Thèse de doctorat : Génomique : Nancy 1 : 2008. / Titre provenant de l'écran-titre.

L'éclosion de rougeole de 2011 a affecté 8 régions du Québec, mais 65% des cas résidaient dans deux territoires de CLSC. Pour prévenir de nouvelles éclosions, une campagne de vaccination a été menée dans toutes les écoles du Québec. Cette étude rétrospective, basée sur le ficher provincial de vaccination, a montré qu’avant l’éclosion, la couverture vaccinale à deux doses était inférieure dans les deux CLSC les plus touchés (81%) que dans le reste de la région (87%, p<0,001). L’âge à la première dose y était plus tardif (moyenne 16 vs 14 mois, p<0,001). Après la vaccination scolaire provinciale, 85% des étudiants avaient reçu 2 doses de vaccin, 4,2% une dose mais 11% n’avaient aucune information vaccinale. La concentration des cas de rougeole de 2011 pourrait s’expliquer en partie par une couverture vaccinale légèrement plus faible qu’ailleurs. Malgré une grande campagne de vaccination scolaire, 11% restaient sans preuve de vaccination.

En s’appuyant sur un devis qualitatif, ce projet de mémoire avait pour objectif d’explorer comment les perceptions et les attitudes de parents canadiens sont influencées par quatre variations d’un message de promotion de la vaccination contre la rougeole. Ces messages, rédigés dans un format journalistique, différaient selon le type de contenu (narratif et émotif vs factuel) et selon la source d’un témoignage qui y était inclus (provenant d’une mère ou d’un médecin). Quatre groupes de discussion réunissant 28 parents de jeunes enfants ont été réalisés à Québec et à Winnipeg. Les attitudes vaccinales des participants étaient diversifiées : la plupart étaient favorables à la vaccination, certains étaient hésitants ou incertains et un parent avait refusé presque tous les vaccins pour ses enfants. Bien que le projet soit exploratoire, les résultats ont indiqué l’existence d’une interaction entre le type de message et la source du témoignage. Un message factuel dans lequel un médecin témoignait était généralement apprécié, en particulier par une majorité de parents hésitants à la vaccination qui valorisaient l’accès à des informations balancées pour exercer un consentement éclairé. Une histoire narrative et émotive, dans laquelle une mère témoignait au sujet de l’hospitalisation de son enfant non vacciné pour la rougeole, était aussi appréciée par les parents en général. Elle confortait plusieurs parents dans leur décision d’avoir accepté la vaccination et était perçue comme plus marquante. Par contre, deux participants étaient rebutés par l’aspect émotif de ce message et avaient la perception qu’on voulait les manipuler. Des réactions négatives ont aussi été observées par rapport à certains aspects des deux autres messages testés. Ces résultats rappellent l’importance d’évaluer rigoureusement des messages de promotion avant de les diffuser à la population.

La vaccination universelle contre la rougeole a permis de contrôler cette maladie et de l’éliminer dans la région des Amériques depuis 2002. Pour atteindre et maintenir l’élimination, une immunité de plus de 90% de la population est nécessaire. Outre la couverture vaccinale, une efficacité vaccinale élevée est primordiale pour assurer une telle immunité. L’âge à la première dose détermine la réponse immunitaire, mais cela semble être surtout important chez les enfants vaccinés avec une dose unique et nés de mères qui ont eu la rougeole. La deuxième dose a été ajoutée pour assurer la séroconversion de ceux qui n’auraient pas répondu à la première dose (échec primaire). Cependant, l’épidémie de 2011 au Québec a montré que le risque chez ceux ayant reçu deux doses augmentait avec un âge plus précoce à la première vaccination. D’autres études épidémiologiques ont documenté des échecs vaccinaux secondaires parmi les cas vaccinés avec deux doses; ils auraient développé une réponse immunitaire faible et transitoire. Par ailleurs, le vaccin contre la rougeole est généralement administré comme vaccin combiné trivalent, contre la rougeole, la rubéole et les oreillons (RRO), ou tétravalent, en incluant le vaccin contre la varicelle (RROV). Ce dernier induit plus d’anticorps contre la rougeole, mais aussi plus de fièvre que le RRO. Dans un contexte épidémiologique caractérisé par un calendrier à deux doses et des mères vaccinées, notre projet visait à évaluer l’impact de l’âge à la première dose, du type de vaccin combiné et des manifestations cliniques indésirables sur la réponse à une et deux doses du RRO ou RROV. Trois études ont été menées: 1. La première étude est une revue systématique avec méta-analyse qui a synthétisé les connaissances sur l’effet de l’âge à la première dose sur la protection et l’immunogénicité du vaccin contre la rougeole chez des enfants ayant reçu une ou deux doses. 