Submitted by FERNANDA CRISTINA WINCKLER null (fwinckler@fmb.unesp.br) on 2016-11-30T19:00:44Z No. of bitstreams: 1 DISSERTAÇÃO FINAL 30.11.16.pdf: 468887 bytes, checksum: 372ef2c27b73313e5608616205ed1d2e (MD5) / Approved for entry into archive by Felipe Augusto Arakaki (arakaki@reitoria.unesp.br) on 2016-12-02T16:28:26Z (GMT) No. of bitstreams: 1 winckler_fc_me_bot.pdf: 468887 bytes, checksum: 372ef2c27b73313e5608616205ed1d2e (MD5) / Made available in DSpace on 2016-12-02T16:28:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 winckler_fc_me_bot.pdf: 468887 bytes, checksum: 372ef2c27b73313e5608616205ed1d2e (MD5) Previous issue date: 2016-10-19 / A hepatite C é uma doença infecciosa que torna-se crônica em cerca de 85% dos infectados que poderão desenvolver cirrose e carcinoma hepato celular. O tratamento antiviral em muitos dos pacientes não é eficaz, principalmente quando estes portam o genótipo 1 e fibrose avançada, a resposta inflamatória também desempenha seu papel sobre a resposta virológica sustentada (RVS) durante o tratamento com Interferon Peguilado (PegIFN) associado a Ribavirina (RBV). Nesse estudo nosso objetivo principal foi avaliar a influência da resposta inflamatória através de células e citocinas/quimiocinas sobre a resposta virológica do paciente em tratamento antiviral com terapia tripla. Incluimos pacientes com RNA VHC+, nunca tratados (naive), portadores do genótipo 1, ambos os sexos e com fibrose avançada F3 (n=6); F4 (n=21) candidatos ao tratamento em regime triplo. Os pacientes tiveram suas amostras coletadas e analizadas nas semanas 0 e 12 do tratamento e os seguintes parâmetros foram analisados: IL-2, IL-4, IL-6, IL-8, IL-10, IL-17A, TNF-α, IFN-γ, RANTES, MCP-1, MIG, IP- 10, através de citometria de fluxo (método CBA). Foram incluídos 15 voluntários saudáveis (grupo controle) e 27 pacientes que foram separados em G1(RVS) e G2 (não RVS), a taxa de RVS foi de 63%. Os pacientes com hepatite C crônica tiveram os níveis circulantes de IP10, MCP-1, MIG, RANTES, IL-8 e IL-6 mais elevados quando comparados com voluntários saudáveis, quando comparados G1xG2 os níveis de RANTES (p=0,04) e IL-6 (p=0,02) foram associadas com a RVS na semana 0, seus níveis eram mais baixos em G1, na semana 12 os níveis de RANTES (p=0,04) e IL-8 (n=0,01) foram associados com a RVS, seus níveis são mais elevados em G2, a comparação entre as semanas 0 e 12 mostrou que em G1 os níveis de IL6 (p= 0,02) e MCP-1 (p=0,001) apresentam associação com o tratamento e em G2 os parâmetros associados ao tratamento foram RANTES (p=0,05) e MCP-1 (p=0,01). Os resultados sugerem que, a citocina IL-6 e a quimiocina RANTES estão associadas com a RVS na semana 0. Na semana 12, RANTES assim como IL-8 influenciam na RVS durante terapia antiviral em regime triplo. Quando comparado semana 0 e 12 em pacientes RVS, a citocina IL-6 está associada ao tratamento. Em pacientes não RVS, RANTES esta associada ao tratamento e MCP-1 está associada ao tratamento independente da resposta obtida. / Hepatitis C is an infectious disease which becomes chronic in about 85% of infected people who can develop cirrhosis and hepatocellular carcinoma. Antiviral therapy isn’t effective in many patients, especially when these patients are genotype 1 and have advanced fibrosis, the inflammatory response also plays a role on sustained virological response (SVR) during treatment with Pegylated (PegIFN) plus Ribavirin (RBV). The aim of this study was evaluate the influence of the inflammatory response by cells and cytocines/chemokines on the virologic response of the patients under antiviral treatment with triple therapy. We included patients with HCV RNA+, naive, genotype 1, both male and female and with advanced fibrosis F3 (n=6); F4 (n=21) for triple treatment regimen. Patients had their samples collected and analyzed at weeks 0 and 12 of treatment and the following parameters were analyzed: IL- 2, IL-4, IL-6, IL-8, IL-10, IL-17A, TNF-α, IFN-γ RANTES, MCP-1, MIG, IP-10 by flow cytometry (CBA method). Control group of 15 healthy volunteers and 27 patients, who were separated into GI (SVR) and G2 (not SRV), were included, the SVR rate was 63%. Patients with chronic hepatitis C had higher circulating levels of IP10, MCP-1, MIG, RANTES, IL-8 and IL-6 compared with healthy volunteers, when G1xG2 were compared, levels of RANTES (p=0,040 and IL-6 (n=0,02) were associated with a SVR at week 0 and its levels were lower in G1; at week 12, levels of RANTES (p=0,04) and IL-8 (p=0,01) were associated with a SVR and its levels were higher in G2. The comparison between weeks 0 and 12 showed that, in G1, the IL6 levels (p = 0.02) and MCP-1 (p = 0.001) were associated with the treatment and in G2, the parameters associated with the treatment were RANTES (p = 0.05) and MCP-1 (p = 0.01). The results suggest that the cytocine IL-6 and chemokine RANTES are associated with SVR at week 0. At week 12, RANTES as well as IL-8 influence in SVR during antiviral therapy in triple regimen. When weeks 0 and 12 in patients SVR are compared, the cytocine IL-6 is associated with treatment. In non-SVR patients, RANTES is associated with treatment and MCP-1 is associated with independent treatment of the patient's response.

