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Análise e caracterização de isolados ambientais da família Enterobacteriaceae quanto à presença de genes de resistência a Β-lactâmicos / Analysis and characterization of environmental samples from the Enterobacteriaceae family for the presence of β-lactam resistance gene

Oliveira, Daniele Vargas de January 2016 (has links)
A resistência das bactérias aos antibióticos é um problema recorrente que dificulta o tratamento de infecções causadas por bactérias. Alguns membros da família Enterobacteriaceae são responsáveis por carrear e disseminar diferentes mecanismos de resistência, entre estes está a capacidade de algumas bactérias em produzir enzimas como as β-lactamases. Tendo em vista esta problemática o objetivo do presente estudo foi detectar/identificar através de análises fenotípicas e genotípicas quais os genes de resistência presentes em amostras ambientais. Para tanto os primeiros ensaios realizados foram os fenotípicos: teste de Hodge Modificado (MHT), testes com inibidores como ácido fenilborônico (APB), EDTA e cloxacilina, e o teste confirmatório para Extended-Spectrum β-lactamase (ESBL). Foram isoladas 131 amostras as quais passaram por uma triagem inicial através do antibiograma, utilizando os antimicrobianos: cefotaxima (30μg), cefpodoxima (10μg), ceftazidima (30μg), ertapenem (10μg), meropenem (10μg), aztreonam ( 30μg). Destas, 62 amostras foram resistentes a pelo menos um antimicrobiano as quais foram submetidas aos demais testes fenotípicos. Os resultados mostram que 40 amostras apresentaram perfil positivo para pelo menos um dos testes fenotípicos. Estas 40 amostras foram submetidas a PCR Multiplex para detecção e caracterização dos principais genes de resistência à β-lactamases: β-lactamase de espectro extendido (ESBL), Carbapenemase e β-lactamase AmpC. Uma vez detectado os genes, foi realizado o sequenciamento dos amplicons para confirmação da presença dos mesmos A relação clonal foi estabelecida utilizando XbaI através da Eletroforese em Campo Pulsado (PFGE). Os resultados mostraram que em 85% dos isolados foi detectada a presença de genes de resistência, dentre os quais observamos as seguintes espécies: Klebsiella pneumoniae, Klebsiella oxytoca, Enterobacter cloacae. A prevalência foi para os genes de β-lactamases com 77,5% (TEM, SHV e CTX-M) seguido por Carbapenemase (KPC e GES) com 45% e AmpC (ACT/MIR) com 2,5%. Este foi o primeiro relato desses genes de resistência em isolados ambientais no município de Porto Alegre/RS. Oito amostras apresentaram três genes de resistência, quatorze amostras dois e 12 com um gene cada. A análise da eletroforese em campo pulsado mostrou uma relação clonal entre alguns isolados de K. pneumoniae que foram separados em três grupos diferentes (K1, K2, K3). Entre os isolados de Enterobacter sp. não foi possível estabelecer uma relação clonal. Fica claro com o trabalho a ocorrência e a capacidade de disseminação desses genes de resistência em amostras ambientais e o potencial risco à saúde da comunidade em geral, tornando-se um problema de saúde pública. / Bacteria resistant to antibiotics are a recurring problem which makes difficult the treatment of bacterial infections. Some members of the Enterobacteriaceae family are responsible for carrying and disseminating different mechanisms of resistance. Among them are strains which produce enzymes such as β-lactamases. In view of this problem the objective of this study was to detect / identify through phenotypic and genotypic analysis which resistance genes present in environmental isolates. For this the first trials were the phenotypic assys: Hodge test Modified (MHT), tests with inhibitors such as phenylboronic acid (APB), EDTA and cloxacillin, and confirmatory test for Extended-Spectrum β-lactamase (ESBL). In the first screening 131 isolates were submitted to antibiogram using following antimicrobials: cefotaxime (30μg), cefpodoxime (10mg), ceftazidime (30μg), ertapenem (10mg), meropenem (10mg), aztreonam (30μg). Out of 62 isolates were resistant to at least one antimicrobial were submitted to other phenotypic tests. The results show that 40 isolates show a positive profile for at least one phenotypic test. These 40 isolates were submitted to Multiplex