Orientador: Carmen Silvia Bertuzzo / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-08-23T19:05:10Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Rossanese_LillianBarbosadeQueiroz_D.pdf: 6549748 bytes, checksum: 054df2cab96a347008ff6d310b9dcfa9 (MD5) Previous issue date: 2012 / Resumo: Mutações germinativas no gene APC (Polipose adenomatosa coli) são responsáveis pela ocorrência de polipose adenomatosa familiar (PAF). Mutações somáticas levam à transformação maligna de adenomas. O objetivo desse trabalho foi identificar mutações germinativas no gene APC. No presente estudo, 20 pacientes com PAF foram estudados. A determinação das mutações germinativas no APC foi realizada por meio de sequenciamento, e as mutações foram comparadas com marcadores clínicos (sexo, idade no momento do diagnóstico, tabagismo, estádio TNM, classificação Coller-Astler e o grau de diferenciação do adenocarcinoma). Os dados foram comparados por meio do programa SPSS , com o teste de Fisher e teste de ?2 , considerando ? = 0,05. De acordo com os principais resultados da nossa amostra, 16 alelos com mutações deletérias (80 % dos pacientes) foram identificados, enquanto 7 (35%) pacientes não tinham mutações deletérias. Houve um predomínio de mutações nonsense (45% dos pacientes) e de mutações frameshift (20% dos pacientes). Não houve significância estatística entre as mutações germinativas identificadas e as variáveis clínicas consideradas em nosso estudo. Apenas a fase TNM foi associada com a presença de mutações deletérias. Os portadores com mutações deletérias tinha uma OR , 0,086 ( IC = 0,001-0,984 ); TNM I + II em comparação com III + IV , quando comparado com os pacientes sem mutações deletérias identificados. Neste estudo, demonstramos a heterogeneidade molecular de mutações germinativas no APC em portadores de PAF e a dificuldade para realizar diagnóstico molecular em uma população brasileira / Abstract: Adenomatous polyposis coli (APC) germline mutations are responsible for the occurrence of familial adenomatous polyposis (FAP). Somatic mutations lead to malignant transformation of adenomas. In this context, considering the significance of APC germline mutations in FAP, we aimed to identify APC germline mutations. In the present study, 20 FAP patients were enrolled. The determination of APC germline mutations was performed using sequencing, and the mutations were compared with clinical markers (gender, age at diagnosis, smoking habits, TNM stage, Astler-Coller stage, degree of differentiation of adenocarcinoma). The data were compared using the SPSS program, with the Fisher's exact test and ?2 test, considering ?=0.05. According to the main results in our sample, 16 alleles with deleterious mutations (80% of the patients) were identified while 7 (35%) patients had no deleterious mutations. There was a predominance of nonsense (45% of the patients) and frameshift (20% of the patients) mutations. There was no statistical significance between the APC germline mutations identified and the clinical variables considered in our study. Only TNM stage was associated with the presence of deleterious mutations. Patients with deleterious mutations had an OR, 0.086 (IC=0.001-0.984); TNM stage I + II in comparison with III + IV, when compared with the patients with no deleterious mutations identified. In this context, as a conclusion, we demonstrated the molecular heterogeneity of APC germline mutations in FAP and the difficulty to perform molecular diagnostics in a Brazilian population, considering the admixed population analyzed / Doutorado / Clinica Medica / Doutora em Ciências

Introdução: Câncer gástrico é uma doença multifatorial influenciada por fatores externos e hereditários. Embora a síndrome do câncer gástrico difuso hereditário causada por mutações germinativas no gene CDHl seja uma condição rara, sua influência sobre a incidência de câncer gástrico no Brasil, que é considerado um país de alta incidência desta neoplasia, é desconhecida. Objetivos: Avaliar a frequência de variantes germinativas em CDHl e os hábitos de dieta/estilo de vida em pacientes diagnosticados câncer gástrico com idade precoce «55 anos) no Brasil. Metodologia: De outubro de 2013 a agosto 2015, foram recrutados 88 pacientes consecutivos e não aparentados diagnosticados com câncer gástrico em idade precoce em um hospital público brasileiro. Todos os éxons e regiões intrônicas flanqueadoras do CDHl foram sequenciados. Os hábitos de dieta/estilo de vida dos pacientes com câncer gástrico em idade precoce foram comparados com informações sobre os hábitos da população armazenados em bancos de dados populacionais brasileiros. Resultados: Dos 88 pacientes, 51,1% eram do sexo feminino e a média de idade no momento do diagnóstico do câncer era de 39 anos (variação, 20-55); 23% relataram história familiar de câncer gástrico em parentes de primeiro ou de segundo. A maioria dos tumores era do tipo difuso (74%), pouco diferenciado (74%) e