimos de genótipos a serem selecionados na melhor família obtendo a maior eficiência do método BLUPIS, para o estágio de cana-planta foram: 50 indivíduos para MMC, 100 para TCH e TBH, e 120 para BRIX. Para o estágio de cana- soca o número ótimo foi 100 para todas as características avaliadas. Contudo, os resultados obtidos são pertinentes apenas à este trabalho havendo necessidade da avaliação de maior número de experimentos para a possível generalização do número ótimo de genótipos a ser selecionado na melhor família de irmãos germanos para as características avaliadas. / The objective of this study was to assess the efficiency of the simulated individual BLUP (BLUPIS) method in selecting genotypes within families of full sibs of sugarcane in the plant-cane and ratoon stages, through comparison with selection using the individual BLUP method (BLUPI). In parallel, the optimal number of genotypes to be selected in the best family will be established for four assessed characteristics. Seventeen full sibs families were assessed in the Center for Experimentation in Sugarcane (CECA), located in Oratórios, MG, Brazil, in the ratoon stage. Variables used for validation of the BLUPIS method were mean stems mass (MSM), total soluble solids assay (BRIX), ton of stems per hectare (TSH) and tons of Brix per hectare (TBH). Mixed model equations were used to estimate the genotipic values of each family and genotipic values of each individual within the family (BLUPI). BLUPIS method was efficient in genotypes selection within full sibs families of sugarcane in the ratoon stage when compared to the selection performed by individual genotypic values foreseen via BLUPI for the assessed characteristics. The optimal numbers of genotypes, to be selected in the best family by obtaining the higher efficiency of BLUPIS method with the selection by BLUPI, in the plant-cane stage, were 50 plants for MSW, 100 for TSH and TBH, and 120 for BRIX. For the ratoon stage the optimal number of genotypes was 100 for the characteristics assessed. However, the obtained results are relevant only for this work, being necessary to assess a larger number of experiments for possible generalization of the optimal number of genotypes to be selected in the best full sib family for the characteristics assessed.

Submitted by MELINA ZACARELLI PIROTTA null (melina_pirotta@hotmail.com) on 2016-07-18T21:21:22Z No. of bitstreams: 1 Dissertação MelinaPirotta.pdf: 1657280 bytes, checksum: 28a5e7bf7037eb99bdc6bf02f5f176a0 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Paula Grisoto (grisotoana@reitoria.unesp.br) on 2016-07-20T13:26:33Z (GMT) No. of bitstreams: 1 pirotta_mz_me_jabo.pdf: 1657280 bytes, checksum: 28a5e7bf7037eb99bdc6bf02f5f176a0 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-20T13:26:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 pirotta_mz_me_jabo.pdf: 1657280 bytes, checksum: 28a5e7bf7037eb99bdc6bf02f5f176a0 (MD5) Previous issue date: 2016-05-25 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / O amendoim (Arachis hypogaea L.) é uma cultura oleaginosa de grande importância para o agronegócio brasileiro. Um dos principais fatores que afetam sua produção é a incidência de pragas, com destaque para o tripes-do-prateamento, Enneothrips flavens, Moulton, 1941 (Thysanoptera: Thripidae). Têm-se sugerido que genes que condicionam a resistência genética a esta praga, podem ser encontrados em outras espécies do gênero Arachis L. Entretanto, a utilização de espécies silvestres no melhoramento, torna-se dificultada por barreiras de esterilidade, sendo a maioria devido às diferenças de constituição do genoma e de ploidia. Para contornar essa incompatibilidade, sugeriu-se a obtenção de anfidiploides, resultantes do cruzamento de espécies diploides, seguido da duplicação de seus cromossomos, para então cruzá-los com o amendoim cultivado. Mediante o exposto, este trabalho teve como objetivos estudar o potencial de resistência ao tripes-do-prateamento em populações segregantes iniciais do cruzamento envolvendo a cultivar comercial IAC 503 e o anfidiploide sintético (A. magna x A. cardenasii)4x, monitorar os caracteres indicadores de proximidade agronômica dos segregantes interespecíficos com genótipos da espécie cultivada, bem como a seleção de genótipos superiores por meio de análises uni e multivariadas. Os experimentos foram conduzidos no