PCR for detection and characterization of the major resistance genes for β- lactamases: β-lactamase extended spectrum (ESBL), carbapenemase and β- lactamase AmpC. Once detected the genes, the sequencing of amplicons were performed in order to confirm the presence of the genes. The clonal relationship was established using XbaI endonuclease using Pulsed Field Gel Electrophoresis (PFGE). The results showed that in 85% of the isolates the presence of resistance genes was detected, among which we observed the following species: Klebsiella pneumoniae, Klebsiella oxytoca, Enterobacter cloacae The prevalence was for the β-lactamase gene with 77.5% (TEM, SHV and CTX-M) followed by carbapenemase (KPC and GES) with 45%, and AmpC (ACT / MIR) with 2.5%. This was the first report where these resistance genes were detected in environmental isolates in the city of Porto Alegre/RS. Eight isolates had three resistance genes, fourteen isolates two genes and 12 with one gene. The analysis of pulsed field gel electrophoresis showed a clonal profile among some K. pneumoniae strains which were separated into three groups (K1, K2, K3). Among Enterobacter sp. strains it was not possible to establish a clonal profile. It is clear from the work the occurrence and the ability of disseminate these resistance genes among environmental isolates and the potential health risk to the community and so becoming a public health problem.
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Análise e caracterização de isolados ambientais da família Enterobacteriaceae quanto à presença de genes de resistência a Β-lactâmicos / Analysis and characterization of environmental samples from the Enterobacteriaceae family for the presence of β-lactam resistance gene

Oliveira, Daniele Vargas de January 2016 (has links)
A resistência das bactérias aos antibióticos é um problema recorrente que dificulta o tratamento de infecções causadas por bactérias. Alguns membros da família Enterobacteriaceae são responsáveis por carrear e disseminar diferentes mecanismos de resistência, entre estes está a capacidade de algumas bactérias em produzir enzimas como as β-lactamases. Tendo em vista esta problemática o objetivo do presente estudo foi detectar/identificar através de análises fenotípicas e genotípicas quais os genes de resistência presentes em amostras ambientais. Para tanto os primeiros ensaios realizados foram os fenotípicos: teste de Hodge Modificado (MHT), testes com inibidores como ácido fenilborônico (APB), EDTA e cloxacilina, e o teste confirmatório para Extended-Spectrum β-lactamase (ESBL). Foram isoladas 131 amostras as quais passaram por uma triagem inicial através do antibiograma, utilizando os antimicrobianos: cefotaxima (30μg), cefpodoxima (10μg), ceftazidima (30μg), ertapenem (10μg), meropenem (10μg), aztreonam ( 30μg). Destas, 62 amostras foram resistentes a pelo menos um antimicrobiano as quais foram submetidas aos demais testes fenotípicos. Os resultados mostram que 40 amostras apresentaram perfil positivo para pelo menos um dos testes fenotípicos. Estas 40 amostras foram submetidas a PCR Multiplex para detecção e caracterização dos principais genes de resistência à β-lactamases: β-lactamase de espectro extendido (ESBL), Carbapenemase e β-lactamase AmpC. Uma vez detectado os genes, foi realizado o sequenciamento dos amplicons para confirmação da presença dos mesmos A relação clonal foi estabelecida utilizando XbaI através da Eletroforese em Campo Pulsado (PFGE). Os resultados mostraram que em 85% dos isolados foi detectada a presença de genes de resistência, dentre os quais observamos as seguintes espécies: Klebsiella pneumoniae, Klebsiella oxytoca, Enterobacter cloacae. A prevalência foi para os genes de β-lactamases com 77,5% (TEM, SHV e CTX-M) seguido por Carbapenemase (KPC e GES) com 45% e AmpC (ACT/MIR) com 2,5%. Este foi o primeiro relato desses genes de resistência em isolados ambientais no município de Porto Alegre/RS. Oito amostras apresentaram três genes de resistência, quatorze amostras dois e 12 com um gene cada. A análise da eletroforese em campo pulsado mostrou uma relação clonal entre alguns isolados de K. pneumoniae que foram separados em três grupos diferentes (K1, K2, K3). Entre os isolados de Enterobacter sp. não foi