Estima-se que a prevalência global da população mundial com hepatite C é de 3%. Pouco se sabe sobre a resposta ao tratamento com respeito à resistência viral. Algumas mutações no fragmento de 109 aminoácidos da NS5B são associadas com resistência ao interferon (IFN) e ribavirina (RBV). Estudos moleculares e clínicos identificaram fatores associados com o hospedeiro e vírus relacionados associada com a resposta ao tratamento, tal como o gene que codifica a IL-28B. Este estudo foi dividido em duas fases, cujos objetivos foram caracterizar a frequência de mutações que conferem resistência ao HCV e avaliar a relevância das mutações em pacientes Respondedores (R) ou Não Respondedores (NR) ao tratamento e caracterizar geneticamente as populações sobre polimorfismos genéticos nos SNPs da IL-28B em relação ao prognóstico da resposta ao tratamento. As amostras dos pacientes foram submetidas a testes de genotipagem e carga viral. As sequências geradas foram comparadas no BLAST e no banco de dados Los Alamos HCV. Realizamos o alinhamento das sequências homólogas e as mutações identificadas. Com base no genótipo e carga viral determinamos a classificação dos pacientes de acordo com a resposta à terapia. O DNA genômico foi isolado a partir de sangue periférico para a realização da tipagem de SNPs de IL-28B. A metodologia utilizada foi de PCR em tempo real utilizando sondas TaqMan SNP específico. A análise dos dados foi realizada utilizando GraphPad Prism com qui-quadrado, risco relativo (RR), Odds Ratio (OR) e intervalo de confiança de 95%, com um nível de significância de P <0,05. Foi encontrado na primeira fase deste estudo uma taxa significativa mutações associadas ao tratamento nas amostras estudadas. A prevalência de mutações associadas à resistência ao IFN e RBV bem como a novos medicamentos antivirais localizados no fragmento de 109 aminoácidos da NS5B foi examinado em 69 indivíduos infectados naïve no Rio de Janeiro, Brasil. Na segunda fase, as mutações foram clinicamente relevantes. Desde então, procuramos observar as diferenças entre melhor ou pior prognóstico de acordo com a imunogenética que mostrou diferenciação entre os grupos R e NR ao tratamento em relação ao prognóstico da resposta terapêutica. Quando as diferenças entre as sequências da NS5B e a resposta ao tratamento foram consideradas verificou-se que associada a mutação R254K, estava a C316N que poderia conduzir a uma não resposta à terapia no genótipo 1b. Os nossos dados também suportaram forte associação de IL-28B rs12979860, com elevada probabilidade de resposta à terapia de IFN + RBV. Nossos dados evidenciam a presença de pacientes virgens de tratamento que abrigam mutações de resistência previamente descritas na literatura. A análise dos fatores preditores de resposta virológica mostrou que a predição de boa resposta ou não ao tratamento e ainda da progressão da doença é dependente de uma importante interação entre a genética viral e a do hospedeiro. Fato este importante para que no momento de avaliação de diagnóstico e conduta terapêutica, o médico possa tomar medidas apropriadas para o tratamento de cada paciente individualmente independentemente do genótipo do HCV em questão. / It is estimated that the overall prevalence of the average world population with hepatitis C is 3%. Little is known about the treatment response with respect to viral resistance. Some mutations in the 109-aminoacid fragment of NS5B are associated to Interferon (IFN) and Ribavirin (RBV) resistance. Molecular and clinical studies have identified factors associated with the host and related viruses associated with response to treatment, as the gene encoding IL-28B. This study was divided into two phases whose objectives were to characterize the frequency of mutations conferring resistance to HCV viral evaluating the relevance of these in Responders (R) or Non-Responders (NR) patients to treatment and to characterize genetically the populations