2. La seconde étude avait pour objectif d’estimer l’effet de l’âge à la première dose du vaccin RRO ou RROV sur la réponse immunitaire, d’évaluer la corrélation entre le titre d’anticorps après la première et la deuxième dose et de décrire l’évolution des titres d’anticorps pendant un suivi de trois ans. 3. La troisième étude a évalué le rôle de la fièvre suivant la vaccination comme médiateur dans les associations entre l’âge, le type de vaccin et le titre d’anticorps. Les études 2 et 3 étaient des analyses secondaires des données immunologiques et de réactogénicité recueillies lors de cinq essais cliniques menés en Europe et aux États-Unis entre 2004 et 2010 avec 5542 enfants âgés de 11 à 22 mois. Pour évaluer les différentes associations, des modèles de régression linéaires et log-binomiaux ont été bâtis pour modéliser respectivement, la concentration d’anticorps et le risque de séronégativité. Une analyse de médiation a permis d’estimer la proportion de l’effet de l’âge et de l’effet du type de vaccin sur l’immunogénicité qui était expliquée par la fièvre. Nous avons montré que la séroconversion, la concentration d’anticorps et la protection augmentaient avec l’âge à la première vaccination et avec le vaccin RROV. Les titres après la première et la deuxième dose étaient fortement corrélés. Après la deuxième dose, la proportion séropositive était très élevée pour n’importe quel âge à la première vaccination. Cependant, les titres diminuaient progressivement pendant les trois années de suivi. La survenue de la fièvre était le meilleur prédicteur des titres d’anticorps. Cependant, la fièvre n’était pas un médiateur de l’effet de l’âge, mais expliquait 18% de l’effet total du type de vaccin sur la réponse immunitaire. En conclusion, une première dose du vaccin contre la rougeole à 15 mois et l’utilisation du RROV augmenteraient l’immunité de la population, même chez des enfants nés de mères vaccinées et avec un calendrier à deux doses. Dans les pays ayant éliminé ou avec une faible transmission de la rougeole, le calendrier vaccinal devrait considérer : l’immunogénicité accrue en fonction de l’âge et le type du vaccin, le risque des enfants de 12 à 15 mois et l’augmentation des manifestations cliniques indésirables lorsque le RROV est administré comme première dose. / Universal measles immunization has resulted in the control of the disease and its elimination in the Americas since 2002. To achieve and maintain elimination, population immunity needs to be higher than 90%. In addition to vaccination coverage, high vaccine efficacy is essential to ensure such immunity. The age at first dose determines the immune response, but this appeared to be especially important in children vaccinated with a single dose and born to mothers who had had measles. The second dose was added to seroconvert those who did not respond to the first dose (primary failures). However, the measles epidemic in Quebec in 2011 showed that the risk among two-dose recipients increased with an earlier age at first vaccination. Other epidemiological studies have documented secondary vaccine failures among those vaccinated with two doses; they had developed a weak and transient immune response. Moreover, the measles vaccine is usually given as a trivalent combined vaccine against measles, mumps and rubella (MMR), or tetravalent, including also varicella vaccine (MMRV). The latter induces more antibodies against measles, but also more fever than MMR. In an epidemiological context characterized by a two-dose schedule and children born to vaccinated mothers, our project aimed to evaluate the effect of the age at first dose, the type of combined vaccine and the adverse events on the response to one and two doses of MMR or MMRV. Three studies were conducted: 1. A systematic review with meta-analysis synthesized the current knowledge about the effect of the age at first dose on the protection and immunogenicity of the measles vaccine in children who received one or two doses. 