esquema de blocos aumentados de Federer com testemunhas intercalares em duas gerações: F3, conduzida no ano agrícola de 2013/14 e F4, conduzida em 2014/15, sob infestação natural do inseto. A resistência ao tripes foi avaliada por meio de sua infestação e pelos sintomas de injúrias causadas pelo inseto. Foram avaliados também, alguns componentes de produção como indicadores da proximidade dos genótipos segregantes ao cultivado. Para estes caracteres, foram utilizadas as estimativas dos componentes genéticos, ganho genético e predição dos valores genéticos, calculados via modelos mistos (REML/BLUP). Para as análises multivariadas foram utilizadas as técnicas de componentes principais, análise de agrupamento hierárquico e não hierárquico com os dados das progênies de geração F4. Os resultados deste trabalho demonstram que as análises univariada e multivariada foram eficientes na seleção das melhores progênies, evidenciando a superioridade agronômica das mesmas, quanto aos componentes de produção e de resistência ao tripes. Porém, apesar de algumas progênies segregantes selecionadas como resistentes apresentarem bons componentes de produção, seu grau de adequação agronômica aos genótipos A. hypogaea L. ainda é pequeno. Assim, a identificação de progênies com resistência ao tripes geneticamente próximas às espécies do gênero Arachis L., constitui interessante fonte para estratégias futuras de introgressão gênica, podendo para isso, ser utilizado o método dos retrocruzamentos para inserção dos genes desejáveis de resistência e consequente recuperação dos genótipos adaptados, obtendo-se ao final do processo seletivo, cultivares comerciais portadoras de resistência ao tripes e com caracteres agronômicos e comerciais superiores. / The peanut (Arachis hypogaea L.) is an oilseed crop of great importance for Brazilian agribusiness. One of the main factors affecting its production is pests incidence, mainly thrips, Enneothrips flavens, Moulton, 1941 (Thysanoptera: Thripidae). There have suggested that genetic resistance to this pest can be found in other species of the genus Arachis L. However, the use of wild species in breeding was hampered by sterility barriers, mostly due to differences in the genome constitution and ploidy. To work around this incompatibility, it was suggested obtaining amphidiploid, resulting from the crossing of diploid species, followed by duplication its chromosomes, and then cross them with cultivated peanut. Through the above, this study aimed to study the potential for resistance to thrips in early segregating populations crossing involving commercial cultivar IAC 503 and synthetic amphidiploid (A. magna x A. cardenasii) 4x, monitor the agronomic traits proximity indicators of interspecific segregating with cultivated species, as well as the selection of superior genotypes using univariate and multivariate analyses. The experiments were conducted on the Federer augmented blocks with additional checks in two generations: F3, conducted in the agricultural year of 2013/14 and F4, conducted in 2014/15, under natural insect infestation. The thrips resistance was evaluated by its infestation, and the symptoms of injuries caused by insects. It was also evaluated, some production components such as proximity indicators of segregating the genotypes grown. To do so, estimates were used genetic components, genetic gain and prediction of breeding values calculated by mixed models (REML/BLUP). For multivariate analyses were used progenies in F4 generation, through technique principal components and cluster analysis. The results show that the univariate and multivariate analyses were effective in selection the best progenies, demonstrating the agronomic superiority of the same, as the components of production and resistance to thrips. However, despite some segregating progenies selected as resistance present good production components, the degree of agronomic suitability to the genotype A. hypogaea L. is still small. Thus, the identification of progenies with genetic resistance to thrips next to genus Arachis L. is an interesting source for future strategies of gene introgression, using the backcrossing method for insertion desirable genes of resistance and posteriorly recovery of adapted genotypes, getting to the end of the selective process, commercial cultivars with thrips resistance and good agronomic traits.