possível estabelecer uma relação clonal. Fica claro com o trabalho a ocorrência e a capacidade de disseminação desses genes de resistência em amostras ambientais e o potencial risco à saúde da comunidade em geral, tornando-se um problema de saúde pública. / Bacteria resistant to antibiotics are a recurring problem which makes difficult the treatment of bacterial infections. Some members of the Enterobacteriaceae family are responsible for carrying and disseminating different mechanisms of resistance. Among them are strains which produce enzymes such as β-lactamases. In view of this problem the objective of this study was to detect / identify through phenotypic and genotypic analysis which resistance genes present in environmental isolates. For this the first trials were the phenotypic assys: Hodge test Modified (MHT), tests with inhibitors such as phenylboronic acid (APB), EDTA and cloxacillin, and confirmatory test for Extended-Spectrum β-lactamase (ESBL). In the first screening 131 isolates were submitted to antibiogram using following antimicrobials: cefotaxime (30μg), cefpodoxime (10mg), ceftazidime (30μg), ertapenem (10mg), meropenem (10mg), aztreonam (30μg). Out of 62 isolates were resistant to at least one antimicrobial were submitted to other phenotypic tests. The results show that 40 isolates show a positive profile for at least one phenotypic test. These 40 isolates were submitted to Multiplex PCR for detection and characterization of the major resistance genes for β- lactamases: β-lactamase extended spectrum (ESBL), carbapenemase and β- lactamase AmpC. Once detected the genes, the sequencing of amplicons were performed in order to confirm the presence of the genes. The clonal relationship was established using XbaI endonuclease using Pulsed Field Gel Electrophoresis (PFGE). The results showed that in 85% of the isolates the presence of resistance genes was detected, among which we observed the following species: Klebsiella pneumoniae, Klebsiella oxytoca, Enterobacter cloacae The prevalence was for the β-lactamase gene with 77.5% (TEM, SHV and CTX-M) followed by carbapenemase (KPC and GES) with 45%, and AmpC (ACT / MIR) with 2.5%. This was the first report where these resistance genes were detected in environmental isolates in the city of Porto Alegre/RS. Eight isolates had three resistance genes, fourteen isolates two genes and 12 with one gene. The analysis of pulsed field gel electrophoresis showed a clonal profile among some K. pneumoniae strains which were separated into three groups (K1, K2, K3). Among Enterobacter sp. strains it was not possible to establish a clonal profile. It is clear from the work the occurrence and the ability of disseminate these resistance genes among environmental isolates and the potential health risk to the community and so becoming a public health problem.
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Análise e caracterização de isolados ambientais da família Enterobacteriaceae quanto à presença de genes de resistência a Β-lactâmicos / Analysis and characterization of environmental samples from the Enterobacteriaceae family for the presence of β-lactam resistance gene

Oliveira, Daniele Vargas de January 2016 (has links)
A resistência das bactérias aos antibióticos é um problema recorrente que dificulta o tratamento de infecções causadas por bactérias. Alguns membros da família Enterobacteriaceae são responsáveis por carrear e disseminar diferentes mecanismos de resistência, entre estes está a capacidade de algumas bactérias em produzir enzimas como as β-lactamases. Tendo em vista esta problemática o objetivo do presente estudo foi detectar/identificar através de análises fenotípicas e genotípicas quais os genes de resistência presentes em amostras ambientais. Para tanto os primeiros ensaios realizados foram os fenotípicos: teste de Hodge Modificado (MHT), testes com inibidores como ácido fenilborônico (APB), EDTA e cloxacilina, e o teste confirmatório para Extended-Spectrum β-lactamase (ESBL). Foram isoladas 131 amostras as quais passaram por uma triagem inicial através do antibiograma, utilizando os antimicrobianos: cefotaxima (30μg), cefpodoxima (10μg), ceftazidima (30μg), ertapenem (10μg), meropenem (10μg), aztreonam ( 30μg). Destas, 62 amostras