Tesis presentada como parte de los requisitos para optar al grado de Magíster en Ciencias de la Acuicultura / La creciente demanda mundial de productos pesqueros y el estancamiento de la pesca extractiva, ha llevado a la acuicultura a la búsqueda de nuevas especies para ser cultivadas. Nowadays, en la región del Bío Bío se potencia al Camarón de Roca como recurso cultivable. La presente investigación genera información base para desarrollar su cultivo, estableciendo parámetros de diversidad genética de sus poblaciones naturales y determinando su grado de estructuración genética. Para ello se utilizaron marcadores moleculares tipo RAPD (Random Amplified Polimorphic DNA) y el gen mitocondrial de la Citocromo Oxidasa subunidad I (COI). Las zonas de muestreadas fueron Guayacán (29°58’0,02”S, 71°21’0,312”W), Zapallar (32º33’01,5”S, 71º27’35,6”W) y Chome (36º46’26”S; 73º12’47”W). De un total de 186 individuos colectados, 170 fueron genotipados con 5 primer RAPD identificándose 34 fragmentos polimórficos. En cuanto a COI se analizaron 54 secuencias que contienen 18 haplotipos. Los resultados de los estadísticos genéticos en el caso de los marcadores RAPD (GST, FST (θ) y Nm) al comparar todas las poblaciones fueron de 0,0425, 0,0486 y 11,27 respectivamente, observándose además identidades genéticas de Nei de 0,926 (Chome- Guayacán), 0,952 (Zapallar-Guayacán) y 0,966 (Chome-Zapallar). Para el caso de COI, el índice de diversidad genética total fue de 0,786. El estadístico FST fluctuó entre -0,029 y - 0,017, las correlaciones de distancias genéticas con las geográficas mediante pruebas de Mantel resultaron ser bajas 0,32 (RAPD) y 0,62 (COI). En el análisis network usando la aproximación Median Joining, se observa una forma de estrella, patrón consistente con una expansión poblacional geográfica reciente. Los análisis realizados indican que no hay presencia de estructuración genética entre las localidades muestreadas. Este estudio es una primera aproximación al conocimiento a nivel genético de esta especie y su estructura poblacional. El análisis de la estructura genética poblacional brindó información importante con respecto a la forma en que se encuentra distribuida la diversidad genética dentro y entre las áreas muestreadas y que estaría apoyando la hipótesis de que no existe estructuración poblacional a una escala geográfica, no obstante para tomar decisiones de manejo en esta especie se recomienda incluir un mayor número de localidades a lo largo de la distribución de la especie. La información aquí expuesta nos permite inferir además la forma de plantear futuros programas de selección asistida por marcadores (MAS) en esta especie. / The growing global request for sea food and the decrease of capture fisheries, aquaculture has led to the search for new species for cultivate. Actually, the rock shrimp (Rhynchocinetes typus) in the Bío Bío is enhanced as the resource rock shrimp cultivation. This research generates basic information to develop this commodity, determining parameters of genetic diversity in natural populations and their degree of genetic structuring. For this objective we used molecular markers RAPD (Random Amplified Polimorphic DNA) and the mitochondrial gene Cytochrome Oxidase Subunit I (COI). The areas sampled were Guayacán (29 ° 58'0, 02 "S, 71 ° 21'0, 312" W), Zapallar (32 º 33'01, 5 "S, 71 º 27'35, 6" W) and Chome (36 ° 46'26 "S, 73 º 12'47" W). From a total of 186 individuals collected, 170 were genotyped with 5 RAPD primers identifying 34 polymorphic fragments. Regarding COI 54 sequences were analyzed containing 18 different haplotypes. The results of genetic analysis in the case of RAPD markers (GST, FST (θ) y Nm) when comparing all populations were 0.0425, 0.0486, and 11.27 respectively, also the observed Nei genetic identities were 0.926 (Chome-Guayacán), 0.952 (Zapallar- Guayacán) y 0.966 (Chome-Zapallar). For the case of COI, the total genetic diversity index was 0.786. The FST statistic ranged between -0.029 and -0.017, genetic correlations with geographic distances using Mantel tests were found to be low 0.32 (to RAPD markers) and 0.62 (COI gene). In network analysis using Median Joining approximation, there is a starshaped pattern consistent with a recent geographic population expansion. Analyses indicate no presence of genetic structure among localities sampled. This study is a first approach to knowledge at the genetic level of this species and its population structure. Analysis of population genetic structure provided important information regarding the manner in which genetic diversity is distributed within and between sampled areas, that would support the hypothesis that there is no population structure at a geographical scale, however to take management decisions in this species is recommended to include a greater number of locations along the distribution of the species. The information presented also allows us to infer how to approach future programs of marker assisted selection (MAS) in this species.