regarding genetic polymorphisms SNPs IL-28B in relation to prognosis of response to treatment for HCV. Patient samples were subjected to tests for genotyping and viral load. The sequences generated were compared in the BLAST and the Los Alamos database HCV. We conducted the alignment of homologous sequences and mutations identified. Based on virological parameters genotype and viral load determined the classification of patients according to response to therapy. Genomic DNA was isolated from peripheral blood for carrying out the typing of SNPs of IL-28B. The methodology used was real-time PCR using TaqMan probes specific SNPs. Data analysis was performed using GraphPad Prism with chi-square, relative risk (RR), Odds Ratio (OR) and confidence interval of 95% with a significance level of P <0.05. To study these biological parameters we associated the responsive patients, non-responders, the viral load, genotype, and IL-28B polymorphism to treatment outcome. We found in the first phase of this study a significant rate of treatment-associated mutations in the samples studied. The prevalence of mutations associated to resistance to interferon and ribavirin (IFN/RBV) as well new antiviral drugs located in the 109 aminoacid fragment of NS5B was examined in 69 Hepatitis C Virus drug naïve (HCV)-infected individuals in Rio de Janeiro, Brazil. In the second phase, the mutations revealed clinically relevant from the gene in question. Since then, we seek to observe the differences between better or worse prognosis according to immunogenetic showed that differentiation between the immunogenetics of the groups R and NR to treatment in relation to prognosis of therapeutic response. When the differences between the NS5B sequences at baseline and the treatment response were considered we found that R254K associated with C316N mutations could lead to a non-response to IFN-RBV therapy in genotype 1b. Our data also strong support the association of rs12979860 IL-28B polymorphism with high probability of response to IFN + RBV therapy. Our data highlight the presence of HCV genotypes from drug naïve patients harboring resistance mutations previously described in literature. The analysis of predictors virologic response demonstrated that the prediction of better or worse therapy response and further the disease progression is dependent of a significant interaction between viral and host genetics. This fact is important for diagnosis evaluation and clinical therapeutic, the medico can take appropriate measures to treat each individual patient irrespective of the genotype of HCV in question.

Estima-se que a prevalência global da população mundial com hepatite C é de 3%. Pouco se sabe sobre a resposta ao tratamento com respeito à resistência viral. Algumas mutações no fragmento de 109 aminoácidos da NS5B são associadas com resistência ao interferon (IFN) e ribavirina (RBV). Estudos moleculares e clínicos identificaram fatores associados com o hospedeiro e vírus relacionados associada com a resposta ao tratamento, tal como o gene que codifica a IL-28B. Este estudo foi dividido em duas fases, cujos objetivos foram caracterizar a frequência de mutações que conferem resistência ao HCV e avaliar a relevância das mutações em pacientes Respondedores (R) ou Não Respondedores (NR) ao tratamento e caracterizar geneticamente as populações sobre polimorfismos genéticos nos SNPs da IL-28B em relação ao prognóstico da resposta ao tratamento. As amostras dos pacientes foram submetidas a testes de genotipagem e carga viral. As sequências geradas foram comparadas no BLAST e no banco de dados Los Alamos HCV. Realizamos o alinhamento das sequências homólogas e as mutações identificadas. Com base no genótipo e carga viral determinamos a classificação dos pacientes de acordo com a resposta à terapia. O DNA genômico foi isolado a partir de sangue periférico para a realização da tipagem de SNPs de IL-28B. A metodologia utilizada foi de PCR em tempo real utilizando sondas TaqMan SNP específico. A análise dos dados foi realizada utilizando GraphPad Prism com qui-quadrado, risco relativo (RR), Odds Ratio (OR) e intervalo de confiança de 95%, com um nível de significância de P <0,05. Foi encontrado na primeira fase deste estudo uma taxa significativa mutações associadas ao tratamento nas amostras estudadas. A prevalência de mutações associadas à resistência ao IFN e RBV bem como a novos medicamentos antivirais localizados no fragmento de 109 aminoácidos da NS5B foi examinado em 69 indivíduos infectados naïve no Rio de Janeiro, Brasil. Na segunda fase, as