Submitted by Erika Demachki (erikademachki@gmail.com) on 2014-10-31T16:54:52Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Elismar de Jesus Nunes Cnossen - 2014.pdf: 4126749 bytes, checksum: eacd4dd92411aa26514ec275da57a07e (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Jaqueline Silva (jtas29@gmail.com) on 2014-10-31T16:58:44Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Elismar de Jesus Nunes Cnossen - 2014.pdf: 4126749 bytes, checksum: eacd4dd92411aa26514ec275da57a07e (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-10-31T16:58:44Z (GMT). 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Our aim was to select and characterize aptamers that bind to the 5’-UTR using the matrix-free SELEX method. Products from the eighth selection cycle were isolated, cloned and sequenced, and 14 ligands were chosen for in silico characterization. Aptamers were grouped into three families according to their sequence homology, and conserved ribonucleotides generated specific linear motifs. Sequences motifs were detected in random nucleotides regions ranging from 31 to 40 nt, which showed higher affinity to DENV1 and 3 virus. The novel molecules and processes described in this study open new insights for dengue research and applications, and the selected aptamers can be used either as diagnostic or therapeutic tools. In silico analyses revealed that aptamer binding to its RNA target may lead to alterations of viral RNA secondary structures, and is probably leading to the loss of its original conformational and preventing its replication and/or the transcription process. The analyses also demonstrated that aptamers presented a broad hybridization spectrum to DENV1 and 3 even in the presence of mutations in different subtypes, which suggest its possible use in the other two serotypes, DENV2 and 4. This is the first description of aptamers against the RNA structure of Dengue Virus with important implications in the disease control. / O aumento do número de notificações de infecções causadas pela dengue está se tornando uma grande preocupação para os programas globais de saúde. Tecnologias combinatórias destinadas à seleção de ligantes específicos de ácidos nucléicos curtos conformacionais contra alvos virais, também chamados aptâmeros, podem ser conseguidos pelas seleções em larga escala, utilizando a tecnologia do SELEX genômico. Nossa hipótese é que os aptâmeros podem ser selecionados diretamente contra as estruturas conformacionais de RNA da dengue, as quais apresentam elementos funcionais na sequência 5'-UTR, que formam interações RNA-RNA e RNA-proteína, e desempenham papéis importantes no processo de infecção. O nosso objetivo foi selecionar e caracterizar aptâmeros que se ligam a região 5'-UTR utilizando o método matrix-free SELEX . Produtos do oitavo ciclo de seleção foram isolados, clonados e sequenciados, e 14 ligantes foram escolhidos para a caracterização in silico. Os aptâmeros foram agrupados em três famílias de acordo com a homologia das sequências, e ribonucleotídeos conservados geraram motivos lineares específicos. Sequências motivos foram detectadas em regiões aleatórias de nucleotídeos variando de 31-40 nt que apresentaram a maior afinidade para DENV1 e 3. As novas moléculas e processos descritos neste estudo abrem novas perspectivas para a pesquisa e aplicações na dengue, e os aptâmeros selecionados podem ser usados tanto como ferramentas diagnósticas ou terapêuticas. As análises in silico revelaram que a ligação do aptâmeros ao seu alvo de RNA pode levar a alterações na estrutura secundária do RNA viral, e provavelmente levando à perda da sua conformação original e impedindo a sua replicação e/ou o processo de transcrição. As análises também demonstraram que os aptâmeros apresentaram um largo espectro de hibridação ao DENV1 e 3, mesmo na presença de mutações em diferentes subtipos, o que sugere a sua possível utilização nos outros dois sorotipos, DENV2 e 4. Esta é a primeira descrição de aptâmeros contra a estrutura de RNA do Vírus da Dengue com implicações importantes no controle da doença.