localizava-se no terço médio ou distal do estômago (67%). No total, 24 variantes germinativas foram detectadas: 3 (12.5%) benignas, 17 (70.8%) provavelmente benignas e 4 (16.7%) variantes de significado clínico incerto (VSI). Todas as VSI são mutações missense e nunca foram relatadas previamente na literatura: c.313T> A, c.387G> T, c.1676G> A e c.1806C> A. Os pacientes com câncer gástrico diagnosticados em idade precoce apresentaram maior consumo de carne vermelha (OR: 2.591, IC 95%: 1.371-4.894) e carne processada (OR: 3.093, IC 95%: 1.591- 6.009) em comparação com os hábitos alimentares da população brasileira. Conclusão: De acordo com o nosso conhecimento, esta é a maior série investigando a contribuição de mutações germinativas de CDHl em pacientes diagnosticados com câncer gástrico em idade precoce na América Latina. Para um país considerado de alta incidência, a frequência encontrada de variantes germinativas em CDHl foi maior do que o esperado; 4 novas mutações missense foram identificadas e mais estudos são necessários para confirmar a patogenicidade dessas variantes. Fatores de risco modificáveis, como o consumo de carne vermelha e/ou de carne processada podem ter contribuído para o desenvolvimento de câncer gástrico em idade precoce na população estudada / Introduction: Gastric cancer is a multifactorial disease influenced by inherited and noninherited factors. Although hereditary diffuse gastric cancer syndrome caused by germline mutation in CDHl is arare condition its contribution to gastric cancer burden in Brazil, which is considered a high-incidence country for this neoplasia, is unknown. Objectives: To evaluate the frequency of CDHl germline variants and the dietjlifestyle habits in early-onset gastric cancer (EOGC, < 55 years old) patients in Brazil. Methodology: From October 2013 to August 2015, a total of 88 unrelated and consecutive patients attending a Brazilian public hospital with EOGC were enrolled. Ali CDHl exons and intronic boundaries were sequenced. The dietjlifestyle habits of EOGC patients have been compared to Brazilian population data bases. Results: Of 88 patients, 51.1% were female and the mean age at gastric cancer diagnosis was 39 years (range 20-55); 23% reported family history of gastric cancer in first- or second-degree rei atives. The majority of the tumors were diffuse (74%), poorly differentiated (74%), and located in the middle and distal-third of the stomach (67%). In total, 24 germline variants were detected: 3 (12.5%) benign, 17 (70.8%) likely benign, and 4 (16.7%) variants of unknown significance (VUS). Ali VUS were missense novel mutations: c.313T > A, c.387G > T, c.1676G > A, and c. 1806C > A. EOGC patients had ahigher red (OR: 2.591, 95% CI: 1.371-4.894) and processed (OR: 3.093, 95% CI: 1.591-6.009) meat intake compared to eating habits of the Brazilian population. Conclusion: To our knowledge, this is the largest series investigating the contribution of CDHl germline mutations in EOGC cancer in Latin America. For a high-incidence country, the incidence of CDHl germline variants was higher than expected; 4 novel CDHl missense mutations were identified and further studies are warranted to confirm their pathogenicity. Modifiable risk factors, such as the consumption of red and/or processed meat may have contributed to early- onset gastric cancer development in our studied population

Introdução: Câncer gástrico é uma doença multifatorial influenciada por fatores externos e hereditários. Embora a síndrome do câncer gástrico difuso hereditário causada por mutações germinativas no gene CDHl seja uma condição rara, sua influência sobre a incidência de câncer gástrico no Brasil, que é considerado um país de alta incidência desta neoplasia, é desconhecida. Objetivos: Avaliar a frequência de variantes germinativas em CDHl e os hábitos de dieta/estilo de vida em pacientes diagnosticados câncer gástrico com idade precoce «55 anos) no Brasil. Metodologia: De outubro de 2013 a agosto 2015, foram recrutados 88 pacientes consecutivos e não aparentados diagnosticados com câncer gástrico em idade precoce em um hospital público brasileiro. Todos os éxons e regiões intrônicas flanqueadoras do CDHl foram sequenciados. Os hábitos de dieta/estilo de vida dos pacientes com câncer gástrico em idade precoce foram comparados com informações sobre os hábitos da população armazenados em bancos de dados populacionais brasileiros. Resultados: Dos 88 pacientes, 51,1% eram do sexo feminino e a média de idade no momento do diagnóstico do câncer era de 39 anos (variação, 20-55); 23% relataram história familiar de câncer gástrico em parentes de primeiro ou de segundo. A maioria dos tumores era do tipo difuso (74%), pouco diferenciado (74%) e localizava-se no terço médio ou distal do estômago (67%). No total, 24 variantes germinativas foram detectadas: 3 (12.5%) benignas, 17 (70.8%) provavelmente benignas e 4 (16.7%) variantes de significado clínico incerto (VSI). Todas as VSI