This study investigated the effects of progressive muscle relatxation on the frequency of, and the anxiety associated with, chronic nightmares. Three females diagnosed as suffering from an anxiety disorder and who experienced at least two nightmares per week served as subjects. Treatments consisted of practicing progressive relaxation trainig twice daily with the assistance of a tape-recorded exercise. The first practice occurred prior to 3:00 p.m. and the second practice occurred before retiring at night. Subjects recorded nightmare frequency, intensity, and theme on the Daily Nightmare Questionnaire (DNQ). In addition, nightmare-associated anxiety was measured daily with the State Trait Anxiety Inventory (STAI). Both DNQ and STAI data were collected daily via the telephone. The study utilized a multiple baseline strategy across subjects, and all subjects showed a decline in both nightmare frequency and state and trait anxiety levels. A mean reduction of .96 nightmares per week resulted. This study demonstrated that a basic relaxation exercise, which does not address possible intrapsychic variables, was effective in nightmare reduction through a reduction in levels of anxiety.

Les matériaux amorphes sont omniprésents dans la vie quotidienne. Ils comprennent des verres "dures" et "mous". Le systèmes amorphes durs sont généralement considérés comme des matériaux de structure, dont les propriétés et l'utilisation sont comparable à celles des solides cristallins. Les verres mous sont généralement considérés comme des fluides complexes, décrits pour leurs propriétés rhéologiques et les applications correspondantes pratiques. Les matériaux amorphes peuvent soit présenter un comportement de type solide ou de flux en fonction de leur charge mécanique: tous sont des fluides à limite apparente d'élasticité. Leurs limites d'utilisation sont souvent définies par l'apparition de bandes de cisaillement, une forme extrême de localisation vu dans des verres moléculaires ainsi que dans les matériaux granulaires. Il ya maintenant des preuves considérables que ce sont les conséquences de l'existence d'une structure désordonnée au niveau des constituants élémentaires. Les études de la plasticité des solides amorphes, sont encore gênés par l'absence de tout défaut identifiable responsable de la réponse plastique. Il est maintenant reconnu que la plasticité est le résultat net des réarrangements locaux, ou "transformations de cisaillement", impliquant des petits groupes de particules. Ces réarrangements sont thermiquement - activées et sont ubiquitaires dans le processus de relaxation de déformation structurelle des verres à basse température. Malheureusement, ils se déroulent sur des échelles de temps long par rapport à ceux qui sont accessibles aux simulations de dynamique moléculaire. Certains nouveaux outils très prometteurs, cependant, ouvrent la voie vers des algorithmes accélérés pour la simulation de systèmes thermiques. Ils sont basés sur les méthodes numériques développées au cours de ces deux dernières décennies pour déterminer les transitions thermiquement activés dans les systèmes atomiques. Un intérêt particulier ici est la technique d'activation-relaxation (ART). Dans cette étude, nous allons montrer que, même si une recherche exhaustive des points de selle pour des solides désordonnés est impossible, ART peut identifier assez de points de selles pour construire des échantillons statistiquement pertinents, à partir desquelle des distributions stationnaires peuvent être calculées. Le but de cette thèse strictement numérique était de prédire les cinétiques thermiquement activées dans des verres telles que celles rencontrées expérimentalement. La nature de ces événements microscopique qui se produisent dans miscroscopic systèmes désordonnés a été étudiée à la fois sous des contraintes mécaniques et dans des conditions de vieillissement. Nous étudions deux grandeurs décrivant ces événements au sein de l'approximation harmonique de la théorie de l'état de transition, c'est à dire l'énergie d'activation et la fréquence d'attaque. Etant donné que dans la définition d'une fréquence d'attaque la courbure du minimum initial et le point de selle sont présents, nous voulions voir (pour les verres métalliques et verres de silice) s'il y avait une relation entre les fréquences de tentative et les énergies d'activation d'un événement donné. Cette corrélation a été précédemment observée pour un large éventail de phénomènes et est appelé la règle de compensation Meyer-Neldel. Nous aussi tentons de répondre si le simple potentiel BKS sans sommation d'Ewald est capable de reproduire le polyamorphisme observé dans les verres de silice soumis à une compression hydrostatique. Outre les processus activés thermiquement, les analyses structurelles de verres métalliques et de silice ont été réalisées. Les ordres de courte et moyenne portée ont été caractérisées par deux méthodes: pavages de Voronoı pour les verres métalliques, nous fournissant des informations sur les conformations voisines proches, et dans le cas de la silice, les statistiques de distributions de chaînes moléculaires. / Amorphous materials are ubiquitous in everyday life. They comprise "hard" and"soft" glasses. Hard amorphous systems are usually seen as structure materials, with properties and use comparable to those of crystalline solids. Soft glasses are usually seen as complex fluids, described in terms of their rheological properties with the corresponding practical applications (concrete, paints, drilling mud, cosmetic gels, creams or foams, etc). Amorphous materials can either present a solid-like behaviour or flow depending on their mechanical load: all are yield-stress fluids. Their usage limits are often defined by the occurrence of shear-banding, an extreme form of localization seen in molecular glasses as well as in granular materials. There is now considerable evidence that they are consequences of the existence of a disordered structure at the level of the elementary constituents (atoms, particles,...). Studies of plasticity in amorphous solids, are still hampered by the lack of any identifiable defect responsible for the plastic response. It is now acknowledged that plasticity is the net result of local rearrangements, or "shear transformations", involving small clusters of (say a few tens of) particles. These rearrangements are thermally--activated and are ubiquitous processes in the structural relaxation and deformation of glasses at low temperatures. Unfortunately, they take place over timescales long compared to those accessible to direct Molecular Dynamics simulations. Some extremely promising new tools, however, are opening the route towards accelerated algorithms for the simulation of thermal systems. They are based on numerical methods developed over these last two decades to determine thermally activated transitions in atomic systems. Of particular interest here is the Activation-Relaxation Technique (ART), an eigenvector-following method that allows the identification of activated states and paths in the potential energy landscape of atomic systems. In this study, we will show that although an exhaustive search for saddle points in case of disordered solids is unfeasible (because of the exponential number of activated states), ART can identify enough saddles to build statistically relevant samples, from which stationary distributions can be computed. The purpose of this strictly numerical thesis was the prediction of thermally activated kinetics in glasses such as those encountered experimentally. The nature of such miscroscopic events occuring in disordered systems was studied both under mechanical stress and in ageing conditions. We investigate two quantities that describe thermally-activated events within the harmonic approximation of the transition state theory, i.e. activation energy and attempt frequency.Since in the definition of an attempt frequency the curvature of the initial minimum and the saddle point are present, we wanted to see if there was a relation between attempt frequencies and activation energies of a given event in two types of systems: metallic glasses and silica glasses. Such correlation had been observed before for a wide range of phenomena and is referred to as the Meyer-Neldel compensation rule. We also attempt to answer if the simple BKS potential without Ewald summation is able to reproduce polyamorphism observed in silica glasses subject to hydrostatic compression and characterized mainly in terms of coordination numbers. Apart from thermally activated processes, the structural analyses of metallic and silica glasses were performed. The short and medium range orders were characterized using two methods: Voronoi tesselations for metallic glasses, providing us information about near neighbor conformations, and in case of silica, statistics of ring distributions.