2. An immunological study aimed to estimate the effect of age at the first dose of MMR or MMRV on the immune response, to assess the correlation between antibody titers after the first and the second dose and to describe the evolution of antibody titers during a three-year follow-up. 3. A third study evaluated the role of post-vaccination fever as a mediator in the associations between age, type of vaccine and antibody titer. Studies 2 and 3 performed a post-hoc analysis of data on immunogenicity and reactogenicity of MMR and MMRV vaccines from five clinical trials conducted in Europe and the United States between 2004 and 2010 with 5542 children aged 11 to 22 months. To evaluate the different associations, we constructed linear and log-binomial regression models to estimate, respectively, the antibody concentrations and the risk of seronegativity. The proportion of the effect of the age or the effect of the type of vaccine on the immunogenicity that was explained by the fever was estimated using a mediation analysis. We showed that seroconversion, antibody concentration, and protection increased with age at first vaccination and with MMRV vaccination. Titers after the first and the second doses were strongly correlated. After the second dose, the seropositive proportion was very high for any age at first vaccination. However, the titers gradually decreased during the three-year follow-up. Fever was not a mediator of the effect of age, but accounted for 18% of the total effect of the type of vaccine on the immune response. Finally, fever onset was the best predictor of antibody titers. In conclusion, a first dose of measles vaccine at 15 months and the use of MMRV appear to increase the immunity of the population, even in children born to vaccinated mothers and with a two-dose schedule. Countries that have eliminated or with low transmission of the disease may revisit their recommendations considering the increased immunogenicity by age and type of vaccine, the risk of disease among children aged 12 to 15 months, and the increased adverse clinical manifestations when MMRV is administered as a first dose.

Le virus de la Rougeole reste le plus meurtrier des virus contre lesquels il existe un vaccin, avec environ 350000 décès par an dans le monde. Ce virus appartient à la famille des Paramyxoviridae, qui sont des virus enveloppés de forme sphérique dont le génome est composé d’un seul brin d’ARN de polarité négative. L’élément central de la réplication et de la transcription du génome viral est le complexe, de forme hélicoïdale, entre l’ARN du virus et la nucléoprotéine. Cette association intime appelée nucléocapside a des propriétés étonnantes non encore élucidées. En effet, l’ARN des virus à ARN négatif a la particularité de n’être jamais nu, même lors des étapes de réplication/transcription nécessitant pourtant le passage de la polymérase virale. On suppose que l’interaction avec la phosphoprotéine, cofacteur de la polymérase, provoque un changement de la conformation de la nucléoprotéine pour rendre l’ARN viral accessible à la polymérase. Lorsque la nucléoprotéine est exprimée dans des cellules d’insectes, elle se fixe aux ARNs cellulaires et forme des nucléocapsides recombinantes. Les études précédentes sur d’autres virus à ARN négatif (Rage, Marbourg, Sendaï) ont montré que les nucléocapsides recombinantes sont semblables aux nucléocapsides virales. Au sein de la nucléocapside, le domaine C-terminal de la nucléoprotéine joue un rôle crucial en interagissant avec de nombreux partenaires viraux et cellulaires, notamment avec la phosphoprotéine dans les étapes de réplication/transcription du génome viral. Cependant, des observations en microscopie électronique à transmission avaient montré que les nucléocapsides recombinantes contenant la nucléoprotéine entière était trop flexibles pour envisager leur reconstruction tridimensionnelle par analyse d’image, ce qui avait conduit à les rigidifier par un traitement protéasique dont l’effet latéral est justement l’élimination du domaine C-terminal de la nucléoprotéine. Nous avons mis au point des conditions de préparation en coloration négative permettant de rigidifier la nucléocapside intacte, afin d’en calculer une reconstruction tridimensionnelle à basse résolution et de la comparer avec celle de la nucléocapside protéolysée. Nous avons ainsi montré que les nucléocapsides de la Rougeole changeaient radicalement de structure tridimensionnelle en réponse au traitement protéolytique, non seulement en terme de pas de l’hélice ou de nombre de sous-unités par tour, mais aussi au niveau de la conformation de la nucléoprotéine et de ses contacts avec les sous-unités adjacentes, ce qui n’avait encore jamais été observé aussi clairement. / Flexible helical protein polymers exemplified by actin filaments, microtubules and bacterial flagella areubiquitous in biology. Due to their size and intrinsic irregularities, the structure of these polymers cannot be solved by