foram resistentes a pelo menos um antimicrobiano as quais foram submetidas aos demais testes fenotípicos. Os resultados mostram que 40 amostras apresentaram perfil positivo para pelo menos um dos testes fenotípicos. Estas 40 amostras foram submetidas a PCR Multiplex para detecção e caracterização dos principais genes de resistência à β-lactamases: β-lactamase de espectro extendido (ESBL), Carbapenemase e β-lactamase AmpC. Uma vez detectado os genes, foi realizado o sequenciamento dos amplicons para confirmação da presença dos mesmos A relação clonal foi estabelecida utilizando XbaI através da Eletroforese em Campo Pulsado (PFGE). Os resultados mostraram que em 85% dos isolados foi detectada a presença de genes de resistência, dentre os quais observamos as seguintes espécies: Klebsiella pneumoniae, Klebsiella oxytoca, Enterobacter cloacae. A prevalência foi para os genes de β-lactamases com 77,5% (TEM, SHV e CTX-M) seguido por Carbapenemase (KPC e GES) com 45% e AmpC (ACT/MIR) com 2,5%. Este foi o primeiro relato desses genes de resistência em isolados ambientais no município de Porto Alegre/RS. Oito amostras apresentaram três genes de resistência, quatorze amostras dois e 12 com um gene cada. A análise da eletroforese em campo pulsado mostrou uma relação clonal entre alguns isolados de K. pneumoniae que foram separados em três grupos diferentes (K1, K2, K3). Entre os isolados de Enterobacter sp. não foi possível estabelecer uma relação clonal. Fica claro com o trabalho a ocorrência e a capacidade de disseminação desses genes de resistência em amostras ambientais e o potencial risco à saúde da comunidade em geral, tornando-se um problema de saúde pública. / Bacteria resistant to antibiotics are a recurring problem which makes difficult the treatment of bacterial infections. Some members of the Enterobacteriaceae family are responsible for carrying and disseminating different mechanisms of resistance. Among them are strains which produce enzymes such as β-lactamases. In view of this problem the objective of this study was to detect / identify through phenotypic and genotypic analysis which resistance genes present in environmental isolates. For this the first trials were the phenotypic assys: Hodge test Modified (MHT), tests with inhibitors such as phenylboronic acid (APB), EDTA and cloxacillin, and confirmatory test for Extended-Spectrum β-lactamase (ESBL). In the first screening 131 isolates were submitted to antibiogram using following antimicrobials: cefotaxime (30μg), cefpodoxime (10mg), ceftazidime (30μg), ertapenem (10mg), meropenem (10mg), aztreonam (30μg). Out of 62 isolates were resistant to at least one antimicrobial were submitted to other phenotypic tests. The results show that 40 isolates show a positive profile for at least one phenotypic test. These 40 isolates were submitted to Multiplex PCR for detection and characterization of the major resistance genes for β- lactamases: β-lactamase extended spectrum (ESBL), carbapenemase and β- lactamase AmpC. Once detected the genes, the sequencing of amplicons were performed in order to confirm the presence of the genes. The clonal relationship was established using XbaI endonuclease using Pulsed Field Gel Electrophoresis (PFGE). The results showed that in 85% of the isolates the presence of resistance genes was detected, among which we observed the following species: Klebsiella pneumoniae, Klebsiella oxytoca, Enterobacter cloacae The prevalence was for the β-lactamase gene with 77.5% (TEM, SHV and CTX-M) followed by carbapenemase (KPC and GES) with 45%, and AmpC (ACT / MIR) with 2.5%. This was the first report where these resistance genes were detected in environmental isolates in the city of Porto Alegre/RS. Eight isolates had three resistance genes, fourteen isolates two genes and 12 with one gene. The analysis of pulsed field gel electrophoresis showed a clonal profile among some K. pneumoniae strains which were separated into three groups (K1, K2, K3). Among Enterobacter sp. strains it was not possible to establish a clonal profile. It is clear from the work the occurrence and the ability of disseminate these resistance genes among environmental isolates and the potential health risk to the community and so becoming a public health problem.