são mutações missense e nunca foram relatadas previamente na literatura: c.313T> A, c.387G> T, c.1676G> A e c.1806C> A. Os pacientes com câncer gástrico diagnosticados em idade precoce apresentaram maior consumo de carne vermelha (OR: 2.591, IC 95%: 1.371-4.894) e carne processada (OR: 3.093, IC 95%: 1.591- 6.009) em comparação com os hábitos alimentares da população brasileira. Conclusão: De acordo com o nosso conhecimento, esta é a maior série investigando a contribuição de mutações germinativas de CDHl em pacientes diagnosticados com câncer gástrico em idade precoce na América Latina. Para um país considerado de alta incidência, a frequência encontrada de variantes germinativas em CDHl foi maior do que o esperado; 4 novas mutações missense foram identificadas e mais estudos são necessários para confirmar a patogenicidade dessas variantes. Fatores de risco modificáveis, como o consumo de carne vermelha e/ou de carne processada podem ter contribuído para o desenvolvimento de câncer gástrico em idade precoce na população estudada / Introduction: Gastric cancer is a multifactorial disease influenced by inherited and noninherited factors. Although hereditary diffuse gastric cancer syndrome caused by germline mutation in CDHl is arare condition its contribution to gastric cancer burden in Brazil, which is considered a high-incidence country for this neoplasia, is unknown. Objectives: To evaluate the frequency of CDHl germline variants and the dietjlifestyle habits in early-onset gastric cancer (EOGC, < 55 years old) patients in Brazil. Methodology: From October 2013 to August 2015, a total of 88 unrelated and consecutive patients attending a Brazilian public hospital with EOGC were enrolled. Ali CDHl exons and intronic boundaries were sequenced. The dietjlifestyle habits of EOGC patients have been compared to Brazilian population data bases. Results: Of 88 patients, 51.1% were female and the mean age at gastric cancer diagnosis was 39 years (range 20-55); 23% reported family history of gastric cancer in first- or second-degree rei atives. The majority of the tumors were diffuse (74%), poorly differentiated (74%), and located in the middle and distal-third of the stomach (67%). In total, 24 germline variants were detected: 3 (12.5%) benign, 17 (70.8%) likely benign, and 4 (16.7%) variants of unknown significance (VUS). Ali VUS were missense novel mutations: c.313T > A, c.387G > T, c.1676G > A, and c. 1806C > A. EOGC patients had ahigher red (OR: 2.591, 95% CI: 1.371-4.894) and processed (OR: 3.093, 95% CI: 1.591-6.009) meat intake compared to eating habits of the Brazilian population. Conclusion: To our knowledge, this is the largest series investigating the contribution of CDHl germline mutations in EOGC cancer in Latin America. For a high-incidence country, the incidence of CDHl germline variants was higher than expected; 4 novel CDHl missense mutations were identified and further studies are warranted to confirm their pathogenicity. Modifiable risk factors, such as the consumption of red and/or processed meat may have contributed to early- onset gastric cancer development in our studied population

Orientador: Carmen Silvia Bertuzzo / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-08-23T16:42:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Viana_DaniloVilela_D.pdf: 5689445 bytes, checksum: ecee0316f70f957068dbfd39107b9161 (MD5) Previous issue date: 2013 / Resumo: Há muito tempo reconhece-se a importância de fatores hereditários na oncogênese. Dentre os genes associados ao câncer, um importante grupo é formado por aqueles direta ou indiretamente relacionados ao reparo do DNA, entre os quais está um grupo de genes pertencentes ao sistema de reparo de erros de pareamento de bases do DNA (mismatch repair - MMR), do qual fazem parte hMLH1, hMSH2, hMSH6 e hPMS2. Quando mutações monoalélicas nesses genes são herdadas, elas são responsáveis pela síndrome de Lynch, que cursa com predisposição ao câncer de cólon e endométrio, entre outros, geralmente na terceira ou quarta década de vida. A ocorrência de câncer na infância ou de tumores hematológicos não é comum na síndrome de Lynch. Nos últimos anos, entretanto, foram relatados diversos casos de pacientes que, na primeira ou segunda década de vida, apresentam tumores de sistema nervoso central, gastrintestinais, hematológicos, alguns deles com manifestações cutâneas semelhantes à neurofibromatose tipo 1. Nesses pacientes, foram identificadas mutações bialélicas nos genes do sistema MMR. O presente estudo propôs-se a analisar os tecidos tumorais de uma série retrospectiva de pacientes de zero a 35 anos de idade (inclusive), com diagnóstico de câncer de sistema nervoso central, visando a identificação de pacientes com mutações bialélicas nos genes do sistema MMR e a caracterização de seu quadro clínico. Teve por objetivos específicos: identificar os casos com instabilidade de microssatélites (MSI); determinar a proporção de tumores instáveis