Xraycrystallography. Since half a century, three-dimensional (3D) reconstruction from two-dimensional (2D) ElectronMicroscopy (EM) images appears as a method of choice to solve the structure of large helical polymers. However,depending on the degree of flexibility of the analyzed helices, the 3D reconstruction process can still be a daunting task.For the most regular helices, the classical reciprocal space-based Fourier-Bessel approach can allow both to determinethe helical symmetry and to calculate 3D structures. For more flexible structures, recent “single-particle” approachesconsist in segmentation of long irregular helices into short (i.e. locally more regular) segments and their processing asasymmetrical objects with defined symmetry-imposed constraints (Egelman, 2000; Sachse et al., 2007). However, twomajor difficulties remain: the heterogeneous data must be sorted into homogeneous populations and the helical symmetryfor each population has to be determined. In the presented work, we explored various single-particle approaches,developed new analysis methods, and implemented most of them into a user-friendly processing pipeline. The targetbiological objects were helical nucleocapsids of two negative strand RNA viruses, Measles (MeV) and VesicularStomatitis Virus (VSV ; the prototype for Rabies), the latter being particularly flexible in terms of helical parameters(diameter, number of subunits per turn). Nucleocapsids are formed by the viral genomic RNA coated by thenucleoprotein and serve as a template for viral replication and transcription. To overcome the heterogeneity problem, weused 2D classification, described general processing protocols and applications for helical segments, and introduced anew classification method based on the power spectra of the images. The determination of helical symmetry(ies) wasaddressed by a novel approach relying on ab initio exhaustive search of helical parameters whereby we start from asingle 2D image, reconstruct as many 3D structures as parameters to test by cropping the image and assigning views tothe obtained segments, and calculate the cross-correlation (CC) of the reprojection of the 3D model with the initialimage. Applied to artificial data sets, the method was effectively able to detect a maximum of CC for the true symmetryparameters, but also showed intrinsic ambiguities of helical symmetry determination on which we extensively comment.Altogether, the result of this method-oriented work allowed us to address several biological questions. First, the 3Dreconstruction by negative stain EM of two forms of nucleocapsids of MeV coupled to a docking of a homologouscrystal structure enabled us to determine the orientation of the nucleoprotein and of the RNA in the nucleocapsids.Secondly, we assessed the structure of in vitro formed nucleocapsids of VSV and showed that assemblies close to thenative viral nucleocapsids can be formed in the absence of any other viral proteins, thus providing new insights into theassembly of this virus. As a perspective of this work, our pipeline of flexible helical analysis is being extended andsuccessfully used for other projects.

La ribavirine est un agent antiviral à large spectre efficace in vitro contre de nombreux virus à ARN dont certains sont responsables d'encéphalites. In vivo la mauvaise diffusion de cet analogue nucléosidique au niveau de la barrière hémato-encéphalique, limite son efficacité dans le traitement des encéphalites virales. Des études antérieures ont montré la capacité des cyclodextrines natives à former des complexes d’inclusion avec la ribavirine et l’amélioration de l’activité antivirale de la ribavirine in vitro lorsque celle-ci est complexée à l’alpha- ou la bêta-cyclodextrine. Le bénéfice de cette complexation in vivo, a été évalué sur un modèle murin d'encéphalite utilisant une souche neuroadaptée du virus de la rougeole (CAM/RB) inoculée par voie intracrânienne chez la souris CBA/ca âgée de 3 à 4 semaines. Le développement de l’infection a été contrôlé par détermination de la charge virale dans le cerveau des souris, à l’aide d’une RT-PCR quantitative en méthode TaqMan amplifiant le gène N du virus de la rougeole et d’une gamme étalon externe. Lorsque les souris sont traitées par voie intrapéritonéale par 40 mg/kg de ribavirine complexée à l’alpha-cyclodextrine, la morbidité et la mortalité liées à l’encéphalite rougeoleuse sont diminuées par rapport à l’administration de ribavirine libre et la charge virale diminue de façon significative dans le cerveau au jour J6. La complexation à la bêta-cyclodextrine n’apporte pas de