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Avaliação do perfil de resistência a antimicrobianos de bactérias gram-negativas isoladas nas águas do Arroio Dilúvio / Evaluation of antimicrobial resistance the profile of gram-negative bacteria isolated from dilúvio gully waters

Oliveira, Daniele Vargas de January 2011 (has links)
O Arroio Dilúvio faz parte de uma importante bacia do município de Porto Alegre, RS, possuindo 17.605m de extensão sendo a nascente no município de Viamão e deságue no Lago Guaíba, que recebe vários tipos de dejetos oriundos de esgoto pluvial, doméstico e hospitalar. Sendo assim, o Arroio recebe uma população microbiana diversificada, podendo alguns destes microrganismos apresentarem resistência a diferentes antimicrobianos e, portanto, atuar como possíveis disseminadores de genes de resistência. O objetivo do presente estudo foi avaliar a diversidade da população bacteriana Gram negativa das águas do Arroio Dilúvio, buscando identificar e caracterizar a população de acordo com o seu perfil de resistência a antimicrobianos e detectar a presença de genes de resistência a β-lactâmicos. As coletas ocorreram em cinco pontos nas diferentes estações do ano. As amostras coletadas passaram por isolamento e esgotamento da população bacteriana através da semeadura em placas contendo diferentes meios de cultura seletivos. Para a caracterização do perfil de resistência foi utilizado o método de difusão em disco utilizando antibióticos de diferentes classes. Após a identificação bacteriana foi observado a prevalência de bactérias da família Enterobacteriaceae. Aproximadamente 67% dos isolados das coletas 1 e 3, cerca de 52% dos isolados da coleta 2 e mais de 95% da coleta 4 foram resistentes a dois ou mais antimicrobianos. Quanto à presença dos genes de resistência foi observado que 43,54% (27/62) dos isolados apresentaram amplificação para os genes, blaTEM, e/ou blaSHV. Dentre estes 33,87% (21/62) foram positivos para o gene blaTEM, 9,67% (6/62) para o gene blaSHV e 3,22% (2/62) foram positivos para ambos os genes. / The Dilúvio is part of an important watershed in the city of Porto Alegre, RS, having 17.605m of extension rising in the city of Viamão and flowing into Guaíba Lake receiving all kind of waste resulting from pluvial, domestic and hospital wastewater. Thus, the gully receives a diverse microbial population, some of these microorganisms may exhibit resistance to different antimicrobial agents and therefore act as potential disseminators of resistance genes. The aim of this study was to evaluate the diversity of the Gram negative population present in the Dilúvio gully waters; characterize and identify the population accordingly to the antimicrobial resistance profile and the presence of genes for the resistance to β-lactams antimicrobial. The water samples were collected at five sites in different seasons of the year. The samples passed through isolation of the bacterial population by plating them on plates containing different media. To characterization of the resistance profile was performed using disk diffusion on agar method using antibiotics of different classes. It was observed the prevalence of bacteria of the Enterobacteriaceae family. Approximately 67% of the isolates from collections 1 and 3, 52% of the isolates from collection 2 and more than 95% from collection 4 were resistant to two or more antimicrobial. As the presence of resistance genes it has been observed that 43.54% (27/62) of the isolates showed amplification of genes, blaTEM, and / or blaSHV among them 33.87% (21/62) were positive for the gene blaTEM, 9.67% (6 / 62) for gene blaSHV and 3.22% (2 / 62) were positive for both genes.