Thèse numérisée par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal.

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Thèse numérisée par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

La flexibilité est une caractéristique intrinsèque des protéines qui doivent, dès le mo- ment de leur synthèse, passer d’un état de chaîne linéaire à un état de structure tridimen- sionnelle repliée et enzymatiquement active. Certaines protéines restent flexibles une fois repliées et subissent des changements de conformation de grande amplitude lors de leur cycle enzymatique. D’autres contiennent des segments si flexibles que leur structure ne peut être résolue par des méthodes expérimentales. Dans cette thèse, nous présentons notre application de méthodes in silico d’analyse de la flexibilité des protéines : • À l’aide des méthodes de dynamique moléculaire dirigée et d’échantillonnage pa- rapluie, nous avons caractérisé les trajectoires de liaison de l’inhibiteur Z-pro- prolinal à la protéine Prolyl oligopeptidase et identifié la trajectoire la plus pro- bable. Nos simulations ont aussi identifié un mode probable de recrutement des ligands utilisant une boucle flexible de 19 acides aminés à l’interface des deux domaines de la protéine. • En utilisant les méthodes de dynamique moléculaire traditionnelle et dirigée, nous avons examiné la stabilité de la protéine SAV1866 dans sa forme fermée insérée dans une membrane lipidique et étudié un des modes d’ouverture possibles par la séparation de ses domaines liant le nucléotide. • Nous avons adapté auproblème de la prédiction de la structure des longues boucles flexibles la méthode d’activation et de relaxation ART-nouveau précédemment uti- lisée dans l’étude du repliement et de l’agrégation de protéines. Appliqué au replie- ment de boucles de 8 à 20 acides aminés, la méthode démontre une dépendance quadratique du temps d’exécution sur la longueur des boucles, rendant possible l’étude de boucles encore plus longues. / Flexibility is an intrinsic characteristic of proteins who from the moment of synthesis into a linear chain of amino acids, have to adopt an enzymatically active tridimensionnel structure. Some proteins stay flexible once folded and display large amplitude confor- mational changes during their enzymatic cycles. Others contain parts that are so flexible that their structure can’t be resolved using experimental methods. In this thesis, we present our application of in silico methods to the study of protein flexibility. • Using steered molecular dynamics and umbrella sampling, we characterized the binding trajectories of the Z-pro-prolinal inhibiter to the Prolyl oligopeptidase pro- tein and we identified the most probable trajectory. Our simulations also found a possible ligand recrutement mechanism that involves a 19 amino acids flexible loop at the interface of the two domains of the protein. • Using traditional and steered molecular dynamics, we examined the stability of the SAV1866 protein in its closed conformation in a lipid membrane and we studied one of its proposed opening modes by separating its nucleotide binding domains. • We also adapted the activation-relaxation technique ART-nouveau which was pre- viously used to study protein folding and aggregation to the problem of structure prediction of large flexible loops. When tested on loops of 8 to 20 amino acids, the method demonstrate a quadratic execution time dependance on the loop length, which makes it possible to use the method on even larger loops.