bénéfice comparé à la ribavirine libre. Ces données suggèrent que l’alpha-cyclodextrine améliore in vivo le passage de la ribavirine au travers de la barrière hémato-encéphalique. La cinétique de la ribavirine dans le cerveau des souris traitées par le complexe ribavirine/alpha-cyclodextrine a été étudiée de 30 minutes à 48 heures après l’administration de doses uniques ou répétées de ribavirine libre ou complexée à différents dosages. La ribavirine a été purifiée par une technique d’extraction en phase solide et quantifiée par chromatographie liquide haute performance après élaboration d'une gamme de calibration ex vivo. La quantité de ribavirine retrouvée dans le cerveau est plus élevée lorsque la molécule est injectée sous forme de complexe chez la souris saine ou infectée. Ces données illustrent l'amélioration de survie observée au préalable et ce modèle d'étude a permis de mettre en évidence l'impact virologique et pharmacologique de la complexation d'une molécule antivirale à l'alpha-cyclodextrine. / The objective of this work was to study the antiviral activity of ribavirin on measles encephalitis infection when using cyclodextrins as carriers. Ribavirin is a water-soluble synthetic nucleoside with broad spectrum antiviral properties, but it is ineffective against major viral encephalitis because of a failure to cross the blood brain barrier. The use of cyclic oligosaccharides can promote the activity of many drugs and the benefit of the association of ribavirin with alpha- or beta-cyclodextrine has already been demonstrated in vitro. The antiviral activity of the ribavirin/cyclodextrin complexes has been evaluated in vivo using an experimental model based on intracranial injection of the rodent adapted CAM/RB strain of measles virus in CBA/ca mice. Measles encephalitis development was monitored daily by viral load determination in mice brain. Intraperitoneal administration of the complex ribavirin/alpha-cyclodextrin (40 mg/kg of ribavirin) decreased the morbidity and the mortality of measles virus infected mice compared to free ribavirin treatment and the viral load in the brain is reduced at day 6 post-inoculation. At the opposite beta-cyclodextrin did not enhanced ribavirin in vivo antiviral activity. The role of alpha-cyclodextrin thus required to be defined and notably the hypothesis of ribavirin permeation enhancement through the blood brain barrier. Ribavirin specific extraction from brain tissue was developed, based on a solid phase extraction. It was quantified by high performance liquid chromatography at different time points after intraperitoneal injection of single or multiple doses of free ribavirin or of the complex ribavirin/alpha-cyclodextrin. Whatever the tested doses, quantity of ribavirin in the brain is significantly higher when the drug is injected as a complex with alpha-cyclodextrin, in healthy or measles virus-infected mice. So pharmacokinetic of ribavirin in brain tissue explains the advantage of the complex ribavirin/alpha-cyclodextrin over ribavirin in protecting mice from intracerebral infection with measles virus and confirms the interest of cyclodextrin complexes for human central nervous system diseases treatment.

La macroautophagie, appelée ici autophagie, est un processus de dégradation lysosomale qui joue un rôle clé dans l'immunité en dégradant des micro-organismes intracellulaires mais également en activant des réponses immunitaires. Cependant, de nombreux virus ont développé des stratégies pour inhiber, utiliser voire détourner l'autophagie à leur propre bénéfice. L'objectif de cette thèse a été d'analyser la place de l'autophagie dans l'infection par le virus de la rougeole (VR). Ce travail démontre que les souches atténuées du VR utilisent plusieurs voies moléculaires successives d'induction d'autophagie dans les cellules infectées. En effet, elles sont capables d'induire une première vague d'autophagie très précoce mais transitoire par l'engagement de l'une des isoformes de leur récepteur d'entrée CD46. Après un bref retour à l'état basal, une deuxième vague d'autophagie est induite par l'interaction de la protéine virale non structurale C avec la protéine cellulaire autophagique IRGM. La formation de syncytia conduit à une troisième voie d'induction d'autophagie qui permet de maintenir l'autophagie mise en place. Cette autophagie soutenue est exploitée par le VR afin de limiter la mort des cellules infectées, ce qui promeut la production de particules virales. Les souches virulentes du VR, incapables de lier CD46, et utilisant comme récepteur d'entrée la protéine CD150, n'induisent