e o genótipo para os genes do sistema MMR nos casos que foram instáveis; correlacionar as mutações encontradas com o fenótipo e história familial. Um total de 79 pacientes foram incluídos no estudo. O diagnóstico era de glioma em 42 e meduloblastoma em 37. Inicialmente foi realizada a pesquisa de MSI nos tumores de todos os pacientes, seguido de avaliação clínica e coleta de sangue para pesquisa de mutações deletérias nos genes do sistema MMR, naqueles que apresentavam instabilidade. Foi encontrada baixa MSI (MSI-L) em sete casos de glioma e oito casos de meduloblastoma. Esses pacientes foram convocados para avaliação quanto à história clínica, exame físico e história familial. Seis pacientes atenderam ao convite, foram avaliados e tiveram sequenciamento e pesquisa de deleções por meio da técnica de MLPA realizados para os genes hMLH1, hMSH2, hMSH6. Não foram encontradas mutações deletérias em nenhum desses indivíduos. Procedeu-se, ainda, a determinação do intervalo de variação quase monomórfico para a população estudada, após o qual, cinco dos pacientes com diagnóstico de meduloblastoma, originalmente classificados como MSI-L, foram reclassificados como sendo estáveis (MSS). No presente estudo demonstrou-se que 8,3% dos pacientes com diagnóstico de meduloblastoma e 17,5% daqueles com gliomas possuíam MSI-L. A correlação do genótipo com o fenótipo e história familial não pôde ser realizada, visto não terem sido encontradas mutações deletérias. Sugere-se que sejam realizados estudos adicionais, preferencialmente prospectivos, para estabelecer a frequência de mutações nos genes do sistema MMR em pacientes pediátricos e adultos jovens com tumores de sistema nervoso central e instabilidade de microssatélites, uma questão importante para o aconselhamento genético, e, possivelmente, para implantação de uma rotina de rastreamento com pesquisa de MSI nessa população de pacientes / Abstract: Lynch syndrome (LS) is an autosomal dominant hereditary cancer predisposition disorder characterized by early onset of cancer (mean age, approximately 40-45 years), especially edometrium and/or colorectal cancer in the absence of gastrointestinal polyposis, and which, in addition, shows increased frequency of carcinomas of the ovary, small intestine, ureter, renal pelvis, stomach, among others. Its molecular hallmark is a type of genetic instability known as miscrosattelite instability (MSI) that affects short sequences of DNA repeats (miscrosattelites) found throughout the genome, leading to accumulation of genetic alterations. In LS, Cancer predisposition is due almost exclusively to heterozygous germline mutations in one of the DNA MMR genes (hMSH2, hMLH1, hPMS1, hPMS2, and hMSH6). Childhood cancers and hematological neoplasia generally do not belong to the Lynch tumour spectrum. However, over the past few years there have been reports of children that have presented with the constellation of early onset gastrointestinal cancers, along with features of neurofibromatosis type-1 and/or hematologic malignancies, and/or neurological tumors due to homozygous mutations in the mismatch repair genes. The present study analyzed a retrospective series of central nervous system tissue from patients with 0 to 35 years of age, with the aim to identify biallelic mutations in MMR genes and characterization of its clinical tumor spectrum. The aims of this study were to analyze: the frequency of microsattelite instability in tumors; the genotype and the frequency of germline mutations in MMR genes in patients who had MSI; its correlation to the phenotype and family history. A total of 42 gliomas and 37 medulloblastomas were analyzed. Initially, they were screened for microsatellite instability (MSI), followed by clinical evaluation, family history taking and sequence analysis of DNA obtained from blood lymphocytes. Low MSI (MSI-L) was found in seven gliomas and eight meduloblastomas. These patients were invited for clinical examination, family history taking and blood drawing. Six attended the clinical evaluation and had their sequence analysis done for hMLH1, hMSH2, hMSH6. No deleterious mutations were found among these patients. In adition, the quasi-monomorphic variation range was determined for this population, a important step previously not investigated in Brazilian population, that showed that with the proper values for the target population, 5 from the original MSI-L medulloblastomas were reclassified as stable (MSS). In clonclusion, the present study showed that 8,3% of the medulloblastomas and 17,5% of gliomas had MSI-L. The correlation of the genotype with clinical characteristics and family history could not be done, as no deleterious mutations were found. It was suggestd that new prospective studies are necessary to properly address the issue of the frequency of biallelic mutations in pediatric and young adults patients with MSI-L tumors of the CNS / Doutorado / Genetica Medica / Doutor em Ciências Médicas