La flexibilité est une caractéristique intrinsèque des protéines qui doivent, dès le mo- ment de leur synthèse, passer d’un état de chaîne linéaire à un état de structure tridimen- sionnelle repliée et enzymatiquement active. Certaines protéines restent flexibles une fois repliées et subissent des changements de conformation de grande amplitude lors de leur cycle enzymatique. D’autres contiennent des segments si flexibles que leur structure ne peut être résolue par des méthodes expérimentales. Dans cette thèse, nous présentons notre application de méthodes in silico d’analyse de la flexibilité des protéines : • À l’aide des méthodes de dynamique moléculaire dirigée et d’échantillonnage pa- rapluie, nous avons caractérisé les trajectoires de liaison de l’inhibiteur Z-pro- prolinal à la protéine Prolyl oligopeptidase et identifié la trajectoire la plus pro- bable. Nos simulations ont aussi identifié un mode probable de recrutement des ligands utilisant une boucle flexible de 19 acides aminés à l’interface des deux domaines de la protéine. • En utilisant les méthodes de dynamique moléculaire traditionnelle et dirigée, nous avons examiné la stabilité de la protéine SAV1866 dans sa forme fermée insérée dans une membrane lipidique et étudié un des modes d’ouverture possibles par la séparation de ses domaines liant le nucléotide. • Nous avons adapté auproblème de la prédiction de la structure des longues boucles flexibles la méthode d’activation et de relaxation ART-nouveau précédemment uti- lisée dans l’étude du repliement et de l’agrégation de protéines. Appliqué au replie- ment de boucles de 8 à 20 acides aminés, la méthode démontre une dépendance quadratique du temps d’exécution sur la longueur des boucles, rendant possible l’étude de boucles encore plus longues. / Flexibility is an intrinsic characteristic of proteins who from the moment of synthesis into a linear chain of amino acids, have to adopt an enzymatically active tridimensionnel structure. Some proteins stay flexible once folded and display large amplitude confor- mational changes during their enzymatic cycles. Others contain parts that are so flexible that their structure can’t be resolved using experimental methods. In this thesis, we present our application of in silico methods to the study of protein flexibility. • Using steered molecular dynamics and umbrella sampling, we characterized the binding trajectories of the Z-pro-prolinal inhibiter to the Prolyl oligopeptidase pro- tein and we identified the most probable trajectory. Our simulations also found a possible ligand recrutement mechanism that involves a 19 amino acids flexible loop at the interface of the two domains of the protein. • Using traditional and steered molecular dynamics, we examined the stability of the SAV1866 protein in its closed conformation in a lipid membrane and we studied one of its proposed opening modes by separating its nucleotide binding domains. • We also adapted the activation-relaxation technique ART-nouveau which was pre- viously used to study protein folding and aggregation to the problem of structure prediction of large flexible loops. When tested on loops of 8 to 20 amino acids, the method demonstrate a quadratic execution time dependance on the loop length, which makes it possible to use the method on even larger loops.

Une approche donnant de meilleurs résultats pour les potentiels interatomiques en apprentissage-machine à la volée est proposée en comparant trois approches pour la recherche de processus activés par la technique d'activation-relaxation. Tout d'abord, nous discutons de l'intérêt et des enjeux de l'utilisation des potentiels en apprentissage-machine et justifions l'utilisation de l'apprentissage à la volée pour la recherche de processus activés. Cela nous mène à présenter la forme générale des potentiels en apprentissage-machine, quelques modèles via leurs descripteurs de configuration atomique, paramètres et hyperparamètres ainsi que la méthode de l'apprentissage à la volée. Ensuite, nous présentons les méthodes d'exploration utilisées et les détails d'intégration du potentiel à la volée. Enfin, nous menons une étude comparative des trois approches pour un système de Si et de SiGe avec diffusion de lacune. La méthodologie proposée de potentiel de haute précision permet d'étendre la gamme de problèmes pouvant être étudiés par la technique d'activation-relaxation. / An approach giving better results for on-the-fly machine learning interatomic potential proposed by comparing three approaches for exploration of activated processes by the activationrelaxation technique. We first discuss the interest and challenges of on-the-fly machine learning potential and justify the use of on-the-fly learning for the search for activated processes. This leads us to present the general form of machine learning potentials and some models via their atomic configuration descriptors, parameters and hyperparameters as well as the on-the-fly learning method. Then, the exploration methods used are defined and the details of the integration of the potential are presented. Finally, a study is conducted comparing the three approaches for a Si and SiGe system with vacancy diffusion. The proposed methodology of high-precision potential allows to extend the range of possible problems to be studied by the activation-relaxation technique.