que l'autophagie tardive qui est également utilisée pour favoriser la production de particules virales infectieuses. Ce travail de thèse montre donc que l'induction d'une autophagie soutenue lors de l'infection par le VR promeut l'infection, principalement en limitant la mort cellulaire / Macroautophagy, thereafter referred to as autophagy, is a lysosomal degradation which plays a key role in immunity by directly degrading intracellular pathogens but also by favouring innate and adaptive immune responses. However, several viruses have evolved strategies to inhibit, exploit or even hijack autophagy for their own benefit. The aim of this thesis was to analyse the role of autophagy in the course of measles virus (MeV) infection. This work demonstrates that attenuated strains of MeV induce successive autophagy signalling in infected cells, via distinct and uncoupled molecular pathways. First, attenuated MeV strains are able to induce a first early and transient wave of autophagy through the engagement of one of the isoform of their cellular receptor CD46. Soon after infection, a new autophagy signalling is initiated by the interaction of the non-structural MeV protein C with the cellular autophagic protein IRGM. Strikingly, this second autophagy signalling can be sustained overtime within infected cells via a third autophagy input resulting from cell-cell fusion and the formation of syncytia. Sustained autophagy is exploited by MeV to limit the death of infected cells and to improve infectious viral particle formation. Interestingly, virulent strains of MeV, which do not use CD46 as a cellular receptor but use CD150, are unable to induce the early autophagy wave, whereas they induce and exploit the late and sustained autophagy. Thus, this work demonstrates that the induction of a sustained autophagy during MeV infection promotes infectivity, mostly by limiting cell death. Overall, this work describes an unusual and complex interplay between autophagy and MeV

Le virus de la Rougeole reste le plus meurtrier des virus contre lesquels il existe un vaccin, avec environ 350000 décès par an dans le monde. Ce virus appartient à la famille des Paramyxoviridae, qui sont des virus enveloppés de forme sphérique dont le génome est composé d'un seul brin d'ARN de polarité négative. L'élément central de la réplication et de la transcription du génome viral est le complexe, de forme hélicoïdale, entre l'ARN du virus et la nucléoprotéine. Cette association intime appelée nucléocapside a des propriétés étonnantes non encore élucidées. En effet, l'ARN des virus à ARN négatif a la particularité de n'être jamais nu, même lors des étapes de réplication/transcription nécessitant pourtant le passage de la polymérase virale. On suppose que l'interaction avec la phosphoprotéine, cofacteur de la polymérase, provoque un changement de la conformation de la nucléoprotéine pour rendre l'ARN viral accessible à la polymérase. Lorsque la nucléoprotéine est exprimée dans des cellules d'insectes, elle se fixe aux ARNs cellulaires et forme des nucléocapsides recombinantes. Les études précédentes sur d'autres virus à ARN négatif (Rage, Marbourg, Sendaï) ont montré que les nucléocapsides recombinantes sont semblables aux nucléocapsides virales. Au sein de la nucléocapside, le domaine C-terminal de la nucléoprotéine joue un rôle crucial en interagissant avec de nombreux partenaires viraux et cellulaires, notamment avec la phosphoprotéine dans les étapes de réplication/transcription du génome viral. Cependant, des observations en microscopie électronique à transmission avaient montré que les nucléocapsides recombinantes contenant la nucléoprotéine entière était trop flexibles pour envisager leur reconstruction tridimensionnelle par analyse d'image, ce qui avait conduit à les rigidifier par un traitement protéasique dont l'effet latéral est justement l'élimination du domaine C-terminal de la nucléoprotéine. Nous avons mis au point des conditions de préparation en coloration négative permettant de rigidifier la nucléocapside intacte, afin d'en calculer une reconstruction tridimensionnelle à basse résolution et de la comparer avec celle de la nucléocapside protéolysée. Nous avons ainsi montré que les nucléocapsides de la Rougeole changeaient radicalement de structure tridimensionnelle en réponse au traitement protéolytique, non seulement en terme de pas de l'hélice ou de nombre de sous-unités par tour, mais aussi au niveau de la conformation de la nucléoprotéine et de ses contacts avec les sous-unités adjacentes, ce qui n'avait encore jamais été observé aussi clairement.