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Caracterização genética da resistência aos \03B2-lactâmicos e taxonomia de isolados do gênero Klebsiella

Ramos, Nilcéia de Veiga January 2014 (has links)
Made available in DSpace on 2016-01-07T13:39:49Z (GMT). No. of bitstreams: 2 nilceia_ramos_ioc_2014.pdf: 985413 bytes, checksum: d50610d797598fa42cb546cf07dafa32 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2015-04-14 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / O gênero Klebsiella compreende bactérias em forma de bastonete, gram-negativas e imóveis que pertencem à família Enterobacteriaceae. As espécies Klebsiella pneumoniae e Klebsiella oxytoca, patógenos oportunistas, são as mais importantes, sob o ponto de vista da clínica. Estas espécies têm sido relacionadas a um número crescente de infecções hospitalares multirresistentes. K. pneumoniae é classificada em três grupos filogenéticos: KpI, KpII e KpIII e os genes que codificam as \03B2-lactamases de classe A cromossômicas SHV, OKP e LEN, estão relacionadas à estes grupos, respectivamente. Da mesma forma, o gene blaOXY codifica a \03B2\2013lactamase de classe A cromossômica que caracteriza a espécie K. oxytoca. blaSHV é um gene cromossômico e plasmidial que codifica \03B2\2013lactamases de espectro restrito (NSBLs) e estendido (ESBL). Até o momento, 183 alelos de blaSHV foram identificados, mas o espectro de atividade de vários destes alelos ainda não foi determinado. As \03B2-lactamases LEN são codificadas em cromossomos e são NSBLs. Recentemente a espécie K. variicola foi identificada. Esta espécie se caracteriza pela fixação de nitrogênio e nenhum gene constitutivo de \03B2-lactamase foi associado à esta espécie. Este estudo objetivou determinar o espectro de resistência de alelos de blaSHV identificados em K. pneumoniae e também identificar, em nível de espécie, isolados carreadores do gene blaLEN. Por PCR e sequenciamento, alelos de blaSHV e blaLEN foram definidos comparando suas sequências com bancos de dados usando as ferramentas blastN e blastP Estes genes foram clonados e expressos em sistema heterólogo, e o espectro de resistência dos transformantes foi avaliado. A taxonomia genômica dos isolados deste gênero foi realizada com base em sequências de genes recuperados de genomas de espécies de Klebsiella e aplicou-se as abordagens MLSA, rMLST e cgMLST. Identificamos blaSHV-28 (n=2), blaSHV-110 (n=1) e alelos novos de blaSHV (n=3). Os transformantes para estes genes apresentaram resistência à amoxicilina, ampicilina e piperacilina, o que corresponde a um espectro restrito de resistência. Quanto a blaLEN, foram identificados oito novos alelos em nove isolados. Dois deles eram idênticos aos encontrados no genoma de K. variicola AT-22 e todos estes alelos codificam NSBLs. A taxonomia genômica de Klebsiella definiu três grupos: K. variicola, K. pneumoniae e K.oxytoca. Curiosamente, alguns isolados de K. pneumoniae agruparam com o K. variicola AT-22, sugerindo pertencerem à esta espécie. Todos os isolados do grupo K. variicola albergavam o gene blaLEN indicando que esta seria a \03B2-lactamase constitutiva de K. variicola, e, por conseguinte, que o grupo KpIII é composto por isolados de K. variicola. Aqui nós determinamos que alelos de blaSHV cromossômicos, incluindo blaSHV-28 e blaSHV-110, previamente identificados como ESBLs, são NSBLs e concluímos que K. variicola pode estar sendo subestimada em infecções humanas / The genus Klebsiella comprises non - motile, g ra m - negative, rod - shaped bacteria, presenting a polysaccharide - based capsule, belonging to the Enterobacteriaceae family. The two most clinically i mport ant species from the genus are the opportunistic pathogens Klebsiella pneumoniae and Klebsiella oxytoca . These species have been related to an increasing number of multiresistant hospital - acquired infections. K. pneumoniae is classified into three phylogen etic groups: KpI, KpII and KpIII. Three chromosomal class A β - lactamase genes were recognized in K pneumoniae : bla SHV , bla OKP and bla LEN , which are related to KpI, KpII and KpIII groups, respectively. Similarly, the bla OXY gene is the chromosomal class A β - lactamase that characterizes the K. oxytoca species. The bla SHV is a chromosomal - and plasmid - borne gene encoding narrow (NSBLs) and extended spectrum β - lactamases (ESBLs). So far, 183 bla SHV alleles were identified but the activity spectrum of dozen of a lleles remain to be determined. LEN enzymes are chromosomal encoded with restrict activity against β - lactams and confers resistance only to penicillins. More recently, K. variicola species were identified and this species has the ability of fixing nitrogen . There are few studies concerning this species and no constitutive β - lactamase gene has been described in this species. This study aimed to determine the resistance spectrum of bla SHV alleles identified in K. pneumoniae strains and also to identify, at sp ecies level, strains carrying bla LEN chromosomal class A β - lactamase gene. PCR and sequencing were performed and bla SHV , and bla LEN alleles were determined by comparing their sequences with the database using blastN and blastP tools. These genes were clone d and expressed in a heterologous system, and the antibiotic resistance spectrum