En el Perú, a pesar del notable aumento de la cobertura del sistema educativo, persiste la brecha educativa por área de residencia como símbolo de desigualdad geográfica. Es por ello que la presente investigación tiene como objetivo esbozar una metodología de descomposición de la brecha urbano-rural de logros de aprendizaje en las escuelas públicas peruanas. Para desarrollar tal análisis de desagregación, se requiere hacer uso de la base de datos longitudinal Niños del Milenio entre los años 2002-2016 y aplicar una extensión del modelo Oaxaca-Blinder. De este modo, se propone una metodología empírica para la obtención de evidencia necesaria para el diseño y formulación adecuados de políticas educativas.