La macroautophagie, appelée ici autophagie, est un processus de dégradation lysosomale qui joue un rôle clé dans l'immunité en dégradant des micro-organismes intracellulaires mais également en activant des réponses immunitaires. Cependant, de nombreux virus ont développé des stratégies pour inhiber, utiliser voire détourner l'autophagie à leur propre bénéfice. L'objectif de cette thèse a été d'analyser la place de l'autophagie dans l'infection par le virus de la rougeole (VR). Ce travail démontre que les souches atténuées du VR utilisent plusieurs voies moléculaires successives d'induction d'autophagie dans les cellules infectées. En effet, elles sont capables d'induire une première vague d'autophagie très précoce mais transitoire par l'engagement de l'une des isoformes de leur récepteur d'entrée CD46. Après un bref retour à l'état basal, une deuxième vague d'autophagie est induite par l'interaction de la protéine virale non structurale C avec la protéine cellulaire autophagique IRGM. La formation de syncytia conduit à une troisième voie d'induction d'autophagie qui permet de maintenir l'autophagie mise en place. Cette autophagie soutenue est exploitée par le VR afin de limiter la mort des cellules infectées, ce qui promeut la production de particules virales. Les souches virulentes du VR, incapables de lier CD46, et utilisant comme récepteur d'entrée la protéine CD150, n'induisent que l'autophagie tardive qui est également utilisée pour favoriser la production de particules virales infectieuses. Ce travail de thèse montre donc que l'induction d'une autophagie soutenue lors de l'infection par le VR promeut l'infection, principalement en limitant la mort cellulaire

La macroautophagie assure l'homéostasie cellulaire en recyclant du matériel cytosolique obsolète ou délétère et sa dérégulation est associée à plusieurs pathologies. Elle constitue aussi un mécanisme de défense car elle peut éliminer des pathogènes intracellulaires. L'étape cruciale de l'autophagie est la maturation lors de laquelle la vésicule renfermant des substrats cytosoliques, l'autophagosome, fusionne avec des lysosomes et la dégradation a lieu. Nous nous intéressons à la régulation de l'autophagie et aux conséquences de sa perturbation lors des infections, notamment par le virus de la rougeole (VR). Les données de l'équipe montrent qu'il induit et utilise toutes les étapes de l'autophagie, afin de se répliquer efficacement. Mes travaux montrent que des protéines du virus peuvent interagir avec au moins deux protéines cellulaires NDP52 et T6BP qui sont des récepteurs autophagiques (protéines cytosoliques ayant un domaine de liaison aux autophagosomes et un domaine de liaison au substrat à dégrader, par exemple des pathogènes). J'ai alors étudié le rôle des récepteurs autophagiques T6BP, NDP52 et Optineurine dans la réplication virale. J'ai aussi participé à une étude décrivant que NDP52 et Optineurine régulent en plus la maturation. Mes travaux de thèse démontrent un tel double rôle pour T6BP. Cependant, seuls T6BP et NDP52 sont nécessaires à la réplication du VR bien qu'elle requiert la maturation autophagique. Ainsi mes résultats suggèrent d'une part que les trois récepteurs puissent réguler la maturation d'autophagosomes distincts.D'autre part, le VR pourrait exploiter individuellement les autophagosomes dont la maturation dépend de T6BP et NDP52 pour se répliquer / Macroautophagy ensures cell homeostasis through the recycling of obsolete or deleterious cytosolic components and its deregulation is associated with several pathologies. It is also a defense mechanism as it allows the elimination of intracellular pathogens. The most important autophagic step is maturation, during which the cytosolic substrate-containing vesicle, the autophagosome, fuses with lysosomes and the degradation occurs. We study autophagy regulation and the consequences of its disruption during infections and in particular by measles virus (MeV). Our team has shown that MeV induces and exploits all steps of autophagy, to replicate more efficiently. My results indicate that viral proteins can interact with at least two cellular proteins, NDP52 and T6BP, which are autophagy receptors (cytosolic proteins that carry an autophagosome-binding domain and a domain binding substrates that would be degraded, such as intracellular pathogens). I then studied the role of autophagic receptors T6BP, NDP52 and OPTINEURIN in viral replication. I also took part in a study describing NDP52 and OPTINEURIN as autophagosome maturation regulators. My work depicts the same dual role for T6BP. However, only T6BP and NDP52 are necessary for MeV replication even though it requires autophagosome maturation. Thus, my results suggest that the three autophagy receptors might regulate distinct autophagosome maturation on one hand. On the other, MeV could individually exploit autophagosomes, the maturation of which is regulated by T6BP or NDP2 to replicate efficiently