Submitted by Gabriela Lopes (gmachadolopesufpel@gmail.com) on 2018-05-24T17:18:08Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Thesis Liane_Final version.pdf: 4719459 bytes, checksum: 27c7e78c16dd0cfaf24b4611c1aff8ff (MD5) / Approved for entry into archive by Aline Batista (alinehb.ufpel@gmail.com) on 2018-05-30T12:53:36Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Thesis Liane_Final version.pdf: 4719459 bytes, checksum: 27c7e78c16dd0cfaf24b4611c1aff8ff (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2018-05-30T12:53:36Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Thesis Liane_Final version.pdf: 4719459 bytes, checksum: 27c7e78c16dd0cfaf24b4611c1aff8ff (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2018-03-14 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / O pessegueiro (Prunus persica) é uma das espécies decíduas geneticamente melhor caracterizadas e a terceira frutífera mais importante de clima temperado em todo o mundo. A cultura é vulnerável à bacteriose causada pelo patógeno Xanthomonas arboricola pv. pruni (Xap) e o melhoramento genético visando resistência têm sido a melhor forma de controle da doença. Com o objetivo de contribuir para desenvolvimento de cultivares com maior resistência e implementar análises de associação genômica ampla (GWAS), foi explorado o uso de genotipagem por sequenciamento (GBS) para descoberta e genotipagem simultânea de SNPs em larga escala e realizada caracterização fenotípica para resposta à Xap, em um painel de 220 genótipos de pessegueiro, representativos do germoplasma disponível para melhoramento no Brasil. Um total de 93.353 marcadores SNPs foram descobertos e após filtragem de alta qualidade 18.373 SNPs foram utilizados. Destes, 34% estavam localizados em regiões genômicas, sendo 70% destes em regiões codificantes. Foi detectada forte estrutura genética de população e a distribuição dos genótipos dentro de subpopulações baseou-se principalmente em características relacionadas à fruta: polpa fundente e polpa não-fundente. Padrões de desequilíbrio de ligação (LD) sugeriram uma queda média de LD em relação à distância e a extensão do LD altamente dependente da subpopulação e das regiões do genoma. Avaliações de campo e através do bioensaio de folhas destacadas mostraram resultados confiáveis e complementares para identificar fontes resistentes à Xap. Os genótipos 'Norman', 'Cristal Taquari', 'La Feliciana' e 'Precocinho' foram considerados fontes altamente resistentes e podem ser alternativas efetivas para melhorar a resistência à Xap em pessegueiro. Em geral, o germoplasma avaliado mostrou grande variabilidade para resposta à Xap, permitindo a identificação de genótipos contrastantes para a característica de interesse. Os genótipos com resistência podem ser preferencialmente utilizados em áreas de produção com maior ocorrência da doença, ou utilizados como genitores no programa de melhoramento visando aumentar o nível de resistência. Análises de GWAS validaram e definiram com mais precisão as regiões genômicas identificadas com resistência ao patógeno em estudos anteriores, bem como possibilitaram a identificação de novos genes candidatos que necessitam ser melhor ix estudados. Vários SNPs informativos foram funcionalmente anotados em genes envolvidos em mecanismos de defesa à infecção por patógenos, com destaque para duas regiões genômicas, localizadas no cromossomo 1 (2,59 Mpb) e 2 (2,85 Mpb), respectivamente, ambas identificadas com vários genes R. Os resultados encontrados abrem novos caminhos para o melhoramento genético visando resistência a Xap, com grande potencial para subsequente aplicação de seleção assistida por marcadores. / Peach (Prunus persica) is one of the best genetically characterized deciduous trees and the third most important temperate fruit crop worldwide. This crop is vulnerable to bacterial spot caused by Xanthomonas arboricola pv. pruni (Xap) and breeding for resistance has been the main choice to control the disease. With the aim to contribute with breeding for more resistant cultivars, and perform genome-wide association analysis (GWAS), we explored the use of genotyping by sequencing (GBS) for large-scale SNP discovery and simultaneous genotyping and performed high quality phenotyping for Xap response, among a panel with 220 peach genotypes, representative of the Brazilian breeding germplasm. A total of 93,353 SNP markers were discovered, and after filtering 18,373 high quality SNPs were used in analyses. Thirty-four percent of selected SNPs were located in genic regions and 70% of these in the coding sequence. Strong population genetic structure was detected, with the distribution of genotypes within subpopulations based mainly on fruit-related traits: melting and non-melting flesh. Linkage disequilibrium (LD) patterns suggested a medium LD level, with the extent of LD highly dependent on the subpopulations and genome regions. Field evaluation and detached leaf assessments were reliable and complementary methods to identify Xap resistant sources. The genotypes ‘Norman’, ‘Cristal Taquari’, ‘La Feliciana’ and ‘Precocinho’ were considered highly resistant sources and may be effective alternatives to improve Xap resistance in peach. Overall, the germplasm evaluated showed great variability for response to Xap, allowing the identification of contrasting genotypes for the trait of interest. Genotypes with resistance could be preferred for peach production areas more subjected to disease occurrence, or used as parents by the breeding program to improve resistance. GWAS analysis validated and defined more accurately the known genomic regions underlying Xap resistance, as well as identified novel candidate genes that provide useful targets for further investigation. Several informative SNPs were functionally annotated in genes involved in defense mechanisms against pathogen infection, highlighting two genomic regions, located on chromosome 1 (2.59 Mbp) and 2 (2.85 Mbp), respectively, both housing several R genes. Our results provide new insights into breeding for Xap resistance in peach, with great potential for subsequent application of marker-assisted selection.