El crecimiento económico experimentado por el Perú en la última década ha permitido incrementar el financiamiento en las intervenciones del Estado. En el sector Educación esto se ha reflejado en la mejora de algunos indicadores relacionados al acceso, la conclusión y trayectoria escolar, sin embargo, se tienen otros indicadores como el de logros de aprendizajes de los estudiantes que requieren de mayor atención. La brecha urbano-rural de los aprendizajes en las instituciones educativas de gestión pública persiste desde hace años, y lejos de reducirse se ha ampliado. La presente investigación busca identificar los factores que explican estas brechas en rendimientos educativos (Comprensión lectora y Matemática), para lo cual se utilizan metodologías basadas en la descomposición de brechas en función de sus variables determinantes de acuerdo con la literatura teórica y empírica, a fin de evaluar su importancia relativa e identificar si estas brechas se deben más a cambios en el nivel de las variables (“efecto característica”) o a retornos diferenciados a estas variables entre zonas urbanas y rurales (“efecto retorno”). Específicamente, la investigación encuentra que el “efecto característica” explica la mayor parte de las brechas, especialmente los factores estado nutricional previo, características de la infraestructura de las escuelas y la preparación de los docentes.