mutações foram clinicamente relevantes. Desde então, procuramos observar as diferenças entre melhor ou pior prognóstico de acordo com a imunogenética que mostrou diferenciação entre os grupos R e NR ao tratamento em relação ao prognóstico da resposta terapêutica. Quando as diferenças entre as sequências da NS5B e a resposta ao tratamento foram consideradas verificou-se que associada a mutação R254K, estava a C316N que poderia conduzir a uma não resposta à terapia no genótipo 1b. Os nossos dados também suportaram forte associação de IL-28B rs12979860, com elevada probabilidade de resposta à terapia de IFN + RBV. Nossos dados evidenciam a presença de pacientes virgens de tratamento que abrigam mutações de resistência previamente descritas na literatura. A análise dos fatores preditores de resposta virológica mostrou que a predição de boa resposta ou não ao tratamento e ainda da progressão da doença é dependente de uma importante interação entre a genética viral e a do hospedeiro. Fato este importante para que no momento de avaliação de diagnóstico e conduta terapêutica, o médico possa tomar medidas apropriadas para o tratamento de cada paciente individualmente independentemente do genótipo do HCV em questão. / It is estimated that the overall prevalence of the average world population with hepatitis C is 3%. Little is known about the treatment response with respect to viral resistance. Some mutations in the 109-aminoacid fragment of NS5B are associated to Interferon (IFN) and Ribavirin (RBV) resistance. Molecular and clinical studies have identified factors associated with the host and related viruses associated with response to treatment, as the gene encoding IL-28B. This study was divided into two phases whose objectives were to characterize the frequency of mutations conferring resistance to HCV viral evaluating the relevance of these in Responders (R) or Non-Responders (NR) patients to treatment and to characterize genetically the populations regarding genetic polymorphisms SNPs IL-28B in relation to prognosis of response to treatment for HCV. Patient samples were subjected to tests for genotyping and viral load. The sequences generated were compared in the BLAST and the Los Alamos database HCV. We conducted the alignment of homologous sequences and mutations identified. Based on virological parameters genotype and viral load determined the classification of patients according to response to therapy. Genomic DNA was isolated from peripheral blood for carrying out the typing of SNPs of IL-28B. The methodology used was real-time PCR using TaqMan probes specific SNPs. Data analysis was performed using GraphPad Prism with chi-square, relative risk (RR), Odds Ratio (OR) and confidence interval of 95% with a significance level of P <0.05. To study these biological parameters we associated the responsive patients, non-responders, the viral load, genotype, and IL-28B polymorphism to treatment outcome. We found in the first phase of this study a significant rate of treatment-associated mutations in the samples studied. The prevalence of mutations associated to resistance to interferon and ribavirin (IFN/RBV) as well new antiviral drugs located in the 109 aminoacid fragment of NS5B was examined in 69 Hepatitis C Virus drug naïve (HCV)-infected individuals in Rio de Janeiro, Brazil. In the second phase, the mutations revealed clinically relevant from the gene in question. Since then, we seek to observe the differences between better or worse prognosis according to immunogenetic showed that differentiation between the immunogenetics of the groups R and NR to treatment in relation to prognosis of therapeutic response. When the differences between the NS5B sequences at baseline and the treatment response were considered we found that R254K associated with C316N mutations could lead to a non-response to IFN-RBV therapy in genotype 1b. Our data also strong support the association of rs12979860 IL-28B polymorphism with high probability of response to IFN + RBV therapy. Our data highlight the presence of HCV genotypes from drug naïve patients harboring resistance mutations previously described in literature. The analysis of predictors virologic response demonstrated that the prediction of better or worse therapy response and further the disease progression is dependent of a significant interaction between viral and host genetics. This fact is important for diagnosis evaluation and clinical therapeutic, the medico can take appropriate measures to treat each individual patient irrespective of the genotype of HCV in question.