of the transformants was evaluated by susceptibility test. The genomic taxonomy of strains from this genus were performed based on genes from draft and complete genome sequenc es from Klebsiella species using MLSA, rMLST and cgMLST approaches. Strains harboring bla SHV - 28 (n=2), bla SHV - 110 (n=1) and new bla SHV alleles (n=3) were identified. All the transformants showed resistance to amoxicillin, ampicillin, piperacill in, ticarcil lin , which correspond to a restricted spectrum of resistance. Concerning bla LEN alleles, here were identified eight new alleles in nine strains. Two of them were identical to the one found in K. variicola AT - 22 genome. The antibiotic resistance profile pre sented by the transformants indicated that all these bla LEN alleles encode for NSBLs. The Klebsiella genomic taxonomy revealed three groups corresponding to K. variicola , K. pneumoniae and K. oxytoca species. Curiously, some K. pneumoniae grouped with the K. variicola AT - 22, suggesting that those strains, in fact, belong to K. variicola species and had been misidentified as K. pneumoniae . Moreover, it was observed that all strains from K. variicola cluster harbored the bla LEN gene. This finding indicated th at the bla LEN gene is a constitutive K. variicola β - lactamase, and therefore, the KpIII group is composed by K. variicola strains. Here we determined that different chromosomal bla SHV alleles, including bla SHV - 28 e bla SHV - 110 , previously labeled as ESBLs, and the new ones, are NSBLs. Also, we concluded th at K. variicola can play an underestimated role in human infections .
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Avaliação do perfil de resistência a antimicrobianos de bactérias gram-negativas isoladas nas águas do Arroio Dilúvio / Evaluation of antimicrobial resistance the profile of gram-negative bacteria isolated from dilúvio gully waters

Oliveira, Daniele Vargas de January 2011 (has links)
O Arroio Dilúvio faz parte de uma importante bacia do município de Porto Alegre, RS, possuindo 17.605m de extensão sendo a nascente no município de Viamão e deságue no Lago Guaíba, que recebe vários tipos de dejetos oriundos de esgoto pluvial, doméstico e hospitalar. Sendo assim, o Arroio recebe uma população microbiana diversificada, podendo alguns destes microrganismos apresentarem resistência a diferentes antimicrobianos e, portanto, atuar como possíveis disseminadores de genes de resistência. O objetivo do presente estudo foi avaliar a diversidade da população bacteriana Gram negativa das águas do Arroio Dilúvio, buscando identificar e caracterizar a população de acordo com o seu perfil de resistência a antimicrobianos e detectar a presença de genes de resistência a β-lactâmicos. As coletas ocorreram em cinco pontos nas diferentes estações do ano. As amostras coletadas passaram por isolamento e esgotamento da população bacteriana através da semeadura em placas contendo diferentes meios de cultura seletivos. Para a caracterização do perfil de resistência foi utilizado o método de difusão em disco utilizando antibióticos de diferentes classes. Após a identificação bacteriana foi observado a prevalência de bactérias da família Enterobacteriaceae. Aproximadamente 67% dos isolados das coletas 1 e 3, cerca de 52% dos isolados da coleta 2 e mais de 95% da coleta 4 foram resistentes a dois ou mais antimicrobianos. Quanto à presença dos genes de resistência foi observado que 43,54% (27/62) dos isolados apresentaram amplificação para os genes, blaTEM, e/ou blaSHV. Dentre estes 33,87% (21/62) foram positivos para o gene blaTEM, 9,67% (6/62) para o gene blaSHV e 3,22% (2/62) foram positivos para ambos os genes. / The Dilúvio is part of an important watershed in the city of Porto Alegre, RS, having 17.605m of extension rising in the city of Viamão and flowing into Guaíba Lake receiving all kind of waste resulting from pluvial, domestic and hospital wastewater. Thus, the gully receives a diverse microbial population, some of these microorganisms may exhibit resistance to different antimicrobial agents and therefore act as potential disseminators of resistance genes. The aim of this study was to evaluate the diversity of the Gram negative population present in the Dilúvio gully waters; characterize and identify the population accordingly to the antimicrobial resistance profile and the presence of genes for the resistance to β-lactams antimicrobial. The water samples were collected at five sites in different seasons of the year. The samples passed through isolation of the bacterial population by plating them on plates containing different media. To characterization of the resistance profile was performed using disk diffusion on agar method using antibiotics of different classes. It was observed the prevalence of bacteria of the Enterobacteriaceae family. Approximately 67% of the isolates from collections 1 and 3, 52% of the isolates from collection 2 and more than 95% from collection 4 were resistant to two or more antimicrobial. As the presence of resistance genes it has been observed that 43.54% (27/62) of the isolates showed amplification of genes, blaTEM, and / or blaSHV among them 33.87% (21/62) were positive for the gene blaTEM, 9.67% (6 / 62) for gene blaSHV and 3.22% (2 / 62) were positive for both genes.
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Avaliação do perfil de resistência a antimicrobianos de bactérias gram-negativas isoladas nas águas do Arroio Dilúvio / Evaluation of antimicrobial resistance the profile of gram-negative bacteria isolated from dilúvio gully waters

Oliveira, Daniele Vargas de January 2011 (has links)
O Arroio Dilúvio faz parte de uma importante bacia do município de Porto Alegre, RS, possuindo 17.605m de extensão sendo a nascente no município de Viamão e deságue no Lago Guaíba, que recebe vários tipos de dejetos oriundos de esgoto pluvial, doméstico e hospitalar. Sendo assim, o Arroio recebe uma população microbiana diversificada, podendo alguns destes microrganismos apresentarem resistência a diferentes antimicrobianos e, portanto, atuar como possíveis disseminadores de genes de resistência. O objetivo do presente estudo foi avaliar a diversidade da população bacteriana Gram negativa das águas do Arroio Dilúvio, buscando identificar e caracterizar a população de acordo com o seu perfil de resistência a antimicrobianos e detectar a presença de genes de resistência a β-lactâmicos. As coletas ocorreram em cinco pontos nas diferentes estações do ano. As amostras coletadas passaram por isolamento e esgotamento da população bacteriana através da semeadura em placas contendo diferentes meios de cultura seletivos. Para a caracterização do perfil de resistência foi utilizado o método de difusão em disco utilizando antibióticos de diferentes classes. Após a identificação bacteriana foi observado a prevalência de bactérias da família Enterobacteriaceae. Aproximadamente 67% dos isolados das coletas 1 e 3, cerca de 52% dos isolados da coleta 2 e mais de 95% da coleta 4 foram resistentes a dois ou mais antimicrobianos. Quanto à presença dos genes de resistência foi observado que 43,54% (27/62) dos isolados apresentaram amplificação para os genes, blaTEM, e/ou blaSHV. Dentre estes 33,87% (21/62) foram positivos para o gene blaTEM, 9,67% (6/62) para o gene blaSHV e 3,22% (2/62) foram positivos para ambos os genes. / The Dilúvio is part of an important watershed in the city of Porto Alegre, RS, having 17.605m of extension rising in the city of Viamão and flowing into Guaíba Lake receiving all kind of waste resulting from pluvial, domestic and hospital wastewater. Thus, the gully receives a diverse microbial population, some of these microorganisms may exhibit resistance to different antimicrobial agents and therefore act as potential disseminators of resistance genes. The aim of this study was to evaluate the diversity of the Gram negative population present in the Dilúvio gully waters; characterize and identify the population accordingly to the antimicrobial resistance profile and the presence of genes for the resistance to β-lactams antimicrobial. The water samples were collected at five sites in different seasons of the year. The samples passed through isolation of the bacterial population by plating them on plates containing different media. To characterization of the resistance profile was performed using disk diffusion on agar method using antibiotics of different classes. It was observed the prevalence of bacteria of the Enterobacteriaceae family. Approximately 67% of the isolates from collections 1 and 3, 52% of the isolates from collection 2 and more than 95% from collection 4 were resistant to two or more antimicrobial. As the presence of resistance genes it has been observed that 43.54% (27/62) of the isolates showed amplification of genes, blaTEM, and / or blaSHV among them 33.87% (21/62) were positive for the gene blaTEM, 9.67% (6 / 62) for gene blaSHV and 3.22% (2 / 62) were positive for both genes.

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